Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4248
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4248, 944 aa
1>>>pF1KE4248 944 - 944 aa - 944 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5192+/-0.00107; mu= -1.3765+/- 0.065
mean_var=272.8999+/-55.073, 0's: 0 Z-trim(113.1): 14 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.077638
statistics sampled from 13742 (13754) to 13742 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.733), E-opt: 0.2 (0.422), width: 16
Scan time: 4.630
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS56182.1 RIN2 gene_id:54453|Hs108|chr20 ( 944) 6321 721.9 1.4e-207
CCDS32144.1 RIN3 gene_id:79890|Hs108|chr14 ( 985) 1065 133.2 2.4e-30
CCDS31614.1 RIN1 gene_id:9610|Hs108|chr11 ( 783) 715 94.0 1.2e-18
>>CCDS56182.1 RIN2 gene_id:54453|Hs108|chr20 (944 aa)
initn: 6321 init1: 6321 opt: 6321 Z-score: 3840.3 bits: 721.9 E(32554): 1.4e-207
Smith-Waterman score: 6321; 100.0% identity (100.0% similar) in 944 aa overlap (1-944:1-944)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MLDSFSQESTLPFREARKRTSFQPVQVWRNFTASQTTESPACSGASLGEMTAWTMGARGL
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CCDS56 MLDSFSQESTLPFREARKRTSFQPVQVWRNFTASQTTESPACSGASLGEMTAWTMGARGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DKRGSFFKLIDTIASEIGELKQEMVRTDVNLENGLEPAETHSMVRHKDGGYSEEEDVKTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DKRGSFFKLIDTIASEIGELKQEMVRTDVNLENGLEPAETHSMVRHKDGGYSEEEDVKTC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 ARDSGYDSLSNRLSILDRLLHTHPIWLQLSLSEEEAAEVLQAQPPGIFLVHKSTKMQKKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ARDSGYDSLSNRLSILDRLLHTHPIWLQLSLSEEEAAEVLQAQPPGIFLVHKSTKMQKKV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LSLRLPCEFGAPLKEFAIKESTYTFSLEGSGISFADLFRLIAFYCISRDVLPFTLKLPYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LSLRLPCEFGAPLKEFAIKESTYTFSLEGSGISFADLFRLIAFYCISRDVLPFTLKLPYA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 ISTAKSEAQLEELAQMGLNFWSSPADSKPPNLPPPHRPLSSDGVCPASLRQLCLINGVHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ISTAKSEAQLEELAQMGLNFWSSPADSKPPNLPPPHRPLSSDGVCPASLRQLCLINGVHS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 IKTRTPSELECSQTNGALCFINPLFLKVHSQDLSGGLKRPSTRTPNANGTERTRSPPPRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IKTRTPSELECSQTNGALCFINPLFLKVHSQDLSGGLKRPSTRTPNANGTERTRSPPPRP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 PPPAINSLHTSPRLARTETQTSMPETVNHNKHGNVALPGTKPTPIPPPRLKKQASFLEAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PPPAINSLHTSPRLARTETQTSMPETVNHNKHGNVALPGTKPTPIPPPRLKKQASFLEAE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 GGAKTLSGGRPGAGPELELGTAGSPGGAPPEAAPGDCTRAPPPSSESRPPCHGGRQRLSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GGAKTLSGGRPGAGPELELGTAGSPGGAPPEAAPGDCTRAPPPSSESRPPCHGGRQRLSD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 MSISTSSSDSLEFDRSMPLFGYEADTNSSLEDYEGESDQETMAPPIKSKKKRSSSFVLPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MSISTSSSDSLEFDRSMPLFGYEADTNSSLEDYEGESDQETMAPPIKSKKKRSSSFVLPK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 LVKSQLQKVSGVFSSFMTPEKRMVRRIAELSRDKCTYFGCLVQDYVSFLQENKECHVSST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LVKSQLQKVSGVFSSFMTPEKRMVRRIAELSRDKCTYFGCLVQDYVSFLQENKECHVSST
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 DMLQTIRQFMTQVKNYLSQSSELDPPIESLIPEDQIDVVLEKAMHKCILKPLKGHVEAML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DMLQTIRQFMTQVKNYLSQSSELDPPIESLIPEDQIDVVLEKAMHKCILKPLKGHVEAML
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 KDFHMADGSWKQLKENLQLVRQRNPQELGVFAPTPDFVDVEKIKVKFMTMQKMYSPEKKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KDFHMADGSWKQLKENLQLVRQRNPQELGVFAPTPDFVDVEKIKVKFMTMQKMYSPEKKV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 MLLLRVCKLIYTVMENNSGRMYGADDFLPVLTYVIAQCDMLELDTEIEYMMELLDPSLLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MLLLRVCKLIYTVMENNSGRMYGADDFLPVLTYVIAQCDMLELDTEIEYMMELLDPSLLH
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE4 GEGGYYLTSAYGALSLIKNFQEEQAARLLSSETRDTLRQWHKRRTTNRTIPSVDDFQNYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GEGGYYLTSAYGALSLIKNFQEEQAARLLSSETRDTLRQWHKRRTTNRTIPSVDDFQNYL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE4 RVAFQEVNSGCTGKTLLVRPYITTEDVCQICAEKFKVGDPEEYSLFLFVDETWQQLAEDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RVAFQEVNSGCTGKTLLVRPYITTEDVCQICAEKFKVGDPEEYSLFLFVDETWQQLAEDT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940
pF1KE4 YPQKIKAELHSRPQPHIFHFVYKRIKNDPYGIIFQNGEEDLTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 YPQKIKAELHSRPQPHIFHFVYKRIKNDPYGIIFQNGEEDLTTS
910 920 930 940
>>CCDS32144.1 RIN3 gene_id:79890|Hs108|chr14 (985 aa)
initn: 1320 init1: 339 opt: 1065 Z-score: 658.3 bits: 133.2 E(32554): 2.4e-30
Smith-Waterman score: 1466; 34.2% identity (57.6% similar) in 959 aa overlap (109-923:23-961)
80 90 100 110 120 130
pF1KE4 ELKQEMVRTDVNLENGLEPAETHSMVRHKDGGYSEEED-VKTCARDSGYDSLSNR--LSI
: :::: .. : . . : .: .::
CCDS32 MIRHAGAPARGDPTGPVPVVGKGEEEEEEDGMRLCLPANPKNCLPHRRGISI
10 20 30 40 50
140 150 160 170 180 190
pF1KE4 LDRLLHTHPIWLQLSLSEEEAAEVLQAQPPGIFLVHKSTKMQKKVLSLRLPC--EFGAPL
:..:..: :.::::::.. :.:..:. :.:::..... .. :: ...: : .: .
CCDS32 LEKLIKTCPVWLQLSLGQAEVARILHRVVAGMFLVRRDSSSKQLVLCVHFPSLNESSAEV
60 70 80 90 100 110
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 KEFAIKESTYTFSLEGSGISFADLFRLIAFYCISRDVLPFTLKLPYAISTAKSEAQLEEL
:..::: . ::::.. : :.::::::::.:::.:::::.:: :: :.: ..:: .
CCDS32 LEYTIKEEKSILYLEGSALVFEDIFRLIAFYCVSRDLLPFTLRLPQAILEASSFTDLETI
120 130 140 150 160 170
260 270 280 290 300
pF1KE4 AQMGLNFWSS----PADSKPPNLPP----PHRPLSSDGVCPASLRQLCLINGVHSIKTRT
:..::.::.: : . : :: : :: : ::: .:. .
CCDS32 ANLGLGFWDSSLNPPQERGKPAEPPRDRAPGFPLVS------SLRPT-----AHDAN--C
180 190 200 210
310 320 330 340 350
pF1KE4 PSELECSQTNGALCFINPLFLKVHSQDLS------GGLK-RPSTRTPNANG-TER--TRS
:.: : : : :.::.:.. :. : :. :: : .:.. : : :
CCDS32 ACEIELSVGNDRLWFVNPIFIEDCSSALPTDQPPLGNCPARPLPPTSDATSPTSRWAPRR
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390
pF1KE4 PPPRPP-----------PPAINSLH--------TSPRLARTETQTSMPETVNHN------
::: :: ::.. .: ::: . .. : .:
CCDS32 PPPPPPVLPLQPCSPAQPPVLPALAPAPACPLPTSPPVPAPHVTPHAPGPPDHPNQPPMM
280 290 300 310 320 330
400 410
pF1KE4 --------------------KHGNVA----------LPGTKPTPIPPPR--------LKK
: : .. ::. : : ::: :.
CCDS32 TCERLPCPTAGLGPLREEAMKPGAASSPLQQVPAPPLPAKKNLPTAPPRRRVSERVSLED
340 350 360 370 380 390
420 430 440
pF1KE4 QASFLEAEGGAKTLSGGRPGAGPE------LELG------------------TAGSPGGA
:. . ::: .: . ::: : : :: .:
CCDS32 QSPGMAAEGDQLSLPPQGTSDGPEDTPRESTEQGQDTEVKASDPHSMPELPRTAKQPPVP
400 410 420 430 440 450
450 460 470 480
pF1KE4 PPEA------------APGD----CTRA-----P---PPSSESRPPCHGGRQRLSDMSIS
::. :: . ::.: : :: . : ..: :. . .
CCDS32 PPRKKRISRQLASTLPAPLENAELCTQAMALETPTPGPPREGQSPASQAGTQH-PPAQAT
460 470 480 490 500 510
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 TSSSDSLEFDRSMPLFGYEADTN---SSLEDYEGESDQETMAPPIKSKKKRSSSFVLPKL
. :..: :: :. .. .. .. ..: : .: . . . :.. :..: :
CCDS32 AHSQSSPEFKGSLASLSDSLGVSVMATDQDSYSTSSTEEELEQFSSPSVKKKPSMILGKA
520 530 540 550 560 570
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 V-KSQLQKVSGVFSSFMTPEKRMVRRIAELSRDKCTYFGCLVQDYVSFLQENKECHVSST
. .. . :..: .:.. .... ....::..:: .::: ::::: . : ..:::
CCDS32 RHRLSFASFSSMFHAFLSNNRKLYKKVVELAQDKGSYFGSLVQDYKVYSLEMMARQTSST
580 590 600 610 620 630
610 620 630 640 650
pF1KE4 DMLQTIRQFMTQVKNYLSQSSEL----DPPIESLIPEDQIDVVLEKAMHKCILKPLKGHV
.::: :: .:::.:.:: ::.:: :: ..: :.......:.:..::.::::: .
CCDS32 EMLQEIRTMMTQLKSYLLQSTELKALVDPALHS---EEELEAIVESALYKCVLKPLKEAI
640 650 660 670 680 690
660 670 680 690 700 710
pF1KE4 EAMLKDFHMADGSWKQLKENLQLVRQRNPQELGVFAPTPDFVDVEKIKVKFMTMQKMYSP
.. :...: ::: .::::: .. . .::: . .:. .::: :: .:.: :::
CCDS32 NSCLHQIHSKDGSLQQLKENQLVILATTTTDLGVTTSVPEVPMMEKILQKFTSMHKAYSP
700 710 720 730 740 750
720 730 740 750 760 770
pF1KE4 EKKVMLLLRVCKLIYTVME-NNSGRMYGADDFLPVLTYVIAQCDMLELDTEIEYMMELLD
:::. .::..::::: : .: :. :::::::::: ::.:. .. :. ..::::::.:
CCDS32 EKKISILLKTCKLIYDSMALGNPGKPYGADDFLPVLMYVLARSNLTEMLLNVEYMMELMD
760 770 780 790 800 810
780 790 800 810 820 830
pF1KE4 PSLLHGEGGYYLTSAYGALSLIKNFQEEQAARLLSSETRDTLRQWHKRRTTNRTIPSVDD
:.: :::.::::..:::: ::.... ..: :: :..:....:..::: :.. : ..
CCDS32 PALQLGEGSYYLTTTYGALEHIKSYDKITVTRQLSVEVQDSIHRWERRRTLNKARASRSS
820 830 840 850 860 870
840 850 860 870 880 890
pF1KE4 FQNYLRVAFQEVNSGCTGKTLLVRPYITTEDVCQICAEKFKVGDPEEYSLFLFVDETWQQ
:... :.. : .. ..:: : .. .: ::::: : :. . ::..:: :
CCDS32 VQDFICVSYLEPEQ--QARTLASRADTQAQALCAQCAEKFAVERPQAHRLFVLVDGRCFQ
880 890 900 910 920 930
900 910 920 930 940
pF1KE4 LAEDTYPQKIKAEL-HSRPQPHIFHFVYKRIKNDPYGIIFQNGEEDLTTS
::.:. :. ::. : .:.:. :::::.
CCDS32 LADDALPHCIKGYLLRSEPKRD-FHFVYRPLDGGGGGGGGSPPCLVVREPNFL
940 950 960 970 980
>>CCDS31614.1 RIN1 gene_id:9610|Hs108|chr11 (783 aa)
initn: 1094 init1: 460 opt: 715 Z-score: 447.9 bits: 94.0 E(32554): 1.2e-18
Smith-Waterman score: 1118; 32.5% identity (56.1% similar) in 802 aa overlap (133-924:56-703)
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 MVRHKDGGYSEEEDVKTCARDSGYDSLSNRLSILDRLLHTHPIWLQLSLSEEEAAEVLQA
.:. .::: :.:.::::. . : ..:..
CCDS31 AREKPAQDPLYDVPNASGGQAGGPQRPGRVVSLRERLLLTRPVWLQLQANAAAALHMLRT
30 40 50 60 70 80
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 QPPGIFLVHKSTKMQKKVLSLRLPCEFGAPL-KEFAIKESTYTFSLEGSGISFADLFRLI
.::: :::.::. : ..: .::: : . . : :: ::::: . : :: .::
CCDS31 EPPGTFLVRKSNTRQCQALCMRLPEASGPSFVSSHYILESPGGVSLEGSELMFPDLVQLI
90 100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 AFYCISRDVLPFTLKLPYAISTAKSEAQLEELAQMGLNFWSSPADSKPPNLPPPHRPLSS
:: .::.: . :.:: :: : .. .:: ....:..:::: . : : ..
CCDS31 CAYCHTRDILLLPLQLPRAIHHAATHKELEAISHLGIEFWSSSLNIKAQRGP------AG
150 160 170 180 190
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 DGVCPASLRQLCLINGVHSIKTRTPSELECSQTNGALCFINPLFLKVHSQDLSGGLKRPS
: : :: :.:.:.::. . :..::::.:::: :: : :: .
CCDS31 GPVLP----QL---------KARSPQELD-QGTGAALCFFNPLF----PGDL-GPTKREK
200 210 220 230 240
350 360 370 380 390
pF1KE4 -TRTPNANGTERTRSP--PPRPPPPAINSLHTSPRLARTETQTSMPETVNHNKHGNVALP
:. .. . .: :: :: ::: . : .::
CCDS31 FKRSFKVRVSTETSSPLSPPAVPPPPV------P-----------------------VLP
250 260 270
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 GTKPTP---IPPPRLKKQASFLEAEGGAKTLSGGRPGAGP--ELELGTAGSPGGAPPEAA
:. :. .:: .: .. : . : .. .:. :. : :. :::... :..
CCDS31 GAVPSQTERLPPCQLLRRESSV----GYRVPAGSGPSLPPMPSLQEVDCGSPSSSEEEGV
280 290 300 310 320
460 470 480 490 500 510
pF1KE4 PGDCTRAPPPSSESRPPCHGGRQRLSDMSISTSSSDSLEFDRSMPLFGYEADTNSSLEDY
:: .:. : .: : : ::.: ::
CCDS31 PG--SRGSPATS----P-HLGRRR--------------------PL--------------
330 340
520 530 540 550 560 570
pF1KE4 EGESDQETMAPPIKSKKKRSSSFVLPKLVKSQLQKVSGVFSSFMTPEKRMVRRIAELSRD
:...:..: :...::... : : : .:
CCDS31 --------------------------------LRSMSAAFCSLLAPERQVGRAAAALMQD
350 360 370
580 590 600 610 620 630
pF1KE4 KCTYFGCLVQDYVSFLQENKECHVSSTDMLQTIRQFMTQVKNYLSQSSELDPPIESLIPE
. : : :::: .. .. . : . :: ::: ..... .:: .:: : :.:.
CCDS31 RHTAAGQLVQDLLTQVRAGPE-----PQELQGIRQALSRARAMLS--AELGP--EKLLSP
380 390 400 410 420
640 650 660 670 680 690
pF1KE4 DQIDVVLEKAMHKCILKPLKGHVEAMLKDFHMADGSWKQLKENLQLVRQRNPQELGVFAP
... ::::..: .::::. . : :. :::: .: :.:.:.: ..: .:
CCDS31 KRLEHVLEKSLHCSVLKPLRPILAARLRRRLAADGSLGRLAEGLRLARAQGPGAFGSHLS
430 440 450 460 470 480
700 710 720 730 740 750
pF1KE4 TPDFVDVEKIKVKFMTMQKMYSPEKKVMLLLRVCKLIYTVMENNSGRMYGADDFLPVLTY
:. :..:... :.. . . ::: .: ::..:::.: ..... :. :::.:::.:.
CCDS31 LPSPVELEQVRQKLLQLLRTYSPSAQVKRLLQACKLLYMALRTQEGEGAGADEFLPLLSL
490 500 510 520 530 540
760 770 780 790 800 810
pF1KE4 VIAQCDMLELDTEIEYMMELLDPSLLHGEGGYYLTSAYGALSLIKNFQEEQAARLLS-SE
:.:.::. :: : ::: :::.:::: ::::::::: ..:.:.... . .. : .:
CCDS31 VLAHCDLPELLLEAEYMSELLEPSLLTGEGGYYLTSLSASLALLSGLGQAHTLPLSPVQE
550 560 570 580 590 600
820 830 840 850 860 870
pF1KE4 TRDTLRQWHKRRTTNRTIPSVDDFQNYLRVAFQEVNSGCTGKTLLVRPYITTEDVCQICA
: .: :..:: .:.. ::. ::::.:. .::::.::: : : . . :.::
CCDS31 LRRSLSLWEQRR-----LPATHCFQHLLRVAYQDPSSGCTSKTLAVPPEASIATLNQLCA
610 620 630 640 650 660
880 890 900 910 920 930
pF1KE4 EKFKVGDPEEYSLFLFVDETWQQLAEDTYPQKIKAELHSRPQPHIFHFVYKRIKNDPYGI
::.: .:. ..:::. .. ...: . ... : ..::.:
CCDS31 TKFRVTQPNTFGLFLYKEQGYHRLPPGALAHRL---------PTTGYLVYRRAEWPETQG
670 680 690 700 710
940
pF1KE4 IFQNGEEDLTTS
CCDS31 AVTEEEGSGQSEARSRGEEQGCQGDGDAGVKASPRDIREQSETTAEGGQGQAQEGPAQPG
720 730 740 750 760 770
944 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 02:26:22 2016 done: Sun Nov 6 02:26:23 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]