FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE4201, 707 aa
  1>>>pF1KE4201 707 - 707 aa - 707 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5523+/-0.000817; mu= 10.5018+/- 0.050
 mean_var=136.7117+/-27.447, 0's: 0 Z-trim(112.7): 36  B-trim: 67 in 1/50
 Lambda= 0.109691
 statistics sampled from 13380 (13415) to 13380 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.412), width:  16
 Scan time:  4.070

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS12560.1 SHKBP1 gene_id:92799|Hs108|chr19       ( 707) 4802 771.5       0
CCDS1515.1 KCTD3 gene_id:51133|Hs108|chr1          ( 815) 2795 453.9 4.4e-127


>>CCDS12560.1 SHKBP1 gene_id:92799|Hs108|chr19            (707 aa)
 initn: 4802 init1: 4802 opt: 4802  Z-score: 4112.5  bits: 771.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4802; 100.0% identity (100.0% similar) in 707 aa overlap (1-707:1-707)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MAAAATAAEGVPSRGPPGEVIHLNVGGKRFSTSRQTLTWIPDSFFSSLLSGRISTLKDET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MAAAATAAEGVPSRGPPGEVIHLNVGGKRFSTSRQTLTWIPDSFFSSLLSGRISTLKDET
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 GAIFIDRDPTVFAPILNFLRTKELDPRGVHGSSLLHEAQFYGLTPLVRRLQLREELDRSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GAIFIDRDPTVFAPILNFLRTKELDPRGVHGSSLLHEAQFYGLTPLVRRLQLREELDRSS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE4 CGNVLFNGYLPPPVFPVKRRNRHSLVGPQQLGGRPAPVRRSNTMPPNLGNAGLLGRMLDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CGNVLFNGYLPPPVFPVKRRNRHSLVGPQQLGGRPAPVRRSNTMPPNLGNAGLLGRMLDE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE4 KTPPSPSGQPEEPGMVRLVCGHHNWIAVAYTQFLVCYRLKEASGWQLVFSSPRLDWPIER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KTPPSPSGQPEEPGMVRLVCGHHNWIAVAYTQFLVCYRLKEASGWQLVFSSPRLDWPIER
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE4 LALTARVHGGALGEHDKMVAAATGSEILLWALQAEGGGSEIGVFHLGVPVEALFFVGNQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LALTARVHGGALGEHDKMVAAATGSEILLWALQAEGGGSEIGVFHLGVPVEALFFVGNQL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE4 IATSHTGRIGVWNAVTKHWQVQEVQPITSYDAAGSFLLLGCNNGSIYYVDVQKFPLRMKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 IATSHTGRIGVWNAVTKHWQVQEVQPITSYDAAGSFLLLGCNNGSIYYVDVQKFPLRMKD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE4 NDLLVSELYRDPAEDGVTALSVYLTPKTSDSGNWIEIAYGTSSGGVRVIVQHPETVGSGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NDLLVSELYRDPAEDGVTALSVYLTPKTSDSGNWIEIAYGTSSGGVRVIVQHPETVGSGP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE4 QLFQTFTVHRSPVTKIMLSEKHLISVCADNNHVRTWSVTRFRGMISTQPGSTPLASFKIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QLFQTFTVHRSPVTKIMLSEKHLISVCADNNHVRTWSVTRFRGMISTQPGSTPLASFKIL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE4 ALESADGHGGCSAGNDIGPYGERDDQQVFIQKVVPSASQLFVRLSSTGQRVCSVRSVDGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ALESADGHGGCSAGNDIGPYGERDDQQVFIQKVVPSASQLFVRLSSTGQRVCSVRSVDGS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE4 PTTAFTVLECEGSRRLGSRPRRYLLTGQANGSLAMWDLTTAMDGLGQAPAGGLTEQELME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PTTAFTVLECEGSRRLGSRPRRYLLTGQANGSLAMWDLTTAMDGLGQAPAGGLTEQELME
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE4 QLEHCELAPPAPSAPSWGCLPSPSPRISLTSLHSASSNTSLSGHRGSPSPPQAEARRRGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QLEHCELAPPAPSAPSWGCLPSPSPRISLTSLHSASSNTSLSGHRGSPSPPQAEARRRGG
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       
pF1KE4 GSFVERCQELVRSGPDLRRPPTPAPWPSSGLGTPLTPPKMKLNETSF
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GSFVERCQELVRSGPDLRRPPTPAPWPSSGLGTPLTPPKMKLNETSF
              670       680       690       700       

>>CCDS1515.1 KCTD3 gene_id:51133|Hs108|chr1               (815 aa)
 initn: 2817 init1: 2101 opt: 2795  Z-score: 2395.1  bits: 453.9 E(32554): 4.4e-127
Smith-Waterman score: 2810; 65.9% identity (83.3% similar) in 657 aa overlap (18-657:17-661)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MAAAATAAEGVPSRGPPGEVIHLNVGGKRFSTSRQTLTWIPDSFFSSLLSGRISTLKDET
                        ::...::::: ::::::::: ::::::::::::::::::.:::
CCDS15  MAGGHCGSFPAAAAGSGEIVQLNVGGTRFSTSRQTLMWIPDSFFSSLLSGRISTLRDET
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 GAIFIDRDPTVFAPILNFLRTKELDPRGVHGSSLLHEAQFYGLTPLVRRLQLREELDRSS
       :::::::::..:::::::::::::: :::  . : :::.:::.::::::: : :::.:::
CCDS15 GAIFIDRDPAAFAPILNFLRTKELDLRGVSINVLRHEAEFYGITPLVRRLLLCEELERSS
      60        70        80        90       100       110         

              130       140         150       160       170        
pF1KE4 CGNVLFNGYLPPPVFPVKRRNR--HSLVGPQQLGGRPAPVRRSNTMPPNLGNAGLLGRML
       ::.:::.:::::: .: .. :   .:  . . :..  . .: ..:.:   :..    :. 
CCDS15 CGSVLFHGYLPPPGIPSRKINNTVRSADSRNGLNSTEGEARGNGTQPVLSGTGEETVRL-
     120       130       140       150       160       170         

      180       190       200       210       220       230        
pF1KE4 DEKTPPSPSGQPEEPGMVRLVCGHHNWIAVAYTQFLVCYRLKEASGWQLVFSSPRLDWPI
                : : .:  : .: ::::::..::..: ::::.::.:::: ::.:: ::: :
CCDS15 ---------GFPVDPRKVLIVAGHHNWIVAAYAHFAVCYRIKESSGWQQVFTSPYLDWTI
               180       190       200       210       220         

      240       250       260       270       280       290        
pF1KE4 ERLALTARVHGGALGEHDKMVAAATGSEILLWALQAEGGGSEIGVFHLGVPVEALFFVGN
       ::.::.:.: ::  :..:::::.:. : :.::..:  :.::::::: :::::.::::.::
CCDS15 ERVALNAKVVGGPHGDKDKMVAVASESSIILWSVQDGGSGSEIGVFSLGVPVDALFFIGN
     230       240       250       260       270       280         

      300       310       320       330       340       350        
pF1KE4 QLIATSHTGRIGVWNAVTKHWQVQEVQPITSYDAAGSFLLLGCNNGSIYYVDVQKFPLRM
       ::.::::::..:::::::.:::::.: ::::::.::::::::::::::::.:.:::::::
CCDS15 QLVATSHTGKVGVWNAVTQHWQVQDVVPITSYDTAGSFLLLGCNNGSIYYIDMQKFPLRM
     290       300       310       320       330       340         

      360       370       380       390       400       410        
pF1KE4 KDNDLLVSELYRDPAEDGVTALSVYLTPKTSDSGNWIEIAYGTSSGGVRVIVQHPETVGS
       :::::::.:::.::..:..:::::::::::: ::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS15 KDNDLLVTELYHDPSNDAITALSVYLTPKTSVSGNWIEIAYGTSSGAVRVIVQHPETVGS
     350       360       370       380       390       400         

      420       430       440       450       460       470        
pF1KE4 GPQLFQTFTVHRSPVTKIMLSEKHLISVCADNNHVRTWSVTRFRGMISTQPGSTPLASFK
       :::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS15 GPQLFQTFTVHRSPVTKIMLSEKHLVSVCADNNHVRTWTVTRFRGMISTQPGSTPLASFK
     410       420       430       440       450       460         

      480       490       500       510       520       530        
pF1KE4 ILALESADGHGGCSAGNDIGPYGERDDQQVFIQKVVPSASQLFVRLSSTGQRVCSVRSVD
       ::.:: ...::. :.::::::.::::::::::::::: ...:::::::::.:.: ...::
CCDS15 ILSLEETESHGSYSSGNDIGPFGERDDQQVFIQKVVPITNKLFVRLSSTGKRICEIQAVD
     470       480       490       500       510       520         

      540       550       560       570       580          590     
pF1KE4 GSPTTAFTVLECEGSRRLGSRPRRYLLTGQANGSLAMWDLTTAMDGLGQAP---AGGLTE
        .  ..::: ::::: :.::::::::.::..:::. ::::::::: ....    .:: ::
CCDS15 CTTISSFTVRECEGSSRMGSRPRRYLFTGHTNGSIQMWDLTTAMDMVNKSEDKDVGGPTE
     530       540       550       560       570       580         

         600       610           620       630               640   
pF1KE4 QELMEQLEHCELAPP---APS-APSWGCLPSPSPRISLTSL--------HSASSNTSLSG
       .::.. :..:.:.     .:. .:. . .     : : .::        : :..  :.  
CCDS15 EELLKLLDQCDLSTSRCATPNISPATSVVQHSHLRESNSSLQLQHHDTTHEAATYGSMRP
     590       600       610       620       630       640         

           650       660       670       680       690       700   
pF1KE4 HRGSPSPPQAEARRRGGGSFVERCQELVRSGPDLRRPPTPAPWPSSGLGTPLTPPKMKLN
       .:   ::  :.:::                                              
CCDS15 YR--ESPLLARARRTESFHSYRDFQTINLNRNVERAVPENGNLGPIQAEVKGATGECNIS
     650         660       670       680       690       700       




707 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sun Nov  6 01:30:57 2016 done: Sun Nov  6 01:30:57 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]