Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4192
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4192, 693 aa
1>>>pF1KE4192 693 - 693 aa - 693 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4339+/-0.00112; mu= 13.3048+/- 0.067
mean_var=65.6751+/-13.441, 0's: 0 Z-trim(101.0): 29 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.158261
statistics sampled from 6342 (6356) to 6342 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.54), E-opt: 0.2 (0.195), width: 16
Scan time: 3.360
The best scores are: opt bits E(32554)
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>>CCDS34355.1 ZBED9 gene_id:114821|Hs108|chr6 (1325 aa)
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Smith-Waterman score: 1457; 37.5% identity (69.6% similar) in 645 aa overlap (64-693:683-1325)
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 LPMDLLLKQGSLKQEVESFCYQIVSESNDQKVGILQSEDKQLQPSVSKK---SEGELSRV
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CCDS34 RNVNNRSYPEEGKTKRVHASFTRKYDPSYIEFGFVAVIDGEVLKPQCIICGDVLANEAMK
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CCDS34 PSKLKRHLYSKHKEISSQPKEFFERK-SSELKSQPKQVFNVSHINISALRASYKVALPVA
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CCDS34 QIKLAKYFSLQLDECRDIANMIILLVYVRFEHDDDIKEEFFFSASLPTNTTSSELYEAVK
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pF1KE4 SFM-QKHEIEWEKCVDVCSDASRAVDGKIAEAVTLIKYVAPESTSSHCLLYRHALAVKIM
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CCDS34 NYIVNKCGLEFKFCVGVCSDGAASMTGKHSEVVTQIKELAPECKTTHCFIHRESLAMKKI
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CCDS34 SAELNSVLNDIVKIVNYIKSNSLNSRLFSLLCDNMEADHKQLLLHAEIRWLSRGKVLSRM
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CCDS34 FEIRNELLVFLQGKKPMWSQLFKDVNWTARLAYLSDIFSIFNDLNASMQGKNATYFSMAD
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pF1KE4 KMSSLLRKLEFWASSVEEENFDCFPTLSDFLTEINSTVD-KDICSAIVQHLRGLRATLLK
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CCDS34 KVEGQKQKLEAWKNRISTDCYDMFHNLTTIINEVGNDLDIAHLRKVISEHLTNLLECFEF
1140 1150 1160 1170 1180 1190
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pF1KE4 YFPVTND---NNAWVRNPFTVTVKPASLVARDYESLIDLTSDSQVKQNFSEL-SLNDFWS
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CCDS34 YFPSKEDPRIGNLWIQNPFLSSKDNLNLTVTLQDKLLKLATDEGLKISFENTASLPSFWI
1200 1210 1220 1230 1240 1250
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pF1KE4 SLIQEYPSIARRAVRVLLPFATMHLCETGFSYYAATKTKYRKRLDAAPHMRIRLSNITPN
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CCDS34 KAKNDYPELAEIALKLLLLFPSTYLCETGFSTLSVIKTKHRNSLNIHYPLRVALSSIQPR
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pF1KE4 IKRICDKKTQKHCSH
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CCDS34 LDKLTSKK-QAHLSH
1320
>>CCDS387.2 ZMYM6 gene_id:9204|Hs108|chr1 (1325 aa)
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Smith-Waterman score: 1260; 32.2% identity (70.6% similar) in 636 aa overlap (67-686:696-1324)
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 DLLLKQGSLKQEVESFCYQIVSESNDQKVGILQSEDKQLQPSVSKKSEGELSRVKFISNS
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CCDS38 STQEDAMKFPSSQSSQPSRLLKNKGISCKPVTQTKATSCKPHTQHK-ECQ-TDLPMPNEK
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pF1KE4 NKITFSKKPKRRK-------YDESYLSFGFTYF-GNRDA-PHAQCVLCKKILSNSSLAPS
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CCDS38 NDAELDSPPSKKKRLGFFQTYDTEYLKVGFIICPGSKESSPRPQCVICGEILSSENMKPA
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pF1KE4 KLRRHLETKHAAYKDKDISFFKQHLDSPENNKPPTPKIVNTDNESATEASYNVSYHIALS
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CCDS38 NLSHHLKTKHSELENKPVDFFEQKSLEMECQNSSLKKCLLVE-KSLVKASYLIAFQTAAS
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pF1KE4 GEAHTIGELLIKPCAKDVVMRMFDEQYSKKIDAVQLSNSTVARRIKDLAADIEEELVCRL
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CCDS38 KKPFSIAEELIKPYLVEMCSEVLGSSAGDKMKTIPLSNVTIQHRIDELSADIEDQLIQKV
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CCDS38 RESKWFALQIDESSEISNITLLLCYIRFIDYDCRDVKEELLFCIEMPTQITGFEIFELIN
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pF1KE4 SFMQKHEIEWEKCVDVCSDASRAVDGKIAEAVTLIKYVAPESTS-SHCLLYRHALAVKIM
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CCDS38 KYIDSKSLNWKHCVGLCTDGAASMTGRYSGLKAKIQEVAMNTAAFTHCFIHRERLVAEKL
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CCDS38 SPCLHKILLQSAQILSFIKSNALNSRMLTILCEEMGSEHVSLPLHAEVRWISRGRMLKRL
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CCDS38 FELRHEIEIFLSQKHSDLAKYFHDEEWVGKLAYLSDIFSLINELNLSLQGTLTTFFNLCN
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CCDS38 KIDVFKRKLKMWLKRTQENDYDMFPSFSEF-SNSSGLNMTDITRIIFEHLEGLSQVFSDC
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CCDS38 FPPEQDLRSGNLWIIHPF-MNHQNNNLTDFEEEKLTELSSDLGLQALFKSVSVTQFWINA
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630 640 650 660 670 680
pF1KE4 IQEYPSIARRAVRVLLPFATMHLCETGFSYYAATKTKYRKRLDAAPHMRIRLSNITPNIK
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CCDS38 KTSYPELHERAMKFLLPFSTVYLCDAAFS--ALTESKQKNLLGSGPALRLAVTSLIPRIE
1270 1280 1290 1300 1310
690
pF1KE4 RICDKKTQKHCSH
.. .:
CCDS38 KLVKEKE
1320
>>CCDS34283.1 ZBED8 gene_id:63920|Hs108|chr5 (594 aa)
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pF1KE4 QPSVSKKSEGELSRVKFISNSNKITFSKKPKRRKYDESYLSFGFTYFGNRDAPH-AQCVL
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CCDS34 MSKKRKWDDDYVRYWFTCTTEVDGTQRPQCVL
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pF1KE4 CKKILSNSSLAPSKLRRHLETKHAAYKDKDISFFKQHLDSPENNKPPTPKI-VNTDNESA
:....::..: :::: :.. .:.. .:.. .: :. .: ... . : . ...
CCDS34 CNSVFSNADLRPSKLSDHFNRQHGGVAGHDLNSLK-HMPAPSDQSETLKAFGVASHEDTL
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pF1KE4 TEASYNVSYHIALSGEAHTIGELLIKPCAKDVVMRMFDEQYSKKIDAVQLSNSTVARRIK
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CCDS34 LQASYQFAYLCAKEKNPHTVAEKLVKPCALEIAQIVLGPDAQKKLQQVPLSDDVIHSRID
100 110 120 130 140 150
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pF1KE4 DLAADIEEELVCRLKICD-GFSLQLDESADVSGLAVLLVFVRYRFNKSIEEDLLLCESLQ
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CCDS34 EMSQDILQQVLEDIKASPLKVGIQLAETTDMDDCSQLMAFVRYIKEREIVEEFLFCEPLQ
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CCDS34 LSMKGIDVFNLFRDFFLKHKIALDVCGSVCTDGASSMLGENSEFVAYVKKEIPHIVVTHC
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CCDS34 RWLSRGQILTHIFEMYEEINQFLHHKSSNLVDGFENKEFKIHLAYLADLFKHLNELSASM
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CCDS34 QRTGMNTVSAREKLSAFVRKFPFWQKRIEKRNFTNFPFLEEIIVSDNEGIF--IAAEITL
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CCDS34 HLQQLSNFFHGYFSIGDLNEASKWILDPFLFNI---DFVDDSYLMKNDLAELRASGQILM
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pF1KE4 NFSELSLNDFWSSLIQEYPSIARRAVRVLLPFATMHLCETGFSYYAATKTKYRKRLDAAP
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CCDS34 EFETMKLEDFWCAQFTAFPNLAKTALEILMPFATTYLCELGFSSLLHFKTKSRSCFNLSD
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pF1KE4 HMRIRLSNITPNIKRICDKKTQKHCSH
.:. .:. .: .. : ..: :
CCDS34 DIRVAISKKVPRFSDIIEQKLQLQQKSL
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>>CCDS47028.1 FAM200B gene_id:285550|Hs108|chr4 (657 aa)
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Smith-Waterman score: 1204; 32.9% identity (67.4% similar) in 675 aa overlap (36-688:1-655)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 LCILSYNFNTFAILNVYSKLTMFCTTNSLPMDLLLKQGSLKQEVESFCYQIVSESNDQKV
:: .. . . ..::. : . :.. .
CCDS47 MDHFFIKRKRNSEVK---YTEACSSSSVES
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::..:.. . :.....:. :.: . :.:: . :.:.:.::..::
CCDS47 GIVNSDN------IEKNTDSNLQT----STSFEPHFKKKKVSARRYNEDYLKYGFIKCEK
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: : : : :::.:..::.: :: ::::.:::::.:: :: . .:... .. :
CCDS47 PFEN-DRP--QCVICNNILANESLKPSKLKRHLETQHAELIDKPLEYFQRK---KKDIKL
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: . . .:.: .:: :.:..: :.: .: .: : :.: .::.. . :.
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.. ...::. :: .: .: :. ::. :..:::::.:... ..:::.::: ..
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CCDS47 KKLLEVTNNGAVWNHCFIHREGLASREIPQNLMEVLKNAVKVVNFIKGSSLNSRLLETFC
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CCDS47 SEIGTNHTHLLYHTKIRWLSQGKILSRVYELRNEIHFFLIEKKSHLASIFEDDTWVTKLA
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::.:::. :::..:..:::: :: ...... . : .: .. . .. :: . .
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. : :: .. :.: :. :: .: :. ..:: : .:.::..::. ..
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.:: .. . :..:.:. .:... :::. :: .. ...: ..:..: .::::.: :
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CCDS47 CELGFSILTQLKTKERNGLNCAAVMRVALSSCVPDWNELMNRQAHPS
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>>CCDS5668.1 FAM200A gene_id:221786|Hs108|chr7 (573 aa)
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140 150 160 170 180 190
pF1KE4 LSNSSLAPSKLRRHLETKHAAYKDKDISFFKQHLDSPENNKPPTPKIVN---TDNESATE
..:... .:. .:.... : :: :
CCDS56 PESRDTTDLSPGGTQEMEGIVIVKVEEEDEEDHFQKERNKVESSPQVLSRSTTMNERALL
10 20 30 40 50 60
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 ASYNVSYHIALSGEAHTIGELLIKPCAKDVVMRMFDEQYSKKIDAVQLSNSTVARRIKDL
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CCDS56 SSYLVAYRVAKEKMAHTAAEKIILPACMDMVRTIFDDKSADKLRTIPLSDNTISRRICTI
70 80 90 100 110 120
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 AADIEEELVCRLKICDGFSLQLDESADVSGLAVLLVFVRYRFNKSIEEDLLLCESLQSNA
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CCDS56 AKHLEAMLITRLQSGIDFAIQLDESTDIASCPTLLVYVRYVWQDDFVEDLLCCLNLNSHI
130 140 150 160 170 180
320 330 340 350 360 370
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:: ..:. . : .. .....:..: . ::.. . :: .. . :.. . ... .::.
CCDS56 TGLDLFTELENCLLGQYKLNWKHCKGISSDGTANMTGKHSRLTEKLLEATHNNAVWNHCF
190 200 210 220 230 240
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..:.::. : . :: .:: .::. .:.::. .::::.:.: :.:..:: ::..::::
CCDS56 IHREALVSKEISPSLMDVLKNAVKTVNFIKGSSLNSRLLEIFCSEIGVNHTHLLFHTEVR
250 260 270 280 290 300
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CCDS56 WLSQGKVLSRVYELRNEIYIFLVEKQSHLANIFEDDIWVTKLAYLSDIFGILNELSLKMQ
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500 510 520 530 540
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::: .: .... .. . : .: . .. . .. :::: . . : :: :.:
CCDS56 GKNNDIFQYLEHILGFQKTLLLWQARLKSNRPSYYMFPTLLQHIEENIINEDCLKEIKLE
370 380 390 400 410 420
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:. :: .: :. ::: . .: :...::. .: :.. . : :..:.
CCDS56 ILLHLTSLSQTFNYYFPEEKFESLKENIWMKDPFAFQ-NPESIIELNLEPEEENELLQLS
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:. .:. .. :::. :: .. ...: ..:... .::::.: .::: ::: . ::: :
CCDS56 SSFTLKNYYKILSLSAFWIKIKDDFPLLSRKSILLLLPFTTTYLCELGFSILTRLKTKKR
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.::..:: ::. ::. .:. :.. .. : : ::
CCDS56 NRLNSAPDMRVALSSCVPDWKELMNR--QAHPSH
550 560 570
>>CCDS5576.1 GTF2IRD2 gene_id:84163|Hs108|chr7 (949 aa)
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230 240 250 260 270 280
pF1KE4 AKDVVMRMFDEQYSKKIDAVQLSNSTVARRIKDLAADIEEELVCRLKICDGFSLQLDESA
..:::... :.: ... ..:. .:: .
CCDS55 YLLGSSDTECPEQKQVFANPSPTQKSPVQPVEDLAGNLWEKLREKIRSFVAYSIAIDEIT
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pF1KE4 DVSGLAVLLVFVR-YRFNKSIEEDLLLCESLQSNATGEEIFNCINSFMQKHEIEWEKCVD
:... . : .:.: : .. :.:: . .. .:.:::. ... ... :.: : :.
CCDS55 DINNTTQLAIFIRGVDENFDVSEELLDTVPMTGTKSGNEIFSRVEKSLKNFCIDWSKLVS
560 570 580 590 600 610
350 360 370 380 390
pF1KE4 VCSDASRA-VDGKIAEAVTLIKYVAP-----ESTSSHCLLYRHALAVKIMPTSLKNVLDQ
: : .. : ::.. . .. : . :: : : :... ..: .. . .. .:.:
CCDS55 VASTGTPAMVDANNGLVTKLKSRVATFCKGAELKSICCIIHPESLCAQKL--KMDHVMDV
620 630 640 650 660 670
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 AVQIINYIKARPHQSRLLKILCEEMGAQHTALLLNTEVRWLSRGKVLVRLFELRRELLVF
.:. .:.: .: . . : :. .:. .:: ::..::::: :: :.:: .:. :
CCDS55 VVKSVNWICSRGLNHSEFTTLLYELDSQYGSLLYYTEIKWLSRGLVLKRFFESLEEIDSF
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460 470 480 490 500 510
pF1KE4 MDSAFRLSDCLTNSSWLLRLAYLADIFTKLNEVNLSMQGKNVTVFTVFDKMSSLLRKLEF
:.: . :.. .:. ::.:.:. .:: .:.:.::.. : ..: . ..: :: .
CCDS55 MSSRGKPLPQLSSIDWIRDLAFLVDMTMHLNALNISLQGHSQIVTQMYDLIRAFLAKLCL
740 750 760 770 780 790
520 530 540 550 560 570
pF1KE4 WASSVEEENFDCFPTLSDFLTEINSTVDKDICSAI--VQHLRGLRATLLKYFPVTNDNNA
: . . ..:. :::: .. : ..: . : . .:. :. : . ... .
CCDS55 WETHLTRNNLAHFPTL-----KLASRNESDGLNYIPKIAELQTEFQKRLSDFKLYESELT
800 810 820 830 840
580 590 600 610 620 630
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.::.. . :. . .::: .. .: ....... .:.. : ::. .. .
CCDS55 LFSSPFSTKID--SVHEELQMEVIDLQCNTVLKTKYDKVGIPEFYKYLWGSYPKYKHHCA
850 860 870 880 890 900
640 650 660 670 680 690
pF1KE4 RVLLPFATMHLCETGFSYYAATKTKYRKRLDAAPHMRIRLSNITPNIKRICDKKTQKHCS
..: :.. ..:: :: . .:::: ..:
CCDS55 KILSMFGSTYICEQLFSIMKLSKTKYCSQLKDSQWDSVLHIAT
910 920 930 940
>>CCDS34659.1 GTF2IRD2B gene_id:389524|Hs108|chr7 (949 aa)
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230 240 250 260 270 280
pF1KE4 AKDVVMRMFDEQYSKKIDAVQLSNSTVARRIKDLAADIEEELVCRLKICDGFSLQLDESA
..:::... :.: ... ..:. .:: .
CCDS34 YLLGSSDTECPEQKQVFANPSPTQKSPVQPVEDLAGNLWEKLREKIRSFVAYSIAIDEIT
500 510 520 530 540 550
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 DVSGLAVLLVFVR-YRFNKSIEEDLLLCESLQSNATGEEIFNCINSFMQKHEIEWEKCVD
:... . : .:.: : .. :.:: . .. .:.::: ... ..: :.: . :.
CCDS34 DINNTTQLAIFIRGVDENFDVSEELLDTVPMTGTKSGNEIFLRVEKSLKKFCINWSRLVS
560 570 580 590 600 610
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pF1KE4 VCSDASRA-VDGKIAEAVTLIKYVAP-----ESTSSHCLLYRHALAVKIMPTSLKNVLDQ
: : .. : ::.. . .. : . :: : : :... ..: .. . .. .:.:
CCDS34 VASTGTPAMVDANNGLVTKLKSRVATFCKGAELKSICCIIHPESLCAQKL--KMDHVMDV
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.:. .:.: .: . . : :. .:. .:: ::..::::: :: :.:: .:. :
CCDS34 VVKSVNWICSRGLNHSEFTTLLYELDSQYGSLLYYTEIKWLSRGLVLKRFFESLEEIDSF
680 690 700 710 720 730
460 470 480 490 500 510
pF1KE4 MDSAFRLSDCLTNSSWLLRLAYLADIFTKLNEVNLSMQGKNVTVFTVFDKMSSLLRKLEF
:.: . :.. .:. ::.:.:. .:: .:.:.::.. : ..: . ..: :: .
CCDS34 MSSRGKPLPQLSSIDWIRDLAFLVDMTMHLNALNISLQGHSQIVTQMYDLIRAFLAKLCL
740 750 760 770 780 790
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pF1KE4 WASSVEEENFDCFPTLSDFLTEINSTVDKDICSAIVQHLRGLRATLLKYFPVTNDNNAWV
: . . ..:. ::::. :. : . . :.. :. :. : . ... .
CCDS34 WETHLTRNNLAHFPTLK--LVSRNESDGLNYIPKIAE-LKTEFQKRLSDFKLYESELTLF
800 810 820 830 840 850
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pF1KE4 RNPFTVTVKPASLVARDYESLIDLTSDSQVKQNFSELSLNDFWSSLIQEYPSIARRAVRV
.::.. . :. . .::: .. .: ....... .:.. : ::. .. ...
CCDS34 SSPFSTKID--SVHEELQMEVIDLQCNTVLKTKYDKVGIPEFYKYLWGSYPKYKHHCAKI
860 870 880 890 900
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pF1KE4 LLPFATMHLCETGFSYYAATKTKYRKRLDAAPHMRIRLSNITPNIKRICDKKTQKHCSH
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CCDS34 LSMFGSTYICEQLFSIMKLSKTKYCSQLKDSQWDSVLHIAT
910 920 930 940
>>CCDS46790.1 EPM2AIP1 gene_id:9852|Hs108|chr3 (607 aa)
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CCDS46 RSKMEVDEALVFRPEWTQRYLVVEPPEGDGALCLVCRRLIVATR--ERDVRRHYEAEHE-
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: .. .. .. . . : : .: :..:. .. .::.:.. :... .
CCDS46 YYERYVADGERAALVERLRQGDLPVASFTPEERAARAGLGLCRLLALKGRGWGEGDFVYQ
70 80 90 100 110 120
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: .:..: .. . ...:.:: . . .:: .. .....: : . ..:: ::.
CCDS46 -CM-EVLLREVLPEHVSVLQGVDLSPDITRQRILSIDRNLRNQLFNRARDFKAYSLALDD
130 140 150 160 170 180
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.: :. ::::.: . ..:::: .: . . ... : .: . ..
CCDS46 QAFVAYENYLLVFIRGVGPELEVQEDLLTIINLTHHFSVGALMSAILESLQTAGLSLQRM
190 200 210 220 230 240
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pF1KE4 VDVCSDASRAVDGKIAEAVTLIKYVAPESTSSHC---LLYRHALAVKIMPT---SLKNVL
: . . . . :.: :..:. ...: .: . : : .... . ......
CCDS46 VGLTTTHTLRM---IGENSGLVSYMREKAVSPNCWNVIHYSGFLHLELLSSYDVDVNQII
250 260 270 280 290
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pF1KE4 DQAVQIINYIKAR----PHQSRLLKILCEEMGAQHTALLLNTEVRWLSRGKVLVRLFELR
. . : ::.: :. . :: : : . .. ::. :: :::.: .: ::
CCDS46 NTISEWIVLIKTRGVRRPEFQTLLTESESEHGERVNGRCLNN---WLRRGKTLKLIFSLR
300 310 320 330 340 350
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pF1KE4 RELLVFMDSAFRLSDCLTNSSWLLRLAYLADIFTKLNEVNLSMQGKNVTVFTVFDKMSSL
.:. .:. :. . .....:: ...:.::. .: :.. .. ..: . ..::.. ..
CCDS46 KEMEAFLVSVGATTVHFSDKQWLCDFGFLVDIMEHLRELSEELRVSKVFAAAAFDHICTF
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::... .::.:. ::.: . . :... : : . .. .:. .
CCDS46 EVKLNLFQRHIEEKNLTDFPALREVVDELKQQNKEDEKIFDPDRYQMVICRLQKEFERHF
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CCDS46 KDLRFIKKDLELFSNPFNFKPEYAPISVR--VELTKLQANTNLWNEYRIKDLGQFYAGLS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]