FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4157, 597 aa
1>>>pF1KE4157 597 - 597 aa - 597 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8501+/-0.00105; mu= 15.5025+/- 0.063
mean_var=74.1701+/-15.017, 0's: 0 Z-trim(103.4): 156 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.148922
statistics sampled from 7216 (7385) to 7216 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.59), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 3.350
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS55480.1 KLHL13 gene_id:90293|Hs108|chrX ( 658) 679 156.0 1.4e-37
CCDS34478.1 KLHL31 gene_id:401265|Hs108|chr6 ( 634) 677 155.5 1.9e-37
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CCDS30702.1 IPP gene_id:3652|Hs108|chr1 ( 584) 440 104.6 3.7e-22
CCDS53882.1 KLHL33 gene_id:123103|Hs108|chr14 ( 533) 422 100.7 5e-21
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CCDS6599.1 CCIN gene_id:881|Hs108|chr9 ( 588) 390 93.8 6.4e-19
CCDS11411.1 KLHL11 gene_id:55175|Hs108|chr17 ( 708) 390 93.9 7.6e-19
>>CCDS10935.1 GAN gene_id:8139|Hs108|chr16 (597 aa)
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Smith-Waterman score: 4047; 100.0% identity (100.0% similar) in 597 aa overlap (1-597:1-597)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YNPPKDDGSTYKIELEGISVMVMREILDYIFSGQIRLNEDTIQDVVQAADLLLLTDLKTL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CCEFLEGCIAAENCIGIRDFALHYCLHHVHYLATEYLETHFRDVSSTEEFLELSPQKLKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VISLEKLNVGNERYVFEAVIRWIAHDTEIRKVHMKDVMSALWVSGLDSSYLREQMLNEPL
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250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VREIVKECSNIPLSQPQQGEAMLANFKPRGYSECIVTVGGEERVSRKPTAAMRCMCPLYD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PNRQLWIELAPLSMPRINHGVLSAEGFLFVFGGQDENKQTLSSGEKYDPDANTWTALPPM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NEARHNFGIVEIDGMLYILGGEDGEKELISMECYDIYSKTWTKQPDLTMVRKIGCYAAMK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KKIYAMGGGSYGKLFESVECYDPRTQQWTAICPLKERRFGAVACGVAMELYVFGGVRSRE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DAQGSEMVTCKSEFYHDEFKRWIYLNDQNLCIPASSSFVYGAVPIGASIYVIGDLDTGTN
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YDYVREFKRSTGTWHHTKPLLPSDLRRTGCAALRIANCKLFRLQLQQGLFRIRVHSP
550 560 570 580 590
>>CCDS34094.1 KLHL2 gene_id:11275|Hs108|chr4 (593 aa)
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10 20 30
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.: : . ..... .: .. .::. .: .
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10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 EEIPVQKNILAAASPYIRTKLNYNPPKDDGSTYKIELEGISVMVMREILDYIFSGQIRLN
:: ... .::: :::... .. ... . ..... .. ..: ..::.....:...
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70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 EDTIQDVVQAADLLLLTDLKTLCCEFLEGCIAAENCIGIRDFA-LHYCLHHVHYLATEYL
:...: .. :: :: : :.: ::::::. . ::.::: :: .: : .. :. :
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130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 ETHFRDVSSTEEFLELSPQKLKEVISLEKLNVGNERYVFEAVIRWIAHDTEIRKVHMKDV
: :: :: .::::.:. ... .:: .::....:. :::::: :. :: ..:. : .
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220 230 240 250 260
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: . . : :: ... .: ::.. . :.. . : . . .. . .
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270 280 290 300 310 320
pF1KE4 -PRGYSECIVTVGGEERVSRKPTAAMRCMCPLYDPNRQLWIELAPLSMPRINHGVLSAEG
: . . .:.:::. : : : :: ... : ..: : : :.. :
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..:. :: . .. . . ..::: . ::.. : . : ..: . ..:.:: .:: ::
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390 400 410 420 430 440
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: :.: :.: :. : . .. :. ... .::.:: :. . . .::::.
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:..:: : .. :: :: . :: .: :. :: . . .: . : : . :
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. :.:.: . :. ... .::.: : . : :. .. .: :
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570 580 590
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CCDS34 GRSYAGVTVIDKPL
580 590
>>CCDS54815.1 KLHL2 gene_id:11275|Hs108|chr4 (597 aa)
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Smith-Waterman score: 855; 28.5% identity (59.2% similar) in 561 aa overlap (9-554:39-574)
10 20 30
pF1KE4 MAEGSAVSDPQHAARLLRALSSFREESRFCDAHLVLDG
.: : . ..... .: .. .::. .: .
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10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 EEIPVQKNILAAASPYIRTKLNYNPPKDDGSTYKIELEGISVMVMREILDYIFSGQIRLN
:: ... .::: :::... .. ... . ..... .. ..: ..::.....:...
CCDS54 MEISAHRVVLAACSPYFHA--MFTGEMSESRAKRVRIKEVDGWTLRMLIDYVYTAEIQVT
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 EDTIQDVVQAADLLLLTDLKTLCCEFLEGCIAAENCIGIRDFA-LHYCLHHVHYLATEYL
:...: .. :: :: : :.: ::::::. . ::.::: :: .: : .. :. :
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160 170 180 190 200 210
pF1KE4 ETHFRDVSSTEEFLELSPQKLKEVISLEKLNVGNERYVFEAVIRWIAHDTEIRKVHMKDV
: :: :: .::::.:. ... .:: .::....:. :::::: :. :: ..:. : .
CCDS54 EQHFADVVLSEEFLNLGIEQVCSLISSDKLTISSEEKVFEAVIAWVNHDKDVRQEFMARL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260
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: . . : :: ... .: ::.. . :.. . : . . .. . .
CCDS54 MEHVRLPLLPREYLVQRVEEEALVKN-SSACKDYLIEAMKYHLLPTEQRILMKSVRTRLR
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
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: . . .:.:::. : : : :: ... : ..: : : :.. :
CCDS54 TPMNLPKLMVVVGGQA-----PKAIRSVEC--YDFKEERWHQVAELPSRRCRAGMVYMAG
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..:. :: . .. . . ..::: . ::.. : . : ..: . ..:.:: .:: ::
CCDS54 LVFAVGGFN-GSLRVRTVDSYDPVKDQWTSVANMRDRRSTLGAAVLNGLLYAVGGFDGST
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: :.: :.: :. : . .. :. ... .::.:: :. . . .::::.
CCDS54 GLSSVEAYNIKSNEWFHVAPMNTRRSSVGVGVVGGLLYAVGGYDGASRQCLSTVECYNAT
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:..:: : .. :: :: . :: .: :. :: . . .: . : : . :
CCDS54 TNEWTYIAEMSTRRSGA-GVGVLNNLLYAVGG-------HDGPLVRKSVEVYDPTTNAWR
480 490 500 510 520
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. :.:.: . :. ... .::.: : . : :. .. .: :
CCDS54 QVADMNMCRRNA-----GVCAVNGLLYVVGGDDGSCNLASVEYYNPTTDKWTVVSSCMST
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570 580 590
pF1KE4 DLRRTGCAALRIANCKLFRLQLQQGLFRIRVHSP
CCDS54 GRSYAGVTVIDKPL
590
>>CCDS54756.1 KLHL5 gene_id:51088|Hs108|chr4 (568 aa)
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Smith-Waterman score: 796; 26.2% identity (60.9% similar) in 573 aa overlap (12-575:15-566)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MAEGSAVSDPQHAARLLRALSSFREESRFCDAHLVLDGEEIPVQKNILAAASPYIRT
:: . .. . .. .....::. :: ..::... .:...: :. .
CCDS54 MEPCTSDEFFQALNHAEQTFKKMENYLRHKQLCDVILVAGDRRIPAHRLVLSSVSDYFAA
10 20 30 40 50 60
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.. : .. . .:..::. . ...: ..:...:.::.:. ....: :: :...
CCDS54 MFT-NDVRE-ARQEEIKMEGVEPNSLWSLIQYAYTGRLELKEDNIECLLSTACLLQLSQV
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120 130 140 150 160 170
pF1KE4 KTLCCEFLEGCIAAENCIGIRDFALHYCLHHVHYLATEYLETHFRDVSSTEEFLELSPQK
::.:: . ::.:::.:: .: .: .: :: .: ..::. : ..
CCDS54 VEACCKFLMKQLHPSNCLGIRSFADAQGCTDLHKVAHNYTMEHFMEVIRNQEFVLLPASE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 LKEVISLEKLNVGNERYVFEAVIRWIAHDTEIRKVHMKDVMSALWVSGLDSSYLREQMLN
. .... . .:. ::. ...:.. :. :: : :. .. ... . . : ..: . : :
CCDS54 IAKLLASDDMNIPNEETILNALLTWVRHDLEQRRKDLSKLLAYIRLPLLAPQFLAD-MEN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE4 EPLVREIVKECSNIPLSQ------PQQGEAMLAN--FKPRGYSE-CIVTVGGEERVSRKP
. : :. . ::... . :.. . :: . ::: . . .::: . : :
CCDS54 NVLFRDDI-ECQKLIMEAMKYHLLPER-RPMLQSPRTKPRKSTVGTLFAVGGMD--STKG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 TAAMRCMCPLYDPNRQLWIELAPLSMPRINHGVLSAEGFLFVFGGQDENKQTLSSGEKYD
..... :: ..: .: .. :.. :: . :.: ::.: . .::.. : :.
CCDS54 ATSIE----KYDLRTNMWTPVANMNGRRLQFGVAVLDDKLYVVGGRD-GLKTLNTVECYN
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: ..::...:::. ::..:.. ..: .: .::.:: . : ..: .: .. :. ..
CCDS54 PKTKTWSVMPPMSTHRHGLGVAVLEGPMYAVGGHDGWSYLNTVERWDPQARQWNFVATMS
350 360 370 380 390 400
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pF1KE4 MVRKIGCYAAMKKKIYAMGGGSYGKLFESVECYDPRTQQWTAICPLKERRFGAVACGVAM
:. :... :.::.:: . .. ..::::.::.:..:: ...:: :. .
CCDS54 TPRSTVGVAVLSGKLYAVGGRDGSSCLKSVECFDPHTNKWTLCAQMSKRRGGVGVTTWNG
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pF1KE4 ELYVFGGVRSREDAQGSEMVTCKSEFYHDEFKRWIYLNDQNLCIPASSSFVYGAVPIGAS
::..:: . . :.. : : : . : . .... : :. .: .
CCDS54 LLYAIGGHDAPASNLTSRLSDC-VERYDPKTDMWTAVASMSISRDA-----VGVCLLGDK
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pF1KE4 IYVIGDLDTGTNYDYVREFKRSTGTWHHTKPLLPSDLRRTGCAALRIANCKLFRLQLQQG
.:..: : . . :. . .:. : .. :: : :.: .. .
CCDS54 LYAVGGYDGQAYLNTVEAYDPQTNEWTQVAPLC---LGRAGACVVTVKL
530 540 550 560
590
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:... .:...: :. . .. : .. . .:..::. . ...: ..:...:.::.
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:. ....: :: :... ::.:: . ::.:::.:: .: .: .: ::
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.: ..::. : ... .... . .:. ::. ...:.. :. :: : :. .. ... .
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. : ..: . : :. : :. . ::... . :.. . :: . ::: .
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. .::: . : : ..... :: ..: .: .. :.. :: . :.: :
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:.: . .::.. : :.: ..::...:::. ::..:.. ..: .: .::.:: . : ..:
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.: .. :. .. :. :... :.::.:: . .. ..::::.::.:..::
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...:: :. . ::..:: . . :.. : : : . : . ....
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: :. .: ..:..: : . . :. . .:. : .. :: : :.: .
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. .
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pF1KE4 MAEGSAVSDPQHAARLLRALSSFREESRFCDAHLVLDGEEI
:: . .. . .. .....::. :: ..:
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. .::: . : : ..... :: ..: .: .. :.. :: . :.: :
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:.: . .::.. : :.: ..::...:::. ::..:.. ..: .: .::.:: . : ..:
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.: .. :. .. :. :... :.::.:: . .. ..::::.::.:..::
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...:: :. . ::..:: . . :.. : : : . : . ....
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CCDS33 DA-----VGVCLLGDKLYAVGGYDGQAYLNTVEAYDPQTNEWTQVAPLC---LGRAGACV
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. .
CCDS33 VTVKL
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CCDS41 NVQVLLPAASLLQLMDVRQNCCDFLQSQLHPTNCLGIRAFADVHTCTDLLQQ-ANAYAEQ
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CCDS41 HFPEVMLGEEFLSLSLDQVCSLISSDKLTVSSEEKVFEAVISWINYEKETRLEHMAKLME
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. . : .:: . . .: :... . :... . : . . .. : :::
CCDS41 HVRLPLLPRDYLVQTVEEEALIKNN-NTCKDFLIEAMKYHLLPLDQRLLIKNPRTKPRTP
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. . ...:::. : : : :: ... : ..: : : ::. : .
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.. :: . .. . . . :: . ::.. :.: : ..: . .. .:: .:: :: :
CCDS41 YAVGGFN-GSLRVRTVDVYDGVKDQWTSIASMQERRSTLGAAVLNDLLYAVGGFDGSTGL
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:.: :. .. : .. :. .... :.::.:: :. . . .:: :.: :.
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.: . .. :: :: . .. .::. :: . . .: . : : . : .
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CCDS41 TGRSYAGVAVIHKSL
580
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CCDS14 PAHRLVLSAVSDYFAAMFTNDV--LEAKQEEVRMEGVDPNALNSLVQYAYTGVLQLKEDT
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CCDS14 IESLLAAACLLQLTQVIDVCSNFLIKQLHPSNCLGIRSFGDAQGCTELLN-VAHKYTMEH
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: .: ...::: : ....... . .:: .:. .:.:...:..::.. :. .. ..:
CCDS14 FIEVIKNQEFLLLPANEISKLLCSDDINVPDEETIFHALMQWVGHDVQNRQGELGMLLSY
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. . : . : . . .. .. ::... . :.. : . ::: .
CCDS14 IRLPLLPPQLLADLETSSMFTGDL--ECQKLLMEAMKYHLLPERRSMMQSPRTKPRKSTV
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pF1KE4 -CIVTVGGEERVSRKPTAAMRCMCPLYDPNRQLWIELAPLSMPRINHGVLSAEGFLFVFG
. .::: . . : :.... :: . :.... .. :.. :: .. :.: :
CCDS14 GALYAVGGMDAM--KGTTTIEK----YDLRTNSWLHIGTMNGRRLQFGVAVIDNKLYVVG
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:.: . .::.. : ..: .. ::..:::. ::..:.. ..: .: .::.:: . : ..:
CCDS14 GRD-GLKTLNTVECFNPVGKIWTVMPPMSTHRHGLGVATLEGPMYAVGGHDGWSYLNTVE
490 500 510 520 530 540
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pF1KE4 CYDIYSKTWTKQPDLTMVRKIGCYAAMKKKIYAMGGGSYGKLFESVECYDPRTQQWTAIC
.: .. :. ... :. .:...:.::.:: . .. ..:.: .::.:..:.
CCDS14 RWDPEGRQWNYVASMSTPRSTVGVVALNNKLYAIGGRDGSSCLKSMEYFDPHTNKWSLCA
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pF1KE4 PLKERRFGAVACGVAMELYVFGGVRSREDAQGSEMVTCKSEFYHDEFKRWIYLNDQNLCI
:...:: :. . ::: :: . . . :.. : : : . : . : .
CCDS14 PMSKRRGGVGVATYNGFLYVVGGHDAPASNHCSRLSDC-VERYDPKGDSWSTVAP--LSV
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pF1KE4 PASSSFVYGAVPIGASIYVIGDLDTGTNYDYVREFKRSTGTWHHTKPLLPSDLRRTG-CA
: .. : :.: ..::.: : : . :. . . . : : .: .. :.: :.
CCDS14 PRDAVAV---CPLGDKLYVVGGYDGHTYLNTVESYDAQRNEW---KEEVPVNIGRAGACV
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pF1KE4 ALRIANCKLFRLQLQQGLFRIRVHSP
..
CCDS14 VVVKLP
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10 20 30 40
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:: . :: . .. .:...::. :. .:
CCDS14 NIEDSTARLDTQHSEDMNATRSEEQFHVINHAEQTLRKMENYLKEKQLCDVLLIAGHLRI
140 150 160 170 180 190
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CCDS14 PAHRLVLSAVSDYFAAMFTNDVL--EAKQEEVRMEGVDPNALNSLVQYAYTGVLQLKEDT
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