Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4142
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4142, 568 aa
1>>>pF1KE4142 568 - 568 aa - 568 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6630+/-0.000763; mu= 18.0723+/- 0.046
mean_var=84.1146+/-16.614, 0's: 0 Z-trim(109.9): 20 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.139842
statistics sampled from 11227 (11245) to 11227 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.71), E-opt: 0.2 (0.345), width: 16
Scan time: 3.740
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS75796.1 JRK gene_id:8629|Hs108|chr8 ( 568) 3865 789.5 0
CCDS75797.1 JRK gene_id:8629|Hs108|chr8 ( 556) 3588 733.6 1.5e-211
CCDS8308.1 JRKL gene_id:8690|Hs108|chr11 ( 524) 979 207.3 3.9e-53
CCDS3633.1 TIGD2 gene_id:166815|Hs108|chr4 ( 525) 916 194.6 2.6e-49
CCDS10500.1 TIGD7 gene_id:91151|Hs108|chr16 ( 549) 698 150.6 4.7e-36
CCDS2495.1 TIGD1 gene_id:200765|Hs108|chr2 ( 591) 508 112.3 1.7e-24
CCDS4301.1 TIGD6 gene_id:81789|Hs108|chr5 ( 521) 459 102.4 1.5e-21
CCDS34079.1 TIGD4 gene_id:201798|Hs108|chr4 ( 512) 430 96.5 8.5e-20
>>CCDS75796.1 JRK gene_id:8629|Hs108|chr8 (568 aa)
initn: 3865 init1: 3865 opt: 3865 Z-score: 4213.6 bits: 789.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3865; 99.8% identity (99.8% similar) in 568 aa overlap (1-568:1-568)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MASKPAAGKSRGEKRKRVVLTLKEKIDICTRLEKGESRKALMQEYNVGMSTLYDIRAHKA
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CCDS75 MASKPAAGKSRGEKRKRVVLTLKEKIDICTRLEKGESRKALMQEYNVGMSTLYDIRAHKA
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QLLRFFASSDSNKALEQRRTLHTPKLEHLDRVLYEWFLGKRSEGVPVSGPMLIEKAKDFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EQMQLTEPCVFSGGWLWRFKARHGIKKLDASSEKQSADHQAAEQFCAFFRSLAAEHGLSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EQVYNADETGLFWRCLPNPTPEGGAVPGPKQGKDRLTVLMCANATGSHRLKPLAIGKCSG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PRAFKGIQHLPVAYKAQGNAWVDKEIFSDWFHHIFVPSVREHFRTIGLPEDSKAVLLLDS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 SRAHPQEAELVSSNVFTIFLPASVASLVQPMEQGIRRDFMRNFINPPVPLQGPHARYNMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SRAHPQEAELVSSNVFTIFLPASVASLVQPMEQGIRRDFMRNFINPPVPLQGPHARYNMN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 DAIFSVACAWNAVPSHVFRRAWRKLWPSVAFAEGSSSEEELEAECFPVKPHNKSFAHILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DAIFSVACAWNAVPSHVFRRAWRKLWPSVAFAEGSSSEEELEAECFPVKPHNKSFAHILE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 LVKEGSSCPGQLRQRQAASWGVAGREAEGGRPPAATSPAEVVWSSEKTPKADQDGGGDPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS75 LVKEGSSCPGQLRQRQAASWGVAGREAEGGRPPAATSPAEVVWSSEKTPKADQDGRGDPG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 EGEEVAWEQAAVAFDAVLRFAERQPCFSAQEVGQLRALRAVFRSQQQVRRRRGALGAVVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EGEEVAWEQAAVAFDAVLRFAERQPCFSAQEVGQLRALRAVFRSQQQVRRRRGALGAVVK
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KE4 VEALQEGPGGCGATAQSPLPCSSTAGDN
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VEALQEGPGGCGATAQSPLPCSSTAGDN
550 560
>>CCDS75797.1 JRK gene_id:8629|Hs108|chr8 (556 aa)
initn: 3588 init1: 3588 opt: 3588 Z-score: 3911.7 bits: 733.6 E(32554): 1.5e-211
Smith-Waterman score: 3588; 99.8% identity (99.8% similar) in 527 aa overlap (1-527:1-527)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MASKPAAGKSRGEKRKRVVLTLKEKIDICTRLEKGESRKALMQEYNVGMSTLYDIRAHKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MASKPAAGKSRGEKRKRVVLTLKEKIDICTRLEKGESRKALMQEYNVGMSTLYDIRAHKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QLLRFFASSDSNKALEQRRTLHTPKLEHLDRVLYEWFLGKRSEGVPVSGPMLIEKAKDFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QLLRFFASSDSNKALEQRRTLHTPKLEHLDRVLYEWFLGKRSEGVPVSGPMLIEKAKDFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 EQMQLTEPCVFSGGWLWRFKARHGIKKLDASSEKQSADHQAAEQFCAFFRSLAAEHGLSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EQMQLTEPCVFSGGWLWRFKARHGIKKLDASSEKQSADHQAAEQFCAFFRSLAAEHGLSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 EQVYNADETGLFWRCLPNPTPEGGAVPGPKQGKDRLTVLMCANATGSHRLKPLAIGKCSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EQVYNADETGLFWRCLPNPTPEGGAVPGPKQGKDRLTVLMCANATGSHRLKPLAIGKCSG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 PRAFKGIQHLPVAYKAQGNAWVDKEIFSDWFHHIFVPSVREHFRTIGLPEDSKAVLLLDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PRAFKGIQHLPVAYKAQGNAWVDKEIFSDWFHHIFVPSVREHFRTIGLPEDSKAVLLLDS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 SRAHPQEAELVSSNVFTIFLPASVASLVQPMEQGIRRDFMRNFINPPVPLQGPHARYNMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SRAHPQEAELVSSNVFTIFLPASVASLVQPMEQGIRRDFMRNFINPPVPLQGPHARYNMN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 DAIFSVACAWNAVPSHVFRRAWRKLWPSVAFAEGSSSEEELEAECFPVKPHNKSFAHILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DAIFSVACAWNAVPSHVFRRAWRKLWPSVAFAEGSSSEEELEAECFPVKPHNKSFAHILE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 LVKEGSSCPGQLRQRQAASWGVAGREAEGGRPPAATSPAEVVWSSEKTPKADQDGGGDPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS75 LVKEGSSCPGQLRQRQAASWGVAGREAEGGRPPAATSPAEVVWSSEKTPKADQDGRGDPG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 EGEEVAWEQAAVAFDAVLRFAERQPCFSAQEVGQLRALRAVFRSQQQVRRRRGALGAVVK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EGEEVAWEQAAVAFDAVLRFAERQPCFSAQEVGQLRALRAVFRSQQQETVGLEDVVVTSP
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KE4 VEALQEGPGGCGATAQSPLPCSSTAGDN
CCDS75 EELAIPKCCLEASTET
550
>>CCDS8308.1 JRKL gene_id:8690|Hs108|chr11 (524 aa)
initn: 873 init1: 562 opt: 979 Z-score: 1067.4 bits: 207.3 E(32554): 3.9e-53
Smith-Waterman score: 1061; 35.5% identity (66.4% similar) in 538 aa overlap (14-530:4-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MASKPAAGKSRGEKRKRVVLTLKEKIDICTRLEKGESRKALMQEYNVGMSTLYDIRAHKA
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CCDS83 MSGKRKRVVLTIKDKLDIIKKLEDGGSSKQLAVIYGIGETTVRDIRKNKE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QLLRFFASSDSNKALEQRRTLHTPKLEHLDRVLYEWFLGKRSEGVPVSGPMLIEKAKDFY
... . .::::.. : .:.... :.:::.. ::: .:..: :.:::. ..:. :.
CCDS83 KIITYASSSDSTSLLAKRKSMKPSMYEELDRAMLEWFNQQRAKGNPISGPICAKRAEFFF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 EQMQLTEPCVFSGGWLWRFKARHGIKKLDASSEKQSADHQAAEQFCAFFRSLAAEHGLSA
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CCDS83 YALGMDGDFNPSAGWLTRFKQRHSIREINIRNERLNGDETAVEDFCNNFRDFIERENLQP
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE4 EQVYNADETGLFWRCLPN--PTPEGG-AVPGPKQGKDRLTVLMCANATGSHRLKPLAIGK
::.::::::::::.:::. . .: .::: :. ..:.:.. :::::: :.:: ..::
CCDS83 EQIYNADETGLFWKCLPSRISVIKGKCTVPGHKSIEERVTIMCCANATGLHKLKLCVVGK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 CSGPRAFKGIQ--HLPVAYKAQGNAWVDKEIFSDWFHHIFVPSVREHFRTIGLPEDSKAV
. ::.::. . .:::.: .: .::.: :: .:: .::::.:::..:. :: : :::
CCDS83 AKKPRSFKSTDTLNLPVSYFSQKGAWMDLSIFRQWFDKIFVPQVREYLRSKGLQE--KAV
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KE4 LLLDSSRAHPQEAELVSSN--VFTIFLPASVASLVQPMEQGI----RRDF----MRNFIN
::::.: .::.: : :.. .:. .:: .::::.:: .::. .:.. ..: ..
CCDS83 LLLDNSPTHPNENVLRSDDGQIFAKYLPPNVASLIQPSDQGVIATMKRNYRAGLLQNNLE
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 PPVPLQGPHARYNMNDAIFSVACAWNAVPSHVFRRAWRKLWPSVAFAEGSSSEEELEAEC
:.. . .. ::.. .: ::: : .. :::.:. : : :: :.
CCDS83 EGNDLKSFWKKLTLLDALYEIAMAWNLVKPVTISRAWKKILPMV---------EEKESLD
350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 FPVKPHNKSFAHILELVKEGSSCPGQLRQRQAASWGVAGREAEGGRPP-AATSPAEVVWS
: :. . : : . .... .. . . .. .: :... .: . . .:..
CCDS83 FDVE--DISVATVAAILQHTKGLEN-VTTENLEKW----LEVDSTEPGYEVLTDSEIIRR
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510
pF1KE4 SEKTPKADQDGGGDPGEGEEVAWEQ----AAVAF-DAVLRFAERQPCFSAQEVGQLRALR
.. .::... .. : : . .. ::. . . .: . :.: . . .: ::
CCDS83 AQG--QADESSENEEEEIELIPEKHINHAAALQWTENLLDYLEQQGDMILPDRLVIRKLR
460 470 480 490 500 510
520 530 540 550 560
pF1KE4 AVFRSQQQVRRRRGALGAVVKVEALQEGPGGCGATAQSPLPCSSTAGDN
:..:..:.. .
CCDS83 ATIRNKQKMTKSSQ
520
>>CCDS3633.1 TIGD2 gene_id:166815|Hs108|chr4 (525 aa)
initn: 975 init1: 548 opt: 916 Z-score: 998.7 bits: 194.6 E(32554): 2.6e-49
Smith-Waterman score: 997; 33.2% identity (64.0% similar) in 539 aa overlap (14-532:4-523)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MASKPAAGKSRGEKRKRVVLTLKEKIDICTRLEKGESRKALMQEYNVGMSTLYDIRAHKA
::::::::.:.:.:: .::.: : : : :..: ::. ::. .:
CCDS36 MLGKRKRVVLTIKDKLDIIKKLEEGISFKKLSVVYGIGESTVRDIKKNKE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QLLRFFASSDSNKALEQRRTLHTPKLEHLDRVLYEWFLGKRSEGVPVSGPMLIEKAKDFY
... . ::: .... .:..... :.::::. ::: ....:.:::: . ..:: :.
CCDS36 RIINYANSSDPTSGVSKRKSMKSSTYEELDRVMIEWFNQQKTDGIPVSGTICAKQAKFFF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 EQMQLTEPCVFSGGWLWRFKARHGIKKLDASSEKQSADHQAAEQFCAFFRSLAAEHGLSA
. . . :.::: ::: :::: : ... : ..:. ::..::. :. .. ...:.
CCDS36 DALGMEGDFNASSGWLTRFKQRHGIPKAAGKGTKLKGDETAAREFCGSFQEFVEKENLQP
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE4 EQVYNADETGLFWRCLPNPT---PEGGAVPGPKQGKDRLTVLMCANATGSHRLKPLAIGK
::.:.::.:::::.:::. : .. : .....:. .. :::::: :.:. ..::
CCDS36 EQIYGADQTGLFWKCLPSRTLTLETDQSTSGCRSSRERIIIMCCANATGLHKLNLCVVGK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 CSGPRAFKG--IQHLPVAYKAQGNAWVDKEIFSDWFHHIFVPSVREHFRTIGLPEDSKAV
. :::::: ...:::.: .: .::... .: .::.. :::.:..:... :: : :::
CCDS36 AKKPRAFKGTDLSNLPVTYYSQKGAWIEQSVFRQWFEKYFVPQVQKHLKSKGLLE--KAV
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KE4 LLLDSSRAHPQEAELVSSN---VFTIFLPASVASLVQPMEQGI--------RRDFMRNFI
:::: :.:.: :..::. ... .:: .:.::.::: ::. : ......
CCDS36 LLLDFPPARPNE-EMLSSDDGRIIVKYLPPNVTSLIQPMSQGVLATVKRYYRAGLLQKYM
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 NPPVPLQGPHARYNMNDAIFSVACAWNAVPSHVFRRAWRKLWPSVAFAEGSSSEEE--LE
. . .. :::. :. ::: : : .. .::.::.:. : . .: :
CCDS36 DEGNDPKIFWKNLTVLDAIYEVSRAWNMVKSSTITKAWKKLFPGNEENSGMNIDEGAILA
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 AECFPVKPHNKSFAHI-LELVKEGSSCPGQLRQRQAASWGVAGRE-AEGGRPPAATSPAE
:. : ... :. .: . . . :. ... .. : :: : .:
CCDS36 ANLATVLQNTEECEHVDIENIDQWFDS----RSSDSSCQVLTDSESAEDQTKAAEQKP--
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 VVWSSEKTPKADQDGGGDPGEGEEVAWEQAAVAFDAVLRFAERQPCFSAQEVGQLRALRA
: :. :.. . .. . : . .: . :.: . .. :: ::.
CCDS36 ----SSKSRKTELNPEKHISHKAALEWTEN------LLDYLEQQDDMLLSDKLVLRRLRT
470 480 490 500 510
530 540 550 560
pF1KE4 VFRSQQQVRRRRGALGAVVKVEALQEGPGGCGATAQSPLPCSSTAGDN
..:..:... .
CCDS36 IIRKKQKIQNNKNH
520
>>CCDS10500.1 TIGD7 gene_id:91151|Hs108|chr16 (549 aa)
initn: 561 init1: 143 opt: 698 Z-score: 760.7 bits: 150.6 E(32554): 4.7e-36
Smith-Waterman score: 711; 34.1% identity (62.2% similar) in 402 aa overlap (14-385:3-402)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MASKPAAGKSRGEKR-KRVVLTLKEKIDICTRLEKGESRKALMQEYNVGMSTLYDIRAHK
:: : ..:.:.::. . .:.: :.: :..:.:.... ::.:::. .:
CCDS10 MNKRGKYTTLNLEEKMKVLSRIEAGRSLKSVMDEFGISKSTFYDIKKNK
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 AQLLRFFASSDSNKA-LEQRRTLHTPKLEHLDRVLYEWFLGKRSEGVPVSGPMLIEKAKD
.: : ..: . :.:. : .: ..: :. ::: :::: : : :.
CCDS10 KLILDFVLKQDMPLVGAEKRKRTTGAKYGDVDDAVYMWYQQKRSAGVPVRGVELQAAAER
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 FYEQMQLTEPCVFSGGWLWRFKARHGIKKLDASSEK-QSADHQAAEQFCAFFRSLAAEHG
: . . :. . : :::.::. ::.: . . .:. :. . .: : . . :.
CCDS10 FARCFGRTDFKA-STGWLFRFRNRHAIGNRKGCGEQVLSSVSENVEPFRQKLSMIIKEEK
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 LSAEQVYNADETGLFWRCLPNPTPEGGA---VPGPKQGKDRLTVLMCANATGSHRLKPLA
: :.:..::: :::. .:. . . .:: : .:.::....:::: :.:.:: .
CCDS10 LCLAQLYSGDETDLFWKSMPENSQASRKDICLPGKKINKERLSAFLCANADGTHKLKSII
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 IGKCSGPRAFK-GIQHLPVAYKAQGNAWVDKEIFSDWFHHIFVPSVREHFRTIGL---PE
::: . :.. : . ::: :: . ..: .:.::.:: . ::: :: ::. : :
CCDS10 IGKSKLPKSVKEDTSTLPVIYKPSKDVWFTRELFSEWFFQNFVPEVR-HFQLNVLRFHDE
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KE4 DSKAVLLLDSSRAHPQEAELVSSN--VFTIFLPASVASLVQPMEQGI----RRDFMRNFI
: .:.::::: :::. :.: . . .:.: ....:.:::.::. .: . . .
CCDS10 DVRALLLLDSCPAHPSSESLTSEDGRIKCMFFPHNTSTLIQPMNQGVILSCKRLYRWKQL
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE4 NPPVPL---------QGPHAR-----YNMNDAIFSVACAWNAVPSHVFRRAWRKLWPSVA
. . . .: .. ::...:::. : .:. : . .. ::..:
CCDS10 EESLVIFEESDDEQEKGDKGVSKIKIYNIKSAIFNWAKSWEEVKQITIANAWENLLYKKE
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 FAEGSSSEEELEAECFPVKPHNKSFAHILELVKEGSSCPGQLRQRQAASWGVAGREAEGG
CCDS10 PEYDFQGLEHGDYREILEKCGELETKLDDDRVWLNGDEEKGCLLKTKGGITKEVVQKGGE
410 420 430 440 450 460
>>CCDS2495.1 TIGD1 gene_id:200765|Hs108|chr2 (591 aa)
initn: 418 init1: 193 opt: 508 Z-score: 553.1 bits: 112.3 E(32554): 1.7e-24
Smith-Waterman score: 604; 27.5% identity (60.6% similar) in 436 aa overlap (7-408:2-431)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MASKPAAGKSRGEKRKRVVLTLKEKIDICTRLEKGESRKALMQEYNVGMSTLYDIRAHKA
:.: .:...:. :::..:... :.: :. . .. .. .:. .. :
CCDS24 MASKCSSERKSRTSLTLNQKLEMIKLSEEGMSKAEIGRRLGLLRQTVSQVVNAKE
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