Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4104
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4104, 473 aa
1>>>pF1KE4104 473 - 473 aa - 473 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1405+/-0.000285; mu= 10.9458+/- 0.018
mean_var=132.0584+/-26.412, 0's: 0 Z-trim(121.7): 50 B-trim: 146 in 1/54
Lambda= 0.111607
statistics sampled from 38607 (38659) to 38607 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.77), E-opt: 0.2 (0.453), width: 16
Scan time: 10.830
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065819 (OMIM: 613423) BTB/POZ domain-containing ( 428) 1144 195.1 3.3e-49
XP_005268550 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ dom ( 428) 1144 195.1 3.3e-49
XP_006714852 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ dom ( 428) 1144 195.1 3.3e-49
XP_011535973 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ dom ( 428) 1144 195.1 3.3e-49
XP_005268549 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ dom ( 428) 1144 195.1 3.3e-49
XP_011535974 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ dom ( 304) 640 113.8 6.7e-25
XP_011535975 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ dom ( 286) 633 112.7 1.4e-24
NP_612453 (OMIM: 610521) BTB/POZ domain-containing ( 325) 630 112.2 2.2e-24
NP_076981 (OMIM: 615240) BTB/POZ domain-containing ( 234) 247 50.5 6.1e-06
XP_011525599 (OMIM: 615240) PREDICTED: BTB/POZ dom ( 283) 247 50.5 7.1e-06
NP_001123466 (OMIM: 615240) BTB/POZ domain-contain ( 283) 247 50.5 7.1e-06
XP_011525600 (OMIM: 615240) PREDICTED: BTB/POZ dom ( 283) 247 50.5 7.1e-06
XP_016882772 (OMIM: 615240) PREDICTED: BTB/POZ dom ( 283) 247 50.5 7.1e-06
NP_001123467 (OMIM: 615240) BTB/POZ domain-contain ( 283) 247 50.5 7.1e-06
XP_016881197 (OMIM: 181270,613420) PREDICTED: BTB/ ( 257) 230 47.8 4.4e-05
NP_945342 (OMIM: 181270,613420) BTB/POZ domain-con ( 257) 230 47.8 4.4e-05
NP_001129677 (OMIM: 181270,613420) BTB/POZ domain- ( 257) 230 47.8 4.4e-05
NP_001245150 (OMIM: 181270,613420) BTB/POZ domain- ( 257) 230 47.8 4.4e-05
NP_001245151 (OMIM: 181270,613420) BTB/POZ domain- ( 265) 230 47.8 4.5e-05
NP_001136202 (OMIM: 181270,613420) BTB/POZ domain- ( 865) 230 48.1 0.00011
XP_011522877 (OMIM: 613422) PREDICTED: BTB/POZ dom ( 226) 193 41.8 0.0024
NP_056168 (OMIM: 613422) BTB/POZ domain-containing ( 263) 193 41.8 0.0028
NP_955751 (OMIM: 607947) potassium channel regulat ( 229) 184 40.3 0.0067
NP_061865 (OMIM: 611285) BTB/POZ domain-containing ( 234) 184 40.3 0.0069
NP_775876 (OMIM: 607947) potassium channel regulat ( 272) 184 40.4 0.0077
>>NP_065819 (OMIM: 613423) BTB/POZ domain-containing pro (428 aa)
initn: 1681 init1: 652 opt: 1144 Z-score: 1004.5 bits: 195.1 E(85289): 3.3e-49
Smith-Waterman score: 1669; 61.7% identity (78.2% similar) in 441 aa overlap (35-473:16-428)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 DTGSGGSTILPISEMVSSSSSPGASAAAAPGPCAPSPFPEVVELNVGGQVYVTKHSTLLS
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10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
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pF1KE4 PEKERLLREAEYFQLTDLVKLLSPKVTKQNSLNDEGCQSDLEDNVSQGSSDALLLRGAAA
::: :: :::::::: ::::::.: ::. :: :.::.:: .::::. . ..
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190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AVPSGPGAHGGGGGGGAQDKRSGFLTLGYRGSYTTVRDNQADAKFRRVARIMVCGRIALA
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NP_065 LLPA--------------DRKWGFITVGYRGSCTLGREGQADAKFRRVPRILVCGRISLA
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250 260 270 280 290 300
pF1KE4 KEVFGDTLNESRDPDRQPEKYTSRFYLKFTYLEQAFDRLSEAGFHMVACNSSGTAAFVNQ
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pF1KE4 YRDDKIWSSYTEYIFFRPPQKIVSPKQEHEDRKHDKVTDKGSESGTSCNELSTSSCDSHS
: :::::::::::.:.: :.. ::.. :. : :: .:::::::.::::::::.:
NP_065 YTDDKIWSSYTEYVFYREPSRW-SPSHCDCCCKNGK-GDKEGESGTSCNDLSTSSCDSQS
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pF1KE4 EASTPQDNPSSAQQATAHQPNTLTLDRPSKKAPVQWIPPPDKRRNSELFQTLISKSRETN
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NP_065 EASSPQE--TVICGPVTRQTNIQTLDRPIKKGPVQLIQQSEMRRKSDLLRTLTSGSRESN
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430 440 450 460 470
pF1KE4 LSKKK--VCEKLSVEEEMKKCIQDFKKIHIPDYFPERKRQWQSELLQKYGL
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NP_065 MSSKKKAVKEKLSIEEELEKCIQDFLKIKIPDRFPERKHPWQSELLRKYHL
380 390 400 410 420
>>XP_005268550 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ domain- (428 aa)
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Smith-Waterman score: 1669; 61.7% identity (78.2% similar) in 441 aa overlap (35-473:16-428)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 DTGSGGSTILPISEMVSSSSSPGASAAAAPGPCAPSPFPEVVELNVGGQVYVTKHSTLLS
: .:. :::::::::::::: :.::::.:
XP_005 MALSGNCSRYYPREQGSAVPNSFPEVVELNVGGQVYFTRHSTLIS
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VPDSTLASMFSPSSPRGGARRRGELPRDSRARFFIDRDGFLFRYVLDYLRDKQLALPEHF
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XP_005 IPHSLLWKMFSPK--RDTA---NDLAKDSKGRFFIDRDGFLFRYILDYLRDRQVVLPDHF
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pF1KE4 PEKERLLREAEYFQLTDLVKLLSPKVTKQNSLNDEGCQSDLEDNVSQGSSDALLLRGAAA
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pF1KE4 AVPSGPGAHGGGGGGGAQDKRSGFLTLGYRGSYTTVRDNQADAKFRRVARIMVCGRIALA
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310 320 330 340 350 360
pF1KE4 YRDDKIWSSYTEYIFFRPPQKIVSPKQEHEDRKHDKVTDKGSESGTSCNELSTSSCDSHS
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pF1KE4 EASTPQDNPSSAQQATAHQPNTLTLDRPSKKAPVQWIPPPDKRRNSELFQTLISKSRETN
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XP_005 EASSPQE--TVICGPVTRQTNIQTLDRPIKKGPVQLIQQSEMRRKSDLLRTLTSGSRESN
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pF1KE4 LSKKK--VCEKLSVEEEMKKCIQDFKKIHIPDYFPERKRQWQSELLQKYGL
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XP_005 MSSKKKAVKEKLSIEEELEKCIQDFLKIKIPDRFPERKHPWQSELLRKYHL
380 390 400 410 420
>>XP_006714852 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ domain- (428 aa)
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Smith-Waterman score: 1669; 61.7% identity (78.2% similar) in 441 aa overlap (35-473:16-428)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 DTGSGGSTILPISEMVSSSSSPGASAAAAPGPCAPSPFPEVVELNVGGQVYVTKHSTLLS
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pF1KE4 PEKERLLREAEYFQLTDLVKLLSPKVTKQNSLNDEGCQSDLEDNVSQGSSDALLLRGAAA
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XP_006 PEKGRLKREAEYFQLPDLVKLLTPDEIKQSP--DEFCHSDFED-ASQGSDTRIC--PPSS
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pF1KE4 AVPSGPGAHGGGGGGGAQDKRSGFLTLGYRGSYTTVRDNQADAKFRRVARIMVCGRIALA
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pF1KE4 KEVFGDTLNESRDPDRQPEKYTSRFYLKFTYLEQAFDRLSEAGFHMVACNSSGTAAFVNQ
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pF1KE4 EASTPQDNPSSAQQATAHQPNTLTLDRPSKKAPVQWIPPPDKRRNSELFQTLISKSRETN
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pF1KE4 LSKKK--VCEKLSVEEEMKKCIQDFKKIHIPDYFPERKRQWQSELLQKYGL
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XP_006 MSSKKKAVKEKLSIEEELEKCIQDFLKIKIPDRFPERKHPWQSELLRKYHL
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>>XP_011535973 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ domain- (428 aa)
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pF1KE4 DTGSGGSTILPISEMVSSSSSPGASAAAAPGPCAPSPFPEVVELNVGGQVYVTKHSTLLS
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pF1KE4 EASTPQDNPSSAQQATAHQPNTLTLDRPSKKAPVQWIPPPDKRRNSELFQTLISKSRETN
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pF1KE4 LSKKK--VCEKLSVEEEMKKCIQDFKKIHIPDYFPERKRQWQSELLQKYGL
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XP_011 MSSKKKAVKEKLSIEEELEKCIQDFLKIKIPDRFPERKHPWQSELLRKYHL
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>>XP_005268549 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ domain- (428 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE4 DTGSGGSTILPISEMVSSSSSPGASAAAAPGPCAPSPFPEVVELNVGGQVYVTKHSTLLS
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XP_005 MALSGNCSRYYPREQGSAVPNSFPEVVELNVGGQVYFTRHSTLIS
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pF1KE4 LSKKK--VCEKLSVEEEMKKCIQDFKKIHIPDYFPERKRQWQSELLQKYGL
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XP_005 MSSKKKAVKEKLSIEEELEKCIQDFLKIKIPDRFPERKHPWQSELLRKYHL
380 390 400 410 420
>>XP_011535974 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ domain- (304 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE4 DTGSGGSTILPISEMVSSSSSPGASAAAAPGPCAPSPFPEVVELNVGGQVYVTKHSTLLS
: .:. :::::::::::::: :.::::.:
XP_011 MALSGNCSRYYPREQGSAVPNSFPEVVELNVGGQVYFTRHSTLIS
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.: : : .::::. : : ..: .::..:::::::::::::.::::::.:..::.::
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::: :: :::::::: ::::::.: ::. :: :.::.:: .::::. . ..
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:::::.:::::::::: ::.::::::::: .::.::: ::: :::::::::: ::.:.::
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: :::::::::::.:.:
XP_011 YTDDKIWSSYTEYVFYRCVLYNINLLYKIRASRGGEGRNSMIS
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>>XP_011535975 (OMIM: 613423) PREDICTED: BTB/POZ domain- (286 aa)
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pF1KE4 DTGSGGSTILPISEMVSSSSSPGASAAAAPGPCAPSPFPEVVELNVGGQVYVTKHSTLLS
: .:. :::::::::::::: :.::::.:
XP_011 MALSGNCSRYYPREQGSAVPNSFPEVVELNVGGQVYFTRHSTLIS
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.: : : .::::. : : ..: .::..:::::::::::::.::::::.:..::.::
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::: :: :::::::: ::::::.: ::. :: :.::.:: .::::. . ..
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.:. :.. ::.:.::::: : :..::::::::: ::.:::::.::
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XP_011 KEVFGETLNESRDPDRAPERYTSRFYLKFKHLERAFDMLSECGFHMVACNSSVTASFINQ
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pF1KE4 YRDDKIWSSYTEYIFFRPPQKIVSPKQEHEDRKHDKVTDKGSESGTSCNELSTSSCDSHS
: :::::::::::.:.
XP_011 YTDDKIWSSYTEYVFYPLSTVLIAT
270 280
>>NP_612453 (OMIM: 610521) BTB/POZ domain-containing pro (325 aa)
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pF1KE4 MALKDTGSGGSTILPISEMVSSSSSPGASAAAAPGPCAPSPFPEVVELNVGGQVYVTKHS
::: :. : :: .... :...... . : ::..::::::::::::..
NP_612 MALADSTRG----LP------NGGGGGGGSGSSSSSAEPPLFPDIVELNVGGQVYVTRRC
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pF1KE4 TLLSVPDSTLASMFSPSSPRGGARRRGELPRDSRARFFIDRDGFLFRYVLDYLRDKQLAL
:..::::: : ::. ..:. :: :::..:::.:::::::::.:::::: ::.:
NP_612 TVVSVPDSLLWRMFTQQQPQ-------ELARDSKGRFFLDRDGFLFRYILDYLRDLQLVL
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pF1KE4 PEHFPEKERLLREAEYFQLTDLVKLL-SPKVT------KQNSLNDEGCQSDLEDNVSQGS
:..:::. :: ::::::.: .::. : .:. .. ... :: .: . . :
NP_612 PDYFPERSRLQREAEYFELPELVRRLGAPQQPGPGPPPSRRGVHKEGSLGD--ELLPLGY
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pF1KE4 SDALLLRGAAAAVPS-----GPGAHGGGGGGG----AQD----KRSGFLTLGYRGSYTTV
:. .::.:..:: . . .::..: .:. .:::..:.:::::::
NP_612 SEPEQQEGASAGAPSPTLELASRSPSGGAAGPLLTPSQSLDGSRRSGYITIGYRGSYTIG
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pF1KE4 RDNQADAKFRRVARIMVCGRIALAKEVFGDTLNESRDPDRQPEKYTSRFYLKFTYLEQAF
:: :::::::::::: :::. .:::::::::::::::::: ::.::::.::::..:::::
NP_612 RDAQADAKFRRVARITVCGKTSLAKEVFGDTLNESRDPDRPPERYTSRYYLKFNFLEQAF
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pF1KE4 DRLSEAGFHMVACNSSGTAAFVNQ--YRDDKIWSSYTEYIFFRPPQKIVSPKQEHEDRKH
:.:::.:::::::.:.:: ::... .::::.:::::.: :
NP_612 DKLSESGFHMVACSSTGTCAFASSTDQSEDKIWTSYTEYVFCRE
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>>NP_076981 (OMIM: 615240) BTB/POZ domain-containing pro (234 aa)
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.:. :: :.. .: . :: .: :: : :. . . :.
NP_076 MPHRKERPSGSSLHTHGSTGTAEGGNMSRLSLTRSP-VSPLAAQGIPLPAQLTKSNAPVH
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pF1KE4 LNVGGQVYVTKHSTLLSVPDSTLASMFSPSSPRGGARRRGELPRDS-RARFFIDRDGFLF
..:::..:... .:: . ::: .. .:. . : . :: . ..:::::: .:
NP_076 IDVGGHMYTSSLATLTKYPDSRISRLFNGTEP---------IVLDSLKQHYFIDRDGEIF
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pF1KE4 RYVLDYLRDKQLALPEHFPEKERLLREAEYFQLTDLVKLLSPKVTKQNSLNDEGCQSDLE
::::..:: ..: ::. : . : .::.:.:: .:. :
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pF1KE4 DNVSQGSSDALLLRGAAAAVPSGPGAHGGGGGGGAQDKRSGFLTLGYRGSYTTVRDNQAD
NP_076 VRVTPDLGERIALSGEKALIEEVFPETGDVMCNSVNAGWNQDPTHVIRFPLNGYCRLNSV
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>>XP_011525599 (OMIM: 615240) PREDICTED: BTB/POZ domain- (283 aa)
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.:. :: :.. .: . :: .: :: : :. . . :.
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]