FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4103, 472 aa
1>>>pF1KE4103 472 - 472 aa - 472 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9729+/-0.00118; mu= 13.9054+/- 0.070
mean_var=75.2354+/-15.160, 0's: 0 Z-trim(102.5): 72 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.147864
statistics sampled from 6920 (6992) to 6920 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.588), E-opt: 0.2 (0.215), width: 16
Scan time: 2.810
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS75152.1 RASGEF1B gene_id:153020|Hs108|chr4 ( 472) 3162 684.5 6.2e-197
CCDS34022.1 RASGEF1B gene_id:153020|Hs108|chr4 ( 473) 3150 682.0 3.7e-196
CCDS75151.1 RASGEF1B gene_id:153020|Hs108|chr4 ( 431) 2474 537.8 8.7e-153
CCDS4452.1 RASGEF1C gene_id:255426|Hs108|chr5 ( 466) 2099 457.8 1.1e-128
CCDS7202.2 RASGEF1A gene_id:221002|Hs108|chr10 ( 481) 1905 416.4 3.3e-116
CCDS60517.1 RASGEF1A gene_id:221002|Hs108|chr10 ( 489) 1905 416.4 3.4e-116
CCDS43277.1 RAPGEF2 gene_id:9693|Hs108|chr4 (1499) 345 83.8 1.4e-15
CCDS54898.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1391) 312 76.7 1.7e-13
CCDS54899.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1504) 312 76.8 1.8e-13
CCDS54901.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1509) 312 76.8 1.8e-13
CCDS34225.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1601) 312 76.8 1.9e-13
CCDS54900.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1609) 312 76.8 1.9e-13
CCDS4052.1 RASGRF2 gene_id:5924|Hs108|chr5 (1237) 303 74.8 5.8e-13
CCDS42065.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs108|chr15 ( 489) 295 72.9 8.3e-13
CCDS45320.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs108|chr15 (1257) 295 73.1 1.9e-12
CCDS10309.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs108|chr15 (1273) 295 73.1 1.9e-12
CCDS74604.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs108|chr2 ( 791) 278 69.4 1.6e-11
CCDS63061.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs108|chr2 ( 840) 278 69.4 1.6e-11
CCDS63060.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs108|chr2 ( 858) 278 69.4 1.7e-11
CCDS42776.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs108|chr2 ( 867) 278 69.4 1.7e-11
CCDS42775.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs108|chr2 (1011) 278 69.4 1.9e-11
CCDS76733.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs108|chr15 ( 597) 266 66.8 7.2e-11
CCDS45221.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs108|chr15 ( 762) 266 66.8 8.9e-11
CCDS45222.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs108|chr15 ( 797) 266 66.8 9.3e-11
>>CCDS75152.1 RASGEF1B gene_id:153020|Hs108|chr4 (472 aa)
initn: 3162 init1: 3162 opt: 3162 Z-score: 3649.0 bits: 684.5 E(32554): 6.2e-197
Smith-Waterman score: 3162; 100.0% identity (100.0% similar) in 472 aa overlap (1-472:1-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPQTPPFSAMFDSSGYNRNLYQSAEDSCGGLYYHDNNLLSGSLEALIQHLVPNVDYYPDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MPQTPPFSAMFDSSGYNRNLYQSAEDSCGGLYYHDNNLLSGSLEALIQHLVPNVDYYPDR
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pF1KE4 TYIFTFLLSSRLFMHPYELMAKVCHLCVEHQRLSDPDSDKNQMRKIAPKILQLLTEWTET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TYIFTFLLSSRLFMHPYELMAKVCHLCVEHQRLSDPDSDKNQMRKIAPKILQLLTEWTET
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FPYDFRDERMMRNLKDLAHRIASGEETYRKNVQQMMQCLIRKLAALSQYEEVLAKISSTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FPYDFRDERMMRNLKDLAHRIASGEETYRKNVQQMMQCLIRKLAALSQYEEVLAKISSTS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 TDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQAFVQKDPLDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQAFVQKDPLDN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFIDVARECFNIGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFIDVARECFNIGN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTAKFDILEHQMDPSSNFYNYRTALRGAAQRSLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTAKFDILEHQMDPSSNFYNYRTALRGAAQRSLT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 AHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSEFMTWKQVECP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 AHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSEFMTWKQVECP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE4 FERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLGRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLGRV
430 440 450 460 470
>>CCDS34022.1 RASGEF1B gene_id:153020|Hs108|chr4 (473 aa)
initn: 2163 init1: 2163 opt: 3150 Z-score: 3635.2 bits: 682.0 E(32554): 3.7e-196
Smith-Waterman score: 3150; 99.8% identity (99.8% similar) in 473 aa overlap (1-472:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPQTPPFSAMFDSSGYNRNLYQSAEDSCGGLYYHDNNLLSGSLEALIQHLVPNVDYYPDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MPQTPPFSAMFDSSGYNRNLYQSAEDSCGGLYYHDNNLLSGSLEALIQHLVPNVDYYPDR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 TYIFTFLLSSRLFMHPYELMAKVCHLCVEHQRLSDPDSDKNQMRKIAPKILQLLTEWTET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TYIFTFLLSSRLFMHPYELMAKVCHLCVEHQRLSDPDSDKNQMRKIAPKILQLLTEWTET
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE4 FPYDFRDERMMRNLKDLAHRIASGEE-TYRKNVQQMMQCLIRKLAALSQYEEVLAKISST
:::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FPYDFRDERMMRNLKDLAHRIASGEEQTYRKNVQQMMQCLIRKLAALSQYEEVLAKISST
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 STDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQAFVQKDPLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 STDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQAFVQKDPLD
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 NDKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFIDVARECFNIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NDKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFIDVARECFNIG
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 NFNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTAKFDILEHQMDPSSNFYNYRTALRGAAQRSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NFNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTAKFDILEHQMDPSSNFYNYRTALRGAAQRSL
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 TAHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSEFMTWKQVEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TAHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSEFMTWKQVEC
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 PFERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLGRV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PFERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLGRV
430 440 450 460 470
>>CCDS75151.1 RASGEF1B gene_id:153020|Hs108|chr4 (431 aa)
initn: 2862 init1: 2463 opt: 2474 Z-score: 2856.4 bits: 537.8 E(32554): 8.7e-153
Smith-Waterman score: 2784; 91.3% identity (91.3% similar) in 472 aa overlap (1-472:1-431)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPQTPPFSAMFDSSGYNRNLYQSAEDSCGGLYYHDNNLLSGSLEALIQHLVPNVDYYPDR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MPQTPPFSAMFDSSGYNRNLYQSAEDSCGGLYYHDNNLLSGSLEALIQHLVPNVDYYPD-
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 TYIFTFLLSSRLFMHPYELMAKVCHLCVEHQRLSDPDSDKNQMRKIAPKILQLLTEWTET
::::::::::::::::::::
CCDS75 ----------------------------------------NQMRKIAPKILQLLTEWTET
60 70
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FPYDFRDERMMRNLKDLAHRIASGEETYRKNVQQMMQCLIRKLAALSQYEEVLAKISSTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FPYDFRDERMMRNLKDLAHRIASGEETYRKNVQQMMQCLIRKLAALSQYEEVLAKISSTS
80 90 100 110 120 130
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 TDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQAFVQKDPLDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQAFVQKDPLDN
140 150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFIDVARECFNIGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFIDVARECFNIGN
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTAKFDILEHQMDPSSNFYNYRTALRGAAQRSLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTAKFDILEHQMDPSSNFYNYRTALRGAAQRSLT
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 AHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSEFMTWKQVECP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 AHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSEFMTWKQVECP
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470
pF1KE4 FERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLGRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLGRV
380 390 400 410 420 430
>>CCDS4452.1 RASGEF1C gene_id:255426|Hs108|chr5 (466 aa)
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Smith-Waterman score: 2099; 68.0% identity (85.4% similar) in 472 aa overlap (1-471:1-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPQTPPFSAMFDSSGYNRNLYQSAEDSCGGLYYHDNNLLSGSLEALIQHLVPNVDYYPDR
:::: : : .. . . .. .: :. :.:::.:::::::..::::..
CCDS44 MPQTLSASDMVTPGSLSPPPTEPTDGEQAGQPLLDGAPSSASLETLIQHLVPTADYYPEK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 TYIFTFLLSSRLFMHPYELMAKVCHLCVEHQRLSDPDSDKNQMRKIAPKILQLLTEWTET
.::::::::::::..: ::.:.:::::.:.:.:. : :: ..::..::.::::.:::::
CCDS44 AYIFTFLLSSRLFIEPRELLARVCHLCIEQQQLDKPVLDKARVRKFGPKLLQLLAEWTET
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FPYDFRDERMMRNLKDLAHRIASGEETYRKNVQQMMQCLIRKLAALSQYEEVLAKISSTS
:: ::..: . .:::.. ::: .:.::: ..:..: : .::::: : : :. .
CCDS44 FPRDFQEESTIGHLKDVVGRIAPCDEAYRKRMHQLLQALHQKLAALRQGPEGLV-----G
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE4 TDRLTVLKTKPQ-SIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQAFVQKDPLD
.:. .::: ::.:... ::.:::::::::::.::::: .:::::::::::.::::
CCDS44 ADKPISYRTKPPASIHRELLGVCSDPYTLAQQLTHVELERLRHIGPEEFVQAFVNKDPLA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 NDKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFIDVARECFNIG
. : :.:. :: ::::::.::::: ::::::::::.:::.::..::.::::::::::::
CCDS44 STKPCFSD--KTSNLEAYVKWFNRLCYLVATEICMPAKKKQRAQVIEFFIDVARECFNIG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 NFNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTAKFDILEHQMDPSSNFYNYRTALRGAAQRSL
:::::::::::::::::::::::::::.:::: ::::::::..:: ::::::::::.:::
CCDS44 NFNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVRTAKFFILEHQMDPTGNFCNYRTALRGAAHRSL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 TAHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSEFMTWKQVEC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::.::.:::::::
CCDS44 TAHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFLELAKQVGEFITWKQVEC
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 PFERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLGRV
:::.: .: .:: :.:.::::.:::::::::.:::. ::.:::.::::.::.
CCDS44 PFEQDASITHYLYTAPIFSEDGLYLASYESESPENQTEKERWKALRSSILGKT
420 430 440 450 460
>>CCDS7202.2 RASGEF1A gene_id:221002|Hs108|chr10 (481 aa)
initn: 1863 init1: 1160 opt: 1905 Z-score: 2199.7 bits: 416.4 E(32554): 3.3e-116
Smith-Waterman score: 1906; 58.6% identity (82.7% similar) in 481 aa overlap (1-471:1-480)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MPQTPP-FSAMFDSSGYNR---NLYQSAEDSCGG---LYYHDNNLLSGSLEALIQHLVPN
:::: ::... : .. .. . . . :: : ..:..:.:::::::..::::.
CCDS72 MPQTSVVFSSILGPSCSGQVQPGMGERGGGAGGGSGDLIFQDGHLISGSLEALMEHLVPT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 VDYYPDRTYIFTFLLSSRLFMHPYELMAKVCHLCVEHQRLSDPDSDKNQMRKIAPKILQL
::::::::::::::::::.:: :..:.:.: ..:::... . .: ...... ::.::
CCDS72 VDYYPDRTYIFTFLLSSRVFMPPHDLLARVGQICVEQKQQLEAGPEKAKLKSFSAKIVQL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 LTEWTETFPYDFRDERMMRNLKDLAHRIASGEE---TYRKNVQQMMQCLIRKLAALSQYE
: ::::.:::::.::. : .:: ..::... .: : .: . :: : :. .::: :: .
CCDS72 LKEWTEAFPYDFQDEKAMAELKAITHRVTQCDEENGTVKKAIAQMTQSLLLSLAARSQLQ
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 EVLAKISSTSTDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQ
:. :. ..:. .::::: . :.::. :: :: .::::::::::.:.. : ::...:
CCDS72 ELREKLRPPAVDKGPILKTKPPAAQKDILGVCCDPLVLAQQLTHIELDRVSSIYPEDLMQ
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 AFVQKDPLDNDKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFID
. : ::: . : .. :: .:::: .::: ::.:::::.: ::::::.::.:.:::
CCDS72 IVSHMDSLDNHR-CRGDLTKTYSLEAYDNWFNCLSMLVATEVCRVVKKKHRTRMLEFFID
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 VARECFNIGNFNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTAKFDILEHQMDPSSNFYNYRTA
:::::::::::::.::::::::.:::.::::::.::::::::.:::.::::::: :::::
CCDS72 VARECFNIGNFNSMMAIISGMNLSPVARLKKTWSKVKTAKFDVLEHHMDPSSNFCNYRTA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 LRGAAQRSLTAHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSE
:.::.::: :.::::::::: :.:..::::::.. .:.:::::.::.::::...:. :
CCDS72 LQGATQRSQMANSSREKIVIPVFNLFVKDIYFLHKIHTNHLPNGHINFKKFWEISRQIHE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 FMTWKQVECPFERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLG
:::: :::::::.:.:: .::::.:..::.::..::.::::::::.::: ::.::..::.
CCDS72 FMTWTQVECPFEKDKKIQSYLLTAPIYSEEALFVASFESEGPENHMEKDSWKTLRTTLLN
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 RV
:
CCDS72 RA
480
>>CCDS60517.1 RASGEF1A gene_id:221002|Hs108|chr10 (489 aa)
initn: 1863 init1: 1160 opt: 1905 Z-score: 2199.6 bits: 416.4 E(32554): 3.4e-116
Smith-Waterman score: 1906; 58.6% identity (82.7% similar) in 481 aa overlap (1-471:9-488)
10 20 30 40
pF1KE4 MPQTPP-FSAMFDSSGYNR---NLYQSAEDSCGG---LYYHDNNLLSGSLEA
:::: ::... : .. .. . . . :: : ..:..:.::::::
CCDS60 MFLEPQETMPQTSVVFSSILGPSCSGQVQPGMGERGGGAGGGSGDLIFQDGHLISGSLEA
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CCDS60 EISRQIHEFMTWTQVECPFEKDKKIQSYLLTAPIYSEEALFVASFESEGPENHMEKDSWK
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470
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480
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