Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4090
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4090, 456 aa
1>>>pF1KE4090 456 - 456 aa - 456 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4551+/-0.000689; mu= 18.1215+/- 0.042
mean_var=90.6433+/-17.843, 0's: 0 Z-trim(112.4): 105 B-trim: 73 in 1/49
Lambda= 0.134712
statistics sampled from 12984 (13129) to 12984 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.403), width: 16
Scan time: 3.440
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12755.1 KCNA7 gene_id:3743|Hs108|chr19 ( 456) 3109 614.0 9.8e-176
CCDS828.2 KCNA3 gene_id:3738|Hs108|chr1 ( 575) 1958 390.4 2.5e-108
CCDS41629.1 KCNA4 gene_id:3739|Hs108|chr11 ( 653) 1910 381.1 1.8e-105
CCDS827.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1 ( 499) 1884 376.0 4.9e-104
CCDS8535.1 KCNA1 gene_id:3736|Hs108|chr12 ( 495) 1156 234.5 1.9e-61
CCDS55625.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1 ( 356) 1139 231.1 1.5e-60
CCDS8536.1 KCNA5 gene_id:3741|Hs108|chr12 ( 613) 1118 227.2 3.7e-59
CCDS826.1 KCNA10 gene_id:3744|Hs108|chr1 ( 511) 1081 219.9 4.7e-57
CCDS8534.1 KCNA6 gene_id:3742|Hs108|chr12 ( 529) 864 177.8 2.4e-44
CCDS13418.1 KCNB1 gene_id:3745|Hs108|chr20 ( 858) 755 156.8 8.2e-38
CCDS6209.1 KCNB2 gene_id:9312|Hs108|chr8 ( 911) 753 156.4 1.1e-37
CCDS5776.1 KCND2 gene_id:3751|Hs108|chr7 ( 630) 656 137.4 4e-32
CCDS14314.1 KCND1 gene_id:3750|Hs108|chrX ( 647) 653 136.8 6.2e-32
CCDS844.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 ( 636) 652 136.6 7e-32
CCDS843.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 ( 655) 652 136.6 7.1e-32
CCDS1692.1 KCNS3 gene_id:3790|Hs108|chr2 ( 491) 640 134.2 2.9e-31
CCDS6279.1 KCNS2 gene_id:3788|Hs108|chr8 ( 477) 633 132.8 7.3e-31
CCDS12793.1 KCNC3 gene_id:3748|Hs108|chr19 ( 757) 631 132.6 1.3e-30
CCDS13342.1 KCNS1 gene_id:3787|Hs108|chr20 ( 526) 628 131.9 1.5e-30
CCDS44193.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 626) 611 128.7 1.7e-29
CCDS821.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 635) 611 128.7 1.7e-29
CCDS9006.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 558) 606 127.6 3.1e-29
CCDS58255.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 583) 606 127.7 3.2e-29
CCDS9005.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 613) 606 127.7 3.3e-29
CCDS58257.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 618) 606 127.7 3.3e-29
CCDS58256.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 629) 606 127.7 3.4e-29
CCDS9007.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 638) 606 127.7 3.4e-29
CCDS7827.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 511) 602 126.8 5e-29
CCDS44547.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 585) 602 126.9 5.5e-29
CCDS13436.1 KCNG1 gene_id:3755|Hs108|chr20 ( 513) 599 126.3 7.5e-29
CCDS1676.1 KCNF1 gene_id:3754|Hs108|chr2 ( 494) 588 124.1 3.2e-28
CCDS42674.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 425) 585 123.5 4.3e-28
CCDS12019.1 KCNG2 gene_id:26251|Hs108|chr18 ( 466) 581 122.7 7.9e-28
CCDS10945.1 KCNG4 gene_id:93107|Hs108|chr16 ( 519) 573 121.2 2.5e-27
CCDS6447.1 KCNV2 gene_id:169522|Hs108|chr9 ( 545) 565 119.7 7.6e-27
CCDS6314.1 KCNV1 gene_id:27012|Hs108|chr8 ( 500) 553 117.3 3.6e-26
CCDS1809.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 436) 541 114.9 1.6e-25
CCDS7736.1 KCNQ1 gene_id:3784|Hs108|chr11 ( 676) 299 68.1 3.3e-11
>>CCDS12755.1 KCNA7 gene_id:3743|Hs108|chr19 (456 aa)
initn: 3109 init1: 3109 opt: 3109 Z-score: 3268.5 bits: 614.0 E(32554): 9.8e-176
Smith-Waterman score: 3109; 100.0% identity (100.0% similar) in 456 aa overlap (1-456:1-456)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MEPRCPPPCGCCERLVLNVAGLRFETRARTLGRFPDTLLGDPARRGRFYDDARREYFFDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MEPRCPPPCGCCERLVLNVAGLRFETRARTLGRFPDTLLGDPARRGRFYDDARREYFFDR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 HRPSFDAVLYYYQSGGRLRRPAHVPLDVFLEEVAFYGLGAAALARLREDEGCPVPPERPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HRPSFDAVLYYYQSGGRLRRPAHVPLDVFLEEVAFYGLGAAALARLREDEGCPVPPERPL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 PRRAFARQLWLLFEFPESSQAARVLAVVSVLVILVSIVVFCLETLPDFRDDRDGTGLAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PRRAFARQLWLLFEFPESSQAARVLAVVSVLVILVSIVVFCLETLPDFRDDRDGTGLAAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AAAGPFPAPLNGSSQMPGNPPRLPFNDPFFVVETLCICWFSFELLVRLLVCPSKAIFFKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AAAGPFPAPLNGSSQMPGNPPRLPFNDPFFVVETLCICWFSFELLVRLLVCPSKAIFFKN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VMNLIDFVAILPYFVALGTELARQRGVGQQAMSLAILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VMNLIDFVAILPYFVALGTELARQRGVGQQAMSLAILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 LGQTLRASMRELGLLIFFLFIGVVLFSSAVYFAEVDRVDSHFTSIPESFWWAVVTMTTVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LGQTLRASMRELGLLIFFLFIGVVLFSSAVYFAEVDRVDSHFTSIPESFWWAVVTMTTVG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YGDMAPVTVGGKIVGSLCAIAGVLTISLPVPVIVSNFSYFYHRETEGEEAGMFSHVDMQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YGDMAPVTVGGKIVGSLCAIAGVLTISLPVPVIVSNFSYFYHRETEGEEAGMFSHVDMQP
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 CGPLEGKANGGLVDGEVPELPPPLWAPPGKHLVTEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CGPLEGKANGGLVDGEVPELPPPLWAPPGKHLVTEV
430 440 450
>>CCDS828.2 KCNA3 gene_id:3738|Hs108|chr1 (575 aa)
initn: 1950 init1: 1178 opt: 1958 Z-score: 2058.2 bits: 390.4 E(32554): 2.5e-108
Smith-Waterman score: 1958; 69.1% identity (83.8% similar) in 433 aa overlap (2-428:87-512)
10 20
pF1KE4 MEPRCP--PPCG---CC-ERLVLNVAGLRFE
:: : : : :: ::.:.:..:::::
CCDS82 PGDHLLEPEVADGGGAPPQGGCGGGGCDRYEPLPPSLPAAGEQDCCGERVVINISGLRFE
60 70 80 90 100 110
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 TRARTLGRFPDTLLGDPARRGRFYDDARREYFFDRHRPSFDAVLYYYQSGGRLRRPAHVP
:. .:: .::.:::::: :: :..: : ::::::.::::::.:::::::::.:::..::
CCDS82 TQLKTLCQFPETLLGDPKRRMRYFDPLRNEYFFDRNRPSFDAILYYYQSGGRIRRPVNVP
120 130 140 150 160 170
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 LDVFLEEVAFYGLGAAALARLREDEGCPVPPERPLPRRAFARQLWLLFEFPESSQAARVL
.:.: ::. :: :: :. ..::::: ::::::: : ::.:::::.:::: :: .
CCDS82 IDIFSEEIRFYQLGEEAMEKFREDEGFLREEERPLPRRDFQRQVWLLFEYPESSGPARGI
180 190 200 210 220 230
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 AVVSVLVILVSIVVFCLETLPDFRDDRDGTGLAAAAAAGPFPAPLNGSSQMPGNPPRLPF
:.:::::::.:::.:::::::.:::..: :... : : :..: .. :
CCDS82 AIVSVLVILISIVIFCLETLPEFRDEKD---YPASTSQDSFEAAGNSTSGSRAGAS--SF
240 250 260 270 280 290
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 NDPFFVVETLCICWFSFELLVRLLVCPSKAIFFKNVMNLIDFVAILPYFVALGTELARQR
.::::::::::: :::::::::...::::: : .:.:::::.:::.:::..::::::...
CCDS82 SDPFFVVETLCIIWFSFELLVRFFACPSKATFSRNIMNLIDIVAIIPYFITLGTELAERQ
300 310 320 330 340 350
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 GVGQQAMSLAILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLRASMRELGLLIFFLFIGVVL
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::.:
CCDS82 GNGQQAMSLAILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLKASMRELGLLIFFLFIGVIL
360 370 380 390 400 410
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 FSSAVYFAEVDRVDSHFTSIPESFWWAVVTMTTVGYGDMAPVTVGGKIVGSLCAIAGVLT
:::::::::.: : :.:::..:::::::::::::::: :::.::::::::::::::::
CCDS82 FSSAVYFAEADDPTSGFSSIPDAFWWAVVTMTTVGYGDMHPVTIGGKIVGSLCAIAGVLT
420 430 440 450 460 470
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 ISLPVPVIVSNFSYFYHRETEGEEAGMFSHVDMQPCGPLEGKANGGLVDGEVPELPPPLW
:.::::::::::.::::::::::: ... :: : : ..:
CCDS82 IALPVPVIVSNFNYFYHRETEGEEQSQYMHVG--SCQHLSSSAEELRKARSNSTLSKSEY
480 490 500 510 520
450
pF1KE4 APPGKHLVTEV
CCDS82 MVIEEGGMNHSAFPQTPFKTGNSTATCTTNNNPNSCVNIKKIFTDV
530 540 550 560 570
>>CCDS41629.1 KCNA4 gene_id:3739|Hs108|chr11 (653 aa)
initn: 1944 init1: 821 opt: 1910 Z-score: 2007.1 bits: 381.1 E(32554): 1.8e-105
Smith-Waterman score: 1910; 69.4% identity (86.4% similar) in 412 aa overlap (11-415:174-581)
10 20 30 40
pF1KE4 MEPRCPPPCGCCERLVLNVAGLRFETRARTLGRFPDTLLG
::::.:.::.::::::. .::..::.::::
CCDS41 EDDHGDECSYTDLLPQDEGGGGYSSVRYSDCCERVVINVSGLRFETQMKTLAQFPETLLG
150 160 170 180 190 200
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 DPARRGRFYDDARREYFFDRHRPSFDAVLYYYQSGGRLRRPAHVPLDVFLEEVAFYGLGA
:: .: ...: : ::::::.::::::.::::::::::.::..::.:.: ::: :: ::
CCDS41 DPEKRTQYFDPLRNEYFFDRNRPSFDAILYYYQSGGRLKRPVNVPFDIFTEEVKFYQLGE
210 220 230 240 250 260
110 120 130 140 150
pF1KE4 AALARLREDEGCPVPPE-RPLPRRAFARQLWLLFEFPESSQAARVLAVVSVLVILVSIVV
:: ..::::: : : ::. : .:.:::::.::::. :: .:.:::::::.:::.
CCDS41 EALLKFREDEGFVREEEDRALPENEFKKQIWLLFEYPESSSPARGIAIVSVLVILISIVI
270 280 290 300 310 320
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 FCLETLPDFRDDRDGTGLAAAAAAGPFPAPLNGSSQMPG--NPPRLPFNDPFFVVETLCI
:::::::.:::::: :. : .:: . :: .: : : . ::::::.:::.::
CCDS41 FCLETLPEFRDDRD---LVMALSAGGHGGLLNDTSA-PHLENSGHTIFNDPFFIVETVCI
330 340 350 360 370
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 CWFSFELLVRLLVCPSKAIFFKNVMNLIDFVAILPYFVALGTELARQRGVG----QQAMS
:::::..:: ..:::.:.::::.::.::.:.:::::..:::.::.:.: : :::::
CCDS41 VWFSFEFVVRCFACPSQALFFKNIMNIIDIVSILPYFITLGTDLAQQQGGGNGQQQQAMS
380 390 400 410 420 430
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 LAILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLRASMRELGLLIFFLFIGVVLFSSAVYFA
.::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::
CCDS41 FAILRIIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGHTLRASMRELGLLIFFLFIGVILFSSAVYFA
440 450 460 470 480 490
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 EVDRVDSHFTSIPESFWWAVVTMTTVGYGDMAPVTVGGKIVGSLCAIAGVLTISLPVPVI
:.:. .:: :::..:::::::::::::::: :.:::::::::::::::::::.::::::
CCDS41 EADEPTTHFQSIPDAFWWAVVTMTTVGYGDMKPITVGGKIVGSLCAIAGVLTIALPVPVI
500 510 520 530 540 550
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 VSNFSYFYHRETEGEEAGMFSHVDMQPCGPLEGKANGGLVDGEVPELPPPLWAPPGKHLV
::::.::::::::.:: ....
CCDS41 VSNFNYFYHRETENEEQTQLTQNAVSCPYLPSNLLKKFRSSTSSSLGDKSEYLEMEEGVK
560 570 580 590 600 610
>>CCDS827.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1 (499 aa)
initn: 1928 init1: 839 opt: 1884 Z-score: 1981.3 bits: 376.0 E(32554): 4.9e-104
Smith-Waterman score: 1884; 68.0% identity (83.8% similar) in 419 aa overlap (11-423:31-439)
10 20 30 40
pF1KE4 MEPRCPPPCGCCERLVLNVAGLRFETRARTLGRFPDTLLG
::::.:.:..::::::. .::..::.::::
CCDS82 MTVATGDPADEAAALPGHPQDTYDPEADHECCERVVINISGLRFETQLKTLAQFPETLLG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 DPARRGRFYDDARREYFFDRHRPSFDAVLYYYQSGGRLRRPAHVPLDVFLEEVAFYGLGA
:: .: :..: : ::::::.::::::.:::::::::::::..::::.: ::. :: ::
CCDS82 DPKKRMRYFDPLRNEYFFDRNRPSFDAILYYYQSGGRLRRPVNVPLDIFSEEIRFYELGE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 AALARLREDEGCPVPPERPLPRRAFARQLWLLFEFPESSQAARVLAVVSVLVILVSIVVF
:. .::::: :::::. : ::.:::::.:::: ::..:.:::.:::.::: :
CCDS82 EAMEMFREDEGYIKEEERPLPENEFQRQVWLLFEYPESSGPARIIAIVSVMVILISIVSF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KE4 CLETLPDFRD---DRDGTGLAAAAAAGPFPAPLNGSSQMPGNPPRLPFNDPFFVVETLCI
:::::: ::: : :.:.. : . :.. : :.::::.::::::
CCDS82 CLETLPIFRDENEDMHGSGVT-------FHTYSNST---IGYQQSTSFTDPFFIVETLCI
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 CWFSFELLVRLLVCPSKAIFFKNVMNLIDFVAILPYFVALGTELARQ---RGVGQQAMSL
:::::.:::...::::: :: :.::.::.:::.:::..::::::.. :::::::
CCDS82 IWFSFEFLVRFFACPSKAGFFTNIMNIIDIVAIIPYFITLGTELAEKPEDAQQGQQAMSL
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 AILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLRASMRELGLLIFFLFIGVVLFSSAVYFAE
:::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::.::::::::::
CCDS82 AILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLKASMRELGLLIFFLFIGVILFSSAVYFAE
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 VDRVDSHFTSIPESFWWAVVTMTTVGYGDMAPVTVGGKIVGSLCAIAGVLTISLPVPVIV
.:. .:.: :::..::::::.:::::::::.:.:.:::::::::::::::::.:::::::
CCDS82 ADERESQFPSIPDAFWWAVVSMTTVGYGDMVPTTIGGKIVGSLCAIAGVLTIALPVPVIV
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 SNFSYFYHRETEGEEAGMFSHVDMQPCGPLEGKANGGLVDGEVPELPPPLWAPPGKHLVT
:::.::::::::::: ... .: : :
CCDS82 SNFNYFYHRETEGEEQAQYLQVTSCPKIPSSPDLKKSRSASTISKSDYMEIQEGVNNSNE
420 430 440 450 460 470
>>CCDS8535.1 KCNA1 gene_id:3736|Hs108|chr12 (495 aa)
initn: 1941 init1: 844 opt: 1156 Z-score: 1216.7 bits: 234.5 E(32554): 1.9e-61
Smith-Waterman score: 1904; 68.9% identity (87.0% similar) in 408 aa overlap (11-416:35-430)
10 20 30 40
pF1KE4 MEPRCPPPCGCCERLVLNVAGLRFETRARTLGRFPDTLLG
::::.:.:..::::::. .::..::.::::
CCDS85 SGENVDEASAAPGHPQDGSYPRQADHDDHECCERVVINISGLRFETQLKTLAQFPNTLLG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 DPARRGRFYDDARREYFFDRHRPSFDAVLYYYQSGGRLRRPAHVPLDVFLEEVAFYGLGA
.: .: :..: : ::::::.::::::.:::::::::::::..::::.: ::. :: ::
CCDS85 NPKKRMRYFDPLRNEYFFDRNRPSFDAILYYYQSGGRLRRPVNVPLDMFSEEIKFYELGE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 AALARLREDEGCPVPPERPLPRRAFARQLWLLFEFPESSQAARVLAVVSVLVILVSIVVF
:. ..::::: :::::.. . ::.:::::.:::: :::.:.:::.:::.:::.:
CCDS85 EAMEKFREDEGFIKEEERPLPEKEYQRQVWLLFEYPESSGPARVIAIVSVMVILISIVIF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 CLETLPDFRDDRDGTGLAAAAAAGPFPAPLNGSSQMPGNPPRLPFNDPFFVVETLCICWF
::::::...::.: :: . : . . .: :.::::.:::::: ::
CCDS85 CLETLPELKDDKDFTGTVHRID--------NTTVIYNSNI----FTDPFFIVETLCIIWF
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KE4 SFELLVRLLVCPSKAIFFKNVMNLIDFVAILPYFVALGTELARQRGV--GQQAMSLAILR
::::.::...::::. ::::.::.::.:::.:::..::::.:.:.: :.:: ::::::
CCDS85 SFELVVRFFACPSKTDFFKNIMNFIDIVAIIPYFITLGTEIAEQEGNQKGEQATSLAILR
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 VIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLRASMRELGLLIFFLFIGVVLFSSAVYFAEVDRV
:::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::.::::::::::....
CCDS85 VIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLKASMRELGLLIFFLFIGVILFSSAVYFAEAEEA
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 DSHFTSIPESFWWAVVTMTTVGYGDMAPVTVGGKIVGSLCAIAGVLTISLPVPVIVSNFS
.:::.:::..::::::.::::::::: :::.:::::::::::::::::.::::::::::.
CCDS85 ESHFSSIPDAFWWAVVSMTTVGYGDMYPVTIGGKIVGSLCAIAGVLTIALPVPVIVSNFN
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 YFYHRETEGEEAGMFSHVDMQPCGPLEGKANGGLVDGEVPELPPPLWAPPGKHLVTEV
::::::::::: ... ::
CCDS85 YFYHRETEGEEQAQLLHVSSPNLASDSDLSRRSSSTMSKSEYMEIEEDMNNSIAHYRQVN
420 430 440 450 460 470
>>CCDS55625.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1 (356 aa)
initn: 1134 init1: 771 opt: 1139 Z-score: 1200.7 bits: 231.1 E(32554): 1.5e-60
Smith-Waterman score: 1139; 58.7% identity (77.3% similar) in 300 aa overlap (11-304:31-318)
10 20 30 40
pF1KE4 MEPRCPPPCGCCERLVLNVAGLRFETRARTLGRFPDTLLG
::::.:.:..::::::. .::..::.::::
CCDS55 MTVATGDPADEAAALPGHPQDTYDPEADHECCERVVINISGLRFETQLKTLAQFPETLLG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 DPARRGRFYDDARREYFFDRHRPSFDAVLYYYQSGGRLRRPAHVPLDVFLEEVAFYGLGA
:: .: :..: : ::::::.::::::.:::::::::::::..::::.: ::. :: ::
CCDS55 DPKKRMRYFDPLRNEYFFDRNRPSFDAILYYYQSGGRLRRPVNVPLDIFSEEIRFYELGE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 AALARLREDEGCPVPPERPLPRRAFARQLWLLFEFPESSQAARVLAVVSVLVILVSIVVF
:. .::::: :::::. : ::.:::::.:::: ::..:.:::.:::.::: :
CCDS55 EAMEMFREDEGYIKEEERPLPENEFQRQVWLLFEYPESSGPARIIAIVSVMVILISIVSF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KE4 CLETLPDFRD---DRDGTGLAAAAAAGPFPAPLNGSSQMPGNPPRLPFNDPFFVVETLCI
:::::: ::: : :.:.. : . :.. : :.::::.::::::
CCDS55 CLETLPIFRDENEDMHGSGVT-------FHTYSNSTI---GYQQSTSFTDPFFIVETLCI
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 CWFSFELLVRLLVCPSKAIFFKNVMNLIDFVAILPYFVALGTELARQ---RGVGQQAMSL
:::::.:::...::::: :: :.::.::.:::.:::..::::::.. :::::::
CCDS55 IWFSFEFLVRFFACPSKAGFFTNIMNIIDIVAIIPYFITLGTELAEKPEDAQQGQQAMSL
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 AILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLRASMRELGLLIFFLFIGVVLFSSAVYFAE
:::::::: : : .. .. ..: : :. .
CCDS55 AILRVIRLER--RPLQSQKSKRGRQHLNTSHDCTLGINLVAGMTVQWTRASGPDDRQTPA
300 310 320 330 340
>>CCDS8536.1 KCNA5 gene_id:3741|Hs108|chr12 (613 aa)
initn: 1886 init1: 824 opt: 1118 Z-score: 1175.6 bits: 227.2 E(32554): 3.7e-59
Smith-Waterman score: 1865; 66.7% identity (83.4% similar) in 427 aa overlap (13-423:120-546)
10 20 30 40
pF1KE4 MEPRCPPPCGCCERLVLNVAGLRFETRARTLGRFPDTLLGDP
.:. .:..::::::. ::..::.::::::
CCDS85 RPPPEDEEEEGDPGLGTVEDQALGTASLHHQRVHINISGLRFETQLGTLAQFPNTLLGDP
90 100 110 120 130 140
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 ARRGRFYDDARREYFFDRHRPSFDAVLYYYQSGGRLRRPAHVPLDVFLEEVAFYGLGAAA
:.: :..: : ::::::.:::::..:::::::::::::..: :::: .:. :: :: :
CCDS85 AKRLRYFDPLRNEYFFDRNRPSFDGILYYYQSGGRLRRPVNVSLDVFADEIRFYQLGDEA
150 160 170 180 190 200
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 LARLREDEGCPVPPERPLPRRAFARQLWLLFEFPESSQAARVLAVVSVLVILVSIVVFCL
. :.::::: :.:::: : ::.::.::.:::: .::..:.:::::::.::..:::
CCDS85 MERFREDEGFIKEEEKPLPRNEFQRQVWLIFEYPESSGSARAIAIVSVLVILISIITFCL
210 220 230 240 250 260
170 180 190 200 210
pF1KE4 ETLPDFRDDRDGTGLAAAAAAGPFPAP-LNGSSQM--PGNP---PRLP--FNDPFFVVET
::::.:::.:. : : ::: :::. : :..: : :: . ::::.:::
CCDS85 ETLPEFRDERELLRHPPAPHQPPAPAPGANGSGVMAPPSGPTVAPLLPRTLADPFFIVET
270 280 290 300 310 320
220 230 240 250 260
pF1KE4 LCICWFSFELLVRLLVCPSKAIFFKNVMNLIDFVAILPYFVALGTELARQRG-------V
:. ::.::::::...::::: : .:.::.:: :::.:::..::::::.:.
CCDS85 TCVIWFTFELLVRFFACPSKAGFSRNIMNIIDVVAIFPYFITLGTELAEQQPGGGGGGQN
330 340 350 360 370 380
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 GQQAMSLAILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLRASMRELGLLIFFLFIGVVLFS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:::::::::::::::::.:::
CCDS85 GQQAMSLAILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGKTLQASMRELGLLIFFLFIGVILFS
390 400 410 420 430 440
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 SAVYFAEVDRVDSHFTSIPESFWWAVVTMTTVGYGDMAPVTVGGKIVGSLCAIAGVLTIS
:::::::.: .::.:::..:::::::::::::::: :.:::::::::::::::::::.
CCDS85 SAVYFAEADNQGTHFSSIPDAFWWAVVTMTTVGYGDMRPITVGGKIVGSLCAIAGVLTIA
450 460 470 480 490 500
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 LPVPVIVSNFSYFYHRETEGEEAGMFSHVD-MQPCGPLEGKANGGLVDGEVPELPPPLWA
::::::::::.:::::::. :: ..... . : ::
CCDS85 LPVPVIVSNFNYFYHRETDHEEPAVLKEEQGTQSQGPGLDRGVQRKVSGSRGSFCKAGGT
510 520 530 540 550 560
450
pF1KE4 PPGKHLVTEV
CCDS85 LENADSARRGSCPLEKCNVKAKSNVDLRRSLYALCLDTSRETDL
570 580 590 600 610
>>CCDS826.1 KCNA10 gene_id:3744|Hs108|chr1 (511 aa)
initn: 1785 init1: 818 opt: 1081 Z-score: 1137.7 bits: 219.9 E(32554): 4.7e-57
Smith-Waterman score: 1766; 64.6% identity (85.0% similar) in 412 aa overlap (2-409:72-472)
10 20
pF1KE4 MEPRCPPPCGCCE---RLVLNVAGLRFETRA
.: : : : :...:.:::::::.
CCDS82 GGSSFSNGKILISESTNHETAFSKLPGDYADPPGPEPVVLNEGNQRVIINIAGLRFETQL
50 60 70 80 90 100
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 RTLGRFPDTLLGDPARRGRFYDDARREYFFDRHRPSFDAVLYYYQSGGRLRRPAHVPLDV
:::..::.::::: .: .:.:. : ::::::.:::::..::::::::..::::.::.:.
CCDS82 RTLSQFPETLLGDREKRMQFFDSMRNEYFFDRNRPSFDGILYYYQSGGKIRRPANVPIDI
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 FLEEVAFYGLGAAALARLREDEGCPVPPERPLPRRAFARQLWLLFEFPESSQAARVLAVV
: .:..:: ::. :. ..::::: :: :: . ::.:::::.::::.:::..:::
CCDS82 FADEISFYELGSEAMDQFREDEGFIKDPETLLPTNDIHRQFWLLFEYPESSSAARAVAVV
170 180 190 200 210 220
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 SVLVILVSIVVFCLETLPDFRDDRDGTGLAAAAAAGPFPAPLNGSSQMPGNPPRLPFNDP
::::...::..:::::::.::.::. .. : :: :. . . . :.::
CCDS82 SVLVVVISITIFCLETLPEFREDRE-----LKVVRDP---NLNMSKTVLS---QTMFTDP
230 240 250 260 270
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 FFVVETLCICWFSFELLVRLLVCPSKAIFFKNVMNLIDFVAILPYFVALGTELARQ-RGV
::.::. :: ::.:::..:..:::::. ::.:.::.::...:.:::..: :::... .
CCDS82 FFMVESTCIVWFTFELVLRFVVCPSKTDFFRNIMNIIDIISIIPYFATLITELVQETEPS
280 290 300 310 320 330
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 GQQAMSLAILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLRASMRELGLLIFFLFIGVVLFS
.:: :::::::.::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::.:::
CCDS82 AQQNMSLAILRIIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLKASMRELGLLIFFLFIGVILFS
340 350 360 370 380 390
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 SAVYFAEVDRVDSHFTSIPESFWWAVVTMTTVGYGDMAPVTVGGKIVGSLCAIAGVLTIS
:::::::::. .:::.:::..:::::::::::::::: :.: ::::::.::::::::::.
CCDS82 SAVYFAEVDEPESHFSSIPDGFWWAVVTMTTVGYGDMCPTTPGGKIVGTLCAIAGVLTIA
400 410 420 430 440 450
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 LPVPVIVSNFSYFYHRETEGEEAGMFSHVDMQPCGPLEGKANGGLVDGEVPELPPPLWAP
::::::::::.::::::::.::
CCDS82 LPVPVIVSNFNYFYHRETENEEKQNIPGEIERILNSVGSRMGSTDSLNKTNGGCSTEKSR
460 470 480 490 500 510
>>CCDS8534.1 KCNA6 gene_id:3742|Hs108|chr12 (529 aa)
initn: 1931 init1: 860 opt: 864 Z-score: 909.6 bits: 177.8 E(32554): 2.4e-44
Smith-Waterman score: 1906; 63.4% identity (77.3% similar) in 497 aa overlap (10-456:36-529)
10 20 30
pF1KE4 MEPRCPPPCGCC--ERLVLNVAGLRFETRARTLGRFPDT
::: ::::.:..::::::. :::. ::::
CCDS85 SLTLAAPGEVRGPEGEQQDAGDFPEAGGGGGCCSSERLVINISGLRFETQLRTLSLFPDT
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 LLGDPARRGRFYDDARREYFFDRHRPSFDAVLYYYQSGGRLRRPAHVPLDVFLEEVAFYG
:::::.:: ::.: : ::::::.::::::.:::::::::::::..::::.::::. ::
CCDS85 LLGDPGRRVRFFDPLRNEYFFDRNRPSFDAILYYYQSGGRLRRPVNVPLDIFLEEIRFYQ
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 LGAAALARLREDEGCPVPP----ERPLPRRAFARQLWLLFEFPESSQAARVLAVVSVLVI
:: ::: .:::::: .: :.::: . : ::.:::::.:::: :: .:.::::::
CCDS85 LGDEALAAFREDEGC-LPEGGEDEKPLPSQPFQRQVWLLFEYPESSGPARGIAIVSVLVI
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190
pF1KE4 LVSIVVFCLETLPDFR-DDRDGT--GLAAAAAA-------------------GPFPAPLN
:.:::.:::::::.:: : : :. :.. .. . : :. ..
CCDS85 LISIVIFCLETLPQFRVDGRGGNNGGVSRVSPVSRGSQEEEEDEDDSYTFHHGITPGEMG
190 200 210 220 230 240
200 210 220 230 240
pF1KE4 --GSSQMPGNPPRLPFNDPFFVVETLCICWFSFELLVRLLVCPSKAIFFKNVMNLIDFVA
:::.. . :.::::.:::::: ::.::::::. .:::: ::.:.::.::.::
CCDS85 TGGSSSLSTLGGSF-FTDPFFLVETLCIVWFTFELLVRFSACPSKPAFFRNIMNIIDLVA
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290
pF1KE4 ILPYFVALGTELARQR---------GV-GQQAMSLAILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQ
:.:::..:::::..:. : ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 IFPYFITLGTELVQQQEQQPASGGGGQNGQQAMSLAILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQ
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 ILGQTLRASMRELGLLIFFLFIGVVLFSSAVYFAEVDRVDSHFTSIPESFWWAVVTMTTV
:::.::.:::::::::::::::::.::::::::::.: :: : :::..:::::::::::
CCDS85 ILGKTLQASMRELGLLIFFLFIGVILFSSAVYFAEADDDDSLFPSIPDAFWWAVVTMTTV
370 380 390 400 410 420
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 GYGDMAPVTVGGKIVGSLCAIAGVLTISLPVPVIVSNFSYFYHRETEGEEAGMFSHVDM-
::::: :.:::::::::::::::::::.::::::::::.:::::::: :: :...::
CCDS85 GYGDMYPMTVGGKIVGSLCAIAGVLTIALPVPVIVSNFNYFYHRETEQEEQGQYTHVTCG
430 440 450 460 470 480
420 430 440 450
pF1KE4 QPCGPLEGKANGGLVDGEVPE---------LPPPLWAPPGKHLVTEV
:: :.. :: : . :: :: : : :...:::
CCDS85 QPAPDLRATDNG-LGKPDFPEANRERRPSYLPTPHRAYAEKRMLTEV
490 500 510 520
>>CCDS13418.1 KCNB1 gene_id:3745|Hs108|chr20 (858 aa)
initn: 918 init1: 526 opt: 755 Z-score: 792.4 bits: 156.8 E(32554): 8.2e-38
Smith-Waterman score: 890; 40.6% identity (63.3% similar) in 433 aa overlap (11-410:29-429)
10 20 30 40
pF1KE4 MEPRCPPPCGCCERLVLNVAGLRFETRARTLGRFPDTLLG--
: .:. :::.:: :. ::: :.: : ::
CCDS13 MPAGMTKHGSRSTSSLPPEPMEIVRSKACSRRVRLNVGGLAHEVLWRTLDRLPRTRLGKL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KE4 -DPARRGRFY---DDAR---REYFFDRHRPSFDAVLYYYQSGGRLRRPAHVPLDVFLEEV
: . . :: ::::::: .: ..: .:..: ::. .. : .:.
CCDS13 RDCNTHDSLLEVCDDYSLDDNEYFFDRHPGAFTSILNFYRTG-RLHMMEEMCALSFSQEL
70 80 90 100 110
100 110 120 130
pF1KE4 AFYGLGAAAL-----AR------------------LREDEGCPVPPERPLPRRAFARQLW
..:. : :: ::: :: .: ..::
CCDS13 DYWGIDEIYLESCCQARYHQKKEQMNEELKREAETLREREGEEFDNTCCAEKR---KKLW
120 130 140 150 160 170
140 150 160 170 180 190
pF1KE4 LLFEFPESSQAARVLAVVSVLVILVSIVVFCLETLPDFRDDRDGTGLAAAAAAGPFPAPL
:.: :.:: ::..::..:.. :..: ... :.:::.... :
CCDS13 DLLEKPNSSVAAKILAIISIMFIVLSTIALSLNTLPELQS-------------------L
180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 NGSSQMPGNPPRLPFNDPFFVVETLCICWFSFELLVRLLVCPSKAIFFKNVMNLIDFVAI
. .: :: .: ::..:: ::..: :.:.: :.: :::. .: ::..::
CCDS13 DEFGQSTDNP-QLAH------VEAVCIAWFTMEYLLRFLSSPKKWKFFKGPLNAIDLLAI
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300
pF1KE4 LPYFVALG-TELARQRGVGQQAMSLAILRVIRLVRVFRIFKLSRHSKGLQILGQTLRASM
:::.:.. :: ...: : .....:..:..::.::.::: ::: :: ::: :.
CCDS13 LPYYVTIFLTE--SNKSVLQFQNVRRVVQIFRIMRILRILKLARHSTGLQSLGFTLRRSY
280 290 300 310 320
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 RELGLLIFFLFIGVVLFSSAVYFAEVDRVDSHFTSIPESFWWAVVTMTTVGYGDMAPVTV
::::::.:: .:...::: :.::: :. :..: ::: :::::..:::::::::. : :.
CCDS13 NELGLLILFLAMGIMIFSSLVFFAEKDEDDTKFKSIPASFWWATITMTTVGYGDIYPKTL
330 340 350 360 370 380
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 GGKIVGSLCAIAGVLTISLPVPVIVSNFSYFYHRETEGEEAGMFSHVDMQPCGPLEGKAN
:::::.:: :::::.:.::.:.::.::: ::... . :.:
CCDS13 LGKIVGGLCCIAGVLVIALPIPIIVNNFSEFYKEQKRQEKAIKRREALERAKRNGSIVSM
390 400 410 420 430 440
430 440 450
pF1KE4 GGLVDGEVPELPPPLWAPPGKHLVTEV
CCDS13 NMKDAFARSIEMMDIVVEKNGENMGKKDKVQDNHLSPNKWKWTKRTLSETSSSKSFETKE
450 460 470 480 490 500
456 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 14:34:48 2016 done: Mon Nov 7 14:34:48 2016
Total Scan time: 3.440 Total Display time: 0.100
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]