Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4088
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4088, 452 aa
1>>>pF1KE4088 452 - 452 aa - 452 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2506+/-0.00101; mu= 9.0899+/- 0.060
mean_var=163.3002+/-34.056, 0's: 0 Z-trim(109.2): 126 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.100365
statistics sampled from 10588 (10727) to 10588 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.698), E-opt: 0.2 (0.33), width: 16
Scan time: 2.490
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 ( 452) 2448 366.8 2.5e-101
CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 ( 452) 2400 359.8 3.1e-99
CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 ( 452) 2390 358.4 8.6e-99
CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 ( 452) 2354 353.2 3.2e-97
CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 1548 236.5 4.3e-62
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 1414 217.1 3e-56
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 1412 216.8 3.6e-56
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 1325 204.2 2.3e-52
CCDS60929.1 TRIM77 gene_id:390231|Hs108|chr11 ( 450) 1236 191.3 1.7e-48
CCDS7947.2 TRIM48 gene_id:79097|Hs108|chr11 ( 224) 946 149.0 4.5e-36
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 803 128.6 1.3e-29
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 799 128.0 2e-29
CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 751 121.1 2.4e-27
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 735 118.8 1.2e-26
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 727 117.6 2.8e-26
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 696 113.1 6.1e-25
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 659 107.8 2.5e-23
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 644 105.6 1.1e-22
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 579 96.2 8e-20
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 557 93.0 7e-19
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 484 82.5 1.1e-15
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 484 82.5 1.1e-15
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 469 80.1 3.8e-15
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 453 77.8 1.9e-14
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 448 77.1 3e-14
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 450 77.5 3.3e-14
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 450 77.6 3.4e-14
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 448 77.2 4.1e-14
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 450 77.7 4.9e-14
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 440 76.1 9.3e-14
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 434 75.2 1.7e-13
CCDS32437.1 TRIM72 gene_id:493829|Hs108|chr16 ( 477) 432 74.9 2e-13
CCDS4678.1 TRIM26 gene_id:7726|Hs108|chr6 ( 539) 401 70.5 4.8e-12
CCDS6056.2 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 ( 493) 395 69.6 8.3e-12
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 390 68.8 1.2e-11
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 380 67.4 3.7e-11
CCDS5679.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 500) 373 66.4 7.6e-11
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 369 65.7 9.6e-11
>>CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 2448 init1: 2448 opt: 2448 Z-score: 1932.5 bits: 366.8 E(32554): 2.5e-101
Smith-Waterman score: 2448; 76.1% identity (90.0% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRALTCPICMSYFIDPVTIDCGHSFCRPCLYLNWQDTAVLAQCSECKKTTR
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CCDS55 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDSPFLVQCSECTKSTG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QRNLNTDICLKNMAFIARKASLRQFLNSEEQICGMHRETKKMFCEVDKSLLCLPCSNSQE
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CCDS55 QINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSSSQE
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130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRNHIHCPIEWAAEERREELLKKMQSLWEKACENLRNLNMETTRTRCWKDYVSLRIEAIR
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CCDS55 HRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFLHEEEQHHLERLRKEGEDIFQQLNESKARMEHSRELLRGMYEDLKQMCHKA
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CCDS55 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRYESLLLQVSEPVNPELSAGPITGLLDSLSGFRVDFTLQPERANSHI
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CCDS55 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCGDLRSMNVGCDPQDDPDITGKSECFLVWGAQAFTSGKYYWEVHMGDSWNWAFGVCNN
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CCDS55 FLCEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YWKEKRQNDKIDGEEGLFLLGCVKEDTHCSLFTTSPLVVQYVPRPTSTVGLFLDCEGRTV
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CCDS55 YWKEKNQNEKIDGEDGLFLLGCVKNDIQRSLFTTSPLLLQYIPRPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 SFVDVDQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCSHF
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CCDS55 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 2400 init1: 2400 opt: 2400 Z-score: 1895.0 bits: 359.8 E(32554): 3.1e-99
Smith-Waterman score: 2400; 74.8% identity (89.2% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRALTCPICMSYFIDPVTIDCGHSFCRPCLYLNWQDTAVLAQCSECKKTTR
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CCDS53 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QRNLNTDICLKNMAFIARKASLRQFLNSEEQICGMHRETKKMFCEVDKSLLCLPCSNSQE
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CCDS53 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRNHIHCPIEWAAEERREELLKKMQSLWEKACENLRNLNMETTRTRCWKDYVSLRIEAIR
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CCDS53 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFLHEEEQHHLERLRKEGEDIFQQLNESKARMEHSRELLRGMYEDLKQMCHKA
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CCDS53 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRYESLLLQVSEPVNPELSAGPITGLLDSLSGFRVDFTLQPERANSHI
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CCDS53 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCGDLRSMNVGCDPQDDPDITGKSECFLVWGAQAFTSGKYYWEVHMGDSWNWAFGVCNN
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CCDS53 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YWKEKRQNDKIDGEEGLFLLGCVKEDTHCSLFTTSPLVVQYVPRPTSTVGLFLDCEGRTV
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CCDS53 YRKEKNQNEKIDGKEGLFLLGCIKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 SFVDVDQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCSHF
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CCDS53 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 2390 init1: 2390 opt: 2390 Z-score: 1887.1 bits: 358.4 E(32554): 8.6e-99
Smith-Waterman score: 2390; 74.6% identity (88.9% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRALTCPICMSYFIDPVTIDCGHSFCRPCLYLNWQDTAVLAQCSECKKTTR
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pF1KE4 QRNLNTDICLKNMAFIARKASLRQFLNSEEQICGMHRETKKMFCEVDKSLLCLPCSNSQE
: ::.:.: ::.:: .:::.:: ::.::::.:: ::::::.:::::.::::: ::.:::
CCDS82 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
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pF1KE4 HRNHIHCPIEWAAEERREELLKKMQSLWEKACENLRNLNMETTRTRCWKDYVSLRIEAIR
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CCDS82 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
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190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFLHEEEQHHLERLRKEGEDIFQQLNESKARMEHSRELLRGMYEDLKQMCHKA
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CCDS82 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRYESLLLQVSEPVNPELSAGPITGLLDSLSGFRVDFTLQPERANSHI
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CCDS82 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCGDLRSMNVGCDPQDDPDITGKSECFLVWGAQAFTSGKYYWEVHMGDSWNWAFGVCNN
:: :::: .::: :: : .:. . ::.::.:.:::::::::::.::::::::::::
CCDS82 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YWKEKRQNDKIDGEEGLFLLGCVKEDTHCSLFTTSPLVVQYVPRPTSTVGLFLDCEGRTV
: ::: ::.::::. :::::::::.: .:::::::::..::.:.::: ::::::::..::
CCDS82 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 SFVDVDQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCSHF
:::::.::::::::::::::::::::::: ::
CCDS82 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 (452 aa)
initn: 2430 init1: 2354 opt: 2354 Z-score: 1859.0 bits: 353.2 E(32554): 3.2e-97
Smith-Waterman score: 2354; 73.7% identity (86.9% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRALTCPICMSYFIDPVTIDCGHSFCRPCLYLNWQDTAVLAQCSECKKTTR
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pF1KE4 QRNLNTDICLKNMAFIARKASLRQFLNSEEQICGMHRETKKMFCEVDKSLLCLPCSNSQE
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:: : ::: ::::::.::.:::::::::::.::: ::::.:::: :::::..:.::::
CCDS60 HRYHRHCPAEWAAEEHREKLLKKMQSLWEKVCENQRNLNVETTRISHWKDYVNVRLEAIR
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pF1KE4 AEYQKMPAFLHEEEQHHLERLRKEGEDIFQQLNESKARMEHSRELLRGMYEDLKQMCHKA
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CCDS60 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGTYAELMKMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRYESLLLQVSEPVNPELSAGPITGLLDSLSGFRVDFTLQPERANSHI
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CCDS60 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNLELRAGPITGLRDRLNQFRVDITLPHNEANSHI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCGDLRSMNVGCDPQDDPDITGKSECFLVWGAQAFTSGKYYWEVHMGDSWNWAFGVCNN
: :::::. .::: :. : ::. ::.::::.:::::::::::.::::::::::::.
CCDS60 FRRGDLRSICIGCDRQNAPHITATPTSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNK
310 320 330 340 350 360
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pF1KE4 YWKEKRQNDKIDGEEGLFLLGCVKEDTHCSLFTTSPLVVQYVPRPTSTVGLFLDCEGRTV
::: :: .: :::::: :::::.: .:::::::::..:::::::. ::::::::.:::
CCDS60 YWKGTNQNGNIHGEEGLFSLGCVKNDIQCSLFTTSPLTLQYVPRPTNHVGLFLDCEARTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 SFVDVDQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCSHF
:::::.::: :.::::::::::::::::: :.
CCDS60 SFVDVNQSSPIHTIPNCSFSPPLRPIFCCVHL
430 440 450
>>CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 (446 aa)
initn: 1527 init1: 1154 opt: 1548 Z-score: 1228.3 bits: 236.5 E(32554): 4.3e-62
Smith-Waterman score: 1548; 50.8% identity (76.1% similar) in 451 aa overlap (1-451:1-445)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRALTCPICMSYFIDPVTIDCGHSFCRPCLYLNWQDTAVLAQCSECKKTTR
:.: . ..::. ::: ::..:..::::: :::::::::: :.:... :.: :.. .
CCDS20 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPANCPACREPSP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QRNLNTDICLKNMAFIARKASLRQFLNSEEQICGMHRETKKMFCEVDKSLLCLPCSNSQE
. ...:.: :::.. ::::::: :::.::.:::: ::.::::::..::::::: ::::::
CCDS20 KMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSLLCLLCSNSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRNHIHCPIEWAAEERREELLKKMQSLWEKACENLRNLNMETTRTRCWKDYVSLRIEAIR
: : : ::: ::::.::.:::.:. ::.: :: ::: : . :. : :: . ::
CCDS20 HGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRGNVVLRAQMIR
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CCDS60 AWT-KRNDMRLDSE-GIFLLLCLKVDDHFSLFSTSPLLPHYIPRPQGWLGVFLDYECGIV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]