Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4087
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4087, 452 aa
1>>>pF1KE4087 452 - 452 aa - 452 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7384+/-0.000456; mu= 17.3837+/- 0.028
mean_var=147.9047+/-32.359, 0's: 0 Z-trim(114.7): 217 B-trim: 1050 in 2/52
Lambda= 0.105459
statistics sampled from 24283 (24627) to 24283 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.653), E-opt: 0.2 (0.289), width: 16
Scan time: 8.830
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containi ( 452) 3018 471.5 2.1e-132
XP_016873516 (OMIM: 606124) PREDICTED: tripartite ( 375) 1410 226.7 8.2e-59
NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 836 139.5 1.9e-32
NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein liga ( 468) 799 133.9 9.1e-31
XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 467) 788 132.2 2.9e-30
NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 488) 706 119.7 1.7e-26
XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 674 114.9 4.9e-25
NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein liga ( 477) 674 114.9 4.9e-25
XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 674 114.9 4.9e-25
XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 674 114.9 4.9e-25
NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 477) 674 114.9 4.9e-25
XP_011542513 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 450) 593 102.5 2.4e-21
NP_001003827 (OMIM: 605684) tripartite motif-conta ( 488) 524 92.1 3.7e-18
NP_067629 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 488) 524 92.1 3.7e-18
NP_001008275 (OMIM: 613288) tripartite motif-conta ( 477) 488 86.6 1.6e-16
NP_477514 (OMIM: 607564) tripartite motif-containi ( 488) 478 85.1 4.7e-16
NP_001003818 (OMIM: 607564) tripartite motif-conta ( 516) 478 85.1 4.9e-16
XP_016873951 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 300) 465 82.8 1.4e-15
NP_149084 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 326) 465 82.8 1.4e-15
XP_005253241 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 326) 465 82.8 1.4e-15
NP_149083 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 347) 465 82.9 1.5e-15
NP_149023 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 493) 466 83.2 1.7e-15
XP_005253240 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 493) 466 83.2 1.7e-15
NP_001128327 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 343) 452 80.9 5.9e-15
NP_067076 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 445 80.1 1.6e-14
XP_016873952 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 440 78.9 1.8e-14
XP_006718421 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 440 78.9 1.8e-14
XP_011518728 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 440 79.0 2e-14
XP_016873950 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 440 79.0 2e-14
XP_016856908 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 434 78.0 3.3e-14
XP_016856907 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 434 78.0 3.3e-14
NP_006065 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein liga ( 498) 437 78.8 3.6e-14
XP_016873949 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 314) 432 77.8 4.6e-14
XP_011518729 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 271) 427 77.0 7.1e-14
NP_569074 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 270) 418 75.6 1.8e-13
NP_001186502 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein l ( 494) 405 74.0 1e-12
NP_001268380 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein l ( 487) 378 69.8 1.8e-11
NP_835226 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein liga ( 487) 378 69.8 1.8e-11
NP_001291425 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein l ( 262) 372 68.6 2.3e-11
XP_011512567 (OMIM: 609316) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 421) 371 68.7 3.4e-11
NP_008959 (OMIM: 609316) E3 ubiquitin-protein liga ( 425) 371 68.7 3.4e-11
XP_005249431 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 372 69.0 3.6e-11
XP_005249433 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 372 69.0 3.6e-11
NP_003440 (OMIM: 600830) tripartite motif-containi ( 539) 372 69.0 3.6e-11
XP_005249434 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 372 69.0 3.6e-11
NP_001229712 (OMIM: 600830) tripartite motif-conta ( 539) 372 69.0 3.6e-11
XP_005249432 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 372 69.0 3.6e-11
XP_005249435 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 372 69.0 3.6e-11
XP_006715243 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 372 69.0 3.6e-11
NP_001268379 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein l ( 486) 370 68.6 4.1e-11
>>NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containing p (452 aa)
initn: 3018 init1: 3018 opt: 3018 Z-score: 2498.1 bits: 471.5 E(85289): 2.1e-132
Smith-Waterman score: 3018; 95.4% identity (97.6% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDSPFLVQCSECTKSTG
:::::::::: :::::.::::::::::::::::::::::::::.: :::::::::::::
NP_065 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSSSQE
:::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
NP_065 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
:: ::: ::: :::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNEMCHKP
::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::: :::::::::::::::::
NP_065 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
NP_065 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
:: :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YWKEKNQNEKIDGEDGLFLLGCVKNDIQRSLFTTSPLMLQYIPRPTSRVGLFLDCEAKTV
: :::::::::::. ::::::::::::: ::::::::::::::.::::::::::::::::
NP_065 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>XP_016873516 (OMIM: 606124) PREDICTED: tripartite moti (375 aa)
initn: 1395 init1: 1395 opt: 1410 Z-score: 1176.8 bits: 226.7 E(85289): 8.2e-59
Smith-Waterman score: 2349; 78.8% identity (80.8% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDSPFLVQCSECTKSTG
:::::::::: :::::.::::::::::::::::::::::::::.: :::::::::::::
XP_016 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSSSQE
:::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
XP_016 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 HRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
:: ::: ::: :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWK-----------
130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNEMCHKP
XP_016 ------------------------------------------------------------
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANSDI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
XP_016 ------AFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
170 180 190 200 210 220
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLCEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
:: :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
230 240 250 260 270 280
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 YWKEKNQNEKIDGEDGLFLLGCVKNDIQRSLFTTSPLMLQYIPRPTSRVGLFLDCEAKTV
: :::::::::::. ::::::::::::: ::::::::::::::.::::::::::::::::
XP_016 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
290 300 310 320 330 340
430 440 450
pF1KE4 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
350 360 370
>>NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein ligase T (475 aa)
initn: 677 init1: 336 opt: 836 Z-score: 703.7 bits: 139.5 E(85289): 1.9e-32
Smith-Waterman score: 836; 34.5% identity (62.9% similar) in 447 aa overlap (6-447:7-446)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDSPFLVQCSECTKST
: .. .:. ::::.. :..::.:.::::::. :. : . . : : .
NP_003 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKGGGSV--CPVCRQRF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 GQINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSSSQ
::. : .. .:.. ...: ... . :..: : ..::: : . :: .:..:.
NP_003 LLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVCAQSR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 EHRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRC-WKDYVNLRLEA
.:::: :.: ::.:.:::: . : .: : ..:.:: . : :: :. .
NP_003 KHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQ-ELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQKSR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 IRAEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNEMCH
:.::. .. : :::...:. :.: .. .. : ..::.:.. . :. . ::.. ::
NP_003 IHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDRRCH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 KPDVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPEL-SAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEAN
. .:::: .:.:::: :. . .::: :. . ::. : ::::: . ::
NP_003 SSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPDTAN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 SDIFLCEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSF-LAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFG
..: : :.. .: .:..: :. .. ::: : :::.:::: : . : .:
NP_003 PWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAWDLG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 VCNMYWKEKNQNEKIDGEDGLFLLGCV-KNDIQRSLFTTSPLMLQYIPRPTSRVGLFLDC
:: ..:.. .....:.. . :. . . . .:: :: : .::.:::
NP_003 VCRDSVRRKGH-FLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQV---PPCQVGIFLDY
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450
pF1KE4 EAKTVSFVDV-NQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
:: ::: .. ...::::.. .:.:. ::::.:
NP_003 EAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQGST
420 430 440 450 460 470
NP_003 DY
>>NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein ligase T (468 aa)
initn: 687 init1: 259 opt: 799 Z-score: 673.4 bits: 133.9 E(85289): 9.1e-31
Smith-Waterman score: 799; 34.0% identity (60.4% similar) in 450 aa overlap (9-447:10-442)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNW--KDSPFLVQCSECTK
.:.: : ::..:: ::: ::::.::: :. : ..:. : :: .
NP_660 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPY--ACPECRE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 STGQINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSLLCLLCSS
. : ::. : . ::: .::. : . .: .::: :: . ::: :
NP_660 LSPQRNLRPNRPLAKMAEMARR--LHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAACER
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 SQEHRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRC--WKDYVNLR
: :: :: :...:::. . :: .... : .: .. ..... .: : :. .:. .
NP_660 SGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHL-RKQMQDALLFQAQADET-CVLWQKMVESQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 LEAIRAEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKDIFHRLHLSKAKMAHRREILRGMYEELNE
. . .:.... . :::.. :. :... ... ::. . :..... : . ::.
NP_660 RQNVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 MCHKPDVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPEL-SAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHE
:. : . ::: . : :.: ..: :. :. . :: .. . :: . : .:: .:: .
NP_660 RCQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 EANSDIFLCEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSF----LAWGAQTFTSGKYYWEVHVGDS
:: ...: : ::. : .: .: .:. : . : . ::::..::::.:::
NP_660 TANPELILSEDRRSVQRGDLRQALP---DSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDR
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE4 WNWAFGVC--NMYWKEKNQNEKIDGEDGLFLLGCVKNDIQRSLFTTSPLMLQYIPRPTSR
.::.::: :. :::.. .: : .:: :. .:.: .:: : :
NP_660 TSWALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFLGSYYNSSERAL---APLR-----DPPRR
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450
pF1KE4 VGLFLDCEAKTVSFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::.::: :: .:: .....::.. .:. :: :::.:
NP_660 VGIFLDYEAGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGD
410 420 430 440 450 460
NP_660 TLAPQ
>>XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (467 aa)
initn: 706 init1: 239 opt: 788 Z-score: 664.3 bits: 132.2 E(85289): 2.9e-30
Smith-Waterman score: 788; 34.0% identity (60.4% similar) in 450 aa overlap (9-447:10-441)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNW--KDSPFLVQCSECTK
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10 20 30 40 50
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XP_016 VGIFLDYEAGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGD
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XP_016 TLAPQ
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Smith-Waterman score: 706; 30.0% identity (59.2% similar) in 453 aa overlap (6-447:20-465)
10 20 30 40
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: :. : . : :.... ::.. : :... .::..::. . :... .:. :
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:.:. . .:: : :. .. : : .:. . .:.: ::: : . ...
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NP_742 KNAAPLTIRPPTDWE
480
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Smith-Waterman score: 674; 29.9% identity (56.4% similar) in 461 aa overlap (9-448:10-457)
10 20 30 40 50
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.. : ..: : . .: . . . :.: : : : .:.::..:
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Smith-Waterman score: 674; 29.9% identity (56.4% similar) in 461 aa overlap (9-448:10-457)
10 20 30 40 50
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:. : : : :..:: . :::.. :. :. . .. ::. : : . .. . :. .
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.. : ..: : . .: . . . :.: : : : .:.::..:
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::: . ::. ::.::: ..:.. : :.:.... :. : :.. .:.:
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470
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Smith-Waterman score: 674; 29.9% identity (56.4% similar) in 461 aa overlap (9-448:10-457)
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XP_011 ISTVTMWVKG
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>>XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (477 aa)
initn: 630 init1: 257 opt: 674 Z-score: 570.5 bits: 114.9 E(85289): 4.9e-25
Smith-Waterman score: 674; 29.9% identity (56.4% similar) in 461 aa overlap (9-448:10-457)
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pF1KE4 MNSGILQVFQRELICPICMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWKDS---------PFLV
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XP_011 MEAVELARKLQEEATCSICLDYFTDPVMTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSF
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pF1KE4 QCSECTKSTGQINLKTNIHFKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKMFCEVDRSL
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pF1KE4 LCLLCSSSQEHRDHRHCPIESAAEEHQEKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKD
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XP_011 ICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQG
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470
452 residues in 1 query sequences
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Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]