Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4063
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4063, 340 aa
1>>>pF1KE4063 340 - 340 aa - 340 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1346+/-0.000668; mu= 14.9952+/- 0.041
mean_var=124.1164+/-24.604, 0's: 0 Z-trim(115.2): 158 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.115122
statistics sampled from 15541 (15714) to 15541 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.798), E-opt: 0.2 (0.483), width: 16
Scan time: 3.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45082.1 REM2 gene_id:161253|Hs108|chr14 ( 340) 2289 390.4 1.1e-108
CCDS10824.1 RRAD gene_id:6236|Hs108|chr16 ( 308) 814 145.4 5.7e-35
CCDS6261.1 GEM gene_id:2669|Hs108|chr8 ( 296) 768 137.8 1.1e-32
CCDS13181.1 REM1 gene_id:28954|Hs108|chr20 ( 298) 664 120.5 1.8e-27
CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 236) 390 74.9 7.5e-14
CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 219) 382 73.5 1.8e-13
CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 ( 217) 353 68.7 5e-12
CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2 ( 206) 333 65.4 4.8e-11
CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 ( 204) 331 65.0 6e-11
CCDS5460.1 RALA gene_id:5898|Hs108|chr7 ( 206) 328 64.5 8.5e-11
>>CCDS45082.1 REM2 gene_id:161253|Hs108|chr14 (340 aa)
initn: 2289 init1: 2289 opt: 2289 Z-score: 2064.7 bits: 390.4 E(32554): 1.1e-108
Smith-Waterman score: 2289; 100.0% identity (100.0% similar) in 340 aa overlap (1-340:1-340)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MHTDLDTDMDMDTETTALCPSGSRRASPPGTPTPEADATLLKKSEKLLAELDRSGLPSAP
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CCDS45 MHTDLDTDMDMDTETTALCPSGSRRASPPGTPTPEADATLLKKSEKLLAELDRSGLPSAP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GAPRRRGSMPVPYKHQLRRAQAVDELDWPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVMLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GAPRRRGSMPVPYKHQLRRAQAVDELDWPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVMLV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 GESGVGKSTLAGTFGGLQGDSAHEPENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAGGWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GESGVGKSTLAGTFGGLQGDSAHEPENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAGGWL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 RDHCLQTGDAFLIVFSVTDRRSFSKVPETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSREVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RDHCLQTGDAFLIVFSVTDRRSFSKVPETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSREVS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 LEEGRHLAGTLSCKHIETSAALHHNTRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEGPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LEEGRHLAGTLSCKHIETSAALHHNTRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEGPA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE4 PPARRESLTKKAKRFLANLVPRNAKFFKQRSRSCHDLSVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PPARRESLTKKAKRFLANLVPRNAKFFKQRSRSCHDLSVL
310 320 330 340
>>CCDS10824.1 RRAD gene_id:6236|Hs108|chr16 (308 aa)
initn: 798 init1: 440 opt: 814 Z-score: 741.3 bits: 145.4 E(32554): 5.7e-35
Smith-Waterman score: 822; 49.0% identity (68.6% similar) in 306 aa overlap (50-340:21-308)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 PSGSRRASPPGTPTPEADATLLKKSEKLLAELDRSGLPSAPGAPRRRGSMPVPYKH----
: :.. : .:. : .: :::: .
CCDS10 MTLNGGGSGAGGSRGGGQERERRRGSTPWGPAPPLHRRSMPVDERDLQAA
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120
pF1KE4 ----QLRRAQAVD-----ELDWPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVMLVGESGVG
: : : .:::: . : :::.:: . . ....::.:.: :::
CCDS10 LTPGALTAAAAGTGTQGPRLDWPED-----SEDSLSSG--GSDSDESVYKVLLLGAPGVG
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KSTLAGTFGGLQGDSAHEPENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAGGWLRDHCLQ
::.:: :::. ... : : ::.: :.:: ::..:.::::::: :.: :: ::.
CCDS10 KSALARIFGGV--EDGPEAEAAGHTYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQ-DGGRWLPGHCMA
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 TGDAFLIVFSVTDRRSFSKVPETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSREVSLEEGRH
:::..::.::::. :: :. : ..:: .: :.:.:::::::::.::::::..:::
CCDS10 MGDAYVIVYSVTDKGSFEKASELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGRA
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 LAGTLSCKHIETSAALHHNTRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEGPAPPARRE
: ...:: ::::::::::.. ::::.:::::::: ..:...: : :::
CCDS10 CAVVFDCKFIETSAALHHNVQALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQ--------AGTRRRE
230 240 250 260 270
310 320 330 340
pF1KE4 SLTKKAKRFLANLVPRNAK--FFKQRSRSCHDLSVL
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CCDS10 SLGKKAKRFLGRIVARNSRKMAFRAKSKSCHDLSVL
280 290 300
>>CCDS6261.1 GEM gene_id:2669|Hs108|chr8 (296 aa)
initn: 724 init1: 545 opt: 768 Z-score: 700.2 bits: 137.8 E(32554): 1.1e-32
Smith-Waterman score: 768; 45.5% identity (71.3% similar) in 286 aa overlap (58-340:23-296)
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 PPGTPTPEADATLLKKSEKLLAELDRSGLPSAPGAPRRRGSMPVPYKHQLRRAQAVDELD
: :. :. . :.... : ... :
CCDS62 MTLNNVTMRQGTVGMQPQQQRWSIPADGRHLMVQKEPHQYSHRNRHSATPED
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 WPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVMLVGESGVGKSTLAGTFGGLQGDSAHEPEN
.. :: :.::. :.:.. . ..:.:.::.::::::::. :.:.. . . :
CCDS62 HCRRSWSSDSTDSVISSESG----NTYYRVVLIGEQGVGKSTLANIFAGVHDSMDSDCEV
60 70 80 90 100
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 -PEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAGGWLRDHCLQTGDAFLIVFSVTDRRSFSKV
:::::: .::: : .:... :.::. . ::.:::.:.:::.:::.:.::: :: :.
CCDS62 LGEDTYERTLMVDGESATIILLDMWENKGENEWLHDHCMQVGDAYLIVYSITDRASFEKA
110 120 130 140 150 160
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 PETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSREVSLEEGRHLAGTLSCKHIETSAALHHNT
: ..:: .: .:.:.:::::::::.: ::::. ::: : ...:: ::::::..::.
CCDS62 SELRIQLRRARQTEDIPIILVGNKSDLVRCREVSVSEGRACAVVFDCKFIETSAAVQHNV
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 RELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEGPAPPARRESLTKKAKRFLANLVPRNAK-
.::::: :::.:::: .. . .: : :.::. .::.:: ...: .: :
CCDS62 KELFEGIVRQVRLRRDSKEKNERRL--------AYQKRKESMPRKARRFWGKIVAKNNKN
230 240 250 260 270 280
330 340
pF1KE4 -FFKQRSRSCHDLSVL
:: .:.::::::::
CCDS62 MAFKLKSKSCHDLSVL
290
>>CCDS13181.1 REM1 gene_id:28954|Hs108|chr20 (298 aa)
initn: 532 init1: 453 opt: 664 Z-score: 606.9 bits: 120.5 E(32554): 1.8e-27
Smith-Waterman score: 704; 42.6% identity (64.3% similar) in 336 aa overlap (9-340:1-298)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MHTDLDTDMDMDTETTALCPSGSRRASPPGTPTPEADAT-LLKKSEKLLAELDRSGLPSA
: ..:: : : :::: : .:.. :. . .. : : ..
CCDS13 MTLNTEQEAKTPL-HRRASTPLPLSPRGHQPGRLSTVPSTQSQHPRLGQSAS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 PGAPRRRGSMPVPYKHQLRRAQAVDELDWPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVML
. : .. : :.: : :: :: :::: :: :: ...:.:
CCDS13 LNPPTQKPS-PAP-----------D--DW-----SSESSDSEGSWEA-------LYRVVL
60 70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 VGESGVGKSTLAGTFGGLQGDSAHEPENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAG-G
.:. ::::..::. :.: : . :: . ::.::: . :: :..:::: : :: .
CCDS13 LGDPGVGKTSLASLFAGKQERDLHE-QLGEDVYERTLTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKS
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 WLRDHCLQTGDAFLIVFSVTDRRSFSKVPETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSRE
: .. ::: :.:..::.:..:: :: .. : ..:: . .:.::::::.:::: ::
CCDS13 WSQESCLQGGSAYVIVYSIADRGSFESASELRIQLRRTHQADHVPIILVGNKADLARCRE
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 VSLEEGRHLAGTLSCKHIETSAALHHNTRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEG
::.:::: : ...:: :::::.:.::. :::::.:::.:::: :. :. .: .:.
CCDS13 VSVEEGRACAVVFDCKFIETSATLQHNVAELFEGVVRQLRLRR-RDSAA---KEPPAPRR
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KE4 PAPPARRESLTKKAKRFLANLVPRNAKF--FKQRSRSCHDLSVL
:: ::...:.:::: :. :.:. .: ::.:::.:.::
CCDS13 PA------SLAQRARRFLARLTARSARRRALKARSKSCHNLAVL
270 280 290
>>CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 (236 aa)
initn: 374 init1: 271 opt: 390 Z-score: 362.2 bits: 74.9 E(32554): 7.5e-14
Smith-Waterman score: 390; 37.0% identity (67.2% similar) in 189 aa overlap (90-278:14-200)
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 PGAPRRRGSMPVPYKHQLRRAQAVDELDWPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVML
:. . .... .:: ..:: . .:...
CCDS58 MERWLFLGATEEGPKRTMDSGTRPVGSCCSSPAGLSREYKLVM
10 20 30 40
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 VGESGVGKSTLAGTFGGLQGDSAHEPENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAGGW
.: .:::::... : . . :.: . ::.:. :: .: : ..: . : :.. .
CCDS58 LGAGGVGKSAMTMQFISHRFPEDHDP-TIEDAYKIRIRIDDEPANLDILDTAGQAEFTA-
50 60 70 80 90 100
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 LRDHCLQTGDAFLIVFSVTDRRSFSKVPETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSREV
.::. ...:..:.: .:.:::::: .: : . : : ::.:::::::: . :.:
CCDS58 MRDQYMRAGEGFIICYSITDRRSFHEVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDLKQLRQV
110 120 130 140 150 160
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 SLEEGRHLAGTLSCKHIETSAALHHNTRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEGP
. ::: :: .:: .::::: .. ..:.. ::.::
CCDS58 TKEEGLALAREFSCPFFETSAAYRYYIDDVFHALVREIRRKEKEAVLAMEKKSKPKNSVW
170 180 190 200 210 220
300 310 320 330 340
pF1KE4 APPARRESLTKKAKRFLANLVPRNAKFFKQRSRSCHDLSVL
CCDS58 KRLKSPFRKKKDSVT
230
>>CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 (219 aa)
initn: 374 init1: 271 opt: 382 Z-score: 355.4 bits: 73.5 E(32554): 1.8e-13
Smith-Waterman score: 382; 38.6% identity (66.8% similar) in 184 aa overlap (95-278:3-183)
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 RRGSMPVPYKHQLRRAQAVDELDWPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVMLVGESG
::. .:: ..:: . .:....: .:
CCDS11 MDSGTRP-VGSCCSSPAGLSREYKLVMLGAGG
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 VGKSTLAGTFGGLQGDSAHEPENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAGGWLRDHC
::::... : . . :.: . ::.:. :: .: : ..: . : :.. . .::.
CCDS11 VGKSAMTMQFISHRFPEDHDP-TIEDAYKIRIRIDDEPANLDILDTAGQAEFTA-MRDQY
40 50 60 70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LQTGDAFLIVFSVTDRRSFSKVPETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSREVSLEEG
...:..:.: .:.:::::: .: : . : : ::.:::::::: . :.:. :::
CCDS11 MRAGEGFIICYSITDRRSFHEVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDLKQLRQVTKEEG
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 RHLAGTLSCKHIETSAALHHNTRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEGPAPPAR
:: .:: .::::: .. ..:.. ::.::
CCDS11 LALAREFSCPFFETSAAYRYYIDDVFHALVREIRRKEKEAVLAMEKKSKPKNSVWKRLKS
150 160 170 180 190 200
310 320 330 340
pF1KE4 RESLTKKAKRFLANLVPRNAKFFKQRSRSCHDLSVL
CCDS11 PFRKKKDSVT
210
>>CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 (217 aa)
initn: 294 init1: 246 opt: 353 Z-score: 329.4 bits: 68.7 E(32554): 5e-12
Smith-Waterman score: 355; 36.7% identity (64.9% similar) in 188 aa overlap (91-278:6-182)
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GAPRRRGSMPVPYKHQLRRAQAVDELDWPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVMLV
.:: : .: : :: : .::...
CCDS11 MEVENEASCSPGSASGGSRE---------YKVVML
10 20
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 GESGVGKSTLAGTFGGLQGDSAHEPENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAGGWL
: .:::::... : . : . :.: . ::.:. .. .:.: . : . : :.. . .
CCDS11 GAGGVGKSAMTMQFISHQFPDYHDP-TIEDAYKTQVRIDNEPAYLDILDTAGQAEFTA-M
30 40 50 60 70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 RDHCLQTGDAFLIVFSVTDRRSFSKVPETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSREVS
:.. .. :..:.: .:::::.::... . . : ...:..::::: :: . :.::
CCDS11 REQYMRGGEGFIICYSVTDRQSFQEAAKFKELIFQVRHTYEIPLVLVGNKIDLEQFRQVS
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 LEEGRHLAGTLSCKHIETSAALHHNTRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEGPA
::: :: .: .::::::. . :.: ::.::
CCDS11 TEEGLSLAQEYNCGFFETSAALRFCIDDAFHGLVREIRKKESMPSLMEKKLKRKDSLWKK
150 160 170 180 190 200
310 320 330 340
pF1KE4 PPARRESLTKKAKRFLANLVPRNAKFFKQRSRSCHDLSVL
CCDS11 LKGSLKKKRENMT
210
>>CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2 (206 aa)
initn: 284 init1: 151 opt: 333 Z-score: 311.8 bits: 65.4 E(32554): 4.8e-11
Smith-Waterman score: 333; 35.1% identity (69.0% similar) in 171 aa overlap (114-281:14-180)
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 DELDWPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVMLVGESGVGKSTLAGTFGGLQGDSAH
. ::..:: .:::::.:. : . .
CCDS21 MAANKSKGQSSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQFMYDEFVEDY
10 20 30 40
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 EPENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAGGWLRDHCLQTGDAFLIVFSVTDRRSF
:: . :.:......: ::: . . : : : .. .::. ...:..::.:::.:...::
CCDS21 EP-TKADSYRKKVVLDGEEVQIDILDTAGQEDYAA-IRDNYFRSGEGFLLVFSITEHESF
50 60 70 80 90 100
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 SKVPE---TLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSREVSLEEGRHLAGTLSCKHIETSA
. . : .::..: . .:...::::::: . :.: .::.: : . ...::::
CCDS21 TATAEFREQILRVKA--EEDKIPLLVVGNKSDLEERRQVPVEEARSKAEEWGVQYVETSA
110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 ALHHNTRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEGPAPPARRESLTKKAKRFLANLV
. :. ..: .:.:: ..
CCDS21 KTRANVDKVFFDLMREIRTKKMSENKDKNGKKSSKNKKSFKERCCLL
160 170 180 190 200
>>CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 (204 aa)
initn: 280 init1: 247 opt: 331 Z-score: 310.0 bits: 65.0 E(32554): 6e-11
Smith-Waterman score: 335; 33.0% identity (64.1% similar) in 209 aa overlap (106-310:2-197)
80 90 100 110 120 130
pF1KE4 QLRRAQAVDELDWPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGI----FKVMLVGESGVGKSTLA
:: . .:: .....:: .:::::.:.
CCDS78 MAAAGWRDGSGQEKYRLVVVGGGGVGKSALT
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KE4 GTFGGLQGDSAHEPENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAGGWLRDHCLQTGDAF
: . ..: . ::.: .. ..: . . : . : : . :. .:.. ..::..:
CCDS78 IQFIQSYFVTDYDP-TIEDSYTKQCVIDDRAARLDILDTAGQEEFGA-MREQYMRTGEGF
40 50 60 70 80
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 LIVFSVTDRRSFSKVPETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSREVSLEEGRHLAGTL
:.::::::: :: .. . .. . . ..:.::.:::.:: ..:.:. :::..:: :
CCDS78 LLVFSVTDRGSFEEIYKFQRQILRVKDRDEFPMILIGNKADLDHQRQVTQEEGQQLARQL
90 100 110 120 130 140
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 SCKHIETSAALHHNTRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEGPAPPARRESLTKK
. ..:.:: .. :. . :. :: :: . .. : ::: :.:.:. :
CCDS78 KVTYMEASAKIRMNVDQAFHELVRVIRKFQ-------EQECPPSPE----PTRKEKDKKG
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