Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4062
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4062, 300 aa
1>>>pF1KE4062 300 - 300 aa - 300 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2693+/-0.00105; mu= 15.5155+/- 0.063
mean_var=66.2745+/-13.117, 0's: 0 Z-trim(103.5): 45 B-trim: 9 in 1/51
Lambda= 0.157544
statistics sampled from 7404 (7437) to 7404 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.602), E-opt: 0.2 (0.228), width: 16
Scan time: 2.250
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS66822.1 TBC1D21 gene_id:161514|Hs108|chr15 ( 300) 2025 469.3 1.5e-132
CCDS10252.1 TBC1D21 gene_id:161514|Hs108|chr15 ( 336) 1908 442.8 1.7e-124
CCDS53814.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 674) 432 107.4 3e-23
CCDS55849.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 682) 432 107.5 3e-23
CCDS31858.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 ( 691) 432 107.5 3e-23
CCDS54294.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 ( 615) 377 94.9 1.6e-19
CCDS12785.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 ( 648) 377 94.9 1.7e-19
CCDS62351.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 405) 313 80.3 2.7e-15
CCDS11766.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 767) 313 80.4 4.6e-15
CCDS62353.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 392) 291 75.3 8.4e-14
CCDS62352.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 ( 278) 255 67.0 1.8e-11
>>CCDS66822.1 TBC1D21 gene_id:161514|Hs108|chr15 (300 aa)
initn: 2025 init1: 2025 opt: 2025 Z-score: 2493.0 bits: 469.3 E(32554): 1.5e-132
Smith-Waterman score: 2025; 100.0% identity (100.0% similar) in 300 aa overlap (1-300:1-300)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MTTLSPENSLSARQSASFILGLHPFVRTEAWKFLTGYFSWQSSQDERLTVDSMRRKNYKA
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CCDS66 MTTLSPENSLSARQSASFILGLHPFVRTEAWKFLTGYFSWQSSQDERLTVDSMRRKNYKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 LCQMYEKIQPLLENLHRNFTETRNNIARDIQKIYDKDPLGNVLIDKKRLEKILLLSYVCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LCQMYEKIQPLLENLHRNFTETRNNIARDIQKIYDKDPLGNVLIDKKRLEKILLLSYVCN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 TQAEYQQGFHEMMMLFQLMVEHDHETFWLFQFFLQKTEHSCVINIGVAKNLDMLSTLITF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TQAEYQQGFHEMMMLFQLMVEHDHETFWLFQFFLQKTEHSCVINIGVAKNLDMLSTLITF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LDPVFAEHLKGKGAGAVQSLFPWFCFCFQRAFKSFDDVWRLWEVLLTGKPCRNFQVLVAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LDPVFAEHLKGKGAGAVQSLFPWFCFCFQRAFKSFDDVWRLWEVLLTGKPCRNFQVLVAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 SMLQMVREQVLQESMGGDDILLACNNLIDLDADELISAACVVYAELIQKDVPQTLKDFFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SMLQMVREQVLQESMGGDDILLACNNLIDLDADELISAACVVYAELIQKDVPQTLKDFFL
250 260 270 280 290 300
>>CCDS10252.1 TBC1D21 gene_id:161514|Hs108|chr15 (336 aa)
initn: 2011 init1: 1908 opt: 1908 Z-score: 2348.5 bits: 442.8 E(32554): 1.7e-124
Smith-Waterman score: 1921; 89.2% identity (89.2% similar) in 332 aa overlap (5-300:5-336)
10 20
pF1KE4 MTTLSPENSLSARQSASFIL------------------------------------GLHP
:::::::::::::::: ::::
CCDS10 MTTLSPENSLSARQSASFILVKRKPPIDKTEWDSFFDESGHLAKSRDFICVNILERGLHP
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 FVRTEAWKFLTGYFSWQSSQDERLTVDSMRRKNYKALCQMYEKIQPLLENLHRNFTETRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FVRTEAWKFLTGYFSWQSSQDERLTVDSMRRKNYKALCQMYEKIQPLLENLHRNFTETRN
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 NIARDIQKIYDKDPLGNVLIDKKRLEKILLLSYVCNTQAEYQQGFHEMMMLFQLMVEHDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NIARDIQKIYDKDPLGNVLIDKKRLEKILLLSYVCNTQAEYQQGFHEMMMLFQLMVEHDH
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 ETFWLFQFFLQKTEHSCVINIGVAKNLDMLSTLITFLDPVFAEHLKGKGAGAVQSLFPWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ETFWLFQFFLQKTEHSCVINIGVAKNLDMLSTLITFLDPVFAEHLKGKGAGAVQSLFPWF
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 CFCFQRAFKSFDDVWRLWEVLLTGKPCRNFQVLVAYSMLQMVREQVLQESMGGDDILLAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CFCFQRAFKSFDDVWRLWEVLLTGKPCRNFQVLVAYSMLQMVREQVLQESMGGDDILLAC
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300
pF1KE4 NNLIDLDADELISAACVVYAELIQKDVPQTLKDFFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NNLIDLDADELISAACVVYAELIQKDVPQTLKDFFL
310 320 330
>>CCDS53814.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 (674 aa)
initn: 313 init1: 142 opt: 432 Z-score: 530.9 bits: 107.4 E(32554): 3e-23
Smith-Waterman score: 432; 27.4% identity (63.9% similar) in 285 aa overlap (21-295:329-607)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MTTLSPENSLSARQSASFILGLHPFVRTEAWKFLTGYFSWQSSQDERLTV
:: .: .::::: ::: :.:...:: .
CCDS53 PVSLEEWTKNIDSEGRILNVDNMKQMIFRGGLSHALRKQAWKFLLGYFPWDSTKEERTQL
300 310 320 330 340 350
60 70 80 90 100
pF1KE4 DSMRRKNYKALCQMYEKIQPLLENLHRNFTETRNNIARDIQ------KIYD-KDPLGNVL
.... .: . ....:. :. . . . :. : .:.. :.:. .: : .:
CCDS53 QKQKTDEYFRMKLQWKSISQEQEKRNSRLRDYRSLIEKDVNRTDRTNKFYEGQDNPGLIL
360 370 380 390 400 410
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 IDKKRLEKILLLSYVCNTQAEYQQGFHEMMMLFQLMVEHDHETFWLFQFFLQKTEHSCVI
:. ::. . . . : ::. ... . ..:.. ..:: : .... ...
CCDS53 -----LHDILMTYCMYDFDLGYVQGMSDLLSPLLYVMENEVDAFWCFASYMDQMHQNFEE
420 430 440 450 460 470
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 NI-GVAKNLDMLSTLITFLDPVFAEHLKGKGAGAVQSLFPWFCFCFQRAFKSFDDVWRLW
.. :. .: .::::. .:: : .:... .: . : :. . :.: : :: :. :::
CCDS53 QMQGMKTQLIQLSTLLRLLDSGFCSYLESQDSGYLYFCFRWLLIRFKREF-SFLDILRLW
480 490 500 510 520 530
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 EVLLTGKPCRNFQVLVAYSMLQMVREQVLQESMGGDDILLACNNL-IDLDADELISAACV
::. : :: ::..:. ..:. ..:.... .: ..:: :.: . .:..... : .
CCDS53 EVMWTELPCTNFHLLLCCAILESEKQQIMEKHYGFNEILKHINELSMKIDVEDILCKAEA
540 550 560 570 580 590
290 300
pF1KE4 VYAELIQ-KDVPQTLKDFFL
. .... :..::..
CCDS53 ISLQMVKCKELPQAVCEILGLQGSEVTTPDSDVGEDENVVMTPCPTSAFQSNALPTLSAS
600 610 620 630 640 650
>>CCDS55849.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 (682 aa)
initn: 313 init1: 142 opt: 432 Z-score: 530.9 bits: 107.5 E(32554): 3e-23
Smith-Waterman score: 432; 27.4% identity (63.9% similar) in 285 aa overlap (21-295:337-615)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MTTLSPENSLSARQSASFILGLHPFVRTEAWKFLTGYFSWQSSQDERLTV
:: .: .::::: ::: :.:...:: .
CCDS55 PVSLEEWTKNIDSEGRILNVDNMKQMIFRGGLSHALRKQAWKFLLGYFPWDSTKEERTQL
310 320 330 340 350 360
60 70 80 90 100
pF1KE4 DSMRRKNYKALCQMYEKIQPLLENLHRNFTETRNNIARDIQ------KIYD-KDPLGNVL
.... .: . ....:. :. . . . :. : .:.. :.:. .: : .:
CCDS55 QKQKTDEYFRMKLQWKSISQEQEKRNSRLRDYRSLIEKDVNRTDRTNKFYEGQDNPGLIL
370 380 390 400 410 420
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 IDKKRLEKILLLSYVCNTQAEYQQGFHEMMMLFQLMVEHDHETFWLFQFFLQKTEHSCVI
:. ::. . . . : ::. ... . ..:.. ..:: : .... ...
CCDS55 -----LHDILMTYCMYDFDLGYVQGMSDLLSPLLYVMENEVDAFWCFASYMDQMHQNFEE
430 440 450 460 470 480
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 NI-GVAKNLDMLSTLITFLDPVFAEHLKGKGAGAVQSLFPWFCFCFQRAFKSFDDVWRLW
.. :. .: .::::. .:: : .:... .: . : :. . :.: : :: :. :::
CCDS55 QMQGMKTQLIQLSTLLRLLDSGFCSYLESQDSGYLYFCFRWLLIRFKREF-SFLDILRLW
490 500 510 520 530 540
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 EVLLTGKPCRNFQVLVAYSMLQMVREQVLQESMGGDDILLACNNL-IDLDADELISAACV
::. : :: ::..:. ..:. ..:.... .: ..:: :.: . .:..... : .
CCDS55 EVMWTELPCTNFHLLLCCAILESEKQQIMEKHYGFNEILKHINELSMKIDVEDILCKAEA
550 560 570 580 590 600
290 300
pF1KE4 VYAELIQ-KDVPQTLKDFFL
. .... :..::..
CCDS55 ISLQMVKCKELPQAVCEILGLQGSEVTTPDSDVGEDENVVMTPCPTSAFQSNALPTLSAS
610 620 630 640 650 660
>>CCDS31858.1 TBC1D15 gene_id:64786|Hs108|chr12 (691 aa)
initn: 313 init1: 142 opt: 432 Z-score: 530.8 bits: 107.5 E(32554): 3e-23
Smith-Waterman score: 432; 27.4% identity (63.9% similar) in 285 aa overlap (21-295:346-624)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MTTLSPENSLSARQSASFILGLHPFVRTEAWKFLTGYFSWQSSQDERLTV
:: .: .::::: ::: :.:...:: .
CCDS31 PVSLEEWTKNIDSEGRILNVDNMKQMIFRGGLSHALRKQAWKFLLGYFPWDSTKEERTQL
320 330 340 350 360 370
60 70 80 90 100
pF1KE4 DSMRRKNYKALCQMYEKIQPLLENLHRNFTETRNNIARDIQ------KIYD-KDPLGNVL
.... .: . ....:. :. . . . :. : .:.. :.:. .: : .:
CCDS31 QKQKTDEYFRMKLQWKSISQEQEKRNSRLRDYRSLIEKDVNRTDRTNKFYEGQDNPGLIL
380 390 400 410 420 430
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 IDKKRLEKILLLSYVCNTQAEYQQGFHEMMMLFQLMVEHDHETFWLFQFFLQKTEHSCVI
:. ::. . . . : ::. ... . ..:.. ..:: : .... ...
CCDS31 -----LHDILMTYCMYDFDLGYVQGMSDLLSPLLYVMENEVDAFWCFASYMDQMHQNFEE
440 450 460 470 480 490
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 NI-GVAKNLDMLSTLITFLDPVFAEHLKGKGAGAVQSLFPWFCFCFQRAFKSFDDVWRLW
.. :. .: .::::. .:: : .:... .: . : :. . :.: : :: :. :::
CCDS31 QMQGMKTQLIQLSTLLRLLDSGFCSYLESQDSGYLYFCFRWLLIRFKREF-SFLDILRLW
500 510 520 530 540
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 EVLLTGKPCRNFQVLVAYSMLQMVREQVLQESMGGDDILLACNNL-IDLDADELISAACV
::. : :: ::..:. ..:. ..:.... .: ..:: :.: . .:..... : .
CCDS31 EVMWTELPCTNFHLLLCCAILESEKQQIMEKHYGFNEILKHINELSMKIDVEDILCKAEA
550 560 570 580 590 600
290 300
pF1KE4 VYAELIQ-KDVPQTLKDFFL
. .... :..::..
CCDS31 ISLQMVKCKELPQAVCEILGLQGSEVTTPDSDVGEDENVVMTPCPTSAFQSNALPTLSAS
610 620 630 640 650 660
>>CCDS54294.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 (615 aa)
initn: 293 init1: 139 opt: 377 Z-score: 464.0 bits: 94.9 E(32554): 1.6e-19
Smith-Waterman score: 377; 27.5% identity (61.4% similar) in 295 aa overlap (18-299:274-559)
10 20 30 40
pF1KE4 MTTLSPENSLSARQSASFILGLHPFVRTEAWKFLTGYFSWQSSQDER
: :: : .: :::::: ::.::... .:.
CCDS54 RGPPVTEEEWARHVGPEGRLQQVPELKNRIFSGGLSPSLRREAWKFLLGYLSWEGTAEEH
250 260 270 280 290 300
50 60 70 80 90
pF1KE4 LTVDSMRRKNYKALCQMYEKIQPLLENLHRNFTETRNNIARDIQ------KIYD--KDPL
. . .: . ......: : . . :. : ::.. :.:. ..:
CCDS54 KAHIRKKTDEYFRMKLQWKSVSPEQERRNSLLHGYRSLIERDVSRTDRTNKFYEGPENPG
310 320 330 340 350 360
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 GNVLIDKKRLEKILLLSYVCNTQAE--YQQGFHEMMMLFQLMVEHDHETFWLFQFFLQKT
..: : .::.: : . . : ::. ... . ..... ..:: : :.. .
CCDS54 LGLLND-------ILLTY-CMYHFDLGYVQGMSDLLSPILYVIQNEVDAFWCFCGFMELV
370 380 390 400 410
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 EHSCVINIGVAK-NLDMLSTLITFLDPVFAEHLKGKGAGAVQSLFPWFCFCFQRAFKSFD
. . . . : .: : :. :::.. . : .. .:.. : :. . :.: : :
CCDS54 QGNFEESQETMKRQLGRLLLLLRVLDPLLCDFLDSQDSGSLCFCFRWLLIWFKREFP-FP
420 430 440 450 460 470
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 DVWRLWEVLLTGKPCRNFQVLVAYSMLQMVREQVLQESMGGDDILLACNNL-IDLDADEL
:: :::::: :: : :...::: ..:.: :. .. ..:...:: :.: . :.....
CCDS54 DVLRLWEVLWTGLPGPNLHLLVACAILDMERDTLMLSGFGSNEILKHINELTMKLSVEDV
480 490 500 510 520 530
280 290 300
pF1KE4 ISAACVVYAELIQ-KDVPQTLKDFFL
.. : ... .: ..:.......
CCDS54 LTRAEALHRQLTACPELPHNVQEILGLAPPAEPHSPSPTASPLPLSPTRAPPTPPPSTDT
540 550 560 570 580 590
>>CCDS12785.1 TBC1D17 gene_id:79735|Hs108|chr19 (648 aa)
initn: 293 init1: 139 opt: 377 Z-score: 463.6 bits: 94.9 E(32554): 1.7e-19
Smith-Waterman score: 377; 27.5% identity (61.4% similar) in 295 aa overlap (18-299:307-592)
10 20 30 40
pF1KE4 MTTLSPENSLSARQSASFILGLHPFVRTEAWKFLTGYFSWQSSQDER
: :: : .: :::::: ::.::... .:.
CCDS12 RGPPVTEEEWARHVGPEGRLQQVPELKNRIFSGGLSPSLRREAWKFLLGYLSWEGTAEEH
280 290 300 310 320 330
50 60 70 80 90
pF1KE4 LTVDSMRRKNYKALCQMYEKIQPLLENLHRNFTETRNNIARDIQ------KIYD--KDPL
. . .: . ......: : . . :. : ::.. :.:. ..:
CCDS12 KAHIRKKTDEYFRMKLQWKSVSPEQERRNSLLHGYRSLIERDVSRTDRTNKFYEGPENPG
340 350 360 370 380 390
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 GNVLIDKKRLEKILLLSYVCNTQAE--YQQGFHEMMMLFQLMVEHDHETFWLFQFFLQKT
..: : .::.: : . . : ::. ... . ..... ..:: : :.. .
CCDS12 LGLLND-------ILLTY-CMYHFDLGYVQGMSDLLSPILYVIQNEVDAFWCFCGFMELV
400 410 420 430 440
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 EHSCVINIGVAK-NLDMLSTLITFLDPVFAEHLKGKGAGAVQSLFPWFCFCFQRAFKSFD
. . . . : .: : :. :::.. . : .. .:.. : :. . :.: : :
CCDS12 QGNFEESQETMKRQLGRLLLLLRVLDPLLCDFLDSQDSGSLCFCFRWLLIWFKREFP-FP
450 460 470 480 490 500
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 DVWRLWEVLLTGKPCRNFQVLVAYSMLQMVREQVLQESMGGDDILLACNNL-IDLDADEL
:: :::::: :: : :...::: ..:.: :. .. ..:...:: :.: . :.....
CCDS12 DVLRLWEVLWTGLPGPNLHLLVACAILDMERDTLMLSGFGSNEILKHINELTMKLSVEDV
510 520 530 540 550 560
280 290 300
pF1KE4 ISAACVVYAELIQ-KDVPQTLKDFFL
.. : ... .: ..:.......
CCDS12 LTRAEALHRQLTACPELPHNVQEILGLAPPAEPHSPSPTASPLPLSPTRAPPTPPPSTDT
570 580 590 600 610 620
>>CCDS62351.1 TBC1D16 gene_id:125058|Hs108|chr17 (405 aa)
initn: 203 init1: 90 opt: 313 Z-score: 388.1 bits: 80.3 E(32554): 2.7e-15
Smith-Waterman score: 313; 24.6% identity (57.3% similar) in 293 aa overlap (14-298:56-344)
10 20 30 40
pF1KE4 MTTLSPENSLSARQSASFILGLHPFVRTEAWKFLTGYFSWQSS
..: :. :. .: :.: :: :.: .:.
CCDS62 PEESMYKRLGVSAWLNHLNELGQVEEEYKLRKAIFFGGIDVSIRGEVWPFLLRYYSHEST
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 QDERLTVDSMRRKNYKALCQMYEKIQPLLENLHRNF-TETRNNIARDIQKIYDKDPL--G
..:: .. ..::.:. . : .. : . :: : ... .. .:. . .. . :
CCDS62 SEEREALRLQKRKEYSEIQQKRLSMTP---EEHRAFWRNVQFTVDKDVVRTDRNNQFFRG
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150
pF1KE4 NVLIDKKRLEKILLLSYVCNTQAEYQQGFHEMMMLFQLMVEHDHETFWLFQFFLQKTEH-
. . . ...::: : : . :.::. ... . : . .::: : ..:.:
CCDS62 EDNPNVESMRRILLNYAVYNPAVGYSQGMSDLVAPILAEVLDESDTFWCFVGLMQNTIFV
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 SCVINIGVAKNLDMLSTLITFLDPVFAEHLKGKGAGAVQSLF--PWFCFCFQRAFKSFDD
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