Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4054
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4054, 305 aa
1>>>pF1KE4054 305 - 305 aa - 305 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9206+/-0.00108; mu= 12.4200+/- 0.064
mean_var=87.0621+/-17.454, 0's: 0 Z-trim(104.6): 106 B-trim: 36 in 1/49
Lambda= 0.137455
statistics sampled from 7887 (7996) to 7887 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.246), width: 16
Scan time: 2.320
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47692.1 RNF148 gene_id:378925|Hs108|chr7 ( 305) 2073 421.3 4.6e-118
CCDS5784.1 RNF133 gene_id:168433|Hs108|chr7 ( 376) 1191 246.4 2.5e-65
CCDS14520.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX ( 402) 887 186.2 3.7e-47
CCDS14521.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX ( 428) 830 174.9 9.7e-44
CCDS34065.1 RNF150 gene_id:57484|Hs108|chr4 ( 438) 691 147.3 2e-35
CCDS2051.1 RNF149 gene_id:284996|Hs108|chr2 ( 400) 653 139.8 3.4e-33
CCDS64340.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 ( 384) 609 131.0 1.4e-30
CCDS4451.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 ( 419) 609 131.0 1.5e-30
>>CCDS47692.1 RNF148 gene_id:378925|Hs108|chr7 (305 aa)
initn: 2073 init1: 2073 opt: 2073 Z-score: 2233.0 bits: 421.3 E(32554): 4.6e-118
Smith-Waterman score: 2073; 100.0% identity (100.0% similar) in 305 aa overlap (1-305:1-305)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSFLRITPSTHSSVSSGLLRLSIFLLLSFPDSNGKAIWTAHLNITFQVGNEITSELGESG
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CCDS47 MSFLRITPSTHSSVSSGLLRLSIFLLLSFPDSNGKAIWTAHLNITFQVGNEITSELGESG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VFGNHSPLERVSGVVALPEGWNQNACHPLTNFSRPKQADSWLALIERGGCTFTHKINVAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VFGNHSPLERVSGVVALPEGWNQNACHPLTNFSRPKQADSWLALIERGGCTFTHKINVAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 EKGANGVIIYNYQGTGSKVFPMSHQGTENIVAVMISNLKGMEILHSIQKGVYVTVIIEVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EKGANGVIIYNYQGTGSKVFPMSHQGTENIVAVMISNLKGMEILHSIQKGVYVTVIIEVG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 RMHMQWVSHYIMYLFTFLAATIAYFYLDCVWRLTPRVPNSFTRRRSQIKTDVKKAIDQLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RMHMQWVSHYIMYLFTFLAATIAYFYLDCVWRLTPRVPNSFTRRRSQIKTDVKKAIDQLQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 LRVLKEGDEELDLNEDNCVVCFDTYKPQDVVRILTCKHFFHKACIDPWLLAHRTCPMCKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LRVLKEGDEELDLNEDNCVVCFDTYKPQDVVRILTCKHFFHKACIDPWLLAHRTCPMCKC
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 DILKT
:::::
CCDS47 DILKT
>>CCDS5784.1 RNF133 gene_id:168433|Hs108|chr7 (376 aa)
initn: 1149 init1: 728 opt: 1191 Z-score: 1286.4 bits: 246.4 E(32554): 2.5e-65
Smith-Waterman score: 1191; 55.4% identity (81.0% similar) in 305 aa overlap (1-304:1-302)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSFLRITPSTHSSVSSGLLRLSIFLLLSFPDSNGKAIWTAHLNITFQVGNEITSELGESG
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CCDS57 MHLLKVGTWRNNTASSWLMKFSVLWLVSQNCCRASVVWMAYMNISFHVGNHVLSELGETG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VFGNHSPLERVSGVVALPEGWNQNACHPLTNFSRPKQADSWLALIERGGCTFTHKINVAA
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CCDS57 VFGRSSTLKRVAGVIVPPEGKIQNACNPNTIFSRSKYSETWLALIERGGCTFTQKIKVAT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 EKGANGVIIYNYQGTGSKVFPMSHQGTENIVAVMISNLKGMEILHSIQKGVYVTVIIEVG
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CCDS57 EKGASGVIIYNVPGTGNQVFPMFHQAFEDVVVVMIGNLKGTEIFHLIKKGVLITAVVEVG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE4 RMHMQWVSHYIMYLFTFLAATIAYFYLDCVWRLT-PRVPNSFTRRRSQIKTDVKKAIDQL
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CCDS57 RKHIIWMNHYLVSFVIVTTATLAYFIFYHIHRLCLARIQN---RRWQRLTTDLQNTFGQL
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 QLRVLKEGDEELDLNEDNCVVCFDTYKPQDVVRILTCKHFFHKACIDPWLLAHRTCPMCK
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CCDS57 QLRVVKEGDEEINPNGDSCVICFERYKPNDIVRILTCKHFFHKNCIDPWILPHGTCPICK
240 250 260 270 280 290
300
pF1KE4 CDILKT
:::::
CCDS57 CDILKVLGIQVVVENGTEPLQVLMSNELPETLSPSEEETNNEVSPAGTSDKVIHVEENPT
300 310 320 330 340 350
>>CCDS14520.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX (402 aa)
initn: 838 init1: 428 opt: 887 Z-score: 960.2 bits: 186.2 E(32554): 3.7e-47
Smith-Waterman score: 887; 48.4% identity (78.4% similar) in 273 aa overlap (39-304:29-297)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 STHSSVSSGLLRLSIFLLLSFPDSNGKAIWTAHLNITF--QVGNEITSELGESGVFGNHS
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CCDS14 MNQENRSSFFWLLVIFTFLLKITASFSMSAYVTVTYYNETSNYTAIETCECGVYGLAS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 PLERVSGVVALPEGWNQNACHPLTNFSRPKQADSWLALIERGGCTFTHKINVAAEKGANG
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CCDS14 PVANAMGVVGIPKNNNYQACDHNTEFSNTKK--PWIALIERGNCTFSEKIQTAGRRNADA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 VIIYNYQGTGSKVFPMSHQGTENIVAVMISNLKGMEILHSIQKGVYVTVIIEVGRMHMQW
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CCDS14 VVIYNAPETGNQTIQMANFGAVDIVAIMIGNLKGTKILQSIQRGIQVTMVIEVGKKHGPW
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 VSHYIMYL-----FTFLAATIAYFYLDCVWRLTPRVPNSFTRRRSQIKTDVKKAIDQLQL
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CCDS14 VNHYSIFFVSVSFFIITAATVGYFIFYSARRL--RNARAQSRKQRQLKADAKKAIGRLQL
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 RVLKEGDEELDLNEDNCVVCFDTYKPQDVVRILTCKHFFHKACIDPWLLAHRTCPMCKCD
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CCDS14 RTLKQGDKEIGPDGDSCAVCIELYKPNDLVRILTCNHIFHKTCVDPWLLEHRTCPMCKCD
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 ILKT
:::
CCDS14 ILKALGIEVDVEDGSVSLQVPVSNEISNSASSHEEDNRSETASSGYASVQGTDEPPLEEH
300 310 320 330 340 350
>>CCDS14521.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX (428 aa)
initn: 1001 init1: 428 opt: 830 Z-score: 898.7 bits: 174.9 E(32554): 9.7e-44
Smith-Waterman score: 1003; 51.3% identity (76.3% similar) in 308 aa overlap (16-304:18-323)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MSFLRITPSTHSSVSSGLLRLSIFLLLS--FPDSNG-KAIWTAHLNITFQVG----NE
: :: ..: :: : : : .:.:::.::....: :.
CCDS14 MGPPPGAGVSCRGGCGFSRLLAWCFLLALSPQAPGSRGAEAVWTAYLNVSWRVPHTGVNR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE4 ITSELGESGVFGNHSPLERVSGVVALPEGWNQ-NACHPLTNFSRPKQADS-----WLALI
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CCDS14 TVWELSEEGVYGQDSPLEPVAGVLVPPDGPGALNACNPHTNFTVPTVWGSTVQVSWLALI
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 ERGG-CTFTHKINVAAEKGANGVIIYNYQGTGSKVFPMSHQGTENIVAVMISNLKGMEIL
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CCDS14 QRGGGCTFADKIHLAYERGASGAVIFNFPGTRNEVIPMSHPGAVDIVAIMIGNLKGTKIL
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KE4 HSIQKGVYVTVIIEVGRMHMQWVSHYIMYL-----FTFLAATIAYFYLDCVWRLTPRVPN
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CCDS14 QSIQRGIQVTMVIEVGKKHGPWVNHYSIFFVSVSFFIITAATVGYFIFYSARRL--RNAR
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 SFTRRRSQIKTDVKKAIDQLQLRVLKEGDEELDLNEDNCVVCFDTYKPQDVVRILTCKHF
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CCDS14 AQSRKQRQLKADAKKAIGRLQLRTLKQGDKEIGPDGDSCAVCIELYKPNDLVRILTCNHI
240 250 260 270 280 290
280 290 300
pF1KE4 FHKACIDPWLLAHRTCPMCKCDILKT
:::.:.::::: :::::::::::::
CCDS14 FHKTCVDPWLLEHRTCPMCKCDILKALGIEVDVEDGSVSLQVPVSNEISNSASSHEEDNR
300 310 320 330 340 350
>>CCDS34065.1 RNF150 gene_id:57484|Hs108|chr4 (438 aa)
initn: 624 init1: 375 opt: 691 Z-score: 749.6 bits: 147.3 E(32554): 2e-35
Smith-Waterman score: 693; 36.9% identity (66.9% similar) in 314 aa overlap (13-304:13-324)
10 20 30 40
pF1KE4 MSFLRITPSTHSSVSSGLLRLSI--FLLLSFPDSNGKAIWTAHLNITFQV----------
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CCDS34 MAMSLIQACCSLALSTWLLSFCFVHLLCLDFTVAEKEEWYTAFVNITYAEPAPDPGAGAA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 ---GNEITSELGESGVFGNHSPLERVSG-VVALPEGWNQNACHPLTNFSRPKQADSWLAL
: :. .: : : .:.::: . . : :: . .. :: : :.:. : .. .:.::
CCDS34 GGGGAELHTEKTECGRYGEHSPKQDARGEVVMASSAHDRLACDPNTKFAAPTRGKNWIAL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 IERGGCTFTHKINVAAEKGANGVIIYNYQGTGSKVFPMSHQGTENIVAVMISNLKGMEIL
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CCDS34 IPKGNCTYRDKIRNAFLQNASAVVIFNVGSNTNETITMPHAGVEDIVAIMIPEPKGKEIV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KE4 HSIQKGVYVTVIIEVGRMHMQ-WVSH----YIMYLF-TFLAATIAYFYLDCVWRLTPRVP
..... ::. : .: ..: .::. .. : ... ..:.. . . :. :
CCDS34 SLLERNITVTMYITIGTRNLQKYVSRTSVVFVSISFIVLMIISLAWLVFYYIQRF--RYA
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 NSFTRRRSQIKTDVKKAIDQLQLRVLKEGDEELDLNEDNCVVCFDTYKPQDVVRILTCKH
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CCDS34 NARDRNQRRLGDAAKKAISKLQIRTIKKGDKETESDFDNCAVCIEGYKPNDVVRILPCRH
240 250 260 270 280 290
280 290 300
pF1KE4 FFHKACIDPWLLAHRTCPMCKCDILKT
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CCDS34 LFHKSCVDPWLLDHRTCPMCKMNILKALGIPPNADCMDDLPTDFEGSLGGPPTNQITGAS
300 310 320 330 340 350
>>CCDS2051.1 RNF149 gene_id:284996|Hs108|chr2 (400 aa)
initn: 664 init1: 338 opt: 653 Z-score: 709.5 bits: 139.8 E(32554): 3.4e-33
Smith-Waterman score: 737; 41.4% identity (69.1% similar) in 307 aa overlap (17-304:14-315)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MSFLRITPSTHSSVSSGLLRLSIFLL-LSFPDSNGKAI-W-TAHLNITF---QVGNEITS
:.: :... : : : . :.:. : .: .:: . :.. . :
CCDS20 MAWRRREASVGARGVLALALLALALCVPGARGRALEWFSAVVNIEYVDPQTNLTVWS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE4 ELGESGVFGNHSPLERVSGVVALP--EGWNQNACHPLTNFSRP----KQADSWLALIERG
..::: ::. :: : . :.:..: : . ..: : : : : . : :.::. ::
CCDS20 -VSESGRFGDSSPKEGAHGLVGVPWAPGGDLEGCAPDTRFFVPEPGGRGAAPWVALVARG
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 GCTFTHKINVAAEKGANGVIIYNYQGTGSKVFPMSHQGTENIVAVMISNLKGMEILHSIQ
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CCDS20 GCTFKDKVLVAARRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPKGREILELVQ
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 KGVYVTVIIEVGRMHMQ-WVSHYIMYLFTFLA-ATIAYFYLDCVWRLTPRVPNSFTRRRS
::. ::. : :: :.: ..: . .:.: : :... .. .: . . . : :
CCDS20 KGIPVTMTIGVGTRHVQEFISGQSV---VFVAIAFITMMIISLAWLIFYYI-QRFLYTGS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 QI-----KTDVKKAIDQLQLRVLKEGDEELDLNEDNCVVCFDTYKPQDVVRILTCKHFFH
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CCDS20 QIGSQSHRKETKKVIGQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPCKHIFH
240 250 260 270 280 290
290 300
pF1KE4 KACIDPWLLAHRTCPMCKCDILKT
. ::::::: :::::::: :..:
CCDS20 RICIDPWLLDHRTCPMCKLDVIKALGYWGEPGDVQEMPAPESPPGRDPAANLSLALPDDD
300 310 320 330 340 350
>>CCDS64340.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 (384 aa)
initn: 554 init1: 338 opt: 609 Z-score: 662.6 bits: 131.0 E(32554): 1.4e-30
Smith-Waterman score: 636; 37.6% identity (64.0% similar) in 311 aa overlap (16-304:7-310)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MSFLRITPSTHSSVSSGLLRLSIFLLLS---FP---DSNGKAIWTAHLNITFQV---GNE
.: ::. . ::. .: :. .. .:: .:.: : :
CCDS64 MSCAGRAGPARLAALALLTCSLWPARADNASQEYYTALINVTVQEPGRGAP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE4 ITSELGESGVFGNHSPLERVSGVVALP---EGWNQN-ACHPLTNFSRPKQADSWLALIER
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CCDS64 LTFRI-DRGRYGLDSPKAEVRGQVLAPLPLHGVADHLGCDPQTRFFVPPNIKQWIALLQR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 GGCTFTHKINVAAEKGANGVIIYNYQGTGSKVFPMSHQGTENIVAVMISNLKGMEILHSI
:.::: .::. :: ..: .:.::: .. : :.: :: .:.::::..:.: .:: .
CCDS64 GNCTFKEKISRAAFHNAVAVVIYNNKSKEEPV-TMTHPGTGDIIAVMITELRGKDILSYL
120 130 140 150 160
170 180 190 200 210
pF1KE4 QKGVYVTVIIEVG-RM--------HMQWVSHYIMYLFTFLAATIAYFYLDCVWRLTPRVP
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CCDS64 EKNISVQMTIAVGTRMPPKNFSRGSLVFVSISFIVLMIISSAWLIFYFIQKI-----RYT
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 NSFTRRRSQIKTDVKKAIDQLQLRVLKEGDEELDLNEDNCVVCFDTYKPQDVVRILTCKH
:. : . .. .::::..: :..:.::.: : . :.:.::...:: .:::::: :::
CCDS64 NARDRNQRRLGDAAKKAISKLTTRTVKKGDKETDPDFDHCAVCIESYKQNDVVRILPCKH
230 240 250 260 270 280
280 290 300
pF1KE4 FFHKACIDPWLLAHRTCPMCKCDILKT
:::.:.:::: : :::::: .:::
CCDS64 VFHKSCVDPWLSEHCTCPMCKLNILKALGIVPNLPCTDNVAFDMERLTRTQAVNRRSALG
290 300 310 320 330 340
>>CCDS4451.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 (419 aa)
initn: 554 init1: 338 opt: 609 Z-score: 662.0 bits: 131.0 E(32554): 1.5e-30
Smith-Waterman score: 636; 37.6% identity (64.0% similar) in 311 aa overlap (16-304:7-310)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MSFLRITPSTHSSVSSGLLRLSIFLLLS---FP---DSNGKAIWTAHLNITFQV---GNE
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CCDS44 MSCAGRAGPARLAALALLTCSLWPARADNASQEYYTALINVTVQEPGRGAP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE4 ITSELGESGVFGNHSPLERVSGVVALP---EGWNQN-ACHPLTNFSRPKQADSWLALIER
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CCDS44 LTFRI-DRGRYGLDSPKAEVRGQVLAPLPLHGVADHLGCDPQTRFFVPPNIKQWIALLQR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 GGCTFTHKINVAAEKGANGVIIYNYQGTGSKVFPMSHQGTENIVAVMISNLKGMEILHSI
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CCDS44 GNCTFKEKISRAAFHNAVAVVIYNNKSKEEPV-TMTHPGTGDIIAVMITELRGKDILSYL
120 130 140 150 160
170 180 190 200 210
pF1KE4 QKGVYVTVIIEVG-RM--------HMQWVSHYIMYLFTFLAATIAYFYLDCVWRLTPRVP
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CCDS44 EKNISVQMTIAVGTRMPPKNFSRGSLVFVSISFIVLMIISSAWLIFYFIQKI-----RYT
170 180 190 200 210 220
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