Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4033
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4033, 242 aa
1>>>pF1KE4033 242 - 242 aa - 242 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2908+/-0.00089; mu= 15.3607+/- 0.054
mean_var=90.9613+/-18.241, 0's: 0 Z-trim(108.5): 163 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.134476
statistics sampled from 10065 (10245) to 10065 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.699), E-opt: 0.2 (0.315), width: 16
Scan time: 2.190
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9321.1 RASL11A gene_id:387496|Hs108|chr13 ( 242) 1598 319.7 1.1e-87
CCDS3490.1 RASL11B gene_id:65997|Hs108|chr4 ( 248) 797 164.4 6.5e-41
CCDS8673.1 RERG gene_id:85004|Hs108|chr12 ( 199) 426 92.3 2.6e-19
CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 219) 362 79.9 1.5e-15
CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 236) 362 79.9 1.6e-15
CCDS66332.1 RERGL gene_id:79785|Hs108|chr12 ( 204) 353 78.1 4.8e-15
CCDS8778.1 RHEBL1 gene_id:121268|Hs108|chr12 ( 183) 325 72.7 1.9e-13
CCDS10200.1 RASL12 gene_id:51285|Hs108|chr15 ( 266) 323 72.4 3.3e-13
CCDS9485.1 RAP2A gene_id:5911|Hs108|chr13 ( 183) 318 71.3 5e-13
CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 ( 204) 316 71.0 7e-13
CCDS14632.1 RAP2C gene_id:57826|Hs108|chrX ( 183) 315 70.7 7.4e-13
CCDS5460.1 RALA gene_id:5898|Hs108|chr7 ( 206) 315 70.8 8.1e-13
CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2 ( 206) 313 70.4 1.1e-12
CCDS5927.1 RHEB gene_id:6009|Hs108|chr7 ( 184) 309 69.6 1.7e-12
CCDS3170.1 RAP2B gene_id:5912|Hs108|chr3 ( 183) 307 69.2 2.2e-12
CCDS6687.1 DIRAS2 gene_id:54769|Hs108|chr9 ( 199) 305 68.8 3e-12
CCDS8984.1 RAP1B gene_id:5908|Hs108|chr12 ( 184) 303 68.4 3.7e-12
CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 ( 217) 301 68.1 5.5e-12
CCDS8679.1 RERGL gene_id:79785|Hs108|chr12 ( 205) 294 66.7 1.4e-11
CCDS53753.1 RERG gene_id:85004|Hs108|chr12 ( 180) 290 65.9 2.1e-11
CCDS58036.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 183) 287 65.3 3.2e-11
CCDS8703.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 ( 189) 286 65.1 3.7e-11
CCDS3100.1 MRAS gene_id:22808|Hs108|chr3 ( 208) 283 64.6 6e-11
CCDS840.1 RAP1A gene_id:5906|Hs108|chr1 ( 184) 282 64.3 6.3e-11
CCDS12092.1 DIRAS1 gene_id:148252|Hs108|chr19 ( 198) 280 64.0 8.7e-11
>>CCDS9321.1 RASL11A gene_id:387496|Hs108|chr13 (242 aa)
initn: 1598 init1: 1598 opt: 1598 Z-score: 1688.0 bits: 319.7 E(32554): 1.1e-87
Smith-Waterman score: 1598; 100.0% identity (100.0% similar) in 242 aa overlap (1-242:1-242)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRPLSMSGHFLLAPIPESSSDYLLPKDIKLAVLGAGRVGKSAMIVRFLTKRFIGDYEPNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 MRPLSMSGHFLLAPIPESSSDYLLPKDIKLAVLGAGRVGKSAMIVRFLTKRFIGDYEPNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GKLYSRLVYVEGDQLSLQIQDTPGGVQIQDSLPQVVDSLSKCVQWAEGFLLVYSITDYDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 GKLYSRLVYVEGDQLSLQIQDTPGGVQIQDSLPQVVDSLSKCVQWAEGFLLVYSITDYDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YLSIRPLYQHIRKVHPDSKAPVIIVGNKGDLLHARQVQTQDGIQLANELGSLFLEISTSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 YLSIRPLYQHIRKVHPDSKAPVIIVGNKGDLLHARQVQTQDGIQLANELGSLFLEISTSE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NYEDVCDVFQHLCKEVSKMHGLSGERRRASIIPRPRSPNMQDLKRRFKQALSPKVKAPSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 NYEDVCDVFQHLCKEVSKMHGLSGERRRASIIPRPRSPNMQDLKRRFKQALSPKVKAPSA
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LG
::
CCDS93 LG
>>CCDS3490.1 RASL11B gene_id:65997|Hs108|chr4 (248 aa)
initn: 779 init1: 365 opt: 797 Z-score: 848.0 bits: 164.4 E(32554): 6.5e-41
Smith-Waterman score: 797; 54.2% identity (83.8% similar) in 216 aa overlap (28-241:34-248)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MRPLSMSGHFLLAPIPESSSDYLLPKDIKLAVLGAGRVGKSAMIVRFLTKRFIGDYE
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CCDS34 IQNMCTIAEYPAPGNAAASDCCVGAAGRRLVKIAVVGASGVGKTALVVRFLTKRFIGDYE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 PNTGKLYSRLVYVEGDQLSLQIQDTPGGVQIQDSLPQVVDSLSKCVQWAEGFLLVYSITD
:.:.::.: : .::. :.::.::::: .:.... . ..:..:..::.. ..:.::::
CCDS34 RNAGNLYTRQVQIEGETLALQVQDTPG-IQVHENSLSCSEQLNRCIRWADAVVIVFSITD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 YDSYLSIRPLYQHIRKVHPDSKAPVIIVGNKGDLLHARQVQTQDGIQLANELGSLFLEIS
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CCDS34 YKSYELISQLHQHVQQLHLGTRLPVVVVANKADLLHIKQVDPQLGLQLASMLGCSFYEVS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 TSENYEDVCDVFQHLCKEVSKMHGLSG--ERRRASIIPRPRSPNMQDLKRRFKQALSPKV
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CCDS34 VSENYNDVYSAFHVLCKEVSHKQQPSSTPEKRRTSLIPRPKSPNMQDLKRRFKQALSAKV
190 200 210 220 230 240
240
pF1KE4 KAPSALG
.. ...
CCDS34 RTVTSV
>>CCDS8673.1 RERG gene_id:85004|Hs108|chr12 (199 aa)
initn: 425 init1: 262 opt: 426 Z-score: 460.2 bits: 92.3 E(32554): 2.6e-19
Smith-Waterman score: 426; 38.0% identity (70.1% similar) in 184 aa overlap (27-210:6-181)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRPLSMSGHFLLAPIPESSSDYLLPKDIKLAVLGAGRVGKSAMIVRFLTKRFIGDYEPNT
..:::..: . :::::..::::::::: .:.:.
CCDS86 MAKSAEVKLAIFGRAGVGKSALVVRFLTKRFIWEYDPTL
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GKLYSRLVYVEGDQLSLQIQDTPGGVQIQDSLPQVVDSLSKCVQWAEGFLLVYSITDYDS
. : . . .. . .:..: :: : :.. : . .:.:::.:::.::: :
CCDS86 ESTYRHQATIDDEVVSMEILDTAG----QEDTIQREGHM----RWGEGFVLVYDITDRGS
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YLSIRPLYQHIRKVHPDSKAPVIIVGNKGDLLHARQVQTQDGIQLANELGSLFLEISTSE
. . :: . . ... ... .:.::::.:: :.:::.:..: .::.::. : : :.
CCDS86 FEEVLPLKNILDEIKKPKNVTLILVGNKADLDHSRQVSTEEGEKLATELACAFYECSACT
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NYEDVCDVFQHLCKEVSKMHGLSGERRRASIIPRPRSPNMQDLKRRFKQALSPKVKAPSA
. .. ..: .::.:: . . ..:. :: :
CCDS86 GEGNITEIFYELCREVRRRRMVQGKTRRRSSTTHVKQAINKMLTKISS
160 170 180 190
>>CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 (219 aa)
initn: 347 init1: 180 opt: 362 Z-score: 392.6 bits: 79.9 E(32554): 1.5e-15
Smith-Waterman score: 362; 34.5% identity (62.1% similar) in 206 aa overlap (19-218:13-210)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRPLSMSGHFLLAPIPESSSDYLLPKDIKLAVLGAGRVGKSAMIVRFLTKRFIGDYEPNT
:: : .. ::..:::: :::::: ..:...:: :..:.
CCDS11 MDSGTRPVGSCCSSPAGLSREYKLVMLGAGGVGKSAMTMQFISHRFPEDHDPTI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GKLYSRLVYVEGDQLSLQIQDTPGGVQIQDSLPQVVDSLSKCVQWAEGFLLVYSITDYDS
:. . .. . .:.: :: : : . . :. . .:::.. ::::: :
CCDS11 EDAYKIRIRIDDEPANLDILDTAG----QAEFTAMRDQYMRA---GEGFIICYSITDRRS
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YLSIRPLYQHIRKVHPDSKAPVIIVGNKGDLLHARQVQTQDGIQLANELGSLFLEISTSE
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CCDS11 FHEVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDLKQLRQVTKEEGLALAREFSCPFFETSAAY
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE4 NYEDVCDVFQHLCKEVSKMHG---LSGERR---RASIIPRPRSPNMQDLKRRFKQALSPK
: . :::. : .:. . . :. :.. . :. : .::
CCDS11 RYY-IDDVFHALVREIRRKEKEAVLAMEKKSKPKNSVWKRLKSPFRKKKDSVT
170 180 190 200 210
240
pF1KE4 VKAPSALG
>>CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 (236 aa)
initn: 347 init1: 180 opt: 362 Z-score: 392.2 bits: 79.9 E(32554): 1.6e-15
Smith-Waterman score: 362; 34.5% identity (62.1% similar) in 206 aa overlap (19-218:30-227)
10 20 30 40
pF1KE4 MRPLSMSGHFLLAPIPESSSDYLLPKDIKLAVLGAGRVGKSAMIVRFLT
:: : .. ::..:::: :::::: ..:..
CCDS58 MERWLFLGATEEGPKRTMDSGTRPVGSCCSSPAGLSREYKLVMLGAGGVGKSAMTMQFIS
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 KRFIGDYEPNTGKLYSRLVYVEGDQLSLQIQDTPGGVQIQDSLPQVVDSLSKCVQWAEGF
.:: :..:. :. . .. . .:.: :: : : . . :. . .:::
CCDS58 HRFPEDHDPTIEDAYKIRIRIDDEPANLDILDTAG----QAEFTAMRDQYMRA---GEGF
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 LLVYSITDYDSYLSIRPLYQHIRKVHPDSKAPVIIVGNKGDLLHARQVQTQDGIQLANEL
.. ::::: :. .: . : : .:. . .::..::::.:: . ::: ..:. :: :.
CCDS58 IICYSITDRRSFHEVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDLKQLRQVTKEEGLALAREF
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 GSLFLEISTSENYEDVCDVFQHLCKEVSKMHG---LSGERR---RASIIPRPRSPNMQDL
. :.: :.. : . :::. : .:. . . :. :.. . :. : .::
CCDS58 SCPFFETSAAYRYY-IDDVFHALVREIRRKEKEAVLAMEKKSKPKNSVWKRLKSPFRKKK
180 190 200 210 220 230
230 240
pF1KE4 KRRFKQALSPKVKAPSALG
CCDS58 DSVT
>>CCDS66332.1 RERGL gene_id:79785|Hs108|chr12 (204 aa)
initn: 362 init1: 171 opt: 353 Z-score: 383.5 bits: 78.1 E(32554): 4.8e-15
Smith-Waterman score: 353; 38.6% identity (66.7% similar) in 189 aa overlap (27-210:3-184)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRPLSMSGHFLLAPIPESSSDYLLPKDIKLAVLGAGRVGKSAMIVRFLTKRFIGDYEPNT
:.::::::. .::::. ::::::::::.: :
CCDS66 MNDVKLAVLGGEGTGKSALTVRFLTKRFIGEYASNF
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GKLYSRLVYVEGDQLSLQIQDTPGGVQIQDSLPQVVDSLSKCVQWAEGFLLVYSITDYDS
..:.. . .: ::.:.: : : . : : .. ::.. ..::.::..::.:.: .:
CCDS66 ESIYKKHLCLERKQLNLEIYD-PCS-QTQ----KAKFSLTSELHWADGFVIVYDISDRSS
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KE4 YLSIRPLYQHIRKVHPDS-----KAPVIIVGNKGDLLHARQVQTQDGIQLANELGSLFLE
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CCDS66 FAFAKALIYRIREPQTSHCKRAVESAVFLVGNKRDLCHVREVGWEEGQKLALENRCQFCE
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 ISTSENYEDVCDVFQHLCKEVSKMHGLSGERRRASIIPRPRSPNMQDLKRRFKQALSPKV
.:..:. .: .: .. :.. :. :.:: :
CCDS66 LSAAEQSLEVEMMFIRIIKDILINFKLK-EKRRPSGSKSMAKLINNVFGKRRKSV
160 170 180 190 200
240
pF1KE4 KAPSALG
>>CCDS8778.1 RHEBL1 gene_id:121268|Hs108|chr12 (183 aa)
initn: 296 init1: 210 opt: 325 Z-score: 354.8 bits: 72.7 E(32554): 1.9e-13
Smith-Waterman score: 325; 31.5% identity (66.8% similar) in 184 aa overlap (29-212:8-183)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRPLSMSGHFLLAPIPESSSDYLLPKDIKLAVLGAGRVGKSAMIVRFLTKRFIGDYEPNT
:...:: :::... .:. .: :.:..
CCDS87 MPLVRYRKVVILGYRCVGKTSLAHQFVEGEFSEGYDPTV
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GKLYSRLVYVEGDQLSLQIQDTPGGVQIQDSLPQVVDSLSKCVQWAEGFLLVYSITDYDS
. ::..: . :.. :.. :: : :: . :. . ..:..::::.:. :
CCDS87 ENTYSKIVTLGKDEFHLHLVDTAG----QDEYSILPYSF---IIGVHGYVLVYSVTSLHS
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YLSIRPLYQHIRKVHPDSKAPVIIVGNKGDLLHARQVQTQDGIQLANELGSLFLEISTSE
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CCDS87 FQVIESLYQKLHEGHGKTRVPVVLVGNKADLSPEREVQAVEGKKLAESWGATFMESSARE
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NYEDVCDVFQHLCKEVSKMHGLSGERRRASIIPRPRSPNMQDLKRRFKQALSPKVKAPSA
: . . .: .. .:...... :..:: ..
CCDS87 N-QLTQGIFTKVIQEIARVENSYGQERRCHLM
160 170 180
pF1KE4 LG
>>CCDS10200.1 RASL12 gene_id:51285|Hs108|chr15 (266 aa)
initn: 331 init1: 164 opt: 323 Z-score: 350.6 bits: 72.4 E(32554): 3.3e-13
Smith-Waterman score: 323; 33.9% identity (65.0% similar) in 177 aa overlap (25-198:18-185)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRPLSMSGHFLLAPIPESSSDYLLPKDIKLAVLGAGRVGKSAMIVRFLTKRFIGDYEPNT
: ...::.:: .::::. :.:::::::..:.::
CCDS10 MSSVFGKPRAGSGPQSAPLEVNLAILGRRGAGKSALTVKFLTKRFISEYDPNL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GKLYSRLVYVEGDQLSLQIQDTPGGVQIQDSLPQVVDSLSKCVQWAEGFLLVYSITDYDS
:: :. . . :...:: :. :. . . ..::..::.:::. . .:
CCDS10 EDTYSSEETVDHQPVHLRVMDTAD----LDT-PRNCE---RYLNWAHAFLVVYSVDSRQS
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KE4 YLSIRPLYQHIRKVHP---DSKAPVIIVGNKGDLLHARQVQTQDGIQLANELGSLFLEIS
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CCDS10 FDSSSS-YLELLALHAKETQRSIPALLLGNKLDMAQYRQVTKAEGVALAGRFGCLFFEVS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 TSENYEDVCDVFQHLCKEVSKMHGLSGERRRASIIPRPRSPNMQDLKRRFKQALSPKVKA
. ..: : ::.. .:. .
CCDS10 ACLDFEHVQHVFHEAVREARRELEKSPLTRPLFISEERALPHQAPLTARHGLASCTFNTL
170 180 190 200 210 220
>>CCDS9485.1 RAP2A gene_id:5911|Hs108|chr13 (183 aa)
initn: 316 init1: 175 opt: 318 Z-score: 347.4 bits: 71.3 E(32554): 5e-13
Smith-Waterman score: 318; 34.3% identity (68.0% similar) in 172 aa overlap (26-197:2-165)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRPLSMSGHFLLAPIPESSSDYLLPKDIKLAVLGAGRVGKSAMIVRFLTKRFIGDYEPNT
.. :..:::.: :::::. :.:.: :: :.:.
CCDS94 MREYKVVVLGSGGVGKSALTVQFVTGTFIEKYDPTI
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GKLYSRLVYVEGDQLSLQIQDTPGGVQIQDSLPQVVDSLSKCVQWAEGFLLVYSITDYDS
.: . . :... :.: :: : :. :. .. .. ..::.::::... .:
CCDS94 EDFYRKEIEVDSSPSVLEILDTAGTEQFA-SMRDLY------IKNGQGFILVYSLVNQQS
40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YLSIRPLYQHIRKVHPDSKAPVIIVGNKGDLLHARQVQTQDGIQLANELGSLFLEISTSE
. .:.:. ..: .:. :.:::.:::: :: :.:....: ::.: : :.: : ..
CCDS94 FQDIKPMRDQIIRVKRYEKVPVILVGNKVDLESEREVSSSEGRALAEEWGCPFMETS-AK
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 NYEDVCDVFQHLCKEVSKMHGLSGERRRASIIPRPRSPNMQDLKRRFKQALSPKVKAPSA
. : ..: .. ....
CCDS94 SKTMVDELFAEIVRQMNYAAQPDKDDPCCSACNIQ
150 160 170 180
>>CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 (204 aa)
initn: 282 init1: 186 opt: 316 Z-score: 344.7 bits: 71.0 E(32554): 7e-13
Smith-Waterman score: 316; 32.6% identity (64.0% similar) in 172 aa overlap (29-200:16-179)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRPLSMSGHFLLAPIPESSSDYLLPKDIKLAVLGAGRVGKSAMIVRFLTKRFIGDYEPNT
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