Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3986
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3986, 319 aa
1>>>pF1KE3986 319 - 319 aa - 319 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5294+/-0.000894; mu= 14.3363+/- 0.054
mean_var=69.8733+/-14.245, 0's: 0 Z-trim(105.6): 51 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.153433
statistics sampled from 8463 (8506) to 8463 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.261), width: 16
Scan time: 2.200
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3820.1 FBXO8 gene_id:26269|Hs108|chr4 ( 319) 2169 489.3 1.7e-138
CCDS35298.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX ( 949) 381 93.7 5.9e-19
CCDS48130.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX (1488) 381 93.8 8.7e-19
CCDS33703.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 ( 963) 376 92.6 1.3e-18
CCDS74902.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 (1114) 376 92.7 1.5e-18
CCDS31725.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 ( 759) 370 91.3 2.6e-18
CCDS53728.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 (1182) 370 91.4 3.9e-18
CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 ( 399) 319 79.8 3.8e-15
CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849) 324 81.3 6.5e-15
CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 ( 399) 301 75.9 6.1e-14
CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 ( 394) 299 75.4 8.2e-14
CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 397) 292 73.9 2.4e-13
CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 398) 292 73.9 2.4e-13
CCDS13411.1 ARFGEF2 gene_id:10564|Hs108|chr20 (1785) 296 75.1 4.7e-13
>>CCDS3820.1 FBXO8 gene_id:26269|Hs108|chr4 (319 aa)
initn: 2169 init1: 2169 opt: 2169 Z-score: 2600.0 bits: 489.3 E(32554): 1.7e-138
Smith-Waterman score: 2169; 100.0% identity (100.0% similar) in 319 aa overlap (1-319:1-319)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGQGLWRVVRNQQLQQEGYSEQGYLTREQSRRMAASNISNTNHRKQVQGGIDIYHLLKAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 MGQGLWRVVRNQQLQQEGYSEQGYLTREQSRRMAASNISNTNHRKQVQGGIDIYHLLKAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 KSKEQEGFINLEMLPPELSFTILSYLNATDLCLASCVWQDLANDELLWQGLCKSTWGHCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 KSKEQEGFINLEMLPPELSFTILSYLNATDLCLASCVWQDLANDELLWQGLCKSTWGHCS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 IYNKNPPLGFSFRKLYMQLDEGSLTFNANPDEGVNYFMSKGILDDSPKEIAKFIFCTRTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 IYNKNPPLGFSFRKLYMQLDEGSLTFNANPDEGVNYFMSKGILDDSPKEIAKFIFCTRTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NWKKLRIYLDERRDVLDDLVTLHNFRNQFLPNALREFFRHIHAPEERGEYLETLITKFSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 NWKKLRIYLDERRDVLDDLVTLHNFRNQFLPNALREFFRHIHAPEERGEYLETLITKFSH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 RFCACNPDLMRELGLSPDAVYVLCYSLILLSIDLTSPHVKNKMSKREFIRNTRRAAQNIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS38 RFCACNPDLMRELGLSPDAVYVLCYSLILLSIDLTSPHVKNKMSKREFIRNTRRAAQNIS
250 260 270 280 290 300
310
pF1KE3 EDFVGHLYDNIYLIGHVAA
:::::::::::::::::::
CCDS38 EDFVGHLYDNIYLIGHVAA
310
>>CCDS35298.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX (949 aa)
initn: 335 init1: 117 opt: 381 Z-score: 453.8 bits: 93.7 E(32554): 5.9e-19
Smith-Waterman score: 381; 33.6% identity (66.4% similar) in 214 aa overlap (110-311:523-731)
80 90 100 110 120 130
pF1KE3 FTILSYLNATDLCLASCVWQDLANDELLWQGLCKSTWGHCSIYNKNPPLGFSFRKLYMQL
::::.:. . . .. . : .: . .:
CCDS35 SLESSSNSNETINCSSGSSSRDSLREPPATGLCKQTYQRETRHSWDSP---AFNNDVVQR
500 510 520 530 540
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 DE---GSLTFNANPDEGVNYFMSKGILDDSPKEIAKFIFCTRTLNWKKLRIYLDER----
. : :: .:..:..:.. .:.:.:.: .:.::. . :. . . .: .:
CCDS35 RHYRIGLNLFNKKPEKGIQYLIERGFLSDTPVGVAHFILERKGLSRQMIGEFLGNRQKQF
550 560 570 580 590 600
200 210 220 230 240 250
pF1KE3 -RDVLDDLVTLHNFRNQFLPNALREFFRHIHAPEERGEYLETLITKFSHRFCACNPDLMR
::::: .: .: .. : .:::.: ::.. : .. .: :: ::.:.:.::: :.:
CCDS35 NRDVLDCVVDEMDFSSMDLDDALRKFQSHIRVQGE-AQKVERLIEAFSQRYCVCNPALVR
610 620 630 640 650 660
260 270 280 290 300
pF1KE3 ELGLSPDAVYVLCYSLILLSIDLTSPHVKN--KMSKREFIRNTRRA--AQNISEDFVGHL
.. .::....: ...:::. :. :: :: ::. .::.: : . ...: .:.. .
CCDS35 QFR-NPDTIFILAFAIILLNTDMYSPSVKAERKMKLDDFIKNLRGVDNGEDIPRDLLVGI
670 680 690 700 710 720
310
pF1KE3 YDNIYLIGHVAA
:. :
CCDS35 YQRIQGRELRTNDDHVSQVQAVERMIVGKKPVLSLPHRRLVCCCQLYEVPDPNRPQRLGL
730 740 750 760 770 780
>>CCDS48130.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX (1488 aa)
initn: 335 init1: 117 opt: 381 Z-score: 450.8 bits: 93.8 E(32554): 8.7e-19
Smith-Waterman score: 381; 33.6% identity (66.4% similar) in 214 aa overlap (110-311:728-936)
80 90 100 110 120 130
pF1KE3 FTILSYLNATDLCLASCVWQDLANDELLWQGLCKSTWGHCSIYNKNPPLGFSFRKLYMQL
::::.:. . . .. . : .: . .:
CCDS48 SLESSSNSNETINCSSGSSSRDSLREPPATGLCKQTYQRETRHSWDSP---AFNNDVVQR
700 710 720 730 740 750
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 DE---GSLTFNANPDEGVNYFMSKGILDDSPKEIAKFIFCTRTLNWKKLRIYLDER----
. : :: .:..:..:.. .:.:.:.: .:.::. . :. . . .: .:
CCDS48 RHYRIGLNLFNKKPEKGIQYLIERGFLSDTPVGVAHFILERKGLSRQMIGEFLGNRQKQF
760 770 780 790 800 810
200 210 220 230 240 250
pF1KE3 -RDVLDDLVTLHNFRNQFLPNALREFFRHIHAPEERGEYLETLITKFSHRFCACNPDLMR
::::: .: .: .. : .:::.: ::.. : .. .: :: ::.:.:.::: :.:
CCDS48 NRDVLDCVVDEMDFSSMDLDDALRKFQSHIRVQGE-AQKVERLIEAFSQRYCVCNPALVR
820 830 840 850 860 870
260 270 280 290 300
pF1KE3 ELGLSPDAVYVLCYSLILLSIDLTSPHVKN--KMSKREFIRNTRRA--AQNISEDFVGHL
.. .::....: ...:::. :. :: :: ::. .::.: : . ...: .:.. .
CCDS48 QFR-NPDTIFILAFAIILLNTDMYSPSVKAERKMKLDDFIKNLRGVDNGEDIPRDLLVGI
880 890 900 910 920 930
310
pF1KE3 YDNIYLIGHVAA
:. :
CCDS48 YQRIQGRELRTNDDHVSQVQAVERMIVGKKPVLSLPHRRLVCCCQLYEVPDPNRPQRLGL
940 950 960 970 980 990
>>CCDS33703.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 (963 aa)
initn: 228 init1: 93 opt: 376 Z-score: 447.7 bits: 92.6 E(32554): 1.3e-18
Smith-Waterman score: 376; 32.1% identity (64.2% similar) in 243 aa overlap (81-311:472-707)
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 IDIYHLLKARKSKEQEGFINLEMLPPELSFTILSYLNATDLCLASCVWQDLANDELLWQG
.: : :..: .: .. . : : :
CCDS33 PRPLDSHLAINGSANRQSKSESDYSDGDNDSINSTSNSND--TINCSSESSSRDSLREQT
450 460 470 480 490
120 130 140 150 160
pF1KE3 LCKSTWGHCSIYNKNPPLGFS---FRKLYMQLDEGSLTFNANPDEGVNYFMSKGILDDSP
: :.:. : :. .:: .:: .... : :: .:..::.:.. .:.. :.:
CCDS33 LSKQTY-HKEARNSWDSPAFSNDVIRKRHYRI--GLNLFNKKPEKGVQYLIERGFVPDTP
500 510 520 530 540 550
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 KEIAKFIFCTRTLNWKKLRIYLDER-----RDVLDDLVTLHNFRNQFLPNALREFFRHIH
.:.:.. . :. . . .: .: ::::: .: .: .. : .:::.: ::.
CCDS33 VGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNRQKQFNRDVLDCVVDEMDFSTMELDEALRKFQAHIR
560 570 580 590 600 610
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 APEERGEYLETLITKFSHRFCACNPDLMRELGLSPDAVYVLCYSLILLSIDLTSPHVK--
. : .. .: :: ::.:.: ::: ..:.. .::....: ...:::. :. ::.::
CCDS33 VQGE-AQKVERLIEAFSQRYCICNPGVVRQFR-NPDTIFILAFAIILLNTDMYSPNVKPE
620 630 640 650 660 670
290 300 310
pF1KE3 NKMSKREFIRNTRRA--AQNISEDFVGHLYDNIYLIGHVAA
::. ..::.: : . ...: .... .:. :
CCDS33 RKMKLEDFIKNLRGVDDGEDIPREMLMGIYERIRKRELKTNEDHVSQVQKVEKLIVGKKP
680 690 700 710 720 730
CCDS33 IGSLHPGLGCVLSLPHRRLVCYCRLFEVPDPNKPQKLGLHQREIFLFNDLLVVTKIFQKK
740 750 760 770 780 790
>>CCDS74902.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 (1114 aa)
initn: 228 init1: 93 opt: 376 Z-score: 446.7 bits: 92.7 E(32554): 1.5e-18
Smith-Waterman score: 376; 32.1% identity (64.2% similar) in 243 aa overlap (81-311:458-693)
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 IDIYHLLKARKSKEQEGFINLEMLPPELSFTILSYLNATDLCLASCVWQDLANDELLWQG
.: : :..: .: .. . : : :
CCDS74 PRPLDSHLAINGSANRQSKSESDYSDGDNDSINSTSNSND--TINCSSESSSRDSLREQT
430 440 450 460 470 480
120 130 140 150 160
pF1KE3 LCKSTWGHCSIYNKNPPLGFS---FRKLYMQLDEGSLTFNANPDEGVNYFMSKGILDDSP
: :.:. : :. .:: .:: .... : :: .:..::.:.. .:.. :.:
CCDS74 LSKQTY-HKEARNSWDSPAFSNDVIRKRHYRI--GLNLFNKKPEKGVQYLIERGFVPDTP
490 500 510 520 530 540
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 KEIAKFIFCTRTLNWKKLRIYLDER-----RDVLDDLVTLHNFRNQFLPNALREFFRHIH
.:.:.. . :. . . .: .: ::::: .: .: .. : .:::.: ::.
CCDS74 VGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNRQKQFNRDVLDCVVDEMDFSTMELDEALRKFQAHIR
550 560 570 580 590 600
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 APEERGEYLETLITKFSHRFCACNPDLMRELGLSPDAVYVLCYSLILLSIDLTSPHVK--
. : .. .: :: ::.:.: ::: ..:.. .::....: ...:::. :. ::.::
CCDS74 VQGE-AQKVERLIEAFSQRYCICNPGVVRQFR-NPDTIFILAFAIILLNTDMYSPNVKPE
610 620 630 640 650 660
290 300 310
pF1KE3 NKMSKREFIRNTRRA--AQNISEDFVGHLYDNIYLIGHVAA
::. ..::.: : . ...: .... .:. :
CCDS74 RKMKLEDFIKNLRGVDDGEDIPREMLMGIYERIRKRELKTNEDHVSQVQKVEKLIVGKKP
670 680 690 700 710 720
CCDS74 IGSLHPGLGCVLSLPHRRLVCYCRLFEVPDPNKPQKLGLHQREIFLFNDLLVVTKIFQKK
730 740 750 760 770 780
>>CCDS31725.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 (759 aa)
initn: 307 init1: 96 opt: 370 Z-score: 442.1 bits: 91.3 E(32554): 2.6e-18
Smith-Waterman score: 370; 33.0% identity (66.0% similar) in 206 aa overlap (118-311:330-531)
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 ATDLCLASCVWQDLANDELLWQGLCKSTWGHCS--IYNKNPPLGF-SFRKLYMQLDEGSL
:: :.: :. ..:: ... :
CCDS31 STKSAKSGSEASASASKDALQAMILSLPRYHCENPASCKSPTLSTDTLRKRLYRI--GLN
300 310 320 330 340 350
150 160 170 180 190
pF1KE3 TFNANPDEGVNYFMSKGILDDSPKEIAKFIFCTRTLNWKKLRIYLDER-----RDVLDDL
:: :::.:.....:.:.. :.: .:.:.. . :. . . .: . ::::: .
CCDS31 LFNINPDKGIQFLISRGFIPDTPIGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNSKKQFNRDVLDCV
360 370 380 390 400 410
200 210 220 230 240 250
pF1KE3 VTLHNFRNQFLPNALREFFRHIHAPEERGEYLETLITKFSHRFCACNPDLMRELGLSPDA
: .: .. : .:::.: ::.. : .. .: :: ::.:.: :::...... .::.
CCDS31 VDEMDFSSMELDEALRKFQAHIRVQGE-AQKVERLIEAFSQRYCMCNPEVVQQFH-NPDT
420 430 440 450 460 470
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 VYVLCYSLILLSIDLTSPHVK--NKMSKREFIRNTRRA--AQNISEDFVGHLYDNIYLIG
...: ...:::. :. ::..: :: ..:::: : . . .: ...: .:. :
CCDS31 IFILAFAIILLNTDMYSPNIKPDRKMMLEDFIRNLRGVDDGADIPRELVVGIYERIQQKE
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 HVAA
CCDS31 LKSNEDHVTYVTKVEKSIVGMKTVLSVPHRRLVCCSRLFEVTDVNKLQKQAAHQREVFLF
540 550 560 570 580 590
>>CCDS53728.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 (1182 aa)
initn: 307 init1: 96 opt: 370 Z-score: 439.1 bits: 91.4 E(32554): 3.9e-18
Smith-Waterman score: 370; 33.0% identity (66.0% similar) in 206 aa overlap (118-311:633-834)
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 ATDLCLASCVWQDLANDELLWQGLCKSTWGHCS--IYNKNPPLGF-SFRKLYMQLDEGSL
:: :.: :. ..:: ... :
CCDS53 STKSAKSGSEASASASKDALQAMILSLPRYHCENPASCKSPTLSTDTLRKRLYRI--GLN
610 620 630 640 650 660
150 160 170 180 190
pF1KE3 TFNANPDEGVNYFMSKGILDDSPKEIAKFIFCTRTLNWKKLRIYLDER-----RDVLDDL
:: :::.:.....:.:.. :.: .:.:.. . :. . . .: . ::::: .
CCDS53 LFNINPDKGIQFLISRGFIPDTPIGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNSKKQFNRDVLDCV
670 680 690 700 710 720
200 210 220 230 240 250
pF1KE3 VTLHNFRNQFLPNALREFFRHIHAPEERGEYLETLITKFSHRFCACNPDLMRELGLSPDA
: .: .. : .:::.: ::.. : .. .: :: ::.:.: :::...... .::.
CCDS53 VDEMDFSSMELDEALRKFQAHIRVQGE-AQKVERLIEAFSQRYCMCNPEVVQQFH-NPDT
730 740 750 760 770
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 VYVLCYSLILLSIDLTSPHVK--NKMSKREFIRNTRRA--AQNISEDFVGHLYDNIYLIG
...: ...:::. :. ::..: :: ..:::: : . . .: ...: .:. :
CCDS53 IFILAFAIILLNTDMYSPNIKPDRKMMLEDFIRNLRGVDDGADIPRELVVGIYERIQQKE
780 790 800 810 820 830
pF1KE3 HVAA
CCDS53 LKSNEDHVTYVTKVEKSIVGMKTVLSVPHRRLVCCSRLFEVTDVNKLQKQAAHQREVFLF
840 850 860 870 880 890
>>CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 (399 aa)
initn: 164 init1: 118 opt: 319 Z-score: 385.3 bits: 79.8 E(32554): 3.8e-15
Smith-Waterman score: 319; 30.8% identity (65.9% similar) in 185 aa overlap (133-311:63-238)
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 NDELLWQGLCKSTWGHCSIYNKNPPLGFSFRKLYMQLDEGSLTFNANPDEGVNYFMSKGI
::. : : :: .: .:..... . .
CCDS12 IQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTLQRNRKMAM----GRKKFNMDPKKGIQFLVENEL
40 50 60 70 80
170 180 190 200 210
pF1KE3 LDDSPKEIAKFIFCTRTLNWKKLRIYLDERRD----VLDDLVTLHNFRNQFLPNALREFF
:...:.:::.:.. . :: . :: ::.. :: .: ::.: . : .:::.:.
CCDS12 LQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGEREELNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFL
90 100 110 120 130 140
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 RHIHAPEERGEYLETLITKFSHRFCACNPDLMRELGLSPDAVYVLCYSLILLSIDLTSPH
.. : : .. .. .. :..:.: ::: ... : :. ::: ...:.:. .: .:.
CCDS12 WSFRLPGE-AQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVFQ----STDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPN
150 160 170 180 190 200
280 290 300 310
pF1KE3 VKNKMSKREFIRNTRRAAQ--NISEDFVGHLYDNIYLIGHVAA
:..: . ..:. .: . .. :... .:::.:
CCDS12 VRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIRNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDRE
210 220 230 240 250 260
CCDS12 GWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVDDPRKPNCFE
270 280 290 300 310 320
>>CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849 aa)
initn: 199 init1: 131 opt: 324 Z-score: 381.2 bits: 81.3 E(32554): 6.5e-15
Smith-Waterman score: 324; 29.5% identity (64.8% similar) in 193 aa overlap (125-311:688-877)
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 SCVWQDLANDELLWQGLCKSTWGHCSIYNKNPPLGFSFRKLYMQLDEGSLTFNANPDEGV
:: ... ...: :: .: .:.
CCDS61 TINRYGSLNSLESTSSSGIGSYSTQMSGTDNPEQFEVLKQQKEIIEQGIDLFNKKPKRGI
660 670 680 690 700 710
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 NYFMSKGILDDSPKEIAKFIFCTRTLNWKKLRIYLDER----RDVLDDLVTLHNFRNQFL
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