Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3979
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3979, 436 aa
1>>>pF1KE3979 436 - 436 aa - 436 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8897+/-0.000424; mu= 19.4125+/- 0.026
mean_var=67.1995+/-13.351, 0's: 0 Z-trim(111.3): 228 B-trim: 200 in 2/50
Lambda= 0.156456
statistics sampled from 19505 (19804) to 19505 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.601), E-opt: 0.2 (0.232), width: 16
Scan time: 6.940
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_579875 (OMIM: 606767) potassium voltage-gated c ( 436) 2928 670.3 2.7e-192
NP_758847 (OMIM: 606767) potassium voltage-gated c ( 425) 1435 333.3 7.4e-91
XP_011527105 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1116 261.3 4.1e-69
XP_011527107 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1116 261.3 4.1e-69
XP_011527108 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1116 261.3 4.1e-69
XP_011527106 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1116 261.3 4.1e-69
XP_011527103 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1116 261.3 4.1e-69
XP_006723848 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1116 261.3 4.1e-69
XP_011527102 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1116 261.3 4.1e-69
XP_011527104 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1116 261.3 4.1e-69
NP_002228 (OMIM: 603788) potassium voltage-gated c ( 513) 1116 261.3 4.1e-69
NP_758857 (OMIM: 607603) potassium voltage-gated c ( 519) 921 217.3 7.3e-56
NP_001309728 (OMIM: 602905) potassium voltage-gate ( 526) 878 207.6 6.1e-53
NP_002242 (OMIM: 602905) potassium voltage-gated c ( 526) 878 207.6 6.1e-53
XP_016883335 (OMIM: 602905) PREDICTED: potassium v ( 527) 878 207.6 6.2e-53
NP_065748 (OMIM: 602906) potassium voltage-gated c ( 477) 812 192.7 1.7e-48
NP_598004 (OMIM: 607604,610356) potassium voltage- ( 545) 806 191.4 4.9e-48
NP_002243 (OMIM: 603888) potassium voltage-gated c ( 491) 796 189.1 2.2e-47
XP_011531127 (OMIM: 603888) PREDICTED: potassium v ( 491) 796 189.1 2.2e-47
NP_001269357 (OMIM: 603888) potassium voltage-gate ( 491) 796 189.1 2.2e-47
XP_016859548 (OMIM: 603888) PREDICTED: potassium v ( 491) 796 189.1 2.2e-47
XP_011524220 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 733 174.9 4e-43
XP_011524222 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 733 174.9 4e-43
XP_016881194 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 733 174.9 4e-43
NP_036415 (OMIM: 605696) potassium voltage-gated c ( 466) 733 174.9 4e-43
XP_016881193 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 509) 733 174.9 4.3e-43
NP_000208 (OMIM: 160120,176260) potassium voltage- ( 495) 685 164.0 7.6e-40
NP_002223 (OMIM: 176263) potassium voltage-gated c ( 575) 661 158.7 3.7e-38
XP_011527101 (OMIM: 600397,616056) PREDICTED: pota ( 858) 646 155.4 5.2e-37
XP_006723847 (OMIM: 600397,616056) PREDICTED: pota ( 858) 646 155.4 5.2e-37
NP_004966 (OMIM: 600397,616056) potassium voltage- ( 858) 646 155.4 5.2e-37
NP_004761 (OMIM: 607738) potassium voltage-gated c ( 911) 643 154.8 8.7e-37
NP_005540 (OMIM: 602420) potassium voltage-gated c ( 511) 623 150.1 1.3e-35
NP_055194 (OMIM: 608164) potassium voltage-gated c ( 500) 611 147.3 8.2e-35
NP_004967 (OMIM: 176258,616187) potassium voltage- ( 511) 590 142.6 2.2e-33
XP_011518382 (OMIM: 176258,616187) PREDICTED: pota ( 535) 590 142.6 2.3e-33
NP_001106212 (OMIM: 176258,616187) potassium volta ( 585) 590 142.7 2.5e-33
XP_011539703 (OMIM: 176265) PREDICTED: potassium v ( 609) 583 141.1 7.6e-33
XP_006710688 (OMIM: 176265) PREDICTED: potassium v ( 618) 583 141.1 7.7e-33
XP_006710690 (OMIM: 176265) PREDICTED: potassium v ( 624) 583 141.1 7.8e-33
NP_001034663 (OMIM: 176265) potassium voltage-gate ( 626) 583 141.1 7.8e-33
NP_004969 (OMIM: 176265) potassium voltage-gated c ( 635) 583 141.1 7.9e-33
NP_715624 (OMIM: 176256) potassium voltage-gated c ( 558) 578 139.9 1.6e-32
XP_005268912 (OMIM: 176256) PREDICTED: potassium v ( 574) 578 139.9 1.6e-32
NP_001247428 (OMIM: 176256) potassium voltage-gate ( 583) 578 139.9 1.6e-32
XP_006719446 (OMIM: 176256) PREDICTED: potassium v ( 612) 578 140.0 1.7e-32
XP_006719447 (OMIM: 176256) PREDICTED: potassium v ( 612) 578 140.0 1.7e-32
XP_016874771 (OMIM: 176256) PREDICTED: potassium v ( 612) 578 140.0 1.7e-32
XP_006719448 (OMIM: 176256) PREDICTED: potassium v ( 612) 578 140.0 1.7e-32
XP_006719445 (OMIM: 176256) PREDICTED: potassium v ( 613) 578 140.0 1.7e-32
>>NP_579875 (OMIM: 606767) potassium voltage-gated chann (436 aa)
initn: 2928 init1: 2928 opt: 2928 Z-score: 3573.3 bits: 670.3 E(85289): 2.7e-192
Smith-Waterman score: 2928; 100.0% identity (100.0% similar) in 436 aa overlap (1-436:1-436)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MTFGRSGAASVVLNVGGARYSLSRELLKDFPLRRVSRLHGCRSERDVLEVCDDYDRERNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_579 MTFGRSGAASVVLNVGGARYSLSRELLKDFPLRRVSRLHGCRSERDVLEVCDDYDRERNE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 YFFDRHSEAFGFILLYVRGHGKLRFAPRMCELSFYNEMIYWGLEGAHLEYCCQRRLDDRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_579 YFFDRHSEAFGFILLYVRGHGKLRFAPRMCELSFYNEMIYWGLEGAHLEYCCQRRLDDRM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 SDTYTFYSADEPGVLGRDEARPGGAEAAPSRRWLERMRRTFEEPTSSLAAQILASVSVVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_579 SDTYTFYSADEPGVLGRDEARPGGAEAAPSRRWLERMRRTFEEPTSSLAAQILASVSVVF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VIVSMVVLCASTLPDWRNAAADNRSLDDRSRYSAGPGREPSGIIEAICIGWFTAECIVRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_579 VIVSMVVLCASTLPDWRNAAADNRSLDDRSRYSAGPGREPSGIIEAICIGWFTAECIVRF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 IVSKNKCEFVKRPLNIIDLLAITPYYISVLMTVFTGENSQLQRAGVTLRVLRMMRIFWVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_579 IVSKNKCEFVKRPLNIIDLLAITPYYISVLMTVFTGENSQLQRAGVTLRVLRMMRIFWVI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 KLARHFIGLQTLGLTLKRCYREMVMLLVFICVAMAIFSALSQLLEHGLDLETSNKDFTSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_579 KLARHFIGLQTLGLTLKRCYREMVMLLVFICVAMAIFSALSQLLEHGLDLETSNKDFTSI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 PAACWWVIISMTTVGYGDMYPITVPGRILGGVCVVSGIVLLALPITFIYHSFVQCYHELK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_579 PAACWWVIISMTTVGYGDMYPITVPGRILGGVCVVSGIVLLALPITFIYHSFVQCYHELK
370 380 390 400 410 420
430
pF1KE3 FRSARYSRSLSTEFLN
::::::::::::::::
NP_579 FRSARYSRSLSTEFLN
430
>>NP_758847 (OMIM: 606767) potassium voltage-gated chann (425 aa)
initn: 1435 init1: 1435 opt: 1435 Z-score: 1752.1 bits: 333.3 E(85289): 7.4e-91
Smith-Waterman score: 2816; 97.5% identity (97.5% similar) in 436 aa overlap (1-436:1-425)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MTFGRSGAASVVLNVGGARYSLSRELLKDFPLRRVSRLHGCRSERDVLEVCDDYDRERNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 MTFGRSGAASVVLNVGGARYSLSRELLKDFPLRRVSRLHGCRSERDVLEVCDDYDRERNE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 YFFDRHSEAFGFILLYVRGHGKLRFAPRMCELSFYNEMIYWGLEGAHLEYCCQRRLDDRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 YFFDRHSEAFGFILLYVRGHGKLRFAPRMCELSFYNEMIYWGLEGAHLEYCCQRRLDDRM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 SDTYTFYSADEPGVLGRDEARPGGAEAAPSRRWLERMRRTFEEPTSSLAAQILASVSVVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 SDTYTFYSADEPGVLGRDEARPGGAEAAPSRRWLERMRRTFEEPTSSLAAQILASVSVVF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VIVSMVVLCASTLPDWRNAAADNRSLDDRSRYSAGPGREPSGIIEAICIGWFTAECIVRF
::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
NP_758 VIVSMVVLCASTLPDWRNAAADNRSLDDRSR-----------IIEAICIGWFTAECIVRF
190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 IVSKNKCEFVKRPLNIIDLLAITPYYISVLMTVFTGENSQLQRAGVTLRVLRMMRIFWVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 IVSKNKCEFVKRPLNIIDLLAITPYYISVLMTVFTGENSQLQRAGVTLRVLRMMRIFWVI
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 KLARHFIGLQTLGLTLKRCYREMVMLLVFICVAMAIFSALSQLLEHGLDLETSNKDFTSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 KLARHFIGLQTLGLTLKRCYREMVMLLVFICVAMAIFSALSQLLEHGLDLETSNKDFTSI
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 PAACWWVIISMTTVGYGDMYPITVPGRILGGVCVVSGIVLLALPITFIYHSFVQCYHELK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 PAACWWVIISMTTVGYGDMYPITVPGRILGGVCVVSGIVLLALPITFIYHSFVQCYHELK
350 360 370 380 390 400
430
pF1KE3 FRSARYSRSLSTEFLN
::::::::::::::::
NP_758 FRSARYSRSLSTEFLN
410 420
>>XP_011527105 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
initn: 939 init1: 318 opt: 1116 Z-score: 1361.9 bits: 261.3 E(85289): 4.1e-69
Smith-Waterman score: 1116; 41.8% identity (71.1% similar) in 426 aa overlap (11-425:65-476)
10 20 30 40
pF1KE3 MTFGRSGAASVVLNVGGARYSLSRELLKDFPLRRVSRLHG
...:::: .::: : .::: :...:..
XP_011 IKGAFYRRAQRLRPQDEPRQGCQPEDRRRRIIINVGGIKYSLPWTTLDEFPLTRLGQLKA
40 50 60 70 80 90
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 CRSERDVLEVCDDYDRERNEYFFDRHSEAFGFILLYVRGHGKLRFAPRMCELSFYNEMIY
: . :.:.:::::: ::.::::. ::: :: ..:. ::::. .:: ::: .:..:
XP_011 CTNFDDILNVCDDYDVTCNEFFFDRNPGAFGTILTFLRA-GKLRLLREMCALSFQEELLY
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150
pF1KE3 WGLEGAHLEYCCQRRLDDRMSDTYTFYS-ADEPGVL---GRDEARPGGAEAAPSRRWLER
::. ::. ::.:: ... . . .: .: ::: :. .:. .: ..:
XP_011 WGIAEDHLDGCCKRRYLQKIEEFAEMVEREEEDDALDSEGRDSEGPAEGEGRLGRC-MRR
160 170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 MRRTFEEPTSSLAAQILASVSVVFVIVSMVVLCASTLPDWRNAAADNRSLDDRSRYSAGP
.: :.: :.: ....: .::.:: :. : : .::::. : ... . .
XP_011 LRDMVERPHSGLPGKVFACLSVLFVTVTAVNLSVSTLPSLR---------EEEEQGHCSQ
220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 GREPSGIIEAICIGWFTAECIVRFIVSKNKCEFVKRPLNIIDLLAITPYYISVLMT-VFT
. :.:..:.:::. : ..:.: . .: :.. ::..:::.:: ::::..:. . .
XP_011 MCHNVFIVESVCVGWFSLEFLLRLIQAPSKFAFLRSPLTLIDLVAILPYYITLLVDGAAA
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320
pF1KE3 GE------NSQLQRAGVTLRVLRMMRIFWVIKLARHFIGLQTLGLTLKRCYREMVMLLVF
:. :: :...:..::::: .::..:..:::: .:::::::: .:: ::. .::.:
XP_011 GRRKPGAGNSYLDKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGLQTLGLTARRCTREFGLLLLF
330 340 350 360 370 380
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 ICVAMAIFSALSQLLEHGLDLETSNKDFTSIPAACWWVIISMTTVGYGDMYPITVPGRIL
.:::.:.:. : ..:. . ... .:::::: ::..:.::::::::: : ..::...
XP_011 LCVAIALFAPLLYVIENEM---ADSPEFTSIPACYWWAVITMTTVGYGDMVPRSTPGQVV
390 400 410 420 430 440
390 400 410 420 430
pF1KE3 GGVCVVSGIVLLALPITFIYHSFVQCYHELKFRSARYSRSLSTEFLN
. ..:::.:.:.:.: :.:.: . : ::: .. :
XP_011 ALSSILSGILLMAFPVTSIFHTFSRSYLELKQEQERVMFRRAQFLIKTKSQLSVSQDSDI
450 460 470 480 490 500
XP_011 LFGSASSDTRDNN
510
>>XP_011527107 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
initn: 939 init1: 318 opt: 1116 Z-score: 1361.9 bits: 261.3 E(85289): 4.1e-69
Smith-Waterman score: 1116; 41.8% identity (71.1% similar) in 426 aa overlap (11-425:65-476)
10 20 30 40
pF1KE3 MTFGRSGAASVVLNVGGARYSLSRELLKDFPLRRVSRLHG
...:::: .::: : .::: :...:..
XP_011 IKGAFYRRAQRLRPQDEPRQGCQPEDRRRRIIINVGGIKYSLPWTTLDEFPLTRLGQLKA
40 50 60 70 80 90
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 CRSERDVLEVCDDYDRERNEYFFDRHSEAFGFILLYVRGHGKLRFAPRMCELSFYNEMIY
: . :.:.:::::: ::.::::. ::: :: ..:. ::::. .:: ::: .:..:
XP_011 CTNFDDILNVCDDYDVTCNEFFFDRNPGAFGTILTFLRA-GKLRLLREMCALSFQEELLY
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150
pF1KE3 WGLEGAHLEYCCQRRLDDRMSDTYTFYS-ADEPGVL---GRDEARPGGAEAAPSRRWLER
::. ::. ::.:: ... . . .: .: ::: :. .:. .: ..:
XP_011 WGIAEDHLDGCCKRRYLQKIEEFAEMVEREEEDDALDSEGRDSEGPAEGEGRLGRC-MRR
160 170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 MRRTFEEPTSSLAAQILASVSVVFVIVSMVVLCASTLPDWRNAAADNRSLDDRSRYSAGP
.: :.: :.: ....: .::.:: :. : : .::::. : ... . .
XP_011 LRDMVERPHSGLPGKVFACLSVLFVTVTAVNLSVSTLPSLR---------EEEEQGHCSQ
220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 GREPSGIIEAICIGWFTAECIVRFIVSKNKCEFVKRPLNIIDLLAITPYYISVLMT-VFT
. :.:..:.:::. : ..:.: . .: :.. ::..:::.:: ::::..:. . .
XP_011 MCHNVFIVESVCVGWFSLEFLLRLIQAPSKFAFLRSPLTLIDLVAILPYYITLLVDGAAA
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320
pF1KE3 GE------NSQLQRAGVTLRVLRMMRIFWVIKLARHFIGLQTLGLTLKRCYREMVMLLVF
:. :: :...:..::::: .::..:..:::: .:::::::: .:: ::. .::.:
XP_011 GRRKPGAGNSYLDKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGLQTLGLTARRCTREFGLLLLF
330 340 350 360 370 380
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 ICVAMAIFSALSQLLEHGLDLETSNKDFTSIPAACWWVIISMTTVGYGDMYPITVPGRIL
.:::.:.:. : ..:. . ... .:::::: ::..:.::::::::: : ..::...
XP_011 LCVAIALFAPLLYVIENEM---ADSPEFTSIPACYWWAVITMTTVGYGDMVPRSTPGQVV
390 400 410 420 430 440
390 400 410 420 430
pF1KE3 GGVCVVSGIVLLALPITFIYHSFVQCYHELKFRSARYSRSLSTEFLN
. ..:::.:.:.:.: :.:.: . : ::: .. :
XP_011 ALSSILSGILLMAFPVTSIFHTFSRSYLELKQEQERVMFRRAQFLIKTKSQLSVSQDSDI
450 460 470 480 490 500
XP_011 LFGSASSDTRDNN
510
>>XP_011527108 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
initn: 939 init1: 318 opt: 1116 Z-score: 1361.9 bits: 261.3 E(85289): 4.1e-69
Smith-Waterman score: 1116; 41.8% identity (71.1% similar) in 426 aa overlap (11-425:65-476)
10 20 30 40
pF1KE3 MTFGRSGAASVVLNVGGARYSLSRELLKDFPLRRVSRLHG
...:::: .::: : .::: :...:..
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XP_011 LFGSASSDTRDNN
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436 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]