Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3962
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3962, 511 aa
1>>>pF1KE3962 511 - 511 aa - 511 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.1595+/-0.000474; mu= -17.7010+/- 0.030
mean_var=827.5183+/-176.823, 0's: 0 Z-trim(126.0): 953 B-trim: 0 in 0/61
Lambda= 0.044585
statistics sampled from 49512 (50932) to 49512 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.835), E-opt: 0.2 (0.597), width: 16
Scan time: 9.980
The best scores are: opt bits E(85289)
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NP_001157819 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and ( 668) 550 50.5 1.8e-05
NP_001157815 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and ( 668) 550 50.5 1.8e-05
NP_001157818 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and ( 668) 550 50.5 1.8e-05
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>>NP_001157817 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and BTB (668 aa)
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10 20 30 40 50 60
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:... . :: .. :: :: . .. .: . .. .:
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: : : ..:
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180 190 200 210 220
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>>NP_001157819 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and BTB (668 aa)
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10 20 30 40 50 60
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: : : ..:
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>>NP_001157815 (OMIM: 259050,606025) zinc finger and BTB (668 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAAAEAVHHIHLQNFSRSLLETLNGQRLGGHFCDVTVRIREASLRAHRCVLAAGSPFFQD
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:::..::::
NP_001 HQCSICWRSFSLKDYLIKHMVTHTGVRAYQCSICNKRFTQKSSLNVHMRLHRGEKSYECY
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: .: :.:.::: :.::::: :: ::::::::::. . :::::::::::::::::
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:::::.:.:..: :: .:.:..:..:.::: : :.:.::::.:::::.:.:.:::::::.
NP_056 KLLLGYSDIEIPSVVSVQSVQKLIDFMYSGVLRVSQSEALQILTAASILQIKTVIDECTR
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:... . :: .. :: :: . .. .: . .. .:
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170
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: : : ..:
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180 190 200 210 220
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::: .:.:.: . : : : .. .. ....: :..:. :.
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::. : ... . :: . : .:: .. :: : :. . : .. ::.
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: : .: :: : : . : .: . ..: . :: . . :. : :
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. : . : .:. : : . :: . : : .: :: :. .::. : :
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. . :: :. : : . : .: :::. : :::....::.::::.:.::::
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:::..::::
NP_056 HQCSICWRSFSLKDYLIKHMVTHTGVRAYQCSICNKRFTQKSSLNVHMRLHRGEKSYECY
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10 20 30
pF1KE3 MAAAEAVHHIHLQNFSRSLLETLNGQRLGGHFCD
: .: :.:.::: :.::::: :: :::::
NP_001 PALIHSTHSLTNSHAHTGSSDCDISCKGMTERIHSINLHNFSNSVLETLNEQRNRGHFCD
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:::::. . ::::::::::::::::::::::.:.:..: :: .:.:..:..:.::: : :
NP_001 VTVRIHGSMLRAHRCVLAAGSPFFQDKLLLGYSDIEIPSVVSVQSVQKLIDFMYSGVLRV
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pF1KE3 AQGEALQVLTAASVLRIQTVIDECTQIIARARA---PG---TSAPTPLPTP---------
.:.::::.:::::.:.:.:::::::.:... . :: .. :: ::
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pF1KE3 -VPPPLAPAQLRHRLRHLLAAR-----------------------------PPGH-----
. .. .: . .. .: : :
NP_001 DTESGYLQSHPQHSVDRIYSALYACSMQNGSGERSFYSGAVVSHHETALGLPRDHHMEDP
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170 180 190
pF1KE3 --------------------PGAAHSRKQRQPARLQLPAPPTPAKAEGPD-----ADPSL
: ..: ::: .:.:.: . : : : .. .
NP_001 SWITRIHERSQQMERYLSTTPETTHCRKQPRPVRIQTLVGNIHIKQEMEDDYDYYGQQRV
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. ....: :..:. :. ::. : ... . :: . : .:: .. :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]