Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3958
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3958, 446 aa
1>>>pF1KE3958 446 - 446 aa - 446 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4094+/-0.00046; mu= 8.8015+/- 0.028
mean_var=200.4244+/-44.240, 0's: 0 Z-trim(116.0): 244 B-trim: 1321 in 1/55
Lambda= 0.090594
statistics sampled from 26549 (26856) to 26549 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.683), E-opt: 0.2 (0.315), width: 16
Scan time: 6.810
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containi ( 452) 1576 219.0 2e-56
NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein liga ( 468) 900 130.7 8.1e-30
XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 467) 890 129.4 2e-29
NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 787 115.9 2.3e-25
XP_016873516 (OMIM: 606124) PREDICTED: tripartite ( 375) 731 108.5 3.1e-23
NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein liga ( 477) 593 90.6 9.8e-18
XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 593 90.6 9.8e-18
XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 593 90.6 9.8e-18
XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 593 90.6 9.8e-18
NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 477) 593 90.6 9.8e-18
NP_067629 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 488) 549 84.8 5.4e-16
NP_001003827 (OMIM: 605684) tripartite motif-conta ( 488) 549 84.8 5.4e-16
NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 488) 537 83.3 1.6e-15
NP_001128327 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 343) 534 82.7 1.6e-15
XP_016856907 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 514 80.0 8.4e-15
XP_016856908 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 514 80.0 8.4e-15
NP_067076 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 516 80.6 1.1e-14
XP_011542513 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 450) 507 79.3 2.3e-14
NP_006501 (OMIM: 602165) zinc finger protein RFP [ ( 513) 497 78.1 6.2e-14
NP_477514 (OMIM: 607564) tripartite motif-containi ( 488) 480 75.8 2.8e-13
NP_001003818 (OMIM: 607564) tripartite motif-conta ( 516) 480 75.8 2.9e-13
XP_016873951 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 300) 463 73.4 9.4e-13
NP_149084 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 326) 463 73.4 9.9e-13
XP_005253241 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 326) 463 73.4 9.9e-13
NP_149083 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 347) 463 73.4 1e-12
XP_005253240 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 493) 463 73.6 1.3e-12
NP_149023 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 493) 463 73.6 1.3e-12
NP_006065 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein liga ( 498) 463 73.6 1.3e-12
NP_001186502 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein l ( 494) 448 71.6 5.1e-12
XP_016873952 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 437 69.9 9.1e-12
XP_006718421 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 437 69.9 9.1e-12
XP_011518728 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 437 70.0 1e-11
XP_016873950 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 437 70.0 1e-11
NP_569074 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 270) 433 69.4 1.3e-11
XP_011518729 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 271) 430 69.0 1.7e-11
NP_439893 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 395) 431 69.3 2e-11
NP_006769 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 481) 431 69.4 2.3e-11
XP_011542587 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 391) 428 68.9 2.7e-11
XP_016873949 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 314) 426 68.6 2.8e-11
XP_005249431 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 427 68.9 3.6e-11
NP_001229712 (OMIM: 600830) tripartite motif-conta ( 539) 427 68.9 3.6e-11
XP_006715243 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 427 68.9 3.6e-11
XP_005249433 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 427 68.9 3.6e-11
XP_005249435 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 427 68.9 3.6e-11
XP_005249432 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 427 68.9 3.6e-11
XP_005249434 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 427 68.9 3.6e-11
NP_003440 (OMIM: 600830) tripartite motif-containi ( 539) 427 68.9 3.6e-11
XP_011512567 (OMIM: 609316) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 421) 425 68.6 3.7e-11
NP_008959 (OMIM: 609316) E3 ubiquitin-protein liga ( 425) 425 68.6 3.7e-11
NP_060543 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein liga ( 485) 422 68.2 5.3e-11
>>NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containing p (452 aa)
initn: 1589 init1: 1229 opt: 1576 Z-score: 1134.0 bits: 219.0 E(85289): 2e-56
Smith-Waterman score: 1576; 51.9% identity (77.2% similar) in 451 aa overlap (1-445:1-451)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPANCPACREPSP
:.: . ..:: :: : .:.::..::::: :::::::::. :.:.. ..: : . .
NP_065 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 KMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSLLCLLCSNSQE
....:::: ::.....:::.::: :::::.:.:::::.:::.::..:.::::::::.:::
NP_065 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 HGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRGNVVLRAQMIR
: :.:.::: ::::::::::..:. ::.: ::.::: : . :. : :: . ::
NP_065 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMYQELMEMCHKP
::.:. :.:::..:: :.:. .:::..:. : .:: .. . :. ::.:: ::::::
NP_065 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 DVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQPVNPELTAGPITGLVYRLNRFRVEISFHFEVTNHNI
:::::: .:::. ::::::::::::.::::.::::::: :::.:::.:..: : .:..:
NP_065 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE3 RLFEDVRSWMF----RRGPLNSDRSDYFAAWGARVFSFGKHYWELDVDNSCDWALGVCNN
:.: .:: . . : . : :::...:. ::.:::. : .: .::.::::
NP_065 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 SWIRKNST--MVNSEDIFLLLCLKVDNHFNLLTTSPVFPHYIEKPLGRVGVFLDFESGSV
.::.. . .. .::: :.: : . .:.::::.. .:: :: .:::.::: :. .:
NP_065 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
420 430 440
pF1KE3 SFLNVTKSSLIWSYPAGSLTFPVRPFFYTGHR
::..:..::::.. : :.. :.::.: :
NP_065 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein ligase T (468 aa)
initn: 798 init1: 373 opt: 900 Z-score: 656.3 bits: 130.7 E(85289): 8.1e-30
Smith-Waterman score: 900; 34.3% identity (63.0% similar) in 446 aa overlap (4-441:5-442)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPANCPACREPS
:.: .:.: ::.:::.:..::: :::.::: :. : . ..: :: ::: :
NP_660 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PKMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSLLCLLCSNSQ
:. ... : : ... .::. : . .: .::. :: . ::: : :
NP_660 PQRNLRPNRPLAKMAEMARR--LHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAACERSG
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 EHGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRGNVVLRAQMI
:: ::. .:...:::. . :: :... : :..:. . .: ::. : . : .
NP_660 EHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMVESQRQNV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 RNEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMYQELMEMCHK
.:...:. .: .::.: :.::..: :.. .:... ... :.: :: :. :: :.
NP_660 LGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGRCQL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 PDVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQPVNPEL-TAGPITGLVYRLNRFRVEISFHFEVTNH
: . ::::. : . : ..: :. :. : :: :. . ::: : ::: .... ...:
NP_660 PALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPDTANP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 NIRLFEDVRSWMFRRGPLNS---DRSDYF----AAWGARVFSFGKHYWELDVDNSCDWAL
.. : :: :: .:: : . : . : . : . :. :.::::..: . .:::
NP_660 ELILSEDRRS--VQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTSWAL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 GVCNNSWIRKNSTMVNSEDIFLLLCLKVDNHFNLLTTSPVFPHYIEKPLGRVGVFLDFES
::: .. ::.. ... . : .: . . ...: . . : .. : :::.:::.:.
NP_660 GVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVF-LGSYYNS-SERALAP--LRDPPRRVGIFLDYEA
360 370 380 390 400 410
420 430 440
pF1KE3 GSVSFLNVTKSSLIWSYPAGSLTFPVRPFFYTGHR
: .:: ..: .::.. .: .. .::.:
NP_660 GHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDTLAPQ
420 430 440 450 460
>>XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (467 aa)
initn: 840 init1: 267 opt: 890 Z-score: 649.3 bits: 129.4 E(85289): 2e-29
Smith-Waterman score: 890; 34.3% identity (63.0% similar) in 446 aa overlap (4-441:5-441)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPANCPACREPS
:.: .:.: ::.:::.:..::: :::.::: :. : . ..: :: ::: :
XP_016 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PKMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSLLCLLCSNSQ
:. ... : : ... .::. : . .: .::. :: . ::: : :
XP_016 PQRNLRPNRPLAKMAEMARR--LHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAACERSG
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 EHGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRGNVVLRAQMI
:: ::. .:...:::. . :: :... : :..:. . .: ::. : . : .
XP_016 EHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQ-MVESQRQNV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 RNEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMYQELMEMCHK
.:...:. .: .::.: :.::..: :.. .:... ... :.: :: :. :: :.
XP_016 LGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGRCQL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 PDVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQPVNPEL-TAGPITGLVYRLNRFRVEISFHFEVTNH
: . ::::. : . : ..: :. :. : :: :. . ::: : ::: .... ...:
XP_016 PALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPDTANP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 NIRLFEDVRSWMFRRGPLNS---DRSDYF----AAWGARVFSFGKHYWELDVDNSCDWAL
.. : :: :: .:: : . : . : . : . :. :.::::..: . .:::
XP_016 ELILSEDRRS--VQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTSWAL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 GVCNNSWIRKNSTMVNSEDIFLLLCLKVDNHFNLLTTSPVFPHYIEKPLGRVGVFLDFES
::: .. ::.. ... . : .: . . ...: . . : .. : :::.:::.:.
XP_016 GVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVF-LGSYYNS-SERALAP--LRDPPRRVGIFLDYEA
360 370 380 390 400 410
420 430 440
pF1KE3 GSVSFLNVTKSSLIWSYPAGSLTFPVRPFFYTGHR
: .:: ..: .::.. .: .. .::.:
XP_016 GHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDTLAPQ
420 430 440 450 460
>>NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein ligase T (475 aa)
initn: 713 init1: 360 opt: 787 Z-score: 576.4 bits: 115.9 E(85289): 2.3e-25
Smith-Waterman score: 787; 33.6% identity (62.5% similar) in 443 aa overlap (11-444:12-449)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPANCPACREPS
.:.:: :::. .:.::.: ::::::. : .: . . ::.::.
NP_003 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQEC--ISQVGKGGGSVCPVCRQRF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PKMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSLLCLLCSNSQ
... : : :.:. .. : ... . :..: . ..::. : . :: .:..:.
NP_003 LLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVCAQSR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 EHGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRGNVVLRAQMI
.: : :.::::.:..::: . : .: . .. : . :. .: . . :
NP_003 KHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQKSRI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 RNEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMYQELMEMCHK
. :. . . : .::...:..:.:. .: .. : .. .:. :.:. :.:. .:: . ::.
NP_003 HAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDRRCHS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 PDVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQPVNPEL-TAGPITGLVYRLNRFRVEISFHFEVTNH
.::::.. .. :::: :. . ..::: .. . :: : :.:.. ...:
NP_003 SALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPDTANP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 NIRLFEDVRSWMFRRG------PLNSDRSD-YFAAWGARVFSFGKHYWELDVDNSCDWAL
. : :: :. : : : : .: : : . ::. : ::::::.:: .. : :
NP_003 WLILSEDRRQ--VRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAWDL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 GVCNNSWIRKNSTMVNSEDIFLLLCLKVDNHFNLLTTSPVFPHYIEKPLGRVGVFLDFES
::: .: ::. ...:.. : . : .... : : : ... : .::.:::.:.
NP_003 GVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEA-GTYPQTPLHLQVPPCQVGIFLDYEA
360 370 380 390 400 410
420 430 440
pF1KE3 GSVSFLNVT-KSSLIWSYPAGSLTFPVRPFFYTGHR
: ::: :.: ..:::.:. ..: :.:::: :
NP_003 GMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQGSTDY
420 430 440 450 460 470
>>XP_016873516 (OMIM: 606124) PREDICTED: tripartite moti (375 aa)
initn: 1323 init1: 707 opt: 731 Z-score: 538.1 bits: 108.5 E(85289): 3.1e-23
Smith-Waterman score: 1171; 43.6% identity (64.6% similar) in 452 aa overlap (1-445:1-374)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPANCPACREPSP
:.: . ..:: :: : .:.::..::::: :::::::::. :.:.. ..: : . .
XP_016 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 KMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSLLCLLCSNSQE
....:::: ::.....:::.::: :::::.:.:::::.:::.::..:.::::::::.:::
XP_016 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE3 HGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNL-YEEGRTAFLWRGNVVLRAQMI
: :.:.::: ::::::::::..:. ::.: ::.::: : ::
XP_016 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRT---------------
130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 RNEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMYQELMEMCHK
: :
XP_016 ----------------------------------RCW-----------------------
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 PDVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQPVNPELTAGPITGLVYRLNRFRVEISFHFEVTNHN
. .:::. ::::::::::::.::::.::::::: :::.:::.:..: : .:..
XP_016 ------KAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANND
170 180 190 200 210 220
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 IRLFEDVRSWMF----RRGPLNSDRSDYFAAWGARVFSFGKHYWELDVDNSCDWALGVCN
: :.: .:: . . : . : :::...:. ::.:::. : .: .::.::::
XP_016 IFLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCN
230 240 250 260 270 280
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 NSWIRKNST--MVNSEDIFLLLCLKVDNHFNLLTTSPVFPHYIEKPLGRVGVFLDFESGS
.::.. . .. .::: :.: : . .:.::::.. .:: :: .:::.::: :. .
XP_016 MYRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKT
290 300 310 320 330 340
420 430 440
pF1KE3 VSFLNVTKSSLIWSYPAGSLTFPVRPFFYTGHR
:::..:..::::.. : :.. :.::.: :
XP_016 VSFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
350 360 370
>>NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein ligase T (477 aa)
initn: 720 init1: 269 opt: 593 Z-score: 439.4 bits: 90.6 E(85289): 9.8e-18
Smith-Waterman score: 783; 30.4% identity (62.5% similar) in 461 aa overlap (4-444:5-459)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPAN--------
.... .:.: :: :::.:..::: :::.::: :. ::::.:.. .
NP_057 MEAVELARKLQEEATCSICLDYFTDPVMTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 -CPACREPSPKMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSL
:: ::: ::. .. : :: ... .:.. : ....: :.. :.::. :.:
NP_057 PCPECREMSPQRNLLPNRLLTKVAEMAQQHPGLQ----KQDLCQEHHEPLKLFCQKDQSP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 LCLLCSNSQEHGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRG
.:..: .:.:: :. : :::.. .. :: ..:. : ..: .. .: .. :.:
NP_057 ICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 NVVLRAQMIRNEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMY
.: : . : :..:.. : .::.. :. :. : .: ..:..: . .:.... :. .
NP_057 KVKERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLELLL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE3 QELMEMCHKPDVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQ---PVNPELTAGPITGLVYRLNRFRV
.: : . ...:::. . ..:...: .. :. :. :. :. . : . : :
NP_057 LQLEERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKNNVSVQCPEVAPPTRPR-TVCRVPGQIEVLRGFLE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 EISFHFEVTNHNIRLFEDVRSWMFRRGPLNSD--RSDYFAAW----GARVFSFGKHYWEL
.. . . :.:. . .. .: .: .: :.:. : .:: :.::::.
NP_057 DVVPDATSAYPYLLLYESRQRRYLGSSPEGSGFCSKDRFVAYPCAVGQTAFSSGRHYWEV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE3 DVDNSCD--WALGVCNNSWIRKNSTMVNSEDIFLLLCLKVDNHFNLLTTSPVFPHYIEKP
.. . : :::::: .. ::. . :. : .. :. ... : : : . : .. .:
NP_057 GMNITGDALWALGVCRDNVSRKDRVPKCPENGFWVVQLSKGTKY-LSTFSALTPVMLMEP
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KE3 LGRVGVFLDFESGSVSFLNVTKSSLIWSYPAGSLTFPVRPFFYTGHR
...:.:::::.: ::: .:. .: . .: ... :..::: :
NP_057 PSHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQMVISTVTMW
420 430 440 450 460 470
NP_057 VKG
>>XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (477 aa)
initn: 720 init1: 269 opt: 593 Z-score: 439.4 bits: 90.6 E(85289): 9.8e-18
Smith-Waterman score: 783; 30.4% identity (62.5% similar) in 461 aa overlap (4-444:5-459)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPAN--------
.... .:.: :: :::.:..::: :::.::: :. ::::.:.. .
XP_006 MEAVELARKLQEEATCSICLDYFTDPVMTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 -CPACREPSPKMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSL
:: ::: ::. .. : :: ... .:.. : ....: :.. :.::. :.:
XP_006 PCPECREMSPQRNLLPNRLLTKVAEMAQQHPGLQ----KQDLCQEHHEPLKLFCQKDQSP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 LCLLCSNSQEHGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRG
.:..: .:.:: :. : :::.. .. :: ..:. : ..: .. .: .. :.:
XP_006 ICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 NVVLRAQMIRNEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMY
.: : . : :..:.. : .::.. :. :. : .: ..:..: . .:.... :. .
XP_006 KVKERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLELLL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE3 QELMEMCHKPDVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQ---PVNPELTAGPITGLVYRLNRFRV
.: : . ...:::. . ..:...: .. :. :. :. :. . : . : :
XP_006 LQLEERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKNNVSVQCPEVAPPTRPR-TVCRVPGQIEVLRGFLE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 EISFHFEVTNHNIRLFEDVRSWMFRRGPLNSD--RSDYFAAW----GARVFSFGKHYWEL
.. . . :.:. . .. .: .: .: :.:. : .:: :.::::.
XP_006 DVVPDATSAYPYLLLYESRQRRYLGSSPEGSGFCSKDRFVAYPCAVGQTAFSSGRHYWEV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE3 DVDNSCD--WALGVCNNSWIRKNSTMVNSEDIFLLLCLKVDNHFNLLTTSPVFPHYIEKP
.. . : :::::: .. ::. . :. : .. :. ... : : : . : .. .:
XP_006 GMNITGDALWALGVCRDNVSRKDRVPKCPENGFWVVQLSKGTKY-LSTFSALTPVMLMEP
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KE3 LGRVGVFLDFESGSVSFLNVTKSSLIWSYPAGSLTFPVRPFFYTGHR
...:.:::::.: ::: .:. .: . .: ... :..::: :
XP_006 PSHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQMVISTVTMW
420 430 440 450 460 470
XP_006 VKG
>>XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (477 aa)
initn: 720 init1: 269 opt: 593 Z-score: 439.4 bits: 90.6 E(85289): 9.8e-18
Smith-Waterman score: 783; 30.4% identity (62.5% similar) in 461 aa overlap (4-444:5-459)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPAN--------
.... .:.: :: :::.:..::: :::.::: :. ::::.:.. .
XP_011 MEAVELARKLQEEATCSICLDYFTDPVMTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 -CPACREPSPKMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSL
:: ::: ::. .. : :: ... .:.. : ....: :.. :.::. :.:
XP_011 PCPECREMSPQRNLLPNRLLTKVAEMAQQHPGLQ----KQDLCQEHHEPLKLFCQKDQSP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 LCLLCSNSQEHGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRG
.:..: .:.:: :. : :::.. .. :: ..:. : ..: .. .: .. :.:
XP_011 ICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 NVVLRAQMIRNEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMY
.: : . : :..:.. : .::.. :. :. : .: ..:..: . .:.... :. .
XP_011 KVKERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLELLL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE3 QELMEMCHKPDVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQ---PVNPELTAGPITGLVYRLNRFRV
.: : . ...:::. . ..:...: .. :. :. :. :. . : . : :
XP_011 LQLEERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKNNVSVQCPEVAPPTRPR-TVCRVPGQIEVLRGFLE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 EISFHFEVTNHNIRLFEDVRSWMFRRGPLNSD--RSDYFAAW----GARVFSFGKHYWEL
.. . . :.:. . .. .: .: .: :.:. : .:: :.::::.
XP_011 DVVPDATSAYPYLLLYESRQRRYLGSSPEGSGFCSKDRFVAYPCAVGQTAFSSGRHYWEV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE3 DVDNSCD--WALGVCNNSWIRKNSTMVNSEDIFLLLCLKVDNHFNLLTTSPVFPHYIEKP
.. . : :::::: .. ::. . :. : .. :. ... : : : . : .. .:
XP_011 GMNITGDALWALGVCRDNVSRKDRVPKCPENGFWVVQLSKGTKY-LSTFSALTPVMLMEP
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KE3 LGRVGVFLDFESGSVSFLNVTKSSLIWSYPAGSLTFPVRPFFYTGHR
...:.:::::.: ::: .:. .: . .: ... :..::: :
XP_011 PSHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQMVISTVTMW
420 430 440 450 460 470
XP_011 VKG
>>XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (477 aa)
initn: 720 init1: 269 opt: 593 Z-score: 439.4 bits: 90.6 E(85289): 9.8e-18
Smith-Waterman score: 783; 30.4% identity (62.5% similar) in 461 aa overlap (4-444:5-459)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPAN--------
.... .:.: :: :::.:..::: :::.::: :. ::::.:.. .
XP_011 MEAVELARKLQEEATCSICLDYFTDPVMTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 -CPACREPSPKMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSL
:: ::: ::. .. : :: ... .:.. : ....: :.. :.::. :.:
XP_011 PCPECREMSPQRNLLPNRLLTKVAEMAQQHPGLQ----KQDLCQEHHEPLKLFCQKDQSP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 LCLLCSNSQEHGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRG
.:..: .:.:: :. : :::.. .. :: ..:. : ..: .. .: .. :.:
XP_011 ICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 NVVLRAQMIRNEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMY
.: : . : :..:.. : .::.. :. :. : .: ..:..: . .:.... :. .
XP_011 KVKERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLELLL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE3 QELMEMCHKPDVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQ---PVNPELTAGPITGLVYRLNRFRV
.: : . ...:::. . ..:...: .. :. :. :. :. . : . : :
XP_011 LQLEERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKNNVSVQCPEVAPPTRPR-TVCRVPGQIEVLRGFLE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 EISFHFEVTNHNIRLFEDVRSWMFRRGPLNSD--RSDYFAAW----GARVFSFGKHYWEL
.. . . :.:. . .. .: .: .: :.:. : .:: :.::::.
XP_011 DVVPDATSAYPYLLLYESRQRRYLGSSPEGSGFCSKDRFVAYPCAVGQTAFSSGRHYWEV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE3 DVDNSCD--WALGVCNNSWIRKNSTMVNSEDIFLLLCLKVDNHFNLLTTSPVFPHYIEKP
.. . : :::::: .. ::. . :. : .. :. ... : : : . : .. .:
XP_011 GMNITGDALWALGVCRDNVSRKDRVPKCPENGFWVVQLSKGTKY-LSTFSALTPVMLMEP
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KE3 LGRVGVFLDFESGSVSFLNVTKSSLIWSYPAGSLTFPVRPFFYTGHR
...:.:::::.: ::: .:. .: . .: ... :..::: :
XP_011 PSHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQMVISTVTMW
420 430 440 450 460 470
XP_011 VKG
>>NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein ligas (477 aa)
initn: 720 init1: 269 opt: 593 Z-score: 439.4 bits: 90.6 E(85289): 9.8e-18
Smith-Waterman score: 783; 30.4% identity (62.5% similar) in 461 aa overlap (4-444:5-459)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MDSDFSHAFQKELTCVICLNYLVDPVTICCGHSFCRPCLCLSWEEAQSPAN--------
.... .:.: :: :::.:..::: :::.::: :. ::::.:.. .
NP_001 MEAVELARKLQEEATCSICLDYFTDPVMTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 -CPACREPSPKMDFKTNILLKNLVTIARKASLWQFLSSEKQICGTHRQTKKMFCDMDKSL
:: ::: ::. .. : :: ... .:.. : ....: :.. :.::. :.:
NP_001 PCPECREMSPQRNLLPNRLLTKVAEMAQQHPGLQ----KQDLCQEHHEPLKLFCQKDQSP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 LCLLCSNSQEHGAHKHHPIEEAAEEHREKLLKQMRILWKKIQENQRNLYEEGRTAFLWRG
.:..: .:.:: :. : :::.. .. :: ..:. : ..: .. .: .. :.:
NP_001 ICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 NVVLRAQMIRNEYRKLHPVLHKEEKQHLERLNKEYQEIFQQLQRSWVKMDQKSKHLKEMY
.: : . : :..:.. : .::.. :. :. : .: ..:..: . .:.... :. .
NP_001 KVKERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLELLL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE3 QELMEMCHKPDVELLQDLGDIVARSESVLLHMPQ---PVNPELTAGPITGLVYRLNRFRV
.: : . ...:::. . ..:...: .. :. :. :. :. . : . : :
NP_001 LQLEERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKNNVSVQCPEVAPPTRPR-TVCRVPGQIEVLRGFLE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 EISFHFEVTNHNIRLFEDVRSWMFRRGPLNSD--RSDYFAAW----GARVFSFGKHYWEL
.. . . :.:. . .. .: .: .: :.:. : .:: :.::::.
NP_001 DVVPDATSAYPYLLLYESRQRRYLGSSPEGSGFCSKDRFVAYPCAVGQTAFSSGRHYWEV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE3 DVDNSCD--WALGVCNNSWIRKNSTMVNSEDIFLLLCLKVDNHFNLLTTSPVFPHYIEKP
.. . : :::::: .. ::. . :. : .. :. ... : : : . : .. .:
NP_001 GMNITGDALWALGVCRDNVSRKDRVPKCPENGFWVVQLSKGTKY-LSTFSALTPVMLMEP
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KE3 LGRVGVFLDFESGSVSFLNVTKSSLIWSYPAGSLTFPVRPFFYTGHR
...:.:::::.: ::: .:. .: . .: ... :..::: :
NP_001 PSHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQMVISTVTMW
420 430 440 450 460 470
NP_001 VKG
446 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 08:34:41 2016 done: Sun Nov 6 08:34:42 2016
Total Scan time: 6.810 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]