FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3950, 783 aa
1>>>pF1KE3950 783 - 783 aa - 783 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6281+/-0.000967; mu= 4.0441+/- 0.059
mean_var=299.2765+/-62.032, 0's: 0 Z-trim(115.5): 42 B-trim: 1007 in 1/54
Lambda= 0.074138
statistics sampled from 16054 (16092) to 16054 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.767), E-opt: 0.2 (0.494), width: 16
Scan time: 3.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44333.1 TRIM67 gene_id:440730|Hs108|chr1 ( 783) 5410 592.4 9.2e-169
CCDS73048.1 TRIM67 gene_id:440730|Hs108|chr1 ( 721) 3506 388.7 1.7e-107
CCDS9703.1 TRIM9 gene_id:114088|Hs108|chr14 ( 710) 2589 290.7 5.8e-78
CCDS45105.1 TRIM9 gene_id:114088|Hs108|chr14 ( 550) 1636 188.6 2.3e-47
>>CCDS44333.1 TRIM67 gene_id:440730|Hs108|chr1 (783 aa)
initn: 5410 init1: 5410 opt: 5410 Z-score: 3143.3 bits: 592.4 E(32554): 9.2e-169
Smith-Waterman score: 5410; 100.0% identity (100.0% similar) in 783 aa overlap (1-783:1-783)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGLQAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGLQAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AAAAASLEHDAAAGPACGGAGGSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSYTPSLK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLDHRGLRGFQRNR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVLYCSACQLKCHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVLYCSACQLKCHP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 SRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGAGATGGSTARKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGAGATGGSTARKF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKAQLSQALNGVSD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 KAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLLTKVTKEREHKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLLTKVTKEREHKL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 KMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQVSQEQWVKGALE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQVSQEQWVKGALE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 PKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCRVPPVPLLQLEKCCTRNNSVTLAWRMPPFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCRVPPVPLLQLEKCCTRNNSVTLAWRMPPFT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 HSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKAFNSSGVGPYSKTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 HSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKAFNSSGVGPYSKTV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 VLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFSKGVHYWELHVDRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFSKGVHYWELHVDRY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 DNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTNRTEGGVCKGATVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTNRTEGGVCKGATVG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 VLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHTGLEVPTNLGRPKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHTGLEVPTNLGRPKL
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 SGN
:::
CCDS44 SGN
>>CCDS73048.1 TRIM67 gene_id:440730|Hs108|chr1 (721 aa)
initn: 3877 init1: 3504 opt: 3506 Z-score: 2043.2 bits: 388.7 E(32554): 1.7e-107
Smith-Waterman score: 4833; 92.1% identity (92.1% similar) in 783 aa overlap (1-783:1-721)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGLQAG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDG-------------------
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 AAAAASLEHDAAAGPACGGAGGSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSYTPSLK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ---------------------GSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSYTPSLK
50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 SPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLDHRGLRGFQRNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLDHRGLRGFQRNR
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVLYCSACQLKCHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVLYCSACQLKCHP
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 SRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGAGATGGSTARKF
:::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SRGPFAKHRL----------------------GAPSGGGGCKSPGGAGAGATGGSTARKF
210 220 230
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 PTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKAQLSQALNGVSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKAQLSQALNGVSD
240 250 260 270 280 290
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 KAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLLTKVTKEREHKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLLTKVTKEREHKL
300 310 320 330 340 350
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 KMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQVSQEQWVKGALE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQVSQEQWVKGALE
360 370 380 390 400 410
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 PKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCRVPPVPLLQLEKCCTRNNSVTLAWRMPPFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCRVPPVPLLQLEKCCTRNNSVTLAWRMPPFT
420 430 440 450 460 470
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 HSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKAFNSSGVGPYSKTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 HSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKAFNSSGVGPYSKTV
480 490 500 510 520 530
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 VLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFSKGVHYWELHVDRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFSKGVHYWELHVDRY
540 550 560 570 580 590
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 DNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTNRTEGGVCKGATVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTNRTEGGVCKGATVG
600 610 620 630 640 650
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 VLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHTGLEVPTNLGRPKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHTGLEVPTNLGRPKL
660 670 680 690 700 710
pF1KE3 SGN
:::
CCDS73 SGN
720
>>CCDS9703.1 TRIM9 gene_id:114088|Hs108|chr14 (710 aa)
initn: 3234 init1: 1484 opt: 2589 Z-score: 1513.2 bits: 290.7 E(32554): 5.8e-78
Smith-Waterman score: 3270; 63.7% identity (79.4% similar) in 782 aa overlap (1-772:4-700)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGL
::::::::::::..:::::::::::.: :::.: ::::..:. ::
CCDS97 MEEMEEELKCPVCGSFYREPIILPCSHNLCQACARNILVQTPESES--PQS---------
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 QAGAAAAASLEHDAAAGPACGGAGGSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSY--
: :: :.: : : ::.:::::.:::::::
CCDS97 -----------HRAA------GSGVSDYDYLD---------LDKMSLYSEADSGYGSYGG
50 60 70 80
120 130 140 150 160
pF1KE3 ------TPSLKSPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLD
:: ::::::::.: . ::.. . : . . .: ::::::::: ::
CCDS97 FASAPTTPCQKSPNGVRVFPPAMPPPATHLSPALAPV-----PRNSCITCPQCHRSLILD
90 100 110 120 130
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 HRGLRGFQRNRLLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVL
:::::: .::.::....:::: : :::. ::::...: : :...::::::.
CCDS97 DRGLRGFPKNRVLEGVIDRYQQ--------SKAAALK-CQLCEKAPKE-ATVMCEQCDVF
140 150 160 170 180
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 YCSACQLKCHPSRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGA
::. :.:.::: :::.:::::: ::: :: : ::
CCDS97 YCDPCRLRCHPPRGPLAKHRLV-------PPA----------QGRVSRR---LSP-----
190 200 210 220
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 GATGGSTARKFPTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKA
:: :: .::.::.:::::.:. :::: :::::.:..:::: :::::: ::.
CCDS97 --------RKVSTCTDHELENHSMYCVQCKMPVCYQCLEEGKHSSHEVKALGAMWKLHKS
230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 QLSQALNGVSDKAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLL
::::::::.::.:::::::::::.:..::::::....:::::::::::.:::.:.::.::
CCDS97 QLSQALNGLSDRAKEAKEFLVQLRNMVQQIQENSVEFEACLVAQCDALIDALNRRKAQLL
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 TKVTKEREHKLKMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQV
..:.::.:::::.: :::.:::.::::.:::::::::::::::::::::::::::.::..
CCDS97 ARVNKEHEHKLKVVRDQISHCTVKLRQTTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIRRVHL
340 350 360 370 380 390
470 480 490 500 510 520
pF1KE3 SQEQWVKGALEPKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCR--VPPVPLLQLEKCCTRN
...:: ::.: :.....:::.::. ::::.::::::.:.: :: .:.::::.:::.:
CCDS97 TEDQWGKGTLTPRMTTDFDLSLDNSPLLQSIHQLDFVQVKASSPVPATPILQLEECCTHN
400 410 420 430 440 450
530 540 550 560 570 580
pF1KE3 NSVTLAWRMPPFTHSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKA
::.::.:..::.. :.:::::::::: :::::::::::::.::.:::::::::::::::
CCDS97 NSATLSWKQPPLSTVPADGYILELDDGNGGQFREVYVGKETMCTVDGLHFNSTYNARVKA
460 470 480 490 500 510
590 600 610 620 630 640
pF1KE3 FNSSGVGPYSKTVVLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFS
::..::.:::::.:::::.::::.:::.:.: :::::::: :.:::::::::::: ..::
CCDS97 FNKTGVSPYSKTLVLQTSEVAWFAFDPGSAHSDIILSNDNLTVTCSSYDDRVVLGKTGFS
520 530 540 550 560 570
650 660 670 680 690 700
pF1KE3 KGVHYWELHVDRYDNHPDPAFGVARASVVKDMMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHCNSHTN
::.::::: :::::::::::::::: .:.::.:::::::::::::::::::::: :::::
CCDS97 KGIHYWELTVDRYDNHPDPAFGVARMDVMKDVMLGKDDKAWAMYVDNNRSWFMHNNSHTN
580 590 600 610 620 630
710 720 730 740 750 760
pF1KE3 RTEGGVCKGATVGVLLDLNKHTLTFFINGQQQGPTAFSHVDGVFMPALSLNRNVQVTLHT
:::::. ::::.:::::::...:::::: .:::: ::..:.:.:.::.::::::::::::
CCDS97 RTEGGITKGATIGVLLDLNRKNLTFFINDEQQGPIAFDNVEGLFFPAVSLNRNVQVTLHT
640 650 660 670 680 690
770 780
pF1KE3 GLEVPTNLGRPKLSGN
:: ::
CCDS97 GLPVPDFYSSRASIA
700 710
>>CCDS45105.1 TRIM9 gene_id:114088|Hs108|chr14 (550 aa)
initn: 2281 init1: 1126 opt: 1636 Z-score: 963.7 bits: 188.6 E(32554): 2.3e-47
Smith-Waterman score: 2317; 59.1% identity (75.5% similar) in 616 aa overlap (1-606:4-534)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MEEELKCPVCGSLFREPIILPCSHNVCLPCARTIAVQTPDGEQHLPQPLLLSRGSGL
::::::::::::..:::::::::::.: :::.: ::::..:. ::
CCDS45 MEEMEEELKCPVCGSFYREPIILPCSHNLCQACARNILVQTPESES--PQS---------
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 QAGAAAAASLEHDAAAGPACGGAGGSAAGGLGGGAGGGGDHADKLSLYSETDSGYGSY--
: :: :.: : : ::.:::::.:::::::
CCDS45 -----------HRAA------GSGVSDYDYLD---------LDKMSLYSEADSGYGSYGG
50 60 70 80
120 130 140 150 160
pF1KE3 ------TPSLKSPNGVRVLPMVPAPPGSSAAAARGAACSSLSSSSSSITCPQCHRSASLD
:: ::::::::.: . ::.. . : . . .: ::::::::: ::
CCDS45 FASAPTTPCQKSPNGVRVFPPAMPPPATHLSPALAPV-----PRNSCITCPQCHRSLILD
90 100 110 120 130
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 HRGLRGFQRNRLLEAIVQRYQQGRGAVPGTSAAAAVAICQLCDRTPPEPAATLCEQCDVL
:::::: .::.::....:::: : :::. ::::...: : :...::::::.
CCDS45 DRGLRGFPKNRVLEGVIDRYQQ--------SKAAALK-CQLCEKAPKE-ATVMCEQCDVF
140 150 160 170 180
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 YCSACQLKCHPSRGPFAKHRLVQPPPPPPPPAEAASGPTGTAQGAPSGGGGCKSPGGAGA
::. :.:.::: :::.:::::: ::: :: : ::
CCDS45 YCDPCRLRCHPPRGPLAKHRLV-------PPA----------QGRVSRR---LSP-----
190 200 210 220
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 GATGGSTARKFPTCPEHEMENYSMYCVSCRTPVCYLCLEEGRHAKHEVKPLGAMWKQHKA
:: :: .::.::.:::::.:. :::: :::::.:..:::: :::::: ::.
CCDS45 --------RKVSTCTDHELENHSMYCVQCKMPVCYQCLEEGKHSSHEVKALGAMWKLHKS
230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 QLSQALNGVSDKAKEAKEFLVQLKNILQQIQENGLDYEACLVAQCDALVDALTRQKAKLL
::::::::.::.:::::::::::.:..::::::....:::::::::::.:::.:.::.::
CCDS45 QLSQALNGLSDRAKEAKEFLVQLRNMVQQIQENSVEFEACLVAQCDALIDALNRRKAQLL
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 TKVTKEREHKLKMVWDQINHCTLKLRQSTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIKRVQV
..:.::.:::::.: :::.:::.::::.:::::::::::::::::::::::::::.::..
CCDS45 ARVNKEHEHKLKVVRDQISHCTVKLRQTTGLMEYCLEVIKENDPSGFLQISDALIRRVHL
340 350 360 370 380 390
470 480 490 500 510 520
pF1KE3 SQEQWVKGALEPKVSAEFDLTLDSEPLLQAIHQLDFIQMKCR--VPPVPLLQLEKCCTRN
...:: ::.: :.....:::.::. ::::.::::::.:.: :: .:.::::.:::.:
CCDS45 TEDQWGKGTLTPRMTTDFDLSLDNSPLLQSIHQLDFVQVKASSPVPATPILQLEECCTHN
400 410 420 430 440 450
530 540 550 560 570 580
pF1KE3 NSVTLAWRMPPFTHSPVDGYILELDDGAGGQFREVYVGKETLCTIDGLHFNSTYNARVKA
::.::.:..::.. :.:::::::::: :::::::::::::.::.:::::::::::::::
CCDS45 NSATLSWKQPPLSTVPADGYILELDDGNGGQFREVYVGKETMCTVDGLHFNSTYNARVKA
460 470 480 490 500 510
590 600 610 620 630 640
pF1KE3 FNSSGVGPYSKTVVLQTSDVAWFTFDPNSGHRDIILSNDNQTATCSSYDDRVVLGTAAFS
::..::.:::::.:::::.
CCDS45 FNKTGVSPYSKTLVLQTSEGKALQQYPSERELRGI
520 530 540 550
783 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]