Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3931
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3931, 545 aa
1>>>pF1KE3931 545 - 545 aa - 545 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8627+/-0.000743; mu= 8.7949+/- 0.045
mean_var=169.7243+/-33.690, 0's: 0 Z-trim(115.5): 116 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.098447
statistics sampled from 15924 (16046) to 15924 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.798), E-opt: 0.2 (0.493), width: 16
Scan time: 3.520
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4466.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 630) 3738 542.7 4.8e-154
CCDS4465.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 518) 2772 405.4 8.2e-113
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 869 135.1 1.8e-31
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 799 125.2 1.8e-28
CCDS4467.1 TRIM52 gene_id:84851|Hs108|chr5 ( 297) 778 122.0 9.6e-28
CCDS4462.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 511) 780 122.5 1.2e-27
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 666 106.3 9.1e-23
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 656 104.9 2.3e-22
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 653 104.5 3.1e-22
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 652 104.3 3.3e-22
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 619 99.6 8.7e-21
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 613 98.7 1.4e-20
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 582 94.4 3.4e-19
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 571 92.8 1e-18
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 571 92.8 1e-18
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 544 89.0 1.5e-17
CCDS4677.1 TRIM15 gene_id:89870|Hs108|chr6 ( 465) 540 88.4 2e-17
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 531 87.1 5e-17
CCDS4678.1 TRIM26 gene_id:7726|Hs108|chr6 ( 539) 532 87.3 5e-17
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 521 85.6 1e-16
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 510 84.1 3.9e-16
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 502 83.0 8.9e-16
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 502 83.2 1.4e-15
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 493 81.7 2.1e-15
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 493 81.7 2.2e-15
CCDS34654.1 TRIM50 gene_id:135892|Hs108|chr7 ( 487) 481 80.0 7e-15
CCDS43414.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 329) 475 79.0 9.3e-15
CCDS4463.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 303) 466 77.7 2.1e-14
CCDS376.1 TRIM62 gene_id:55223|Hs108|chr1 ( 475) 463 77.5 4e-14
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 454 76.2 9.8e-14
CCDS32220.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 500) 439 74.1 4.5e-13
CCDS6056.2 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 ( 493) 432 73.1 8.8e-13
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 430 72.8 1.1e-12
CCDS32437.1 TRIM72 gene_id:493829|Hs108|chr16 ( 477) 408 69.7 9.1e-12
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 394 67.5 2.7e-11
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 394 67.6 2.8e-11
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 391 67.2 4.4e-11
>>CCDS4466.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 (630 aa)
initn: 3738 init1: 3738 opt: 3738 Z-score: 2879.1 bits: 542.7 E(32554): 4.8e-154
Smith-Waterman score: 3738; 100.0% identity (100.0% similar) in 545 aa overlap (1-545:86-630)
10 20 30
pF1KE3 MRDEDYEGDMEEEVEEEEEGVFWTSGMSRS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RDELDREEEEEDGEEEEVEAVGAGAGWDTPMRDEDYEGDMEEEVEEEEEGVFWTSGMSRS
60 70 80 90 100 110
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 SWDNMDYVWEEEDEEEDLDYYLGDMEEEDLRGEDEEDEEEVLEEVEEEDLDPVTPLPPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SWDNMDYVWEEEDEEEDLDYYLGDMEEEDLRGEDEEDEEEVLEEVEEEDLDPVTPLPPPP
120 130 140 150 160 170
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 APRRCFTCPQCRKSFPRRSFRPNLQLANMVQVIRQMHPTPGRGSRVTDQGICPKHQEALK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 APRRCFTCPQCRKSFPRRSFRPNLQLANMVQVIRQMHPTPGRGSRVTDQGICPKHQEALK
180 190 200 210 220 230
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 LFCEVDEEAICVVCRESRSHKQHSVVPLEEVVQEYKAKLQGHVEPLRKHLEAVQKMKAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LFCEVDEEAICVVCRESRSHKQHSVVPLEEVVQEYKAKLQGHVEPLRKHLEAVQKMKAKE
240 250 260 270 280 290
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 ERRVTELKSQMKSELAAVASEFGRLTRFLAEEQAGLERRLREMHEAQLGRAGAAASRLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ERRVTELKSQMKSELAAVASEFGRLTRFLAEEQAGLERRLREMHEAQLGRAGAAASRLAE
300 310 320 330 340 350
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 QAAQLSRLLAEAQERSQQGGLRLLQDIKETFNRCEEVQLQPPEVWSPDPCQPHSHDFLTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 QAAQLSRLLAEAQERSQQGGLRLLQDIKETFNRCEEVQLQPPEVWSPDPCQPHSHDFLTD
360 370 380 390 400 410
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 AIVRKMSRMFCQAARVDLTLDPDTAHPALMLSPDRRGVRLAERRQEVADHPKRFSADCCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AIVRKMSRMFCQAARVDLTLDPDTAHPALMLSPDRRGVRLAERRQEVADHPKRFSADCCV
420 430 440 450 460 470
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 LGAQGFRSGRHYWEVEVGGRRGWAVGAARESTHHKEKVGPGGSSVGSGDASSSRHHHRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LGAQGFRSGRHYWEVEVGGRRGWAVGAARESTHHKEKVGPGGSSVGSGDASSSRHHHRRR
480 490 500 510 520 530
460 470 480 490 500 510
pF1KE3 RLHLPQQPLLQREVWCVGTNGKRYQAQSSTEQTLLSPSEKPRRFGVYLDYEAGRLGFYNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RLHLPQQPLLQREVWCVGTNGKRYQAQSSTEQTLLSPSEKPRRFGVYLDYEAGRLGFYNA
540 550 560 570 580 590
520 530 540
pF1KE3 ETLAHVHTFSAAFLGERVFPFFRVLSKGTRIKLCP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ETLAHVHTFSAAFLGERVFPFFRVLSKGTRIKLCP
600 610 620 630
>>CCDS4465.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 (518 aa)
initn: 2772 init1: 2772 opt: 2772 Z-score: 2138.8 bits: 405.4 E(32554): 8.2e-113
Smith-Waterman score: 2772; 100.0% identity (100.0% similar) in 404 aa overlap (1-404:86-489)
10 20 30
pF1KE3 MRDEDYEGDMEEEVEEEEEGVFWTSGMSRS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RDELDREEEEEDGEEEEVEAVGAGAGWDTPMRDEDYEGDMEEEVEEEEEGVFWTSGMSRS
60 70 80 90 100 110
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 SWDNMDYVWEEEDEEEDLDYYLGDMEEEDLRGEDEEDEEEVLEEVEEEDLDPVTPLPPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SWDNMDYVWEEEDEEEDLDYYLGDMEEEDLRGEDEEDEEEVLEEVEEEDLDPVTPLPPPP
120 130 140 150 160 170
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 APRRCFTCPQCRKSFPRRSFRPNLQLANMVQVIRQMHPTPGRGSRVTDQGICPKHQEALK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 APRRCFTCPQCRKSFPRRSFRPNLQLANMVQVIRQMHPTPGRGSRVTDQGICPKHQEALK
180 190 200 210 220 230
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 LFCEVDEEAICVVCRESRSHKQHSVVPLEEVVQEYKAKLQGHVEPLRKHLEAVQKMKAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LFCEVDEEAICVVCRESRSHKQHSVVPLEEVVQEYKAKLQGHVEPLRKHLEAVQKMKAKE
240 250 260 270 280 290
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 ERRVTELKSQMKSELAAVASEFGRLTRFLAEEQAGLERRLREMHEAQLGRAGAAASRLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ERRVTELKSQMKSELAAVASEFGRLTRFLAEEQAGLERRLREMHEAQLGRAGAAASRLAE
300 310 320 330 340 350
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 QAAQLSRLLAEAQERSQQGGLRLLQDIKETFNRCEEVQLQPPEVWSPDPCQPHSHDFLTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 QAAQLSRLLAEAQERSQQGGLRLLQDIKETFNRCEEVQLQPPEVWSPDPCQPHSHDFLTD
360 370 380 390 400 410
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 AIVRKMSRMFCQAARVDLTLDPDTAHPALMLSPDRRGVRLAERRQEVADHPKRFSADCCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AIVRKMSRMFCQAARVDLTLDPDTAHPALMLSPDRRGVRLAERRQEVADHPKRFSADCCV
420 430 440 450 460 470
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 LGAQGFRSGRHYWEVEVGGRRGWAVGAARESTHHKEKVGPGGSSVGSGDASSSRHHHRRR
::::::::::::::
CCDS44 LGAQGFRSGRHYWEEPKEPSWPPAQPSLTYYVCPTDRPEFSFT
480 490 500 510
>>CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 (488 aa)
initn: 1011 init1: 472 opt: 869 Z-score: 678.4 bits: 135.1 E(32554): 1.8e-31
Smith-Waterman score: 999; 37.1% identity (65.6% similar) in 453 aa overlap (94-545:62-478)
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DEEDEEEVLEEVEEEDLDPVTPLPPPPAPRRCFTCPQCRKSFPRRSFRPNLQLANMVQVI
: : :: :::. ::.::: ::..::..
CCDS34 CLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDLERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIA
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RQMHPTPGRGSRVTDQGICPKHQEALKLFCEVDEEAICVVCRESRSHKQHSVVPLEEVVQ
.:.. . .. :...::.:.:::.::: :.::.:..: :..:. :.::::....:
CCDS34 KQLQAVK---RKIRDESLCPQHHEALSLFCYEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQ
100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 EYKAKLQGHVEPLRKHLEAVQKMKAKEERRVTELKSQMKSELAAVASEFGRLTRFLAEEQ
::: ::: .:::...:. . . :..::.. ::: ..:. . :: .: : : :::
CCDS34 EYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKKPGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQ
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 AGLERRLREMHEAQLGRAGAAASRLAEQAAQLSRLLAEAQERSQQGGLRLLQDIKETFNR
: ::.: .. : : :..:... .:..: ::.. . :.:...:.:.: :...
CCDS34 QVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRRDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEK
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 CEEVQLQPPEVWSPDPCQPHSHDFLTDAIVRKMSRMFCQAARVDLTLDPDTAHPALMLSP
::.:. . : . . :. .::. ... .:.::::.:::: :.::
CCDS34 CEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFALRKILKQLI----ADVTLDPETAHPNLVLSE
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 DRRGVRLAERR-QEVADHPKRFSADCCVLGAQGFRSGRHYWEVEVGGRRGWAVGAAREST
::..:...: : ... : :.::. :::...:: ::::::::::: . ::::. :.:.
CCDS34 DRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEGFTSGRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSV
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 HHKEKVGPGGSSVGSGDASSSRHHHRRRRLHLPQQPLLQREVWCVGTNGKRYQAQSSTEQ
.: .. : ::. . ..: :: .: : ..:
CCDS34 SRKGELTP-----------------------LPETGYWRVRLW----NGDKY-AATTTPF
390 400 410
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 TLLSPSEKPRRFGVYLDYEAGRLGFYNAETLAHVHTFSAAFLGERVFPFFRVLSKGTRIK
: : . ::.: :..:::::: :.:::. .:..::. .: :...:.: .. : .
CCDS34 TPLHIKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTDRSHIYTFTDTFT-EKLWPLFYPGIRAGRKN
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 LCP
:
CCDS34 AAPLTIRPPTDWE
480
>>CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 (503 aa)
initn: 815 init1: 472 opt: 799 Z-score: 624.5 bits: 125.2 E(32554): 1.8e-28
Smith-Waterman score: 799; 39.8% identity (70.7% similar) in 314 aa overlap (94-406:62-368)
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DEEDEEEVLEEVEEEDLDPVTPLPPPPAPRRCFTCPQCRKSFPRRSFRPNLQLANMVQVI
: : :: :::. ::.::: ::..::..
CCDS78 CLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDLERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIA
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RQMHPTPGRGSRVTDQGICPKHQEALKLFCEVDEEAICVVCRESRSHKQHSVVPLEEVVQ
.:.. . .. :...::.:.:::.::: :.::.:..: :..:. :.::::....:
CCDS78 KQLQAVK---RKIRDESLCPQHHEALSLFCYEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQ
100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 EYKAKLQGHVEPLRKHLEAVQKMKAKEERRVTELKSQMKSELAAVASEFGRLTRFLAEEQ
::: ::: .:::...:. . . :..::.. ::: ..:. . :: .: : : :::
CCDS78 EYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKKPGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQ
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 AGLERRLREMHEAQLGRAGAAASRLAEQAAQLSRLLAEAQERSQQGGLRLLQDIKETFNR
: ::.: .. : : :..:... .:..: ::.. . :.:...:.:.: :...
CCDS78 QVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRRDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEK
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 CEEVQLQPPEVWSPDPCQPHSHDFLTDAIVRKMSRMFCQAARVDLTLDPDTAHPALMLSP
::.:. . : . . :. .::. ... .:.::::.:::: :.::
CCDS78 CEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFALRKILKQLI----ADVTLDPETAHPNLVLSE
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 DRRGVRLAERR-QEVADHPKRFSADCCVLGAQGFRSGRHYWEVEVGGRRGWAVGAAREST
::..:...: : ... : :.::. :::...:: :::::::::
CCDS78 DRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEGFTSGRHYWEVEAAHCVLAQDPENQALA
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 HHKEKVGPGGSSVGSGDASSSRHHHRRRRLHLPQQPLLQREVWCVGTNGKRYQAQSSTEQ
CCDS78 RFYCYTERTIAKRLVLRRDPSVKRTLCRGCSSLLVPGLTCTQRQRRCRGQRWTVQTCLTC
390 400 410 420 430 440
>>CCDS4467.1 TRIM52 gene_id:84851|Hs108|chr5 (297 aa)
initn: 907 init1: 615 opt: 778 Z-score: 611.6 bits: 122.0 E(32554): 9.6e-28
Smith-Waterman score: 778; 61.7% identity (79.8% similar) in 193 aa overlap (1-186:82-271)
10 20
pF1KE3 MRDEDYEGDMEEEV-EEEEEGVFWTSGMSR
.:. :.:. .::. ..... .: . .
CCDS44 DEEDQNEEEDEWEEEEDEEAVGAMDGWDGSIREVLYRGNADEELFQDQDDDELWLGDSGI
60 70 80 90 100 110
30 40 50 60 70 80
pF1KE3 SSWDNMDYVW--EEEDEEEDLDYYLGDMEEEDLRGEDEEDEEEVLEEVEEEDLDPVTP--
..:::.::.: :::.:::: ::::: .. ::: : :::.:: .:.. . . :
CCDS44 TNWDNVDYMWDEEEEEEEEDQDYYLGGLRP-DLRI-DVYREEEILEAYDEDEDEELYPDI
120 130 140 150 160
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 LPPP--PAPRRCFTCPQCRKSFPRRSFRPNLQLANMVQVIRQMHPTPGRGSRVTDQGICP
::: : : . :::::::::: :::::::::::::::.:::: ::: ::.: .:::.:
CCDS44 HPPPSLPLPGQ-FTCPQCRKSFTRRSFRPNLQLANMVQIIRQMCPTPYRGNRSNDQGMCF
170 180 190 200 210 220
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 KHQEALKLFCEVDEEAICVVCRESRSHKQHSVVPLEEVVQEYKAKLQGHVEPLRKHLEAV
:::::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::.
CCDS44 KHQEALKLFCEVDKEAICVVCRESRSHKQHSVLPLEEVVQEYQEIKLETTLVGILQIEQE
230 240 250 260 270 280
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 QKMKAKEERRVTELKSQMKSELAAVASEFGRLTRFLAEEQAGLERRLREMHEAQLGRAGA
CCDS44 SIHSKAYNQ
290
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60 70 80 90 100 110
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:: : : :::::. ..::: ::
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120 130 140 150 160
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: .. ..:.. :. ::. ::... : .: : .::.:. : .:::::: ..:
CCDS44 AAVATLLRRFSLPAAAPGEHGSQAAAARAAAARCGQHGEPFKLYCQDDGRAICVVCDRAR
100 110 120 130 140 150
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pF1KE3 SHKQHSVVPLEEVVQEYKAKLQGHVEPLRKHLEAVQKMKAKEERRVTELKSQMKSELAAV
:..:.:.::.:.::: : :..... :.:.:: . ... :... :: .:: .: :
CCDS44 EHREHAVLPLDEAVQEAKELLESRLRVLKKELEDCEVFRSTEKKESKELLKQMAAEQEKV
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..:: : ::.:... : ::.:. . . . ..:. . .:::.: .. :: .:.
CCDS44 GAEFQALRAFLVEQEGRLLGRLEELSREVAQKQNENLAQLGVEITQLSKLSSQIQETAQK
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: .::..: :..:: .: : . : . . . : ... : . : . :
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280 290 300 310 320 330
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CCDS44 EKEEKVELTLDPDTANPRLILSLDLKGVRLGERAQDLPNHPCRFDTNTRVLASCGFSSGR
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:.::::::.. ::: :.::::. ::. : :
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.. :: . :: .: : .: :.. :: .. : : :: :.: ..:: .: . :..::
CCDS44 EEGVWALQLNGGQYWAVTSPERSPLSCGHLSR-VRVALDLEVGAVSFYAVEDMRHLYTFR
430 440 450 460 470 480
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. : :::::.: : : :: ... :
CCDS44 VNFQ-ERVFPLFSVCSTGTYLRIWP
490 500 510
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.:.. . .. :...::.:.:::.::: :.::.:..: :..:. :.::::....:
CCDS34 KQLQAVK---RKIRDESLCPQHHEALSLFCYEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQ
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::: ::: .:::...:. . . :..::.. ::: ..:. . :: .: : : :::
CCDS34 EYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKKPGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQ
150 160 170 180 190 200
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: ::.: .. : : :..:... .:..: ::.. . :.:...:.:.: :.
CCDS34 QVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRRDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEK
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::::.:. . : . . :. .
CCDS34 NIPRKFGGSLSTICPRDHKALLGLVKEINRCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFAL
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::. ... .:.::::.:::: :.:: ::..:...: : ... : :.::. :::.
CCDS34 RKILKQLI----ADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLA
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..:: ::::::::::: . ::::. :.:. .: .. :
CCDS34 TEGFTSGRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTP----------------------
390 400 410 420
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::. . ..: :: .: : ..: : : . ::.: :..:::::: :.:::.
CCDS34 -LPETGYWRVRLW----NGDKY-AATTTPFTPLHIKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTD
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.:..::. .: :...:.: .. : . :
CCDS34 RSHIYTFTDTFT-EKLWPLFYPGIRAGRKNAAPLTIRPPTDWE
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>>CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 (477 aa)
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CCDS15 TCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSFPCPECREMSPQRNLLPNRLLTKVAEMAQQ
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CCDS15 -HP--G----LQKQDLCQEHHEPLKLFCQKDQSPICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGY
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: ::. .: ::... . ...:.::. ..: ....: . .. :: ... .:.::.
CCDS15 KLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQGKVKERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQR
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: . :. .: .: ... : .:. .: :: . .::: :: :..:::.:: ..: .
CCDS15 LLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLELLLLQLEERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKN
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.:..: ::: .: : .:.. . : .. : : . :.. : .:.: :.: .:
CCDS15 NVSVQCPEV-AP-PTRPRTVCRVPGQI--EVLRGFLE----DVVPDATSAYPYLLLYESR
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. :. . . : :: : :..: .: :::::::: .. : ::.:. :...
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.:..: :. : . : : ..: .: . :.
CCDS15 SRKDRV--------------------------PKCP--ENGFWVVQLSKGTKYLSTFSAL
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.. : : ..:..::.:::...::.. .:.::.: : . . :::
CCDS15 TPVML-MEPPSHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQ
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CCDS15 MVISTVTMWVKG
470
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CCDS31 EPMSIDCGHSFCHSCLSGLWEIPGESQNWGYTCPLCRAPVQPRNLRPNWQLANVVEKVRL
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CCDS31 LRLHPGMGLK---GDLCERHGEKLKMFCKEDVLIMCEACSQSPEHEAHSVVPMEDVAWEY
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CCDS31 KWELHEALEHLKKEQEEAWKLEVGERKRTATWKIQVETRKQSIVWEFEKYQRLLEKKQPP
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:.: :: :. . . :.: .:. : :..:: .::::. .:
CCDS31 HRQLGAEVAAALASLQREAAET-MQKLELNHSELIQQSQVLWRMIAELKERSQRPVRWML
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:. :..: ::. :. .. :.. :.:.:: :::.: . ::::::::::: : :.
CCDS31 AYSRLIVSEDRKRVHYGDTNQKLPDNPERFYRYNIVLGSQCISSGRHYWEVEVGDRSEWG
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.:. .... .:: : : :. : . .:..
CCDS31 LGVCKQNVDRKEVV------------YLSPHYG----------------FWVIRLRKGNE
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:.: .. : .:: ::: :...:::: ..:::. . .:. :: . :..:.:
CCDS31 YRA-GTDEYPILSLPVPPRRVGIFVDYEAHDISFYNVTDCGSHIFTFPRYPFPGRLLPYF
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CCDS31 SPCYSIGTNNTAPLAICSLDGED
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CCDS38 EYLKDPVTINCGHNFCRSCLSVSWKDLDDTFPCPVCRFCFPYKSFRRNPQLRNLTEIAKQ
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CCDS38 LQIRRSKRKRQKENAMCEKHNQFLTLFCVKDLEILCTQCSFSTKHQKHYICPIKKAASYH
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CCDS38 REILEGSLEPLRNNIERVEKVIILQGSKSVELKKKVEYKREEINSEFEQIRLFLQNEQEM
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. :.... . :.. . .:.. .. :..:: :.. .: :..:.:: . : .. .
CCDS38 ILRQIQDEEMNILAKLNENLVELSDYVSTLKHLLREVEGKSVQSNLELLTQAKSMHHKYQ
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CCDS38 N--LKCPELFS---FRLTKYGFSLPPQYSGLDRII-KPFQVDVILDLNTAHPQLLVSEDR
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..:: ...... :.:: . :::.: : :::::::::::.. : .:. .. ..
CCDS38 KAVRYERKKRNICYDPRRFYVCPAVLGSQRFSSGRHYWEVEVGNKPKWILGVCQDCLLRN
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CCDS38 WQDQP---SVLGG-------------------------FWAIGRYMKSGYVASGPKTTQL
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CCDS38 LPVVKPSKIGIFLDYELGDLSFYNMNDRSILYTFNDCFT-EAVWPYFYTGTDSEPLKICS
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CCDS38 VSDSER
470
545 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 01:46:24 2016 done: Sun Nov 6 01:46:25 2016
Total Scan time: 3.520 Total Display time: 0.090
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]