Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3912
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3912, 416 aa
1>>>pF1KE3912 416 - 416 aa - 416 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3125+/-0.000343; mu= 14.5836+/- 0.021
mean_var=125.9158+/-25.994, 0's: 0 Z-trim(118.1): 39 B-trim: 518 in 1/56
Lambda= 0.114297
statistics sampled from 30744 (30791) to 30744 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.727), E-opt: 0.2 (0.361), width: 16
Scan time: 8.930
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_054879 (OMIM: 608426) probable E3 ubiquitin-pro ( 416) 2927 493.7 3.6e-139
NP_001258636 (OMIM: 608426) probable E3 ubiquitin- ( 373) 2563 433.6 3.9e-121
XP_011514299 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 418) 1038 182.2 2.1e-45
XP_011514300 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 418) 1038 182.2 2.1e-45
XP_011514298 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 439) 1038 182.2 2.2e-45
NP_038474 (OMIM: 607754) E3 ubiquitin-protein liga ( 482) 1038 182.2 2.4e-45
NP_005655 (OMIM: 176270,603856,615346) probable E3 ( 507) 900 159.5 1.7e-38
NP_001278592 (OMIM: 607754) E3 ubiquitin-protein l ( 265) 609 111.3 3e-24
NP_001138597 (OMIM: 607754) E3 ubiquitin-protein l ( 329) 609 111.3 3.5e-24
>>NP_054879 (OMIM: 608426) probable E3 ubiquitin-protein (416 aa)
initn: 2927 init1: 2927 opt: 2927 Z-score: 2619.5 bits: 493.7 E(85289): 3.6e-139
Smith-Waterman score: 2927; 99.8% identity (100.0% similar) in 416 aa overlap (1-416:1-416)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 AAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 AAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAER
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTQPSMVSNPGSCSDPQPSPEMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 KTQPSMVSNPGSCSDPQPSPEMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 FGDACVYLHGEVCEICRLQVLHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
NP_054 FGDACVYLHGEVCEICRLQVLHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQASQDKVCSI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 CMEVILEKASASERRFGILSNCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 CMEVILEKASASERRFGILSNCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 SVYWVEDQNKKNELIEAFKQGMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 SVYWVEDQNKKNELIEAFKQGMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE3 RKQLSSQGTVRFFNSVRLWDFIENRESRHVPNNEDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 RKQLSSQGTVRFFNSVRLWDFIENRESRHVPNNEDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP
370 380 390 400 410
>>NP_001258636 (OMIM: 608426) probable E3 ubiquitin-prot (373 aa)
initn: 2563 init1: 2563 opt: 2563 Z-score: 2295.7 bits: 433.6 E(85289): 3.9e-121
Smith-Waterman score: 2563; 99.7% identity (100.0% similar) in 366 aa overlap (51-416:8-373)
30 40 50 60 70 80
pF1KE3 QCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSAAAGGAVGTMAHSVPSPAFHS
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSTKQITCRYDHTRPSAAAGGAVGTMAHSVPSPAFHS
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 PHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAERKTQPSMVSNPGSCSDPQPSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAERKTQPSMVSNPGSCSDPQPSP
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 EMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECRFGDACVYLHGEVCEICRLQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECRFGDACVYLHGEVCEICRLQV
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 LHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSICMEVILEKASASERRFGILS
::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQASQDKVCSICMEVILEKASASERRFGILS
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 NCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIPSVYWVEDQNKKNELIEAFKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIPSVYWVEDQNKKNELIEAFKQ
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 GMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKPRKQLSSQGTVRFFNSVRLWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKPRKQLSSQGTVRFFNSVRLWD
280 290 300 310 320 330
390 400 410
pF1KE3 FIENRESRHVPNNEDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FIENRESRHVPNNEDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP
340 350 360 370
>>XP_011514299 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (418 aa)
initn: 1222 init1: 975 opt: 1038 Z-score: 936.0 bits: 182.2 E(85289): 2.1e-45
Smith-Waterman score: 1266; 45.9% identity (72.7% similar) in 399 aa overlap (12-408:1-387)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSA
:::::.::..: .::::..: :..:::.:.::: :: ::::.:..:
XP_011 MHGVCKEGDNCRYSHDLSDSPYSVVCKYFQRGYCIYGDRCRYEHSKPLK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 AAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAER
:..: . : : : : ... .:. :. : .:.. .. .: .
XP_011 QEE-ATATELTTKSSLAASSSL--SSIVGPLVEMNTGEAESRNSNFATVG----AGSEDW
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTQPSMVSNPGSCSDPQPSPEMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECR
. .: . :. :: : :.. . .. . ... ...:::::::.::::
XP_011 VNAIEFVPGQPYCGRTAPSCTEAP---LQGSVTKEESEKEQTAVETKKQLCPYAAVGECR
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 FGDACVYLHGEVCEICRLQVLHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSI
.:. ::::::. :..: ::::::.: ::. : : :. . :..:: .:: : ..: ::.:
XP_011 YGENCVYLHGDSCDMCGLQVLHPMDAAQRSQHIKSCIEAHEKDMELSFAVQRSKDMVCGI
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 CMEVILEKASASERRFGILSNCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIP
::::. :::. :::::::::::::::::.:::.:: :::::. :::::::::. :.::::
XP_011 CMEVVYEKANPSERRFGILSNCNHTYCLKCIRKWRSAKQFESKIIKSCPECRITSNFVIP
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 SVYWVEDQNKKNELIEAFKQGMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKP
: ::::....:..:: .:..:..:::.::..:.:.::::..:.:.::::::: ::..
XP_011 SEYWVEEKEEKQKLILKYKEAMSNKACRYFDEGRGSCPFGGNCFYKHAYPDGRREEPQRQ
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KE3 RKQLSSQGTVRFFNSVRLWDFIENRESRHVPNN--EDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP
. ::. .. : ..:..::.::. . .: :.: :::.... :
XP_011 KVGTSSRYRAQRRN--HFWELIEERENSNPFDNDEEEVVTFELGEMLLMLLAAGGDDELT
340 350 360 370 380 390
XP_011 DSEDEWDLFHDELEDFYDLDL
400 410
>>XP_011514300 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (418 aa)
initn: 1222 init1: 975 opt: 1038 Z-score: 936.0 bits: 182.2 E(85289): 2.1e-45
Smith-Waterman score: 1266; 45.9% identity (72.7% similar) in 399 aa overlap (12-408:1-387)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSA
:::::.::..: .::::..: :..:::.:.::: :: ::::.:..:
XP_011 MHGVCKEGDNCRYSHDLSDSPYSVVCKYFQRGYCIYGDRCRYEHSKPLK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 AAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAER
:..: . : : : : ... .:. :. : .:.. .. .: .
XP_011 QEE-ATATELTTKSSLAASSSL--SSIVGPLVEMNTGEAESRNSNFATVG----AGSEDW
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTQPSMVSNPGSCSDPQPSPEMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECR
. .: . :. :: : :.. . .. . ... ...:::::::.::::
XP_011 VNAIEFVPGQPYCGRTAPSCTEAP---LQGSVTKEESEKEQTAVETKKQLCPYAAVGECR
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 FGDACVYLHGEVCEICRLQVLHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSI
.:. ::::::. :..: ::::::.: ::. : : :. . :..:: .:: : ..: ::.:
XP_011 YGENCVYLHGDSCDMCGLQVLHPMDAAQRSQHIKSCIEAHEKDMELSFAVQRSKDMVCGI
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 CMEVILEKASASERRFGILSNCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIP
::::. :::. :::::::::::::::::.:::.:: :::::. :::::::::. :.::::
XP_011 CMEVVYEKANPSERRFGILSNCNHTYCLKCIRKWRSAKQFESKIIKSCPECRITSNFVIP
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 SVYWVEDQNKKNELIEAFKQGMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKP
: ::::....:..:: .:..:..:::.::..:.:.::::..:.:.::::::: ::..
XP_011 SEYWVEEKEEKQKLILKYKEAMSNKACRYFDEGRGSCPFGGNCFYKHAYPDGRREEPQRQ
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KE3 RKQLSSQGTVRFFNSVRLWDFIENRESRHVPNN--EDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP
. ::. .. : ..:..::.::. . .: :.: :::.... :
XP_011 KVGTSSRYRAQRRN--HFWELIEERENSNPFDNDEEEVVTFELGEMLLMLLAAGGDDELT
340 350 360 370 380 390
XP_011 DSEDEWDLFHDELEDFYDLDL
400 410
>>XP_011514298 (OMIM: 607754) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (439 aa)
initn: 1016 init1: 975 opt: 1038 Z-score: 935.8 bits: 182.2 E(85289): 2.2e-45
Smith-Waterman score: 1060; 44.2% identity (71.1% similar) in 360 aa overlap (51-408:61-408)
30 40 50 60 70 80
pF1KE3 QCLFSHDLANSKPSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSAAAGGAVGTMAHSVPSPAFHS
:::.:..: :..: . : : :
XP_011 IPTVTAPSLGAGGGGGGSDGSGGGWTKQVTCRYEHSKPLKQEE-ATATELTTKSSLAASS
40 50 60 70 80
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 PHPPSEVTASIVKTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAERKTQPSMVSNPGSCSDPQPSP
: ... .:. :. : .:.. .. .: . . .: . :. ::
XP_011 SL--SSIVGPLVEMNTGEAESRNSNFATVG----AGSEDWVNAIEFVPGQPYCGRTAPSC
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 EMKPHSYLDAIRSGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECRFGDACVYLHGEVCEICRLQV
: :.. . .. . ... ...:::::::.::::.:. ::::::. :..: :::
XP_011 TEAP---LQGSVTKEESEKEQTAVETKKQLCPYAAVGECRYGENCVYLHGDSCDMCGLQV
150 160 170 180 190 200
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 LHPFDPEQRKAHEKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSICMEVILEKASASERRFGILS
:::.: ::. : : :. . :..:: .:: : ..: ::.:::::. :::. :::::::::
XP_011 LHPMDAAQRSQHIKSCIEAHEKDMELSFAVQRSKDMVCGICMEVVYEKANPSERRFGILS
210 220 230 240 250 260
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 NCNHTYCLSCIRQWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIPSVYWVEDQNKKNELIEAFKQ
::::::::.:::.:: :::::. :::::::::. :.::::: ::::....:..:: .:.
XP_011 NCNHTYCLKCIRKWRSAKQFESKIIKSCPECRITSNFVIPSEYWVEEKEEKQKLILKYKE
270 280 290 300 310 320
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 GMGKKACKYFEQGKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKPRKQLSSQGTVRFFNSVRLWD
.:..:::.::..:.:.::::..:.:.::::::: ::.. . ::. .. : ..:.
XP_011 AMSNKACRYFDEGRGSCPFGGNCFYKHAYPDGRREEPQRQKVGTSSRYRAQRRN--HFWE
330 340 350 360 370
390 400 410
pF1KE3 FIENRESRHVPNN--EDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP
.::.::. . .: :.: :::.... :
XP_011 LIEERENSNPFDNDEEEVVTFELGEMLLMLLAAGGDDELTDSEDEWDLFHDELEDFYDLD
380 390 400 410 420 430
>>NP_038474 (OMIM: 607754) E3 ubiquitin-protein ligase m (482 aa)
initn: 1285 init1: 975 opt: 1038 Z-score: 935.2 bits: 182.2 E(85289): 2.4e-45
Smith-Waterman score: 1329; 46.8% identity (73.3% similar) in 408 aa overlap (3-408:56-451)
10 20 30
pF1KE3 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSK
:::.::::::::::.::..: .::::..:
NP_038 ASPTPIPTVTAPSLGAGGGGGGSDGSGGGWTKQVTCRYFMHGVCKEGDNCRYSHDLSDSP
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 PSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSAAAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASIV
:..:::.:.::: :: ::::.:..: :..: . : : : : ... .:
NP_038 YSVVCKYFQRGYCIYGDRCRYEHSKPLKQEE-ATATELTTKSSLAASSSL--SSIVGPLV
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 KTNSHEPGKREKRTLVLRDRNLSGMAERKTQPSMVSNPGSCSDPQPSPEMKPHSYLDAIR
. :. : .:.. .. .: . . .: . :. :: : :..
NP_038 EMNTGEAESRNSNFATVG----AGSEDWVNAIEFVPGQPYCGRTAPSCTEAP---LQGSV
150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 SGLDDVEASSSYSNEQQLCPYAAAGECRFGDACVYLHGEVCEICRLQVLHPFDPEQRKAH
. .. . ... ...:::::::.::::.:. ::::::. :..: ::::::.: ::. :
NP_038 TKEESEKEQTAVETKKQLCPYAAVGECRYGENCVYLHGDSCDMCGLQVLHPMDAAQRSQH
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 EKICMLTFEHEMEKAFAFQANQDKVCSICMEVILEKASASERRFGILSNCNHTYCLSCIR
: :. . :..:: .:: : ..: ::.:::::. :::. :::::::::::::::::.:::
NP_038 IKSCIEAHEKDMELSFAVQRSKDMVCGICMEVVYEKANPSERRFGILSNCNHTYCLKCIR
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 QWRCAKQFENPIIKSCPECRVISEFVIPSVYWVEDQNKKNELIEAFKQGMGKKACKYFEQ
.:: :::::. :::::::::. :.::::: ::::....:..:: .:..:..:::.::..
NP_038 KWRSAKQFESKIIKSCPECRITSNFVIPSEYWVEEKEEKQKLILKYKEAMSNKACRYFDE
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 GKGTCPFGSKCLYRHAYPDGRLAEPEKPRKQLSSQGTVRFFNSVRLWDFIENRESRHVPN
:.:.::::..:.:.::::::: ::.. . ::. .. : ..:..::.::. . .
NP_038 GRGSCPFGGNCFYKHAYPDGRREEPQRQKVGTSSRYRAQRRN--HFWELIEERENSNPFD
380 390 400 410 420 430
400 410
pF1KE3 N--EDVDMTELGDLFMHLSGVESSEP
: :.: :::.... :
NP_038 NDEEEVVTFELGEMLLMLLAAGGDDELTDSEDEWDLFHDELEDFYDLDL
440 450 460 470 480
>>NP_005655 (OMIM: 176270,603856,615346) probable E3 ubi (507 aa)
initn: 1057 init1: 864 opt: 900 Z-score: 812.0 bits: 159.5 E(85289): 1.7e-38
Smith-Waterman score: 1005; 41.9% identity (67.2% similar) in 360 aa overlap (3-360:96-433)
10 20 30
pF1KE3 MSTKQITCRYFMHGVCREGSQCLFSHDLANSK
:::: :::..:: :.:: .: .::::.. :
NP_005 HLRRGGLRPAPASGGGAWPSPLPSRSSGIWTKQIICRYYIHGQCKEGENCRYSHDLSGRK
70 80 90 100 110 120
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 PSTICKYYQKGYCAYGTRCRYDHTRPSAAAGGAVGTMAHSVPSPAFHSPHPPSEVTASI-
.: . : . :.:.:::. .: :: : . ::. . :.
NP_005 MAT-----EGGV-----------SPPGASAGGGPSTAAHIEPPTQEVAEAPPAASSLSLP
130 140 150 160
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.. . . . . .. ..: ::. : : :..:.::::..:..: ::.:::.: ::.
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NP_005 IRRWRSARQFENRIVKSCPQCRVTSELVIPSEFWVEEEEEKQKLIQQYKEAMSNKACRYF
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>>NP_001138597 (OMIM: 607754) E3 ubiquitin-protein ligas (329 aa)
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Smith-Waterman score: 900; 46.8% identity (70.4% similar) in 284 aa overlap (3-286:56-329)
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:::.::::::::::.::..: .::::..:
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NP_001 KWRSAKQFESKIIK
320
416 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 09:01:07 2016 done: Sun Nov 6 09:01:08 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]