Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3909
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3909, 296 aa
1>>>pF1KE3909 296 - 296 aa - 296 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8609+/-0.00103; mu= 13.2218+/- 0.063
mean_var=83.7434+/-17.221, 0's: 0 Z-trim(105.8): 173 B-trim: 526 in 2/48
Lambda= 0.140152
statistics sampled from 8406 (8600) to 8406 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.635), E-opt: 0.2 (0.264), width: 16
Scan time: 2.360
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6261.1 GEM gene_id:2669|Hs108|chr8 ( 296) 1978 409.7 1.3e-114
CCDS10824.1 RRAD gene_id:6236|Hs108|chr16 ( 308) 1073 226.7 1.7e-59
CCDS13181.1 REM1 gene_id:28954|Hs108|chr20 ( 298) 881 187.9 7.9e-48
CCDS45082.1 REM2 gene_id:161253|Hs108|chr14 ( 340) 768 165.1 6.6e-41
CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 236) 417 94.0 1.1e-19
CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 219) 413 93.2 1.9e-19
CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 ( 217) 408 92.2 3.7e-19
CCDS5460.1 RALA gene_id:5898|Hs108|chr7 ( 206) 387 87.9 6.8e-18
CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2 ( 206) 371 84.7 6.4e-17
CCDS58036.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 183) 355 81.4 5.5e-16
CCDS8702.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 ( 188) 355 81.4 5.6e-16
CCDS8703.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 ( 189) 354 81.2 6.5e-16
CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 ( 204) 350 80.4 1.2e-15
CCDS9485.1 RAP2A gene_id:5911|Hs108|chr13 ( 183) 339 78.2 5.2e-15
CCDS7698.1 HRAS gene_id:3265|Hs108|chr11 ( 189) 339 78.2 5.3e-15
CCDS877.1 NRAS gene_id:4893|Hs108|chr1 ( 189) 338 78.0 6.1e-15
CCDS3170.1 RAP2B gene_id:5912|Hs108|chr3 ( 183) 332 76.8 1.4e-14
CCDS6687.1 DIRAS2 gene_id:54769|Hs108|chr9 ( 199) 331 76.6 1.7e-14
CCDS14632.1 RAP2C gene_id:57826|Hs108|chrX ( 183) 330 76.4 1.8e-14
CCDS12774.1 RRAS gene_id:6237|Hs108|chr19 ( 218) 331 76.6 1.8e-14
CCDS3100.1 MRAS gene_id:22808|Hs108|chr3 ( 208) 324 75.2 4.7e-14
CCDS840.1 RAP1A gene_id:5906|Hs108|chr1 ( 184) 321 74.5 6.5e-14
CCDS8984.1 RAP1B gene_id:5908|Hs108|chr12 ( 184) 316 73.5 1.3e-13
CCDS8673.1 RERG gene_id:85004|Hs108|chr12 ( 199) 309 72.1 3.7e-13
CCDS7699.1 HRAS gene_id:3265|Hs108|chr11 ( 170) 301 70.5 1e-12
CCDS12092.1 DIRAS1 gene_id:148252|Hs108|chr19 ( 198) 294 69.1 3e-12
CCDS641.1 DIRAS3 gene_id:9077|Hs108|chr1 ( 229) 294 69.1 3.4e-12
CCDS53603.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 ( 169) 285 67.2 9.4e-12
CCDS53753.1 RERG gene_id:85004|Hs108|chr12 ( 180) 284 67.1 1.1e-11
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 284 67.1 1.3e-11
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 282 66.7 1.7e-11
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 279 66.1 2.6e-11
CCDS62431.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 ( 153) 275 65.2 3.5e-11
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 273 64.9 6.1e-11
>>CCDS6261.1 GEM gene_id:2669|Hs108|chr8 (296 aa)
initn: 1978 init1: 1978 opt: 1978 Z-score: 2171.0 bits: 409.7 E(32554): 1.3e-114
Smith-Waterman score: 1978; 100.0% identity (100.0% similar) in 296 aa overlap (1-296:1-296)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MTLNNVTMRQGTVGMQPQQQRWSIPADGRHLMVQKEPHQYSHRNRHSATPEDHCRRSWSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 MTLNNVTMRQGTVGMQPQQQRWSIPADGRHLMVQKEPHQYSHRNRHSATPEDHCRRSWSS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 DSTDSVISSESGNTYYRVVLIGEQGVGKSTLANIFAGVHDSMDSDCEVLGEDTYERTLMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 DSTDSVISSESGNTYYRVVLIGEQGVGKSTLANIFAGVHDSMDSDCEVLGEDTYERTLMV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DGESATIILLDMWENKGENEWLHDHCMQVGDAYLIVYSITDRASFEKASELRIQLRRARQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 DGESATIILLDMWENKGENEWLHDHCMQVGDAYLIVYSITDRASFEKASELRIQLRRARQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 TEDIPIILVGNKSDLVRCREVSVSEGRACAVVFDCKFIETSAAVQHNVKELFEGIVRQVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 TEDIPIILVGNKSDLVRCREVSVSEGRACAVVFDCKFIETSAAVQHNVKELFEGIVRQVR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KE3 LRRDSKEKNERRLAYQKRKESMPRKARRFWGKIVAKNNKNMAFKLKSKSCHDLSVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 LRRDSKEKNERRLAYQKRKESMPRKARRFWGKIVAKNNKNMAFKLKSKSCHDLSVL
250 260 270 280 290
>>CCDS10824.1 RRAD gene_id:6236|Hs108|chr16 (308 aa)
initn: 1007 init1: 814 opt: 1073 Z-score: 1181.8 bits: 226.7 E(32554): 1.7e-59
Smith-Waterman score: 1073; 57.9% identity (79.8% similar) in 292 aa overlap (9-296:23-308)
10 20 30 40
pF1KE3 MTLNNVTMRQGTV--GMQPQQQRWSIPADGRHLMVQKEPHQYSHRN
:.:.. : : .: :.:.: : :.. : .
CCDS10 MTLNGGGSGAGGSRGGGQERERRRGSTPWGPAPPLHRRSMPVDERDLQAALTPGALTAAA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 RHSATPEDHCRRSWSSDSTDSVIS--SESGNTYYRVVLIGEQGVGKSTLANIFAGVHDSM
..: : .: :: ::. : :.: .. :.:.:.: :::::.:: ::.::.:.
CCDS10 AGTGTQGP--RLDWPEDSEDSLSSGGSDSDESVYKVLLLGAPGVGKSALARIFGGVEDGP
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 DSDCEVLGEDTYERTLMVDGESATIILLDMWENKGENEWLHDHCMQVGDAYLIVYSITDR
.. :. :. ::.:...:::: :.... :.::. : ..:: ::: .::::.::::.::.
CCDS10 EA--EAAGH-TYDRSIVVDGEEASLMVYDIWEQDG-GRWLPGHCMAMGDAYVIVYSVTDK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 ASFEKASELRIQLRRARQTEDIPIILVGNKSDLVRCREVSVSEGRACAVVFDCKFIETSA
.:::::::::.::::::::.:.::::::::::::: :::::.::::::::::::::::::
CCDS10 GSFEKASELRVQLRRARQTDDVPIILVGNKSDLVRSREVSVDEGRACAVVFDCKFIETSA
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 AVQHNVKELFEGIVRQVRLRRDSKEKNERRLAYQKRKESMPRKARRFWGKIVAKNNKNMA
:..:::. ::::.:::.:::::::: : :: : .:.::. .::.:: :.:::.:...::
CCDS10 ALHHNVQALFEGVVRQIRLRRDSKEANARRQAGTRRRESLGKKAKRFLGRIVARNSRKMA
240 250 260 270 280 290
290
pF1KE3 FKLKSKSCHDLSVL
:. :::::::::::
CCDS10 FRAKSKSCHDLSVL
300
>>CCDS13181.1 REM1 gene_id:28954|Hs108|chr20 (298 aa)
initn: 748 init1: 540 opt: 881 Z-score: 972.2 bits: 187.9 E(32554): 7.9e-48
Smith-Waterman score: 894; 51.0% identity (76.9% similar) in 286 aa overlap (14-296:27-298)
10 20 30 40
pF1KE3 MTLNNVTMRQGTVGMQPQQQRWSIPA-DGRHLMVQKEPHQYSHRNRH
: :: . ..:. ...: . . ..
CCDS13 MTLNTEQEAKTPLHRRASTPLPLSPRGHQPGRLS-TVPSTQSQHPRLGQSASLNPPTQKP
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 SATPEDHCRRSWSSDSTDSVISSESGNTYYRVVLIGEQGVGKSTLANIFAGVHDSMDSDC
: .:.: :::.:.:: : :. :::::.:. ::::..::..::: ... :
CCDS13 SPAPDD-----WSSESSDSEGSWEA---LYRVVLLGDPGVGKTSLASLFAG---KQERDL
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 -EVLGEDTYERTLMVDGESATIILLDMWE-NKGENEWLHDHCMQVGDAYLIVYSITDRAS
: ::::.::::: ::::..:....: :: .: .. : .. :.: :.::.:::::.::.:
CCDS13 HEQLGEDVYERTLTVDGEDTTLVVVDTWEAEKLDKSWSQESCLQGGSAYVIVYSIADRGS
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 FEKASELRIQLRRARQTEDIPIILVGNKSDLVRCREVSVSEGRACAVVFDCKFIETSAAV
::.::::::::::..:.. .::::::::.::.::::::: ::::::::::::::::::..
CCDS13 FESASELRIQLRRTHQADHVPIILVGNKADLARCREVSVEEGRACAVVFDCKFIETSATL
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 QHNVKELFEGIVRQVRLRRDSKEKNERRLAYQKRKESMPRKARRFWGKIVAKNNKNMAFK
:::: :::::.:::.:::: ... .. .: :. ..:::: ....:.. . :.:
CCDS13 QHNVAELFEGVVRQLRLRR--RDSAAKEPPAPRRPASLAQRARRFLARLTARSARRRALK
230 240 250 260 270 280
290
pF1KE3 LKSKSCHDLSVL
.:::::.:.::
CCDS13 ARSKSCHNLAVL
290
>>CCDS45082.1 REM2 gene_id:161253|Hs108|chr14 (340 aa)
initn: 724 init1: 545 opt: 768 Z-score: 847.8 bits: 165.1 E(32554): 6.6e-41
Smith-Waterman score: 768; 46.0% identity (71.4% similar) in 287 aa overlap (23-296:58-340)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MTLNNVTMRQGTVGMQPQQQRWSIPADGRHLMVQKEPHQYSHRNRHSATPED
: :. :. . :.... : ... :
CCDS45 PPGTPTPEADATLLKKSEKLLAELDRSGLPSAPGAPRRRGSMPVPYKHQLRRAQAVDELD
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100
pF1KE3 HCRRSWSSDSTDSVISSESG----NTYYRVVLIGEQGVGKSTLANIFAGVHDSMDSDCEV
.. :: :.::. :.:.. . ..:.:.::.::::::::. :.:.. :: :
CCDS45 WPPQASSSGSSDSLGSGEAAPAQKDGIFKVMLVGESGVGKSTLAGTFGGLQG--DSAHEP
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 LG-EDTYERTLMVDGESATIILLDMWENKGENEWLHDHCMQVGDAYLIVYSITDRASFEK
. :::::: .::: : .:... :.::. . ::.:::.:.:::.:::.:.::: :: :
CCDS45 ENPEDTYERRIMVDKEEVTLVVYDIWEQGDAGGWLRDHCLQTGDAFLIVFSVTDRRSFSK
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 ASELRIQLRRARQTEDIPIILVGNKSDLVRCREVSVSEGRACAVVFDCKFIETSAAVQHN
. : ..:: .: .:.:.:::::::::.: ::::. ::: : ...:: ::::::..::
CCDS45 VPETLLRLRAGRPHHDLPVILVGNKSDLARSREVSLEEGRHLAGTLSCKHIETSAALHHN
210 220 230 240 250 260
230 240 250 260 270
pF1KE3 VKELFEGIVRQVRLRRDSKEKNERRL--------AYQKRKESMPRKARRFWGKIVAKNNK
..::::: :::.:::: .. . .: : :.::. .::.:: ...: .: :
CCDS45 TRELFEGAVRQIRLRRGRNHAGGQRPDPGSPEGPAPPARRESLTKKAKRFLANLVPRNAK
270 280 290 300 310 320
280 290
pF1KE3 NMAFKLKSKSCHDLSVL
:: .:.::::::::
CCDS45 --FFKQRSRSCHDLSVL
330 340
>>CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 (236 aa)
initn: 308 init1: 267 opt: 417 Z-score: 466.6 bits: 94.0 E(32554): 1.1e-19
Smith-Waterman score: 420; 36.0% identity (67.1% similar) in 228 aa overlap (51-273:11-224)
30 40 50 60 70
pF1KE3 RWSIPADGRHLMVQKEPHQYSHRNRHSATPEDHCRRSWSSDS--TDSVISSESG-NTYYR
:. .:. .: . . : :: .: . :.
CCDS58 MERWLFLGATEEGPKRTMDSGTRPVGSCCSSPAGLSREYK
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KE3 VVLIGEQGVGKSTLANIFAGVHDSMDSDCEVLGEDTYERTLMVDGESATIILLDMWENKG
.:..: :::::... : . . : : . ::.:. . .: : :. ::. .. :
CCDS58 LVMLGAGGVGKSAMTMQFISHRFPEDHDPTI--EDAYKIRIRIDDEPAN---LDILDTAG
50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 ENEW--LHDHCMQVGDAYLIVYSITDRASFEKASELRIQLRRARQTEDIPIILVGNKSDL
. :. ..:. :..:....: :::::: ::... :.. . :.:.:.: :..::::::::
CCDS58 QAEFTAMRDQYMRAGEGFIICYSITDRRSFHEVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDL
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KE3 VRCREVSVSEGRACAVVFDCKFIETSAAVQHNVKELFEGIVRQVRLRRDSKEKNERRLAY
. :.:. :: : : :.: :.::::: .. . ..:...::..: ::: : ::.
CCDS58 KQLRQVTKEEGLALAREFSCPFFETSAAYRYYIDDVFHALVREIR----RKEK-EAVLAM
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290
pF1KE3 QKRKESMPRKARRFWGKIVAKNNKNMAFKLKSKSCHDLSVL
.:. : :... : ..
CCDS58 EKK--SKPKNS--VWKRLKSPFRKKKDSVT
220 230
>>CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 (219 aa)
initn: 308 init1: 267 opt: 413 Z-score: 462.7 bits: 93.2 E(32554): 1.9e-19
Smith-Waterman score: 416; 37.3% identity (67.9% similar) in 212 aa overlap (65-273:10-207)
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 KEPHQYSHRNRHSATPEDHCRRSWSSDSTDSVISSESG-NTYYRVVLIGEQGVGKSTLAN
: :: .: . :..:..: :::::...
CCDS11 MDSGTRPVGSCCSSPAGLSREYKLVMLGAGGVGKSAMTM
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 IFAGVHDSMDSDCEVLGEDTYERTLMVDGESATIILLDMWENKGENEW--LHDHCMQVGD
: . . : : . ::.:. . .: : :. ::. .. :. :. ..:. :..:.
CCDS11 QFISHRFPEDHDPTI--EDAYKIRIRIDDEPAN---LDILDTAGQAEFTAMRDQYMRAGE
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 AYLIVYSITDRASFEKASELRIQLRRARQTEDIPIILVGNKSDLVRCREVSVSEGRACAV
...: :::::: ::... :.. . :.:.:.: :..:::::::: . :.:. :: : :
CCDS11 GFIICYSITDRRSFHEVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDLKQLRQVTKEEGLALAR
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 VFDCKFIETSAAVQHNVKELFEGIVRQVRLRRDSKEKNERRLAYQKRKESMPRKARRFWG
:.: :.::::: .. . ..:...::..: ::: : ::..:. : :... :
CCDS11 EFSCPFFETSAAYRYYIDDVFHALVREIR----RKEK-EAVLAMEKK--SKPKNS--VWK
160 170 180 190 200
280 290
pF1KE3 KIVAKNNKNMAFKLKSKSCHDLSVL
..
CCDS11 RLKSPFRKKKDSVT
210
>>CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 (217 aa)
initn: 339 init1: 251 opt: 408 Z-score: 457.3 bits: 92.2 E(32554): 3.7e-19
Smith-Waterman score: 408; 34.7% identity (69.0% similar) in 216 aa overlap (68-281:13-216)
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 HQYSHRNRHSATPEDHCRRSWSSDSTDSVISSESGNTYYRVVLIGEQGVGKSTLANIFAG
:. .:. :.::..: :::::... : .
CCDS11 MEVENEASCSPGSASGGSREYKVVMLGAGGVGKSAMTMQFIS
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 VHDSMDSDCEVLGEDTYERTLMVDGESATIILLDMWENKGENEW--LHDHCMQVGDAYLI
:. : .. ::.:. . .:.: : ::. .. :. :. .... :. :....:
CCDS11 -HQFPDYHDPTI-EDAYKTQVRIDNEPA---YLDILDTAGQAEFTAMREQYMRGGEGFII
50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 VYSITDRASFEKASELRIQLRRARQTEDIPIILVGNKSDLVRCREVSVSEGRACAVVFDC
::.::: ::..:.... . ..:.: .::..::::: :: . :.::. :: . : ..:
CCDS11 CYSVTDRQSFQEAAKFKELIFQVRHTYEIPLVLVGNKIDLEQFRQVSTEEGLSLAQEYNC
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 KFIETSAAVQHNVKELFEGIVRQVRLRRDSKEKNERRLAYQKRKESMPRKARRFWGKIVA
:.:::::.. . . :.:.::..: ... :..: :::.:. .: . :..
CCDS11 GFFETSAALRFCIDDAFHGLVREIRKKESMPSLMEKKL---KRKDSLWKKLK---GSL-K
160 170 180 190 200 210
280 290
pF1KE3 KNNKNMAFKLKSKSCHDLSVL
:. .::
CCDS11 KKRENMT
>>CCDS5460.1 RALA gene_id:5898|Hs108|chr7 (206 aa)
initn: 312 init1: 217 opt: 387 Z-score: 434.7 bits: 87.9 E(32554): 6.8e-18
Smith-Waterman score: 387; 34.7% identity (69.9% similar) in 196 aa overlap (76-267:15-200)
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 HSATPEDHCRRSWSSDSTDSVISSESGNTYYRVVLIGEQGVGKSTLANIFAGVHDSMDSD
..:...: :::::.:. : ..: . :
CCDS54 MAANKPKGQNSLALHKVIMVGSGGVGKSALTLQF--MYDEFVED
10 20 30 40
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