Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3908
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3908, 551 aa
1>>>pF1KE3908 551 - 551 aa - 551 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5568+/-0.00105; mu= 16.6890+/- 0.063
mean_var=67.5050+/-13.630, 0's: 0 Z-trim(103.6): 91 B-trim: 3 in 1/48
Lambda= 0.156101
statistics sampled from 7393 (7487) to 7393 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.587), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 3.140
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9411.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 551) 3736 850.9 0
CCDS73572.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 556) 3649 831.3 0
CCDS73571.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 527) 3585 816.9 0
CCDS9418.1 RCBTB1 gene_id:55213|Hs108|chr13 ( 531) 2619 599.3 3.7e-171
CCDS73570.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 277) 1619 374.0 1.3e-103
CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 ( 368) 535 129.9 5.1e-30
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 547 133.1 7.4e-30
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 535 130.1 1.3e-29
CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 ( 979) 533 129.7 1.6e-29
CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 533 129.7 1.7e-29
CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 533 129.7 1.8e-29
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 534 130.2 5.6e-29
CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 473 116.1 1.9e-25
CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 473 116.1 2e-25
CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 429 106.2 1.9e-22
CCDS64683.1 RCC1L gene_id:81554|Hs108|chr7 ( 454) 374 93.7 5.1e-19
CCDS5577.1 RCC1L gene_id:81554|Hs108|chr7 ( 464) 374 93.7 5.2e-19
CCDS7828.1 SERGEF gene_id:26297|Hs108|chr11 ( 458) 354 89.2 1.2e-17
CCDS32597.1 NEK8 gene_id:284086|Hs108|chr17 ( 692) 325 82.7 1.5e-15
CCDS14246.1 RPGR gene_id:6103|Hs108|chrX ( 815) 296 76.2 1.6e-13
CCDS64684.1 RCC1L gene_id:81554|Hs108|chr7 ( 358) 290 74.7 2e-13
CCDS35229.1 RPGR gene_id:6103|Hs108|chrX (1152) 296 76.3 2.2e-13
CCDS181.1 RCC2 gene_id:55920|Hs108|chr1 ( 522) 260 68.1 3.1e-11
>>CCDS9411.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (551 aa)
initn: 3736 init1: 3736 opt: 3736 Z-score: 4545.6 bits: 850.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3736; 100.0% identity (100.0% similar) in 551 aa overlap (1-551:1-551)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEEELPLFSGDSGKPVQATLSSLKMLDVGKWPIFSLCSEEELQLIRQACVFGSAGNEVLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MEEELPLFSGDSGKPVQATLSSLKMLDVGKWPIFSLCSEEELQLIRQACVFGSAGNEVLY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 TTVNDEIFVLGTNCCGCLGLGDVQSTIEPRRLDSLNGKKIACLSYGSGPHIVLATTEGEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 TTVNDEIFVLGTNCCGCLGLGDVQSTIEPRRLDSLNGKKIACLSYGSGPHIVLATTEGEV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 FTWGHNAYSQLGNGTTNHGLVPCHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFAWGYNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 FTWGHNAYSQLGNGTTNHGLVPCHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFAWGYNN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 SGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCLQNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNGQLGLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 SGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCLQNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNGQLGLG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 NSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 NSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSYP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 TPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 TPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 ATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIRCEHFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 ATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIRCEHFR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 SSLEDNEDDIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISLSPEEAVGLLDLATFYRENRLKKLCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 SSLEDNEDDIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISLSPEEAVGLLDLATFYRENRLKKLCQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 QTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFCINHLTVVTQTSGFAEMDHDLLKNFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 QTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFCINHLTVVTQTSGFAEMDHDLLKNFI
490 500 510 520 530 540
550
pF1KE3 SKASRVGAFKN
:::::::::::
CCDS94 SKASRVGAFKN
550
>>CCDS73572.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (556 aa)
initn: 3649 init1: 3649 opt: 3649 Z-score: 4439.7 bits: 831.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3649; 100.0% identity (100.0% similar) in 538 aa overlap (14-551:19-556)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MEEELPLFSGDSGKPVQATLSSLKMLDVGKWPIFSLCSEEELQLIRQACVFGSAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MSALPRDLELSNPREKLTKPVQATLSSLKMLDVGKWPIFSLCSEEELQLIRQACVFGSAG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 NEVLYTTVNDEIFVLGTNCCGCLGLGDVQSTIEPRRLDSLNGKKIACLSYGSGPHIVLAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 NEVLYTTVNDEIFVLGTNCCGCLGLGDVQSTIEPRRLDSLNGKKIACLSYGSGPHIVLAT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 TEGEVFTWGHNAYSQLGNGTTNHGLVPCHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TEGEVFTWGHNAYSQLGNGTTNHGLVPCHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 WGYNNSGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCLQNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 WGYNNSGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCLQNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNG
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 QLGLGNSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QLGLGNSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKS
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 NQSYPTPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 NQSYPTPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDD
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 VFACFATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VFACFATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIR
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 CEHFRSSLEDNEDDIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISLSPEEAVGLLDLATFYRENRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 CEHFRSSLEDNEDDIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISLSPEEAVGLLDLATFYRENRL
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 KKLCQQTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFCINHLTVVTQTSGFAEMDHDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KKLCQQTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFCINHLTVVTQTSGFAEMDHDL
490 500 510 520 530 540
540 550
pF1KE3 LKNFISKASRVGAFKN
::::::::::::::::
CCDS73 LKNFISKASRVGAFKN
550
>>CCDS73571.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (527 aa)
initn: 3585 init1: 3585 opt: 3585 Z-score: 4362.1 bits: 816.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3585; 100.0% identity (100.0% similar) in 527 aa overlap (25-551:1-527)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEEELPLFSGDSGKPVQATLSSLKMLDVGKWPIFSLCSEEELQLIRQACVFGSAGNEVLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MLDVGKWPIFSLCSEEELQLIRQACVFGSAGNEVLY
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 TTVNDEIFVLGTNCCGCLGLGDVQSTIEPRRLDSLNGKKIACLSYGSGPHIVLATTEGEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TTVNDEIFVLGTNCCGCLGLGDVQSTIEPRRLDSLNGKKIACLSYGSGPHIVLATTEGEV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 FTWGHNAYSQLGNGTTNHGLVPCHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFAWGYNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 FTWGHNAYSQLGNGTTNHGLVPCHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFAWGYNN
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 SGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCLQNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNGQLGLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCLQNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNGQLGLG
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 NSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 NSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSYP
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 TPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACF
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 ATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIRCEHFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIRCEHFR
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 SSLEDNEDDIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISLSPEEAVGLLDLATFYRENRLKKLCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SSLEDNEDDIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISLSPEEAVGLLDLATFYRENRLKKLCQ
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 QTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFCINHLTVVTQTSGFAEMDHDLLKNFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFCINHLTVVTQTSGFAEMDHDLLKNFI
460 470 480 490 500 510
550
pF1KE3 SKASRVGAFKN
:::::::::::
CCDS73 SKASRVGAFKN
520
>>CCDS9418.1 RCBTB1 gene_id:55213|Hs108|chr13 (531 aa)
initn: 2037 init1: 2037 opt: 2619 Z-score: 3186.3 bits: 599.3 E(32554): 3.7e-171
Smith-Waterman score: 2619; 70.4% identity (89.3% similar) in 531 aa overlap (25-551:1-531)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEEELPLFSGDSGKPVQATLSSLKMLDVGKWPIFSLCSEEELQLIRQACVFGSAGNEVLY
:.::::::::.: : .:. ::.:::::....:.::
CCDS94 MVDVGKWPIFTLLSPQEIASIRKACVFGTSASEALY
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 TTVNDEIFVLGTNCCGCLGLGDVQSTIEPRRLDSLNGKKIACLSYGSGPHIVLATTEGEV
.: :::.::.: : .::: :: :::. :..:..: :::: ::::::::..:.: .: :
CCDS94 VTDNDEVFVFGLNYSNCLGTGDNQSTLVPKKLEGLCGKKIKSLSYGSGPHVLLSTEDGVV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 FTWGHNAYSQLGNGTTNHGLVPCHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFAWGYNN
..::::.::::::::::.:..: .. ::: :::.::::::.::..:..:::::::::::
CCDS94 YAWGHNGYSQLGNGTTNQGIAPVQVCTNLLIKQVVEVACGSHHSMALAADGEVFAWGYNN
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 SGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCLQNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNGQLGLG
::::::::.::: ::.::.::. : :: ::::: :::.:.:::: ::::::::::::
CCDS94 CGQVGSGSTANQPTPRKVTNCLHIKRVVGIACGQTSSMAVLDNGEVYGWGYNGNGQLGLG
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 NSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSYP
:.::: :: :::::... :....:::::::.::::: .::::::.:::::::::.: :
CCDS94 NNGNQLTPVRVAALHSVCVNQIVCGYAHTLALTDEGLLYAWGANTYGQLGTGNKNNLLSP
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 TPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACF
. . :::.:..:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 AHIMVEKERVVEIAACHSAHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACF
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 ATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIRCEHFR
:::::.::::::: .: ::::::::.:::.:.:::::: .:::::..::..:::::::::
CCDS94 ATPAVSWRLLSVEHEDFLTVAESLKKEFDSPETADLKFRIDGKYIHVHKAVLKIRCEHFR
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470
pF1KE3 SSLED--NED--DIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISLSPEEAVGLLDLATFYRENRLK
: ... ::: ...:...::::::::::.:::::...: ::.:.::::::: : :::::
CCDS94 SMFQSYWNEDMKEVIEIDQFSYPVYRAFLQYLYTDTVDLPPEDAIGLLDLATSYCENRLK
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 KLCQQTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFCINHLTVVTQTSGFAEMDHDLL
::::. ::.:: :::..:.::::.:::.:::::::.::::::: ::::..: .:: ::
CCDS94 KLCQHIIKRGITVENAFSLFSAAVRYDAEDLEEFCFKFCINHLTEVTQTAAFWQMDGPLL
460 470 480 490 500 510
540 550
pF1KE3 KNFISKASRVGAFKN
:.::.:::. :::::
CCDS94 KEFIAKASKCGAFKN
520 530
>>CCDS73570.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (277 aa)
initn: 1619 init1: 1619 opt: 1619 Z-score: 1973.6 bits: 374.0 E(32554): 1.3e-103
Smith-Waterman score: 1619; 100.0% identity (100.0% similar) in 242 aa overlap (310-551:36-277)
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 AWGANSYGQLGTGNKSNQSYPTPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRG
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TETGSLDSATVATSQPLAEWQLCKASVSRGIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRG
10 20 30 40 50 60
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 QSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFL
70 80 90 100 110 120
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 VDGKYIYAHKVLLKIRCEHFRSSLEDNEDDIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISLSPEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VDGKYIYAHKVLLKIRCEHFRSSLEDNEDDIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISLSPEE
130 140 150 160 170 180
460 470 480 490 500 510
pF1KE3 AVGLLDLATFYRENRLKKLCQQTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFCINHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AVGLLDLATFYRENRLKKLCQQTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFCINHL
190 200 210 220 230 240
520 530 540 550
pF1KE3 TVVTQTSGFAEMDHDLLKNFISKASRVGAFKN
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TVVTQTSGFAEMDHDLLKNFISKASRVGAFKN
250 260 270
>>CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (368 aa)
initn: 666 init1: 414 opt: 535 Z-score: 652.3 bits: 129.9 E(32554): 5.1e-30
Smith-Waterman score: 537; 30.5% identity (58.5% similar) in 347 aa overlap (25-356:1-341)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MEEELPLFSGDSGKPVQATLSSLKMLDVGKWPIFSLCSEEELQLIR---QACVFGS----
:: : : . . .:: : :.: : :
CCDS82 MLCWGYWSLGQPGISTNLQGIVAEPQVCGFISDRSV
10 20 30
60 70 80 90 100
pF1KE3 -----AGNEVLYTTVNDEIFVLGTNCCGCLGLGDVQSTIEPRRLDSLNGKKIACLSYGSG
.::. .. . :... : : : :: . .:... .: ..: .. : .
CCDS82 KEVACGGNHSVFLLEDGEVYTCGLNTKG--QLGHEREGNKPEQIGALADQHIIHVACGES
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 PHIVLATTEGEVFTWGHNAYSQLGNGTTNHGLVPCHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLT
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CCDS82 -HSLALSDRGQLFSWGAGSDGQLGLMTTEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLALA
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 SDGEVFAWGYNNSGQVGSGSTV-NQPIPRRVTGCLQNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVY
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CCDS82 ADGQFFTWGKNSHGQLGLGKEFPSQASPQRVRS-LEGIPLAQVAAGGAHSFALSLSGAVF
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 VWGYNGNGQLGLGNSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYG
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CCDS82 GWGMNNAGQLGLSDEKDRESPCHVKLLRTQKVVYISCGEEHTAVLTKSGGVFTFGAGSCG
220 230 240 250 260 270
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pF1KE3 QLGTGNKSNQSYPTPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQC--RGQSVILP
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CCDS82 QLGHDSMNDEVNPRRVLELMGSEVTQIACGRQHTLAFVPSSGLIYAFG-CGARGQ-LGTG
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 HLTHFSCTDDVFACFATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYI
: . .: . :
CCDS82 HTCNVKCPSPVKGYWAAHSGQLSARAGKNDCLWNLKVF
340 350 360
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20 30 40 50 60 70
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: . :. : .. .: ... : . :
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.... : .: . :....:....:: :: :.::::..:..: .. :..: :.: :. .
CCDS45 NSDRQRRPRQIEA-LQGEEVVQMSCGFKHSAVVTSDGKLFTFGNGDYGRLGLGNTSNKKL
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CCDS45 PERVTA-LEGYQIGQVACGLNHTLAVSADGSM-VWAFGDGDYGKLGLGNSTAKSSPQKID
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CCDS45 VLCGIGIKKVACGTQFSVALTKDGHVYTFGQDRLIGLPEGRARNHNRPQQIPVLAGVIIE
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CCDS45 DVAVGAEHTLALASNGD-VYAWGSNSEGQLGLGHTNHVREPTLVTGLQGKNVRQISAGRC
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pF1KE3 EPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIRCEHFRSSLEDNEDDIVE
CCDS45 HSAAWTAPPVPPRAPGVSVPLQLGLPDTVPPQYGALREVSIHTVRARLRLLYHFSDLMYS
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>--
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Smith-Waterman score: 489; 34.0% identity (60.3% similar) in 300 aa overlap (54-340:410-699)
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CCDS45 SNNQSTLKKLTFEPHRSIKKVSSSKGSDGHTLAFTTEGEVFSWGDGDYGKLGHGNSSTQK
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CCDS45 YPKLIQGPLQGKVVVCVSAGYRHSAAVTEDGELYTWGEGDFGRLGHGDSNSRNIPTLVKD
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..: : ..::. .:. :.. ::...: ::.:: :... : . ::::.
CCDS45 -ISN--VGEVSCGSSHTIALSKDGRT-VWSFGGGDNGKLGHGDTNRVYKPKVIEALQGMF
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pF1KE3 VQRVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSYPTPVTVEK---DRIIEIAA
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CCDS45 IRKVCAGSQSSLALTSTGQVYAWGCGAC--LGCGS-SEATALRPKLIEELAATRIVDVSI
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pF1KE3 CHSTHTSAAKTQGGHVYMWG-----QCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVTWRLL
: : : .. ..:: :: :: ::
CCDS45 GDS-HC-LALSHDNEVYAWGNNSMGQC-GQGNSTGPITKPKKVSGLDGIAIQQISAGTSH
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CCDS34 MLCWGYWSLGQPGISTNLQGIVAEPQVCGFISDRSV
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.::. .. . :... : : : :: . .:... .: ..: .. : .
CCDS34 KEVACGGNHSVFLLEDGEVYTCGLNTKG--QLGHEREGNKPEQIGALADQHIIHVACGES
40 50 60 70 80 90
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CCDS34 -HSLALSDRGQLFSWGAGSDGQLGLMTTEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLALA
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.::. :.:: :. ::.: :. .: :.:: . :.. .. .: : .:. .: :.
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::.:. :::::.. .. .::.: :. .: ..:: :: ::: : :...::.: :
CCDS34 GWGMNNAGQLGLSDEKDRESPCHVKLLRTQKVVYISCGEEHTAVLTKSGGVFTFGAGSCG
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CCDS34 QLGHDSMNDEVNPRRVLELMGSEVTQIACGRQHTLAFVPSSGLIYAFG-CGARGQ-LGTG
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: . .: . :
CCDS34 HTCNVKCPSPVKGYWAAHSGQLSARADRFKYHIVKQIFSGGDQTFVLCSKYENYSPAVDF
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.. .:....:. .: : . : . . .:.:..:: .. .::: :. . :: .:.. :
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.: : .... .: .. :: : :::::.. ... .: . .:.. .. . :: ::
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.:: :: :...::..::::: .. :.. : : :. :: :::: ..:
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..: .:
CCDS60 RIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEEYFCVKRIFSGGDQS
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>>CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049 aa)
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40 50 60 70 80 90
pF1KE3 CSEEELQLIRQACVFGSAGNEVLYTTVNDEIFVL--GT-NCCGC--LG-LGDVQSTIEPR
.::: :: ::: :: :: .: .:.
CCDS72 IDEEIVLEPRKSDFFINKRVRDVGCGLRHTVFVLDDGTVYTCGCNDLGQLGHEKSRKKPE
20 30 40 50 60 70
100 110 120 130 140
pF1KE3 RLDSLNGKKIACLSYGSGPHIVLATTEGEVFTWGHNAYSQLG-NGTTNHGLVPCHISTNL
.. .:....:. .: : . : . . .:.:..:: .. .::: :. . :: .:.. :
CCDS72 QVVALDAQNIVAVSCGEA-HTLALNDKGQVYAWGLDSDGQLGLVGSEECIRVPRNIKS-L
80 90 100 110 120 130
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pF1KE3 SNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFAWGYNNSGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCLQNKVVVT
:. :...:::: ::::.:.. .::: :: :. ::.: :. .. .. : . .
CCDS72 SDIQIVQVACGYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQLGLGTDCKKQTSPQLLKSLLGIPFMQ
140 150 160 170 180 190
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 IACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNGQLGLGNSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVACGYAHT
.: : .... .: .. :: : :::::.. ... .: . .:.. .. . :: ::
CCDS72 VAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDENDRYVPNLLKSLRSQKIVYICCGEDHT
200 210 220 230 240 250
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pF1KE3 LVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSYPTPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGG
.:: :: :...::..::::: .. :.. : : :. :: :::: ..:
CCDS72 AALTKEGGVFTFGAGGYGQLGHNSTSHEINPRKVFELMGSIVTEIACGRQHTSAFVPSSG
260 270 280 290 300 310
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pF1KE3 HVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFD
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CCDS72 RIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEEYFCVKRIFSGGDQS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]