Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3876
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3876, 611 aa
1>>>pF1KE3876 611 - 611 aa - 611 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0049+/-0.000804; mu= 11.7282+/- 0.049
mean_var=103.2305+/-21.167, 0's: 0 Z-trim(110.4): 94 B-trim: 41 in 1/52
Lambda= 0.126232
statistics sampled from 11626 (11731) to 11626 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.351), width: 16
Scan time: 1.690
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS1789.1 PRKD3 gene_id:23683|Hs109|chr2 ( 890) 4037 745.8 5.7e-215
CCDS12689.1 PRKD2 gene_id:25865|Hs109|chr19 ( 878) 1455 275.6 2e-73
CCDS9637.1 PRKD1 gene_id:5587|Hs109|chr14 ( 912) 1424 269.9 1e-71
CCDS59401.1 PRKD2 gene_id:25865|Hs109|chr19 ( 721) 1112 213.1 1.1e-54
CCDS81796.1 PRKD1 gene_id:5587|Hs109|chr14 ( 920) 890 172.7 2e-42
>>CCDS1789.1 PRKD3 gene_id:23683|Hs109|chr2 (890 aa)
initn: 4314 init1: 4037 opt: 4037 Z-score: 3973.1 bits: 745.8 E(33420): 5.7e-215
Smith-Waterman score: 4037; 99.5% identity (100.0% similar) in 595 aa overlap (1-595:1-595)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSANNSPPSAQKSVLPTAIPAVLPAASPCSSPKTGLSARLSNGSFSAPSLTNSRGSVHTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 MSANNSPPSAQKSVLPTAIPAVLPAASPCSSPKTGLSARLSNGSFSAPSLTNSRGSVHTV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 SFLLQIGLTRESVTIEAQELSLSAVKDLVCSIVYQKFPECGFFGMYDKILLFRHDMNSEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 SFLLQIGLTRESVTIEAQELSLSAVKDLVCSIVYQKFPECGFFGMYDKILLFRHDMNSEN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 ILQLITSTDEIHEGDLVEVVLSALATVEDFQIRPHTLYVHSYKAPTFCDYCGEMLWGLVR
:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 ILQLITSADEIHEGDLVEVVLSALATVEDFQIRPHTLYVHSYKAPTFCDYCGEMLWGLVR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 QGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNNCSGVRKRRLSNVSLPGPGLSVPRPLQPEYVALPSEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 QGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNNCSGVRKRRLSNVSLPGPGLSVPRPLQPEYVALPSEES
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 HVHQEPSKRIPSWSGRPIWMEKMVMCRVKVPHTFAVHSYTRPTICQYCKRLLKGLFRQGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 HVHQEPSKRIPSWSGRPIWMEKMVMCRVKVPHTFAVHSYTRPTICQYCKRLLKGLFRQGM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 QCKDCKFNCHKRCASKVPRDCLGEVTFNGEPSSLGTDTDIPMDIDNNDINSDSSRGLDDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 QCKDCKFNCHKRCASKVPRDCLGEVTFNGEPSSLGTDTDIPMDIDNNDINSDSSRGLDDT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 EEPSPPEDKMFFLDPSDLDVERDEEAVKTISPSTSNNIPLMRVVQSIKHTKRKSSTMVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 EEPSPPEDKMFFLDPSDLDVERDEEAVKTISPSTSNNIPLMRVVQSIKHTKRKSSTMVKE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 GWMVHYTSRDNLRKRHYWRLDSKCLTLFQNESGSKYYKEIPLSEILRISSPRDFTNISQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 GWMVHYTSRDNLRKRHYWRLDSKCLTLFQNESGSKYYKEIPLSEILRISSPRDFTNISQG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 SNPHCFEIITDTMVYFVGENNGDSSHNPVLAATGVGLDVAQSWEKAIRQALMPVTPQASV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 SNPHCFEIITDTMVYFVGENNGDSSHNPVLAATGVGLDVAQSWEKAIRQALMPVTPQASV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 CTSPGRGKDHKDLSTSISVSNCQIQENVDISTVYQIFADEVLGSGQFGIVYGGKQLQPFA
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS17 CTSPGQGKDHKDLSTSISVSNCQIQENVDISTVYQIFADEVLGSGQFGIVYGGKHRKTGR
550 560 570 580 590 600
610
pF1KE3 YCTHYFKNWKM
CCDS17 DVAIKVIDKMRFPTKQESQLRNEVAILQNLHHPGIVNLECMFETPERVFVVMEKLHGDML
610 620 630 640 650 660
>>CCDS12689.1 PRKD2 gene_id:25865|Hs109|chr19 (878 aa)
initn: 2052 init1: 753 opt: 1455 Z-score: 1431.9 bits: 275.6 E(33420): 2e-73
Smith-Waterman score: 2100; 55.8% identity (76.1% similar) in 586 aa overlap (20-595:8-570)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSANNSPPSAQKSVLPTAIPAVLPAA-SPCSSPKTGLSARLSNGSFSAPSLTNSRGSVHT
:: ::.. .: : : : . .:.. :.. . ::
CCDS12 MATAPSYPAGLPGSPGPGSPPPPG-GLELQSPPPLLPQIP-APGS--G
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 VSFLLQIGLTRESVTIEAQELSLSAVKDLVCSIVYQKFPECGFFGMYDKILLFRHDMNSE
::: .::::::: : . : :. ::.:.:::: ::::::::.:.:::::::.:: .:
CCDS12 VSFHIQIGLTREFVLLPAAS-ELAHVKQLACSIVDQKFPECGFYGLYDKILLFKHDPTSA
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 NILQLITSTDEIHEGDLVEVVLSALATVEDFQIRPHTLYVHSYKAPTFCDYCGEMLWGLV
:.:::. :. .:.::::::::::: :: ::::::::.: ::::.::.:::.:::::.:::
CCDS12 NLLQLVRSSGDIQEGDLVEVVLSASATFEDFQIRPHALTVHSYRAPAFCDHCGEMLFGLV
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 RQGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNNCSGVRKRRLSNVSLPGP-----GLSVPRPLQPEYVA
::::::.::::::::::::.:::::::.::::::..:: . : : : : ..
CCDS12 RQGLKCDGCGLNYHKRCAFSIPNNCSGARKRRLSSTSLASGHSVRLGTSESLPCTAEELS
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 LPSEESHVHQEPSKR----IPSWSGRPIWMEKMVMCRVKVPHTFAVHSYTRPTICQYCKR
. : .. ::. :..:::: ..::.. .::::::: .:::::::.:: ::.
CCDS12 RSTTELLPRRPPSSSSSSSASSYTGRPIELDKMLLSKVKVPHTFLIHSYTRPTVCQACKK
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 LLKGLFRQGMQCKDCKFNCHKRCASKVPRDCLGEVTFNGEPSSLGTDTDIPMDIDNNDIN
:::::::::.::::::::::::::..:: :::::. .:: :.::. .. .
CCDS12 LLKGLFRQGLQCKDCKFNCHKRCATRVPNDCLGEALING---------DVPMEEATDFSE
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 SDSSRGLDDTEEPSPPEDKMFFLDPSDLDVERDEEAVKTISPSTSNNIPLMRVVQSIKHT
.:.: .:..:. . . . . : . ..::. . :. . :::::::::..::
CCDS12 ADKSALMDESEDSGVIPGSH---SENALHASEEEEGEGGKAQSSLGYIPLMRVVQSVRHT
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 KRKSSTMVKEGWMVHYTSRDNLRKRHYWRLDSKCLTLFQNESGSKYYKEIPLSEILRISS
::::: ..:::.:::...:.:::::::::: ::.:::::.. ..::::::::::: . :
CCDS12 TRKSSTTLREGWVVHYSNKDTLRKRHYWRLDCKCITLFQNNTTNRYYKEIPLSEILTVES
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 PRDFTNISQGSNPHCFEIITDTMVYFVGENNGDSSHNPVLAATGVGLDVAQSWEKAIRQA
..:. . :.:::::::.: . .::::: : . .: .: : ..:..:: :::::
CCDS12 AQNFSLVPPGTNPHCFEIVTANATYFVGEMPGGTPGGP----SGQGAEAARGWETAIRQA
460 470 480 490 500
540 550 560 570 580 590
pF1KE3 LMPVTPQASVCTSPGRGKDHKDLSTSISVSNCQIQENVDISTVYQIFADEVLGSGQFGIV
:::: : .. ..::.. :.. : :::::: ::::::::.:::::: ::::::::::.:
CCDS12 LMPVILQ-DAPSAPGHAP-HRQASLSISVSNSQIQENVDIATVYQIFPDEVLGSGQFGVV
510 520 530 540 550 560
600 610
pF1KE3 YGGKQLQPFAYCTHYFKNWKM
::::.
CCDS12 YGGKHRKTGRDVAVKVIDKLRFPTKQESQLRNEVAILQSLRHPGIVNLECMFETPEKVFV
570 580 590 600 610 620
>>CCDS9637.1 PRKD1 gene_id:5587|Hs109|chr14 (912 aa)
initn: 2326 init1: 818 opt: 1424 Z-score: 1401.2 bits: 269.9 E(33420): 1e-71
Smith-Waterman score: 2376; 61.1% identity (78.9% similar) in 606 aa overlap (17-595:2-602)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSANNSPPSAQKSVLPTAIPAVLPAAS--PCSSPKTGLSARLSNGSFS--APSLTNSRGS
.: :.. : . : .. .. .: : :: :: :. .
CCDS96 MSAPPVLRPPSPLLPVAAAAAAAAAALVPGSGPGPAPFLAPVAAP
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 VHTVSFLLQIGLTRESVTI---EAQELSLSAVKDLVCSIVYQKFPECGFFGMYDKILLFR
: .:: :::::.:: : . . . ::. :....:::: ::::::::.::::::::::
CCDS96 VGGISFHLQIGLSREPVLLLQDSSGDYSLAHVREMACSIVDQKFPECGFYGMYDKILLFR
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 HDMNSENILQLITSTDEIHEGDLVEVVLSALATVEDFQIRPHTLYVHSYKAPTFCDYCGE
:: .:::::::. ....:.::::.:::::: :: ::::::::.:.::::.::.:::.:::
CCDS96 HDPTSENILQLVKAASDIQEGDLIEVVLSASATFEDFQIRPHALFVHSYRAPAFCDHCGE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE3 MLWGLVRQGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNNCSGVRKRRLSNVSLPGPG--------LSVP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: : . ::.
CCDS96 MLWGLVRQGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNNCSGVRRRRLSNVSLTGVSTIRTSSAELSTS
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 RPLQPEYVALPSEESHVHQEPSKRIPSWSGRPIWMEKMVMCRVKVPHTFAVHSYTRPTIC
: .: ::: : . .: . :. :::: ..:..: .:::::::..:::::::.:
CCDS96 APDEPLLQKSPSE-SFIGREKRSNSQSYIGRPIHLDKILMSKVKVPHTFVIHSYTRPTVC
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 QYCKRLLKGLFRQGMQCKDCKFNCHKRCASKVPRDCLGEVTFNGEPSSLGTDTDIPMDID
::::.:::::::::.:::::.:::::::: ::: .::::::.::. : :...:. :.
CCDS96 QYCKKLLKGLFRQGLQCKDCRFNCHKRCAPKVPNNCLGEVTINGDLLSPGAESDVVMEEG
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE3 NNDINSDSSRGL-DDTEEPSPPEDKMFFL----DPSDL-DVERD-EEAVKTISPSTSNNI
..: .:. . :: :: :: . .: . : ... : . : :.: .::::::::::
CCDS96 SDDNDSERNSGLMDDMEEAMVQDAEMAMAECQNDSGEMQDPDPDHEDANRTISPSTSNNI
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 PLMRVVQSIKHTKRKSSTMVKEGWMVHYTSRDNLRKRHYWRLDSKCLTLFQNESGSKYYK
::::::::.:::::::::..::::::::::.:.:::::::::::::.:::::..::.:::
CCDS96 PLMRVVQSVKHTKRKSSTVMKEGWMVHYTSKDTLRKRHYWRLDSKCITLFQNDTGSRYYK
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KE3 EIPLSEILRISSPRDFTNISQGSNPHCFEIITDTMVYFVGEN----NGDSSHNPVLAATG
:::::::: . . . : .:.::::::: : ..::.:::: .. : .: ::. .:
CCDS96 EIPLSEILSLEPVKTSALIPNGANPHCFEITTANVVYYVGENVVNPSSPSPNNSVLT-SG
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 VGLDVAQSWEKAIRQALMPVTPQASVCTSPGRGKD-HKDLSTSISVSNCQIQENVDISTV
:: :::. :: ::..::::: :..: : : : . :.:.:.::::::::::::::::::
CCDS96 VGADVARMWEIAIQHALMPVIPKGS---SVGTGTNLHRDISVSISVSNCQIQENVDISTV
530 540 550 560 570 580
580 590 600 610
pF1KE3 YQIFADEVLGSGQFGIVYGGKQLQPFAYCTHYFKNWKM
:::: ::::::::::::::::.
CCDS96 YQIFPDEVLGSGQFGIVYGGKHRKTGRDVAIKIIDKLRFPTKQESQLRNEVAILQNLHHP
590 600 610 620 630 640
>>CCDS59401.1 PRKD2 gene_id:25865|Hs109|chr19 (721 aa)
initn: 1526 init1: 521 opt: 1112 Z-score: 1095.7 bits: 213.1 E(33420): 1.1e-54
Smith-Waterman score: 1559; 54.8% identity (75.9% similar) in 431 aa overlap (174-595:1-413)
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 LATVEDFQIRPHTLYVHSYKAPTFCDYCGEMLWGLVRQGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNN
::.:::::::::.::::::::::::.::::
CCDS59 MLFGLVRQGLKCDGCGLNYHKRCAFSIPNN
10 20 30
210 220 230 240 250
pF1KE3 CSGVRKRRLSNVSLPGP-----GLSVPRPLQPEYVALPSEESHVHQEPSKR----IPSWS
:::.::::::..:: . : : : : .. . : .. ::. :..
CCDS59 CSGARKRRLSSTSLASGHSVRLGTSESLPCTAEELSRSTTELLPRRPPSSSSSSSASSYT
40 50 60 70 80 90
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 GRPIWMEKMVMCRVKVPHTFAVHSYTRPTICQYCKRLLKGLFRQGMQCKDCKFNCHKRCA
:::: ..::.. .::::::: .:::::::.:: ::.:::::::::.::::::::::::::
CCDS59 GRPIELDKMLLSKVKVPHTFLIHSYTRPTVCQACKKLLKGLFRQGLQCKDCKFNCHKRCA
100 110 120 130 140 150
320 330 340 350 360 370
pF1KE3 SKVPRDCLGEVTFNGEPSSLGTDTDIPMDIDNNDINSDSSRGLDDTEEPSPPEDKMFFLD
..:: :::::. .:: :.::. .. ..:.: .:..:. . . .
CCDS59 TRVPNDCLGEALING---------DVPMEEATDFSEADKSALMDESEDSGVIPGSH---S
160 170 180 190
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 PSDLDVERDEEAVKTISPSTSNNIPLMRVVQSIKHTKRKSSTMVKEGWMVHYTSRDNLRK
. : . ..::. . :. . :::::::::..:: ::::: ..:::.:::...:.:::
CCDS59 ENALHASEEEEGEGGKAQSSLGYIPLMRVVQSVRHTTRKSSTTLREGWVVHYSNKDTLRK
200 210 220 230 240 250
440 450 460 470 480 490
pF1KE3 RHYWRLDSKCLTLFQNESGSKYYKEIPLSEILRISSPRDFTNISQGSNPHCFEIITDTMV
::::::: ::.:::::.. ..::::::::::: . : ..:. . :.:::::::.: . .
CCDS59 RHYWRLDCKCITLFQNNTTNRYYKEIPLSEILTVESAQNFSLVPPGTNPHCFEIVTANAT
260 270 280 290 300 310
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 YFVGENNGDSSHNPVLAATGVGLDVAQSWEKAIRQALMPVTPQASVCTSPGRGKDHKDLS
::::: : . .: .: : ..:..:: ::::::::: : .. ..::.. :.. :
CCDS59 YFVGEMPGGTPGGP----SGQGAEAARGWETAIRQALMPVILQ-DAPSAPGHAP-HRQAS
320 330 340 350 360 370
560 570 580 590 600 610
pF1KE3 TSISVSNCQIQENVDISTVYQIFADEVLGSGQFGIVYGGKQLQPFAYCTHYFKNWKM
:::::: ::::::::.:::::: ::::::::::.:::::.
CCDS59 LSISVSNSQIQENVDIATVYQIFPDEVLGSGQFGVVYGGKHRKTGRDVAVKVIDKLRFPT
380 390 400 410 420 430
CCDS59 KQESQLRNEVAILQSLRHPGIVNLECMFETPEKVFVVMEKLHGDMLEMILSSEKGRLPER
440 450 460 470 480 490
>>CCDS81796.1 PRKD1 gene_id:5587|Hs109|chr14 (920 aa)
initn: 2326 init1: 818 opt: 890 Z-score: 875.5 bits: 172.7 E(33420): 2e-42
Smith-Waterman score: 2361; 59.9% identity (77.7% similar) in 613 aa overlap (17-595:2-610)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSANNSPPSAQKSVLPTAIPAVLPAAS--PCSSPKTGLSARLSNGSFS--APSLTNSRGS
.: :.. : . : .. .. .: : :: :: :. .
CCDS81 MSAPPVLRPPSPLLPVAAAAAAAAAALVPGSGPGPAPFLAPVAAP
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 VHTVSFLLQIGLTRESVTI---EAQELSLSAVKDLVCSIVYQKFPECGFFGMYDKILLFR
: .:: :::::.:: : . . . ::. :....:::: ::::::::.::::::::::
CCDS81 VGGISFHLQIGLSREPVLLLQDSSGDYSLAHVREMACSIVDQKFPECGFYGMYDKILLFR
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 HDMNSENILQLITSTDEIHEGDLVEVVLSALATVEDFQIRPHTLYVHSYKAPTFCDYCGE
:: .:::::::. ....:.::::.:::::: :: ::::::::.:.::::.::.:::.:::
CCDS81 HDPTSENILQLVKAASDIQEGDLIEVVLSASATFEDFQIRPHALFVHSYRAPAFCDHCGE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210
pF1KE3 MLWGLVRQGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNNCSGVRKRRLSNVSLPG--------------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: :
CCDS81 MLWGLVRQGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNNCSGVRRRRLSNVSLTGVSTIRTSSAELSTS
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 -PGLSVPRPLQPEYVALPSEESHVHQEPSKRIPSWSGRPIWMEKMVMCRVKVPHTFAVHS
: . :..: . :: . .: . :. :::: ..:..: .:::::::..::
CCDS81 APDEPLLSPVSPGFEQKSPSESFIGREKRSNSQSYIGRPIHLDKILMSKVKVPHTFVIHS
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 YTRPTICQYCKRLLKGLFRQGMQCKDCKFNCHKRCASKVPRDCLGEVTFNGEPSSLGTDT
:::::.:::::.:::::::::.:::::.:::::::: ::: .::::::.::. : :...
CCDS81 YTRPTVCQYCKKLLKGLFRQGLQCKDCRFNCHKRCAPKVPNNCLGEVTINGDLLSPGAES
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 DIPMDIDNNDINSDSSRGL-DDTEEPSPPEDKMFFL----DPSDL-DVERD-EEAVKTIS
:. :. ..: .:. . :: :: :: . .: . : ... : . : :.: .:::
CCDS81 DVVMEEGSDDNDSERNSGLMDDMEEAMVQDAEMAMAECQNDSGEMQDPDPDHEDANRTIS
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 PSTSNNIPLMRVVQSIKHTKRKSSTMVKEGWMVHYTSRDNLRKRHYWRLDSKCLTLFQNE
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