FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3876, 611 aa 1>>>pF1KE3876 611 - 611 aa - 611 aa Library: human.CCDS.faa 18921897 residues in 33420 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0049+/-0.000804; mu= 11.7282+/- 0.049 mean_var=103.2305+/-21.167, 0's: 0 Z-trim(110.4): 94 B-trim: 41 in 1/52 Lambda= 0.126232 statistics sampled from 11626 (11731) to 11626 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.351), width: 16 Scan time: 1.690 The best scores are: opt bits E(33420) CCDS1789.1 PRKD3 gene_id:23683|Hs109|chr2 ( 890) 4037 745.8 5.7e-215 CCDS12689.1 PRKD2 gene_id:25865|Hs109|chr19 ( 878) 1455 275.6 2e-73 CCDS9637.1 PRKD1 gene_id:5587|Hs109|chr14 ( 912) 1424 269.9 1e-71 CCDS59401.1 PRKD2 gene_id:25865|Hs109|chr19 ( 721) 1112 213.1 1.1e-54 CCDS81796.1 PRKD1 gene_id:5587|Hs109|chr14 ( 920) 890 172.7 2e-42 >>CCDS1789.1 PRKD3 gene_id:23683|Hs109|chr2 (890 aa) initn: 4314 init1: 4037 opt: 4037 Z-score: 3973.1 bits: 745.8 E(33420): 5.7e-215 Smith-Waterman score: 4037; 99.5% identity (100.0% similar) in 595 aa overlap (1-595:1-595) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSANNSPPSAQKSVLPTAIPAVLPAASPCSSPKTGLSARLSNGSFSAPSLTNSRGSVHTV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS17 MSANNSPPSAQKSVLPTAIPAVLPAASPCSSPKTGLSARLSNGSFSAPSLTNSRGSVHTV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 SFLLQIGLTRESVTIEAQELSLSAVKDLVCSIVYQKFPECGFFGMYDKILLFRHDMNSEN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS17 SFLLQIGLTRESVTIEAQELSLSAVKDLVCSIVYQKFPECGFFGMYDKILLFRHDMNSEN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 ILQLITSTDEIHEGDLVEVVLSALATVEDFQIRPHTLYVHSYKAPTFCDYCGEMLWGLVR :::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS17 ILQLITSADEIHEGDLVEVVLSALATVEDFQIRPHTLYVHSYKAPTFCDYCGEMLWGLVR 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 QGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNNCSGVRKRRLSNVSLPGPGLSVPRPLQPEYVALPSEES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS17 QGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNNCSGVRKRRLSNVSLPGPGLSVPRPLQPEYVALPSEES 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 HVHQEPSKRIPSWSGRPIWMEKMVMCRVKVPHTFAVHSYTRPTICQYCKRLLKGLFRQGM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS17 HVHQEPSKRIPSWSGRPIWMEKMVMCRVKVPHTFAVHSYTRPTICQYCKRLLKGLFRQGM 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 QCKDCKFNCHKRCASKVPRDCLGEVTFNGEPSSLGTDTDIPMDIDNNDINSDSSRGLDDT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS17 QCKDCKFNCHKRCASKVPRDCLGEVTFNGEPSSLGTDTDIPMDIDNNDINSDSSRGLDDT 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 EEPSPPEDKMFFLDPSDLDVERDEEAVKTISPSTSNNIPLMRVVQSIKHTKRKSSTMVKE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS17 EEPSPPEDKMFFLDPSDLDVERDEEAVKTISPSTSNNIPLMRVVQSIKHTKRKSSTMVKE 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 GWMVHYTSRDNLRKRHYWRLDSKCLTLFQNESGSKYYKEIPLSEILRISSPRDFTNISQG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS17 GWMVHYTSRDNLRKRHYWRLDSKCLTLFQNESGSKYYKEIPLSEILRISSPRDFTNISQG 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 SNPHCFEIITDTMVYFVGENNGDSSHNPVLAATGVGLDVAQSWEKAIRQALMPVTPQASV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS17 SNPHCFEIITDTMVYFVGENNGDSSHNPVLAATGVGLDVAQSWEKAIRQALMPVTPQASV 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE3 CTSPGRGKDHKDLSTSISVSNCQIQENVDISTVYQIFADEVLGSGQFGIVYGGKQLQPFA :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. 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CCDS96 YQIFPDEVLGSGQFGIVYGGKHRKTGRDVAIKIIDKLRFPTKQESQLRNEVAILQNLHHP 590 600 610 620 630 640 >>CCDS59401.1 PRKD2 gene_id:25865|Hs109|chr19 (721 aa) initn: 1526 init1: 521 opt: 1112 Z-score: 1095.7 bits: 213.1 E(33420): 1.1e-54 Smith-Waterman score: 1559; 54.8% identity (75.9% similar) in 431 aa overlap (174-595:1-413) 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 LATVEDFQIRPHTLYVHSYKAPTFCDYCGEMLWGLVRQGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNN ::.:::::::::.::::::::::::.:::: CCDS59 MLFGLVRQGLKCDGCGLNYHKRCAFSIPNN 10 20 30 210 220 230 240 250 pF1KE3 CSGVRKRRLSNVSLPGP-----GLSVPRPLQPEYVALPSEESHVHQEPSKR----IPSWS :::.::::::..:: . : : : : .. . : .. ::. :.. CCDS59 CSGARKRRLSSTSLASGHSVRLGTSESLPCTAEELSRSTTELLPRRPPSSSSSSSASSYT 40 50 60 70 80 90 260 270 280 290 300 310 pF1KE3 GRPIWMEKMVMCRVKVPHTFAVHSYTRPTICQYCKRLLKGLFRQGMQCKDCKFNCHKRCA :::: ..::.. .::::::: .:::::::.:: ::.:::::::::.:::::::::::::: CCDS59 GRPIELDKMLLSKVKVPHTFLIHSYTRPTVCQACKKLLKGLFRQGLQCKDCKFNCHKRCA 100 110 120 130 140 150 320 330 340 350 360 370 pF1KE3 SKVPRDCLGEVTFNGEPSSLGTDTDIPMDIDNNDINSDSSRGLDDTEEPSPPEDKMFFLD ..:: :::::. .:: :.::. .. ..:.: .:..:. . . . CCDS59 TRVPNDCLGEALING---------DVPMEEATDFSEADKSALMDESEDSGVIPGSH---S 160 170 180 190 380 390 400 410 420 430 pF1KE3 PSDLDVERDEEAVKTISPSTSNNIPLMRVVQSIKHTKRKSSTMVKEGWMVHYTSRDNLRK . : . ..::. . :. . :::::::::..:: ::::: ..:::.:::...:.::: CCDS59 ENALHASEEEEGEGGKAQSSLGYIPLMRVVQSVRHTTRKSSTTLREGWVVHYSNKDTLRK 200 210 220 230 240 250 440 450 460 470 480 490 pF1KE3 RHYWRLDSKCLTLFQNESGSKYYKEIPLSEILRISSPRDFTNISQGSNPHCFEIITDTMV ::::::: ::.:::::.. ..::::::::::: . : ..:. . :.:::::::.: . . CCDS59 RHYWRLDCKCITLFQNNTTNRYYKEIPLSEILTVESAQNFSLVPPGTNPHCFEIVTANAT 260 270 280 290 300 310 500 510 520 530 540 550 pF1KE3 YFVGENNGDSSHNPVLAATGVGLDVAQSWEKAIRQALMPVTPQASVCTSPGRGKDHKDLS ::::: : . .: .: : ..:..:: ::::::::: : .. ..::.. :.. : CCDS59 YFVGEMPGGTPGGP----SGQGAEAARGWETAIRQALMPVILQ-DAPSAPGHAP-HRQAS 320 330 340 350 360 370 560 570 580 590 600 610 pF1KE3 TSISVSNCQIQENVDISTVYQIFADEVLGSGQFGIVYGGKQLQPFAYCTHYFKNWKM :::::: ::::::::.:::::: ::::::::::.:::::. CCDS59 LSISVSNSQIQENVDIATVYQIFPDEVLGSGQFGVVYGGKHRKTGRDVAVKVIDKLRFPT 380 390 400 410 420 430 CCDS59 KQESQLRNEVAILQSLRHPGIVNLECMFETPEKVFVVMEKLHGDMLEMILSSEKGRLPER 440 450 460 470 480 490 >>CCDS81796.1 PRKD1 gene_id:5587|Hs109|chr14 (920 aa) initn: 2326 init1: 818 opt: 890 Z-score: 875.5 bits: 172.7 E(33420): 2e-42 Smith-Waterman score: 2361; 59.9% identity (77.7% similar) in 613 aa overlap (17-595:2-610) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MSANNSPPSAQKSVLPTAIPAVLPAAS--PCSSPKTGLSARLSNGSFS--APSLTNSRGS .: :.. : . : .. .. .: : :: :: :. . CCDS81 MSAPPVLRPPSPLLPVAAAAAAAAAALVPGSGPGPAPFLAPVAAP 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 VHTVSFLLQIGLTRESVTI---EAQELSLSAVKDLVCSIVYQKFPECGFFGMYDKILLFR : .:: :::::.:: : . . . ::. :....:::: ::::::::.:::::::::: CCDS81 VGGISFHLQIGLSREPVLLLQDSSGDYSLAHVREMACSIVDQKFPECGFYGMYDKILLFR 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 HDMNSENILQLITSTDEIHEGDLVEVVLSALATVEDFQIRPHTLYVHSYKAPTFCDYCGE :: .:::::::. ....:.::::.:::::: :: ::::::::.:.::::.::.:::.::: CCDS81 HDPTSENILQLVKAASDIQEGDLIEVVLSASATFEDFQIRPHALFVHSYRAPAFCDHCGE 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 pF1KE3 MLWGLVRQGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNNCSGVRKRRLSNVSLPG-------------- :::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: : CCDS81 MLWGLVRQGLKCEGCGLNYHKRCAFKIPNNCSGVRRRRLSNVSLTGVSTIRTSSAELSTS 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 -PGLSVPRPLQPEYVALPSEESHVHQEPSKRIPSWSGRPIWMEKMVMCRVKVPHTFAVHS : . :..: . :: . .: . :. :::: ..:..: .:::::::..:: CCDS81 APDEPLLSPVSPGFEQKSPSESFIGREKRSNSQSYIGRPIHLDKILMSKVKVPHTFVIHS 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 YTRPTICQYCKRLLKGLFRQGMQCKDCKFNCHKRCASKVPRDCLGEVTFNGEPSSLGTDT :::::.:::::.:::::::::.:::::.:::::::: ::: .::::::.::. : :... 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