Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3810
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3810, 407 aa
1>>>pF1KE3810 407 - 407 aa - 407 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4067+/-0.000919; mu= 16.8044+/- 0.055
mean_var=65.6845+/-13.170, 0's: 0 Z-trim(105.5): 16 B-trim: 293 in 1/49
Lambda= 0.158250
statistics sampled from 8462 (8473) to 8462 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.637), E-opt: 0.2 (0.26), width: 16
Scan time: 2.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11559.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 407) 2723 630.5 8.3e-181
CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 343) 2292 532.1 3e-151
CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 436) 1959 456.1 2.8e-128
CCDS14212.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 406) 1876 437.2 1.4e-122
CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 415) 1876 437.2 1.4e-122
CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 ( 411) 1850 431.2 8.4e-121
CCDS63059.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 456) 1487 348.4 8.1e-96
CCDS10705.1 BCKDK gene_id:10295|Hs108|chr16 ( 412) 288 74.6 1.9e-13
CCDS45467.1 BCKDK gene_id:10295|Hs108|chr16 ( 365) 258 67.7 2e-11
>>CCDS11559.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 (407 aa)
initn: 2723 init1: 2723 opt: 2723 Z-score: 3359.5 bits: 630.5 E(32554): 8.3e-181
Smith-Waterman score: 2723; 100.0% identity (100.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-407)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRWVWALLKNASLAGAPKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFGSSNACEKTSFTFLRQELPVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MRWVWALLKNASLAGAPKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFGSSNACEKTSFTFLRQELPVR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 LANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDIMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALVTIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDIMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALVTIR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 NRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYFLDRFYLSRISIRMLINQHTLIFDGST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYFLDRFYLSRISIRMLINQHTLIFDGST
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDKYYMASPDLEIQEINAANSKQPIHMVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDKYYMASPDLEIQEINAANSKQPIHMVY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 VPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHESSLILPPIKVMVALGEEDLSIKMSDRGGGVPLRKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHESSLILPPIKVMVALGEEDLSIKMSDRGGGVPLRKI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 ERLFSYMYSTAPTPQPGTGGTPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLQLFSMEGFGTDAVIYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ERLFSYMYSTAPTPQPGTGGTPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLQLFSMEGFGTDAVIYL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE3 KALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVPSTEPKNTSTYRVS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVPSTEPKNTSTYRVS
370 380 390 400
>>CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 (343 aa)
initn: 2292 init1: 2292 opt: 2292 Z-score: 2828.8 bits: 532.1 E(32554): 3e-151
Smith-Waterman score: 2292; 100.0% identity (100.0% similar) in 343 aa overlap (65-407:1-343)
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 QFLDFGSSNACEKTSFTFLRQELPVRLANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLD
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLD
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 IMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALVTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALVTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYF
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 LDRFYLSRISIRMLINQHTLIFDGSTNPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LDRFYLSRISIRMLINQHTLIFDGSTNPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDK
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 YYMASPDLEIQEINAANSKQPIHMVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHESSLILPPIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 YYMASPDLEIQEINAANSKQPIHMVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHESSLILPPIK
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 VMVALGEEDLSIKMSDRGGGVPLRKIERLFSYMYSTAPTPQPGTGGTPLAGFGYGLPISR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VMVALGEEDLSIKMSDRGGGVPLRKIERLFSYMYSTAPTPQPGTGGTPLAGFGYGLPISR
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 LYAKYFQGDLQLFSMEGFGTDAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LYAKYFQGDLQLFSMEGFGTDAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVP
280 290 300 310 320 330
400
pF1KE3 STEPKNTSTYRVS
:::::::::::::
CCDS56 STEPKNTSTYRVS
340
>>CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 (436 aa)
initn: 1964 init1: 840 opt: 1959 Z-score: 2416.4 bits: 456.1 E(32554): 2.8e-128
Smith-Waterman score: 1959; 69.6% identity (89.2% similar) in 398 aa overlap (11-405:37-434)
10 20 30 40
pF1KE3 MRWVWALLKNASLAGAPKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFG
:: :.: .. ...:::::::::::::::
CCDS22 LRGAALAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMKQFLDFG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 SSNACEKTSFTFLRQELPVRLANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDIMEFLD
: :::::::: :::::::::::::::::.:::: .: :::::::::::.::: ....: :
CCDS22 SVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQELLDFKD
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 KDPEDHRTLSQFTDALVTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYFLDRFYL
:. :: ... .:::... ::::::::.:::::::.:::...: :::..::.::::::::.
CCDS22 KSAEDAKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYM
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KE3 SRISIRMLINQHTLIFDGST--NPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDKYYMA
::::::::.:::.:.: :. .:.: ::::::.::::: ::.::.:. :. ::: ::.
CCDS22 SRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLCDLYYIN
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 SPDLEIQEINAANSKQPIHMVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHESSLILPPIKVMVA
::.::..:.:: . :::..::::::::::.:::::::::::.: : . . :::.: :.
CCDS22 SPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGVYPPIQVHVT
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 LGEEDLSIKMSDRGGGVPLRKIERLFSYMYSTAPTPQPGTG-GTPLAGFGYGLPISRLYA
::.:::..::::::::::::::.:::.::::::: :. :. ..::::::::::::::::
CCDS22 LGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYA
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 KYFQGDLQLFSMEGFGTDAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVPSTE
.::::::.:.:.::.:::::::.:::::::.::::::::.::.::.: .:: :::::: :
CCDS22 QYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSRE
370 380 390 400 410 420
400
pF1KE3 PKNTSTYRVS
::. .:.:
CCDS22 PKDMTTFRSA
430
>>CCDS14212.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX (406 aa)
initn: 1852 init1: 1217 opt: 1876 Z-score: 2314.4 bits: 437.2 E(32554): 1.4e-122
Smith-Waterman score: 1876; 67.1% identity (87.5% similar) in 407 aa overlap (2-405:5-403)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MRWVWALLKNASLAGAPKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFGSSNACEKTSFTFLRQEL
:: :::. .:: ::..:.:::::::.::::::: .:::::::. :::.::
CCDS14 MRLFRW---LLKQP----VPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKEL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PVRLANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDIMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALV
:::::: :.:.::::: .:. ::: ::::::.::.:...:. .:.::: ..:..: ..:.
CCDS14 PVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 TIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYFLDRFYLSRISIRMLINQHTLIFD
.:::::::::::::::.:::. .: :: . :::::::::: .:::.:::::::::.:
CCDS14 KVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 GSTNPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDKYYMASPDLEIQEINAANSKQPIH
:.:::.::::::::::.:::..::::::. ::.::..::...:.::..:.:: .::.
CCDS14 GDTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 MVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHES-SLILPPIKVMVALGEEDLSIKMSDRGGGVP
.:::::::.:::::::::.:::::: .:. . : .:..:.::.::::::.:: :::::
CCDS14 VVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 LRKIERLFSYMYSTAPTP--QPGTGGTPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLQLFSMEGFGT
::::.:::.::::::: : .: : ..::::::::::::::::.::::::.:.:::: ::
CCDS14 LRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEP-TRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE3 DAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVPSTEPKNTSTYRVS
::::::::::..: :::::.::::::::.: :: :: ::.::...: :.
CCDS14 DAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQ
360 370 380 390 400
>>CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX (415 aa)
initn: 1852 init1: 1217 opt: 1876 Z-score: 2314.3 bits: 437.2 E(32554): 1.4e-122
Smith-Waterman score: 1876; 67.1% identity (87.5% similar) in 407 aa overlap (2-405:5-403)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MRWVWALLKNASLAGAPKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFGSSNACEKTSFTFLRQEL
:: :::. .:: ::..:.:::::::.::::::: .:::::::. :::.::
CCDS48 MRLFRW---LLKQP----VPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKEL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PVRLANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDIMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALV
:::::: :.:.::::: .:. ::: ::::::.::.:...:. .:.::: ..:..: ..:.
CCDS48 PVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 TIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYFLDRFYLSRISIRMLINQHTLIFD
.:::::::::::::::.:::. .: :: . :::::::::: .:::.:::::::::.:
CCDS48 KVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 GSTNPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDKYYMASPDLEIQEINAANSKQPIH
:.:::.::::::::::.:::..::::::. ::.::..::...:.::..:.:: .::.
CCDS48 GDTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 MVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHES-SLILPPIKVMVALGEEDLSIKMSDRGGGVP
.:::::::.:::::::::.:::::: .:. . : .:..:.::.::::::.:: :::::
CCDS48 VVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 LRKIERLFSYMYSTAPTP--QPGTGGTPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLQLFSMEGFGT
::::.:::.::::::: : .: : ..::::::::::::::::.::::::.:.:::: ::
CCDS48 LRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEP-TRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE3 DAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVPSTEPKNTSTYRVS
::::::::::..: :::::.::::::::.: :: :: ::.::...: :.
CCDS48 DAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQDKIKTN
360 370 380 390 400 410
CCDS48 RTF
>>CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 (411 aa)
initn: 1109 init1: 1109 opt: 1850 Z-score: 2282.3 bits: 431.2 E(32554): 8.4e-121
Smith-Waterman score: 1850; 65.2% identity (89.1% similar) in 405 aa overlap (1-400:1-404)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MRWVWALLKNA-SLAGA---PKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFGSSNACEKTSFTFLRQE
:. . .:..: :: :: :. .::::..:::::::::.::::: ::::.:::.:::::
CCDS56 MKAARFVLRSAGSLNGAGLVPREVEHFSRYSPSPLSMKQLLDFGSENACERTSFAFLRQE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 LPVRLANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDIMEFLDKDPEDHRTLSQFTDAL
::::::::.:::..:: ....: :::::.:::.:::.:..:: .:.:.:...::.:.:.:
CCDS56 LPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLMDLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYFLDRFYLSRISIRMLINQHTLIF
. .::::..::::::::..::::. :::.:::.::::::::..::: :::.::: :::
CCDS56 IKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQYFLDRFYMNRISTRMLMNQHILIF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 DGSTNPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDKYYMASPDLEIQEINAANSKQPI
. : . ..:.:::::::::.: ::.::.. ...:::.::..::.:.. ..:. :::
CCDS56 SDSQT-GNPSHIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRMLCDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPI
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 HMVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHESSLILPPIKVMVALGEEDLSIKMSDRGGGVP
:.:::::::.:::::::::::::::: .:.. : ::.:.:.::.:::.::.::::::::
CCDS56 HIVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLTPIEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGVP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 LRKIERLFSYMYSTAPTP-QPGTGGTPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLQLFSMEGFGTD
:: :.::::: ::::::: . .. ..:::::::::::::::::::::::.:.:. :.:::
CCDS56 LRIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGTD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE3 AVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVPSTEPKNTSTYRVS
:.:::::::..:.:.:::.::::..::: .:: :::.:: ::::
CCDS56 AIIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADDWCIPSREPKNLAKEVAM
360 370 380 390 400 410
>>CCDS63059.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 (456 aa)
initn: 1952 init1: 642 opt: 1487 Z-score: 1833.7 bits: 348.4 E(32554): 8.1e-96
Smith-Waterman score: 1912; 67.0% identity (84.9% similar) in 418 aa overlap (11-405:37-454)
10 20 30 40
pF1KE3 MRWVWALLKNASLAGAPKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFG
:: :.: .. ...:::::::::::::::
CCDS63 LRGAALAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMKQFLDFG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 SSNACEKTSFTFLRQELPVRLANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDIMEFLD
: :::::::: :::::::::::::::::.:::: .: :::::::::::.::: ....: :
CCDS63 SVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQELLDFKD
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140
pF1KE3 KDPED--------HRTLSQ------------FTDALVTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDT
:. :: .:: : :::... ::::::::.:::::::.:::..
CCDS63 KSAEDAKAIYERPRRTWLQVSSLCCMACKMIFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKES
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190
pF1KE3 YGDDPVSNQNIQYFLDRFYLSRISIRMLINQHTLIFDGST--NPAHPKHIGSIDPNCNVS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]