Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3769
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3769, 916 aa
1>>>pF1KE3769 916 - 916 aa - 916 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6014+/-0.000388; mu= 14.9422+/- 0.024
mean_var=113.1373+/-22.825, 0's: 0 Z-trim(115.3): 227 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.120579
statistics sampled from 25429 (25658) to 25429 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.662), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16
Scan time: 12.430
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_955475 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-termin ( 916) 6276 1103.6 0
NP_003354 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-termin ( 963) 4664 823.2 0
NP_004642 (OMIM: 300050) ubiquitin carboxyl-termin ( 963) 2651 473.0 3.1e-132
XP_005272731 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin c ( 690) 2280 408.4 6.4e-113
XP_011542290 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin c ( 690) 2280 408.4 6.4e-113
XP_006719781 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 775) 1639 296.9 2.6e-79
XP_016875774 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 1639 296.9 2.8e-79
XP_016875773 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 1639 296.9 2.8e-79
NP_006304 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-termin ( 952) 1639 296.9 3e-79
NP_001239007 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-ter ( 981) 1639 297.0 3.1e-79
NP_001238806 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-ter ( 313) 1622 293.7 9.7e-79
XP_005269318 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 648) 1333 243.6 2.4e-63
NP_001239008 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-ter ( 235) 1134 208.7 2.8e-53
XP_016880723 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1288) 961 179.1 1.2e-43
XP_011523681 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1327) 961 179.1 1.3e-43
XP_011523680 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1572) 961 179.1 1.4e-43
XP_011523677 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1608) 961 179.2 1.5e-43
XP_011523676 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1615) 961 179.2 1.5e-43
XP_011523675 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1618) 961 179.2 1.5e-43
XP_011523673 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1634) 961 179.2 1.5e-43
XP_016880722 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1558) 960 179.0 1.6e-43
XP_011523678 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1601) 960 179.0 1.7e-43
NP_115971 (OMIM: 607740) ubiquitin carboxyl-termin (1604) 960 179.0 1.7e-43
XP_011523674 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1620) 960 179.0 1.7e-43
XP_016861124 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c ( 871) 947 176.5 4.9e-43
XP_005264888 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1268) 947 176.6 6.6e-43
XP_016861123 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1270) 947 176.6 6.6e-43
XP_016861122 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1281) 947 176.7 6.7e-43
XP_016861121 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283) 947 176.7 6.7e-43
XP_016861120 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283) 947 176.7 6.7e-43
XP_016861119 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1285) 947 176.7 6.7e-43
XP_016861118 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1303) 947 176.7 6.7e-43
XP_016861117 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1305) 947 176.7 6.8e-43
XP_016861116 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1307) 947 176.7 6.8e-43
NP_006668 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-termin (1318) 947 176.7 6.8e-43
XP_016861115 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1318) 947 176.7 6.8e-43
XP_016861114 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1320) 947 176.7 6.8e-43
XP_005264887 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1322) 947 176.7 6.8e-43
XP_016861113 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1332) 947 176.7 6.9e-43
XP_006713015 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1367) 947 176.7 7e-43
XP_006713014 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1368) 947 176.7 7e-43
XP_016861112 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369) 947 176.7 7e-43
XP_006713013 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369) 947 176.7 7e-43
XP_016861110 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371) 947 176.7 7e-43
XP_016861111 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371) 947 176.7 7e-43
NP_001186091 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1372) 947 176.7 7e-43
XP_006713012 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1373) 947 176.7 7e-43
XP_016861109 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1381) 947 176.7 7.1e-43
XP_006713011 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1382) 947 176.7 7.1e-43
XP_016861108 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1383) 947 176.7 7.1e-43
>>NP_955475 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-terminal h (916 aa)
initn: 6276 init1: 6276 opt: 6276 Z-score: 5903.4 bits: 1103.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6276; 100.0% identity (100.0% similar) in 916 aa overlap (1-916:1-916)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPRQTLQSNGSGFSASY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPRQTLQSNGSGFSASY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 NCQEPPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEINRDNPLGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 NCQEPPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEINRDNPLGM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 KGEIAEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLAFLLDGLHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 KGEIAEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLAFLLDGLHE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 DLNRVKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPECAKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 DLNRVKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPECAKV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 SVTFDPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDLCEALSRLSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 SVTFDPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDLCEALSRLSG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 IAAENMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCSTSVDGSECVTLPVYFRER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 IAAENMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCSTSVDGSECVTLPVYFRER
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 KSRPSSTSSASALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 KSRPSSTSSASALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 ACNGSRNSCEGEDEEEMEHQEEGKEQLSETEGSGEDEPGNDPSETTQKKIKGQPCPKRLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 ACNGSRNSCEGEDEEEMEHQEEGKEQLSETEGSGEDEPGNDPSETTQKKIKGQPCPKRLF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 TFSLVNSYGTADINSLAADGKLLKLNSRSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYEKHVSMLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 TFSLVNSYGTADINSLAADGKLLKLNSRSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYEKHVSMLQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 PQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLGEHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKILVVHLKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 PQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLGEHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKILVVHLKR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 FSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLNMSEFVCNLSARPYVYDLIAVSNHYGAMGVGHYTAYAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 FSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLNMSEFVCNLSARPYVYDLIAVSNHYGAMGVGHYTAYAK
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 NKLNGKWYYFDDSNVSLASEDQIVTKAAYVLFYQRRDDEFYKTPSLSSSGSSDGGTRPSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_955 NKLNGKWYYFDDSNVSLASEDQIVTKAAYVLFYQRRDDEFYKTPSLSSSGSSDGGTRPSS
850 860 870 880 890 900
910
pF1KE3 SQQGFGDDEACSMDTN
::::::::::::::::
NP_955 SQQGFGDDEACSMDTN
910
>>NP_003354 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-terminal h (963 aa)
initn: 4664 init1: 4664 opt: 4664 Z-score: 4387.5 bits: 823.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6056; 94.9% identity (95.0% similar) in 948 aa overlap (16-916:16-963)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE3 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPRQTLQSN--------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_003 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPRQTLQSKSSTAPSRN
190 200 210 220 230 240
240 250
pF1KE3 ---------------------------------------GSGFSASYNCQEPPSSHIQPG
:::::::::::::::::::::
NP_003 FTTSPKSSASPYSSVSASLIANGDSTSTCGMHSSGVSRGGSGFSASYNCQEPPSSHIQPG
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 LCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEINRDNPLGMKGEIAEAYAELIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEINRDNPLGMKGEIAEAYAELIK
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KE3 QMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLAFLLDGLHEDLNRVKKKPYLEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLAFLLDGLHEDLNRVKKKPYLEL
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 KDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPECAKVSVTFDPFCYLTLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPECAKVSVTFDPFCYLTLP
430 440 450 460 470 480
440 450 460 470 480 490
pF1KE3 LPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDLCEALSRLSGIAAENMVVADVYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDLCEALSRLSGIAAENMVVADVYN
490 500 510 520 530 540
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 HRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCSTSVDGSECVTLPVYFRERKSRPSSTSSASAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCSTSVDGSECVTLPVYFRERKSRPSSTSSASAL
550 560 570 580 590 600
560 570 580 590 600 610
pF1KE3 YGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPGACNGSRNSCEGED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPGACNGSRNSCEGED
610 620 630 640 650 660
620 630 640 650 660 670
pF1KE3 EEEMEHQEEGKEQLSETEGSGEDEPGNDPSETTQKKIKGQPCPKRLFTFSLVNSYGTADI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EEEMEHQEEGKEQLSETEGSGEDEPGNDPSETTQKKIKGQPCPKRLFTFSLVNSYGTADI
670 680 690 700 710 720
680 690 700 710 720 730
pF1KE3 NSLAADGKLLKLNSRSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYEKHVSMLQPQKKKKTTVALRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NSLAADGKLLKLNSRSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYEKHVSMLQPQKKKKTTVALRD
730 740 750 760 770 780
740 750 760 770 780 790
pF1KE3 CIELFTTMETLGEHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKILVVHLKRFSYNRYWRDKLDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CIELFTTMETLGEHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKILVVHLKRFSYNRYWRDKLDT
790 800 810 820 830 840
800 810 820 830 840 850
pF1KE3 VVEFPIRGLNMSEFVCNLSARPYVYDLIAVSNHYGAMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VVEFPIRGLNMSEFVCNLSARPYVYDLIAVSNHYGAMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDS
850 860 870 880 890 900
860 870 880 890 900 910
pF1KE3 NVSLASEDQIVTKAAYVLFYQRRDDEFYKTPSLSSSGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NVSLASEDQIVTKAAYVLFYQRRDDEFYKTPSLSSSGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSM
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 DTN
:::
NP_003 DTN
>>NP_004642 (OMIM: 300050) ubiquitin carboxyl-terminal h (963 aa)
initn: 2506 init1: 1343 opt: 2651 Z-score: 2495.0 bits: 473.0 E(85289): 3.1e-132
Smith-Waterman score: 2711; 48.1% identity (72.3% similar) in 907 aa overlap (12-901:79-952)
10 20 30 40
pF1KE3 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTT-LQRGAQWYLIDSR
:.. .. : : : :. : .:.:....
NP_004 ANPAAAAAAVAAAAAVTEDREPQHEELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKH
50 60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 WFKQWKKYVGFDSWDMYNVGEHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEA
:.:::. :: . : . ::: :.:. ::.: . ::: :.. ::::.:. :
NP_004 WYKQWEAYVQGGDQD------SSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAAA
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 WNKLLNWYGCVEGQQPIVRKVVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKAD
:. :..::: .:: :: :::.: . . ::::: .:: : ...: . . .::..:
NP_004 WHYLVSWYGLEHGQPPIERKVIE---LPNIQKVEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHTD
170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 TIATIEKEMRKLFNIPAERETRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNE
.:. . . :. : . ...:::: : .. ..: :: ::.: ::....: ...
NP_004 SIGLVLRTARERFLVEPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKK
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 DGTWPRQTLQSNGSGFSASYNCQEPPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLT
::::: :. ....: .: . . :::.::: :::::::::::::::::. ::
NP_004 DGTWPSAQLHVMNNNMS-----EEDEDFKGQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLT
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 DYFLKDEYEAEINRDNPLGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFS
.:::.. : :.: ::::::::::::::.:.:: :::. ..:..::..::.:: ::
NP_004 EYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFL
340 350 360 370 380 390
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 GYQQQDSQELLAFLLDGLHEDLNRVKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVI
::::.::::::.:::::::::::::::: :.:: :: :::: ::.:::.::. ::::::
NP_004 GYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVI
400 410 420 430 440 450
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 VDTFHGLFKSTLVCPECAKVSVTFDPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRV
:::::::::::::::.:..:::::::::::..:::... ::.:::..: ::. .: :.:.
NP_004 VDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRL
460 470 480 490 500 510
470 480 490 500 510 520
pF1KE3 TVPLMGAVSDLCEALSRLSGIAAENMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEV
.:: : .:::: :::. .::. : :.::::..:::.:..:..: :. :. :::::::::
NP_004 VVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERMMVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEV
520 530 540 550 560 570
530 540 550 560 570
pF1KE3 CST--SVDGS-ECVTLPVYFRERK-SRPSSTSSAS-ALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQA
. ...:: : ...:::.::: .: ..: . :.:.:::.:::. ..: :.::..
NP_004 SGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPARDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNV
580 590 600 610 620 630
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 VCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPGACNGSRNSCEGEDEEEMEHQEEG---KEQLSETEG
. :.:::: .: :. .:... . ::.... : .. : :
NP_004 LMYRLSRYVTKPNSDDED---------DGDEKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDPEPEQAG
640 650 660 670 680
640 650 660 670 680
pF1KE3 SGEDEPGNDPSETTQKKIKGQPCPKR----LFTFSLVNSYGTADINSLAADGKLLKLNSR
. . : . .: :.: :::.. ::: ::.: .. . ....
NP_004 PSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEE-----VHAQ
690 700 710 720 730 740
690 700 710 720 730 740
pF1KE3 STLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYEKHVSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLGEHD
.:.::. : .. :::: :.:.: :: . .:: . : :..:::::::.::: ...
NP_004 PYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKK--APVRLQECIELFTTVETLEKEN
750 760 770 780 790
750 760 770 780 790 800
pF1KE3 PWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKILVVHLKRFSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLNMSEFV
:::::.::.:: ::::.::: ::.::..:::::::... :.::::.:::::: :..::::
NP_004 PWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDTLVEFPIRDLDFSEFV
800 810 820 830 840 850
810 820 830 840 850 860
pF1KE3 CNLS--ARP--YVYDLIAVSNHYGAMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDSNVSLASEDQIV
. . . : : :::::::::::.: ::::..: :: .:.:.::::..:: ..:.::
NP_004 IQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHYFDDNSVSPVNENQIE
860 870 880 890 900 910
870 880 890 900 910
pF1KE3 TKAAYVLFYQRRDDEFYKTPSLSSSGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSMDTN
.::::::::::.: :: .::: . . :. :
NP_004 SKAAYVLFYQRQD---VARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
920 930 940 950 960
>>XP_005272731 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin carbo (690 aa)
initn: 2049 init1: 1343 opt: 2280 Z-score: 2148.3 bits: 408.4 E(85289): 6.4e-113
Smith-Waterman score: 2280; 51.5% identity (74.8% similar) in 703 aa overlap (215-901:1-679)
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPRQTLQSNGSGFSASYNCQE
.: ...::::: :. ....: .:
XP_005 METRKKDGTWPSAQLHVMNNNMS-----EE
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pF1KE3 PPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEINRDNPLGMKGEI
. . :::.::: :::::::::::::::::. ::.:::.. : :.: :::::::::
XP_005 DEDFKGQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEI
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310 320 330 340 350 360
pF1KE3 AEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLAFLLDGLHEDLNR
:::::.:.:: :::. ..:..::..::.:: :: ::::.::::::.::::::::::::
XP_005 AEAYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNR
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pF1KE3 VKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPECAKVSVTF
:::: :.:: :: :::: ::.:::.::. :::::::::::::::::::::.:..:::::
XP_005 VKKKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTF
150 160 170 180 190 200
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pF1KE3 DPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDLCEALSRLSGIAAE
::::::..:::... ::.:::..: ::. .: :.:..:: : .:::: :::. .::. :
XP_005 DPFCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPE
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490 500 510 520 530 540
pF1KE3 NMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCST--SVDGS-ECVTLPVYFRERK
:.::::..:::.:..:..: :. :. ::::::::: . ...:: : ...:::.:::
XP_005 RMMVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERT
270 280 290 300 310 320
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pF1KE3 -SRPSSTSSAS-ALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEP
.: ..: . :.:.:::.:::. ..: :.::... :.:::: .: :.
XP_005 PARDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDED------
330 340 350 360 370
600 610 620 630 640 650
pF1KE3 GACNGSRNSCEGEDEEEMEHQEEG---KEQLSETEGSGEDEPGNDPSETTQKKIKGQPCP
.:... . ::.... : .. : : . . : . .: :
XP_005 ---DGDEKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPP
380 390 400 410 420 430
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pF1KE3 KR----LFTFSLVNSYGTADINSLAADGKLLKLNSRSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAY
.: :::.. ::: ::.: .. . .... .:.::. : .. :::: :.:.:
XP_005 RRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEE-----VHAQPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGY
440 450 460 470 480 490
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pF1KE3 EKHVSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLGEHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPK
:: . .:: . : :..:::::::.::: ...:::::.::.:: ::::.::: ::.
XP_005 VKHDCVGYVMKK--APVRLQECIELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPE
500 510 520 530 540
780 790 800 810 820
pF1KE3 ILVVHLKRFSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLNMSEFVCNLS--ARP--YVYDLIAVSNHYG
::..:::::::... :.::::.:::::: :..:::: . . . : : :::::::::::
XP_005 ILIIHLKRFSYTKFSREKLDTLVEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYG
550 560 570 580 590 600
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pF1KE3 AMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDSNVSLASEDQIVTKAAYVLFYQRRDDEFYKTPSLSS
.: ::::..: :: .:.:.::::..:: ..:.:: .::::::::::.: ::
XP_005 GMRDGHYTTFACNKDSGQWHYFDDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQRQD---VARRLLSP
610 620 630 640 650 660
890 900 910
pF1KE3 SGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSMDTN
.::: . . :. :
XP_005 AGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
670 680 690
>>XP_011542290 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin carbo (690 aa)
initn: 2049 init1: 1343 opt: 2280 Z-score: 2148.3 bits: 408.4 E(85289): 6.4e-113
Smith-Waterman score: 2280; 51.5% identity (74.8% similar) in 703 aa overlap (215-901:1-679)
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 NKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPRQTLQSNGSGFSASYNCQE
.: ...::::: :. ....: .:
XP_011 METRKKDGTWPSAQLHVMNNNMS-----EE
10 20
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 PPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEINRDNPLGMKGEI
. . :::.::: :::::::::::::::::. ::.:::.. : :.: :::::::::
XP_011 DEDFKGQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEI
30 40 50 60 70 80
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 AEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLAFLLDGLHEDLNR
:::::.:.:: :::. ..:..::..::.:: :: ::::.::::::.::::::::::::
XP_011 AEAYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNR
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pF1KE3 VKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPECAKVSVTF
:::: :.:: :: :::: ::.:::.::. :::::::::::::::::::::.:..:::::
XP_011 VKKKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTF
150 160 170 180 190 200
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 DPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDLCEALSRLSGIAAE
::::::..:::... ::.:::..: ::. .: :.:..:: : .:::: :::. .::. :
XP_011 DPFCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPE
210 220 230 240 250 260
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 NMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCST--SVDGS-ECVTLPVYFRERK
:.::::..:::.:..:..: :. :. ::::::::: . ...:: : ...:::.:::
XP_011 RMMVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERT
270 280 290 300 310 320
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pF1KE3 -SRPSSTSSAS-ALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEP
.: ..: . :.:.:::.:::. ..: :.::... :.:::: .: :.
XP_011 PARDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDED------
330 340 350 360 370
600 610 620 630 640 650
pF1KE3 GACNGSRNSCEGEDEEEMEHQEEG---KEQLSETEGSGEDEPGNDPSETTQKKIKGQPCP
.:... . ::.... : .. : : . . : . .: :
XP_011 ---DGDEKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPP
380 390 400 410 420 430
660 670 680 690 700 710
pF1KE3 KR----LFTFSLVNSYGTADINSLAADGKLLKLNSRSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAY
.: :::.. ::: ::.: .. . .... .:.::. : .. :::: :.:.:
XP_011 RRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEE-----VHAQPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGY
440 450 460 470 480 490
720 730 740 750 760 770
pF1KE3 EKHVSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLGEHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPK
:: . .:: . : :..:::::::.::: ...:::::.::.:: ::::.::: ::.
XP_011 VKHDCVGYVMKK--APVRLQECIELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPE
500 510 520 530 540
780 790 800 810 820
pF1KE3 ILVVHLKRFSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLNMSEFVCNLS--ARP--YVYDLIAVSNHYG
::..:::::::... :.::::.:::::: :..:::: . . . : : :::::::::::
XP_011 ILIIHLKRFSYTKFSREKLDTLVEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYG
550 560 570 580 590 600
830 840 850 860 870 880
pF1KE3 AMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDSNVSLASEDQIVTKAAYVLFYQRRDDEFYKTPSLSS
.: ::::..: :: .:.:.::::..:: ..:.:: .::::::::::.: ::
XP_011 GMRDGHYTTFACNKDSGQWHYFDDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQRQD---VARRLLSP
610 620 630 640 650 660
890 900 910
pF1KE3 SGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSMDTN
.::: . . :. :
XP_011 AGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
670 680 690
>>XP_006719781 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin carbo (775 aa)
initn: 2768 init1: 1550 opt: 1639 Z-score: 1544.9 bits: 296.9 E(85289): 2.6e-79
Smith-Waterman score: 2827; 57.5% identity (77.0% similar) in 777 aa overlap (3-712:3-770)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG
:::. : .::.:... :..:.:..: :::.:::::::::::::::::: :..:
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10 20 30 40 50
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pF1KE3 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK
..:..:::::::::..: ..:.:::::::::::.:.:::.::::..:: .:::.::.::
XP_006 DQNVYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARK
60 70 80 90 100 110
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pF1KE3 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE
:::.:.::::::::::: :::::::.. .::.. .::::::: :::::.::.:.:: :.:
XP_006 VVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE3 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPR--QTLQSNG-----
:::::::::::.: :.: :.:.:::::::::::::: .:::::::: .: .: :
XP_006 TRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPKSPGASNFS
180 190 200 210 220 230
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pF1KE3 -------SGFSASYN------------C------------QEPPSSHIQPGLCGLGNLGN
:..: .:: : .:: .. :::::::.::::
XP_006 TLPKISPSSLSNNYNNMNNRNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGN
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 TCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEINRDNPLGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAH
:::::::.:::::: :::.:::.:.:. :.: ::::::.::::..:::::::::::. ..
XP_006 TCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSY
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330 340 350 360 370 380
pF1KE3 VAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLAFLLDGLHEDLNRVKKKPYLELKDANGRPDA
:.:: ::::::::::::::::::: :::::::::::::::::..::::..::::.::::
XP_006 VTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDK
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KE3 VVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPECAKVSVTFDPFCYLTLPLPLKKDRVM
:::.:::::: ::::.::: ::::::::::::::::.:::::::::::::::.::.:..
XP_006 VVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTL
420 430 440 450 460 470
450 460 470 480 490 500
pF1KE3 EVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDLCEALSRLSGIAAENMVVADVYNHRFHKIFQM
::.:: :: .: ::.:.:: .: . ::: ::: :::: :..:.:.:.::::::.:: :
XP_006 EVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAM
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KE3 DEGLNHIMPRDDIFVYEVCSTSVDGSECVTLPVYFRERKSRPSSTS--SASALYGQPLLL
::.:. :: ::::.:.:. . .. .: : .:: .:: : : :: . ..:.:.:::.:.
XP_006 DENLSSIMERDDIYVFEININRTEDTEHVIIPVCLRE-KFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLM
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600 610
pF1KE3 SVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPGAC---NGSRNSCEGEDEE--
.::... : ..::. . :. :::: : . :. : : . :. .: ::
XP_006 AVPRNN-TEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLH--CCKDQNINGNGPNGIHEEGS
600 610 620 630 640 650
620 630 640 650 660
pF1KE3 --EMEHQE------EGKEQLSETEGS-GEDEPGND-PSET---TQKKIKGQPC--PKRLF
::: .: . .: ::.:.: .:: :.: ::. :. ::: ::::
XP_006 PSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSEDSVGGDNDSENGLCTEDTCKGQLTGHKKRLF
660 670 680 690 700 710
670 680 690 700 710
pF1KE3 TFSLVNSYGTADINSLAAD-------GKLLKLNSRSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYE
::.. :. :..::: . : . :.:. :: ::.::: . .. :.::. .: :
XP_006 TFQF-NNLGNTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEKYF
720 730 740 750 760 770
720 730 740 750 760 770
pF1KE3 KHVSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLGEHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKI
XP_006 SLGL
>>XP_016875774 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin carbo (860 aa)
initn: 3019 init1: 1550 opt: 1639 Z-score: 1544.3 bits: 296.9 E(85289): 2.8e-79
Smith-Waterman score: 3052; 57.9% identity (75.7% similar) in 855 aa overlap (126-909:1-848)
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 VPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRKVVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCH
.::::::::::: :::::::.. .::.. .
XP_016 MFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRR
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160 170 180 190 200 210
pF1KE3 FSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERETRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVI
::::::: :::::.::.:.:: :.::::::::::::.: :.: :.:.:::::::::::::
XP_016 FSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKETRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVI
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220 230 240
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: .:::::::: .: .: : :..: .:: :
XP_016 EQKNEDGTWPRGPSTPKSPGASNFSTLPKISPSSLSNNYNNMNNRNVKNSNYCLPSYTAY
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250 260 270 280 290
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.:: .. :::::::.:::::::::::.:::::: :::.:::.:.:. :.: :::
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160 170 180 190 200 210
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:::.::::..:::::::::::. ..:.:: ::::::::::::::::::: ::::::::::
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:::::::..::::..::::.:::: :::.:::::: ::::.::: ::::::::::::::
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::.:::::::::::::::.::.:..::.:: :: .: ::.:.:: .: . ::: :::
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:::: :..:.:.:.::::::.:: :::.:. :: ::::.:.:. . .. .: : .:: .
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:: : : :: . ..:.:.:::.:..::... : ..::. . :. :::: : .
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:. : : . :. .: :: ::: .: . .: ::.:.: .:: :.:
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pF1KE3 -PSET---TQKKIKGQPC--PKRLFTFSLVNSYGTADINSLAAD-------GKLLKLNSR
::. :. ::: ::::::.. :. :..::: . : . :.:. :
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: ::.::: . .. :.::. .: .::: :. . . :: : :.:::::::: : :: .:
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::::::::.:::::::.:::::: .::::::::::.:: ::::::.:.::: :.::::.
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: .: : :.:::::::::.:: :::::.:::: .:::::::::.:: :::::::.:::
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:::::::.: :. ....:. : : :.. .:..
XP_016 YVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGI-PLESDEDSNDNDNDIENENCMHTN
810 820 830 840 850 860
>>XP_016875773 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin carbo (860 aa)
initn: 3019 init1: 1550 opt: 1639 Z-score: 1544.3 bits: 296.9 E(85289): 2.8e-79
Smith-Waterman score: 3052; 57.9% identity (75.7% similar) in 855 aa overlap (126-909:1-848)
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 VPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRKVVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCH
.::::::::::: :::::::.. .::.. .
XP_016 MFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRR
10 20 30
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 FSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERETRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVI
::::::: :::::.::.:.:: :.::::::::::::.: :.: :.:.:::::::::::::
XP_016 FSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKETRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVI
40 50 60 70 80 90
220 230 240
pF1KE3 EPQNEDGTWPR--QTLQSNG------------SGFSASYN------------C-------
: .:::::::: .: .: : :..: .:: :
XP_016 EQKNEDGTWPRGPSTPKSPGASNFSTLPKISPSSLSNNYNNMNNRNVKNSNYCLPSYTAY
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290
pF1KE3 -----QEPPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEINRDNP
.:: .. :::::::.:::::::::::.:::::: :::.:::.:.:. :.: :::
XP_016 KNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNP
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 LGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLAFLLDG
:::.::::..:::::::::::. ..:.:: ::::::::::::::::::: ::::::::::
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pF1KE3 LHEDLNRVKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPEC
:::::::..::::..::::.:::: :::.:::::: ::::.::: ::::::::::::::
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pF1KE3 LSGIAAENMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCSTSVDGSECVTLPVYF
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pF1KE3 RERKSRPSSTS--SASALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPDEFGSS
:: : : :: . ..:.:.:::.:..::... : ..::. . :. :::: : .
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pF1KE3 -PSET---TQKKIKGQPC--PKRLFTFSLVNSYGTADINSLAAD-------GKLLKLNSR
::. :. ::: ::::::.. :. :..::: . : . :.:. :
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pF1KE3 STLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYEKHVSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLGEHD
: ::.::: . .. :.::. .: .::: :. . . :: : :.:::::::: : :: .:
XP_016 SFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESV-EYKPPKKPFVKLKDCIELFTTKEKLGAED
630 640 650 660 670 680
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pF1KE3 PWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKILVVHLKRFSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLNMSEFV
::::::::.:::::::.:::::: .::::::::::.:: ::::::.:.::: :.::::.
XP_016 PWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSEFL
690 700 710 720 730 740
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pF1KE3 CNLSARPYVYDLIAVSNHYGAMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDSNVSLASEDQIVTKAA
: .: : :.:::::::::.:: :::::.:::: .:::::::::.:: :::::::.:::
XP_016 INPNAGPCRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKAA
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pF1KE3 YVLFYQRRDDE----FYKTPSLSSSGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSMDTN
:::::::.: :. ....:. : : :.. .:..
XP_016 YVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGI-PLESDEDSNDNDNDIENENCMHTN
810 820 830 840 850 860
>>NP_006304 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-terminal h (952 aa)
initn: 3610 init1: 1550 opt: 1639 Z-score: 1543.7 bits: 296.9 E(85289): 3e-79
Smith-Waterman score: 3698; 59.9% identity (79.4% similar) in 951 aa overlap (1-909:1-940)
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pF1KE3 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG
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pF1KE3 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK
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NP_006 DQNVYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARK
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pF1KE3 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE
:::.:.::::::::::: :::::::.. .::.. .::::::: :::::.::.:.:: :.:
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pF1KE3 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPRQTLQSNGSG-----
:::::::::::.: :.: :.:.:::::::::::::: .:::::::: : ..
NP_006 TRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNYCL
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pF1KE3 --FSA--SYNCQEPPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAE
..: .:. .:: .. :::::::.:::::::::::.:::::: :::.:::.:.:. :
NP_006 PSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEE
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pF1KE3 INRDNPLGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELL
.: ::::::.::::..:::::::::::. ..:.:: ::::::::::::::::::: ::::
NP_006 LNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELL
300 310 320 330 340 350
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pF1KE3 AFLLDGLHEDLNRVKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKST
:::::::::::::..::::..::::.:::: :::.:::::: ::::.::: ::::::::
NP_006 AFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKST
360 370 380 390 400 410
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pF1KE3 LVCPECAKVSVTFDPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDL
::::::::.:::::::::::::::.::.:..::.:: :: .: ::.:.:: .: . ::
NP_006 LVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDL
420 430 440 450 460 470
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pF1KE3 CEALSRLSGIAAENMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCSTSVDGSECV
: ::: :::: :..:.:.:.::::::.:: :::.:. :: ::::.:.:. . .. .: :
NP_006 CTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEININRTEDTEHV
480 490 500 510 520 530
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pF1KE3 TLPVYFRERKSRPSSTS--SASALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLP
.:: .:: : : :: . ..:.:.:::.:..::... : ..::. . :. ::::
NP_006 IIPVCLRE-KFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLMAVPRNN-TEDKLYNLLLLRMCRYVKISTE
540 550 560 570 580 590
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pF1KE3 DEFGSSPLEPGAC---NGSRNSCEGEDEE----EMEHQE------EGKEQLSETEGS-GE
: . :. : : . :. .: :: ::: .: . .: ::.:.: .:
NP_006 TEETEGSLH--CCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSE
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680
pF1KE3 DEPGND-PSET---TQKKIKGQPC--PKRLFTFSLVNSYGTADINSLAAD-------GKL
: :.: ::. :. ::: ::::::.. :. :..::: . : .
NP_006 DSVGGDNDSENGLCTEDTCKGQLTGHKKRLFTFQF-NNLGNTDINYIKDDTRHIRFDDRQ
660 670 680 690 700 710
690 700 710 720 730 740
pF1KE3 LKLNSRSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYEKHVSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTME
:.:. :: ::.::: . .. :.::. .: .::: :. . . :: : :.:::::::: :
NP_006 LRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESV-EYKPPKKPFVKLKDCIELFTTKE
720 730 740 750 760 770
750 760 770 780 790 800
pF1KE3 TLGEHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKILVVHLKRFSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGL
:: .:::::::::.:::::::.:::::: .::::::::::.:: ::::::.:.::: :
NP_006 KLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTLVDFPINDL
780 790 800 810 820 830
810 820 830 840 850 860
pF1KE3 NMSEFVCNLSARPYVYDLIAVSNHYGAMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDSNVSLASEDQ
.::::. : .: : :.:::::::::.:: :::::.:::: .:::::::::.:: :::::
NP_006 DMSEFLINPNAGPCRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQ
840 850 860 870 880 890
870 880 890 900 910
pF1KE3 IVTKAAYVLFYQRRDDE----FYKTPSLSSSGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSMDTN
::.::::::::::.: :. ....:. : : :.. .:..
NP_006 IVSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGI-PLESDEDSNDNDNDIENENCM
900 910 920 930 940
NP_006 HTN
950
>>NP_001239007 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-termina (981 aa)
initn: 3611 init1: 1550 opt: 1639 Z-score: 1543.5 bits: 297.0 E(85289): 3.1e-79
Smith-Waterman score: 3647; 58.6% identity (77.4% similar) in 978 aa overlap (3-909:3-969)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG
:::. : .::.:... :..:.:..: :::.:::::::::::::::::: :..:
NP_001 MAEGGAA----DLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK
..:..:::::::::..: ..:.:::::::::::.:.:::.::::..:: .:::.::.::
NP_001 DQNVYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE
:::.:.::::::::::: :::::::.. .::.. .::::::: :::::.::.:.:: :.:
NP_001 VVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE3 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPR--QTLQSNG-----
:::::::::::.: :.: :.:.:::::::::::::: .:::::::: .: .: :
NP_001 TRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPKSPGASNFS
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KE3 -------SGFSASYN------------C------------QEPPSSHIQPGLCGLGNLGN
:..: .:: : .:: .. :::::::.::::
NP_001 TLPKISPSSLSNNYNNMNNRNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGN
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 TCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEINRDNPLGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAH
:::::::.:::::: :::.:::.:.:. :.: ::::::.::::..:::::::::::. ..
NP_001 TCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSY
300 310 320 330 340 350
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pF1KE3 VAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLAFLLDGLHEDLNRVKKKPYLELKDANGRPDA
:.:: ::::::::::::::::::: :::::::::::::::::..::::..::::.::::
NP_001 VTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDK
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