Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3721
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3721, 413 aa
1>>>pF1KE3721 413 - 413 aa - 413 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0104+/-0.000867; mu= 18.6647+/- 0.052
mean_var=68.2051+/-14.002, 0's: 0 Z-trim(106.7): 28 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.155298
statistics sampled from 9117 (9129) to 9117 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.28), width: 16
Scan time: 2.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7240.1 SGMS1 gene_id:259230|Hs108|chr10 ( 413) 2937 667.1 8.3e-192
CCDS3677.1 SGMS2 gene_id:166929|Hs108|chr4 ( 365) 1546 355.4 4.9e-98
CCDS53543.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10 ( 415) 890 208.5 9.5e-54
CCDS7347.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10 ( 326) 559 134.3 1.7e-31
>>CCDS7240.1 SGMS1 gene_id:259230|Hs108|chr10 (413 aa)
initn: 2937 init1: 2937 opt: 2937 Z-score: 3557.0 bits: 667.1 E(32554): 8.3e-192
Smith-Waterman score: 2937; 100.0% identity (100.0% similar) in 413 aa overlap (1-413:1-413)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MKEVVYWSPKKVADWLLENAMPEYCEPLEHFTGQDLINLTQEDFKKPPLCRVSSDNGQRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MKEVVYWSPKKVADWLLENAMPEYCEPLEHFTGQDLINLTQEDFKKPPLCRVSSDNGQRL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 LDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIGVDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGYRKEMIKIPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIGVDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGYRKEMIKIPM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 PELERSQYPMEWGKTFLAFLYALSCFVLTTVMISVVHERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 PELERSQYPMEWGKTFLAFLYALSCFVLTTVMISVVHERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 QWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLKYKSIISRRFFCIVGTLYLYRCITMYVTTLPVPGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 QWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLKYKSIISRRFFCIVGTLYLYRCITMYVTTLPVPGM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 HFNCSPKLFGDWEAQLRRIMKLIAGGGLSITGSHNMCGDYLYSGHTVMLTLTYLFIKEYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 HFNCSPKLFGDWEAQLRRIMKLIAGGGLSITGSHNMCGDYLYSGHTVMLTLTYLFIKEYS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 PRRLWWYHWICWLLSVVGIFCILLAHDHYTVDVVVAYYITTRLFWWYHTMANQQVLKEAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 PRRLWWYHWICWLLSVVGIFCILLAHDHYTVDVVVAYYITTRLFWWYHTMANQQVLKEAS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE3 QMNLLARVWWYRPFQYFEKNVQGIVPRSYHWPFPWPVVHLSRQVKYSRLVNDT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 QMNLLARVWWYRPFQYFEKNVQGIVPRSYHWPFPWPVVHLSRQVKYSRLVNDT
370 380 390 400 410
>>CCDS3677.1 SGMS2 gene_id:166929|Hs108|chr4 (365 aa)
initn: 1520 init1: 1480 opt: 1546 Z-score: 1873.5 bits: 355.4 E(32554): 4.9e-98
Smith-Waterman score: 1546; 60.7% identity (83.1% similar) in 354 aa overlap (61-409:1-354)
40 50 60 70 80
pF1KE3 FTGQDLINLTQEDFKKPPLCRVSSDNGQRLLDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIG--
.:.::: :.:.::: . . .: . .
CCDS36 MDIIETAKLEEHLENQPSDPTNTYARPAEP
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 VDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGYRK--EMIKIPMPELERSQYPMEWGKTFLAFLYALSCF
:. . .:. . : .:. .: .: ..:.: :: :...:.:: :: .::.::. .
CCDS36 VEEENKNGNGKPKSLSSGLRKGTKKYPDYIQIAMPTESRNKFPLEWWKTGIAFIYAVFNL
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 VLTTVMISVVHERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRVQWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLK
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CCDS36 VLTTVMITVVHERVPPKELSPPLPDKFFDYIDRVKWAFSVSEINGIILVGLWITQWLFLR
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 YKSIISRRFFCIVGTLYLYRCITMYVTTLPVPGMHFNCSPKLFGDWEAQLRRIMKLIAGG
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CCDS36 YKSIVGRRFCFIIGTLYLYRCITMYVTTLPVPGMHFQCAPKLNGDSQAKVQRILRLISGG
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 GLSITGSHNMCGDYLYSGHTVMLTLTYLFIKEYSPRRLWWYHWICWLLSVVGIFCILLAH
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CCDS36 GLSITGSHILCGDFLFSGHTVTLTLTYLFIKEYSPRHFWWYHLICWLLSAAGIICILVAH
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 DHYTVDVVVAYYITTRLFWWYHTMANQQVLKEASQMNLLARVWWYRPFQYFEKNVQGIVP
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CCDS36 EHYTIDVIIAYYITTRLFWWYHSMANEKNLKVSSQTNFLSRAWWFPIFYFFEKNVQGSIP
280 290 300 310 320 330
390 400 410
pF1KE3 RSYHWPFPWPV-VHLSRQVKYSRLVNDT
. ::. :: : ::::.
CCDS36 CCFSWPLSWPPGCFKSSCKKYSRVQKIGEDNEKST
340 350 360
>>CCDS53543.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10 (415 aa)
initn: 920 init1: 451 opt: 890 Z-score: 1078.4 bits: 208.5 E(32554): 9.5e-54
Smith-Waterman score: 967; 38.8% identity (66.7% similar) in 412 aa overlap (7-398:12-409)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MKEVVYWSPKKVADWLLENAMPEYCEPL--EH-FTGQDLINLTQEDFKKPPL-CR
:. :.:: :: .... :: . : .: . : :..::. :...::: .
CCDS53 MAGPNQLCIRRWTTKHVAVWLKDEGFFEYVDILCNKHRLDGITLLTLTEYDLRSPPLEIK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 VSSDNGQRLLDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIGVDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGY
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CCDS53 VLGDI-KRLMLSVRKLQ-KIHIDVLEEMGYNSDSPMGSMTPF----ISALQSTDWLCNGE
70 80 90 100 110
120 130 140 150
pF1KE3 RKEMIKIPMPELERSQY---------------PMEWGKTFLAFLYALSCFVLTTVMISVV
.. :. .:. .:: : : ::.:. .:.. : .:. .. .:
CCDS53 LSHDCDGPITDLNSDQYQYMNGKNKHSVRRLDPEYW-KTILSCIYVFIVFGFTSFIMVIV
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 HERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRVQWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLKYKSIISRRFF
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CCDS53 HERVPDMQTYPPLPDIFLDSVPRIPWAFAMTEVCGMILCYIWLLVLLLHKHRSILLRRLC
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 CIVGTLYLYRCITMYVTTLPVPGMHFNCSPKLFGD-WEAQLRRIMKLIAGGGLSITGSHN
..::..: ::.::.::.: :::.:..:. :..:. :: .:.: . . .: :...:: :.
CCDS53 SLMGTVFLLRCFTMFVTSLSVPGQHLQCTGKIYGSVWE-KLHRAFAIWSGFGMTLTGVHT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 MCGDYLYSGHTVMLTLTYLFIKEYSPRRLWWYHWICWLLSVVGIFCILLAHDHYTVDVVV
::::..:::::.::. .:. ::.:: . : . :.:.. ::: :: ::.::..:: .
CCDS53 -CGDYMFSGHTVVLTMLNFFVTEYTPRSWNFLHTLSWVLNLFGIFFILAAHEHYSIDVFI
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 AYYITTRLFWWYHTMANQQVLKEASQMNLLARVWWYRPFQYFEKNVQGIVPRSYHWPFPW
:.::::::: .:::.:: . : :.. ::.: . :..:: ::.: :: : :::
CCDS53 AFYITTRLFLYYHTLANTR----AYQQSRRARIW-FPMFSFFECNVNGTVPNEYCWPFSK
360 370 380 390 400
400 410
pF1KE3 PVVHLSRQVKYSRLVNDT
:..
CCDS53 PAIMKRLIG
410
>>CCDS7347.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10 (326 aa)
initn: 644 init1: 451 opt: 559 Z-score: 679.1 bits: 134.3 E(32554): 1.7e-31
Smith-Waterman score: 636; 35.9% identity (65.4% similar) in 312 aa overlap (7-298:12-314)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MKEVVYWSPKKVADWLLENAMPEYCEPL--EH-FTGQDLINLTQEDFKKPPL-CR
:. :.:: :: .... :: . : .: . : :..::. :...::: .
CCDS73 MAGPNQLCIRRWTTKHVAVWLKDEGFFEYVDILCNKHRLDGITLLTLTEYDLRSPPLEIK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 VSSDNGQRLLDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIGVDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGY
: .: .::. .. :. . :... .. :. .: : .: . . . ::
CCDS73 VLGDI-KRLMLSVRKLQ-KIHIDVLEEMGYNSDSPMGSMTPF----ISALQSTDWLCNGE
70 80 90 100 110
120 130 140 150
pF1KE3 RKEMIKIPMPELERSQY---------------PMEWGKTFLAFLYALSCFVLTTVMISVV
.. :. .:. .:: : : ::.:. .:.. : .:. .. .:
CCDS73 LSHDCDGPITDLNSDQYQYMNGKNKHSVRRLDPEYW-KTILSCIYVFIVFGFTSFIMVIV
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 HERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRVQWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLKYKSIISRRFF
::::: .. ::::: :.: :. :::.. :. :::: .::. :: :..::. ::.
CCDS73 HERVPDMQTYPPLPDIFLDSVPRIPWAFAMTEVCGMILCYIWLLVLLLHKHRSILLRRLC
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 CIVGTLYLYRCITMYVTTLPVPGMHFNCSPKLFGD-WEAQLRRIMKLIAGGGLSITGSHN
..::..: ::.::.::.: :::.:..:. :..:. :: .:.: . . .: :...:: :.
CCDS73 SLMGTVFLLRCFTMFVTSLSVPGQHLQCTGKIYGSVWE-KLHRAFAIWSGFGMTLTGVHT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 MCGDYLYSGHTVMLTLTYLFIKEYSPRRLWWYHWICWLLSVVGIFCILLAHDHYTVDVVV
::::..:::::.::. .:. :
CCDS73 -CGDYMFSGHTVVLTMLNFFVTECKYLFSASMRIR
300 310 320
413 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 17:05:15 2016 done: Mon Nov 7 17:05:16 2016
Total Scan time: 2.780 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]