Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3684
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3684, 489 aa
1>>>pF1KE3684 489 - 489 aa - 489 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3924+/-0.00095; mu= -2.6504+/- 0.058
mean_var=319.9639+/-63.342, 0's: 0 Z-trim(115.7): 14 B-trim: 10 in 1/53
Lambda= 0.071701
statistics sampled from 16273 (16286) to 16273 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.793), E-opt: 0.2 (0.5), width: 16
Scan time: 4.030
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS75436.1 TULP1 gene_id:7287|Hs108|chr6 ( 489) 3257 350.2 2.9e-96
CCDS4807.1 TULP1 gene_id:7287|Hs108|chr6 ( 542) 2844 307.5 2.3e-83
CCDS7787.1 TUB gene_id:7275|Hs108|chr11 ( 506) 1359 153.9 3.8e-37
CCDS7786.1 TUB gene_id:7275|Hs108|chr11 ( 561) 1359 153.9 4.1e-37
CCDS8519.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 ( 442) 1228 140.3 4.1e-33
CCDS53737.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 ( 501) 1193 136.7 5.5e-32
CCDS12739.1 TULP2 gene_id:7288|Hs108|chr19 ( 520) 1035 120.4 4.7e-27
>>CCDS75436.1 TULP1 gene_id:7287|Hs108|chr6 (489 aa)
initn: 3257 init1: 3257 opt: 3257 Z-score: 1841.7 bits: 350.2 E(32554): 2.9e-96
Smith-Waterman score: 3257; 99.8% identity (100.0% similar) in 489 aa overlap (1-489:1-489)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MPLRDETLREVWASDSGHEEESLSPEAPRRPKQRPAPAQRLRKKRTEAPESPCPTGSKPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MPLRDETLREVWASDSGHEEESLSPEAPRRPKQRPAPAQRLRKKRTEAPESPCPTGSKPR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 KPGEEEEEEEDEEDEEEEAEEKKEKILLPPKKPLREKSSADLKERRAKAQGPRGDLGSPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KPGEEEEEEEDEEDEEEEAEEKKEKILLPPKKPLREKSSADLKERRAKAQGPRGDLGSPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 PPPKPLRVRNKEAPAGEGTKMRKTKKKGSGEADKDPSGSPASARKSPAAMFLVGEGSPDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PPPKPLRVRNKEAPAGEGTKMRKTKKKGSGEADKDPSGSPASARKSPAAMFLVGEGSPDK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 KALKKKGTPKGARKEEEEEEEAATVIKNSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSPPVEVDEPRE
:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KALKKKGTPKGARKEEEEEEEAATVIKKSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSPPVEVDEPRE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 FVLRPAPQGRTVRCRLTRDKKGMDRGMYPSYFLHLDTEKKVFLLAGRKRKRSKTANYLIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FVLRPAPQGRTVRCRLTRDKKGMDRGMYPSYFLHLDTEKKVFLLAGRKRKRSKTANYLIS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 IDPTNLSRGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRGYSTNVASLRQELAAVIYETNVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IDPTNLSRGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRGYSTNVASLRQELAAVIYETNVL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 GFRGPRRMTVIIPGMSAENERVPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVWNDDSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GFRGPRRMTVIIPGMSAENERVPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVWNDDSG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 SYTLNFQGRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAFAIALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SYTLNFQGRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAFAIALS
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 SFDGKLACE
:::::::::
CCDS75 SFDGKLACE
>>CCDS4807.1 TULP1 gene_id:7287|Hs108|chr6 (542 aa)
initn: 2812 init1: 2812 opt: 2844 Z-score: 1610.2 bits: 307.5 E(32554): 2.3e-83
Smith-Waterman score: 2996; 89.6% identity (89.8% similar) in 521 aa overlap (22-489:22-542)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MPLRDETLREVWASDSGHEEESLSPEAPRRPKQRPAPAQRLRKKRTEAPESPCPTGSKPR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MPLRDETLREVWASDSGHEEESLSPEAPRRPKQRPAPAQRLRKKRTEAPESPCPTGSKPR
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 KPG-----------------------------------------------------EEEE
::: ::::
CCDS48 KPGAGRTGRPREEPSPDPAQARAPQTVYARFLRDPEAKKRDPRETFLVARAPDAEDEEEE
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EEEDEEDEEEEAEEKKEKILLPPKKPLREKSSADLKERRAKAQGPRGDLGSPDPPPKPLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 EEEDEEDEEEEAEEKKEKILLPPKKPLREKSSADLKERRAKAQGPRGDLGSPDPPPKPLR
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VRNKEAPAGEGTKMRKTKKKGSGEADKDPSGSPASARKSPAAMFLVGEGSPDKKALKKKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 VRNKEAPAGEGTKMRKTKKKGSGEADKDPSGSPASARKSPAAMFLVGEGSPDKKALKKKG
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 TPKGARKEEEEEEEAATVIKNSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSPPVEVDEPREFVLRPAP
::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 TPKGARKEEEEEEEAATVIKKSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSPPVEVDEPREFVLRPAP
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 QGRTVRCRLTRDKKGMDRGMYPSYFLHLDTEKKVFLLAGRKRKRSKTANYLISIDPTNLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 QGRTVRCRLTRDKKGMDRGMYPSYFLHLDTEKKVFLLAGRKRKRSKTANYLISIDPTNLS
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 RGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRGYSTNVASLRQELAAVIYETNVLGFRGPRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 RGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRGYSTNVASLRQELAAVIYETNVLGFRGPRR
370 380 390 400 410 420
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 MTVIIPGMSAENERVPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVWNDDSGSYTLNFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MTVIIPGMSAENERVPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVWNDDSGSYTLNFQ
430 440 450 460 470 480
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 GRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAFAIALSSFDGKLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 GRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAFAIALSSFDGKLA
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 CE
::
CCDS48 CE
>>CCDS7787.1 TUB gene_id:7275|Hs108|chr11 (506 aa)
initn: 1473 init1: 780 opt: 1359 Z-score: 780.5 bits: 153.9 E(32554): 3.8e-37
Smith-Waterman score: 1437; 48.6% identity (70.5% similar) in 502 aa overlap (12-489:9-506)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MPLRDETLREVWASDSGHEEESLSPEAPRRPKQRPAPAQRLRKKRTEAPESPCPTGSKPR
: : ..:. . . . .:: :. .::: : . ..::
CCDS77 MTSKPHSDWIPYSVLDDEGRNLRQQKLDRQRALLEQKQKKKRQEPLMVQANADGRPR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE3 KPGEEEEEEEDEEDEE------EEAEEKKEKILLPPKKPLREKSSADLKERRAKAQGPRG
. .. ::. : . . .: : . . .: . .:.:: . :
CCDS77 SRRARQSEEQAPLVESYLSSSGSTSYQVQEADSLASVQLGATRPTAPASAKRTKAAATAG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 DLGSPDPPPKPLRVRNKEAPAGEGTKMRKTKKKGSGEADKDPSGSPASARKSPAAMFLVG
:. : . .. .::. . . :....: .. :. :. . . :
CCDS77 GQGGAARKEKKGKHKGTSGPAA----LAEDKSEAQGPVQILTVGQSDHAQDAGETAAGGG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE3 E---GSPDKKALKKKGTPKGA---RKEEEEEEEAATVIK-NSNQKGKAKGKGKKKAKEER
: :. . ....:: .. . ::.:::.... . ::: . .. . :. .
CCDS77 ERPSGQDLRATMQRKGISSSMSFDEDEEDEEENSSSSSQLNSNTRPSSATSRKSVREAAS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KE3 APSP-----PV--EVDEPREFVLRPAPQGRTVRCRLTRDKKGMDRGMYPSYFLHLDTE--
:::: :: ::.. .::.::::::: :..::.:::::::::::::.:::::: :
CCDS77 APSPTAPEQPVDVEVQDLEEFALRPAPQGITIKCRITRDKKGMDRGMYPTYFLHLDREDG
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 KKVFLLAGRKRKRSKTANYLISIDPTNLSRGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRG
::::::::::::.:::.:::::.:::.:::::...::::::::.:..:::.::: :::..
CCDS77 KKVFLLAGRKRKKSKTSNYLISVDPTDLSRGGDSYIGKLRSNLMGTKFTVYDNGVNPQKA
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 YSTNVAS--LRQELAAVIYETNVLGFRGPRRMTVIIPGMSAENERVPIRPRNASDGLLVR
:... : :::::::: ::::::::.:::.:.::.:::. .::: ::::: . ::.:
CCDS77 SSSTLESGTLRQELAAVCYETNVLGFKGPRKMSVIVPGMNMVHERVSIRPRNEHETLLAR
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 WQNKTLESLIELHNKPPVWNDDSGSYTLNFQGRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRV
::::. ::.:::.:: ::::::. ::.:::.:::::::::::::.:..::::::.:::::
CCDS77 WQNKNTESIIELQNKTPVWNDDTQSYVLNFHGRVTQASVKNFQIIHGNDPDYIVMQFGRV
420 430 440 450 460 470
460 470 480
pF1KE3 AEDAFTLDYRYPLCALQAFAIALSSFDGKLACE
:::.::.:: :::::::::::::::::.:::::
CCDS77 AEDVFTMDYNYPLCALQAFAIALSSFDSKLACE
480 490 500
>>CCDS7786.1 TUB gene_id:7275|Hs108|chr11 (561 aa)
initn: 1473 init1: 780 opt: 1359 Z-score: 779.9 bits: 153.9 E(32554): 4.1e-37
Smith-Waterman score: 1431; 48.1% identity (69.6% similar) in 516 aa overlap (4-489:52-561)
10 20
pF1KE3 MPLRDETLREVWASDSGHE------EESLSPEA
: : :. : :.: .:. . .
CCDS77 FPGGTPWPMGSQHSKQHRKPGPLKRGHRRDRRTTRRKYWKE--GREIARVLDDEGRNLRQ
30 40 50 60 70
30 40 50 60 70 80
pF1KE3 PRRPKQRPAPAQRLRKKRTEAPESPCPTGSKPRKPGEEEEEEEDEEDEE------EEAEE
. .:: :. .::: : . ..::. .. ::. : . .
CCDS77 QKLDRQRALLEQKQKKKRQEPLMVQANADGRPRSRRARQSEEQAPLVESYLSSSGSTSYQ
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 KKEKILLPPKKPLREKSSADLKERRAKAQGPRGDLGSPDPPPKPLRVRNKEAPAGEGTKM
.: : . . .: . .:.:: . : :. : . .. .::. .
CCDS77 VQEADSLASVQLGATRPTAPASAKRTKAAATAGGQGGAARKEKKGKHKGTSGPAA----L
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190
pF1KE3 RKTKKKGSGEADKDPSGSPASARKSPAAMFLVGE---GSPDKKALKKKGTPKGA---RKE
. :....: .. :. :. . . :: :. . ....:: .. . :
CCDS77 AEDKSEAQGPVQILTVGQSDHAQDAGETAAGGGERPSGQDLRATMQRKGISSSMSFDEDE
200 210 220 230 240 250
200 210 220 230 240
pF1KE3 EEEEEEAATVIK-NSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSP--P-----VEVDEPREFVLRPAP
:.:::.... . ::: . .. . :. . :::: : :::.. .::.:::::
CCDS77 EDEEENSSSSSQLNSNTRPSSATSRKSVREAASAPSPTAPEQPVDVEVQDLEEFALRPAP
260 270 280 290 300 310
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 QGRTVRCRLTRDKKGMDRGMYPSYFLHLDTE--KKVFLLAGRKRKRSKTANYLISIDPTN
:: :..::.:::::::::::::.:::::: : ::::::::::::.:::.:::::.:::.
CCDS77 QGITIKCRITRDKKGMDRGMYPTYFLHLDREDGKKVFLLAGRKRKKSKTSNYLISVDPTD
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 LSRGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRGYSTNVAS--LRQELAAVIYETNVLGFR
:::::...::::::::.:..:::.::: :::.. :... : :::::::: ::::::::.
CCDS77 LSRGGDSYIGKLRSNLMGTKFTVYDNGVNPQKASSSTLESGTLRQELAAVCYETNVLGFK
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 GPRRMTVIIPGMSAENERVPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVWNDDSGSYT
:::.:.::.:::. .::: ::::: . ::.:::::. ::.:::.:: ::::::. ::.
CCDS77 GPRKMSVIVPGMNMVHERVSIRPRNEHETLLARWQNKNTESIIELQNKTPVWNDDTQSYV
440 450 460 470 480 490
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 LNFQGRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAFAIALSSFD
:::.:::::::::::::.:..::::::.::::::::.::.:: :::::::::::::::::
CCDS77 LNFHGRVTQASVKNFQIIHGNDPDYIVMQFGRVAEDVFTMDYNYPLCALQAFAIALSSFD
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 GKLACE
.:::::
CCDS77 SKLACE
560
>>CCDS8519.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 (442 aa)
initn: 1237 init1: 754 opt: 1228 Z-score: 708.0 bits: 140.3 E(32554): 4.1e-33
Smith-Waterman score: 1228; 56.6% identity (82.7% similar) in 318 aa overlap (180-489:125-442)
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 GEADKDPSGSPASARKSPAAMFLVGEGSPDKKALKKKGTPKGARKEEEEE--EEAATVIK
.. :.:. ... .:: . ..: . .
CCDS85 PDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVDTASKPGLQERLQKHDISESVNFDEETDGISQSACLER
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 -NSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSPPV--EVDEPREFVLRPAPQGRTVRCRLTRDKKGMD
:: .. .. : . . :. . ..:. ..:: ::::: :::::. :::.:::
CCDS85 PNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADNLLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMD
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 RGMYPSYFLHLDTE--KKVFLLAGRKRKRSKTANYLISIDPTNLSRGGENFIGKLRSNLL
::..:.:...:. : .:.::::.::::.::::::::::::..::: ::...:::::::.
CCDS85 RGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARKRKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLM
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 GNRFTVFDNGQNPQRGYS-TNVASLRQELAAVIYETNVLGFRGPRRMTVIIPGMSAENER
:..:::.: : :..: . ...: ::::::. ::::::::.:::.:.::::::. ....
CCDS85 GTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTRQELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQ
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KE3 VPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVWNDDSGSYTLNFQGRVTQASVKNFQIV
.: .:.: :.:: ::::.:.:.:.::::: ::::.:. ::.:::.::::::::::::::
CCDS85 IPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVELHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIV
340 350 360 370 380 390
450 460 470 480
pF1KE3 HADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAFAIALSSFDGKLACE
: .::::::.::::::.:.::::: :::::.:::.:.:::::.:::::
CCDS85 HKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNYPLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
400 410 420 430 440
>>CCDS53737.1 TULP3 gene_id:7289|Hs108|chr12 (501 aa)
initn: 1202 init1: 719 opt: 1193 Z-score: 687.7 bits: 136.7 E(32554): 5.5e-32
Smith-Waterman score: 1193; 56.1% identity (82.4% similar) in 312 aa overlap (180-483:125-436)
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 GEADKDPSGSPASARKSPAAMFLVGEGSPDKKALKKKGTPKGARKEEEEE--EEAATVIK
.. :.:. ... .:: . ..: . .
CCDS53 PDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVDTASKPGLQERLQKHDISESVNFDEETDGISQSACLER
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 -NSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSPPV--EVDEPREFVLRPAPQGRTVRCRLTRDKKGMD
:: .. .. : . . :. . ..:. ..:: ::::: :::::. :::.:::
CCDS53 PNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADNLLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMD
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 RGMYPSYFLHLDTE--KKVFLLAGRKRKRSKTANYLISIDPTNLSRGGENFIGKLRSNLL
::..:.:...:. : .:.::::.::::.::::::::::::..::: ::...:::::::.
CCDS53 RGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARKRKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLM
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 GNRFTVFDNGQNPQRGYS-TNVASLRQELAAVIYETNVLGFRGPRRMTVIIPGMSAENER
:..:::.: : :..: . ...: ::::::. ::::::::.:::.:.::::::. ....
CCDS53 GTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTRQELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQ
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KE3 VPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVWNDDSGSYTLNFQGRVTQASVKNFQIV
.: .:.: :.:: ::::.:.:.:.::::: ::::.:. ::.:::.::::::::::::::
CCDS53 IPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVELHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIV
340 350 360 370 380 390
450 460 470 480
pF1KE3 HADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAFAIALSSFDGKLACE
: .::::::.::::::.:.::::: :::::.:::.:.:::::
CCDS53 HKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNYPLCAVQAFGIGLSSFDKCIQTLRMQELCELHRQH
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