Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3528
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3528, 912 aa
1>>>pF1KE3528 912 - 912 aa - 912 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6449+/-0.00113; mu= 14.5292+/- 0.068
mean_var=98.4839+/-19.291, 0's: 0 Z-trim(105.2): 86 B-trim: 28 in 1/49
Lambda= 0.129238
statistics sampled from 8232 (8319) to 8232 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.619), E-opt: 0.2 (0.256), width: 16
Scan time: 3.520
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33124.1 USP29 gene_id:57663|Hs108|chr19 ( 922) 6045 1138.4 0
CCDS14635.1 USP26 gene_id:83844|Hs108|chrX ( 913) 1700 328.3 4.1e-89
CCDS2418.1 USP37 gene_id:57695|Hs108|chr2 ( 979) 1498 290.6 9.4e-78
CCDS61632.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15 (1012) 311 69.3 4.1e-11
CCDS10137.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15 (1118) 311 69.3 4.4e-11
>>CCDS33124.1 USP29 gene_id:57663|Hs108|chr19 (922 aa)
initn: 6045 init1: 6045 opt: 6045 Z-score: 6091.6 bits: 1138.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6045; 100.0% identity (100.0% similar) in 912 aa overlap (1-912:1-912)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MISLKVCGFIQIWSQKTGMTKLKEALIETVQRQKEIKLVVTFKSGKFIRIFQLSNNIRSV
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CCDS33 MISLKVCGFIQIWSQKTGMTKLKEALIETVQRQKEIKLVVTFKSGKFIRIFQLSNNIRSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VLRHCKKRQSHLRLTLKNNVFLFIDKLSYRDAKQLNMFLDIIHQNKSQQPMKSDDDWSVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VLRHCKKRQSHLRLTLKNNVFLFIDKLSYRDAKQLNMFLDIIHQNKSQQPMKSDDDWSVF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 ESRNMLKEIDKTSFYSICNKPSYQKMPLFMSKSPTHVKKGILENQGGKGQNTLSSDVQTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ESRNMLKEIDKTSFYSICNKPSYQKMPLFMSKSPTHVKKGILENQGGKGQNTLSSDVQTN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 EDILKEDNPVPNKKYKTDSLKYIQSNRKNPSSLEDLEKDRDLKLGPSFNTNCNGNPNLDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EDILKEDNPVPNKKYKTDSLKYIQSNRKNPSSLEDLEKDRDLKLGPSFNTNCNGNPNLDE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 TVLATQTLNAKNGLTSPLEPEHSQGDPRCNKAQVPLDSHSQQLQQGFPNLGNTCYMNAVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TVLATQTLNAKNGLTSPLEPEHSQGDPRCNKAQVPLDSHSQQLQQGFPNLGNTCYMNAVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 QSLFAIPSFADDLLTQGVPWEYIPFEALIMTLTQLLALKDFCSTKIKRELLGNVKKVISA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QSLFAIPSFADDLLTQGVPWEYIPFEALIMTLTQLLALKDFCSTKIKRELLGNVKKVISA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 VAEIFSGNMQNDAHEFLGQCLDQLKEDMEKLNATLNTGKECGDENSSPQMHVGSAATKVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VAEIFSGNMQNDAHEFLGQCLDQLKEDMEKLNATLNTGKECGDENSSPQMHVGSAATKVF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 VCPVVANFEFELQLSLICKACGHAVLKVEPNNYLSINLHQETKPLPLSIQNSLDLFFKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VCPVVANFEFELQLSLICKACGHAVLKVEPNNYLSINLHQETKPLPLSIQNSLDLFFKEE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 ELEYNCQMCKQKSCVARHTFSRLSRVLIIHLKRYSFNNAWLLVKNNEQVYIPKSLSLSSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ELEYNCQMCKQKSCVARHTFSRLSRVLIIHLKRYSFNNAWLLVKNNEQVYIPKSLSLSSY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 CNESTKPPLPLSSSAPVGKCEVLEVSQEMISEINSPLTPSMKLTSESSDSLVLPVEPDKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 CNESTKPPLPLSSSAPVGKCEVLEVSQEMISEINSPLTPSMKLTSESSDSLVLPVEPDKN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 ADLQRFQRDCGDASQEQHQRDLENGSALESELVHFRDRAIGEKELPVADSLMDQGDISLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ADLQRFQRDCGDASQEQHQRDLENGSALESELVHFRDRAIGEKELPVADSLMDQGDISLP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 VMYEDGGKLISSPDTRLVEVHLQEVPQHPELQKYEKTNTFVEFNFDSVTESTNGFYDCKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VMYEDGGKLISSPDTRLVEVHLQEVPQHPELQKYEKTNTFVEFNFDSVTESTNGFYDCKE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 NRIPEGSQGMAEQLQQCIEESIIDEFLQQAPPPGVRKLDAQEHTEETLNQSTELRLQKAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NRIPEGSQGMAEQLQQCIEESIIDEFLQQAPPPGVRKLDAQEHTEETLNQSTELRLQKAD
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 LNHLGALGSDNPGNKNILDAENTRGEAKELTRNVKMGDPLQAYRLISVVSHIGSSPNSGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LNHLGALGSDNPGNKNILDAENTRGEAKELTRNVKMGDPLQAYRLISVVSHIGSSPNSGH
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 YISDVYDFQKQAWFTYNDLCVSEISETKMQEARLHSGYIFFYMHNGIFEELLRKAENSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 YISDVYDFQKQAWFTYNDLCVSEISETKMQEARLHSGYIFFYMHNGIFEELLRKAENSRL
850 860 870 880 890 900
910
pF1KE3 PSTQAGVIPQGE
::::::::::::
CCDS33 PSTQAGVIPQGEYEGDSLYRPA
910 920
>>CCDS14635.1 USP26 gene_id:83844|Hs108|chrX (913 aa)
initn: 2104 init1: 1067 opt: 1700 Z-score: 1713.4 bits: 328.3 E(32554): 4.1e-89
Smith-Waterman score: 2409; 46.6% identity (70.9% similar) in 920 aa overlap (1-904:1-905)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MISLKVCGFIQIWSQKTGMTKLKEALIETVQRQKEIKLVVTFKSGKFIRIFQLSNNIRSV
: .: . ::.:: . :::..: :::.::.:.:.:. .::. :::::. :.::.::..:
CCDS14 MAALFLRGFVQIGNCKTGISKSKEAFIEAVERKKKDRLVLYFKSGKY-STFRLSDNIQNV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VLRHCKKRQSHLRLTLKNNVFLFIDKLSYRDAKQLNMFLDIIHQNKSQQPMKSDDDWSVF
::. . :.::.:::.:: :::. :: ::.::..::: .:::. : :.. :::
CCDS14 VLKSYRGNQNHLHLTLQNNNGLFIEGLSSTDAEQLKIFLDRVHQNEVQPPVRPGKGGSVF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160
pF1KE3 ESRNMLKEIDKTSFYSICNKPS--------------YQKMPLFMSKSPTHVKKGILENQG
: .. :::.::::... .: : :.:::. :: : . . :::
CCDS14 SSTTQ-KEINKTSFHKVDEKSSSKSFEIAKGSGTGVLQRMPLLTSKL-TLTCGELSENQH
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 GKGQNTLSSDVQTNEDILKEDNPVPNKKYKTDSLKYIQSNRKNPSSLEDLEKDRDLKLGP
: . :::. . ::..:::.: : :: :.: . .. ::.. .:..::... :.
CCDS14 KKRKRMLSSSSEMNEEFLKENNSVEYKKSKADCSRCVSYNREKQLKLKELEENKKLECES
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 SFNTNCNGNPNLDETVLATQTLNAKNGLTSPLEPEHSQGDPRCNKAQVPLDSHSQQLQQG
: : .::: ::. : :.:. : :. :. .:.: . .: .. .. ... .:
CCDS14 SCIMNATGNPYLDDIGL-LQALTEKMVLVFLLQQGYSDGYTKWDKLKLFFELFPEKICHG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 FPNLGNTCYMNAVLQSLFAIPSFADDLLTQGVPWEYIPFEALIMTLTQLLALKDFCSTKI
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CCDS14 LPNLGNTCYMNAVLQSLLSIPSFADDLLNQSFPWGKIPLNALTMCLARLLFFKDTYNIEI
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 KRELLGNVKKVISAVAEIFSGNMQNDAHEFLGQCLDQLKEDMEKLNATLNTGKECGDENS
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CCDS14 KEMLLLNLKKAISAAAEIFHGNAQNDAHEFLAHCLDQLKDNMEKLNTIWKPKSEFGEDNF
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 SPQMHVGSAATKVFVCPVVANFEFELQLSLICKACGHAVLKVEPNNYLSINLHQETKPLP
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CCDS14 PKQVFADDPDTSGFSCPVITNFELELLHSIACKACGQVILKTELNNYLSINLPQRIKAHP
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE3 LSIQNSLDLFFKEEELEYNCQMCKQKSCVARHTFSRLSRVLIIHLKRYSFNNAWLLVKNN
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CCDS14 SSIQSTFDLFFGAEELEYKCAKCEHKTSVGVHSFSRLPRILIVHLKRYSLNEFCALKKND
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KE3 EQVYIPKSLSLSSYCNESTKPPLPLSSSAPVGKCEVLEVSQEMISEINSPLTPSMKLTSE
..: : : :..::.:::.:.:::::: .. . ..:.: ..: : . .. : :.:
CCDS14 QEVIISKYLKVSSHCNEGTRPPLPLSEDGEITDFQLLKVIRKMTS---GNISVSWPATKE
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KE3 SSDSLVLPVEPDKNADLQRFQRDCGDASQEQHQRDL-ENGSALESELVHFRDRAIGEKEL
:.: :. . ::... .. : ::..:.:. : .:.. : : :. :::. :::
CCDS14 SKDILAPHIGSDKESEQKKGQTVFKGASRRQQQKYLGKNSKPNELESVYSGDRAFIEKE-
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KE3 PVADSLMDQGDISLPVMYEDGGKLISSPDTRLVEVHLQEVPQHPELQKYEKTNTFVEFNF
:.: . : :: ... ::: ::: : : .: .: ::..:. .:: ::. :: :
CCDS14 PLAHLMTYLEDTSLCQFHKAGGKPASSPGTPLSKVDFQTVPENPKRKKYVKTSKFVA--F
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KE3 DSVTESTNGFYDCKENRIPEGSQGMAEQLQQCIEESIIDEFLQQAPPPGVRKLDAQEHTE
: . . :. .:. :. :::: : ..:: ::: : .. ::: : . : .: ::.
CCDS14 DRIINPTKDLYEDKNIRIPERFQKVSEQTQQCDGMRICEQAPQQALPQSFPKPGTQGHTK
720 730 740 750 760 770
770 780 790 800 810 820
pF1KE3 ETLNQSTELRLQKADLNHLGALGSD-NPGNKNILDAENTRGEAKELTRNVKMGDPLQAYR
. : . :.: :::.. : : ::::. :: ::.::: . ...::: :: :: ..::
CCDS14 NLL-RPTKLNLQKSNRNSLLALGSNKNPRNKDILD--KIKSKAKETKRNDDKGD--HTYR
780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KE3 LISVVSHIGSSPNSGHYISDVYDFQKQAWFTYNDLCVSEISETKMQEARLHSGYIFFYMH
:::::::.:.. .::::: :.:::.:: ::::.:. : :.:..::: : .::::::::
CCDS14 LISVVSHLGKTLKSGHYICDAYDFEKQIWFTYDDMRVLGIQEAQMQEDRRCTGYIFFYMH
830 840 850 860 870 880
890 900 910
pF1KE3 NGIFEELLRKAENSRLPSTQAGVIPQGE
: ::::.:.. ::..: : .
CCDS14 NEIFEEMLKREENAQLNSKEVEETLQKE
890 900 910
>>CCDS2418.1 USP37 gene_id:57695|Hs108|chr2 (979 aa)
initn: 2103 init1: 592 opt: 1498 Z-score: 1509.4 bits: 290.6 E(32554): 9.4e-78
Smith-Waterman score: 2279; 44.7% identity (69.2% similar) in 951 aa overlap (28-906:28-972)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MISLKVCGFIQIWSQKTGMTKLKEALIETVQRQKEIKLVVTFKSGKFIRIFQLSNNIRSV
: :.......::: ...: . ::::::.::..:
CCDS24 MSPLKIHGPIRIRSMQTGITKWKEGSFEIVEKENKVSLVVHYNTGGIPRIFQLSHNIKNV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE3 VLRHCKKRQSHLRLTLKNNVFLFIDKLSYRDAKQLNMFLDIIHQNKSQQPMK--------
::: .::.: :::..: :: :::. .::... .::: .:::. ::
CCDS24 VLRPSGAKQSRLMLTLQDNSFLSIDKVPSKDAEEMRLFLDAVHQNRLPAAMKPSQGSGSF
70 80 90 100 110 120
120 130 140
pF1KE3 -----------------SDDDWSVFESRNMLKEIDKTSFYSICNKPSY------------
: .: .. .:. :. : : .. ..:.
CCDS24 GAILGSRTSQKETSRQLSYSDNQASAKRGSLETKDDIPFRKVLGNPGRGSIKTVAGSGIA
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 QKMPLFMSKSPTHVKKGILENQGGKGQNTLSSDVQTNEDILKEDNPVPNKKYKTD-SLKY
. .: . : : : ...:.:::. : . .:. . ::: ::.. :.: :: : ::
CCDS24 RTIPSLTSTS-TPLRSGLLENRTEKRKRMISTGSELNEDYPKENDSSSNNKAMTDPSRKY
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250
pF1KE3 IQSNRKNPSSLEDLEKDRDLKLGP----SF-------NTNCNGNPNLDETVLATQTLNAK
. :.:.. ::.. :..: : : :: . . .:. :::.: ...:: .::
CCDS24 LTSSREKQLSLKQSEENRTSGLLPLQSSSFYGSRAGSKEHSSGGTNLDRTNVSSQTPSAK
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300
pF1KE3 NGLTSPLEP-EHSQGDPRCN-------KAQVPLDSHSQQLQQGFPNLGNTCYMNAVLQSL
.: .: : ::: : .:::.::.:: ::: ::::::::::.::::
CCDS24 RSLGFLPQPVPLSVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSL
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 FAIPSFADDLLTQGVPWEYIPFEALIMTLTQLLALKDFCSTKIKRELLGNVKKVISAVAE
:.. :::.::: ::.::. ::..::: ...::. ::.:... :..:: .::..:::.::
CCDS24 FSLQSFANDLLKQGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLLKKVKNAISATAE
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 IFSGNMQNDAHEFLGQCLDQLKEDMEKLNATLNTGKECGDENSSPQMHVGSAATKVFVCP
::: :::::::::.:::::::::::::: : .: :.::: :.. .::....::
CCDS24 RFSGYMQNDAHEFLSQCLDQLKEDMEKLNKTWKTEPVSGEENS-PDI----SATRAYTCP
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 VVANFEFELQLSLICKACGHAVLKVEPNNYLSINLHQETKPLP-LSIQNSLDLFFKEEEL
:..:.:::.: :.::::::. . : : : :::.: .. :::: :::.::::::. :::
CCDS24 VITNLEFEVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEEL
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 EYNCQMCKQKSCVARHTFSRLSRVLIIHLKRYSFNNAWLLV-KNNEQVYIPKSLSLSSYC
::.:. : : ..:: :.:: ::::.:::::::: : : : ..:: ::. :.:::.:
CCDS24 EYSCEKCGGKCALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHC
540 550 560 570 580 590
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 NESTKPPLPLSSSAPVGKCEVLEVSQEMISEINSPLTPSMKLTSESSDSLVLPVEPDKNA
.:.::::. :. :: .. . :..:: . : :.:: ::: :.: .:..::.: .. :..
CCDS24 TENTKPPFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSED
600 610 620 630 640 650
610 620 630 640 650
pF1KE3 DLQRF----QRDCGDASQEQHQRDLENGSAL------ESELVHFRDRAIGEKELPVADSL
.:.: :: : ..::.:.:::. : : .::: . ..:.:: .:
CCDS24 ELKRSVALSQRLCEMLGNEQQQEDLEKDSKLCPIEPDKSELENSGFDRMSEEELLAAVLE
660 670 680 690 700 710
660 670 680 690 700 710
pF1KE3 MDQGDISLPVMYEDGGKLISSPDTRLVEVHLQEVPQHPELQKYEKTNTFVEFNFDSVTES
... : : . .:: : ::::: ..: .::.:..:. .. :: .:..:.. : ::
CCDS24 ISKRDASPSLSHEDDDKPTSSPDTGFAEDDIQEMPENPDTMETEKPKTITELDPASFTEI
720 730 740 750 760 770
720 730 740 750 760
pF1KE3 TNGFYDCKENRIPEGSQGMAEQLQQC-IEESIIDEFLQQAPPPGVRKLDAQEHTEET-LN
:. . :::. :::::: .. ::: .:. .. :::: .... .: :. :. :.
CCDS24 TKDCDENKENKTPEGSQGEVDWLQQYDMEREREEQELQQALAQSLQEQEAWEQKEDDDLK
780 790 800 810 820 830
770 780 790 800 810 820
pF1KE3 QSTELRLQKADLNHLGALGSD-NPGNKNILDAENTRGEAKELTRNVKMGDPLQAYRLISV
..::: ::. . . . ::::: . ::....: : :..::.:: ::.. :. ..::::::
CCDS24 RATELSLQEFNNSFVDALGSDEDSGNEDVFDMEYTEAEAEELKRNAETGNLPHSYRLISV
840 850 860 870 880 890
830 840 850 860 870 880
pF1KE3 VSHIGSSPNSGHYISDVYDFQKQAWFTYNDLCVSEISETKMQEARLHSGYIFFYMHNGIF
::::::. .::::::::::..:::::::::: ::.:.:. .: : .:::::::::. ::
CCDS24 VSHIGSTSSSGHYISDVYDIKKQAWFTYNDLEVSKIQEAAVQSDRDRSGYIFFYMHKEIF
900 910 920 930 940 950
890 900 910
pF1KE3 EELLRKAENSRLPSTQAGVIPQGE
.:::. .::. ::..:
CCDS24 DELLETEKNSQSLSTEVGKTTRQAL
960 970
>>CCDS61632.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15 (1012 aa)
initn: 243 init1: 113 opt: 311 Z-score: 313.0 bits: 69.3 E(32554): 4.1e-11
Smith-Waterman score: 311; 25.5% identity (53.9% similar) in 345 aa overlap (217-540:599-934)
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 DNPVPNKKYKTDSLKYIQSNRKNPSSLEDLEKDRDLKLGPSFNTNCNGNPNLDETV----
:.::. :: ..:.. ...
CCDS61 TVHMYPPEMAPSSAPPSTPPTHKAKPQIPAERDRE----PSKLKRSYSSPDITQAIQEEE
570 580 590 600 610 620
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