Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3459
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3459, 1342 aa
1>>>pF1KE3459 1342 - 1342 aa - 1342 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5025+/-0.00053; mu= 11.6725+/- 0.032
mean_var=639.2633+/-148.134, 0's: 0 Z-trim(118.8): 866 B-trim: 1783 in 1/54
Lambda= 0.050726
statistics sampled from 31006 (32187) to 31006 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.707), E-opt: 0.2 (0.377), width: 16
Scan time: 18.780
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001973 (OMIM: 190151,607598) receptor tyrosine- (1342) 9408 706.2 4e-202
XP_005246433 (OMIM: 600543,615515) PREDICTED: rece (1298) 4154 321.7 2.2e-86
XP_005246434 (OMIM: 600543,615515) PREDICTED: rece (1282) 4142 320.8 4e-86
NP_005226 (OMIM: 600543,615515) receptor tyrosine- (1308) 3601 281.2 3.4e-74
XP_016859069 (OMIM: 600543,615515) PREDICTED: rece (1324) 3592 280.5 5.3e-74
NP_001036064 (OMIM: 600543,615515) receptor tyrosi (1292) 3589 280.3 6.2e-74
XP_016859067 (OMIM: 600543,615515) PREDICTED: rece (1334) 3582 279.8 8.9e-74
XP_016859070 (OMIM: 600543,615515) PREDICTED: rece (1318) 3570 278.9 1.6e-73
NP_005219 (OMIM: 131550,211980,616069) epidermal g (1210) 3422 268.0 2.9e-70
NP_001276866 (OMIM: 137800,164870,211980,613659) r (1055) 2998 236.9 5.9e-61
NP_001005862 (OMIM: 137800,164870,211980,613659) r (1225) 2998 237.0 6.3e-61
NP_001276865 (OMIM: 137800,164870,211980,613659) r (1240) 2998 237.0 6.3e-61
NP_004439 (OMIM: 137800,164870,211980,613659) rece (1255) 2998 237.0 6.4e-61
NP_958439 (OMIM: 131550,211980,616069) epidermal g ( 628) 2084 169.6 6.5e-41
NP_958441 (OMIM: 131550,211980,616069) epidermal g ( 705) 2084 169.7 6.8e-41
NP_001276867 (OMIM: 137800,164870,211980,613659) r ( 603) 1698 141.3 2e-32
XP_016859071 (OMIM: 600543,615515) PREDICTED: rece (1116) 1556 131.4 3.5e-29
XP_006712427 (OMIM: 600543,615515) PREDICTED: rece (1323) 1556 131.5 3.8e-29
XP_016859066 (OMIM: 600543,615515) PREDICTED: rece (1349) 1556 131.6 3.8e-29
XP_016859068 (OMIM: 600543,615515) PREDICTED: rece (1333) 1544 130.7 7e-29
NP_958440 (OMIM: 131550,211980,616069) epidermal g ( 405) 1233 106.9 3e-22
NP_001005915 (OMIM: 190151,607598) receptor tyrosi ( 183) 901 82.0 4.4e-15
XP_011510623 (OMIM: 606994) PREDICTED: activated C ( 979) 671 66.5 1.1e-09
NP_005772 (OMIM: 606994) activated CDC42 kinase 1 (1038) 671 66.6 1.1e-09
NP_001294975 (OMIM: 606994) activated CDC42 kinase (1040) 671 66.6 1.1e-09
XP_005269327 (OMIM: 606994) PREDICTED: activated C (1055) 671 66.6 1.1e-09
XP_011510622 (OMIM: 606994) PREDICTED: activated C (1055) 671 66.6 1.1e-09
XP_016860999 (OMIM: 606994) PREDICTED: activated C (1055) 671 66.6 1.1e-09
XP_016860998 (OMIM: 606994) PREDICTED: activated C (1069) 671 66.6 1.1e-09
XP_016860997 (OMIM: 606994) PREDICTED: activated C (1072) 671 66.6 1.1e-09
XP_011510620 (OMIM: 606994) PREDICTED: activated C (1085) 671 66.6 1.1e-09
NP_001010938 (OMIM: 606994) activated CDC42 kinase (1086) 671 66.6 1.1e-09
XP_005269325 (OMIM: 606994) PREDICTED: activated C (1118) 671 66.6 1.1e-09
XP_011510619 (OMIM: 606994) PREDICTED: activated C (1219) 671 66.7 1.2e-09
NP_001161711 (OMIM: 164690) Abelson tyrosine-prote (1043) 612 62.3 2.2e-08
NP_001161710 (OMIM: 164690) Abelson tyrosine-prote (1058) 612 62.3 2.2e-08
NP_001129472 (OMIM: 164690) Abelson tyrosine-prote (1064) 612 62.3 2.2e-08
NP_001161709 (OMIM: 164690) Abelson tyrosine-prote (1079) 612 62.3 2.2e-08
XP_005245145 (OMIM: 164690) PREDICTED: Abelson tyr (1146) 612 62.3 2.2e-08
NP_001161708 (OMIM: 164690) Abelson tyrosine-prote (1161) 612 62.4 2.3e-08
NP_005149 (OMIM: 164690) Abelson tyrosine-protein (1167) 612 62.4 2.3e-08
XP_016856524 (OMIM: 164690) PREDICTED: Abelson tyr (1182) 612 62.4 2.3e-08
NP_009298 (OMIM: 164690) Abelson tyrosine-protein (1182) 612 62.4 2.3e-08
NP_001129473 (OMIM: 164690) Abelson tyrosine-prote ( 542) 600 60.8 3e-08
XP_005264773 (OMIM: 179611) PREDICTED: ephrin type ( 918) 601 61.4 3.6e-08
XP_005264772 (OMIM: 179611) PREDICTED: ephrin type ( 982) 601 61.4 3.7e-08
NP_005224 (OMIM: 179611) ephrin type-A receptor 3 ( 983) 601 61.4 3.7e-08
XP_011510844 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type ( 394) 593 60.1 3.7e-08
NP_004435 (OMIM: 600011) ephrin type-B receptor 4 ( 987) 599 61.3 4.1e-08
XP_016867305 (OMIM: 600011) PREDICTED: ephrin type (1005) 599 61.3 4.1e-08
>>NP_001973 (OMIM: 190151,607598) receptor tyrosine-prot (1342 aa)
initn: 9408 init1: 9408 opt: 9408 Z-score: 3749.7 bits: 706.2 E(85289): 4e-202
Smith-Waterman score: 9408; 100.0% identity (100.0% similar) in 1342 aa overlap (1-1342:1-1342)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRANDALQVLGLLFSLARGSEVGNSQAVCPGTLNGLSVTGDAENQYQTLYKLYERCEVVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MRANDALQVLGLLFSLARGSEVGNSQAVCPGTLNGLSVTGDAENQYQTLYKLYERCEVVM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 GNLEIVLTGHNADLSFLQWIREVTGYVLVAMNEFSTLPLPNLRVVRGTQVYDGKFAIFVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GNLEIVLTGHNADLSFLQWIREVTGYVLVAMNEFSTLPLPNLRVVRGTQVYDGKFAIFVM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 LNYNTNSSHALRQLRLTQLTEILSGGVYIEKNDKLCHMDTIDWRDIVRDRDAEIVVKDNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LNYNTNSSHALRQLRLTQLTEILSGGVYIEKNDKLCHMDTIDWRDIVRDRDAEIVVKDNG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 RSCPPCHEVCKGRCWGPGSEDCQTLTKTICAPQCNGHCFGPNPNQCCHDECAGGCSGPQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RSCPPCHEVCKGRCWGPGSEDCQTLTKTICAPQCNGHCFGPNPNQCCHDECAGGCSGPQD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 TDCFACRHFNDSGACVPRCPQPLVYNKLTFQLEPNPHTKYQYGGVCVASCPHNFVVDQTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TDCFACRHFNDSGACVPRCPQPLVYNKLTFQLEPNPHTKYQYGGVCVASCPHNFVVDQTS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 CVRACPPDKMEVDKNGLKMCEPCGGLCPKACEGTGSGSRFQTVDSSNIDGFVNCTKILGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CVRACPPDKMEVDKNGLKMCEPCGGLCPKACEGTGSGSRFQTVDSSNIDGFVNCTKILGN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 LDFLITGLNGDPWHKIPALDPEKLNVFRTVREITGYLNIQSWPPHMHNFSVFSNLTTIGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LDFLITGLNGDPWHKIPALDPEKLNVFRTVREITGYLNIQSWPPHMHNFSVFSNLTTIGG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 RSLYNRGFSLLIMKNLNVTSLGFRSLKEISAGRIYISANRQLCYHHSLNWTKVLRGPTEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RSLYNRGFSLLIMKNLNVTSLGFRSLKEISAGRIYISANRQLCYHHSLNWTKVLRGPTEE
430 440 450 460 470 480
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pF1KE3 RLDIKHNRPRRDCVAEGKVCDPLCSSGGCWGPGPGQCLSCRNYSRGGVCVTHCNFLNGEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLDIKHNRPRRDCVAEGKVCDPLCSSGGCWGPGPGQCLSCRNYSRGGVCVTHCNFLNGEP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 REFAHEAECFSCHPECQPMEGTATCNGSGSDTCAQCAHFRDGPHCVSSCPHGVLGAKGPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 REFAHEAECFSCHPECQPMEGTATCNGSGSDTCAQCAHFRDGPHCVSSCPHGVLGAKGPI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 YKYPDVQNECRPCHENCTQGCKGPELQDCLGQTLVLIGKTHLTMALTVIAGLVVIFMMLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YKYPDVQNECRPCHENCTQGCKGPELQDCLGQTLVLIGKTHLTMALTVIAGLVVIFMMLG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 GTFLYWRGRRIQNKRAMRRYLERGESIEPLDPSEKANKVLARIFKETELRKLKVLGSGVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GTFLYWRGRRIQNKRAMRRYLERGESIEPLDPSEKANKVLARIFKETELRKLKVLGSGVF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 GTVHKGVWIPEGESIKIPVCIKVIEDKSGRQSFQAVTDHMLAIGSLDHAHIVRLLGLCPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GTVHKGVWIPEGESIKIPVCIKVIEDKSGRQSFQAVTDHMLAIGSLDHAHIVRLLGLCPG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 SSLQLVTQYLPLGSLLDHVRQHRGALGPQLLLNWGVQIAKGMYYLEEHGMVHRNLAARNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSLQLVTQYLPLGSLLDHVRQHRGALGPQLLLNWGVQIAKGMYYLEEHGMVHRNLAARNV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 LLKSPSQVQVADFGVADLLPPDDKQLLYSEAKTPIKWMALESIHFGKYTHQSDVWSYGVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLKSPSQVQVADFGVADLLPPDDKQLLYSEAKTPIKWMALESIHFGKYTHQSDVWSYGVT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 VWELMTFGAEPYAGLRLAEVPDLLEKGERLAQPQICTIDVYMVMVKCWMIDENIRPTFKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VWELMTFGAEPYAGLRLAEVPDLLEKGERLAQPQICTIDVYMVMVKCWMIDENIRPTFKE
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970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE3 LANEFTRMARDPPRYLVIKRESGPGIAPGPEPHGLTNKKLEEVELEPELDLDLDLEAEED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LANEFTRMARDPPRYLVIKRESGPGIAPGPEPHGLTNKKLEEVELEPELDLDLDLEAEED
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE3 NLATTTLGSALSLPVGTLNRPRGSQSLLSPSSGYMPMNQGNLGESCQESAVSGSSERCPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLATTTLGSALSLPVGTLNRPRGSQSLLSPSSGYMPMNQGNLGESCQESAVSGSSERCPR
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE3 PVSLHPMPRGCLASESSEGHVTGSEAELQEKVSMCRSRSRSRSPRPRGDSAYHSQRHSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PVSLHPMPRGCLASESSEGHVTGSEAELQEKVSMCRSRSRSRSPRPRGDSAYHSQRHSLL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE3 TPVTPLSPPGLEEEDVNGYVMPDTHLKGTPSSREGTLSSVGLSSVLGTEEEDEDEEYEYM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TPVTPLSPPGLEEEDVNGYVMPDTHLKGTPSSREGTLSSVGLSSVLGTEEEDEDEEYEYM
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KE3 NRRRRHSPPHPPRPSSLEELGYEYMDVGSDLSASLGSTQSCPLHPVPIMPTAGTTPDEDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NRRRRHSPPHPPRPSSLEELGYEYMDVGSDLSASLGSTQSCPLHPVPIMPTAGTTPDEDY
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE3 EYMNRQRDGGGPGGDYAAMGACPASEQGYEEMRAFQGPGHQAPHVHYARLKTLRSLEATD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EYMNRQRDGGGPGGDYAAMGACPASEQGYEEMRAFQGPGHQAPHVHYARLKTLRSLEATD
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340
pF1KE3 SAFDNPDYWHSRLFPKANAQRT
::::::::::::::::::::::
NP_001 SAFDNPDYWHSRLFPKANAQRT
1330 1340
>>XP_005246433 (OMIM: 600543,615515) PREDICTED: receptor (1298 aa)
initn: 2971 init1: 1332 opt: 4154 Z-score: 1671.8 bits: 321.7 E(85289): 2.2e-86
Smith-Waterman score: 4179; 50.5% identity (72.8% similar) in 1277 aa overlap (1-1264:1-1234)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRANDALQVLGLLFSLARGSEVGNSQAVCPGTLNGLSVTGDAENQYQTLYKLYERCEVVM
:. .: : :. : . ..::.:: :: : :: .: :.::..: : :: :::::
XP_005 MKPATGLWVWVSLLVAAGTVQPSDSQSVCAGTENKLSSLSDLEQQYRALRKYYENCEVVM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 GNLEIVLTGHNADLSFLQWIREVTGYVLVAMNEFSTLPLPNLRVVRGTQVYDGKFAIFVM
:::::. :: :::::. .::::::::::.:.: ::: :::..:::..:. ..:. ..
XP_005 GNLEITSIEHNRDLSFLRSVREVTGYVLVALNQFRYLPLENLRIIRGTKLYEDRYALAIF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE3 LNYNTNSSHALRQLRLTQLTEILSGGVYIEKNDKLCHMDTIDWRDIVRDR--DAEIVVKD
::: ... .:..: : .:::::.::::...: ::. ::: :.::::. . .:.
XP_005 LNYRKDGNFGLQELGLKNLTEILNGGVYVDQNKFLCYADTIHWQDIVRNPWPSNLTLVST
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 NGRS-CPPCHEVCKGRCWGPGSEDCQTLTKTICAPQCNGHCFGPNPNQCCHDECAGGCSG
:: : : ::. : :::::: . :::::.:.:: ::.:.:.:: ..::: ::::::::
XP_005 NGSSGCGRCHKSCTGRCWGPTENHCQTLTRTVCAEQCDGRCYGPYVSDCCHRECAGGCSG
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 PQDTDCFACRHFNDSGACVPRCPQPLVYNKLTFQLEPNPHTKYQYGGVCVASCPHNFVVD
:.::::::: .:::::::: .::: .::: ::::: : ..:: ::. :: .::::::::
XP_005 PKDTDCFACMNFNDSGACVTQCPQTFVYNPTTFQLEHNFNAKYTYGAFCVKKCPHNFVVD
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 QTSCVRACPPDKMEVDKNGLKMCEPCGGLCPKACEGTGSGSRF--QTVDSSNIDGFVNCT
..::::::: .::::..::.:::.:: .:::::.: :.:: . ::::::::: :.:::
XP_005 SSSCVRACPSSKMEVEENGIKMCKPCTDICPKACDGIGTGSLMSAQTVDSSNIDKFINCT
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 KILGNLDFLITGLNGDPWHKIPALDPEKLNVFRTVREITGYLNIQSWPPHMHNFSVFSNL
:: ::: ::.::..:::.. : :.::::::::::::::::.::::::::.: .:::::::
XP_005 KINGNLIFLVTGIHGDPYNAIEAIDPEKLNVFRTVREITGFLNIQSWPPNMTDFSVFSNL
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 TTIGGRSLYNRGFSLLIMKNLNVTSLGFRSLKEISAGRIYISANRQLCYHHSLNWTKVLR
.::::: ::. :.::::.:. ..::: :.:::::::: :::. : .:::.:..::: .:
XP_005 VTIGGRVLYS-GLSLLILKQQGITSLQFQSLKEISAGNIYITDNSNLCYYHTINWT-TLF
430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 GPTEERLDIKHNRPRRDCVAEGKVCDPLCSSGGCWGPGPGQCLSCRNYSRGGVCVTHCNF
. ..:. :. :: ..:.::: ::. :::: ::::::: :::::: .::: .:. ::.
XP_005 STINQRIVIRDNRKAENCTAEGMVCNHLCSSDGCWGPGPDQCLSCRRFSRGRICIESCNL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE3 LNGEPREFAHEAECFSCHPECQPME-GTATCNGSGSDTCAQCAHFRDGPHCVSSCPHGVL
.:: ::: . . : : :.:. :: : ::.: : :.:..:.::.:::.:: .:: :.
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pF1KE3 PELDLDLDLEAEEDNLATTTLGSALSLPV---------GTLNRPRG-SQSLLSPSSGY--
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NP_001 DMMDAEEYLVPQAFNIPPPIYTSRARIDSNRNQFVYRDGGFAAEQGVSVPYRAPTSTIPE
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NP_001 APVAQGATAEIFDDSCCNGTLR---KPVAPHVQEDSSTQRYSADPTVFAPERSPRGELDE
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pF1KE3 KVSMCRSRSRSRSPR--PRGDSAYHSQR-----HSLLTPV---TPLSPPGLEEEDVNGYV
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NP_001 EGYMTPMRDKPKQEYLNPVEENPFVSRRKNGDLQALDNPEYHNASNGPPKAEDEYVNEPL
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pF1KE3 MPDTHLKGTPSSREGTLSSVGLSSVLGTEEEDEDEEYEYMNRRRRHSPPHPPRPSSLEEL
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