Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3437
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3437, 963 aa
1>>>pF1KE3437 963 - 963 aa - 963 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5647+/-0.000375; mu= 15.8603+/- 0.024
mean_var=102.3964+/-20.458, 0's: 0 Z-trim(116.5): 215 B-trim: 1734 in 2/54
Lambda= 0.126745
statistics sampled from 27428 (27680) to 27428 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.665), E-opt: 0.2 (0.325), width: 16
Scan time: 11.480
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004642 (OMIM: 300050) ubiquitin carboxyl-termin ( 963) 6624 1222.4 0
XP_011542290 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin c ( 690) 4769 883.1 0
XP_005272731 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin c ( 690) 4769 883.1 0
NP_955475 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-termin ( 916) 2651 495.9 4e-139
NP_003354 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-termin ( 963) 2241 420.9 1.6e-116
XP_006719781 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 775) 1461 278.2 1.1e-73
XP_016875774 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 1461 278.3 1.2e-73
XP_016875773 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 1461 278.3 1.2e-73
NP_006304 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-termin ( 952) 1461 278.3 1.3e-73
NP_001239007 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-ter ( 981) 1461 278.3 1.4e-73
XP_005269318 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 648) 1169 224.8 1.1e-57
XP_016880723 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1288) 938 182.7 1e-44
XP_011523681 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1327) 938 182.7 1.1e-44
XP_016880722 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1558) 938 182.8 1.2e-44
XP_011523680 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1572) 938 182.8 1.2e-44
XP_011523678 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1601) 938 182.8 1.3e-44
NP_115971 (OMIM: 607740) ubiquitin carboxyl-termin (1604) 938 182.8 1.3e-44
XP_011523677 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1608) 938 182.8 1.3e-44
XP_011523676 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1615) 938 182.8 1.3e-44
XP_011523675 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1618) 938 182.8 1.3e-44
XP_011523674 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1620) 938 182.8 1.3e-44
XP_011523673 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1634) 938 182.8 1.3e-44
XP_016861124 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c ( 871) 886 173.1 5.5e-42
XP_005264888 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1268) 886 173.2 7.5e-42
XP_016861123 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1270) 886 173.2 7.5e-42
XP_016861122 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1281) 886 173.2 7.6e-42
XP_016861121 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283) 886 173.2 7.6e-42
XP_016861120 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283) 886 173.2 7.6e-42
XP_016861119 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1285) 886 173.2 7.6e-42
XP_016861118 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1303) 886 173.2 7.7e-42
XP_016861117 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1305) 886 173.2 7.7e-42
XP_016861116 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1307) 886 173.2 7.7e-42
NP_006668 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-termin (1318) 886 173.2 7.8e-42
XP_016861115 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1318) 886 173.2 7.8e-42
XP_016861114 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1320) 886 173.2 7.8e-42
XP_005264887 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1322) 886 173.2 7.8e-42
XP_016861113 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1332) 886 173.2 7.8e-42
XP_006713015 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1367) 886 173.2 8e-42
XP_006713014 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1368) 886 173.2 8e-42
XP_016861112 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369) 886 173.2 8e-42
XP_006713013 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369) 886 173.2 8e-42
XP_016861111 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371) 886 173.2 8e-42
XP_016861110 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371) 886 173.2 8e-42
NP_001186091 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1372) 886 173.2 8e-42
XP_006713012 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1373) 886 173.2 8e-42
XP_016861109 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1381) 886 173.2 8.1e-42
XP_006713011 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1382) 886 173.2 8.1e-42
XP_016861108 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1383) 886 173.2 8.1e-42
XP_016861107 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1384) 886 173.2 8.1e-42
NP_001186090 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1384) 886 173.2 8.1e-42
>>NP_004642 (OMIM: 300050) ubiquitin carboxyl-terminal h (963 aa)
initn: 6624 init1: 6624 opt: 6624 Z-score: 6544.6 bits: 1222.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6624; 100.0% identity (100.0% similar) in 963 aa overlap (1-963:1-963)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAVAPRLFGGLCFRFRDQNPEVAVEGRLPISHSCVGCRRERTAMATVAANPAAAAAAVAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MAVAPRLFGGLCFRFRDQNPEVAVEGRLPISHSCVGCRRERTAMATVAANPAAAAAAVAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 AAAVTEDREPQHEELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKHWYKQWEAYVQGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AAAVTEDREPQHEELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKHWYKQWEAYVQGG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DQDSSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAAAWHYLVSWYGLEHGQPPIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DQDSSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAAAWHYLVSWYGLEHGQPPIE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 RKVIELPNIQKVEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHTDSIGLVLRTARERFLVEPQEDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RKVIELPNIQKVEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHTDSIGLVLRTARERFLVEPQEDT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 RLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKDGTWPSAQLHVMNNNMSEEDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKDGTWPSAQLHVMNNNMSEEDE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 DFKGQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DFKGQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 AYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 KKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 FCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 MVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 RDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDEDDGDEKEDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDEDDGDEKEDD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 EEDKDDVPGPSTGGSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EEDKDDVPGPSTGGSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 TVNSNGTSDRTTSPEEVHAQPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAPVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TVNSNGTSDRTTSPEEVHAQPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAPVR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 LQECIELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LQECIELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREK
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 LDTLVEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LDTLVEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 WHYFDDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQRQDVARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 WHYFDDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQRQDVARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFM
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 DVN
:::
NP_004 DVN
>>XP_011542290 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin carbo (690 aa)
initn: 4769 init1: 4769 opt: 4769 Z-score: 4713.6 bits: 883.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4769; 100.0% identity (100.0% similar) in 690 aa overlap (274-963:1-690)
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 AKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKDGTWPSAQLHVMNNNMSEEDEDFK
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 METRKKDGTWPSAQLHVMNNNMSEEDEDFK
10 20 30
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 GQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYA
40 50 60 70 80 90
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 DLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKE
100 110 120 130 140 150
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 YVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCY
160 170 180 190 200 210
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 LSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERMMVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERMMVA
220 230 240 250 260 270
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 DVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPARDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPARDY
280 290 300 310 320 330
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 NNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDEDDGDEKEDDEED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDEDDGDEKEDDEED
340 350 360 370 380 390
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 KDDVPGPSTGGSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KDDVPGPSTGGSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVN
400 410 420 430 440 450
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 SNGTSDRTTSPEEVHAQPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAPVRLQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SNGTSDRTTSPEEVHAQPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAPVRLQE
460 470 480 490 500 510
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 CIELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CIELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDT
520 530 540 550 560 570
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 LVEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LVEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHY
580 590 600 610 620 630
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 FDDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQRQDVARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FDDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQRQDVARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
640 650 660 670 680 690
>>XP_005272731 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin carbo (690 aa)
initn: 4769 init1: 4769 opt: 4769 Z-score: 4713.6 bits: 883.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4769; 100.0% identity (100.0% similar) in 690 aa overlap (274-963:1-690)
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 AKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKDGTWPSAQLHVMNNNMSEEDEDFK
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 METRKKDGTWPSAQLHVMNNNMSEEDEDFK
10 20 30
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 GQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYA
40 50 60 70 80 90
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 DLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKE
100 110 120 130 140 150
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 YVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCY
160 170 180 190 200 210
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 LSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERMMVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERMMVA
220 230 240 250 260 270
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 DVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPARDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPARDY
280 290 300 310 320 330
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 NNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDEDDGDEKEDDEED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDEDDGDEKEDDEED
340 350 360 370 380 390
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 KDDVPGPSTGGSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KDDVPGPSTGGSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVN
400 410 420 430 440 450
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 SNGTSDRTTSPEEVHAQPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAPVRLQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SNGTSDRTTSPEEVHAQPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAPVRLQE
460 470 480 490 500 510
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 CIELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 CIELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDT
520 530 540 550 560 570
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 LVEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LVEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHY
580 590 600 610 620 630
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 FDDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQRQDVARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FDDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQRQDVARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
640 650 660 670 680 690
>>NP_955475 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-terminal h (916 aa)
initn: 2506 init1: 1343 opt: 2651 Z-score: 2618.7 bits: 495.9 E(85289): 4e-139
Smith-Waterman score: 2711; 48.1% identity (72.6% similar) in 910 aa overlap (79-952:12-901)
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 ANPAAAAAAVAAAAAVTEDREPQHEELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKH
:.. .. : : : :. : .:.:....
NP_955 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTT-LQRGAQWYLIDSR
10 20 30 40
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 WYKQWEAYVQGGDQ-------DSSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAA
:.:::. :: : :. . . ::: :.:. ::.: . ::: :.. ::::.:.
NP_955 WFKQWKKYV-GFDSWDMYNVGEHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTE
50 60 70 80 90
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pF1KE3 AWHYLVSWYGLEHGQPPIERKVIE---LPNIQKVEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHT
::. :..::: .:: :: :::.: . . ::::: .:: : ...: . . .::..
NP_955 AWNKLLNWYGCVEGQQPIVRKVVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKA
100 110 120 130 140 150
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pF1KE3 DSIGLVLRTARERFLVEPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRK
:.:. . . :. : . ...:::: : .. ..: :: ::.: ::....: ..
NP_955 DTIATIEKEMRKLFNIPAERETRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQN
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 KDGTWPSAQLHVMNNNMS-----EEDEDFKGQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQL
.::::: :. ....: .: . . :::.::: :::::::::::::::::. :
NP_955 EDGTWPRQTLQSNGSGFSASYNCQEPPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPL
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 TEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQF
:.:::.. : :.: ::::::::::::::.:.:: :::. ..:..::..::.:: ::
NP_955 TDYFLKDEYEAEINRDNPLGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQF
280 290 300 310 320 330
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pF1KE3 LGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSV
::::.::::::.:::::::::::::::: :.:: :: :::: ::.:::.::. :::::
NP_955 SGYQQQDSQELLAFLLDGLHEDLNRVKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSV
340 350 360 370 380 390
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pF1KE3 IVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHR
::::::::::::::::.:..:::::::::::..:::... ::.:::..: ::. .: :.:
NP_955 IVDTFHGLFKSTLVCPECAKVSVTFDPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYR
400 410 420 430 440 450
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 LVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERMMVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYE
..:: : .:::: :::. .::. : :.::::..:::.:..:..: :. :. ::::::::
NP_955 VTVPLMGAVSDLCEALSRLSGIAAENMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYE
460 470 480 490 500 510
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 VSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPARDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYN
: . ...:: : ...:::.::: .: ..: . :.:.:::.:::. ..: :.::.
NP_955 VCS--TSVDGS-ECVTLPVYFRERK-SRPSSTSSAS-ALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQ
520 530 540 550 560 570
640 650 660 670 680
pF1KE3 VLMYRLSRYVTKPNSDDED---------DGDEKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDPEPEQA
.. :.:::: .: :. .:... . ::.... : .. :
NP_955 AVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPGACNGSRNSCEGEDEEEMEHQEEG---KEQLSETE
580 590 600 610 620 630
690 700 710 720 730
pF1KE3 GPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEE-----VHA
: . . : . .: :.: :::.. ::: ::.: .. . ...
NP_955 GSGEDEPGNDPSETTQKKIKGQPCPKR----LFTFSLVNSYGTADINSLAADGKLLKLNS
640 650 660 670 680
740 750 760 770 780 790
pF1KE3 QPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVM----KKAPVRLQECIELFTTVETLE
. .:.::. : .. :::: :.:.: :: :.... ::. : :..:::::::.:::
NP_955 RSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYEKH--VSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLG
690 700 710 720 730 740
800 810 820 830 840 850
pF1KE3 KENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDTLVEFPIRDLDFS
...:::::.::.:: ::::.::: ::.::..:::::::... :.::::.:::::: :..:
NP_955 EHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKILVVHLKRFSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLNMS
750 760 770 780 790 800
860 870 880 890 900 910
pF1KE3 EFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHYFDDNSVSPVNEN
::: . . . : : :::::::::::.: ::::..: :: .:.:.::::..:: ..:.
NP_955 EFVCNLS--ARP--YVYDLIAVSNHYGAMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDSNVSLASED
810 820 830 840 850 860
920 930 940 950 960
pF1KE3 QIESKAAYVLFYQRQD---VARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
:: .::::::::::.: :: .::: . . :. :
NP_955 QIVTKAAYVLFYQRRDDEFYKTPSLSSSGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSMDTN
870 880 890 900 910
>>NP_003354 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-terminal h (963 aa)
initn: 2417 init1: 1343 opt: 2241 Z-score: 2213.2 bits: 420.9 E(85289): 1.6e-116
Smith-Waterman score: 2618; 46.0% identity (69.3% similar) in 957 aa overlap (79-952:12-948)
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 ANPAAAAAAVAAAAAVTEDREPQHEELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKH
:.. .. : : : :. : .:.:....
NP_003 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTT-LQRGAQWYLIDSR
10 20 30 40
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 WYKQWEAYVQGGDQ-------DSSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAA
:.:::. :: : :. . . ::: :.:. ::.: . ::: :.. ::::.:.
NP_003 WFKQWKKYV-GFDSWDMYNVGEHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTE
50 60 70 80 90
170 180 190 200 210
pF1KE3 AWHYLVSWYGLEHGQPPIERKVIE---LPNIQKVEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHT
::. :..::: .:: :: :::.: . . ::::: .:: : ...: . . .::..
NP_003 AWNKLLNWYGCVEGQQPIVRKVVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKA
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 DSIGLVLRTARERFLVEPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRK
:.:. . . :. : . ...:::: : .. ..: :: ::.: ::....: ..
NP_003 DTIATIEKEMRKLFNIPAERETRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQN
160 170 180 190 200 210
280 290
pF1KE3 KDGTWP------------------------------SAQLHVMNNNMS------------
.::::: ::.: . ... :
NP_003 EDGTWPRQTLQSKSSTAPSRNFTTSPKSSASPYSSVSASLIANGDSTSTCGMHSSGVSRG
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340
pF1KE3 ----------EEDEDFKGQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEEL
.: . . :::.::: :::::::::::::::::. ::.:::.. : :.
NP_003 GSGFSASYNCQEPPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEI
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 NFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLS
: ::::::::::::::.:.:: :::. ..:..::..::.:: :: ::::.::::::.
NP_003 NRDNPLGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLA
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 FLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTL
:::::::::::::::: :.:: :: :::: ::.:::.::. ::::::::::::::::::
NP_003 FLLDGLHEDLNRVKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKSTL
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KE3 VCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLC
:::.:..:::::::::::..:::... ::.:::..: ::. .: :.:..:: : .::::
NP_003 VCPECAKVSVTFDPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDLC
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KE3 VALSKHTGISPERMMVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSRE
:::. .::. : :.::::..:::.:..:..: :. :. ::::::::: . ...:: :
NP_003 EALSRLSGIAAENMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCS--TSVDGS-E
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630 640
pF1KE3 DIVVPVYLRERTPARDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKP
...:::.::: .: ..: . :.:.:::.:::. ..: :.::... :.:::: .:
NP_003 CVTLPVYFRERK-SRPSSTSSAS-ALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQP
580 590 600 610 620 630
650 660 670 680 690
pF1KE3 NSDDED---------DGDEKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFL
:. .:... . ::.... : .. : : . . :
NP_003 LPDEFGSSPLEPGACNGSRNSCEGEDEEEMEHQEEG---KEQLSETEGSGEDEPGNDPSE
640 650 660 670 680 690
700 710 720 730 740 750
pF1KE3 LDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEE-----VHAQPYIAIDWEPEMK
. .: :.: :::.. ::: ::.: .. . .... .:.::. : .
NP_003 TTQKKIKGQPCPKR----LFTFSLVNSYGTADINSLAADGKLLKLNSRSTLAMDWDSETR
700 710 720 730 740
760 770 780 790 800
pF1KE3 KRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVM----KKAPVRLQECIELFTTVETLEKENPWYCPSCKQH
. :::: :.:.: :: :.... ::. : :..:::::::.::: ...:::::.::.:
NP_003 RLYYDEQESEAYEKH--VSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLGEHDPWYCPNCKKH
750 760 770 780 790 800
810 820 830 840 850 860
pF1KE3 QLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDTLVEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPE
: ::::.::: ::.::..:::::::... :.::::.:::::: :..:::: . . . :
NP_003 QQATKKFDLWSLPKILVVHLKRFSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLNMSEFVCNLS--ARP-
810 820 830 840 850 860
870 880 890 900 910 920
pF1KE3 LYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHYFDDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQ
: :::::::::::.: ::::..: :: .:.:.::::..:: ..:.:: .:::::::::
NP_003 -YVYDLIAVSNHYGAMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDSNVSLASEDQIVTKAAYVLFYQ
870 880 890 900 910 920
930 940 950 960
pF1KE3 RQD---VARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
:.: :: .::: . . :. :
NP_003 RRDDEFYKTPSLSSSGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSMDTN
930 940 950 960
>>XP_006719781 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin carbo (775 aa)
initn: 1932 init1: 1308 opt: 1461 Z-score: 1443.7 bits: 278.2 E(85289): 1.1e-73
Smith-Waterman score: 1943; 42.9% identity (66.9% similar) in 758 aa overlap (96-764:24-770)
70 80 90 100 110
pF1KE3 EDREPQHEELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKHWYKQWEAYV--------
:: :..:.::...:.:::. ::
XP_006 MAEGGAADLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKY
10 20 30 40 50
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 QGGDQDSSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAAAWHYLVSWYGLEHGQP
: :::. ..:: :.:. :..: ::: :.. ::.:::. .:. ::::: : .::
XP_006 QMGDQN--VYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQE
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180 190 200 210 220 230
pF1KE3 PIERKVIELPNIQK---VEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHTDSIGLVLRTARERFLV
:: :::.: . : :::: .:: : ....... : .::..:.: . . :. : .
XP_006 PIARKVVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSI
120 130 140 150 160 170
240 250 260 270 280
pF1KE3 EPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKDGTWP----------
...:::: : .... : :. ::.: ::....: ...:::::
XP_006 PDEKETRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPKSPG
180 190 200 210 220 230
290 300 310
pF1KE3 ---------------SAQLHVMNN-NMSE-----------EDEDFK--G----QPGICGL
: . . ::: :... .. :.. : :::.:::
XP_006 ASNFSTLPKISPSSLSNNYNNMNNRNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGL
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360 370
pF1KE3 TNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWS
.:::::::::::.:::::.: :::::::. : ::::: :::::.::::..::.:.:: ::
XP_006 SNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWS
300 310 320 330 340 350
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 GHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAA
:. ..:..::..::.:: :: ::::.: ::::.::::::::::::..:: :..: ::
XP_006 GKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDAD
360 370 380 390 400 410
440 450 460 470 480 490
pF1KE3 GRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPIS
::::. ::.:::.:: .::::.::: ::::::::::::.:...::::::::::..:::..
XP_006 GRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMK
420 430 440 450 460 470
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 HKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERMMVADVFSHRFY
..:.:::... ::: :: :...:::: :.: :::.::: .:: ..:.:.:...:::.
XP_006 KERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFH
480 490 500 510 520 530
560 570 580 590 600 610
pF1KE3 KLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPARDYNNSYYGLM
... ..: ::::..::::.:.:.. :. : . : ...:: :::. .:.. . :
XP_006 RIFAMDENLSSIMERDDIYVFEIN--INRTEDT-EHVIIPVCLREKFRHSSYTH-HTGSS
540 550 560 570 580
620 630 640 650
pF1KE3 LFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDEDDGD----------------
:::.:.:..:::. : . :::.:. :. ::: . .: .:.
XP_006 LFGQPFLMAVPRNN-TEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLHCCKDQNINGNGPNG
590 600 610 620 630 640
660 670 680 690 700
pF1KE3 --EKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDP---EPEQAGPSSGVTNRCPFLL---DNCLGTSQW
:. . : . : : .. . . : : :. : : : : :.: : :
XP_006 IHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSEDSVGGDNDSENGLCTEDTCKG--QL
650 660 670 680 690 700
710 720 730 740 750
pF1KE3 PPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEEVHAQ-----------PYIAIDWEPEMKKRYY
...: :::.: : ..:. . . : . ..:.::.:..::::.
XP_006 TGHKKR--LFTFQFNNLGNTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYF
710 720 730 740 750 760
760 770 780 790 800 810
pF1KE3 DEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAPVRLQECIELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLD
:: :: :
XP_006 DENAAEKYFSLGL
770
>>XP_016875774 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin carbo (860 aa)
initn: 2336 init1: 1308 opt: 1461 Z-score: 1443.1 bits: 278.3 E(85289): 1.2e-73
Smith-Waterman score: 2409; 46.5% identity (69.5% similar) in 848 aa overlap (191-958:7-841)
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 AAWHYLVSWYGLEHGQPPIERKVIELPNIQKVEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHTDS
::::: .:: : ....... : .::..:.
XP_016 MFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADT
10 20 30
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 IGLVLRTARERFLVEPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKD
: . . :. : . ...:::: : .... : :. ::.: ::....: ...:
XP_016 IDTIEKEIRKIFSIPDEKETRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNED
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290 300
pF1KE3 GTWP-------------------------SAQLHVMNN-NMSE-----------EDEDFK
:::: : . . ::: :... .. :..
XP_016 GTWPRGPSTPKSPGASNFSTLPKISPSSLSNNYNNMNNRNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYS
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310 320 330 340 350
pF1KE3 --G----QPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGE
: :::.:::.:::::::::::.:::::.: :::::::. : ::::: :::::.::
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pF1KE3 IAEAYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLN
::..::.:.:: :::. ..:..::..::.:: :: ::::.: ::::.:::::::::::
XP_016 IAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLN
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420 430 440 450 460 470
pF1KE3 RVKKKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVT
:..:: :..: :: ::::. ::.:::.:: .::::.::: ::::::::::::.:...:::
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:::::::..:::....:.:::... ::: :: :...:::: :.: :::.::: .::
XP_016 FDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTALSALSGIPA
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540 550 560 570 580 590
pF1KE3 ERMMVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRER
..:.:.:...:::.... ..: ::::..::::.:.:.. :. : . : ...:: :::.
XP_016 DKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEIN--INRTEDT-EHVIIPVCLREK
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.:.. . : :::.:.:..:::. : . :::.:. :. ::: . .: .:.
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:. . : . : : .. . . : : :. : : :
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: :.: : : ...: :::.: : ..:. . . : . .
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.:.::.:..::::.:: :: . ::. : : : : :.:..::::::: : : :.:::
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pF1KE3 CPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDTLVEFPIRDLDFSEFVIQP
::.::.:: :::::::: :: .:..:::::::... :.::::::.::: :::.:::.:.:
XP_016 CPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSEFLINP
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pF1KE3 QNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHYFDDNSVSPVNENQIESKA
. ..: .:.::::::::::: ::::.:: :::.:.:.::::.::: ..:.:: :::
XP_016 N--AGPC--RYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKA
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pF1KE3 AYVLFYQRQDV-ARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
::::::::::. . . : :: : . : :.
XP_016 AYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGIPLESDEDSNDNDNDIENENCMHTN
810 820 830 840 850 860
>>XP_016875773 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin carbo (860 aa)
initn: 2336 init1: 1308 opt: 1461 Z-score: 1443.1 bits: 278.3 E(85289): 1.2e-73
Smith-Waterman score: 2409; 46.5% identity (69.5% similar) in 848 aa overlap (191-958:7-841)
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pF1KE3 AAWHYLVSWYGLEHGQPPIERKVIELPNIQKVEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHTDS
::::: .:: : ....... : .::..:.
XP_016 MFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADT
10 20 30
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 IGLVLRTARERFLVEPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKD
: . . :. : . ...:::: : .... : :. ::.: ::....: ...:
XP_016 IDTIEKEIRKIFSIPDEKETRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNED
40 50 60 70 80 90
290 300
pF1KE3 GTWP-------------------------SAQLHVMNN-NMSE-----------EDEDFK
:::: : . . ::: :... .. :..
XP_016 GTWPRGPSTPKSPGASNFSTLPKISPSSLSNNYNNMNNRNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYS
100 110 120 130 140 150
310 320 330 340 350
pF1KE3 --G----QPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGE
: :::.:::.:::::::::::.:::::.: :::::::. : ::::: :::::.::
XP_016 EPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGE
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pF1KE3 IAEAYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLN
::..::.:.:: :::. ..:..::..::.:: :: ::::.: ::::.:::::::::::
XP_016 IAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLN
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pF1KE3 RVKKKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVT
:..:: :..: :: ::::. ::.:::.:: .::::.::: ::::::::::::.:...:::
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pF1KE3 FDPFCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISP
:::::::..:::....:.:::... ::: :: :...:::: :.: :::.::: .::
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..:.:.:...:::.... ..: ::::..::::.:.:.. :. : . : ...:: :::.
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.:.. . : :::.:.:..:::. : . :::.:. :. ::: . .: .:.
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:. . : . : : .. . . : : :. : : :
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: :.: : : ...: :::.: : ..:. . . : . .
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pF1KE3 IAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAP-VRLQECIELFTTVETLEKENPWY
.:.::.:..::::.:: :: . ::. : : : : :.:..::::::: : : :.:::
XP_016 LALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEYKPPKKPFVKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWY
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pF1KE3 CPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDTLVEFPIRDLDFSEFVIQP
::.::.:: :::::::: :: .:..:::::::... :.::::::.::: :::.:::.:.:
XP_016 CPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSEFLINP
690 700 710 720 730 740
870 880 890 900 910 920
pF1KE3 QNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHYFDDNSVSPVNENQIESKA
. ..: .:.::::::::::: ::::.:: :::.:.:.::::.::: ..:.:: :::
XP_016 N--AGPC--RYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKA
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930 940 950 960
pF1KE3 AYVLFYQRQDV-ARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
::::::::::. . . : :: : . : :.
XP_016 AYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGIPLESDEDSNDNDNDIENENCMHTN
810 820 830 840 850 860
>>NP_006304 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-terminal h (952 aa)
initn: 2578 init1: 1308 opt: 1461 Z-score: 1442.4 bits: 278.3 E(85289): 1.3e-73
Smith-Waterman score: 2743; 47.4% identity (71.0% similar) in 925 aa overlap (96-958:24-933)
70 80 90 100 110
pF1KE3 EDREPQHEELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKHWYKQWEAYV--------
:: :..:.::...:.:::. ::
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pF1KE3 QGGDQDSSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAAAWHYLVSWYGLEHGQP
: :::. ..:: :.:. :..: ::: :.. ::.:::. .:. ::::: : .::
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pF1KE3 PIERKVIELPNIQK---VEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHTDSIGLVLRTARERFLV
:: :::.: . : :::: .:: : ....... : .::..:.: . . :. : .
NP_006 PIARKVVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSI
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pF1KE3 EPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKDGTWPSAQL--HVMN
...:::: : .... : :. ::.: ::....: ...::::: . .: :
NP_006 PDEKETRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKN
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pF1KE3 NNM------SEEDEDFK--G----QPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNN
.:. . .. :.. : :::.:::.:::::::::::.:::::.: :::::::.
NP_006 SNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLND
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pF1KE3 CYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHD
: ::::: :::::.::::..::.:.:: :::. ..:..::..::.:: :: ::::.:
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pF1KE3 SQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHG
::::.::::::::::::..:: :..: :: ::::. ::.:::.:: .::::.::: :::
NP_006 CQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHG
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pF1KE3 LFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKG
:::::::::.:...::::::::::..:::....:.:::... ::: :: :...:::: :
NP_006 LFKSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIG
420 430 440 450 460 470
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pF1KE3 KISDLCVALSKHTGISPERMMVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEA
.: :::.::: .:: ..:.:.:...:::.... ..: ::::..::::.:.:.. :.
NP_006 NILDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEIN--INR
480 490 500 510 520
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pF1KE3 IEGSREDIVVPVYLRERTPARDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLS
: . : ...:: :::. .:.. . : :::.:.:..:::. : . :::.:. :.
NP_006 TEDT-EHVIIPVCLREKFRHSSYTH-HTGSSLFGQPFLMAVPRNN-TEDKLYNLLLLRMC
530 540 550 560 570 580
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pF1KE3 RYVTKPNSDDEDDGD------------------EKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDP---
::: . .: .:. :. . : . : : .. . . :
NP_006 RYVKISTETEETEGSLHCCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSEN
590 600 610 620 630 640
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pF1KE3 EPEQAGPSSGVTNRCPFLL---DNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEE
: :. : : : : :.: : : ...: :::.: : ..:. . .
NP_006 ENSQSEDSVGGDNDSENGLCTEDTCKG--QLTGHKKR--LFTFQFNNLGNTDINYIKDDT
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pF1KE3 VHAQ-----------PYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAP-VRLQEC
: . ..:.::.:..::::.:: :: . ::. : : : : :.:..:
NP_006 RHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEYKPPKKPFVKLKDC
710 720 730 740 750 760
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pF1KE3 IELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDTL
:::::: : : :.:::::.::.:: :::::::: :: .:..:::::::... :.:::::
NP_006 IELFTTKEKLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTL
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pF1KE3 VEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHYF
:.::: :::.:::.:.: ...: .:.::::::::::: ::::.:: :::.:.:.::
NP_006 VDFPINDLDMSEFLINP--NAGPC--RYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYF
830 840 850 860 870
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pF1KE3 DDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQRQDV-ARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
::.::: ..:.:: :::::::::::::. . . : :: : . : :.
NP_006 DDSSVSTASEDQIVSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGIPLESDEDSND
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NP_006 NDNDIENENCMHTN
940 950
>>NP_001239007 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-termina (981 aa)
initn: 2578 init1: 1308 opt: 1461 Z-score: 1442.2 bits: 278.3 E(85289): 1.4e-73
Smith-Waterman score: 2692; 46.1% identity (69.1% similar) in 954 aa overlap (96-958:24-962)
70 80 90 100 110
pF1KE3 EDREPQHEELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKHWYKQWEAYV--------
:: :..:.::...:.:::. ::
NP_001 MAEGGAADLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKY
10 20 30 40 50
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 QGGDQDSSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAAAWHYLVSWYGLEHGQP
: :::. ..:: :.:. :..: ::: :.. ::.:::. .:. ::::: : .::
NP_001 QMGDQN--VYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQE
60 70 80 90 100 110
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 PIERKVIELPNIQK---VEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHTDSIGLVLRTARERFLV
:: :::.: . : :::: .:: : ....... : .::..:.: . . :. : .
NP_001 PIARKVVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSI
120 130 140 150 160 170
240 250 260 270 280
pF1KE3 EPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKDGTWP----------
...:::: : .... : :. ::.: ::....: ...:::::
NP_001 PDEKETRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPKSPG
180 190 200 210 220 230
290 300 310
pF1KE3 ---------------SAQLHVMNN-NMSE-----------EDEDFK--G----QPGICGL
: . . ::: :... .. :.. : :::.:::
NP_001 ASNFSTLPKISPSSLSNNYNNMNNRNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGL
240 250 260 270 280 290
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pF1KE3 TNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWS
.:::::::::::.:::::.: :::::::. : ::::: :::::.::::..::.:.:: ::
NP_001 SNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWS
300 310 320 330 340 350
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pF1KE3 GHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAA
:. ..:..::..::.:: :: ::::.: ::::.::::::::::::..:: :..: ::
NP_001 GKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDAD
360 370 380 390 400 410
440 450 460 470 480 490
pF1KE3 GRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPIS
::::. ::.:::.:: .::::.::: ::::::::::::.:...::::::::::..:::..
NP_001 GRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMK
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