Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3412
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3412, 333 aa
1>>>pF1KE3412 333 - 333 aa - 333 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8819+/-0.00127; mu= -1.0092+/- 0.072
mean_var=374.8470+/-88.180, 0's: 0 Z-trim(109.8): 639 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.066244
statistics sampled from 10369 (11138) to 10369 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.712), E-opt: 0.2 (0.342), width: 16
Scan time: 2.600
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11913.1 ZNF396 gene_id:252884|Hs108|chr18 ( 333) 2258 230.1 1.9e-60
CCDS82247.1 ZNF396 gene_id:252884|Hs108|chr18 ( 335) 2058 211.0 1.1e-54
CCDS82246.1 ZNF396 gene_id:252884|Hs108|chr18 ( 210) 1272 135.6 3.5e-32
CCDS11912.1 ZNF24 gene_id:7572|Hs108|chr18 ( 368) 1066 116.2 4.1e-26
CCDS47393.1 ZSCAN23 gene_id:222696|Hs108|chr6 ( 389) 873 97.8 1.5e-20
CCDS4649.1 ZSCAN31 gene_id:64288|Hs108|chr6 ( 406) 820 92.8 5.1e-19
CCDS4646.1 ZSCAN9 gene_id:7746|Hs108|chr6 ( 394) 809 91.7 1e-18
CCDS4644.1 ZSCAN16 gene_id:80345|Hs108|chr6 ( 348) 806 91.4 1.2e-18
CCDS77175.1 ZNF24 gene_id:7572|Hs108|chr18 ( 193) 673 78.3 5.6e-15
CCDS45852.1 ZNF397 gene_id:84307|Hs108|chr18 ( 534) 651 76.8 4.4e-14
CCDS11068.1 ZNF232 gene_id:7775|Hs108|chr17 ( 444) 607 72.5 7.3e-13
CCDS5681.1 ZSCAN21 gene_id:7589|Hs108|chr7 ( 473) 600 71.9 1.2e-12
CCDS42427.1 ZSCAN30 gene_id:100101467|Hs108|chr18 ( 494) 586 70.5 3.1e-12
CCDS34355.1 ZBED9 gene_id:114821|Hs108|chr6 (1325) 552 67.9 5.3e-11
CCDS32814.1 ZNF397 gene_id:84307|Hs108|chr18 ( 275) 535 65.3 6.5e-11
>>CCDS11913.1 ZNF396 gene_id:252884|Hs108|chr18 (333 aa)
initn: 2258 init1: 2258 opt: 2258 Z-score: 1198.5 bits: 230.1 E(32554): 1.9e-60
Smith-Waterman score: 2258; 100.0% identity (100.0% similar) in 333 aa overlap (1-333:1-333)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY
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CCDS11 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG
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CCDS11 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFGRRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGASWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFGRRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGASWE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQDGRFEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQDGRFEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 RQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAILIQHRRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAILIQHRRT
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE3 HTDSKYEHAIAEAQKNMYFKTRLKCPRSLSGGR
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 HTDSKYEHAIAEAQKNMYFKTRLKCPRSLSGGR
310 320 330
>>CCDS82247.1 ZNF396 gene_id:252884|Hs108|chr18 (335 aa)
initn: 2375 init1: 2053 opt: 2058 Z-score: 1095.2 bits: 211.0 E(32554): 1.1e-54
Smith-Waterman score: 2058; 93.7% identity (95.8% similar) in 331 aa overlap (1-327:1-331)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFGRRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGASWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFGRRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGASWE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQDGRFEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQDGRFEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 RQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAILIQHRRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAILIQHRRT
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE3 HTDSK-YE-HAIAEA--QKNMYFKTRLKCPRSLSGGR
:: : :. : ..: :.. :. : . :
CCDS82 HTGEKPYKCHDCGKAFSQSSNLFRHRKRHIRKKVP
310 320 330
>>CCDS82246.1 ZNF396 gene_id:252884|Hs108|chr18 (210 aa)
initn: 1272 init1: 1272 opt: 1272 Z-score: 691.3 bits: 135.6 E(32554): 3.5e-32
Smith-Waterman score: 1272; 99.5% identity (99.5% similar) in 189 aa overlap (1-189:1-189)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFGRRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGASWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFGRRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGASWE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 LQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQDGRFEK
::::::: :
CCDS82 LQSLRPHGEGAGFSSCWKVWGPSAHHTHLS
190 200 210
>>CCDS11912.1 ZNF24 gene_id:7572|Hs108|chr18 (368 aa)
initn: 1445 init1: 788 opt: 1066 Z-score: 582.4 bits: 116.2 E(32554): 4.1e-26
Smith-Waterman score: 1066; 56.7% identity (76.6% similar) in 312 aa overlap (1-305:1-305)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSAK-LGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPD----SSLHWSSSYSPETFRQQF
:::. . ..: :. : .: . :: :.:: ::: ::. :. .:: :::.:
CCDS11 MSAQSVEEDSILIIPTPDEEEKILRVKLEE-----DPDGEEGSSIPWNHLPDPEIFRQRF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 RQFGYQDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKH
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CCDS11 RQFGYQDSPGPREAVSQLRELCRLWLRPETHTKEQILELVVLEQFVAILPKELQTWVRDH
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 HPENGEETVTMLEDVERELDGPKQ-IFFGRRK-DMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQ
:::::::.::.:::.: ::: : : . . ::: ....: .. .: .. ::::.: :..:
CCDS11 HPENGEEAVTVLEDLESELDDPGQPVSLRRRKREVLVEDMVSQEEAQGLPSSELDAVENQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 LQGASWELQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYE
:. :::::.::: :.: .: : : .:. ..: : .: . :.:. : : :
CCDS11 LKWASWELHSLRHCDDDGRTENGALAPKQELPSALESH-EVPGTLNMGVPQIFKYGETCF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 QDGRFEKRQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAI
::::... ::: :::. :::::: :::.::::::::::::.:::.: ::.::::::.:
CCDS11 PKGRFERKR-NPSRKKQHICDECGKHFSQGSALILHQRIHSGEKPYGCVECGKAFSRSSI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KE3 LIQHRRTHTDSKYEHAIAEAQKNMYFKTRLKCPRSLSGGR
:.::.:.:: :
CCDS11 LVQHQRVHTGEKPYKCLECGKAFSQNSGLINHQRIHTGEKPYECVQCGKSYSQSSNLFRH
300 310 320 330 340 350
>>CCDS47393.1 ZSCAN23 gene_id:222696|Hs108|chr6 (389 aa)
initn: 1323 init1: 538 opt: 873 Z-score: 482.4 bits: 97.8 E(32554): 1.5e-20
Smith-Waterman score: 873; 45.6% identity (74.3% similar) in 307 aa overlap (10-310:4-309)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKM--EEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQF
.: ::.: .:.:. :. ::::..: :.:.: .. .. : ::..::::
CCDS47 MAITLTLQTAEMQEGLLAVKVKEEEEEHSCGPESGLSRNNPHTREIFRRRFRQF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 GYQDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPE
::.::::.:::.:: :::: :::::.::::::::::::::::.:::.::::::..:.:
CCDS47 CYQESPGPREALQRLQELCHQWLRPEMHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVRQHRPV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 NGEETVTMLEDVERELDGP-KQIFFG--RRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQ
.:::.::.:::.::::: : .:.. ...... :: .:. ..: ..:.. ...::
CCDS47 SGEEAVTVLEDLERELDDPGEQVLSHAHEQEEFVKEKATPGA-AQESSNDQFQTLEEQLG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 GASWELQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQD
:. .. : : ::. : ... : .. .: . . : .: : : ...
CCDS47 YNLREVCPVQEIDGKAGTWNVELAPKREISQEVKSLIQVLGKQNGNITQIPEYGDTCDRE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 GRFEKRQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAILI
::.::.. . : .. :.:::: :.:.: :: ::: :.:.::: ::::..:::. . :.
CCDS47 GRLEKQRVSSSVERPYICSECGKSFTQNSILIEHQRTHTGEKPYECDECGRAFSQRSGLF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KE3 QHRRTHT-DSKYEHAIAEAQKNMYFKTRLKCPRSLSGGR
::.: :: ...:. ..
CCDS47 QHQRLHTGEKRYQCSVCGKAFSQNAGLFHHLRIHTGEKPYQCNQCNKSFSRRSVLIKHQR
300 310 320 330 340 350
>>CCDS4649.1 ZSCAN31 gene_id:64288|Hs108|chr6 (406 aa)
initn: 1531 init1: 479 opt: 820 Z-score: 454.9 bits: 92.8 E(32554): 5.1e-19
Smith-Waterman score: 820; 46.8% identity (75.0% similar) in 280 aa overlap (29-305:16-293)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY
::. : .. :. .. . :. :: :::: :
CCDS46 MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCY
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG
:..:::.:::::: :::: :::::.::::::::::::::::.:::.::::::..::::.:
CCDS46 QETPGPREALSRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESG
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KE3 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFGRRK---DMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGA
::.:...::.:.::. : . ... ... : . .. .: . ::.:. ::.
CCDS46 EEAVAVVEDLEQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 SWELQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQDGR
:. :.... .: . : . ::.:. .: : . :. :. . : .: :: : ..:..
CCDS46 SFCLHQFQEQDGESIPENQELASKQEILKEME-HLGDSK-LQRDVSLDSKYRETCKRDSK
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 FEKRQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAILIQH
::.:.. . .....:.:::: :..::.:: :::::.:.::: :.::.::::: . : .:
CCDS46 AEKQQAHSTGERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEH
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330
pF1KE3 RRTHTDSKYEHAIAEAQKNMYFKTRLKCPRSLSGGR
::.:: :
CCDS46 RRSHTGEKPYQCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIH
290 300 310 320 330 340
>>CCDS4646.1 ZSCAN9 gene_id:7746|Hs108|chr6 (394 aa)
initn: 1062 init1: 479 opt: 809 Z-score: 449.3 bits: 91.7 E(32554): 1e-18
Smith-Waterman score: 809; 44.7% identity (71.4% similar) in 304 aa overlap (10-308:10-311)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY
:: .:. : . .:: :.: . . .: :. :. . : ::..:::. :
CCDS46 MNTNSKEVLSLGVQVPEAWEELLTMKVEAKSHLQWQESRLKRSNPLAREIFRRHFRQLCY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG
:..:::.:::.:: :::. ::::.: ::::::.::::::::.:::::::.::..: ::.:
CCDS46 QETPGPREALTRLQELCYQWLRPHVSTKEQILDLLVLEQFLSILPKELQGWVREHCPESG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE3 EETVTMLEDVERELDGPKQ--IFFGRRKDMIAEKLAPSEITEELPSS-QLMPVKKQLQ-G
::.: .:::.::::: :.. . .:.... ....: ..:. : . : .: . ::
CCDS46 EEAVILLEDLERELDEPQHEMVAHRHRQEVLCKEMVP--LAEQTPLTLQSQPKEPQLTCD
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 ASWELQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTY-EQD
.. . .:. :: :: . . . :. .: : .. : . ::.. .: :.
CCDS46 SAQKCHSIGETDEVTKTEDRELVLRKDCPKIVEPHGKMFNEQTWEVSQQDPSHGEVGEHK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 GRFEKRQGNPSWKKQQKCDECGKIFSQSSALILHQRIHSGKKPYACDECAKAFSRSAILI
:.:.. :: . :.::::::: :.:::.:: :::::.:..:: :.::.::::::. :.
CCDS46 DRIERQWGNLLGEGQHKCDECGKSFTQSSGLIRHQRIHTGERPYECNECGKAFSRSSGLF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KE3 QHRRTHTDSKYEHAIAEAQKNMYFKTRLKCPRSLSGGR
.:: :. .: :
CCDS46 NHRGIHNIQKRYHCKECGKVFSQSAGLIQHQRIHKGEKPYQCSQCSKSYSRRSFLIEHQR
300 310 320 330 340 350
>>CCDS4644.1 ZSCAN16 gene_id:80345|Hs108|chr6 (348 aa)
initn: 1318 init1: 492 opt: 806 Z-score: 448.3 bits: 91.4 E(32554): 1.2e-18
Smith-Waterman score: 806; 46.4% identity (68.4% similar) in 291 aa overlap (17-305:8-290)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSAKLGKSSSLLTQTSEECNGILTEKMEEEEQTCDPDSSLHWSSSYSPETFRQQFRQFGY
:. .:.: : :.. ::: . : . : .::.::.. :
CCDS46 MTTALEPEDQKGLLIIKAEDHYW--GQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCY
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 QDSPGPHEALSRLWELCHLWLRPEVHTKEQILELLVLEQFLAILPKELQAWVQKHHPENG
::.:::.:::..:::::. ::::: :::::::.::::::::.::::.:::::. ::::.:
CCDS46 QDAPGPREALTQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETG
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KE3 EETVTMLEDVERELDGPKQIFFG--RRKDMIAEKLAPSEITEELPSSQLMPVKKQLQGAS
::.::.:::.::::: : . : .:.:.. .:::: : . :: : : ::. .
CCDS46 EEAVTVLEDLERELDEPGKQVPGNSERRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 WELQSLRPHDEDIKTTNVKSASRQKTSLGIELHCNVSNILHMNGSQSSTYRGTYEQDGRF
. : : :. .: : . ... :. .... :. . : . :..::
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: .: . ... ::::::: ::.:: : :.: :.:.::: ::::.::: . . :: :.
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:.:: :
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:. :::::.:::
CCDS77 LKWASWELHSLRHCVIIP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]