Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3405
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3405, 212 aa
1>>>pF1KE3405 212 - 212 aa - 212 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.6764+/-0.000801; mu= 17.5272+/- 0.049
mean_var=70.7082+/-13.819, 0's: 0 Z-trim(109.5): 217 B-trim: 259 in 1/50
Lambda= 0.152524
statistics sampled from 10663 (10907) to 10663 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.705), E-opt: 0.2 (0.335), width: 16
Scan time: 2.160
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 1406 317.9 3e-87
CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 857 196.9 5.5e-51
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 770 177.9 4.1e-45
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 651 151.7 3e-37
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 607 142.0 2.4e-34
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 604 141.4 3.9e-34
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 583 136.8 9.6e-33
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 581 136.4 1.3e-32
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 573 134.6 4.3e-32
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 573 134.6 4.5e-32
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 570 133.9 6.9e-32
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 565 132.8 1.5e-31
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 557 131.1 5.1e-31
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 552 130.0 1.1e-30
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 550 129.5 1.5e-30
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 549 129.3 1.8e-30
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 536 126.4 1.3e-29
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 536 126.5 1.4e-29
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 530 125.1 3.3e-29
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 527 124.5 5e-29
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 524 123.9 8.7e-29
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 515 121.8 3.1e-28
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 511 120.9 5.4e-28
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 511 120.9 5.7e-28
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 511 120.9 5.8e-28
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 511 121.0 6e-28
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 509 120.5 7.7e-28
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 508 120.3 9.2e-28
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 506 119.7 9.8e-28
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 504 119.4 1.6e-27
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 502 118.9 2.2e-27
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 497 117.8 4.5e-27
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 496 117.6 5.5e-27
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 495 117.4 6.7e-27
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 491 116.6 1.2e-26
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 491 116.6 1.3e-26
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 482 114.6 5e-26
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 479 113.9 7.7e-26
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 477 113.5 1e-25
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 474 112.8 1.6e-25
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 468 111.5 4.2e-25
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 465 110.8 6.5e-25
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 465 110.9 7.2e-25
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 464 110.6 8.1e-25
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 462 110.2 1.1e-24
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 456 108.8 2.3e-24
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 456 108.9 2.9e-24
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 448 107.1 8.6e-24
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 453 108.7 9.7e-24
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 442 105.9 2.6e-23
>>CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 (212 aa)
initn: 1406 init1: 1406 opt: 1406 Z-score: 1679.9 bits: 317.9 E(32554): 3e-87
Smith-Waterman score: 1406; 100.0% identity (100.0% similar) in 212 aa overlap (1-212:1-212)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC
190 200 210
>>CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 (155 aa)
initn: 855 init1: 855 opt: 857 Z-score: 1028.8 bits: 196.9 E(32554): 5.5e-51
Smith-Waterman score: 857; 97.7% identity (98.5% similar) in 133 aa overlap (1-133:1-133)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL
::::::::: .:
CCDS56 GSNIVQLLIEMQSCYVAQADLELLASSNPPASTSK
130 140 150
>>CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 (217 aa)
initn: 745 init1: 745 opt: 770 Z-score: 923.5 bits: 177.9 E(32554): 4.1e-45
Smith-Waterman score: 770; 54.1% identity (85.0% similar) in 207 aa overlap (12-212:11-217)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
::..:.:::..:.::..::::::::.::.:...: : .:::::::...:
CCDS34 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQQNTIGVDFTVRSL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
.:.::.::.:.::::::::::::::::::::..::.:::.:.::.: :.::::....::.
CCDS34 DIDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL
..:.: .::::: :: : :.: . .: .:::.: .: ..:::::.:.:.::.:. .: ::
CCDS34 AANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKYGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKEL
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWG------CGC
: :.. :..:.. . . :.:. . . : : :
CCDS34 IARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC
180 190 200 210
>>CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 (203 aa)
initn: 671 init1: 581 opt: 651 Z-score: 782.3 bits: 151.7 E(32554): 3e-37
Smith-Waterman score: 651; 58.6% identity (84.6% similar) in 169 aa overlap (13-181:4-171)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
:.::::::.::.:.:.:::::.:.:: : : ::.:::::: .::.
CCDS82 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
::.:..:::::::::::::::.::::::::::. ::.:::: . :: .:.:......::
CCDS82 EINGEKVKLQIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL
..... .:.::: ::.: :::: .:. ..: :. .:::::.:.:::. :: .: .:
CCDS82 SNKVITVLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMY-YLETSAKESDNVEKLFLDLACRL
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC
:
CCDS82 ISEARQNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
180 190 200
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 586 init1: 519 opt: 607 Z-score: 730.1 bits: 142.0 E(32554): 2.4e-34
Smith-Waterman score: 607; 45.5% identity (75.2% similar) in 202 aa overlap (12-212:2-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
. .::.::::.:.::..:::.:.. :: ...: ::::::: ..:.
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
:..:: .:::::::::::::::::.::::.:.: :..::.: . :. .: .:.... .::
CCDS31 ELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL
. :. .::.::::::. . :. . :. .:. : .:::::...:::.::. .:.:.
CCDS31 SENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPF-LETSAKNATNVEQAFMTMAAEI
120 130 140 150 160
190 200 210
pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGE-GWGCGC
: : : .....: . : :: :
CCDS31 KKRMGPGAASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGC-C
170 180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 589 init1: 515 opt: 604 Z-score: 726.4 bits: 141.4 E(32554): 3.9e-34
Smith-Waterman score: 604; 44.8% identity (75.9% similar) in 203 aa overlap (12-212:5-205)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
. .::.::::.:.::..:::.:.. :: ...: ::::::: ..:.
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
:..:: .:::::::::::::::::.::::.:.: :..::.: . :: .: .:.... .::
CCDS46 ELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL
. :. .::.::: ::. . :. . :. .:. : .:::::...:::..:. .:.:.
CCDS46 SENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPF-LETSAKNATNVEQSFMTMAAEI
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE3 IMRHG-GPLFSEKSPDHIQLNSKDIGE-GWGCGC
: : : . ......: . . : :: :
CCDS46 KKRMGPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGC-C
180 190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 577 init1: 508 opt: 583 Z-score: 701.3 bits: 136.8 E(32554): 9.6e-33
Smith-Waterman score: 583; 50.3% identity (84.0% similar) in 169 aa overlap (15-183:5-172)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
::.::::.:.::..:::::.. ::. ::. ::::.:: ..:.
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
:..::..::::::::::::::::: .:::.: : .:.::::...:: .. .::......:
CCDS10 ELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL
.:.. ....::: :... :.:: ....:: : : .:::::.:.::::::. .: ..
CCDS10 SSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKF-LETSAKSSANVEEAFFTLARDI
120 130 140 150 160
190 200 210
pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC
. .
CCDS10 MTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
170 180 190 200
>>CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 (218 aa)
initn: 564 init1: 492 opt: 581 Z-score: 698.7 bits: 136.4 E(32554): 1.3e-32
Smith-Waterman score: 581; 51.2% identity (82.0% similar) in 172 aa overlap (9-180:2-172)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
: :..::.:::.::.::..:::. ...:: . :. .. :::::.:. ...
CCDS12 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
...:: .: ::::::::::.:.::..:::.: ::.:.:::.:. .. .: .:....: .:
CCDS12 QVDGKTIKAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL
:::: .:.:::::: .:: : ::...::. . : ::::: ::.:::::: . ::.
CCDS12 DSNIVIMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKNN-LSFIETSALDSTNVEEAFKNILTEI
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE3 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC
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. .. ..:.::: :... : : ......:... : .::::: . :.:.::: .: :
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:.:. :. .: . ......: :: :
CCDS17 ILRKT-PV-KEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
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>>CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 (216 aa)
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10 20 30 40 50 60
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: :..::.:::.::.::..:::. ...:: . :. .. :::::.:. ...
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...:: .: ::::::::::.:.::..:::.: ::.:.:::.:. .. .: .:....: .:
CCDS10 QVDGKTIKAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]