Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3348
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3348, 1032 aa
1>>>pF1KE3348 1032 - 1032 aa - 1032 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9499+/-0.0005; mu= 18.6385+/- 0.031
mean_var=134.1349+/-29.800, 0's: 0 Z-trim(112.3): 274 B-trim: 974 in 1/51
Lambda= 0.110740
statistics sampled from 20739 (21149) to 20739 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.6), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16
Scan time: 11.590
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_059138 (OMIM: 605474) toll-like receptor 9 prec (1032) 7049 1139.5 0
NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1041) 1934 322.3 8.8e-87
NP_057694 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1059) 1934 322.3 8.9e-87
XP_011543831 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 1934 322.3 8.9e-87
XP_011543832 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 1934 322.3 8.9e-87
NP_057646 (OMIM: 300365) toll-like receptor 7 prec (1049) 1241 211.6 1.9e-53
XP_016864066 (OMIM: 603029,609423) PREDICTED: toll ( 627) 538 99.0 8.7e-20
XP_006711568 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19
XP_011508239 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19
XP_006711569 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19
NP_003259 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) toll ( 858) 519 96.1 8.8e-19
XP_006711567 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19
XP_016857697 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19
XP_005273300 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19
XP_005273298 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19
XP_005273299 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 519 96.1 8.8e-19
XP_011512045 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11
XP_011512044 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11
NP_003254 (OMIM: 601194,613223) toll-like receptor ( 786) 369 72.1 1.4e-11
XP_011512047 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11
XP_005262719 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11
XP_011512046 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11
XP_016864060 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11
XP_016864061 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 369 72.1 1.4e-11
NP_001017404 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 828) 288 59.2 1.1e-07
XP_011508140 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 900) 245 52.4 1.4e-05
NP_958934 (OMIM: 602059) immunoglobulin superfamil ( 428) 231 49.8 3.9e-05
NP_005536 (OMIM: 602059) immunoglobulin superfamil ( 428) 231 49.8 3.9e-05
XP_011508143 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 833) 234 50.6 4.4e-05
XP_016857486 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 833) 234 50.6 4.4e-05
XP_011508142 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 852) 233 50.4 5e-05
NP_004961 (OMIM: 601489,615961) insulin-like growt ( 605) 229 49.6 6.2e-05
NP_001139478 (OMIM: 601489,615961) insulin-like gr ( 643) 229 49.6 6.4e-05
XP_006714049 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1509) 230 50.2 0.0001
NP_001276064 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1525) 230 50.2 0.0001
XP_005248268 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1533) 230 50.2 0.0001
NP_570718 (OMIM: 219050,606655) relaxin receptor 2 ( 754) 224 48.9 0.00012
NP_067649 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-conta ( 915) 225 49.2 0.00013
XP_005245461 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 924) 225 49.2 0.00013
NP_055632 (OMIM: 613356) TLR4 interactor with leuc ( 811) 223 48.8 0.00015
NP_075380 (OMIM: 181500,605566) reticulon-4 recept ( 473) 219 47.9 0.00016
NP_001159530 (OMIM: 219050,606655) relaxin recepto ( 730) 221 48.4 0.00017
XP_016875878 (OMIM: 219050,606655) PREDICTED: rela ( 383) 217 47.5 0.00017
XP_011512211 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1499) 225 49.4 0.00017
NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat an ( 593) 219 48.0 0.00018
NP_848665 (OMIM: 610462) reticulon-4 receptor-like ( 420) 216 47.4 0.0002
NP_001276065 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1521) 222 49.0 0.00025
NP_004778 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein is (1529) 222 49.0 0.00025
XP_011512212 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1159) 220 48.5 0.00026
NP_848663 (OMIM: 610461) reticulon-4 receptor-like ( 441) 212 46.7 0.00033
>>NP_059138 (OMIM: 605474) toll-like receptor 9 precurso (1032 aa)
initn: 7049 init1: 7049 opt: 7049 Z-score: 6095.5 bits: 1139.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7049; 100.0% identity (100.0% similar) in 1032 aa overlap (1-1032:1-1032)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MGFCRSALHPLSLLVQAIMLAMTLALGTLPAFLPCELQPHGLVNCNWLFLKSVPHFSMAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 MGFCRSALHPLSLLVQAIMLAMTLALGTLPAFLPCELQPHGLVNCNWLFLKSVPHFSMAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 PRGNVTSLSLSSNRIHHLHDSDFAHLPSLRHLNLKWNCPPVGLSPMHFPCHMTIEPSTFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 PRGNVTSLSLSSNRIHHLHDSDFAHLPSLRHLNLKWNCPPVGLSPMHFPCHMTIEPSTFL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 AVPTLEELNLSYNNIMTVPALPKSLISLSLSHTNILMLDSASLAGLHALRFLFMDGNCYY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 AVPTLEELNLSYNNIMTVPALPKSLISLSLSHTNILMLDSASLAGLHALRFLFMDGNCYY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 KNPCRQALEVAPGALLGLGNLTHLSLKYNNLTVVPRNLPSSLEYLLLSYNRIVKLAPEDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 KNPCRQALEVAPGALLGLGNLTHLSLKYNNLTVVPRNLPSSLEYLLLSYNRIVKLAPEDL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 ANLTALRVLDVGGNCRRCDHAPNPCMECPRHFPQLHPDTFSHLSRLEGLVLKDSSLSWLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 ANLTALRVLDVGGNCRRCDHAPNPCMECPRHFPQLHPDTFSHLSRLEGLVLKDSSLSWLN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 ASWFRGLGNLRVLDLSENFLYKCITKTKAFQGLTQLRKLNLSFNYQKRVSFAHLSLAPSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 ASWFRGLGNLRVLDLSENFLYKCITKTKAFQGLTQLRKLNLSFNYQKRVSFAHLSLAPSF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 GSLVALKELDMHGIFFRSLDETTLRPLARLPMLQTLRLQMNFINQAQLGIFRAFPGLRYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 GSLVALKELDMHGIFFRSLDETTLRPLARLPMLQTLRLQMNFINQAQLGIFRAFPGLRYV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 DLSDNRISGASELTATMGEADGGEKVWLQPGDLAPAPVDTPSSEDFRPNCSTLNFTLDLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 DLSDNRISGASELTATMGEADGGEKVWLQPGDLAPAPVDTPSSEDFRPNCSTLNFTLDLS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 RNNLVTVQPEMFAQLSHLQCLRLSHNCISQAVNGSQFLPLTGLQVLDLSHNKLDLYHEHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 RNNLVTVQPEMFAQLSHLQCLRLSHNCISQAVNGSQFLPLTGLQVLDLSHNKLDLYHEHS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 FTELPRLEALDLSYNSQPFGMQGVGHNFSFVAHLRTLRHLSLAHNNIHSQVSQQLCSTSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 FTELPRLEALDLSYNSQPFGMQGVGHNFSFVAHLRTLRHLSLAHNNIHSQVSQQLCSTSL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 RALDFSGNALGHMWAEGDLYLHFFQGLSGLIWLDLSQNRLHTLLPQTLRNLPKSLQVLRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 RALDFSGNALGHMWAEGDLYLHFFQGLSGLIWLDLSQNRLHTLLPQTLRNLPKSLQVLRL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 RDNYLAFFKWWSLHFLPKLEVLDLAGNQLKALTNGSLPAGTRLRRLDVSCNSISFVAPGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 RDNYLAFFKWWSLHFLPKLEVLDLAGNQLKALTNGSLPAGTRLRRLDVSCNSISFVAPGF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 FSKAKELRELNLSANALKTVDHSWFGPLASALQILDVSANPLHCACGAAFMDFLLEVQAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 FSKAKELRELNLSANALKTVDHSWFGPLASALQILDVSANPLHCACGAAFMDFLLEVQAA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 VPGLPSRVKCGSPGQLQGLSIFAQDLRLCLDEALSWDCFALSLLAVALGLGVPMLHHLCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 VPGLPSRVKCGSPGQLQGLSIFAQDLRLCLDEALSWDCFALSLLAVALGLGVPMLHHLCG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 WDLWYCFHLCLAWLPWRGRQSGRDEDALPYDAFVVFDKTQSAVADWVYNELRGQLEECRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 WDLWYCFHLCLAWLPWRGRQSGRDEDALPYDAFVVFDKTQSAVADWVYNELRGQLEECRG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 RWALRLCLEERDWLPGKTLFENLWASVYGSRKTLFVLAHTDRVSGLLRASFLLAQQRLLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 RWALRLCLEERDWLPGKTLFENLWASVYGSRKTLFVLAHTDRVSGLLRASFLLAQQRLLE
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE3 DRKDVVVLVILSPDGRRSRYVRLRQRLCRQSVLLWPHQPSGQRSFWAQLGMALTRDNHHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 DRKDVVVLVILSPDGRRSRYVRLRQRLCRQSVLLWPHQPSGQRSFWAQLGMALTRDNHHF
970 980 990 1000 1010 1020
1030
pF1KE3 YNRNFCQGPTAE
::::::::::::
NP_059 YNRNFCQGPTAE
1030
>>NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isoform (1041 aa)
initn: 1415 init1: 348 opt: 1934 Z-score: 1679.0 bits: 322.3 E(85289): 8.8e-87
Smith-Waterman score: 1985; 35.6% identity (66.5% similar) in 1016 aa overlap (34-1025:35-1034)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 CRSALHPLSLLVQAIMLAMTLALGTLPAFLPCELQPHG---LVNCNWLFLKSVPHFSMAA
::. . .. ...:. :. ::.
NP_619 FLQSSMLTCIFLLISGSCELCAEENFSRSYPCDEKKQNDSVIAECSNRRLQEVPQTV---
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE3 PRGN-VTSLSLSSNRIHHLHDSDFAHLPSLRHLNLKWNCPPV---GLSPMHFPCHMTIEP
:. :: :.::.: : :. . .: : .: ..::. : : : . .: ..:
NP_619 --GKYVTELDLSDNFITHITNESFQGLQNLTKINLNHN-PNVQHQNGNPGIQSNGLNITD
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 STFLAVPTLEELNLSYNNIMTVPA-LPKSLISLSLSHTNILMLDSASLAGLHALRFLFMD
..:: . .:.:: : :.. .:. ::.:: ::: ..:: . . ... : :. :..
NP_619 GAFLNLKNLRELLLEDNQLPQIPSGLPESLTELSLIQNNIYNITKEGISRLINLKNLYLA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 GNCYYKNPCRQALEVAPGALLGLGNLTHLSLKYNNLTVVPRNLPSSLEYLLLSYNRIVKL
:::... :... .. :.. : :: :::..:.:. :: .:::::. :.:: ..: .
NP_619 WNCYFNKVCEKT-NIEDGVFETLTNLELLSLSFNSLSHVPPKLPSSLRKLFLSNTQIKYI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 APEDLANLTALRVLDVGGNCRRCDHAPNPCMECPRHFPQLHPDTFS--HLSRLEGLVLKD
. ::. .: : .::..::: :: .:: ::. : ... : :. .:..:. : :..
NP_619 SEEDFKGLINLTLLDLSGNCPRCFNAPFPCVPCDGG-ASINIDRFAFQNLTQLRYLNLSS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 SSLSWLNASWFRGLGNLRVLDLSENFLYKCITKTKAFQGLTQLRKLNLSFNYQKRVSFAH
.:: .::.::... .:.:::: :.: :.. . : .:. :.::::: : :
NP_619 TSLRKINAAWFKNMPHLKVLDLEFNYLVGEIASGAFLTMLPRLEILDLSFNYIKGSYPQH
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 LSLAPSFGSLVALKELDMHGIFFRSLDETTLRPLARLPMLQTLRLQMNFINQAQLGIFRA
.... .:..:..:. : ..: :. : : ..:: .:: :.:. : .:::.: .. .:.
NP_619 INISRNFSKLLSLRALHLRGYVFQELREDDFQPLMQLPNLSTINLGINFIKQIDFKLFQN
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE3 FPGLRYVDLSDNRISGASELTATMGEADGGEKVWLQPGDLAPAPVDTPSSEDF-------
: .:. . ::.:::: . : ... . .. . : : :. .
NP_619 FSNLEIIYLSENRISPLVKDTRQSYANSSSFQRHIRKRRSTDFEFD-PHSNFYHFTRPLI
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE3 RPNCSTLNFTLDLSRNNLVTVQPEMFAQLSHLQCLRLSHNCISQAVNGSQFLPLTGLQVL
.:.:.. . .:::: :.. . :..: .: . :: :: : .:...:..: . .. :
NP_619 KPQCAAYGKALDLSLNSIFFIGPNQFENLPDIACLNLSANSNAQVLSGTEFSAIPHVKYL
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KE3 DLSHNKLDLYHEHSFTELPRLEALDLSYNSQPFGMQGVGHNFSFVAHLRTLRHLSLAHNN
::..:.::. . ..::: ::.:::::::. : . :: :.. :. .. .:. :.:.:::
NP_619 DLTNNRLDFDNASALTELSDLEVLDLSYNSHYFRIAGVTHHLEFIQNFTNLKVLNLSHNN
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KE3 IHSQVSQ-QLCSTSLRALDFSGNALGHMWAEGD-LYLHFFQGLSGLIWLDLSQNRLHTLL
:.. ... .: : :: : :::: : .: . : :. .:.::..: :::: :::. .
NP_619 IYTLTDKYNLESKSLVELVFSGNRLDILWNDDDNRYISIFKGLKNLTRLDLSLNRLKHIP
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KE3 PQTLRNLPKSLQVLRLRDNYLAFFKWWSLHFLPKLEVLDLAGNQLKALTNGSLPAGTRLR
... ::: :: :.. ::.: ::.: :. .:.::.::: ::.: ::.. . ::
NP_619 NEAFLNLPASLTELHINDNMLKFFNWTLLQQFPRLELLDLRGNKLLFLTDSLSDFTSSLR
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KE3 RLDVSCNSISFVAPGFFSKAKELRELNLSANALKTVDHSWF-GPLASALQILDVSANPLH
: .: : :: . ::.:... :..:.::.: :::...: . .. :..:.. .::..
NP_619 TLLLSHNRISHLPSGFLSEVSSLKHLDLSSNLLKTINKSALETKTTTKLSMLELHGNPFE
720 730 740 750 760 770
770 780 790 800 810
pF1KE3 CACGAA----FMDFLLEVQAAVPGLPSRVKCGSPGQLQGLSIFAQDLRLCLDEALSWDCF
:.: . .:: :.:. .: : . : :.:::. .: :: . .: :.... . :
NP_619 CTCDIGDFRRWMDEHLNVK--IPRLVD-VICASPGDQRGKSIVSLELTTCVSDVTAVILF
780 790 800 810 820 830
820 830 840 850 860 870
pF1KE3 ALSLLAVALGLGVPMLHHLCGWDLWYCFHLCLAWLPWRGRQSGRDEDALPYDAFVVFDKT
.... ... . . . ::: ::.:. ...::: . .: .: ... :::.. .:
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:: . .::. : .. : . .. : . .:: .: : .. . .: .
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