Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3338
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3338, 975 aa
1>>>pF1KE3338 975 - 975 aa - 975 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 17.5117+/-0.000691; mu= -36.9926+/- 0.043
mean_var=826.5225+/-168.889, 0's: 0 Z-trim(118.7): 200 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.044612
statistics sampled from 31704 (31896) to 31704 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.662), E-opt: 0.2 (0.374), width: 16
Scan time: 15.200
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_062538 (OMIM: 607699) E3 ubiquitin-protein liga ( 975) 6183 414.7 1.2e-114
XP_011517164 (OMIM: 607699) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 975) 6183 414.7 1.2e-114
NP_001193963 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein l ( 901) 1825 134.2 3.1e-30
NP_001273501 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein l (1001) 1804 132.8 8.5e-30
NP_055586 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein liga (1001) 1804 132.8 8.5e-30
NP_001193962 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein l (1000) 1786 131.7 1.9e-29
XP_011544299 (OMIM: 607700) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 991) 1408 107.4 4e-22
>>NP_062538 (OMIM: 607699) E3 ubiquitin-protein ligase B (975 aa)
initn: 6183 init1: 6183 opt: 6183 Z-score: 2179.3 bits: 414.7 E(85289): 1.2e-114
Smith-Waterman score: 6183; 100.0% identity (100.0% similar) in 975 aa overlap (1-975:1-975)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTTVETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTTVETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKLAE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 MLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLGDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 MLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLGDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 LTERKALVVPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEMESQLQERVES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 LTERKALVVPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEMESQLQERVES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 SRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNSGDNLIVEEAVQELNSFLAQENMRLQELTDLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 SRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNSGDNLIVEEAVQELNSFLAQENMRLQELTDLLQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 EKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNRHLAEVLERVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 EKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNRHLAEVLERVN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 SKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLRQDFEEVTTQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 SKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLRQDFEEVTTQN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 EKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLHGTRGTHQHQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 EKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLHGTRGTHQHQV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 ELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAGPINREMRHLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 ELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAGPINREMRHLI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 SSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLRSGSALLQSQSSTEDPKDEPAELKPDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 SSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLRSGSALLQSQSSTEDPKDEPAELKPDS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 EDLSSQSSASKASQEDANEIKSKRDEEERERERREKEREREREREKEKEREREKQKLKES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 EDLSSQSSASKASQEDANEIKSKRDEEERERERREKEREREREREKEKEREREKQKLKES
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 EKERDSAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQLKIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 EKERDSAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQLKIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 VQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEKKENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 VQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEKKENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAM
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 AKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRLMQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 AKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRLMQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 KEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKEHLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 KEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKEHLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 AQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENSVTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 AQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENSVTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPD
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 NVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRKKDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_062 NVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRKKDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKC
910 920 930 940 950 960
970
pF1KE3 NAAFGANDFHRIYIG
:::::::::::::::
NP_062 NAAFGANDFHRIYIG
970
>>XP_011517164 (OMIM: 607699) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (975 aa)
initn: 6183 init1: 6183 opt: 6183 Z-score: 2179.3 bits: 414.7 E(85289): 1.2e-114
Smith-Waterman score: 6183; 100.0% identity (100.0% similar) in 975 aa overlap (1-975:1-975)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTTVETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTTVETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKLAE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 MLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLGDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLGDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 LTERKALVVPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEMESQLQERVES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LTERKALVVPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEMESQLQERVES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 SRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNSGDNLIVEEAVQELNSFLAQENMRLQELTDLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNSGDNLIVEEAVQELNSFLAQENMRLQELTDLLQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 EKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNRHLAEVLERVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNRHLAEVLERVN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 SKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLRQDFEEVTTQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLRQDFEEVTTQN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 EKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLHGTRGTHQHQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLHGTRGTHQHQV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 ELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAGPINREMRHLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAGPINREMRHLI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 SSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLRSGSALLQSQSSTEDPKDEPAELKPDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLRSGSALLQSQSSTEDPKDEPAELKPDS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 EDLSSQSSASKASQEDANEIKSKRDEEERERERREKEREREREREKEKEREREKQKLKES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EDLSSQSSASKASQEDANEIKSKRDEEERERERREKEREREREREKEKEREREKQKLKES
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 EKERDSAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQLKIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EKERDSAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQLKIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 VQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEKKENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEKKENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAM
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 AKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRLMQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRLMQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 KEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKEHLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKEHLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 AQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENSVTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENSVTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPD
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE3 NVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRKKDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRKKDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKC
910 920 930 940 950 960
970
pF1KE3 NAAFGANDFHRIYIG
:::::::::::::::
XP_011 NAAFGANDFHRIYIG
970
>>NP_001193963 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein ligas (901 aa)
initn: 2924 init1: 1767 opt: 1825 Z-score: 663.9 bits: 134.2 E(85289): 3.1e-30
Smith-Waterman score: 3013; 53.2% identity (72.5% similar) in 1005 aa overlap (1-974:1-900)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSGIGNKRAAGEPGTSMPPEKKAAVEDSGTT--VETIKLGGVSSTEELDIRTLQTKNRKL
::: :::::::. : : ::::: . :.. :: .: :.:::.:::::.:...:: ::.::
NP_001 MSGPGNKRAAGD-GGSGPPEKKLSREEKTTTTLIEPIRLGGISSTEEMDLKVLQFKNKKL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 AEMLDQRQAIEDELREHIEKLERRQATDDASLLIVNRYWSQFDENIRIILKRYDLEQGLG
:: :.:::: ::::::.:::::.:::::::.::::::::.:.::... .:. .. ::
NP_001 AERLEQRQACEDELRERIEKLEKRQATDDATLLIVNRYWAQLDETVEALLRCHE-SQGEL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 DLLTERKALV-------VPEPEPDSDSNQERKDDRERGEGQEPAFSFLATLASSSSEEME
. : . .: ::: .. .. . : .:::..:...:..:::::.:
NP_001 SSAPEAPGTQEGPTCDGTPLPEPGTSELRDPLLMQLRPPLSEPALAFVVALGASSSEEVE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 SQLQERVESSRRAVSQIVTVYDKLQEKVELLSRKLNS-GDNLIVEEAVQELNSFLAQENM
.:: :.: :. :::..: . :.::..:: : ... : ::. . ::.: . :..::
NP_001 LELQGRMEFSKAAVSRVVEASDRLQRRVEELCQRVYSRGDSEPLSEAAQAHTRELGRENR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 RLQELTDLLQEKHRTMSQEFSKLQSKVETAESRVSVLESMIDDLQWDIDKIRKREQRLNR
:::.:. :::::. .: :.:.::.:: .::..: .:. ..::::::.:.:::::.::.
NP_001 RLQDLATQLQEKHHRISLEYSELQDKVTSAETKVLEMETTVEDLQWDIEKLRKREQKLNK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 HLAEVLERVNSKGYKVYGAGSSLYGGTITINARKFEEMNAELEENKELAQNRLCELEKLR
::::.::..:: :: : :..:.. :: ::.. .:
NP_001 HLAEALEQLNS-GYYVSGSSSGFQGGQITLSMQK--------------------------
300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 QDFEEVTTQNEKLKVELRSAVEQVVKETPEYRCMQSQFSVLYNESLQLKAHLDEARTLLH
NP_001 ------------------------------------------------------------
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 GTRGTHQHQVELIERDEVSLHKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQTLAANEQAG
::..:.::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
NP_001 --------------SDELGLQKKLRTEVIQLEDTLAQVRKEYEMLRIEFEQNLAANEQAG
340 350 360 370
480 490 500 510 520
pF1KE3 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGEVLRYKRKLREAQSDLNKTRLR-SGSALLQSQSSTEDP
::::::::::::::::::::::.. ::::::::.:....: : . :::: .: . :
NP_001 PINREMRHLISSLQNHNHQLKGDAQRYKRKLREVQAEIGKLRAQASGSA--HSTPNLGHP
380 390 400 410 420 430
530 540 550 560 570
pF1KE3 KDE----PAELK----------PDSEDLSSQ---SSASKASQEDANEIKSKRDEEE-RER
.: :: : ::.. . .... .: . . . :..: .
NP_001 EDSGVSAPAPGKEEGGPGPVSTPDNRKEMAPVPGTTTTTTSVKKEELVPSEEDFQGITPG
440 450 460 470 480 490
580 590 600 610 620
pF1KE3 ERREKERERERE-REKEKEREREKQKLKESEKERD-SAKDKEKGKHDDGRKKEAEIIKQL
. . : :: : : :.. :::: .: : :.::.: .. ..::.:..: :
NP_001 AQGPSSRGREPEARPKRELREREGPSLGPPPVASALSRADREKAKVEETKRKESELLKGL
500 510 520 530 540 550
630 640 650 660 670 680
pF1KE3 KIELKKAQESQKEMKLLLDMYRSAPKEQRDKVQLMAAEKKSKAELEDLRQRLKDLEDKEK
. :::::::::::::::::::.::::::::::::::::.:.:::...::.:...::....
NP_001 RAELKKAQESQKEMKLLLDMYKSAPKEQRDKVQLMAAERKAKAEVDELRSRIRELEERDR
560 570 580 590 600 610
690 700 710 720 730 740
pF1KE3 KENKKMADEDALRKIRAVEEQIEYLQKKLAMAKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNIRL
.:.::.:::::::.:: .:::::.::.::. .::::::::::::::::::::::::: ::
NP_001 RESKKIADEDALRRIRQAEEQIEHLQRKLGATKQEEEALLSEMDVTGQAFEDMQEQNGRL
620 630 640 650 660 670
750 760 770 780 790 800
pF1KE3 MQQLREKDDANFKLMSERIKSNQIHKLLKEEKEELADQVLTLKTQVDAQLQVVRKLEEKE
.:::::::::::::::::::.:::::::.:::.::..::: ::.:::::: .:.::::::
NP_001 LQQLREKDDANFKLMSERIKANQIHKLLREEKDELGEQVLGLKSQVDAQLLTVQKLEEKE
680 690 700 710 720 730
810 820 830 840 850 860
pF1KE3 HLLQSNIGTGEKELGLRTQALEMNKRKAMEAAQLADDLKAQLELAQKKLHDFQDEIVENS
. ::...: :::: ::.::::.:::::.::::::.:::.::: .: .:...: ..:.
NP_001 RALQGSLGGVEKELTLRSQALELNKRKAVEAAQLAEDLKVQLEHVQTRLREIQPCLAESR
740 750 760 770 780 790
870 880 890 900 910 920
pF1KE3 VTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPDNVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRK
...::. ::.::::::::::::::: .: . ::::.::::.::::::::::: ::
NP_001 AAREKESFNLKRAQEDISRLRRKLEKQRKVEVYADADEILQEEIKEYKARLTCPCCNTRK
800 810 820 830 840 850
930 940 950 960 970
pF1KE3 KDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKCNAAFGANDFHRIYIG
:::::::::::::::::. ::..::::::::::::::.:::::::
NP_001 KDAVLTKCFHVFCFECVRGRYEARQRKCPKCNAAFGAHDFHRIYIS
860 870 880 890 900
>>NP_001273501 (OMIM: 607700) E3 ubiquitin-protein ligas (1001 aa)
initn: 3082 init1: 1767 opt: 1804 Z-score: 655.9 bits: 132.8 E(85289): 8.5e-30
Smith-Waterman score: 3581; 58.9% identity (81.0% similar) in 1005 aa overlap (1-974:1-1000)
10 20 30 40 50
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pF1KE3 VTKEKDMFNFKRAQEDISRLRRKLETTKKPDNVPKCDEILMEEIKDYKARLTCPCCNMRK
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NP_001 KDAVLTKCFHVFCFECVRGRYEARQRKCPKCNAAFGAHDFHRIYIS
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