Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3331
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3331, 947 aa
1>>>pF1KE3331 947 - 947 aa - 947 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3503+/-0.000859; mu= 25.3670+/- 0.054
mean_var=359.9216+/-74.188, 0's: 0 Z-trim(109.6): 2084 B-trim: 124 in 2/53
Lambda= 0.067604
statistics sampled from 15501 (17841) to 15501 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.496), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16
Scan time: 12.130
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001159353 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 947) 6729 673.1 1.8e-192
NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 i ( 947) 6729 673.1 1.8e-192
NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 864) 6158 617.3 1e-175
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 2662 276.7 5.2e-73
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 2657 276.1 7e-73
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 2641 274.5 2e-72
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 2641 274.5 2e-72
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 2641 274.5 2e-72
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 2641 274.6 2.1e-72
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 2641 274.6 2.1e-72
NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 2641 274.6 2.1e-72
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 2641 274.6 2.1e-72
NP_689496 (OMIM: 610281) zinc finger protein 62 ho ( 867) 2565 266.9 3.2e-70
XP_016865204 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 2565 266.9 3.2e-70
XP_016865202 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 2565 266.9 3.2e-70
XP_016865200 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 2565 266.9 3.2e-70
XP_016865199 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 2565 266.9 3.2e-70
XP_016865201 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 2565 266.9 3.2e-70
XP_016865203 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 2565 266.9 3.2e-70
NP_001166109 (OMIM: 610281) zinc finger protein 62 ( 900) 2565 266.9 3.2e-70
XP_016865206 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 900) 2565 266.9 3.2e-70
NP_001269288 (OMIM: 603989) zinc finger protein 10 ( 852) 2536 264.1 2.2e-69
XP_016865210 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 753) 2497 260.1 3e-68
XP_016865209 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 786) 2497 260.2 3e-68
XP_016865208 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 803) 2497 260.2 3.1e-68
XP_016865207 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 806) 2496 260.1 3.3e-68
XP_016865205 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 821) 2496 260.1 3.3e-68
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2493 259.8 4e-68
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2493 259.8 4e-68
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2493 259.8 4e-68
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2493 259.8 4e-68
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 2493 259.8 4e-68
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 2493 259.8 4e-68
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 2493 259.8 4e-68
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2493 259.8 4e-68
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2493 259.8 4e-68
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2493 259.8 4e-68
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2493 259.8 4e-68
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2493 259.8 4e-68
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2493 259.8 4e-68
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2493 259.8 4e-68
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2493 259.8 4e-68
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2493 259.8 4e-68
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 2493 259.8 4.1e-68
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 2408 251.8 1.4e-65
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2408 251.8 1.4e-65
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2408 251.8 1.4e-65
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2408 251.8 1.4e-65
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 2408 251.8 1.4e-65
NP_001073878 (OMIM: 603981) zinc finger protein 99 ( 864) 2394 250.2 3.3e-65
>>NP_001159353 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 is (947 aa)
initn: 6729 init1: 6729 opt: 6729 Z-score: 3576.4 bits: 673.1 E(85289): 1.8e-192
Smith-Waterman score: 6729; 99.8% identity (99.9% similar) in 947 aa overlap (1-947:1-947)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MATRVRTASIWVPPLQERNSSWDRIRKLQGQESILGQGTPGLQPLPGTPRQKQKSRRIEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MATRVRTASIWVPPLQERNSSWDRIRKLQGQESILGQGTPGLQPLPGTPRQKQKSRRIEK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VLEWLFISQEQPKITKSWGPLSFMDVFVDFTWEEWQLLDPAQKCLYRSVMLENYSNLVSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VLEWLFISQEQPKITKSWGPLSFMDVFVDFTWEEWQLLDPAQKCLYRSVMLENYSNLVSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GYQHTKPDIIFKLEQGEELCLVQAQVPNQTCPNTVWKIDDLMDWHQENKDKLGSTAKSFE
::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GYQHTKPDIIFKLEQGEELCMVQAQVPNQTCPNTVWKIDDLMDWHQENKDKLGSTAKSFE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 CTTFGKLCLLSTKYLSRQKPHKCGTHGKSLKYIDFTSDYARNNPNGFQVHGKSFFHSKHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CTTFGKLCLLSTKYLSRQKPHKCGTHGKSLKYIDFTSDYARNNPNGFQVHGKSFFHSKHE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 QTVIGIKYCESIESGKTVNKKSQLMCQQMYMGEKPFGCSCCEKAFSSKSYLLVHQQTHAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QTVIGIKYCESIESGKTVNKKSQLMCQQMYMGEKPFGCSCCEKAFSSKSYLLVHQQTHAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 EKPYGCNECGKDFSSKSYLIVHQRIHTGEKLHECSECRKTFSFHSQLVIHQRIHTGENPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKPYGCNECGKDFSSKSYLIVHQRIHTGEKLHECSECRKTFSFHSQLVIHQRIHTGENPY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 ECCECGKVFSRKDQLVSHQKTHSGQKPYVCNECGKAFGLKSQLIIHERIHTGEKPYECNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ECCECGKVFSRKDQLVSHQKTHSGQKPYVCNECGKAFGLKSQLIIHERIHTGEKPYECNE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 CQKAFNTKSNLMVHQRTHTGEKPYVCSDCGKAFTFKSQLIVHQGIHTGVKPYGCIQCGKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CQKAFNTKSNLMVHQRTHTGEKPYVCSDCGKAFTFKSQLIVHQGIHTGVKPYGCIQCGKG
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pF1KE3 FSLKSQLIVHQRSHTGMKPYVCNECGKAFRSKSYLIIHTRTHTGEKLHECNNCGKAFSFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSLKSQLIVHQRSHTGMKPYVCNECGKAFRSKSYLIIHTRTHTGEKLHECNNCGKAFSFK
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pF1KE3 SQLIIHQRIHTGENPYECHECGKAFSRKYQLISHQRTHAGEKPYECTDCGKAFGLKSQLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQLIIHQRIHTGENPYECHECGKAFSRKYQLISHQRTHAGEKPYECTDCGKAFGLKSQLI
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610 620 630 640 650 660
pF1KE3 IHQRTHTGEKPFECSECQKAFNTKSNLIVHQRTHTGEKPYSCNECGKAFTFKSQLIVHKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IHQRTHTGEKPFECSECQKAFNTKSNLIVHQRTHTGEKPYSCNECGKAFTFKSQLIVHKG
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pF1KE3 VHTGVKPYGCSQCAKTFSLKSQLIVHQRSHTGVKPYGCSECGKAFRSKSYLIIHMRTHTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VHTGVKPYGCSQCAKTFSLKSQLIVHQRSHTGVKPYGCSECGKAFRSKSYLIIHMRTHTG
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730 740 750 760 770 780
pF1KE3 EKPHECRECGKSFSFNSQLIVHQRIHTGENPYECSECGKAFNRKDQLISHQRTHAGEKPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKPHECRECGKSFSFNSQLIVHQRIHTGENPYECSECGKAFNRKDQLISHQRTHAGEKPY
730 740 750 760 770 780
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pF1KE3 GCSECGKAFSSKSYLIIHMRTHSGEKPYECNECGKAFIWKSLLIVHERTHAGVNPYKCSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GCSECGKAFSSKSYLIIHMRTHSGEKPYECNECGKAFIWKSLLIVHERTHAGVNPYKCSQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 CEKSFSGKLRLLVHQRMHTTEKPYECSECGKAFIRNSQLIVHQRTHSGEKPYGCNECGKT
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CEKSFSGKLRLLVHQRMHTREKPYECSECGKAFIRNSQLIVHQRTHSGEKPYGCNECGKT
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910 920 930 940
pF1KE3 FSQKSILSAHQRTHTGEKPCKCTECGKAFCWKSQLIMHQRTHVDDKH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSQKSILSAHQRTHTGEKPCKCTECGKAFCWKSQLIMHQRTHVDDKH
910 920 930 940
>>NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 isofo (947 aa)
initn: 6729 init1: 6729 opt: 6729 Z-score: 3576.4 bits: 673.1 E(85289): 1.8e-192
Smith-Waterman score: 6729; 99.8% identity (99.9% similar) in 947 aa overlap (1-947:1-947)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MATRVRTASIWVPPLQERNSSWDRIRKLQGQESILGQGTPGLQPLPGTPRQKQKSRRIEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MATRVRTASIWVPPLQERNSSWDRIRKLQGQESILGQGTPGLQPLPGTPRQKQKSRRIEK
10 20 30 40 50 60
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pF1KE3 VLEWLFISQEQPKITKSWGPLSFMDVFVDFTWEEWQLLDPAQKCLYRSVMLENYSNLVSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VLEWLFISQEQPKITKSWGPLSFMDVFVDFTWEEWQLLDPAQKCLYRSVMLENYSNLVSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 GYQHTKPDIIFKLEQGEELCLVQAQVPNQTCPNTVWKIDDLMDWHQENKDKLGSTAKSFE
::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GYQHTKPDIIFKLEQGEELCMVQAQVPNQTCPNTVWKIDDLMDWHQENKDKLGSTAKSFE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 CTTFGKLCLLSTKYLSRQKPHKCGTHGKSLKYIDFTSDYARNNPNGFQVHGKSFFHSKHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CTTFGKLCLLSTKYLSRQKPHKCGTHGKSLKYIDFTSDYARNNPNGFQVHGKSFFHSKHE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 QTVIGIKYCESIESGKTVNKKSQLMCQQMYMGEKPFGCSCCEKAFSSKSYLLVHQQTHAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QTVIGIKYCESIESGKTVNKKSQLMCQQMYMGEKPFGCSCCEKAFSSKSYLLVHQQTHAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 EKPYGCNECGKDFSSKSYLIVHQRIHTGEKLHECSECRKTFSFHSQLVIHQRIHTGENPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EKPYGCNECGKDFSSKSYLIVHQRIHTGEKLHECSECRKTFSFHSQLVIHQRIHTGENPY
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pF1KE3 ECCECGKVFSRKDQLVSHQKTHSGQKPYVCNECGKAFGLKSQLIIHERIHTGEKPYECNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ECCECGKVFSRKDQLVSHQKTHSGQKPYVCNECGKAFGLKSQLIIHERIHTGEKPYECNE
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pF1KE3 CQKAFNTKSNLMVHQRTHTGEKPYVCSDCGKAFTFKSQLIVHQGIHTGVKPYGCIQCGKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CQKAFNTKSNLMVHQRTHTGEKPYVCSDCGKAFTFKSQLIVHQGIHTGVKPYGCIQCGKG
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pF1KE3 FSLKSQLIVHQRSHTGMKPYVCNECGKAFRSKSYLIIHTRTHTGEKLHECNNCGKAFSFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FSLKSQLIVHQRSHTGMKPYVCNECGKAFRSKSYLIIHTRTHTGEKLHECNNCGKAFSFK
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550 560 570 580 590 600
pF1KE3 SQLIIHQRIHTGENPYECHECGKAFSRKYQLISHQRTHAGEKPYECTDCGKAFGLKSQLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SQLIIHQRIHTGENPYECHECGKAFSRKYQLISHQRTHAGEKPYECTDCGKAFGLKSQLI
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610 620 630 640 650 660
pF1KE3 IHQRTHTGEKPFECSECQKAFNTKSNLIVHQRTHTGEKPYSCNECGKAFTFKSQLIVHKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IHQRTHTGEKPFECSECQKAFNTKSNLIVHQRTHTGEKPYSCNECGKAFTFKSQLIVHKG
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670 680 690 700 710 720
pF1KE3 VHTGVKPYGCSQCAKTFSLKSQLIVHQRSHTGVKPYGCSECGKAFRSKSYLIIHMRTHTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VHTGVKPYGCSQCAKTFSLKSQLIVHQRSHTGVKPYGCSECGKAFRSKSYLIIHMRTHTG
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730 740 750 760 770 780
pF1KE3 EKPHECRECGKSFSFNSQLIVHQRIHTGENPYECSECGKAFNRKDQLISHQRTHAGEKPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EKPHECRECGKSFSFNSQLIVHQRIHTGENPYECSECGKAFNRKDQLISHQRTHAGEKPY
730 740 750 760 770 780
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pF1KE3 GCSECGKAFSSKSYLIIHMRTHSGEKPYECNECGKAFIWKSLLIVHERTHAGVNPYKCSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GCSECGKAFSSKSYLIIHMRTHSGEKPYECNECGKAFIWKSLLIVHERTHAGVNPYKCSQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 CEKSFSGKLRLLVHQRMHTTEKPYECSECGKAFIRNSQLIVHQRTHSGEKPYGCNECGKT
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CEKSFSGKLRLLVHQRMHTREKPYECSECGKAFIRNSQLIVHQRTHSGEKPYGCNECGKT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940
pF1KE3 FSQKSILSAHQRTHTGEKPCKCTECGKAFCWKSQLIMHQRTHVDDKH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FSQKSILSAHQRTHTGEKPCKCTECGKAFCWKSQLIMHQRTHVDDKH
910 920 930 940
>>NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 is (864 aa)
initn: 6158 init1: 6158 opt: 6158 Z-score: 3275.7 bits: 617.3 E(85289): 1e-175
Smith-Waterman score: 6158; 99.8% identity (99.9% similar) in 864 aa overlap (84-947:1-864)
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 KSRRIEKVLEWLFISQEQPKITKSWGPLSFMDVFVDFTWEEWQLLDPAQKCLYRSVMLEN
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MDVFVDFTWEEWQLLDPAQKCLYRSVMLEN
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 YSNLVSLGYQHTKPDIIFKLEQGEELCLVQAQVPNQTCPNTVWKIDDLMDWHQENKDKLG
:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YSNLVSLGYQHTKPDIIFKLEQGEELCMVQAQVPNQTCPNTVWKIDDLMDWHQENKDKLG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::..:.::::.:...:.:. :..:::::.::.: :: :::. ..: :. ::::
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..:..:::.::. : : :. :::::.::.:.::::::.
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::: :.::::.: . : : : ::::: ..:..::::....: : :..::: :.::.
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:.::::::... ::.:.: :.:::::.: .:::.:. : : :. :.::::..:.::
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:.: :.: .:. :.:::::.:.::::::. : : :: .::: ::: : .:.:.:
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. .:.:. :.: ::: ::: : ::::.: . : : : ::::::..:.::::.....:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]