Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3323
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3323, 917 aa
1>>>pF1KE3323 917 - 917 aa - 917 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0408+/- 0.001; mu= 8.1131+/- 0.061
mean_var=253.1303+/-52.275, 0's: 0 Z-trim(113.3): 7 B-trim: 360 in 1/52
Lambda= 0.080612
statistics sampled from 13951 (13955) to 13951 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.733), E-opt: 0.2 (0.429), width: 16
Scan time: 4.950
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13619.1 PAXBP1 gene_id:94104|Hs108|chr21 ( 917) 6057 718.0 1.9e-206
CCDS33541.1 PAXBP1 gene_id:94104|Hs108|chr21 ( 815) 5146 612.1 1.4e-174
CCDS1961.1 GCFC2 gene_id:6936|Hs108|chr2 ( 781) 1170 149.6 2.1e-35
>>CCDS13619.1 PAXBP1 gene_id:94104|Hs108|chr21 (917 aa)
initn: 6057 init1: 6057 opt: 6057 Z-score: 3819.8 bits: 718.0 E(32554): 1.9e-206
Smith-Waterman score: 6057; 100.0% identity (100.0% similar) in 917 aa overlap (1-917:1-917)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MFRKARRVNVRKRNDSEEEERERDEEQEPPPLLPPPGTGEEAGPGGGDRAPGGESLLGPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MFRKARRVNVRKRNDSEEEERERDEEQEPPPLLPPPGTGEEAGPGGGDRAPGGESLLGPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 PSPPSALTPGLGAEAGGGFPGGAEPGNGLKPRKRPRENKEVPRASLLSFQDEEEENEEVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PSPPSALTPGLGAEAGGGFPGGAEPGNGLKPRKRPRENKEVPRASLLSFQDEEEENEEVF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KVKKSSYSKKIVKLLKKEYKEDLEKSKIKTELNSSAESEQPLDKTGHVKDTNQEDGVIIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KVKKSSYSKKIVKLLKKEYKEDLEKSKIKTELNSSAESEQPLDKTGHVKDTNQEDGVIIS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 EHGEDEMDMESEKEEEKPKTGGAFSNALSSLNVLRPGEIPDAAFIHAARKKRQMARELGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EHGEDEMDMESEKEEEKPKTGGAFSNALSSLNVLRPGEIPDAAFIHAARKKRQMARELGD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 FTPHDNEPGKGRLVREDENDASDDEDDDEKRRIVFSVKEKSQRQKIAEEIGIEGSDDDAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FTPHDNEPGKGRLVREDENDASDDEDDDEKRRIVFSVKEKSQRQKIAEEIGIEGSDDDAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 VTGEQDEELSRWEQEQIRKGINIPQVQASQPAEVNMYYQNTYQTMPYGSSYGIPYSYTAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VTGEQDEELSRWEQEQIRKGINIPQVQASQPAEVNMYYQNTYQTMPYGSSYGIPYSYTAY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 GSSDAKSQKTDNTVPFKTPSNEMTPVTIDLVKKQLKDRLDSMKELHKTNRQQHEKHLQSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GSSDAKSQKTDNTVPFKTPSNEMTPVTIDLVKKQLKDRLDSMKELHKTNRQQHEKHLQSR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 VDSTRAIERLEGSSGGIGERYKFLQEMRGYVQDLLECFSEKVPLINELESAIHQLYKQRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VDSTRAIERLEGSSGGIGERYKFLQEMRGYVQDLLECFSEKVPLINELESAIHQLYKQRA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 SRLVQRRQDDIKDESSEFSSHSNKALMAPNLDSFGRDRALYQEHAKRRIAEREARRTRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SRLVQRRQDDIKDESSEFSSHSNKALMAPNLDSFGRDRALYQEHAKRRIAEREARRTRRR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 QAREQTGKMADHLEGLSSDDEETSTDITNFNLEKDRISKESGKVFEDVLESFYSIDCIKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QAREQTGKMADHLEGLSSDDEETSTDITNFNLEKDRISKESGKVFEDVLESFYSIDCIKS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 QFEAWRSKYYTSYKDAYIGLCLPKLFNPLIRLQLLTWTPLEAKCRDFENMLWFESLLFYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QFEAWRSKYYTSYKDAYIGLCLPKLFNPLIRLQLLTWTPLEAKCRDFENMLWFESLLFYG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 CEEREQEKDDVDVALLPTIVEKVILPKLTVIAENMWDPFSTTQTSRMVGITLKLINGYPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CEEREQEKDDVDVALLPTIVEKVILPKLTVIAENMWDPFSTTQTSRMVGITLKLINGYPS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 VVNAENKNTQVYLKALLLRMRRTLDDDVFMPLYPKNVLENKNSGPYLFFQRQFWSSVKLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VVNAENKNTQVYLKALLLRMRRTLDDDVFMPLYPKNVLENKNSGPYLFFQRQFWSSVKLL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 GNFLQWYGIFSNKTLQELSIDGLLNRYILMAFQNSEYGDDSIKKAQNVINCFPKQWFMNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GNFLQWYGIFSNKTLQELSIDGLLNRYILMAFQNSEYGDDSIKKAQNVINCFPKQWFMNL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 KGERTISQLENFCRYLVHLADTIYRNSIGCSDVEKRNARENIKQIVKLLASVRALDHAMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KGERTISQLENFCRYLVHLADTIYRNSIGCSDVEKRNARENIKQIVKLLASVRALDHAMS
850 860 870 880 890 900
910
pF1KE3 VASDHNVKEFKSLIEGK
:::::::::::::::::
CCDS13 VASDHNVKEFKSLIEGK
910
>>CCDS33541.1 PAXBP1 gene_id:94104|Hs108|chr21 (815 aa)
initn: 5210 init1: 5146 opt: 5146 Z-score: 3247.8 bits: 612.1 E(32554): 1.4e-174
Smith-Waterman score: 5146; 99.7% identity (100.0% similar) in 780 aa overlap (1-780:1-780)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MFRKARRVNVRKRNDSEEEERERDEEQEPPPLLPPPGTGEEAGPGGGDRAPGGESLLGPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MFRKARRVNVRKRNDSEEEERERDEEQEPPPLLPPPGTGEEAGPGGGDRAPGGESLLGPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 PSPPSALTPGLGAEAGGGFPGGAEPGNGLKPRKRPRENKEVPRASLLSFQDEEEENEEVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PSPPSALTPGLGAEAGGGFPGGAEPGNGLKPRKRPRENKEVPRASLLSFQDEEEENEEVF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KVKKSSYSKKIVKLLKKEYKEDLEKSKIKTELNSSAESEQPLDKTGHVKDTNQEDGVIIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KVKKSSYSKKIVKLLKKEYKEDLEKSKIKTELNSSAESEQPLDKTGHVKDTNQEDGVIIS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 EHGEDEMDMESEKEEEKPKTGGAFSNALSSLNVLRPGEIPDAAFIHAARKKRQMARELGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EHGEDEMDMESEKEEEKPKTGGAFSNALSSLNVLRPGEIPDAAFIHAARKKRQMARELGD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 FTPHDNEPGKGRLVREDENDASDDEDDDEKRRIVFSVKEKSQRQKIAEEIGIEGSDDDAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FTPHDNEPGKGRLVREDENDASDDEDDDEKRRIVFSVKEKSQRQKIAEEIGIEGSDDDAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 VTGEQDEELSRWEQEQIRKGINIPQVQASQPAEVNMYYQNTYQTMPYGSSYGIPYSYTAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VTGEQDEELSRWEQEQIRKGINIPQVQASQPAEVNMYYQNTYQTMPYGSSYGIPYSYTAY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 GSSDAKSQKTDNTVPFKTPSNEMTPVTIDLVKKQLKDRLDSMKELHKTNRQQHEKHLQSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GSSDAKSQKTDNTVPFKTPSNEMTPVTIDLVKKQLKDRLDSMKELHKTNRQQHEKHLQSR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 VDSTRAIERLEGSSGGIGERYKFLQEMRGYVQDLLECFSEKVPLINELESAIHQLYKQRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VDSTRAIERLEGSSGGIGERYKFLQEMRGYVQDLLECFSEKVPLINELESAIHQLYKQRA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 SRLVQRRQDDIKDESSEFSSHSNKALMAPNLDSFGRDRALYQEHAKRRIAEREARRTRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SRLVQRRQDDIKDESSEFSSHSNKALMAPNLDSFGRDRALYQEHAKRRIAEREARRTRRR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 QAREQTGKMADHLEGLSSDDEETSTDITNFNLEKDRISKESGKVFEDVLESFYSIDCIKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QAREQTGKMADHLEGLSSDDEETSTDITNFNLEKDRISKESGKVFEDVLESFYSIDCIKS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 QFEAWRSKYYTSYKDAYIGLCLPKLFNPLIRLQLLTWTPLEAKCRDFENMLWFESLLFYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QFEAWRSKYYTSYKDAYIGLCLPKLFNPLIRLQLLTWTPLEAKCRDFENMLWFESLLFYG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 CEEREQEKDDVDVALLPTIVEKVILPKLTVIAENMWDPFSTTQTSRMVGITLKLINGYPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 CEEREQEKDDVDVALLPTIVEKVILPKLTVIAENMWDPFSTTQTSRMVGITLKLINGYPS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 VVNAENKNTQVYLKALLLRMRRTLDDDVFMPLYPKNVLENKNSGPYLFFQRQFWSSVKLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..
CCDS33 VVNAENKNTQVYLKALLLRMRRTLDDDVFMPLYPKNVLENKNSGPYLFFQRQFWSSVKVI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 GNFLQWYGIFSNKTLQELSIDGLLNRYILMAFQNSEYGDDSIKKAQNVINCFPKQWFMNL
CCDS33 KPPFQRGSCPIPRRKECCSERPRRIWTDRPCVVFS
790 800 810
>>CCDS1961.1 GCFC2 gene_id:6936|Hs108|chr2 (781 aa)
initn: 1483 init1: 550 opt: 1170 Z-score: 749.0 bits: 149.6 E(32554): 2.1e-35
Smith-Waterman score: 1447; 33.9% identity (68.0% similar) in 741 aa overlap (179-915:95-779)
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 KTELNSSAESEQPLDKTGHVKDTNQEDGVIISEHGEDEMDMESEKEEEKPKTGGAFSNAL
.: ::.. ::..... .. . :..:
CCDS19 RGRGRVWASSRRATKAAPRADEGSESRTLDVSTDEEDKIHHSSESKDDQGLSSDS-SSSL
70 80 90 100 110 120
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 SSLNVLRPGEIPDAAFIHAARKKRQMARELGDFTPHD--NEPGKGRLVREDENDASDDED
. .. .:::::::.:::.::..:: :. : . . . . ::.:.: .. :
CCDS19 GEKELSSTVKIPDAAFIQAARRKRELARAQDDYISLDVQHTSSISGMKRESEDDPESEPD
130 140 150 160 170 180
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 DDEKRRIVFSVKEKSQRQKIAEEIGIEGSDDDALVTGEQDEELSRWEQEQIRKGINIPQV
: ::: : :... .. ::..::: .: . .... ...::. . :::.:.::...: .
CCDS19 DHEKR-IPFTLRPQTLRQRMAEE-SI-SRNEETSEESQEDEKQDTWEQQQMRKAVKIIEE
190 200 210 220 230 240
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 QASQPAEVNMYYQNTYQTMPYGSSYGIPYSYTAYGSSDAKSQKTDNTVPFKTPSNEMTPV
. .... . :....: .: :... : : ::
CCDS19 R-----DIDL----------------------SCGNGSSKVKKFDTSISF--P-----PV
250 260
390 400 410 420 430 440
pF1KE3 TIDLVKKQLKDRLDSMKELHKTNRQQHEKHLQSRVDSTRAIERLEGSSGGIGERYKFLQE
.....::::. :: ..: :... ...::..:. .: .:. ::.::. . :: .
CCDS19 NLEIIKKQLNTRLTLLQETHRSHLREYEKYVQDVKSSKSTIQNLESSSNQ-ALNCKFYKS
270 280 290 300 310 320
450 460 470 480 490 500
pF1KE3 MRGYVQDLLECFSEKVPLINELESAIHQLYKQRASRLVQRRQDDIKDESSEFSSHSNKAL
:. ::..:..:..::. :.:.::..: : ..: ...::::..: ::. ... : :
CCDS19 MKIYVENLIDCLNEKIINIQEIESSMHALLLKQAMTFMKRRQDELKHESTYLQQLSRKDE
330 340 350 360 370 380
510 520 530 540 550 560
pF1KE3 MAPNLDSFGRDRALYQEHAKRRIAEREARRTRRRQAREQTGKMADHLEGLSSDDEETSTD
. . .:. : :... . : :.:::.::::: .:. .: :: ::::: :..
CCDS19 TSTS-GNFSVD-----EKTQWILEEIESRRTKRRQARVLSGN-CNHQEGTSSDDELPSAE
390 400 410 420 430
570 580 590 600 610 620
pF1KE3 ITNFNLEKDRISKESGKVFEDVLESFYSIDCIKSQFEAWRSKYYTSYKDAYIGLCLPKLF
. .:. . : ... ::::.: ..: .:. : .:. :: :. :: .:.:.::.:::.
CCDS19 MIDFQKSQGDILQKQKKVFEEVQDDFCNIQNILLKFQQWREKFPDSYYEAFISLCIPKLL
440 450 460 470 480 490
630 640 650 660 670 680
pF1KE3 NPLIRLQLLTWTPLEAKCRDFENMLWFESLLFY--GCEEREQEKDDVDVALLPTIVEKVI
:::::.::. :.::. . ...: ::.:. . . : ..... : .: .:..:.:
CCDS19 NPLIRVQLIDWNPLKLESTGLKEMPWFKSVEEFMDSSVEDSKKESSSDKKVLSAIINKTI
500 510 520 530 540 550
690 700 710 720 730 740
pF1KE3 LPKLTVIAENMWDPFSTTQTSRMVGITLKLINGYPSVVNAENKNTQVYLKALLLRMRRTL
.:.:: ..: .:::.::.::. .. ... . . : .:. : ::... ::....
CCDS19 IPRLTDFVEFLWDPLSTSQTTSLITHCRVILEEHSTCENEVSKSRQDLLKSIVSRMKKAV
560 570 580 590 600 610
750 760 770 780 790 800
pF1KE3 DDDVFMPLYPKNVLENKNSGPYLFFQRQFWSSVKLLGNFLQWYGIFSNKTLQELSIDGLL
.::::.:::::...:::.: : .:::::..::. :.: : :.... :::::.. ::
CCDS19 EDDVFIPLYPKSAVENKTSPHSKFQERQFWSGLKLFRNILLWNGLLTDDTLQELGLGKLL
620 630 640 650 660 670
810 820 830 840 850 860
pF1KE3 NRYILMAFQNSEYGDDSIKKAQNVINCFPKQWFMNLKGERTISQLENFCRYLVHLADTIY
:::...:. :. : : .:: ..: :.:..:: : . .: ::::: ..:.. : .
CCDS19 NRYLIIALLNATPGPDVVKKCNQVAACLPEKWFENSAMRTSIPQLENFIQFLLQSAHKLS
680 690 700 710 720 730
870 880 890 900 910
pF1KE3 RNSIGCSDVEKRNARENIKQIVKLLASVRALDHAMSVASDHNVKEFKSLIEGK
:. . :.....:. .:....::..: : ..:.. ..::::.
CCDS19 RSEF----------RDEVEEIILILVKIKALNQAESFIGEHHLDHLKSLIKED
740 750 760 770 780
917 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 05:04:15 2016 done: Sun Nov 6 05:04:16 2016
Total Scan time: 4.950 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]