FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3315, 861 aa
1>>>pF1KE3315 861 - 861 aa - 861 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9362+/-0.000932; mu= 17.6792+/- 0.056
mean_var=76.5306+/-15.021, 0's: 0 Z-trim(106.1): 55 B-trim: 3 in 1/46
Lambda= 0.146608
statistics sampled from 8727 (8782) to 8727 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.635), E-opt: 0.2 (0.27), width: 16
Scan time: 3.800
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41318.1 HECTD3 gene_id:79654|Hs108|chr1 ( 861) 5847 1246.7 0
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 709 160.3 7.7e-38
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 645 146.7 9.1e-34
CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083) 357 85.6 5.4e-16
CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374) 357 85.8 1.8e-15
CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6 ( 909) 335 80.9 1.2e-14
CCDS4890.1 CUL9 gene_id:23113|Hs108|chr6 (2517) 321 78.1 2.2e-13
CCDS32177.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 852) 312 76.0 3.2e-13
CCDS45191.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 872) 312 76.0 3.3e-13
CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 875) 312 76.0 3.3e-13
CCDS4881.1 CUL7 gene_id:9820|Hs108|chr6 (1698) 312 76.1 5.8e-13
CCDS55003.1 CUL7 gene_id:9820|Hs108|chr6 (1782) 312 76.1 6.1e-13
CCDS11043.1 ZZEF1 gene_id:23140|Hs108|chr17 (2961) 315 76.9 6.1e-13
CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 776) 285 70.3 1.5e-11
CCDS60591.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 780) 285 70.3 1.5e-11
CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 ( 748) 283 69.8 2e-11
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 275 68.2 8.7e-11
>>CCDS41318.1 HECTD3 gene_id:79654|Hs108|chr1 (861 aa)
initn: 5847 init1: 5847 opt: 5847 Z-score: 6677.8 bits: 1246.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5847; 100.0% identity (100.0% similar) in 861 aa overlap (1-861:1-861)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAGPGPGAVLESPRQLLGRVRFLAEAARSLRAGRPLPAALAFVPREVLYKLYKDPAGPSR
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CCDS41 MAGPGPGAVLESPRQLLGRVRFLAEAARSLRAGRPLPAALAFVPREVLYKLYKDPAGPSR
10 20 30 40 50 60
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pF1KE3 VLLPVWEAEGLGLRVGAAGPAPGTGSGPLRAARDSIELRRGACVRTTGEELCNGHGLWVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VLLPVWEAEGLGLRVGAAGPAPGTGSGPLRAARDSIELRRGACVRTTGEELCNGHGLWVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 LTKEQLAEHLGDCGLQEGWLLVCRPAEGGARLVPIDTPNHLQRQQQLFGVDYRPVLRWEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LTKEQLAEHLGDCGLQEGWLLVCRPAEGGARLVPIDTPNHLQRQQQLFGVDYRPVLRWEQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 VVDLTYSHRLGSRPQPAEAYAEAVQRLLYVPPTWTYECDEDLIHFLYDHLGKEDENLGSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VVDLTYSHRLGSRPQPAEAYAEAVQRLLYVPPTWTYECDEDLIHFLYDHLGKEDENLGSV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 KQYVESIDVSSYTEEFNVSCLTDSNADTYWESDGSQCQHWVRLTMKKGTIVKKLLLTVDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KQYVESIDVSSYTEEFNVSCLTDSNADTYWESDGSQCQHWVRLTMKKGTIVKKLLLTVDT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 TDDNFMPKRVVVYGGEGDNLKKLSDVSIDETLIGDVCVLEDMTVHLPIIEIRIVECRDDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TDDNFMPKRVVVYGGEGDNLKKLSDVSIDETLIGDVCVLEDMTVHLPIIEIRIVECRDDG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 IDVRLRGVKIKSSRQRELGLNADLFQPTSLVRYPRLEGTDPEVLYRRAVLLQRFIKILDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IDVRLRGVKIKSSRQRELGLNADLFQPTSLVRYPRLEGTDPEVLYRRAVLLQRFIKILDS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 VLHHLVPAWDHTLGTFSEIKQVKQFLLLSRQRPGLVAQCLRDSESSKPSFMPRLYINRRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VLHHLVPAWDHTLGTFSEIKQVKQFLLLSRQRPGLVAQCLRDSESSKPSFMPRLYINRRL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 AMEHRACPSRDPACKNAVFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYRWPMRYDQWWECKFIAEGIIDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AMEHRACPSRDPACKNAVFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYRWPMRYDQWWECKFIAEGIIDQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 GGGFRDSLADMSEELCPSSADTPVPLPFFVRTANQGNGTGEARDMYVPNPSCRDFAKYEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GGGFRDSLADMSEELCPSSADTPVPLPFFVRTANQGNGTGEARDMYVPNPSCRDFAKYEW
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 IGQLMGAALRGKEFLVLALPGFVWKQLSGEEVSWSKDFPAVDSVLVKLLEVMEGMDKETF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IGQLMGAALRGKEFLVLALPGFVWKQLSGEEVSWSKDFPAVDSVLVKLLEVMEGMDKETF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 EFKFGKELTFTTVLSDQQVVELIPGGAGIVVGYGDRSRFIQLVQKARLEESKEQVAAMQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EFKFGKELTFTTVLSDQQVVELIPGGAGIVVGYGDRSRFIQLVQKARLEESKEQVAAMQA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 GLLKVVPQAVLDLLTWQELEKKVCGDPEVTVDALRKLTRFEDFEPSDSRVQYFWEALNNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GLLKVVPQAVLDLLTWQELEKKVCGDPEVTVDALRKLTRFEDFEPSDSRVQYFWEALNNF
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 TNEDRSRFLRFVTGRSRLPARIYIYPDKLGYETTDALPESSTCSSTLFLPHYASAKVCEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TNEDRSRFLRFVTGRSRLPARIYIYPDKLGYETTDALPESSTCSSTLFLPHYASAKVCEE
790 800 810 820 830 840
850 860
pF1KE3 KLRYAAYNCVAIDTDMSPWEE
:::::::::::::::::::::
CCDS41 KLRYAAYNCVAIDTDMSPWEE
850 860
>>CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861 aa)
initn: 571 init1: 378 opt: 709 Z-score: 792.9 bits: 160.3 E(32554): 7.7e-38
Smith-Waterman score: 711; 30.8% identity (59.2% similar) in 497 aa overlap (377-855:4375-4843)
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 PIIEIRIVECRDDGIDVRLRGVKIKSSRQRELGLNADLFQPTSLVRYPRLEGTDPEVLYR
.::: : : .: :. .. ...
CCDS45 VRQISAGRCHSAAWTAPPVPPRAPGVSVPLQLGL-PDTVPP----QYGALREVSIHTVRA
4350 4360 4370 4380 4390
410 420 430 440 450
pF1KE3 RAVLLQRFIKILDSV--LHHLVPAWDHTL-----GTFSEIKQVKQFLLLSRQRPGLVAQC
: :: .: .. : : .: : ... ::.. .. . :: : ...
CCDS45 RLRLLYHFSDLMYSSWRLLNLSPNNQNSTSHYNAGTWGIVQGQLRPLLAPRVYTLPMVRS
4400 4410 4420 4430 4440 4450
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pF1KE3 LRDSESSKPSFMPRLYINRRLAMEHRACPSRDPACKNAVFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYR
. . . .. :.. . .:.. . : : . .:.:. . . . : :
CCDS45 IGKTMVQGKNYGPQITV-KRISTRGRKC--------KPIFVQIARQVVKLNAS----DLR
4460 4470 4480 4490 4500
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 WPMRYDQWWECKFIAEGIIDQGGGFRDSLADMSEELCPSSADTPVPLPFFVRTANQGNGT
: : :. :...:: : :: : :....: .:: . .: .: : : .
CCDS45 LPSRA---WKVKLVGEGADDAGGVFDDTITEMCQELETGIVDLLIPSP------NATAEV
4510 4520 4530 4540 4550
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 GEARDMYVPNPS-CRD--FAKYEWIGQLMGAALRGKEFLVLALPGFVWKQLSGEEVSWSK
: :: .. ::: : : . .....: :::.:.: :. : : : .::::: .. .
CCDS45 GYNRDRFLFNPSACLDEHLMQFKFLGILMGVAIRTKKPLDLHLAPLVWKQLCCVPLTL-E
4560 4570 4580 4590 4600 4610
640 650 660 670 680 690
pF1KE3 DFPAVDSVLVKLLE-VMEGMDKETFEFKFGKEL---TFTTVLSDQQVVELIPGGAGIVVG
:. :: . :. :. ... :. : .: . . .:. .: ..: .:::: .: .
CCDS45 DLEEVDLLYVQTLNSILHIEDSGITEESFHEMIPLDSFVGQSADGKMVPIIPGGNSIPLT
4620 4630 4640 4650 4660 4670
700 710 720 730 740 750
pF1KE3 YGDRSRFIQLVQKARLEESKEQVAAMQAGLLKVVPQAVLDLLTWQELEKKVCGDPEVTVD
...:..... . . ::.: .::::.. :. .:: .:.::: ..::. ::: ::..:.
CCDS45 FSNRKEYVERAIEYRLHEMDRQVAAVREGMSWIVPVPLLSLLTAKQLEQMVCGMPEISVE
4680 4690 4700 4710 4720 4730
760 770 780 790 800 810
pF1KE3 ALRKLTRFEDFEPSDSRVQYFWEALNNFTNEDRSRFLRFVTGRSRLPARIYIYPDKLGYE
.:.:..:... . . . ::.::..:..:.::.: :.:::.::::::: ...
CCDS45 VLKKVVRYREVDEQHQLVQWFWHTLEEFSNEERVLFMRFVSGRSRLPANTADISQRFQIM
4740 4750 4760 4770 4780 4790
820 830 840 850 860
pF1KE3 TTD----ALPESSTCSSTLFLPHYASAKVCEEKLRYAAYNCVAIDTDMSPWEE
.: .:: :.:: : :: :.: : :.:::: :: .:: :
CCDS45 KVDRPYDSLPTSQTCFFQLRLPPYSSQLVMAERLRYAINNCRSIDMDNYMLSRNVDNAEG
4800 4810 4820 4830 4840 4850
CCDS45 SDTDY
4860
>>CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834 aa)
initn: 719 init1: 314 opt: 645 Z-score: 719.7 bits: 146.7 E(32554): 9.1e-34
Smith-Waterman score: 645; 35.7% identity (64.0% similar) in 339 aa overlap (528-855:4466-4794)
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 VFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYRWPMRYDQWWECKFIAEGIIDQGGGFRDSLADMSEELCP
:. ::..:.. : :::. .:.:.. :::
CCDS10 GPDGTKSVFGQMCAKMSSFGPDSLLLPHRVWKVKFVGESVDDCGGGYSESIAEICEEL--
4440 4450 4460 4470 4480 4490
560 570 580 590 600 610
pF1KE3 SSADTPVPLPFFVRTANQGNGTGEARDMYVPNPSCR---DFAKYEWIGQLMGAALRGKEF
... ::. .. : : . .: :: :. .:. : . ....: :.: :.:
CCDS10 QNGLTPL----LIVTPNGRDESGANRDCYLLSPAARAPVHSSMFRFLGVLLGIAIRTGSP
4500 4510 4520 4530 4540
620 630 640 650 660 670
pF1KE3 LVLALPGFVWKQLSGEEVSWSKDFPAVDSVLVKLLEVMEGMDKETFEFKFGKELTFTTVL
: : : :::::.: .. . :. ::. .. : .. . . ::. . : ::.
CCDS10 LSLNLAEPVWKQLAGMSLTIA-DLSEVDKDFIPGLMYIRDNEATSEEFE-AMSLPFTVPS
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pF1KE3 SDQQVVELIPGGAGIVVGYGDRSRFIQLVQKARLEESKEQVAAMQAGLLKVVPQAVLDLL
.. : ..: . :.. .:.....:. . ::.: :::::.. :. .::: .:.:.
CCDS10 ASGQDIQLSSKHTHITL--DNRAEYVRLAINYRLHEFDEQVAAVREGMARVVPVPLLSLF
4610 4620 4630 4640 4650 4660
740 750 760 770 780 790
pF1KE3 TWQELEKKVCGDPEVTVDALRKLTRFEDFEPSDSRVQYFWEALNNFTNEDRSRFLRFVTG
: ::: :::.:.. . :.... .. .::: : .:.:::....:.: .:: ::::: :
CCDS10 TGYELETMVCGSPDIPLHLLKSVATYKGIEPSASLIQWFWEVMESFSNTERSLFLRFVWG
4670 4680 4690 4700 4710 4720
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pF1KE3 RSRLP-------ARIYIYPDKLGYETTDA-LPESSTCSSTLFLPHYASAKVCEEKLRYAA
:.::: .: .. :. : :::: :: : ::.:. .: ::::.::
CCDS10 RTRLPRTIADFRGRDFVIQVLDKYNPPDHFLPESYTCFFLLKLPRYSCKQVLEEKLKYAI
4730 4740 4750 4760 4770 4780
850 860
pF1KE3 YNCVAIDTDMSPWEE
. : .::::
CCDS10 HFCKSIDTDDYARIALTGEPAADDSSDDSDNEDVDSFASDSTQDYLTGH
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>>CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083 aa)
initn: 242 init1: 93 opt: 357 Z-score: 400.7 bits: 85.6 E(32554): 5.4e-16
Smith-Waterman score: 369; 27.7% identity (57.6% similar) in 375 aa overlap (495-851:729-1078)
470 480 490 500 510 520
pF1KE3 SSKPSFMPRLYINRRLAMEHRACPSRDPACKNAVFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYRWPMRY
.: .. ..:. :.: . .: : . .:
CCDS34 VKIFQRLIYADKQEVQGDGPFLDGINVTIRRNYIYEDAYDKLSPEN---EP-DLKKRIRV
700 710 720 730 740 750
530 540 550 560 570 580
pF1KE3 DQWWECKFIAEGIIDQGGGFRDSLADMSEELCPSSADTPVPLPFFVRTANQGNGTGEARD
. . . . :. :: :: ::. : .:: :. . : : .:.:.:
CCDS34 -HLLNAHGLDEAGIDGGGIFREFL----NELLKSGFN---PNQGFFKTTNEG--------
760 770 780 790
590 600 610 620 630
pF1KE3 MYVPNPSCR-----DFAK-YEWIGQLMGAALRGKEFLVLALPGFVWKQLSGEEVSWS-KD
. :::. . .::. : ..:...: :: . .. : . :: ..: : .. . .
CCDS34 LLYPNPAAQMLVGDSFARHYYFLGRMLGKALYENMLVELPFAGFFLSKLLGTSADVDIHH
800 810 820 830 840 850
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pF1KE3 FPAVDSVLVKLLEVMEGMDKETFEFKFGKELTFTTV---LSDQQVVELIPGGAGIVVGYG
. ..: . : : ..... .. :. :.::.: :.. ::::: :: : : .
CCDS34 LASLDPEVYKNLLFLKSYEDDVEELG----LNFTVVNNDLGEAQVVELKFGGKDIPVTSA
860 870 880 890 900 910
700 710 720 730 740 750
pF1KE3 DRSRFIQLVQKARLEES-KEQVAAMQAGLLKVVPQAVLDLLTWQELEKKVCGDP-EVTVD
.: .:.:: ::... ... :.. :: .:: : .. ::.. . : ....
CCDS34 NRIAYIHLVADYRLNRQIRQHCLAFRQGLANVVSLEWLRMFDQQEIQVLISGAQVPISLE
920 930 940 950 960 970
760 770 780 790 800
pF1KE3 ALRKLTRFEDFEPSDSRV-QYFWEALNNFTNEDRSRFLRFVTGRSRLPARIY--IYPD--
:...: . .: : . ::.....::.:.. ..:.:::. :: : . .::
CCDS34 DLKSFTNYSGGYSADHPVIKVFWRVVEGFTDEEKRKLLKFVTSCSRPPLLGFKELYPAFC
980 990 1000 1010 1020 1030
810 820 830 840 850 860
pF1KE3 -KLGYETTDALPESSTCSSTLFLPHYASAKVCEEKLRYAAYNCVAIDTDMSPWEE
. : . :: .::: . : ::.. . . . :: :: .:.:
CCDS34 IHNGGSDLERLPTASTCMNLLKLPEFYDETLLRSKLLYAI-ECAAGFELS
1040 1050 1060 1070 1080
>>CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374 aa)
initn: 285 init1: 234 opt: 357 Z-score: 391.2 bits: 85.8 E(32554): 1.8e-15
Smith-Waterman score: 393; 26.5% identity (57.5% similar) in 358 aa overlap (510-849:4029-4367)
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 LAMEHRACPSRDPACKNAVFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYRWPMRYDQWWECKFIAEGIID
:.: . : . : .. . : .: :
CCDS35 KYFRQELERLDEGLRKEDMAVHVRRDHVFEDSY-RELHRKSPEEMKNRLYIVFEGEEGQD
4000 4010 4020 4030 4040 4050
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pF1KE3 QGGGFRDSLADMSEELCPSSADTPVPLPFFVRTANQGNGTGEARDMYVPNPS--CRD--F
:: .:. .:.:. :. . ::. :. : :. ::: : .
CCDS35 AGGLLREWYMIISREMFN-------PMYALFRTS-PGD-----RVTYTINPSSHCNPNHL
4060 4070 4080 4090 4100
600 610 620 630 640 650
pF1KE3 AKYEWIGQLMGAALRGKEFLVLALPGFVWKQLSGEEVSWSKDFPAVDSVLVKLLEVMEGM
. ....:.... :. ...: . .:.. :. : .. :. . : . . : .
CCDS35 SYFKFVGRIVAKAVYDNRLLECYFTRSFYKHILGKSVRYT-DMESEDYHFYQGLVYLLEN
4110 4120 4130 4140 4150 4160
660 670 680 690 700 710
pF1KE3 DKETFEFKFGKELTFTTVLSDQQVVE---LIPGGAGIVVGYGDRSRFIQLVQKARLEES-
: :. : .:::.: ... : : : :.::.:.: .......:: . :. .
CCDS35 DVSTL----GYDLTFSTEVQEFGVCEVRDLKPNGANILVTEENKKEYVHLVCQMRMTGAI
4170 4180 4190 4200 4210
720 730 740 750 760 770
pF1KE3 KEQVAAMQAGLLKVVPQAVLDLLTWQELEKKVCGDPEVTVDALRKLTRFEDFEPSDSRVQ
..:.::. :. ...:. .....: :::: . : : . .: :.. :... .. .. ..:
CCDS35 RKQLAAFLEGFYEIIPKRLISIFTEQELELLISGLPTIDIDDLKSNTEYHKYQSNSIQIQ
4220 4230 4240 4250 4260 4270
780 790 800 810 820
pF1KE3 YFWEALNNFTNEDRSRFLRFVTGRSRLPARIYIYPDKL-GYE---------TTDALPESS
.::.:: .: . ::..::.:::: :..: . . . . : . .:: :: .
CCDS35 WFWRALRSFDQADRAKFLQFVTGTSKVPLQGFAALEGMNGIQKFQIHRDDRSTDRLPSAH
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CCDS35 TCFNQLDLPAYESFEKLRHMLLLAIQECSEGFGLA
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:::.....:.:.: .:.:::: ::.: : :. .. : . :: :::
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830 840 850 860
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: . : ::.: : .. ...: .: .:
CCDS50 CINMLKLPEYPSKEILKDRL-LVALHCGSYGYTMA
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CCDS48 FSKNSKGRDRSPAPSPVLPSSSLRNITQCWLSVVQEQVSRFLAAAWRAPDFVPRYCKLYE
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CCDS48 HLQRAGSEL-----FGPRAAFMLALRSGFSGALLQQSFLTAAHMSEQFARYI-DQQIQGG
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CCDS48 LIGGAPGVEMLGQLQRHLEPIMVLSGLELATTFEHFYQHYMADRLLSFGSSWLEGAVLEQ
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.:.:
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840 850
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pF1KE3 VVPQAVLD-LLTWQELEKKVCGDPEVTVDALRKLTRFEDFEPSDSR-VQYFWEALNNFTN
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