Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3288
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3288, 740 aa
1>>>pF1KE3288 740 - 740 aa - 740 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7419+/-0.00144; mu= 11.9717+/- 0.088
mean_var=299.7044+/-58.524, 0's: 0 Z-trim(109.2): 182 B-trim: 99 in 2/51
Lambda= 0.074085
statistics sampled from 10546 (10733) to 10546 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.33), width: 16
Scan time: 3.680
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 4836 531.6 1.6e-150
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 581 76.8 1.3e-13
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 520 69.5 5.8e-12
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 511 68.6 1.1e-11
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 494 66.8 4.1e-11
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 487 66.0 6.5e-11
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 487 66.1 7e-11
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 487 66.1 7.1e-11
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 486 65.9 7.1e-11
CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 497 68.1 7.9e-11
>>CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 (740 aa)
initn: 4836 init1: 4836 opt: 4836 Z-score: 2815.6 bits: 531.6 E(32554): 1.6e-150
Smith-Waterman score: 4836; 100.0% identity (100.0% similar) in 740 aa overlap (1-740:1-740)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MEADGDGEELARLRSVFAACDANRSGRLEREEFRALCTELRVRPADAEAVFQRLDADRDG
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CCDS66 MEADGDGEELARLRSVFAACDANRSGRLEREEFRALCTELRVRPADAEAVFQRLDADRDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 AITFQEFARGFLGSLRGGRRRDWGPLDPAPAVSEAGPETHDSEEDEGDEDAAAALATSCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 AITFQEFARGFLGSLRGGRRRDWGPLDPAPAVSEAGPETHDSEEDEGDEDAAAALATSCG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PASPGRAWQDFQARLGDEAKFIPREEQVSTLYQNINLVEPRLIQPYEHVIKNFIREIRLQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 STEMENLAIAVKRAQDKAAMQLSELEEEMDQRIQAAEHKTRKDEKRKAEEALSDLRRQYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 STEMENLAIAVKRAQDKAAMQLSELEEEMDQRIQAAEHKTRKDEKRKAEEALSDLRRQYE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 TEVGDLQVTIKKLRKLEEQSKRVSQKEDVAALKKQIYDLSMENQKVKKDLLEAQTNIAFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TEVGDLQVTIKKLRKLEEQSKRVSQKEDVAALKKQIYDLSMENQKVKKDLLEAQTNIAFL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 QSELDALKSDYADQSLNTERDLEIIRAYTEDRNSLERQIEILQTANRKLHDSNDGLRSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 QSELDALKSDYADQSLNTERDLEIIRAYTEDRNSLERQIEILQTANRKLHDSNDGLRSAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 ENSYSKFNRSLHINNISPGNTISRSSPKFIGHSPQPLGYDRSSRSSYVDEDCDSLALCDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 ENSYSKFNRSLHINNISPGNTISRSSPKFIGHSPQPLGYDRSSRSSYVDEDCDSLALCDP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 LQRTNCEVDSLPESCFDSGLSTLRDPNEYDSEVEYKHQRGFQRSHGVQESFGGDASDTDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LQRTNCEVDSLPESCFDSGLSTLRDPNEYDSEVEYKHQRGFQRSHGVQESFGGDASDTDV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 PDIRDEETFGLEDVASVLDWKPQGSVSEGSIVSSSRKPISALSPQTDLVDDNAKSFSSQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PDIRDEETFGLEDVASVLDWKPQGSVSEGSIVSSSRKPISALSPQTDLVDDNAKSFSSQK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 AYKIVLAGDAAVGKSSFLMRLCKNEFRENISATLGVDFQMKTLIVDGERTVLQLWDTAGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 AYKIVLAGDAAVGKSSFLMRLCKNEFRENISATLGVDFQMKTLIVDGERTVLQLWDTAGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE3 ERFRSIAKSYFRKADGVLLLYDVTCEKSFLNIREWVDMIEDAAHETVPIMLVGNKADIRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 ERFRSIAKSYFRKADGVLLLYDVTCEKSFLNIREWVDMIEDAAHETVPIMLVGNKADIRD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE3 TAATEGQKCVPGHFGEKLAMTYGALFCETSAKDGSNIVEAVLHLAREVKKRTDKDDSRSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TAATEGQKCVPGHFGEKLAMTYGALFCETSAKDGSNIVEAVLHLAREVKKRTDKDDSRSI
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KE3 TNLTGTNSKKSPQMKNCCNG
::::::::::::::::::::
CCDS66 TNLTGTNSKKSPQMKNCCNG
730 740
>>CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 (731 aa)
initn: 677 init1: 454 opt: 581 Z-score: 357.9 bits: 76.8 E(32554): 1.3e-13
Smith-Waterman score: 859; 27.7% identity (59.5% similar) in 751 aa overlap (2-738:44-730)
10 20 30
pF1KE3 MEADGDGEELARLRSVFAACDANRSGRLERE
...:. : . . : .:::. .: . :.
CCDS44 RLGQGSGQGPKGSGACLHPLDSLEQKETQEQTSGQLVMLRKAQEFFQTCDAEGKGFIARK
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80
pF1KE3 EFRALCTELRVRPADAEAVFQRLDADRDGAITFQEFARGF---LGSLRGGRRRDWGPLDP
... : :: . . : ::. :::: .: .: :::. :: . : . ..: : .
CCDS44 DMQRLHKELPLSLEELEDVFDALDADGNGYLTPQEFTTGFSHFFFSQNNPSQEDAG--EQ
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KE3 APAVSEAGPETHDSEEDEGD--EDAAAALATSCGPASPGRAWQDFQARLGDEAKFIPREE
. : ..:: :: :: : . : .: ::: . : . :
CCDS44 VAQRHEEKVYLSRGDEDLGDMGEDEEAQF----------RMLMD---RLGAQ-KVLEDES
140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KE3 QVSTLYQNINLVEPRLIQPYEHVIKNFIREIRLQSTEMENLAIAVKRAQDKAAMQLSELE
.:. :. ... ::.:.. .: . .: ... : ..: :.:: ....:
CCDS44 DVKQLWLQLKKEEPHLLSNFEDFLTRIISQLQEAHEEKNELECALKRKIAAYDEEIQHLY
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KE3 EEMDQRIQAAEHK-TRKDEKRKAEEALSDLRRQYETEVGDLQVTIKKLRKLEEQSKRVSQ
:::.:.:.. ... :: .: .. ..:... . .:. .: ..:: : ..
CCDS44 EEMEQQIKSEKEQFLLKDTERFQARS-QELEQKLLCKEQELEQLTQKQKRLEGQC--TAL
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE3 KEDVAALKKQIYDLSMENQKVKKDLLEAQTNIAFLQSELDALKSDYADQSLNTERDLEII
..: : . :.. ::.. ..: ... .. :..:..:... .:. :...:.
CCDS44 HHDKHETKAENTKLKLTNQELARELERTSWELQDAQQQLESLQQEAC--KLHQEKEMEVY
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 R---AYTEDRNSLERQIEILQTANRKLHDSNDGLRSALENSYSKFNRSLHINNISPGNTI
: . ... .: .:...:. :..:.: : ..: :.. . :. . .
CCDS44 RVTESLQREKAGLLKQLDFLRERNKHLRDERD-------ICFQK-NKAAKANTAASRASW
360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KE3 SRSSPKFIGHSPQPLGYDRSSRSSYVDEDCDSLALCDPLQRTNCEVDSLPESCFDSGLST
.. : . ::. . : ::. .:. . ... : .:.. ... : . . : .
CCDS44 KKRSGSVIGKYVDSRGILRSQS----EEEEEVFGI--P-RRSSLGLSGYPLTEEEPGTG-
410 420 430 440 450
450 460 470 480 490
pF1KE3 LRDPNEYDSEVEYKHQRGFQRSHGVQESFGGDASDTDVPDIRD---EETFG-LEDVASVL
.:. . : ..: .:.:. .:.. : :. .. . :
CCDS44 --EPGPGG-----PYPRPLRRIISVEED--------PLPQLLDGGFEQPLSKCSEEEEVS
460 470 480 490 500
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 DWKPQGSVSEGSIVS-SSRKPISALSPQTDLVDDNAKSFSSQKAYKIVLAGDAAVGKSSF
: ::.. :. .. . .: . . : .... . .. .:::..:..::::.::
CCDS44 DQGVQGQIPEAPPLKLTPTSPRGQPVGKEALCKEESSPSAPDRLFKIVFVGNSAVGKTSF
510 520 530 540 550 560
560 570 580 590 600 610
pF1KE3 LMRLCKNEFRENISATLGVDFQMKTLIVDGERTVLQLWDTAGQERFRSIAKSYFRKADGV
: :.:...: ...::.:.:...::: ::. ...:::::::::::.: :....:::::::
CCDS44 LRRFCEDRFSPGMAATVGIDYRVKTLNVDNSQVALQLWDTAGQERYRCITQQFFRKADGV
570 580 590 600 610 620
620 630 640 650 660 670
pF1KE3 LLLYDVTCEKSFLNIREWVDMIEDAAHETVPIMLVGNKADIRDTAATEGQKCVPGHFGEK
...::.: ..:::..:.:.. .:.:. . ::..:.::: : .: .. :: .::.
CCDS44 IVMYDLTDKQSFLSVRRWLSSVEEAVGDRVPVLLLGNKLD------NEKEREVPRGLGEQ
630 640 650 660 670
680 690 700 710 720 730
pF1KE3 LAMTYGALFCETSAKDGSNIVEAVLHLAREVKKRTDKDDSRSITNLTGTNSKKSPQMKNC
:: . .: : :: .: : :..::::: .:.. .: : : .: .:: :.:
CCDS44 LATENNLIFYECSAYSGHNTKESLLHLARFLKEQ--EDTVREDTIQVGHPAKK----KSC
680 690 700 710 720
740
pF1KE3 CNG
:
CCDS44 CG
730
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 510 init1: 397 opt: 520 Z-score: 328.3 bits: 69.5 E(32554): 5.8e-12
Smith-Waterman score: 520; 45.7% identity (72.8% similar) in 173 aa overlap (542-714:9-175)
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 VSSSRKPISALSPQTDLVDDNAKSFSSQKAYKIVLAGDAAVGKSSFLMRLCKNEFRENIS
.:..: ::..:::. :.:. .. : ..
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFI
10 20 30
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 ATLGVDFQMKTLIVDGERTVLQLWDTAGQERFRSIAKSYFRKADGVLLLYDVTCEKSFLN
.:.:.::...:. .::.: ::.::::::::::.:. .:.: : :..:.::.: :::: :
CCDS12 STIGIDFKIRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDN
40 50 60 70 80 90
640 650 660 670 680 690
pF1KE3 IREWVDMIEDAAHETVPIMLVGNKADIRDTAATEGQKCVPGHFGEKLAMTYGALFCETSA
::.:. ::. : : :..::: :. : .. : . :::::. :: : ::::
CCDS12 IRNWIRNIEEHASADVEKMILGNKCDVND------KRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSA
100 110 120 130 140 150
700 710 720 730 740
pF1KE3 KDGSNIVEAVLHLAREVKKRTDKDDSRSITNLTGTNSKKSPQMKNCCNG
: . :. .: . :::..: . ::
CCDS12 KANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
160 170 180 190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
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Smith-Waterman score: 511; 41.6% identity (71.6% similar) in 197 aa overlap (542-731:9-199)
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 VSSSRKPISALSPQTDLVDDNAKSFSSQKAYKIVLAGDAAVGKSSFLMRLCKNEFRENIS
.:..: ::..:::. .:.:. .. : ..
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFI
10 20 30
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 ATLGVDFQMKTLIVDGERTVLQLWDTAGQERFRSIAKSYFRKADGVLLLYDVTCEKSFLN
.:.:.::...:. .::.. ::.::::::::::.:. .:.: : :..:.::.: :::: :
CCDS10 STIGIDFKIRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDN
40 50 60 70 80 90
640 650 660 670 680 690
pF1KE3 IREWVDMIEDAAHETVPIMLVGNKADIRDTAATEGQKCVPGHFGEKLAMTYGALFCETSA
:..:. ::. : : :..::: :. : .. : . :::::. :: : ::::
CCDS10 IKNWIRNIEEHASSDVERMILGNKCDMND------KRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSA
100 110 120 130 140 150
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pF1KE3 KDGSNIVEAVLHLAREVKKRTDK--DDSRSI-----TNLTGTNSKKSPQMKNCCNG
:...:. :: . :::.. . .. .:: : ...: . :::.
CCDS10 KSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
160 170 180 190 200
>>CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 (216 aa)
initn: 457 init1: 329 opt: 494 Z-score: 313.0 bits: 66.8 E(32554): 4.1e-11
Smith-Waterman score: 494; 41.3% identity (72.6% similar) in 208 aa overlap (536-739:17-214)
510 520 530 540 550 560
pF1KE3 VSEGSIVSSSRKPISALSPQTDLVDDNAKSFSSQKAYKIVLAGDAAVGKSSFLMRLCKNE
:... .: .:.::..:::.:.:... ...
CCDS11 MDLQRPDSYQGGAGPDFNDHVLHKTILVGDSGVGKTSLLVQFDQGK
10 20 30 40
570 580 590 600 610 620
pF1KE3 FRE-NISATLGVDFQMKTLIVDGERTVLQLWDTAGQERFRSIAKSYFRKADGVLLLYDVT
: ..:::.:. : :.. ::: :. ::.:::::::::::....:.: :...:::::.:
CCDS11 FIPGSFSATVGIGFTNKVVTVDGVRVKLQIWDTAGQERFRSVTHAYYRDAQALLLLYDIT
50 60 70 80 90 100
630 640 650 660 670 680
pF1KE3 CEKSFLNIREWVDMIEDAAHETVPIMLVGNKADIRDTAATEGQKCVPGHFGEKLAMTYGA
..:: ::: :. :.. :.. : :::.:::::. . .. . .. :: :: ::.
CCDS11 NKSSFDNIRAWLTEIHEYAQRDVVIMLLGNKADMSS------ERVIRSEDGETLAREYGV
110 120 130 140 150 160
690 700 710 720 730 740
pF1KE3 LFCETSAKDGSNIVEAVLHLAREVKKRTDK---DDSRSITNLTGTNSKKSPQMKNCCNG
: ::::: : :. : : .:.:.: :. . . : .: . . ...:.: .::.
CCDS11 PFLETSAKTGMNVELAFLAIAKELKYRAGHQADEPSFQIRDYVESQKKRS----SCCSFM
170 180 190 200 210
>>CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 (196 aa)
initn: 458 init1: 335 opt: 487 Z-score: 309.4 bits: 66.0 E(32554): 6.5e-11
Smith-Waterman score: 487; 42.3% identity (71.6% similar) in 201 aa overlap (543-739:4-194)
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 SSSRKPISALSPQTDLVDDNAKSFSSQKAYKIVLAGDAAVGKSSFLMRLCKNEFREN-IS
:..: ::..:::. ::... . : . .
CCDS82 MCCKVMLLGDTGVGKTCFLIQFKDGAFLSGTFI
10 20 30
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 ATLGVDFQMKTLIVDGERTVLQLWDTAGQERFRSIAKSYFRKADGVLLLYDVTCEKSFLN
::.:.::. :.. ::: :. ::.:::::::::::....:.: :...:::::.: ..:: :
CCDS82 ATVGIDFRNKVVTVDGVRVKLQIWDTAGQERFRSVTHAYYRDAQALLLLYDITNKSSFDN
40 50 60 70 80 90
640 650 660 670 680 690
pF1KE3 IREWVDMIEDAAHETVPIMLVGNKADIRDTAATEGQKCVPGHFGEKLAMTYGALFCETSA
:: :. :.. :.. : :::.:::::. ... . .. :: :: ::. : ::::
CCDS82 IRAWLTEIHEYAQRDVVIMLLGNKADM------SSERVIRSEDGETLAREYGVPFLETSA
100 110 120 130 140
700 710 720 730 740
pF1KE3 KDGSNIVEAVLHLAREVKKRTDK---DDSRSITNLTGTNSKKSPQMKNCCNG
: : :. : : .:.:.: :. . . : .: . . ...:.: .::.
CCDS82 KTGMNVELAFLAIAKELKYRAGHQADEPSFQIRDYVESQKKRS----SCCSFM
150 160 170 180 190
>>CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 (223 aa)
initn: 458 init1: 335 opt: 487 Z-score: 308.9 bits: 66.1 E(32554): 7e-11
Smith-Waterman score: 487; 42.3% identity (71.6% similar) in 201 aa overlap (543-739:31-221)
520 530 540 550 560 570
pF1KE3 SSSRKPISALSPQTDLVDDNAKSFSSQKAYKIVLAGDAAVGKSSFLMRLCKNEFREN-IS
:..: ::..:::. ::... . : . .
CCDS32 MTGTPGAVATRDGEAPERSPPCSPSYDLTGKVMLLGDTGVGKTCFLIQFKDGAFLSGTFI
10 20 30 40 50 60
580 590 600 610 620 630
pF1KE3 ATLGVDFQMKTLIVDGERTVLQLWDTAGQERFRSIAKSYFRKADGVLLLYDVTCEKSFLN
::.:.::. :.. ::: :. ::.:::::::::::....:.: :...:::::.: ..:: :
CCDS32 ATVGIDFRNKVVTVDGVRVKLQIWDTAGQERFRSVTHAYYRDAQALLLLYDITNKSSFDN
70 80 90 100 110 120
640 650 660 670 680 690
pF1KE3 IREWVDMIEDAAHETVPIMLVGNKADIRDTAATEGQKCVPGHFGEKLAMTYGALFCETSA
:: :. :.. :.. : :::.:::::. ... . .. :: :: ::. : ::::
CCDS32 IRAWLTEIHEYAQRDVVIMLLGNKADM------SSERVIRSEDGETLAREYGVPFLETSA
130 140 150 160 170
700 710 720 730 740
pF1KE3 KDGSNIVEAVLHLAREVKKRTDK---DDSRSITNLTGTNSKKSPQMKNCCNG
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CCDS32 KTGMNVELAFLAIAKELKYRAGHQADEPSFQIRDYVESQKKRS----SCCSFM
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CCDS54 KTGMNVELAFLAIAKELKYRAGHQADEPSFQIRDYVESQKKRS----SCCSFM
180 190 200 210 220
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CCDS31 STIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYAN
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CCDS31 VKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKSDLTT------KKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSA
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CCDS31 KNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGAASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
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. ..... ::. :::.::: : .: : ...::.::::..:::.::.. :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]