Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3217
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3217, 494 aa
1>>>pF1KE3217 494 - 494 aa - 494 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1315+/-0.000497; mu= 11.3448+/- 0.031
mean_var=243.3969+/-51.181, 0's: 0 Z-trim(115.9): 2051 B-trim: 103 in 1/55
Lambda= 0.082209
statistics sampled from 24362 (26671) to 24362 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.313), width: 16
Scan time: 9.140
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005250625 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger ( 473) 1368 176.0 2e-43
NP_666019 (OMIM: 601261) zinc finger and SCAN doma ( 473) 1368 176.0 2e-43
XP_006716176 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger ( 473) 1368 176.0 2e-43
XP_016868073 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger ( 473) 1368 176.0 2e-43
NP_001308045 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN d ( 491) 1280 165.6 2.9e-40
XP_011525219 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 1280 165.6 2.9e-40
NP_862829 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN doma ( 491) 1280 165.6 2.9e-40
XP_006723255 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491) 1280 165.6 2.9e-40
NP_001186408 (OMIM: 602246) zinc finger and SCAN d ( 445) 1106 144.9 4.4e-34
XP_011513178 (OMIM: 602246) PREDICTED: zinc finger ( 577) 1106 145.1 5.2e-34
XP_016868071 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 1093 143.3 1.2e-33
XP_006716174 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 1093 143.3 1.2e-33
NP_001265220 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 410) 1093 143.3 1.2e-33
NP_001265221 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 410) 1093 143.3 1.2e-33
XP_016868072 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410) 1093 143.3 1.2e-33
NP_116313 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 iso ( 446) 1093 143.4 1.3e-33
NP_001305064 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1093 143.4 1.3e-33
NP_001265216 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1093 143.4 1.3e-33
NP_001265219 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1093 143.4 1.3e-33
NP_001265213 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 446) 1093 143.4 1.3e-33
NP_001305065 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 ( 453) 1093 143.4 1.3e-33
XP_016881531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534) 1054 138.9 3.5e-32
XP_011524533 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534) 1054 138.9 3.5e-32
NP_001128650 (OMIM: 609601) zinc finger protein 39 ( 534) 1054 138.9 3.5e-32
XP_011524532 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 1054 138.9 3.6e-32
XP_011524531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 1054 138.9 3.6e-32
XP_006722621 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 1054 138.9 3.6e-32
XP_006720896 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 598) 1045 137.9 7.9e-32
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1043 137.6 9.5e-32
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1043 137.7 9.5e-32
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1043 137.7 9.6e-32
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1043 137.7 9.9e-32
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1043 137.7 9.9e-32
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1043 137.7 1e-31
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1043 137.7 1e-31
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1043 137.7 1e-31
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1043 137.7 1e-31
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1043 137.7 1e-31
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1022 135.0 4.6e-31
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1022 135.0 4.6e-31
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1022 135.0 4.6e-31
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1022 135.0 4.6e-31
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 1022 135.0 4.7e-31
NP_001273627 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 364) 1018 134.4 5.5e-31
NP_001265051 (OMIM: 602240) zinc finger protein wi ( 391) 1016 134.2 6.7e-31
XP_011513175 (OMIM: 602240) PREDICTED: zinc finger ( 391) 1016 134.2 6.7e-31
XP_011513176 (OMIM: 602240) PREDICTED: zinc finger ( 391) 1016 134.2 6.7e-31
NP_001265050 (OMIM: 602240) zinc finger protein wi ( 391) 1016 134.2 6.7e-31
NP_001265048 (OMIM: 602240) zinc finger protein wi ( 578) 1016 134.4 8.4e-31
XP_011513172 (OMIM: 602240) PREDICTED: zinc finger ( 578) 1016 134.4 8.4e-31
>>XP_005250625 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger and (473 aa)
initn: 1218 init1: 643 opt: 1368 Z-score: 900.5 bits: 176.0 E(85289): 2e-43
Smith-Waterman score: 1407; 45.9% identity (71.3% similar) in 492 aa overlap (3-492:7-467)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSGEATVLAYHAPEEQEGLLVVKVEEENYVLDQDFGLQENPWSQEVFRQKFRQFSY
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XP_005 MMTKVLGMAPVLGPRPPQEQVGPLMVKVEEK-----EEKG-KYLP-SLEMFRQRFRQFGY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 SDSTGPREALSRLRELCCQWLRPEVHSKEQILELLMLEQFLAILPEELQAWLREHRPENG
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XP_005 HDTPGPREALSQLRVLCCEWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPQELQAWVQEHCPESA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 EEAVTMLEELEKELEEPRQQDTT--HGQEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQPLENQCKTE
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pF1KE3 TQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAEEALGGLDN
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XP_005 SWGPLYIQE-SGE--EQEFAQDPRKVRDCRLS------------TQHEESADEQKG--SE
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pF1KE3 SKKPKGNAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHESEGSFSMNSNDITQQSV
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XP_005 AEGLKGDIISVIIANKPEASLERQCVNLENEKGTKPPLQEAGSKKGRESVPTKPTPG---
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pF1KE3 DTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQRIHSGE
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XP_005 ---ERRYICAECGKAFSNSSNLTKHRRTHTGEKPYVCTKCGKAFSHSSNLTLHYRTHLVD
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pF1KE3 CIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSEC
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XP_005 CNECGKSFSQHAGLSSHQRLHTGEKPYKCKECGKAFNHSSNFNKHHRIHTGEKPYWCHHC
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pF1KE3 RKTFRHRSGLMQHQRTHTRV
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XP_005 GKTFCSKSNLSKHQRVHTGEGEAP
450 460 470
>>NP_666019 (OMIM: 601261) zinc finger and SCAN domain-c (473 aa)
initn: 1218 init1: 643 opt: 1368 Z-score: 900.5 bits: 176.0 E(85289): 2e-43
Smith-Waterman score: 1407; 45.9% identity (71.3% similar) in 492 aa overlap (3-492:7-467)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSGEATVLAYHAPEEQEGLLVVKVEEENYVLDQDFGLQENPWSQEVFRQKFRQFSY
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NP_666 MMTKVLGMAPVLGPRPPQEQVGPLMVKVEEK-----EEKG-KYLP-SLEMFRQRFRQFGY
10 20 30 40 50
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pF1KE3 SDSTGPREALSRLRELCCQWLRPEVHSKEQILELLMLEQFLAILPEELQAWLREHRPENG
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NP_666 HDTPGPREALSQLRVLCCEWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPQELQAWVQEHCPESA
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pF1KE3 EEAVTMLEELEKELEEPRQQDTT--HGQEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQPLENQCKTE
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NP_666 EEAVTLLEDLERELDEPGHQVSTPPNEQKPVWEKISSSGTAKESPSSMQPQPLETSHKYE
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pF1KE3 TQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAEEALGGLDN
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NP_666 SWGPLYIQE-SGE--EQEFAQDPRKVRDCRLS------------TQHEESADEQKG--SE
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pF1KE3 SKKPKGNAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHESEGSFSMNSNDITQQSV
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pF1KE3 DTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQRIHSGE
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pF1KE3 KPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQHKKIHTGDKSYE
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pF1KE3 CIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSEC
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pF1KE3 RKTFRHRSGLMQHQRTHTRV
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NP_666 GKTFCSKSNLSKHQRVHTGEGEAP
450 460 470
>>XP_006716176 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger and (473 aa)
initn: 1218 init1: 643 opt: 1368 Z-score: 900.5 bits: 176.0 E(85289): 2e-43
Smith-Waterman score: 1407; 45.9% identity (71.3% similar) in 492 aa overlap (3-492:7-467)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSGEATVLAYHAPEEQEGLLVVKVEEENYVLDQDFGLQENPWSQEVFRQKFRQFSY
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XP_006 MMTKVLGMAPVLGPRPPQEQVGPLMVKVEEK-----EEKG-KYLP-SLEMFRQRFRQFGY
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pF1KE3 SDSTGPREALSRLRELCCQWLRPEVHSKEQILELLMLEQFLAILPEELQAWLREHRPENG
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XP_006 HDTPGPREALSQLRVLCCEWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPQELQAWVQEHCPESA
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pF1KE3 EEAVTMLEELEKELEEPRQQDTT--HGQEMFWQEMTSTGALKSLSLNSPVQPLENQCKTE
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XP_006 EEAVTLLEDLERELDEPGHQVSTPPNEQKPVWEKISSSGTAKESPSSMQPQPLETSHKYE
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pF1KE3 TQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAEEALGGLDN
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XP_006 SWGPLYIQE-SGE--EQEFAQDPRKVRDCRLS------------TQHEESADEQKG--SE
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pF1KE3 SKKPKGNAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHESEGSFSMNSNDITQQSV
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XP_006 AEGLKGDIISVIIANKPEASLERQCVNLENEKGTKPPLQEAGSKKGRESVPTKPTPG---
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pF1KE3 DTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQRIHSGE
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XP_006 ---ERRYICAECGKAFSNSSNLTKHRRTHTGEKPYVCTKCGKAFSHSSNLTLHYRTHLVD
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pF1KE3 KPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQHKKIHTGDKSYE
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XP_006 RPYDC-KCGKAFGQSSDLLKHQRMHTEEAPYQCKDCGKAFSGKGSLIRHYRIHTGEKPYQ
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pF1KE3 CIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSEC
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XP_006 CNECGKSFSQHAGLSSHQRLHTGEKPYKCKECGKAFNHSSNFNKHHRIHTGEKPYWCHHC
390 400 410 420 430 440
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pF1KE3 RKTFRHRSGLMQHQRTHTRV
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XP_006 GKTFCSKSNLSKHQRVHTGEGEAP
450 460 470
>>XP_016868073 (OMIM: 601261) PREDICTED: zinc finger and (473 aa)
initn: 1218 init1: 643 opt: 1368 Z-score: 900.5 bits: 176.0 E(85289): 2e-43
Smith-Waterman score: 1407; 45.9% identity (71.3% similar) in 492 aa overlap (3-492:7-467)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSGEATVLAYHAPEEQEGLLVVKVEEENYVLDQDFGLQENPWSQEVFRQKFRQFSY
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XP_016 HDTPGPREALSQLRVLCCEWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPQELQAWVQEHCPESA
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pF1KE3 TQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGKLPGETHSQRIAEEALGGLDN
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XP_016 SWGPLYIQE-SGE--EQEFAQDPRKVRDCRLS------------TQHEESADEQKG--SE
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pF1KE3 SKKPKGNAAGNKISQLPSQDRHFSLATFNRRIPTEHSVLESHESEGSFSMNSNDITQQSV
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XP_011 YKCSDCGKAFSRSSALMVHLRIHITVLQ
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NP_862 AAVLVEDLTQVLDKRGWDPGAEPTEASCKQSDLGESEPSNVTETLMGGVSLGPAFVKAC-
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NP_862 SRNSSSAWPNLTSQE--KPPSEDKFDLVDAYGTEPPYTYSGKRSSKCRECRKMFQSASAL
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NP_862 EAHQKTHSRKTPYACSECGKAFSRSTHLAQHQVVHTGAKPHECKECGKAFSRVTHLTQHQ
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NP_862 YKCSDCGKAFSRSSALMVHLRIHITVLQ
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XP_006 AAVLVEDLTQVLDKRGWDPGAEPTEASCKQSDLGESEPSNVTETLMGGVSLGPAFVKAC-
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pF1KE3 TETQESQAFQERDGRMVAGKVLMAKQEIVECVASAAMISPGK-LPGETHSQRIAEEALGG
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XP_006 SRNSSSAWPNLTSQE--KPPSEDKFDLVDAYGTEPPYTYSGKRSSKCRECRKMFQSASAL
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pF1KE3 ITQQSVDTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQ
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XP_006 EAHQKTHSRKTPYACSECGKAFSRSTHLAQHQVVHTGAKPHECKECGKAFSRVTHLTQHQ
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XP_006 YKCSDCGKAFSRSSALMVHLRIHITVLQ
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NP_001 EEAVILLEDLERELDEPQHEMVAHRHRQEVLCKEMVPLAEQTPLTLQS--QPKEPQLTCD
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NP_001 SAQKCHSIGETD------LIRSLRRRAVLIPLGAHLFSTDTF---LFSKPVVIPQLKGGG
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NP_001 ETWPNNRGVLRDEVTK--TEDRELVL---RKDCP---KIVEPHGKM--FNEQTWEVSQQ-
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pF1KE3 VDTREKLYECFDCGKAFCQSSKLIRHQRIHTGERPYACKECGKAFSLSSDLVRHQRIHSG
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NP_001 -DPSH--------GEVGEHKDRIERQWGNLLGEGQHKCDECGKSFTQSSGLIRHQRIHTG
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pF1KE3 EKPYECCECGKAFRGSSELIRHRRIHTGEKPYECGECGKAFSRSSALIQHKKIHTGDKSY
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NP_001 ERPYECNECGKAFSRSSGLFNHRGIHNIQKRYHCKECGKVFSQSAGLIQHQRIHKGEKPY
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pF1KE3 ECIACGKAFGRSSILIEHQRIHTGEKPYECNECGKSFNQSSALTQHQRIHTGEKPYECSE
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XP_011 FRQAPPRFVLKHSSSWRVPFKLFKVKMNTNSKEVLSLGVQVPEAWEELLTMKVEAKSHLQ
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pF1KE3 DQDFGLQE-NPWSQEVFRQKFRQFSYSDSTGPREALSRLRELCCQWLRPEVHSKEQILEL
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XP_011 WQESRLKRSNPLAREIFRRHFRQLCYQETPGPREALTRLQELCYQWLRPHVSTKEQILDL
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XP_011 LVLEQFLSILPKELQGWVREHCPESGEEAVILLEDLERELDEPQHEMVAHRHRQEVLCKE
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