Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3205
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3205, 476 aa
1>>>pF1KE3205 476 - 476 aa - 476 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2613+/-0.000341; mu= 18.8989+/- 0.021
mean_var=72.6473+/-14.647, 0's: 0 Z-trim(115.3): 23 B-trim: 774 in 1/54
Lambda= 0.150475
statistics sampled from 25672 (25690) to 25672 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.663), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16
Scan time: 9.940
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_071938 (OMIM: 611118) cytosolic Fe-S cluster as ( 476) 3222 708.7 9e-204
NP_001291728 (OMIM: 611118) cytosolic Fe-S cluster ( 374) 2556 564.0 2.5e-160
NP_036468 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A recogn ( 456) 1465 327.2 5.8e-89
XP_011521843 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 397) 1372 307.0 6.2e-83
XP_005256397 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 397) 1372 307.0 6.2e-83
NP_001033707 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A rec ( 397) 1372 307.0 6.2e-83
NP_001077077 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A rec ( 408) 1322 296.2 1.2e-79
XP_006722341 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 411) 1011 228.6 2.5e-59
XP_011521845 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 256) 905 205.5 1.4e-52
XP_016879939 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 256) 905 205.5 1.4e-52
XP_016879938 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 285) 829 189.0 1.5e-47
NP_114174 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A recogn ( 502) 802 183.3 1.3e-45
XP_011521846 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear pre ( 249) 649 149.9 7.6e-36
>>NP_071938 (OMIM: 611118) cytosolic Fe-S cluster assemb (476 aa)
initn: 3222 init1: 3222 opt: 3222 Z-score: 3779.3 bits: 708.7 E(85289): 9e-204
Smith-Waterman score: 3222; 100.0% identity (100.0% similar) in 476 aa overlap (1-476:1-476)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASPFSGALQLTDLDDFIGPSQECIKPVKVEKRAGSGVAKIRIEDDGSYFQINQDGGTRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 MASPFSGALQLTDLDDFIGPSQECIKPVKVEKRAGSGVAKIRIEDDGSYFQINQDGGTRR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 LEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPSQQRLVVVSVSPQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPSQQRLVVVSVSPQS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 RASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 RASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADCR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 QALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 QALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 VTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 VTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 SGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 SGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 LLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPDRPSRELLQHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPDRPSRELLQHV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE3 ERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 ERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW
430 440 450 460 470
>>NP_001291728 (OMIM: 611118) cytosolic Fe-S cluster ass (374 aa)
initn: 2556 init1: 2556 opt: 2556 Z-score: 2999.4 bits: 564.0 E(85289): 2.5e-160
Smith-Waterman score: 2556; 100.0% identity (100.0% similar) in 374 aa overlap (103-476:1-374)
80 90 100 110 120 130
pF1KE3 ACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPSQQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNP
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAAPSQQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNP
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 TDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADCRQALPLLASACPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADCRQALPLLASACPG
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KE3 WICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLE
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KE3 ASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHR
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KE3 GGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRN
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 IQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPDRPSRELLQHVERLYGMVRAEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPDRPSRELLQHVERLYGMVRAEAP
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470
pF1KE3 EDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW
340 350 360 370
>>NP_036468 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A recognitio (456 aa)
initn: 1438 init1: 823 opt: 1465 Z-score: 1718.2 bits: 327.2 E(85289): 5.8e-89
Smith-Waterman score: 1465; 48.1% identity (77.0% similar) in 457 aa overlap (22-476:9-456)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MASPFSGALQLTDLDDFIGPSQECIKPVKVEKRAGSGVAKIRIEDDGSYFQINQDGGT-R
.:: : .:.. . . .. : : : : . : .
NP_036 MKCEHCTRKECSKKTKTDDQENVSA------DAPSPAQENGEKGEFH
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 RLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPSQQRLVVVSVSPQ
.: ::. :.:::::..:.:. : : ..::. ... .::. :: :.....:::: ::
NP_036 KLADAKIFLSDCLACDSCMTAEEGVQLSQQNAKDFFRVLNLNKKCDTSKHKVLVVSVCPQ
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 SRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADC
: .::.:.:. ::..:.: .:.:..:::.::::... ::.::::.:::::.: ...
NP_036 SLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSLGVHYVFDTTIAADFSILESQKEFVRRYRQHSEE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 RQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIY
...::.:.::::::. :::.. : : :. ::.::::::::::::.::.::.:.:.::.
NP_036 ERTLPMLTSACPGWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQVMGSLVKDYFARQQNLSPEKIF
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 HVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSL
:: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .:. : : .:.:
NP_036 HVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLSVRD---AAVDTL
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 CSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQ
. . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. :::::::::::::.:.
NP_036 FGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNKDFQEVTLEKNGE
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 VLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPD-RPSRELLQ
:.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: :.:: . .. ::.
NP_036 VVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQTPDGHADKALLR
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 HVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW
..: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. :... .: :.:
NP_036 QMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQERGTHSLDIKW
400 410 420 430 440 450
>>XP_011521843 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear prelami (397 aa)
initn: 1357 init1: 742 opt: 1372 Z-score: 1609.9 bits: 307.0 E(85289): 6.2e-83
Smith-Waterman score: 1372; 50.2% identity (79.5% similar) in 400 aa overlap (78-476:1-397)
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 SYFQINQDGGTRRLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPS
.:. : : ..::. ... .::. :: :
XP_011 MTAEEGVQLSQQNAKDFFRVLNLNKKCDTS
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 QQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQR
.....:::: ::: .::.:.:. ::..:.: .:.:..:::.::::... ::.::::.
XP_011 KHKVLVVSVCPQSLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSLGVHYVFDTTIAADFSILESQK
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 EFVRRFRGQADCRQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFF
:::::.: ... ...::.:.::::::. :::.. : : :. ::.::::::::::::.:
XP_011 EFVRRYRQHSEEERTLPMLTSACPGWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQVMGSLVKDYF
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 AQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVS
:.::.:.:.::.:: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .:
XP_011 ARQQNLSPEKIFHVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLS
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 LPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNK
. : : .:.: . . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. ::::
XP_011 VRD---AAVDTLFGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNK
220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 DFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQ
:::::::::.:.:.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: :
XP_011 DFQEVTLEKNGEVVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQ
270 280 290 300 310 320
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 APD-RPSRELLQHVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVE
.:: . .. ::...: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. :
XP_011 TPDGHADKALLRQMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQE
330 340 350 360 370 380
470
pF1KE3 KASTGLGIRW
... .: :.:
XP_011 RGTHSLDIKW
390
>>XP_005256397 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear prelami (397 aa)
initn: 1357 init1: 742 opt: 1372 Z-score: 1609.9 bits: 307.0 E(85289): 6.2e-83
Smith-Waterman score: 1372; 50.2% identity (79.5% similar) in 400 aa overlap (78-476:1-397)
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 SYFQINQDGGTRRLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPS
.:. : : ..::. ... .::. :: :
XP_005 MTAEEGVQLSQQNAKDFFRVLNLNKKCDTS
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 QQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQR
.....:::: ::: .::.:.:. ::..:.: .:.:..:::.::::... ::.::::.
XP_005 KHKVLVVSVCPQSLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSLGVHYVFDTTIAADFSILESQK
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 EFVRRFRGQADCRQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFF
:::::.: ... ...::.:.::::::. :::.. : : :. ::.::::::::::::.:
XP_005 EFVRRYRQHSEEERTLPMLTSACPGWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQVMGSLVKDYF
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 AQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVS
:.::.:.:.::.:: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .:
XP_005 ARQQNLSPEKIFHVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLS
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 LPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNK
. : : .:.: . . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. ::::
XP_005 VRD---AAVDTLFGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNK
220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 DFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQ
:::::::::.:.:.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: :
XP_005 DFQEVTLEKNGEVVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQ
270 280 290 300 310 320
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 APD-RPSRELLQHVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVE
.:: . .. ::...: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. :
XP_005 TPDGHADKALLRQMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQE
330 340 350 360 370 380
470
pF1KE3 KASTGLGIRW
... .: :.:
XP_005 RGTHSLDIKW
390
>>NP_001033707 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A recogni (397 aa)
initn: 1357 init1: 742 opt: 1372 Z-score: 1609.9 bits: 307.0 E(85289): 6.2e-83
Smith-Waterman score: 1372; 50.2% identity (79.5% similar) in 400 aa overlap (78-476:1-397)
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 SYFQINQDGGTRRLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPS
.:. : : ..::. ... .::. :: :
NP_001 MTAEEGVQLSQQNAKDFFRVLNLNKKCDTS
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 QQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQR
.....:::: ::: .::.:.:. ::..:.: .:.:..:::.::::... ::.::::.
NP_001 KHKVLVVSVCPQSLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSLGVHYVFDTTIAADFSILESQK
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 EFVRRFRGQADCRQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFF
:::::.: ... ...::.:.::::::. :::.. : : :. ::.::::::::::::.:
NP_001 EFVRRYRQHSEEERTLPMLTSACPGWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQVMGSLVKDYF
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 AQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVS
:.::.:.:.::.:: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .:
NP_001 ARQQNLSPEKIFHVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLS
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 LPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNK
. : : .:.: . . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. ::::
NP_001 VRD---AAVDTLFGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNK
220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 DFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQ
:::::::::.:.:.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: :
NP_001 DFQEVTLEKNGEVVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQ
270 280 290 300 310 320
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 APD-RPSRELLQHVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVE
.:: . .. ::...: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. :
NP_001 TPDGHADKALLRQMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQE
330 340 350 360 370 380
470
pF1KE3 KASTGLGIRW
... .: :.:
NP_001 RGTHSLDIKW
390
>>NP_001077077 (OMIM: 605349) nuclear prelamin A recogni (408 aa)
initn: 1306 init1: 691 opt: 1322 Z-score: 1551.1 bits: 296.2 E(85289): 1.2e-79
Smith-Waterman score: 1322; 48.4% identity (76.8% similar) in 409 aa overlap (71-476:3-408)
50 60 70 80 90
pF1KE3 IRIEDDGSYFQINQDGGTRRLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQ--SHEELKKVL
: :. : .: :. : . . .
NP_001 MKCEHCTRKECSKKTKTDDQENVSADAPSPAQ
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100 110 120 130 140 150
pF1KE3 DANKMAAPSQQRLVVVSVSPQSRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSR
. .. :.....:::: ::: .::.:.:. ::..:.: .:.:..:::.::::...
NP_001 ENGEKCDTSKHKVLVVSVCPQSLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSLGVHYVFDTTIAA
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 HFSLLESQREFVRRFRGQADCRQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQV
::.::::.:::::.: ... ...::.:.::::::. :::.. : : :. ::.:::::
NP_001 DFSILESQKEFVRRYRQHSEEERTLPMLTSACPGWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQV
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 MGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYHVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVF
:::::::.::.::.:.:.::.:: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::.
NP_001 MGSLVKDYFARQQNLSPEKIFHVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIA
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 RLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLCSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAE
...:. .:. : : .:.: . . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : :
NP_001 QIMEQGDLSVRD---AAVDTLFGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEE
220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 VTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQVLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSG
:::. :::::::::::::.:.:.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .:
NP_001 VTYRALRNKDFQEVTLEKNGEVVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGG
270 280 290 300 310 320
400 410 420 430 440 450
pF1KE3 CLNGGGQLQAPD-RPSRELLQHVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRL
:::: :: :.:: . .. ::...: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : ..
NP_001 CLNGRGQAQTPDGHADKALLRQMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREV
330 340 350 360 370 380
460 470
pF1KE3 LHTQYHAVEKASTGLGIRW
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NP_001 LHTTYQSQERGTHSLDIKW
390 400
>>XP_006722341 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear prelami (411 aa)
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Smith-Waterman score: 1173; 42.5% identity (68.1% similar) in 457 aa overlap (22-476:9-411)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MASPFSGALQLTDLDDFIGPSQECIKPVKVEKRAGSGVAKIRIEDDGSYFQINQDGGT-R
.:: : .:.. . . .. : : : : . : .
XP_006 MKCEHCTRKECSKKTKTDDQENVSA------DAPSPAQENGEKGEFH
10 20 30 40
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pF1KE3 RLEKAKVSLNDCLACSGCITSAETVLITQQSHEELKKVLDANKMAAPSQQRLVVVSVSPQ
.: ::. :.:::::..:.:. : : ..::. ... .::. :: :.....:::: ::
XP_006 KLADAKIFLSDCLACDSCMTAEEGVQLSQQNAKDFFRVLNLNKKCDTSKHKVLVVSVCPQ
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 SRASLAARFQLNPTDTARKLTSFFKKIGVHFVFDTAFSRHFSLLESQREFVRRFRGQADC
: .::.:.:. ::..:.: .:.:..
XP_006 SLPYFAAKFNLSVTDASRRLCGFLKSL---------------------------------
110 120
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 RQALPLLASACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIY
::. :::.. : : :. ::.::::::::::::.::.::.:.:.::.
XP_006 ------------GWVRYAERVLGRPITAHLCTAKSPQQVMGSLVKDYFARQQNLSPEKIF
130 140 150 160 170
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pF1KE3 HVTVMPCYDKKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSL
:: : ::::::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .:. : : .:.:
XP_006 HVIVAPCYDKKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLSVRD---AAVDTL
180 190 200 210 220 230
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 CSGASAEEPTSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQ
. . .. : : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. :::::::::::::.:.
XP_006 FGDLKEDKVTRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNKDFQEVTLEKNGE
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 VLLHFAMAYGFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPD-RPSRELLQ
:.:.:: :::::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: :.:: . .. ::.
XP_006 VVLRFAAAYGFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQTPDGHADKALLR
300 310 320 330 340 350
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pF1KE3 HVERLYGMVRAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW
..: .:. . .. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. :... .: :.:
XP_006 QMEGIYADIPVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQERGTHSLDIKW
360 370 380 390 400 410
>>XP_011521845 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear prelami (256 aa)
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pF1KE3 ACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYHVTVMPCYD
:::::::.::.::.:.:.::.:: : ::::
XP_011 MGSLVKDYFARQQNLSPEKIFHVIVAPCYD
10 20 30
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 KKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLCSGASAEEP
::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .:. : : .:.: . . ..
XP_011 KKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLSVRD---AAVDTLFGDLKEDKV
40 50 60 70 80
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 TSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQVLLHFAMAY
: : :..: :.: :.:::::.:::. : ::::. :::::::::::::.:.:.:.:: ::
XP_011 TRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNKDFQEVTLEKNGEVVLRFAAAY
90 100 110 120 130 140
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pF1KE3 GFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPD-RPSRELLQHVERLYGMV
:::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: :.:: . .. ::...: .:. .
XP_011 GFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQTPDGHADKALLRQMEGIYADI
150 160 170 180 190 200
430 440 450 460 470
pF1KE3 RAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW
.. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. :... .: :.:
XP_011 PVRRPESSAHVQELYQEWLEGINSPKAREVLHTTYQSQERGTHSLDIKW
210 220 230 240 250
>>XP_016879939 (OMIM: 605349) PREDICTED: nuclear prelami (256 aa)
initn: 890 init1: 481 opt: 905 Z-score: 1064.7 bits: 205.5 E(85289): 1.4e-52
Smith-Waterman score: 905; 51.4% identity (78.8% similar) in 259 aa overlap (219-476:1-256)
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 ACPGWICYAEKTHGSFILPHISTARSPQQVMGSLVKDFFAQQQHLTPDKIYHVTVMPCYD
:::::::.::.::.:.:.::.:: : ::::
XP_016 MGSLVKDYFARQQNLSPEKIFHVIVAPCYD
10 20 30
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 KKLEASRPDFFNQEHQTRDVDCVLTTGEVFRLLEEEGVSLPDLEPAPLDSLCSGASAEEP
::::: . .. : .: .:::::.::. ...:. .:. : : .:.: . . ..
XP_016 KKLEALQESLPPALHGSRGADCVLTSGEIAQIMEQGDLSVRD---AAVDTLFGDLKEDKV
40 50 60 70 80
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 TSHRGGGSGGYLEHVFRHAARELFGIHVAEVTYKPLRNKDFQEVTLEKEGQVLLHFAMAY
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XP_016 TRHDGASSDGHLAHIFRHAAKELFNEDVEEVTYRALRNKDFQEVTLEKNGEVVLRFAAAY
90 100 110 120 130 140
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pF1KE3 GFRNIQNLVQRLKRGRCPYHYVEVMACPSGCLNGGGQLQAPD-RPSRELLQHVERLYGMV
:::::::.. .::.:. :.:.:::.:: .::::: :: :.:: . .. ::...: .:. .
XP_016 GFRNIQNMILKLKKGKFPFHFVEVLACAGGCLNGRGQAQTPDGHADKALLRQMEGIYADI
150 160 170 180 190 200
430 440 450 460 470
pF1KE3 RAEAPEDAPGVQELYTHWLQGTDSECAGRLLHTQYHAVEKASTGLGIRW
.. ::.. ::::: .::.: .: : ..::: :.. :... .: :.:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]