Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3178
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3178, 415 aa
1>>>pF1KE3178 415 - 415 aa - 415 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3642+/-0.000916; mu= 16.7765+/- 0.055
mean_var=65.0101+/-12.958, 0's: 0 Z-trim(104.8): 18 B-trim: 2 in 1/49
Lambda= 0.159068
statistics sampled from 8078 (8091) to 8078 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.622), E-opt: 0.2 (0.249), width: 16
Scan time: 2.820
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 415) 2778 646.5 1.4e-185
CCDS14212.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 406) 2721 633.4 1.2e-181
CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 436) 1912 447.8 9.6e-126
CCDS11559.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 407) 1876 439.5 2.8e-123
CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 ( 411) 1759 412.6 3.4e-115
CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 343) 1615 379.5 2.6e-105
CCDS63059.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 456) 1458 343.6 2.3e-94
>>CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX (415 aa)
initn: 2778 init1: 2778 opt: 2778 Z-score: 3445.4 bits: 646.5 E(32554): 1.4e-185
Smith-Waterman score: 2778; 100.0% identity (100.0% similar) in 415 aa overlap (1-415:1-415)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKELPVRLANT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKELPVRLANT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 MREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLIKVRNRHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLIKVRNRHN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFGGDTNPVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 DVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFGGDTNPVH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 PKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQVVYVPSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 PKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQVVYVPSH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 LFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVPLRKIDRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 LFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVPLRKIDRL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 FNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGTDAVIYLKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 FNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGTDAVIYLKA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE3 LSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQDKIKTNRTF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 LSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQDKIKTNRTF
370 380 390 400 410
>>CCDS14212.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX (406 aa)
initn: 2721 init1: 2721 opt: 2721 Z-score: 3374.8 bits: 633.4 E(32554): 1.2e-181
Smith-Waterman score: 2721; 100.0% identity (100.0% similar) in 406 aa overlap (1-406:1-406)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKELPVRLANT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKELPVRLANT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 MREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLIKVRNRHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLIKVRNRHN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 DVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFGGDTNPVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFGGDTNPVH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 PKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQVVYVPSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQVVYVPSH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 LFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVPLRKIDRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVPLRKIDRL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 FNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGTDAVIYLKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGTDAVIYLKA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE3 LSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQDKIKTNRTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQ
370 380 390 400
>>CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 (436 aa)
initn: 1516 init1: 810 opt: 1912 Z-score: 2371.0 bits: 447.8 E(32554): 9.6e-126
Smith-Waterman score: 1912; 68.6% identity (88.4% similar) in 395 aa overlap (12-404:42-435)
10 20 30 40
pF1KE3 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNAC
:: :.. :.::::::::.::::::: :::
CCDS22 LAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMKQFLDFGSVNAC
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 EKTSYMFLRKELPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPED
::::.::::.:::::::: :.:..::::::: ::: ::::::.::. :::....:: ::
CCDS22 EKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQELLDFKDKSAED
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 PQVLDNFLQVLIKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISF
... .: ...:..:::::::.::::::::::::.:: :: : :.:::::::: .:::.
CCDS22 AKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQYFLDRFYMSRISI
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210
pF1KE3 RMLINQHTLLFGGDT--NPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELE
:::.:::.::::: .: : ::::::.:.::: .:.::.::.:. ::. ::. .::::
CCDS22 RMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRLCDLYYINSPELE
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 VEEFNAKAPDKPIQVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKE
.::.:::.: .:::::::::::.::.::::::.::::.: . .: :: ... ::::.:
CCDS22 LEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGV-YPPIQVHVTLGNE
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 DLSIKISDLGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQ
::..:.:: ::::::::::::::::::::::: .: .::.::::::::::::::::.:::
CCDS22 DLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGLPISRLYAQYFQ
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 GDLKLYSMEGVGTDAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDA
:::::::.:: :::::::.::::..:.:::::.::.::.::.:. ::::: :: ::.:
CCDS22 GDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADDWCVPSREPKDM
380 390 400 410 420 430
400 410
pF1KE3 SKYKAKQDKIKTNRTF
. ...
CCDS22 TTFRSA
>>CCDS11559.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 (407 aa)
initn: 1852 init1: 1217 opt: 1876 Z-score: 2326.8 bits: 439.5 E(32554): 2.8e-123
Smith-Waterman score: 1876; 67.1% identity (87.5% similar) in 407 aa overlap (5-403:2-405)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MRLFRW---LLKQP----VPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKEL
:: :::. .:: ::..:.:::::::.::::::: .:::::::. :::.::
CCDS11 MRWVWALLKNASLAGAPKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFGSSNACEKTSFTFLRQEL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLI
:::::: :.:.::::: .:. ::: ::::::.::.:...:. .:.::: ..:..: ..:.
CCDS11 PVRLANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDIMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 KVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFG
.:::::::::::::::.:::. .: :: . :::::::::: .:::.:::::::::.:
CCDS11 TIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYFLDRFYLSRISIRMLINQHTLIFD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 GDTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQ
:.:::.::::::::::.:::..::::::. ::.::..::...:.::..:.:: .::.
CCDS11 GSTNPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDKYYMASPDLEIQEINAANSKQPIH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 VVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVP
.:::::::.:::::::::.:::::: .:. . : .:..:.::.::::::.:: :::::
CCDS11 MVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHES-SLILPPIKVMVALGEEDLSIKMSDRGGGVP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 LRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEP-TRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGT
::::.:::.::::::: : .: : ..::::::::::::::::.::::::.:.:::: ::
CCDS11 LRKIERLFSYMYSTAPTP--QPGTGGTPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLQLFSMEGFGT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 DAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQDKIKTN
::::::::::..: :::::.::::::::.: :: :: ::.::...: :.
CCDS11 DAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVPSTEPKNTSTYRVS
360 370 380 390 400
pF1KE3 RTF
>>CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 (411 aa)
initn: 1738 init1: 727 opt: 1759 Z-score: 2181.6 bits: 412.6 E(32554): 3.4e-115
Smith-Waterman score: 1759; 63.8% identity (87.2% similar) in 390 aa overlap (12-401:20-407)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKE
::...:..::.::::::.::.:::: .::::.::. :::.:
CCDS56 MKAARFVLRSAGSLNGAGLVPREVEHFSRYSPSPLSMKQLLDFGSENACERTSFAFLRQE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 LPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVL
::::::: ..:...:: .:.: :: ::.:::.::...:.:...:::.: ..:..:...:
CCDS56 LPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLMDLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 IKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLF
:::::::..::::::::.::::. :: . :.:::::::: :::: :::.::: :.:
CCDS56 IKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQYFLDRFYMNRISTRMLMNQHILIF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 GGDTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPI
. :.. .:.:::::::.:.:. ::.::.: ..:::.:::: .:::.. . :.: ::.::
CCDS56 S-DSQTGNPSHIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRMLCDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPI
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 QVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGV
..::::::: :::::::::.:::::: :.. : ....:.::::::.::::: ::::
CCDS56 HIVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLTP-IEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 PLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGT
::: :::::.: ::::: : .. .: :::::::::::::::::.::::::.:::. : ::
CCDS56 PLRIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 DAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQDKIKTN
::.::::::::::.:.::::::::..::. . ::::: :: ::.. .:
CCDS56 DAIIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADDWCIPSREPKNLAKEVAM
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 RTF
>>CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 (343 aa)
initn: 1594 init1: 959 opt: 1615 Z-score: 2004.2 bits: 379.5 E(32554): 2.6e-105
Smith-Waterman score: 1615; 67.2% identity (88.7% similar) in 344 aa overlap (61-403:1-341)
40 50 60 70 80 90
pF1KE3 QFLDFGRDNACEKTSYMFLRKELPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLE
:.:.::::: .:. ::: ::::::.::.:.
CCDS56 MKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLD
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 LLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLIKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYF
..:. .:.::: ..:..: ..:. .:::::::::::::::.:::. .: :: . :::::
CCDS56 IMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALVTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYF
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 LDRFYTNRISFRMLINQHTLLFGGDTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQ
::::: .:::.:::::::::.: :.:::.::::::::::.:::..::::::. ::.::..
CCDS56 LDRFYLSRISIRMLINQHTLIFDGSTNPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDK
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 YYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAV
::...:.::..:.:: .::..:::::::.:::::::::.:::::: .:. . : .
CCDS56 YYMASPDLEIQEINAANSKQPIHMVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHES-SLILPPI
160 170 180 190 200
280 290 300 310 320
pF1KE3 KTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEP-TRAAPLAGFGYGLP
:..:.::.::::::.:: :::::::::.:::.::::::: : .: : ..::::::::::
CCDS56 KVMVALGEEDLSIKMSDRGGGVPLRKIERLFSYMYSTAPTP--QPGTGGTPLAGFGYGLP
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KE3 ISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGTDAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDW
::::::.::::::.:.:::: ::::::::::::..: :::::.::::::::.: :: ::
CCDS56 ISRLYAKYFQGDLQLFSMEGFGTDAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDW
270 280 290 300 310 320
390 400 410
pF1KE3 SNPSSEPRDASKYKAKQDKIKTNRTF
::.::...: :.
CCDS56 CVPSTEPKNTSTYRVS
330 340
>>CCDS63059.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 (456 aa)
initn: 1598 init1: 720 opt: 1458 Z-score: 1807.6 bits: 343.6 E(32554): 2.3e-94
Smith-Waterman score: 1862; 65.8% identity (84.3% similar) in 415 aa overlap (12-404:42-455)
10 20 30 40
pF1KE3 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNAC
:: :.. :.::::::::.::::::: :::
CCDS63 LAGPGPGLRAAGFSRSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSMKQFLDFGSVNAC
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 EKTSYMFLRKELPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPED
::::.::::.:::::::: :.:..::::::: ::: ::::::.::. :::....:: ::
CCDS63 EKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQELLDFKDKSAED
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140
pF1KE3 PQVL-----DNFLQV---------------LIKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDP
... ..::: .:..:::::::.::::::::::::.:: ::
CCDS63 AKAIYERPRRTWLQVSSLCCMACKMIFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDP
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190
pF1KE3 FISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFGGDT--NPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKD
: :.:::::::: .:::.:::.:::.::::: .: : ::::::.:.::: .:.::
CCDS63 VTSQNVQYFLDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKD
200 210 220 230 240 250
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