FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE3149, 365 aa
  1>>>pF1KE3149 365 - 365 aa - 365 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0556+/-0.000709; mu= 17.8092+/- 0.043
 mean_var=60.3401+/-11.797, 0's: 0 Z-trim(108.6): 14  B-trim: 2 in 1/50
 Lambda= 0.165109
 statistics sampled from 10324 (10328) to 10324 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.695), E-opt: 0.2 (0.317), width:  16
 Scan time:  2.780

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3677.1 SGMS2 gene_id:166929|Hs108|chr4         ( 365) 2549 615.3 2.5e-176
CCDS7240.1 SGMS1 gene_id:259230|Hs108|chr10        ( 413) 1546 376.5 2.3e-104
CCDS53543.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10       ( 415)  897 221.9   8e-58
CCDS7347.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10        ( 326)  560 141.5 9.6e-34


>>CCDS3677.1 SGMS2 gene_id:166929|Hs108|chr4              (365 aa)
 initn: 2549 init1: 2549 opt: 2549  Z-score: 3279.1  bits: 615.3 E(32554): 2.5e-176
Smith-Waterman score: 2549; 100.0% identity (100.0% similar) in 365 aa overlap (1-365:1-365)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MDIIETAKLEEHLENQPSDPTNTYARPAEPVEEENKNGNGKPKSLSSGLRKGTKKYPDYI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 MDIIETAKLEEHLENQPSDPTNTYARPAEPVEEENKNGNGKPKSLSSGLRKGTKKYPDYI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 QIAMPTESRNKFPLEWWKTGIAFIYAVFNLVLTTVMITVVHERVPPKELSPPLPDKFFDY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 QIAMPTESRNKFPLEWWKTGIAFIYAVFNLVLTTVMITVVHERVPPKELSPPLPDKFFDY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 IDRVKWAFSVSEINGIILVGLWITQWLFLRYKSIVGRRFCFIIGTLYLYRCITMYVTTLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 IDRVKWAFSVSEINGIILVGLWITQWLFLRYKSIVGRRFCFIIGTLYLYRCITMYVTTLP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 VPGMHFQCAPKLNGDSQAKVQRILRLISGGGLSITGSHILCGDFLFSGHTVTLTLTYLFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 VPGMHFQCAPKLNGDSQAKVQRILRLISGGGLSITGSHILCGDFLFSGHTVTLTLTYLFI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 KEYSPRHFWWYHLICWLLSAAGIICILVAHEHYTIDVIIAYYITTRLFWWYHSMANEKNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 KEYSPRHFWWYHLICWLLSAAGIICILVAHEHYTIDVIIAYYITTRLFWWYHSMANEKNL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 KVSSQTNFLSRAWWFPIFYFFEKNVQGSIPCCFSWPLSWPPGCFKSSCKKYSRVQKIGED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 KVSSQTNFLSRAWWFPIFYFFEKNVQGSIPCCFSWPLSWPPGCFKSSCKKYSRVQKIGED
              310       320       330       340       350       360

            
pF1KE3 NEKST
       :::::
CCDS36 NEKST
            

>>CCDS7240.1 SGMS1 gene_id:259230|Hs108|chr10             (413 aa)
 initn: 1520 init1: 1480 opt: 1546  Z-score: 1987.1  bits: 376.5 E(32554): 2.3e-104
Smith-Waterman score: 1546; 60.7% identity (83.1% similar) in 354 aa overlap (1-354:61-409)

                                             10        20        30
pF1KE3                               MDIIETAKLEEHLENQPSDPTNTYARPAEP
                                     .:.::: :.:.::: . .  .: .   .  
CCDS72 FTGQDLINLTQEDFKKPPLCRVSSDNGQRLLDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIG--
               40        50        60        70        80          

               40        50        60        70        80        90
pF1KE3 VEEENKNGNGKPKSLSSGLRKGTKKYPDYIQIAMPTESRNKFPLEWWKTGIAFIYAVFNL
       :.  . .:. . :   .:. .: .:  ..:.: ::   :...:.:: :: .::.::.  .
CCDS72 VDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGYRK--EMIKIPMPELERSQYPMEWGKTFLAFLYALSCF
       90       100       110         120       130       140      

              100       110       120       130       140       150
pF1KE3 VLTTVMITVVHERVPPKELSPPLPDKFFDYIDRVKWAFSVSEINGIILVGLWITQWLFLR
       :::::::.::::::::::..::::: :::...::.::::. ::::.::::::. :::.:.
CCDS72 VLTTVMISVVHERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRVQWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLK
        150       160       170       180       190       200      

              160       170       180       190       200       210
pF1KE3 YKSIVGRRFCFIIGTLYLYRCITMYVTTLPVPGMHFQCAPKLNGDSQAKVQRILRLISGG
       ::::..:::  :.:::::::::::::::::::::::.:.::: :: .:...::..::.::
CCDS72 YKSIISRRFFCIVGTLYLYRCITMYVTTLPVPGMHFNCSPKLFGDWEAQLRRIMKLIAGG
        210       220       230       240       250       260      

              220       230       240       250       260       270
pF1KE3 GLSITGSHILCGDFLFSGHTVTLTLTYLFIKEYSPRHFWWYHLICWLLSAAGIICILVAH
       :::::::: .:::.:.::::: ::::::::::::::..:::: ::::::..::.:::.::
CCDS72 GLSITGSHNMCGDYLYSGHTVMLTLTYLFIKEYSPRRLWWYHWICWLLSVVGIFCILLAH
        270       280       290       300       310       320      

              280       290       300       310       320       330
pF1KE3 EHYTIDVIIAYYITTRLFWWYHSMANEKNLKVSSQTNFLSRAWWFPIFYFFEKNVQGSIP
       .:::.::..:::::::::::::.:::.. :: .:: :.:.:.::.  : .::::::: .:
CCDS72 DHYTVDVVVAYYITTRLFWWYHTMANQQVLKEASQMNLLARVWWYRPFQYFEKNVQGIVP
        330       340       350       360       370       380      

              340       350       360     
pF1KE3 CCFSWPLSWPPGCFKSSCKKYSRVQKIGEDNEKST
         . ::. ::     :   ::::.           
CCDS72 RSYHWPFPWPV-VHLSRQVKYSRLVNDT       
        390        400       410          

>>CCDS53543.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10            (415 aa)
 initn: 895 init1: 460 opt: 897  Z-score: 1151.5  bits: 221.9 E(32554): 8e-58
Smith-Waterman score: 897; 45.5% identity (75.2% similar) in 266 aa overlap (75-340:148-407)

           50        60        70        80        90       100    
pF1KE3 LSSGLRKGTKKYPDYIQIAMPTESRNKFPLEWWKTGIAFIYAVFNLVLTTVMITVVHERV
                                     :.::: .. ::. . . .:. ....:::::
CCDS53 DCDGPITDLNSDQYQYMNGKNKHSVRRLDPEYWKTILSCIYVFIVFGFTSFIMVIVHERV
       120       130       140       150       160       170       

          110       120       130       140       150       160    
pF1KE3 PPKELSPPLPDKFFDYIDRVKWAFSVSEINGIILVGLWITQWLFLRYKSIVGRRFCFIIG
       :  .  ::::: :.: . :. :::...:. :.::  .:.   :. ...::. ::.: ..:
CCDS53 PDMQTYPPLPDIFLDSVPRIPWAFAMTEVCGMILCYIWLLVLLLHKHRSILLRRLCSLMG
       180       190       200       210       220       230       

          170       180       190       200       210       220    
pF1KE3 TLYLYRCITMYVTTLPVPGMHFQCAPKLNGDSQAKVQRILRLISGGGLSITGSHILCGDF
       :..: ::.::.::.: :::.:.::. :. :.   :..: . . :: :...:: :  :::.
CCDS53 TVFLLRCFTMFVTSLSVPGQHLQCTGKIYGSVWEKLHRAFAIWSGFGMTLTGVHT-CGDY
       240       250       260       270       280       290       

          230       240       250       260       270       280    
pF1KE3 LFSGHTVTLTLTYLFIKEYSPRHFWWYHLICWLLSAAGIICILVAHEHYTIDVIIAYYIT
       .::::::.::.  .:. ::.:: . . : . :.:.  ::. ::.:::::.:::.::.:::
CCDS53 MFSGHTVVLTMLNFFVTEYTPRSWNFLHTLSWVLNLFGIFFILAAHEHYSIDVFIAFYIT
        300       310       320       330       340       350      

          290       300       310       320       330       340    
pF1KE3 TRLFWWYHSMANEKNLKVSSQTNFLSRAWWFPIFYFFEKNVQGSIPCCFSWPLSWPPGCF
       :::: .::..:: .  . : .. .     :::.: ::: ::.:..:  . ::.: :    
CCDS53 TRLFLYYHTLANTRAYQQSRRARI-----WFPMFSFFECNVNGTVPNEYCWPFSKPAIMK
        360       370       380            390       400       410 

          350       360     
pF1KE3 KSSCKKYSRVQKIGEDNEKST
                            
CCDS53 RLIG                 
                            

>>CCDS7347.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10             (326 aa)
 initn: 551 init1: 460 opt: 560  Z-score: 719.3  bits: 141.5 E(32554): 9.6e-34
Smith-Waterman score: 560; 44.0% identity (76.2% similar) in 168 aa overlap (75-242:148-314)

           50        60        70        80        90       100    
pF1KE3 LSSGLRKGTKKYPDYIQIAMPTESRNKFPLEWWKTGIAFIYAVFNLVLTTVMITVVHERV
                                     :.::: .. ::. . . .:. ....:::::
CCDS73 DCDGPITDLNSDQYQYMNGKNKHSVRRLDPEYWKTILSCIYVFIVFGFTSFIMVIVHERV
       120       130       140       150       160       170       

          110       120       130       140       150       160    
pF1KE3 PPKELSPPLPDKFFDYIDRVKWAFSVSEINGIILVGLWITQWLFLRYKSIVGRRFCFIIG
       :  .  ::::: :.: . :. :::...:. :.::  .:.   :. ...::. ::.: ..:
CCDS73 PDMQTYPPLPDIFLDSVPRIPWAFAMTEVCGMILCYIWLLVLLLHKHRSILLRRLCSLMG
       180       190       200       210       220       230       

          170       180       190       200       210       220    
pF1KE3 TLYLYRCITMYVTTLPVPGMHFQCAPKLNGDSQAKVQRILRLISGGGLSITGSHILCGDF
       :..: ::.::.::.: :::.:.::. :. :.   :..: . . :: :...:: :  :::.
CCDS73 TVFLLRCFTMFVTSLSVPGQHLQCTGKIYGSVWEKLHRAFAIWSGFGMTLTGVHT-CGDY
       240       250       260       270       280       290       

          230       240       250       260       270       280    
pF1KE3 LFSGHTVTLTLTYLFIKEYSPRHFWWYHLICWLLSAAGIICILVAHEHYTIDVIIAYYIT
       .::::::.::.  .:. :                                          
CCDS73 MFSGHTVVLTMLNFFVTECKYLFSASMRIR                              
        300       310       320                                    




365 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]