FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3100, 2035 aa
1>>>pF1KE3100 2035 - 2035 aa - 2035 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.9212+/-0.00115; mu= -11.6498+/- 0.069
mean_var=369.2195+/-77.109, 0's: 0 Z-trim(111.7): 65 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.066747
statistics sampled from 12528 (12580) to 12528 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.386), width: 16
Scan time: 5.460
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS76369.1 MUC5AC gene_id:4586|Hs108|chr11 (5654) 640 77.7 1.6e-12
>>CCDS44020.1 HCFC1 gene_id:3054|Hs108|chrX (2035 aa)
initn: 13220 init1: 13220 opt: 13220 Z-score: 6892.3 bits: 1288.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 13220; 100.0% identity (100.0% similar) in 2035 aa overlap (1-2035:1-2035)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MASAVSPANLPAVLLQPRWKRVVGWSGPVPRPRHGHRAVAIKELIVVFGGGNEGIVDELH
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VYNTATNQWFIPAVRGDIPPGCAAYGFVCDGTRLLVFGGMVEYGKYSNDLYELQASRWEW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KRLKAKTPKNGPPPCPRLGHSFSLVGNKCYLFGGLANDSEDPKNNIPRYLNDLYILELRP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 GSGVVAWDIPITYGVLPPPRESHTAVVYTEKDNKKSKLVIYGGMSGCRLGDLWTLDIDTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GSGVVAWDIPITYGVLPPPRESHTAVVYTEKDNKKSKLVIYGGMSGCRLGDLWTLDIDTL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 TWNKPSLSGVAPLPRSLHSATTIGNKMYVFGGWVPLVMDDVKVATHEKEWKCTNTLACLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TWNKPSLSGVAPLPRSLHSATTIGNKMYVFGGWVPLVMDDVKVATHEKEWKCTNTLACLN
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LDTMAWETILMDTLEDNIPRARAGHCAVAINTRLYIWSGRDGYRKAWNNQVCCKDLWYLE
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TEKPPPPARVQLVRANTNSLEVSWGAVATADSYLLQLQKYDIPATAATATSPTPNPVPSV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE3 PANPPKSPAPAAAAPAVQPLTQVGITLLPQAAPAPPTTTTIQVLPTVPGSSISVPTAART
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PANPPKSPAPAAAAPAVQPLTQVGITLLPQAAPAPPTTTTIQVLPTVPGSSISVPTAART
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 QGVPAVLKVTGPQATTGTPLVTMRPASQAGKAPVTVTSLPAGVRMVVPTQSAQGTVIGSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 QGVPAVLKVTGPQATTGTPLVTMRPASQAGKAPVTVTSLPAGVRMVVPTQSAQGTVIGSS
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pF1KE3 PQMSGMAALAAAAAATQKIPPSSAPTVLSVPAGTTIVKTMAVTPGTTTLPATVKVASSPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PQMSGMAALAAAAAATQKIPPSSAPTVLSVPAGTTIVKTMAVTPGTTTLPATVKVASSPV
550 560 570 580 590 600
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pF1KE3 MVSNPATRMLKTAAAQVGTSVSSATNTSTRPIITVHKSGTVTVAQQAQVVTTVVGGVTKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MVSNPATRMLKTAAAQVGTSVSSATNTSTRPIITVHKSGTVTVAQQAQVVTTVVGGVTKT
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670 680 690 700 710 720
pF1KE3 ITLVKSPISVPGGSALISNLGKVMSVVQTKPVQTSAVTGQASTGPVTQIIQTKGPLPAGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ITLVKSPISVPGGSALISNLGKVMSVVQTKPVQTSAVTGQASTGPVTQIIQTKGPLPAGT
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE3 ILKLVTSADGKPTTIITTTQASGAGTKPTILGISSVSPSTTKPGTTTIIKTIPMSAIITQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ILKLVTSADGKPTTIITTTQASGAGTKPTILGISSVSPSTTKPGTTTIIKTIPMSAIITQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 AGATGVTSSPGIKSPITIITTKVMTSGTGAPAKIITAVPKIATGHGQQGVTQVVLKGAPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AGATGVTSSPGIKSPITIITTKVMTSGTGAPAKIITAVPKIATGHGQQGVTQVVLKGAPG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE3 QPGTILRTVPMGGVRLVTPVTVSAVKPAVTTLVVKGTTGVTTLGTVTGTVSTSLAGAGGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 QPGTILRTVPMGGVRLVTPVTVSAVKPAVTTLVVKGTTGVTTLGTVTGTVSTSLAGAGGH
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910 920 930 940 950 960
pF1KE3 STSASLATPITTLGTIATLSSQVINPTAITVSAAQTTLTAAGGLTTPTITMQPVSQPTQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 STSASLATPITTLGTIATLSSQVINPTAITVSAAQTTLTAAGGLTTPTITMQPVSQPTQV
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE3 TLITAPSGVEAQPVHDLPVSILASPTTEQPTATVTIADSGQGDVQPGTVTLVCSNPPCET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TLITAPSGVEAQPVHDLPVSILASPTTEQPTATVTIADSGQGDVQPGTVTLVCSNPPCET
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE3 HETGTTNTATTTVVANLGGHPQPTQVQFVCDRQEAAASLVTSTVGQQNGSVVRVCSNPPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 HETGTTNTATTTVVANLGGHPQPTQVQFVCDRQEAAASLVTSTVGQQNGSVVRVCSNPPC
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE3 ETHETGTTNTATTATSNMAGQHGCSNPPCETHETGTTNTATTAMSSVGANHQRDARRACA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ETHETGTTNTATTATSNMAGQHGCSNPPCETHETGTTNTATTAMSSVGANHQRDARRACA
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE3 AGTPAVIRISVATGALEAAQGSKSQCQTRQTSATSTTMTVMATGAPCSAGPLLGPSMARE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AGTPAVIRISVATGALEAAQGSKSQCQTRQTSATSTTMTVMATGAPCSAGPLLGPSMARE
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KE3 PGGRSPAFVQLAPLSSKVRLSSPSIKDLPAGRHSHAVSTAAMTRSSVGAGEPRMAPVCES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PGGRSPAFVQLAPLSSKVRLSSPSIKDLPAGRHSHAVSTAAMTRSSVGAGEPRMAPVCES
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE3 LQGGSPSTTVTVTALEALLCPSATVTQVCSNPPCETHETGTTNTATTSNAGSAQRVCSNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LQGGSPSTTVTVTALEALLCPSATVTQVCSNPPCETHETGTTNTATTSNAGSAQRVCSNP
1270 1280 1290 1300 1310 1320
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pF1KE3 PCETHETGTTHTATTATSNGGTGQPEGGQQPPAGRPCETHQTTSTGTTMSVSVGALLPDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PCETHETGTTHTATTATSNGGTGQPEGGQQPPAGRPCETHQTTSTGTTMSVSVGALLPDA
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KE3 TSSHRTVESGLEVAAAPSVTPQAGTALLAPFPTQRVCSNPPCETHETGTTHTATTVTSNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TSSHRTVESGLEVAAAPSVTPQAGTALLAPFPTQRVCSNPPCETHETGTTHTATTVTSNM
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KE3 SSNQDPPPAASDQGEVESTQGDSVNITSSSAITTTVSSTLTRAVTTVTQSTPVPGPSVPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SSNQDPPPAASDQGEVESTQGDSVNITSSSAITTTVSSTLTRAVTTVTQSTPVPGPSVPP
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KE3 PEELQVSPGPRQQLPPRQLLQSASTALMGESAEVLSASQTPELPAAVDLSSTGEPSSGQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PEELQVSPGPRQQLPPRQLLQSASTALMGESAEVLSASQTPELPAAVDLSSTGEPSSGQE
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KE3 SAGSAVVATVVVQPPPPTQSEVDQLSLPQELMAEAQAGTTTLMVTGLTPEELAVTAAAEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SAGSAVVATVVVQPPPPTQSEVDQLSLPQELMAEAQAGTTTLMVTGLTPEELAVTAAAEA
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KE3 AAQAAATEEAQALAIQAVLQAAQQAVMGTGEPMDTSEAAATVTQAELGHLSAEGQEGQAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AAQAAATEEAQALAIQAVLQAAQQAVMGTGEPMDTSEAAATVTQAELGHLSAEGQEGQAT
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KE3 TIPIVLTQQELAALVQQQQLQEAQAQQQHHHLPTEALAPADSLNDPAIESNCLNELAGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TIPIVLTQQELAALVQQQQLQEAQAQQQHHHLPTEALAPADSLNDPAIESNCLNELAGTV
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KE3 PSTVALLPSTATESLAPSNTFVAPQPVVVASPAKLQAAATLTEVANGIESLGVKPDLPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PSTVALLPSTATESLAPSNTFVAPQPVVVASPAKLQAAATLTEVANGIESLGVKPDLPPP
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KE3 PSKAPMKKENQWFDVGVIKGTNVMVTHYFLPPDDAVPSDDDLGTVPDYNQLKKQELQPGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PSKAPMKKENQWFDVGVIKGTNVMVTHYFLPPDDAVPSDDDLGTVPDYNQLKKQELQPGT
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KE3 AYKFRVAGINACGRGPFSEISAFKTCLPGFPGAPCAIKISKSPDGAHLTWEPPSVTSGKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AYKFRVAGINACGRGPFSEISAFKTCLPGFPGAPCAIKISKSPDGAHLTWEPPSVTSGKI
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KE3 IEYSVYLAIQSSQAGGELKSSTPAQLAFMRVYCGPSPSCLVQSSSLSNAHIDYTTKPAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 IEYSVYLAIQSSQAGGELKSSTPAQLAFMRVYCGPSPSCLVQSSSLSNAHIDYTTKPAII
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030
pF1KE3 FRIAARNEKGYGPATQVRWLQETSKDSSGTKPANKRPMSSPEMKSAPKKSKADGQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FRIAARNEKGYGPATQVRWLQETSKDSSGTKPANKRPMSSPEMKSAPKKSKADGQ
1990 2000 2010 2020 2030
>>CCDS9097.1 HCFC2 gene_id:29915|Hs108|chr12 (792 aa)
initn: 2713 init1: 1559 opt: 2005 Z-score: 1062.0 bits: 208.7 E(32554): 7.8e-53
Smith-Waterman score: 2022; 45.1% identity (68.5% similar) in 749 aa overlap (19-743:9-705)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASAVSPANLPAVLLQPRWKRVVGWSGPVPRPRHGHRAVAIKELIVVFGGGNEGIVDELH
:.:: ...::::: :::::::::.::...::::::::.::::
CCDS90 MAAPSLLNWRRVSSFTGPVPRARHGHRAVAIRELMIIFGGGNEGIADELH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VYNTATNQWFIPAVRGDIPPGCAAYGFVCDGTRLLVFGGMVEYGKYSNDLYELQASRWEW
::::::::::.:::::::::::::.::::::::.::::::::::.:::.::::::::: :
CCDS90 VYNTATNQWFLPAVRGDIPPGCAAHGFVCDGTRILVFGGMVEYGRYSNELYELQASRWLW
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KRLKAKTPKNGPPPCPRLGHSFSLVGNKCYLFGGLANDSEDPKNNIPRYLNDLYILELRP
:..: . : .: :::::::::::: ::::::::::::.::: .::.::::::.: :::.
CCDS90 KKVKPHPPPSGLPPCPRLGHSFSLYGNKCYLFGGLANESEDSNNNVPRYLNDFYELELQH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 GSGVVAWDIPITYGVLPPPRESHTAVVYTEKDNKKSKLVIYGGMSGCRLGDLWTLDIDTL
:::::.:.::.: ::.: ::::::::.: .::. . :. ..::: : :: ::: ::..:.
CCDS90 GSGVVGWSIPVTKGVVPSPRESHTAVIYCKKDSGSPKMYVFGGMCGARLDDLWQLDLETM
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 TWNKPSLSGVAPLPRSLHSATTIGNKMYVFGGWVPLVMDDVKVATHEKEWKCTNTLACLN
.:.:: .:..:::::::.:..::::::.:::::: ...... :. ::.::.... ::
CCDS90 SWSKPETKGTVPLPRSLHTASVIGNKMYIFGGWVPHKGENTETSPHDCEWRCTSSFSYLN
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KE3 LDTMAWETILMDTLEDNI---PRARAGHCAVAINTRLYIWSGRDGYRKAWNNQVCCKDLW
::: : :.. :. ::. :: :::::::::.::::.:::::::.:: :.::::::::
CCDS90 LDTTEWTTLVSDSQEDKKNSRPRPRAGHCAVAIGTRLYFWSGRDGYKKALNSQVCCKDLW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 YLETEKPPPPARVQLVRANTNSLEVSWGAVATADSYLLQLQKYDIPATAATATSPTPNPV
::.::::: :..:::..:.:::..:.: :.:...:::::. :.: ::.. :
CCDS90 YLDTEKPPAPSQVQLIKATTNSFHVKWDEVSTVEGYLLQLST-DLPYQAASSDS------
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE3 PSVPANPPKSPAPAAAAPAVQPLTQVGITLLPQAAPAPPTTTTIQVLPTVPGSSISVPTA
: :: . ..: : . ...:.. ..: . : : . :
CCDS90 ---------SAAPNMQGVRMDPHRQGSNNIVPNSINDTINSTKTEQPATKETSMKNKPDF
410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE3 ARTQGVPAVL--KVTGPQATTGTPLVTM--RPASQAGKAPVTVTSLPAGVRMVVPTQSAQ
:.: .... .. .. .: : . . .: : : : :: :.: :..
CCDS90 KALTDSNAILYPSLASNASNHNSHVVDMLRKNEGPHTSANVGVLSSCLDVRTVIPETSVS
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE3 GTVIGSSPQMSGMAALAAAAAATQKIPPSSAPTVLSVPAGTTIVKTMAVTPGTTTLPATV
.:: :: : . .. : : :. : . ..:: . ::. .
CCDS90 STV--SSTQ---------TMVTQQTIKTESSST------NGAVVKD---ETSLTTFSTKS
520 530 540 550
600 610 620 630 640 650
pF1KE3 KVASSPVMVSNPATRMLKTAAAQVGTSVSSATNTSTRPIITVHKSGTVTVAQQAQVVTTV
.: . .. :::.. .. . ..: :. : .. :. :: :.: : .:
CCDS90 EVDETYAL---PATKISRVETHATATPFSKETPSN--PVATV-KAGE---RQWCDV----
560 570 580 590 600
660 670 680 690 700
pF1KE3 VGGVTKTIT-LVKSPISVPGGSALISNLGKV----MSVVQTKPV--------QTSAVTGQ
:. :. : ::.. .: :. ::..:.. .:... . . ...:..:
CCDS90 --GIFKNNTALVSQFYLLPKGKQSISKVGNADVPDYSLLKKQDLVPGTGYRFRVAAING-
610 620 630 640 650
710 720 730 740 750
pF1KE3 ASTGPVTQIIQTKGPLP----AGTILKLVTSADGKPTTIITTTQASGAGTKPTILGISSV
. :: ..: . : .: : . ... ...: . :. ::
CCDS90 CGIGPFSKISEFKTCIPGFPGAPSAVRISKNVEGIHLSWEPPTSPSGNILEYSAYLAIRT
660 670 680 690 700 710
760 770 780 790 800 810
pF1KE3 SPSTTKPGTTTIIKTIPMSAIITQAGATGVTSSPGIKSPITIITTKVMTSGTGAPAKIIT
CCDS90 AQIQDNPSQLVFMRIYCGLKTSCIVTAGQLANAHIDYTSRPAIVFRISAKNEKGYGPATQ
720 730 740 750 760 770
>>CCDS76369.1 MUC5AC gene_id:4586|Hs108|chr11 (5654 aa)
initn: 297 init1: 153 opt: 640 Z-score: 338.4 bits: 77.7 E(32554): 1.6e-12
Smith-Waterman score: 772; 24.3% identity (53.7% similar) in 1281 aa overlap (403-1618:2297-3495)
380 390 400 410 420 430
pF1KE3 VRANTNSLEVSWGAVATADSYLLQLQKYDIPATAATATSPTPNPVPSVPA-NPPKSPAPA
::..... . ::.:::.. . . : . .
CCDS76 STTYAHTTSTTSAPTARTTSAPTTRTTSASPASTTSGPGNTPSPVPTTSTISAPTTSITS
2270 2280 2290 2300 2310 2320
440 450 460 470 480
pF1KE3 AAAPAVQPLTQVGITLLPQAAPAPPTTTTIQVLPTVPGSSISVPT----AARTQGVPAVL
: . .. . : : ..:.: ::.: ::. :. :.:: .:::... ..
CCDS76 APTTSTTSAPTSSTTSGPGTTPSPVPTTSITSAPTT--STTSAPTTSTTSARTSSTTSAT
2330 2340 2350 2360 2370 2380
490 500 510 520 530 540
pF1KE3 ---KVTGPQATTGTPLVTMRPASQAGKAPVTVTSLPAGVRMVVPTQSAQGTVIGSSPQMS
...::. :: .:. : .: .. . ...:: :. .::.:. :::: :
CCDS76 TTSRISGPE-TTPSPVPT---TSTTSATTTSTTSAPTTSTTSAPTSSTT-----SSPQTS
2390 2400 2410 2420 2430
550 560 570 580 590 600
pF1KE3 GMAALAAAAAATQKIPPSSAPTVLSVPAGTTIVKTMAVTPGTTTLPATVKVASSPVMVSN
.: ...... :: .::. .. : :: .: .. ..:: ::....:.: .
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