Result of FASTA (omim) for
pFN21AE3098
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3098, 435 aa
1>>>pF1KE3098 435 - 435 aa - 435 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8994+/-0.000406; mu= -3.0273+/- 0.025
mean_var=243.9007+/-50.497, 0's: 0 Z-trim(120.2): 24 B-trim: 868 in 1/56
Lambda= 0.082124
statistics sampled from 35123 (35147) to 35123 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.746), E-opt: 0.2 (0.412), width: 16
Scan time: 8.550
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003205 (OMIM: 603170) transcriptional enhancer ( 435) 2890 355.3 1.8e-97
XP_006723487 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 451) 1826 229.2 1.7e-59
NP_001243589 (OMIM: 601729) transcriptional enhanc ( 451) 1826 229.2 1.7e-59
NP_001243590 (OMIM: 601729) transcriptional enhanc ( 451) 1826 229.2 1.7e-59
XP_011525706 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 441) 1660 209.6 1.4e-53
NP_068780 (OMIM: 108985,189967) transcriptional en ( 426) 1513 192.1 2.3e-48
NP_003204 (OMIM: 601714) transcriptional enhancer ( 434) 1462 186.1 1.5e-46
NP_958851 (OMIM: 601714) transcriptional enhancer ( 305) 1396 178.2 2.6e-44
NP_958849 (OMIM: 601714) transcriptional enhancer ( 391) 1352 173.0 1.2e-42
NP_003589 (OMIM: 601729) transcriptional enhancer ( 447) 1302 167.1 8e-41
XP_011525700 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 454) 1211 156.4 1.4e-37
XP_011525703 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 454) 1211 156.4 1.4e-37
XP_011525704 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 454) 1211 156.4 1.4e-37
XP_011525702 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 454) 1211 156.4 1.4e-37
XP_011525701 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 454) 1211 156.4 1.4e-37
XP_006723491 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 434) 1201 155.2 3.1e-37
NP_001243588 (OMIM: 601729) transcriptional enhanc ( 450) 1189 153.8 8.7e-37
NP_001243587 (OMIM: 601729) transcriptional enhanc ( 450) 1189 153.8 8.7e-37
XP_011525705 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 450) 1189 153.8 8.7e-37
XP_011525708 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 228) 743 100.7 4e-21
XP_011525707 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 231) 738 100.1 6.1e-21
NP_001243591 (OMIM: 601729) transcriptional enhanc ( 319) 706 96.4 1.1e-19
XP_005259391 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 411) 686 94.1 7e-19
XP_006723492 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 261) 650 89.7 9.3e-18
>>NP_003205 (OMIM: 603170) transcriptional enhancer fact (435 aa)
initn: 2890 init1: 2890 opt: 2890 Z-score: 1870.8 bits: 355.3 E(85289): 1.8e-97
Smith-Waterman score: 2890; 100.0% identity (100.0% similar) in 435 aa overlap (1-435:1-435)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASNSWNASSSPGEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIYPPCGRRKIIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MASNSWNASSSPGEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIYPPCGRRKIIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 SDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIKAMNLDQVSKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIKAMNLDQVSKD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFSPPSPLPQAVFSTSSRFWSSPPLLGQQPGPSQDIKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFSPPSPLPQAVFSTSSRFWSSPPLLGQQPGPSQDIKP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 FAQPAYPIQPPLPPTLSSYEPLAPLPSAAASVPVWQDRTIASSRLRLLEYSAFMEVQRDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FAQPAYPIQPPLPPTLSSYEPLAPLPSAAASVPVWQDRTIASSRLRLLEYSAFMEVQRDP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 DTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKELYEKGPPNAFFLVKFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKELYEKGPPNAFFLVKFW
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 ADLNSTIQEGPGAFYGVSSQYSSADSMTISVSTKVCSFGKQVVEKVETEYARLENGRFVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ADLNSTIQEGPGAFYGVSSQYSSADSMTISVSTKVCSFGKQVVEKVETEYARLENGRFVY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 RIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTILQVVTSRDSQETLLVIAFVFEVST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTILQVVTSRDSQETLLVIAFVFEVST
370 380 390 400 410 420
430
pF1KE3 SEHGAQHHVYKLVKD
:::::::::::::::
NP_003 SEHGAQHHVYKLVKD
430
>>XP_006723487 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcriptional (451 aa)
initn: 1761 init1: 674 opt: 1826 Z-score: 1189.3 bits: 229.2 E(85289): 1.7e-59
Smith-Waterman score: 1826; 63.8% identity (80.0% similar) in 445 aa overlap (4-435:14-451)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MASNSWNASSSPGEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY
..:..: .: : :: :::::::::::::::::::::
XP_006 MGEPRAGAALDDGSGWTGSEEGSEEGTGGSEGAGGDGGPDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :: : .:
XP_006 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARRKSREIQSKLK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 AMNLDQVSKDKALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFSPPSPLPQAVFSTSSRFWSSPPLLGQ
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XP_006 ALNVDQVSKDKAFQTMATMSSAQLISAPSLQAKLGPTGPQASELF----QFWSGG---SG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE3 QPGPSQDIKPFAQPAYPIQPPLPPT-LSSYEP---LAPLPSAAASVPVWQDRTIASSRLR
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XP_006 PPWNVPDVKPFSQTPFTLSLTPPSTDLPGYEPPQALSPLPPPTPSPPAWQARGLGTARLQ
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 LLEYSAFMEVQRDPDTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKELY
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XP_006 LVEFSAFVEPPDAVDSYQRHLFVHISQHCPSPGAPPLESVDVRQIYDKFPEKKGGLRELY
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KE3 EKGPPNAFFLVKFWADLN---STIQEGPGA------FYGVSSQYSSADSMTISVSTKVCS
..:::.:::::::::::: : . : :. :::::::: : . ::.. :.::::
XP_006 DRGPPHAFFLVKFWADLNWGPSGEEAGAGGSISSGGFYGVSSQYESLEHMTLTCSSKVCS
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 FGKQVVEKVETEYARLENGRFVYRIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTIL
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XP_006 FGKQVVEKVETERAQLEDGRFVYRLLRSPMCEYLVNFLHKLRQLPERYMMNSVLENFTIL
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430
pF1KE3 QVVTSRDSQETLLVIAFVFEVSTSEHGAQHHVYKLVKD
::::.::.:: :: :.::::::::.:::::.:.::.:
XP_006 QVVTNRDTQELLLCTAYVFEVSTSERGAQHHIYRLVRD
420 430 440 450
>>NP_001243589 (OMIM: 601729) transcriptional enhancer f (451 aa)
initn: 1761 init1: 674 opt: 1826 Z-score: 1189.3 bits: 229.2 E(85289): 1.7e-59
Smith-Waterman score: 1826; 63.8% identity (80.0% similar) in 445 aa overlap (4-435:14-451)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MASNSWNASSSPGEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY
..:..: .: : :: :::::::::::::::::::::
NP_001 MGEPRAGAALDDGSGWTGSEEGSEEGTGGSEGAGGDGGPDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :: : .:
NP_001 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARRKSREIQSKLK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 AMNLDQVSKDKALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFSPPSPLPQAVFSTSSRFWSSPPLLGQ
:.:.::::::::.:.::.:::::..:: :: :..: .: . .: .:::. .
NP_001 ALNVDQVSKDKAFQTMATMSSAQLISAPSLQAKLGPTGPQASELF----QFWSGG---SG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE3 QPGPSQDIKPFAQPAYPIQPPLPPT-LSSYEP---LAPLPSAAASVPVWQDRTIASSRLR
: :.:::.: . .. : : : .::: :.::: . : :.:: : ....::.
NP_001 PPWNVPDVKPFSQTPFTLSLTPPSTDLPGYEPPQALSPLPPPTPSPPAWQARGLGTARLQ
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 LLEYSAFMEVQRDPDTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKELY
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NP_001 LVEFSAFVEPPDAVDSYQRHLFVHISQHCPSPGAPPLESVDVRQIYDKFPEKKGGLRELY
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KE3 EKGPPNAFFLVKFWADLN---STIQEGPGA------FYGVSSQYSSADSMTISVSTKVCS
..:::.:::::::::::: : . : :. :::::::: : . ::.. :.::::
NP_001 DRGPPHAFFLVKFWADLNWGPSGEEAGAGGSISSGGFYGVSSQYESLEHMTLTCSSKVCS
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 FGKQVVEKVETEYARLENGRFVYRIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTIL
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NP_001 FGKQVVEKVETERAQLEDGRFVYRLLRSPMCEYLVNFLHKLRQLPERYMMNSVLENFTIL
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430
pF1KE3 QVVTSRDSQETLLVIAFVFEVSTSEHGAQHHVYKLVKD
::::.::.:: :: :.::::::::.:::::.:.::.:
NP_001 QVVTNRDTQELLLCTAYVFEVSTSERGAQHHIYRLVRD
420 430 440 450
>>NP_001243590 (OMIM: 601729) transcriptional enhancer f (451 aa)
initn: 1761 init1: 674 opt: 1826 Z-score: 1189.3 bits: 229.2 E(85289): 1.7e-59
Smith-Waterman score: 1826; 63.8% identity (80.0% similar) in 445 aa overlap (4-435:14-451)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MASNSWNASSSPGEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY
..:..: .: : :: :::::::::::::::::::::
NP_001 MGEPRAGAALDDGSGWTGSEEGSEEGTGGSEGAGGDGGPDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :: : .:
NP_001 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARRKSREIQSKLK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 AMNLDQVSKDKALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFSPPSPLPQAVFSTSSRFWSSPPLLGQ
:.:.::::::::.:.::.:::::..:: :: :..: .: . .: .:::. .
NP_001 ALNVDQVSKDKAFQTMATMSSAQLISAPSLQAKLGPTGPQASELF----QFWSGG---SG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE3 QPGPSQDIKPFAQPAYPIQPPLPPT-LSSYEP---LAPLPSAAASVPVWQDRTIASSRLR
: :.:::.: . .. : : : .::: :.::: . : :.:: : ....::.
NP_001 PPWNVPDVKPFSQTPFTLSLTPPSTDLPGYEPPQALSPLPPPTPSPPAWQARGLGTARLQ
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 LLEYSAFMEVQRDPDTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKELY
:.:.:::.: :.:..::::::.: :. . ::::.:::::::::::::::::.:::
NP_001 LVEFSAFVEPPDAVDSYQRHLFVHISQHCPSPGAPPLESVDVRQIYDKFPEKKGGLRELY
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KE3 EKGPPNAFFLVKFWADLN---STIQEGPGA------FYGVSSQYSSADSMTISVSTKVCS
..:::.:::::::::::: : . : :. :::::::: : . ::.. :.::::
NP_001 DRGPPHAFFLVKFWADLNWGPSGEEAGAGGSISSGGFYGVSSQYESLEHMTLTCSSKVCS
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 FGKQVVEKVETEYARLENGRFVYRIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTIL
:::::::::::: :.::.::::::. :::::::..::.:::..:::.:::::::::::::
NP_001 FGKQVVEKVETERAQLEDGRFVYRLLRSPMCEYLVNFLHKLRQLPERYMMNSVLENFTIL
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430
pF1KE3 QVVTSRDSQETLLVIAFVFEVSTSEHGAQHHVYKLVKD
::::.::.:: :: :.::::::::.:::::.:.::.:
NP_001 QVVTNRDTQELLLCTAYVFEVSTSERGAQHHIYRLVRD
420 430 440 450
>>XP_011525706 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcriptional (441 aa)
initn: 1605 init1: 1077 opt: 1660 Z-score: 1083.2 bits: 209.6 E(85289): 1.4e-53
Smith-Waterman score: 1700; 61.2% identity (77.1% similar) in 446 aa overlap (4-435:14-441)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MASNSWNASSSPGEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY
..:..: .: : :: :::::::::::::::::::::
XP_011 MGEPRAGAALDDGSGWTGSEEGSEEGTGGSEGAGGDGGPDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :: : .:
XP_011 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARRKSREIQSKLK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KE3 AMNLDQVSKDKALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFSPPSP-LPQAVFSTSSRFWSSPPLLG
:.:.::::::::.:.::.:::::..:: :: :..: .: . :: : .:::. .
XP_011 ALNVDQVSKDKAFQTMATMSSAQLISAPSLQAKLGPTGPQVVQA--SELFQFWSGG---S
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 QQPGPSQDIKPFAQPAYPIQPPLPPT-LSSYEP---LAPLPSAAASVPVWQDRTIASSRL
: :.:::.: . .. : : : .::: :.::: . : :.:: : ....::
XP_011 GPPWNVPDVKPFSQTPFTLSLTPPSTDLPGYEPPQALSPLPPPTPSPPAWQARGLGTARL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 RLLEYSAFMEVQRDPDTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKEL
.:.:.:::.: :.:..::::::.: :. . ::::.:::::::::::::::::.::
XP_011 QLVEFSAFVEPPDAVDSYQRHLFVHISQHCPSPGAPPLESVDVRQIYDKFPEKKGGLREL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KE3 YEKGPPNAFFLVKFWADLN---STIQEGPGA------FYGVSSQYSSADSMTISVSTKVC
:..:::.:::::::::::: : . : :. :::::::: : . ::.. :.:
XP_011 YDRGPPHAFFLVKFWADLNWGPSGEEAGAGGSISSGGFYGVSSQYESLEHMTLTCSSK--
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 SFGKQVVEKVETEYARLENGRFVYRIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTI
:: :.::.::::::. :::::::..::.:::..:::.::::::::::::
XP_011 -----------TERAQLEDGRFVYRLLRSPMCEYLVNFLHKLRQLPERYMMNSVLENFTI
360 370 380 390 400
400 410 420 430
pF1KE3 LQVVTSRDSQETLLVIAFVFEVSTSEHGAQHHVYKLVKD
:::::.::.:: :: :.::::::::.:::::.:.::.:
XP_011 LQVVTNRDTQELLLCTAYVFEVSTSERGAQHHIYRLVRD
410 420 430 440
>>NP_068780 (OMIM: 108985,189967) transcriptional enhanc (426 aa)
initn: 1918 init1: 1242 opt: 1513 Z-score: 989.3 bits: 192.1 E(85289): 2.3e-48
Smith-Waterman score: 2060; 71.1% identity (86.5% similar) in 436 aa overlap (1-435:1-426)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASNSWNASSSPGEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIYPPCGRRKIIL
: .::..: ::.: : .. :: .:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 MEPSSWSGSESPAENMERMSDSADKPIDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIYPPCGRRKIIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 SDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIKAMNLDQVSKD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :... .: ::..::
NP_068 SDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARRKSRDFHSKLK----DQTAKD
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFSPPSPLPQAVFSTSSRFWSSPPLLGQQPGPSQDIKP
:::: ::.:::::::::....::.. :. .:. .: . :: . :: :: :::.::
NP_068 KALQHMAAMSSAQIVSATAIHNKLGLPG-IPRPTFPGAPGFWPGMIQTGQ-PGSSQDVKP
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE3 FAQPAYPIQPPLPPTLSSYEPL-APLPSAAASVPVWQDRTIASSRLRLLEYSAFMEVQRD
:.: :::::: . . ..:: :: : :::.:: :.:....:::.:.:::.: :::
NP_068 FVQQAYPIQPAVTAPIPGFEPASAPAP----SVPAWQGRSIGTTKLRLVEFSAFLEQQRD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 PDTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKELYEKGPPNAFFLVKF
::.:.::::::::..: ..::: ::.::.:::::::::::::::::. ::: ::::::::
NP_068 PDSYNKHLFVHIGHANHSYSDPLLESVDIRQIYDKFPEKKGGLKELFGKGPQNAFFLVKF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 WADLNSTIQEGPGAFYGVSSQYSSADSMTISVSTKVCSFGKQVVEKVETEYARLENGRFV
::::: .::. ::::::.::: :...::.. :::::::::::::::::::::.::::::
NP_068 WADLNCNIQDDAGAFYGVTSQYESSENMTVTCSTKVCSFGKQVVEKVETEYARFENGRFV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 YRIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTILQVVTSRDSQETLLVIAFVFEVS
:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::: :::.::.::::: .: :::::
NP_068 YRINRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTILLVVTNRDTQETLLCMACVFEVS
360 370 380 390 400 410
420 430
pF1KE3 TSEHGAQHHVYKLVKD
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NP_068 NSEHGAQHHIYRLVKD
420
>>NP_003204 (OMIM: 601714) transcriptional enhancer fact (434 aa)
initn: 1999 init1: 1305 opt: 1462 Z-score: 956.5 bits: 186.1 E(85289): 1.5e-46
Smith-Waterman score: 2012; 69.9% identity (86.6% similar) in 439 aa overlap (1-435:8-434)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MASNSWNASSSP-GEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIYPP
..:: :.. .:: : . : ..::: .:::::::::::::::::::::::::
NP_003 MEGTAGTITSNEWSSPTSPEGSTASGGSQALDKPIDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIYPP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 CGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIKAM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:: :. .:
NP_003 CGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARRKAREIQAKLK--
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 NLDQVSKDKALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFS-PPSPLPQAVFSTSSRFWSSPPLLGQQ
::..:::::::::.::::::.::........ .: :: : ::.. : :
NP_003 --DQAAKDKALQSMAAMSSAQIISATAFHSSMALARGPGRPAV----SGFWQGA--LPGQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE3 PGPSQDIKPFAQPAYPIQPPLPPTLSSYE-PLAPLPSAAAS-VPVWQDRTIASSRLRLLE
: :.:.:::.: .: .::::: : ..: : .: :: .: .: :: :..:::.: .::
NP_003 AGTSHDVKPFSQQTYAVQPPLP--LPGFESPAGPAPSPSAPPAPPWQGRSVASSKLWMLE
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 YSAFMEVQRDPDTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKELYEKG
.:::.: :.:::::.:::::::::..:..::: :::::.:::::::::::::::.:.:.:
NP_003 FSAFLEQQQDPDTYNKHLFVHIGQSSPSYSDPYLEAVDIRQIYDKFPEKKGGLKDLFERG
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE3 PPNAFFLVKFWADLNSTIQEGPGAFYGVSSQYSSADSMTISVSTKVCSFGKQVVEKVETE
: :::::::::::::..:.. ..:::::::: : ..: :. ::::::::::::::::::
NP_003 PSNAFFLVKFWADLNTNIEDEGSSFYGVSSQYESPENMIITCSTKVCSFGKQVVEKVETE
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 YARLENGRFVYRIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTILQVVTSRDSQETL
::: :::.. :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::::
NP_003 YARYENGHYSYRIHRSPLCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTILQVVTNRDTQETL
350 360 370 380 390 400
410 420 430
pF1KE3 LVIAFVFEVSTSEHGAQHHVYKLVKD
: ::.:::::.::::::::.:.:::.
NP_003 LCIAYVFEVSASEHGAQHHIYRLVKE
410 420 430
>>NP_958851 (OMIM: 601714) transcriptional enhancer fact (305 aa)
initn: 1384 init1: 1273 opt: 1396 Z-score: 916.5 bits: 178.2 E(85289): 2.6e-44
Smith-Waterman score: 1396; 67.4% identity (85.9% similar) in 313 aa overlap (126-435:1-305)
100 110 120 130 140 150
pF1KE3 VLARKKVREYQVGIKAMNLDQVSKDKALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFS-PPSPLPQAV
::.::::::.::........ .: ::
NP_958 MAAMSSAQIISATAFHSSMALARGPGRPAV
10 20 30
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 FSTSSRFWSSPPLLGQQPGPSQDIKPFAQPAYPIQPPLPPTLSSYE-PLAPLPSAAAS-V
: ::.. : : : :.:.:::.: .: .::::: : ..: : .: :: .: .
NP_958 ----SGFWQGA--LPGQAGTSHDVKPFSQQTYAVQPPLP--LPGFESPAGPAPSPSAPPA
40 50 60 70 80
220 230 240 250 260 270
pF1KE3 PVWQDRTIASSRLRLLEYSAFMEVQRDPDTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIY
: :: :..:::.: .::.:::.: :.:::::.:::::::::..:..::: :::::.::::
NP_958 PPWQGRSVASSKLWMLEFSAFLEQQQDPDTYNKHLFVHIGQSSPSYSDPYLEAVDIRQIY
90 100 110 120 130 140
280 290 300 310 320 330
pF1KE3 DKFPEKKGGLKELYEKGPPNAFFLVKFWADLNSTIQEGPGAFYGVSSQYSSADSMTISVS
:::::::::::.:.:.:: :::::::::::::..:.. ..:::::::: : ..: :. :
NP_958 DKFPEKKGGLKDLFERGPSNAFFLVKFWADLNTNIEDEGSSFYGVSSQYESPENMIITCS
150 160 170 180 190 200
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 TKVCSFGKQVVEKVETEYARLENGRFVYRIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLE
:::::::::::::::::::: :::.. :::::::.:::::::::::::::::::::::::
NP_958 TKVCSFGKQVVEKVETEYARYENGHYSYRIHRSPLCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLE
210 220 230 240 250 260
400 410 420 430
pF1KE3 NFTILQVVTSRDSQETLLVIAFVFEVSTSEHGAQHHVYKLVKD
:::::::::.::.::::: ::.:::::.::::::::.:.:::.
NP_958 NFTILQVVTNRDTQETLLCIAYVFEVSASEHGAQHHIYRLVKE
270 280 290 300
>>NP_958849 (OMIM: 601714) transcriptional enhancer fact (391 aa)
initn: 1847 init1: 1273 opt: 1352 Z-score: 886.7 bits: 173.0 E(85289): 1.2e-42
Smith-Waterman score: 1815; 64.8% identity (78.5% similar) in 438 aa overlap (1-435:8-391)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MASNSWNASSSP-GEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIYPP
..:: :.. .:: : . : ..::: .:::::::::::::::::::::::::
NP_958 MEGTAGTITSNEWSSPTSPEGSTASGGSQALDKPIDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIYPP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 CGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIKAM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:: :. .:
NP_958 CGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARRKAREIQAKLK--
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 NLDQVSKDKALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFSPPSPLPQAVFSTSSRFWSSPPLLGQQP
::.. : :
NP_958 ------------------------------------------------FWQGA--LPGQA
120
180 190 200 210 220 230
pF1KE3 GPSQDIKPFAQPAYPIQPPLPPTLSSYE-PLAPLPSAAAS-VPVWQDRTIASSRLRLLEY
: :.:.:::.: .: .::::: : ..: : .: :: .: .: :: :..:::.: .::.
NP_958 GTSHDVKPFSQQTYAVQPPLP--LPGFESPAGPAPSPSAPPAPPWQGRSVASSKLWMLEF
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KE3 SAFMEVQRDPDTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKELYEKGP
:::.: :.:::::.:::::::::..:..::: :::::.:::::::::::::::.:.:.::
NP_958 SAFLEQQQDPDTYNKHLFVHIGQSSPSYSDPYLEAVDIRQIYDKFPEKKGGLKDLFERGP
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KE3 PNAFFLVKFWADLNSTIQEGPGAFYGVSSQYSSADSMTISVSTKVCSFGKQVVEKVETEY
:::::::::::::..:.. ..:::::::: : ..: :. :::::::::::::::::::
NP_958 SNAFFLVKFWADLNTNIEDEGSSFYGVSSQYESPENMIITCSTKVCSFGKQVVEKVETEY
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KE3 ARLENGRFVYRIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTILQVVTSRDSQETLL
:: :::.. :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:::::
NP_958 ARYENGHYSYRIHRSPLCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTILQVVTNRDTQETLL
310 320 330 340 350 360
420 430
pF1KE3 VIAFVFEVSTSEHGAQHHVYKLVKD
::.:::::.::::::::.:.:::.
NP_958 CIAYVFEVSASEHGAQHHIYRLVKE
370 380 390
>>NP_003589 (OMIM: 601729) transcriptional enhancer fact (447 aa)
initn: 1731 init1: 640 opt: 1302 Z-score: 853.9 bits: 167.1 E(85289): 8e-41
Smith-Waterman score: 1792; 63.4% identity (79.1% similar) in 445 aa overlap (4-435:14-447)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MASNSWNASSSPGEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY
..:..: .: : :: :::::::::::::::::::::
NP_003 MGEPRAGAALDDGSGWTGSEEGSEEGTGGSEGAGGDGGPDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :: : .:
NP_003 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARRKSREIQSKLK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 AMNLDQVSKDKALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFSPPSPLPQAVFSTSSRFWSSPPLLGQ
::::::::.:.::.:::::..:: :: :..: .: . .: .:::. .
NP_003 ----DQVSKDKAFQTMATMSSAQLISAPSLQAKLGPTGPQASELF----QFWSGG---SG
130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE3 QPGPSQDIKPFAQPAYPIQPPLPPT-LSSYEP---LAPLPSAAASVPVWQDRTIASSRLR
: :.:::.: . .. : : : .::: :.::: . : :.:: : ....::.
NP_003 PPWNVPDVKPFSQTPFTLSLTPPSTDLPGYEPPQALSPLPPPTPSPPAWQARGLGTARLQ
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE3 LLEYSAFMEVQRDPDTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKELY
:.:.:::.: :.:..::::::.: :. . ::::.:::::::::::::::::.:::
NP_003 LVEFSAFVEPPDAVDSYQRHLFVHISQHCPSPGAPPLESVDVRQIYDKFPEKKGGLRELY
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KE3 EKGPPNAFFLVKFWADLN---STIQEGPGA------FYGVSSQYSSADSMTISVSTKVCS
..:::.:::::::::::: : . : :. :::::::: : . ::.. :.::::
NP_003 DRGPPHAFFLVKFWADLNWGPSGEEAGAGGSISSGGFYGVSSQYESLEHMTLTCSSKVCS
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KE3 FGKQVVEKVETEYARLENGRFVYRIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTIL
:::::::::::: :.::.::::::. :::::::..::.:::..:::.:::::::::::::
NP_003 FGKQVVEKVETERAQLEDGRFVYRLLRSPMCEYLVNFLHKLRQLPERYMMNSVLENFTIL
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430
pF1KE3 QVVTSRDSQETLLVIAFVFEVSTSEHGAQHHVYKLVKD
::::.::.:: :: :.::::::::.:::::.:.::.:
NP_003 QVVTNRDTQELLLCTAYVFEVSTSERGAQHHIYRLVRD
410 420 430 440
435 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 16:39:54 2016 done: Tue Nov 8 16:39:55 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]