Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3078
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3078, 238 aa
1>>>pF1KE3078 238 - 238 aa - 238 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9036+/-0.000694; mu= 11.9810+/- 0.042
mean_var=75.7626+/-15.023, 0's: 0 Z-trim(111.0): 23 B-trim: 682 in 1/51
Lambda= 0.147349
statistics sampled from 12047 (12065) to 12047 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.742), E-opt: 0.2 (0.371), width: 16
Scan time: 1.820
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8969.1 RASSF3 gene_id:283349|Hs108|chr12 ( 238) 1570 342.4 1.6e-94
CCDS1464.1 RASSF5 gene_id:83593|Hs108|chr1 ( 265) 503 115.6 3.3e-26
CCDS30998.1 RASSF5 gene_id:83593|Hs108|chr1 ( 418) 503 115.7 4.9e-26
CCDS2822.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 ( 189) 430 100.0 1.2e-21
CCDS2821.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 ( 270) 430 100.1 1.6e-21
CCDS43096.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 ( 340) 430 100.1 1.9e-21
CCDS2820.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 ( 344) 430 100.1 1.9e-21
>>CCDS8969.1 RASSF3 gene_id:283349|Hs108|chr12 (238 aa)
initn: 1570 init1: 1570 opt: 1570 Z-score: 1810.6 bits: 342.4 E(32554): 1.6e-94
Smith-Waterman score: 1570; 100.0% identity (100.0% similar) in 238 aa overlap (1-238:1-238)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MSSGYSSLEEDAEDFFFTARTSFFRRAPQGKPRSGQQDVEKEKETHSYLSKEEIKEKVHK
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CCDS89 MSSGYSSLEEDAEDFFFTARTSFFRRAPQGKPRSGQQDVEKEKETHSYLSKEEIKEKVHK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 YNLAVTDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKPPQTSPNSGKLSPSSNGCMNTLHISSTNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 YNLAVTDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKPPQTSPNSGKLSPSSNGCMNTLHISSTNT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VGEVIEALLKKFLVTESPAKFALYKRCHREDQVYACKLSDREHPLYLRLVAGPRTDTLSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 VGEVIEALLKKFLVTESPAKFALYKRCHREDQVYACKLSDREHPLYLRLVAGPRTDTLSF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE3 VLREHEIGEWEAFSLPELQNFLRILDKEEDEQLQNLKRRYTAYRQKLEEALREVWKPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 VLREHEIGEWEAFSLPELQNFLRILDKEEDEQLQNLKRRYTAYRQKLEEALREVWKPD
190 200 210 220 230
>>CCDS1464.1 RASSF5 gene_id:83593|Hs108|chr1 (265 aa)
initn: 538 init1: 313 opt: 503 Z-score: 584.0 bits: 115.6 E(32554): 3.3e-26
Smith-Waterman score: 699; 49.0% identity (72.4% similar) in 261 aa overlap (1-237:7-264)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MSSGYSSLEEDAEDFFFTARTSFFRRAPQGKPRSGQQDVEKE-KETHSYLSKEE
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CCDS14 MTVDSSMSSGYCSLDEELEDCFFTAKTTFFRNA-QSKHLS--KNVCKPVEETQRPPTLQE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE3 IKEKVHKYNLAVTDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKP--------PQTSPNSGK---L
::.:. .:: . : : :. .: :::::::...: .: ::. .. : :
CCDS14 IKQKIDSYNTREKNCLGMKLSEDGTYTGFIKVHLKLRRPVTVPAGIRPQSIYDAIKEVNL
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KE3 SPSSN---------GCMNTLHISSTNTVGEVIEALLKKFLVTESPAKFALYKRCHREDQV
. ... .. ::::::.::.:::..:::::.:...: ::::.:: :.. ::
CCDS14 AATTDKRTSFYLPLDAIKQLHISSTTTVSEVIQGLLKKFMVVDNPQKFALFKRIHKDGQV
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE3 YACKLSDREHPLYLRLVAGPRTDTLSFVLREHEIGE--WEAFSLPELQNFLRILDKEEDE
::: ..::::::.::: :..:::::.:.: :: :.:::.::::::: ::.:::..
CCDS14 LFQKLSIADRPLYLRLLAGPDTEVLSFVLKENETGEVEWDAFSIPELQNFLTILEKEEQD
180 190 200 210 220 230
220 230
pF1KE3 QLQNLKRRYTAYRQKLEEALREVW-KPD
..:.....: .:::::::::: ::
CCDS14 KIQQVQKKYDKFRQKLEEALRESQGKPG
240 250 260
>>CCDS30998.1 RASSF5 gene_id:83593|Hs108|chr1 (418 aa)
initn: 427 init1: 313 opt: 503 Z-score: 580.9 bits: 115.7 E(32554): 4.9e-26
Smith-Waterman score: 592; 47.6% identity (72.0% similar) in 225 aa overlap (37-237:193-417)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 SLEEDAEDFFFTARTSFFRRAPQGKPRSGQQDVEKE-KETHSYLSKEEIKEKVHKYNLAV
:.: : .::. . .:::.:. .::
CCDS30 RSLIQLDCSQQEGLSRDRPSPESTLTVTFSQNVCKPVEETQRPPTLQEIKQKIDSYNTRE
170 180 190 200 210 220
70 80 90 100
pF1KE3 TDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKP--------PQTSPNSGK---LSPSSN-------
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CCDS30 KNCLGMKLSEDGTYTGFIKVHLKLRRPVTVPAGIRPQSIYDAIKEVNLAATTDKRTSFYL
230 240 250 260 270 280
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 --GCMNTLHISSTNTVGEVIEALLKKFLVTESPAKFALYKRCHREDQVYACKLSDREHPL
.. ::::::.::.:::..:::::.:...: ::::.:: :.. :: ::: ..::
CCDS30 PLDAIKQLHISSTTTVSEVIQGLLKKFMVVDNPQKFALFKRIHKDGQVLFQKLSIADRPL
290 300 310 320 330 340
170 180 190 200 210 220
pF1KE3 YLRLVAGPRTDTLSFVLREHEIGE--WEAFSLPELQNFLRILDKEEDEQLQNLKRRYTAY
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CCDS30 YLRLLAGPDTEVLSFVLKENETGEVEWDAFSIPELQNFLTILEKEEQDKIQQVQKKYDKF
350 360 370 380 390 400
230
pF1KE3 RQKLEEALREVW-KPD
:::::::::: ::
CCDS30 RQKLEEALRESQGKPG
410
>>CCDS2822.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 (189 aa)
initn: 508 init1: 269 opt: 430 Z-score: 502.4 bits: 100.0 E(32554): 1.2e-21
Smith-Waterman score: 483; 47.3% identity (71.7% similar) in 184 aa overlap (71-231:1-183)
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 KEKETHSYLSKEEIKEKVHKYNLAVTDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKPPQTSPNSG
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CCDS28 MSLNKDGSYTGFIKVQLKLVRPVSV-PSSK
10 20
110 120 130
pF1KE3 K---LSPSSNG------------------CMNTLHISSTNTVGEVIEALLKKFLVTESPA
: :. . : .. ::. : . . :::::::.::::...:
CCDS28 KPPSLQDARRGPGRGTSVRRRTSFYLPKDAVKHLHVLSRTRAREVIEALLRKFLVVDDPR
30 40 50 60 70 80
140 150 160 170 180 190
pF1KE3 KFALYKRCHREDQVYACKLSDREHPLYLRLVAGPRTDTLSFVLREHEIGE--WEAFSLPE
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CCDS28 KFALFERAERHGQVYLRKLLDDEQPLRLRLLAGPSDKALSFVLKENDSGEVNWDAFSMPE
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230
pF1KE3 LQNFLRILDKEEDEQLQNLKRRYTAYRQKLEEALREVWKPD
:.::::::..::.:.:... ..:. :::..:::
CCDS28 LHNFLRILQREEEEHLRQILQKYSYCRQKIQEALHACPLG
150 160 170 180
>>CCDS2821.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 (270 aa)
initn: 629 init1: 269 opt: 430 Z-score: 500.0 bits: 100.1 E(32554): 1.6e-21
Smith-Waterman score: 604; 46.3% identity (70.2% similar) in 255 aa overlap (2-231:18-264)
10 20 30 40
pF1KE3 MSSGYSSLEE-DAE-DFFFTARTSFFRRAPQGKPRSGQQDVEKE
:::: : :. :.: . .::::::. :: :: .:: :
CCDS28 MGEAEAPSFEMTWSSTTSSGYCSQEDSDSELEQYFTARTSLARR-----PRR-DQDEPVE
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE3 KETHSYLSKEEIKEKVHKYNLAVTDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKPPQTSPNSGK-
:: . ::. ::..:...:: ....: :.::..: ::::::::..: .: . :.: :
CCDS28 WETPD-LSQAEIEQKIKEYNAQINSNLFMSLNKDGSYTGFIKVQLKLVRPV-SVPSSKKP
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140
pF1KE3 --LSPSSNG------------------CMNTLHISSTNTVGEVIEALLKKFLVTESPAKF
:. . : .. ::. : . . :::::::.::::...: ::
CCDS28 PSLQDARRGPGRGTSVRRRTSFYLPKDAVKHLHVLSRTRAREVIEALLRKFLVVDDPRKF
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190
pF1KE3 ALYKRCHREDQVYACKLSDREHPLYLRLVAGPRTDTLSFVLREHEIGE--WEAFSLPELQ
::..: .:. ::: :: : :.:: :::.::: .:::::.:.. :: :.:::.:::.
CCDS28 ALFERAERHGQVYLRKLLDDEQPLRLRLLAGPSDKALSFVLKENDSGEVNWDAFSMPELH
180 190 200 210 220 230
200 210 220 230
pF1KE3 NFLRILDKEEDEQLQNLKRRYTAYRQKLEEALREVWKPD
::::::..::.:.:... ..:. :::..:::
CCDS28 NFLRILQREEEEHLRQILQKYSYCRQKIQEALHACPLG
240 250 260 270
>>CCDS43096.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 (340 aa)
initn: 570 init1: 269 opt: 430 Z-score: 498.5 bits: 100.1 E(32554): 1.9e-21
Smith-Waterman score: 539; 45.0% identity (70.7% similar) in 222 aa overlap (33-231:115-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 SGYSSLEEDAEDFFFTARTSFFRRAPQGKPRSGQQDVEKEKETHSYLSKEEIKEKVHKYN
:. . : : :: . ::. ::..:...::
CCDS43 CKFTCHYRCRALVCLDCCGPRDLGWEPAVERDTNVDEPVEWETPD-LSQAEIEQKIKEYN
90 100 110 120 130 140
70 80 90 100
pF1KE3 LAVTDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKPPQTSPNSGK---LSPSSNG-----------
....: :.::..: ::::::::..: .: . :.: : :. . :
CCDS43 AQINSNLFMSLNKDGSYTGFIKVQLKLVRPV-SVPSSKKPPSLQDARRGPGRGTSVRRRT
150 160 170 180 190 200
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 -------CMNTLHISSTNTVGEVIEALLKKFLVTESPAKFALYKRCHREDQVYACKLSDR
.. ::. : . . :::::::.::::...: ::::..: .:. ::: :: :
CCDS43 SFYLPKDAVKHLHVLSRTRAREVIEALLRKFLVVDDPRKFALFERAERHGQVYLRKLLDD
210 220 230 240 250 260
170 180 190 200 210
pF1KE3 EHPLYLRLVAGPRTDTLSFVLREHEIGE--WEAFSLPELQNFLRILDKEEDEQLQNLKRR
:.:: :::.::: .:::::.:.. :: :.:::.:::.::::::..::.:.:... ..
CCDS43 EQPLRLRLLAGPSDKALSFVLKENDSGEVNWDAFSMPELHNFLRILQREEEEHLRQILQK
270 280 290 300 310 320
220 230
pF1KE3 YTAYRQKLEEALREVWKPD
:. :::..:::
CCDS43 YSYCRQKIQEALHACPLG
330 340
>>CCDS2820.1 RASSF1 gene_id:11186|Hs108|chr3 (344 aa)
initn: 570 init1: 269 opt: 430 Z-score: 498.4 bits: 100.1 E(32554): 1.9e-21
Smith-Waterman score: 539; 45.0% identity (70.7% similar) in 222 aa overlap (33-231:119-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 SGYSSLEEDAEDFFFTARTSFFRRAPQGKPRSGQQDVEKEKETHSYLSKEEIKEKVHKYN
:. . : : :: . ::. ::..:...::
CCDS28 CKFTCHYRCRALVCLDCCGPRDLGWEPAVERDTNVDEPVEWETPD-LSQAEIEQKIKEYN
90 100 110 120 130 140
70 80 90 100
pF1KE3 LAVTDKLKMTLNSNGIYTGFIKVQMELCKPPQTSPNSGK---LSPSSNG-----------
....: :.::..: ::::::::..: .: . :.: : :. . :
CCDS28 AQINSNLFMSLNKDGSYTGFIKVQLKLVRPV-SVPSSKKPPSLQDARRGPGRGTSVRRRT
150 160 170 180 190 200
110 120 130 140 150 160
pF1KE3 -------CMNTLHISSTNTVGEVIEALLKKFLVTESPAKFALYKRCHREDQVYACKLSDR
.. ::. : . . :::::::.::::...: ::::..: .:. ::: :: :
CCDS28 SFYLPKDAVKHLHVLSRTRAREVIEALLRKFLVVDDPRKFALFERAERHGQVYLRKLLDD
210 220 230 240 250 260
170 180 190 200 210
pF1KE3 EHPLYLRLVAGPRTDTLSFVLREHEIGE--WEAFSLPELQNFLRILDKEEDEQLQNLKRR
:.:: :::.::: .:::::.:.. :: :.:::.:::.::::::..::.:.:... ..
CCDS28 EQPLRLRLLAGPSDKALSFVLKENDSGEVNWDAFSMPELHNFLRILQREEEEHLRQILQK
270 280 290 300 310 320
220 230
pF1KE3 YTAYRQKLEEALREVWKPD
:. :::..:::
CCDS28 YSYCRQKIQEALHACPLG
330 340
238 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 15:13:34 2016 done: Mon Nov 7 15:13:34 2016
Total Scan time: 1.820 Total Display time: -0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]