Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3076
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3076, 237 aa
1>>>pF1KE3076 237 - 237 aa - 237 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0447+/-0.000918; mu= 15.4692+/- 0.056
mean_var=75.2817+/-15.479, 0's: 0 Z-trim(106.7): 213 B-trim: 563 in 2/49
Lambda= 0.147819
statistics sampled from 8889 (9132) to 8889 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.281), width: 16
Scan time: 2.160
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 1582 346.6 8.2e-96
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 882 197.3 6.9e-51
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 534 123.1 1.4e-28
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 533 122.9 1.6e-28
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 520 120.1 1.1e-27
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 507 117.4 7.9e-27
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 501 116.0 1.8e-26
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 483 112.2 2.6e-25
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 480 111.6 4.1e-25
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 478 111.1 5.4e-25
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 477 110.9 6.3e-25
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 473 110.1 1.2e-24
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 464 108.2 4.5e-24
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 447 104.5 5.4e-23
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 445 104.1 7.4e-23
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 440 103.1 1.6e-22
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 438 102.6 2.1e-22
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 437 102.4 2.5e-22
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 432 101.4 5.8e-22
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 422 99.2 2.3e-21
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 421 99.0 2.6e-21
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 420 98.8 3e-21
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 420 98.8 3e-21
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 419 98.6 3.4e-21
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 423 99.9 4.9e-21
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 416 97.9 5.4e-21
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 413 97.3 8.3e-21
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 412 97.1 9.2e-21
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 412 97.1 9.9e-21
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 412 97.1 1e-20
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 412 97.1 1e-20
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 411 96.8 1e-20
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 412 97.1 1.1e-20
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 410 97.1 3.3e-20
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 402 94.9 4.2e-20
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 402 95.0 4.4e-20
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 399 94.3 6.7e-20
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 397 93.9 8.4e-20
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 395 93.5 1.2e-19
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 394 93.3 1.5e-19
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 393 93.0 1.6e-19
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 392 92.8 1.9e-19
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 392 92.9 2.1e-19
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 386 91.4 3.5e-19
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 384 91.0 4.8e-19
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 382 90.7 7.7e-19
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 382 90.8 9.4e-19
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 381 90.5 9.7e-19
CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 376 89.3 1.6e-18
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 378 89.9 1.7e-18
>>CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX (237 aa)
initn: 1582 init1: 1582 opt: 1582 Z-score: 1833.6 bits: 346.6 E(32554): 8.2e-96
Smith-Waterman score: 1582; 100.0% identity (100.0% similar) in 237 aa overlap (1-237:1-237)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAQPILGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MAQPILGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 FPDKTEATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FPDKTEATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KMTSFTNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KMTSFTNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFET
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE3 SAKDPKESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SAKDPKESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC
190 200 210 220 230
>>CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 (229 aa)
initn: 872 init1: 872 opt: 882 Z-score: 1027.0 bits: 197.3 E(32554): 6.9e-51
Smith-Waterman score: 882; 64.5% identity (84.7% similar) in 203 aa overlap (35-237:32-229)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 ILGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDK
:::::::::::::::::::.:::.: :::.
CCDS37 AEEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 TEATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTS
:::::::::::..:::.::.::.:.::::::::::::::.::::::::::::::.:.:.:
CCDS37 TEATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 FTNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKD
: .: ::.::. : . .:..::::::::: ::::..:: ::::.:.: :::::::.
CCDS37 FHSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAKN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE3 PKESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC
:.....::.::: :: .::..: :. . ..: . : : :. : .: :
CCDS37 PNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPP-DNGIILKPE-PKPA---MTCWC
190 200 210 220
>>CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 (203 aa)
initn: 470 init1: 296 opt: 534 Z-score: 626.6 bits: 123.1 E(32554): 1.4e-28
Smith-Waterman score: 534; 52.1% identity (77.2% similar) in 167 aa overlap (36-202:9-170)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT
.:::..::...::::::. :: : ::
CCDS82 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQ
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF
::::::: :::::.:::.:.:.:::::::::: :... :::...:....::.: ::
CCDS82 GATIGVDFMIKTVEINGEKVKLQIWDTAGQERFR-SITQSYYRSANALILTYDITCEESF
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP
: :..: . .: .. :::::: :: :. .: .. : .:..:..: .:::::
CCDS82 RCLPEWLREIEQYASNKVIT-VLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAK--
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC
::.:::..:. :::::
CCDS82 -ESDNVEKLFLDLACRLISEARQNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
160 170 180 190 200
>>CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 (201 aa)
initn: 501 init1: 273 opt: 533 Z-score: 625.6 bits: 122.9 E(32554): 1.6e-28
Smith-Waterman score: 533; 46.3% identity (71.9% similar) in 203 aa overlap (36-237:8-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT
.::...::::.:::. : .:: .:: .
CCDS41 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSY
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF
.::::::. .::::.:::.:.:.:::::::::: ... :::..:.:. :::::. ::
CCDS41 ITTIGVDFKIRTVEINGEKVKLQIWDTAGQERFR-TITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESF
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP
.:.: :..: : . : ..::::: : :. : .. : ::: .. :::::::
CCDS41 VNVKRWLHEINQNC--DDVCRILVGNKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAK--
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KE3 KESQNVESIFMCLA-CRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC
:. ::: .: :.. :.:.:. : .. ..::. : :: .... : : :
CCDS41 -ENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAKQQQQQQNDVVKLT--KNSKRKKRC-C
160 170 180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 505 init1: 270 opt: 520 Z-score: 610.5 bits: 120.1 E(32554): 1.1e-27
Smith-Waterman score: 520; 43.8% identity (72.7% similar) in 194 aa overlap (36-227:11-199)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT
.::...::::.:::.:: .:: :. ..
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESY
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF
.::::::. .:.:..:. ::.:.:::::::::: ... :::..:... ::::: . ::
CCDS46 ISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFR-TITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESF
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP
.:.:.:.:: . .: : :.:::::::: . : . : .:::. .. ..:::::.
CCDS46 NNVKQWLQEIDRYASEN-VNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKN-
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQ--KSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC
. :::. :: .: ..: . . ::... :.:. :
CCDS46 --ATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
160 170 180 190 200
>>CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 (217 aa)
initn: 331 init1: 275 opt: 507 Z-score: 595.1 bits: 117.4 E(32554): 7.9e-27
Smith-Waterman score: 507; 41.3% identity (74.8% similar) in 206 aa overlap (36-237:17-217)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT
.::::.::::::::::.. .: .:.. .
CCDS34 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF
. :::::: ....:.:.:.:.:::::::::::: .... :::..::....::.:. ..:
CCDS34 QNTIGVDFTVRSLDIDGKKVKMQVWDTAGQERFR-TITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTF
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNML-LFETSAKD
.. ::.: . ... .: .:.:::::: :. .: . : .:. ...: ..:::::
CCDS34 ESIPHWIHEIEKYGAANVVI-MLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKYGLLAVLETSAK-
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE3 PKESQNVESIFMCLACRLKAQKSL-LYRDAERQQGKVQK--LEFPQEANSKTSCPC
::.:.: .:. .: .: :..:: :: .. . ... . . : . :: : :
CCDS34 --ESKNIEEVFVLMAKELIARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC
170 180 190 200 210
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 492 init1: 270 opt: 501 Z-score: 588.7 bits: 116.0 E(32554): 1.8e-26
Smith-Waterman score: 501; 46.4% identity (76.8% similar) in 168 aa overlap (36-203:8-170)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT
.::...::::.:::.:: .:: :. ..
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESY
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF
.::::::. .:.:..:. ::.:.:::::::::: ... :::..:... ::::: . :.
CCDS31 ISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFR-TITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESY
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP
.:.:.:.:: . .: : :.::::: :: . : .. : .:::. .. ..:::::.
CCDS31 ANVKQWLQEIDRYASEN-VNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKN-
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC
. :::. :: .: ..:
CCDS31 --ATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGAASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
160 170 180 190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 401 init1: 272 opt: 483 Z-score: 567.8 bits: 112.2 E(32554): 2.6e-25
Smith-Waterman score: 483; 39.8% identity (73.6% similar) in 201 aa overlap (36-234:8-200)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT
.::...::::.:::::. ::: .: .
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTF
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF
.:::.::. .:.:..:..::.:.:::::::::: ... :::.. ....:::.:. ::
CCDS12 ISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFR-TITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSF
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP
:.. ::.. . :: : :...:::::. .. :: .. . :.: ... ..:::::
CCDS12 DNIRNWIRNIEEHASAD-VEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAK--
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQ--KSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC
. :::. :. :: .::. :.: ... ::. : ... . ....:
CCDS12 -ANINVENAFFTLARDIKAKMDKKL---EGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
160 170 180 190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 360 init1: 278 opt: 480 Z-score: 564.3 bits: 111.6 E(32554): 4.1e-25
Smith-Waterman score: 480; 40.2% identity (72.4% similar) in 199 aa overlap (36-234:8-200)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT
.::...::::.:::::: ::: .:
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTF
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF
.:::.::. .:.:..:.:::.:.:::::::::: ... :::.. ....:::.:. ::
CCDS10 ISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFR-TITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSF
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP
:.: ::.. . :: : ....:::::. .. :: .. . :.: ... ..:::::.
CCDS10 DNIKNWIRNIEEHASSD-VERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKS-
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC
: ::: :. :: . .. . . :.. . : ... .. ..:::
CCDS10 --SANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDSN-SAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
160 170 180 190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 462 init1: 273 opt: 478 Z-score: 562.2 bits: 111.1 E(32554): 5.4e-25
Smith-Waterman score: 478; 44.5% identity (75.6% similar) in 164 aa overlap (36-199:9-167)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 LGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDKT
.::...::::.:::::. ::: .:
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTF
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTSF
.:::.::. ::::..:.:::.:.:::::::::. ... :::.. ....:::.:. ::
CCDS17 ISTIGIDFKIKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFH-TITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSF
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 TNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKDP
:.. :... . :: : ..:.:::::. .. ::.. . ..: :.. .::::::
CCDS17 ENISKWLRNIDEHANED-VERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAK--
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KE3 KESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC
. :.:. :. ::
CCDS17 -ANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
160 170 180 190 200
237 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 05:17:53 2016 done: Sun Nov 6 05:17:54 2016
Total Scan time: 2.160 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]