Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3071
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3071, 229 aa
1>>>pF1KE3071 229 - 229 aa - 229 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0092+/-0.000884; mu= 15.7134+/- 0.054
mean_var=76.8465+/-14.921, 0's: 0 Z-trim(107.9): 214 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.146306
statistics sampled from 9629 (9872) to 9629 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.303), width: 16
Scan time: 2.110
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 1556 337.6 4e-93
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 882 195.4 2.8e-50
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 521 119.1 2.1e-27
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 514 117.6 5.9e-27
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 506 115.9 1.9e-26
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 502 115.1 3.6e-26
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 500 114.7 4.7e-26
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 491 112.8 1.8e-25
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 488 112.1 2.7e-25
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 481 110.7 7.7e-25
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 480 110.4 8.6e-25
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 478 110.0 1.1e-24
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 469 108.1 4.5e-24
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 464 107.1 8.9e-24
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 458 105.8 2.2e-23
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 457 105.7 2.9e-23
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 453 104.8 4.6e-23
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 451 104.3 6.3e-23
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 441 102.2 2.8e-22
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 439 101.8 3.3e-22
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 439 101.9 4e-22
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 439 101.9 4e-22
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 438 101.6 4.2e-22
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 434 100.7 7e-22
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 434 100.7 7.3e-22
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 434 100.8 7.6e-22
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 434 100.8 7.8e-22
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 432 100.3 1e-21
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 429 99.7 1.6e-21
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 426 99.1 2.4e-21
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 410 95.7 2.5e-20
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 409 95.5 2.9e-20
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 405 94.6 5.3e-20
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 410 96.2 6.2e-20
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 402 94.0 8.4e-20
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 398 93.2 1.5e-19
CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 396 92.6 1.5e-19
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 394 92.2 2.1e-19
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 394 92.3 2.5e-19
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 393 92.1 3.1e-19
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 392 91.9 3.5e-19
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 390 91.5 4.7e-19
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 389 91.2 5.3e-19
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 387 90.8 6.8e-19
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 392 92.4 8.7e-19
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 384 90.2 1.1e-18
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 383 90.0 1.3e-18
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 381 89.5 1.7e-18
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 380 89.3 1.9e-18
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 377 88.7 3.1e-18
>>CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 (229 aa)
initn: 1556 init1: 1556 opt: 1556 Z-score: 1785.3 bits: 337.6 E(32554): 4e-93
Smith-Waterman score: 1556; 100.0% identity (100.0% similar) in 229 aa overlap (1-229:1-229)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAEEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 MAEEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RTEATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 RTEATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 SFHSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 SFHSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KE3 NPNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPPDNGIILKPEPKPAMTCWC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 NPNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPPDNGIILKPEPKPAMTCWC
190 200 210 220
>>CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX (237 aa)
initn: 872 init1: 872 opt: 882 Z-score: 1016.3 bits: 195.4 E(32554): 2.8e-50
Smith-Waterman score: 882; 64.5% identity (84.7% similar) in 203 aa overlap (32-229:35-237)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 AEEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDR
:::::::::::::::::::.:::.: :::.
CCDS14 ILGHGSLQPASAAGLASLELDSSLDQYVQIRIFKIIVIGDSNVGKTCLTFRFCGGTFPDK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 TEATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMAS
:::::::::::..:::.::.::.:.::::::::::::::.::::::::::::::.:.:.:
CCDS14 TEATIGVDFREKTVEIEGEKIKVQVWDTAGQERFRKSMVEHYYRNVHAVVFVYDVTKMTS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 FHSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAKN
: .: ::.::. : . .:..::::::::: ::::..:: ::::.:.: :::::::.
CCDS14 FTNLKMWIQECNGHAVPPLVPKVLVGNKCDLREQIQVPSNLALKFADAHNMLLFETSAKD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KE3 PNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPP-DNGIILKPE-PKPA---MTCWC
:.....::.::: :: .::..: :. . ..: . : : :. : .: :
CCDS14 PKESQNVESIFMCLACRLKAQKSLLYRDAERQQGKVQKLEFPQEANSKTSCPC
190 200 210 220 230
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 508 init1: 272 opt: 521 Z-score: 605.3 bits: 119.1 E(32554): 2.1e-27
Smith-Waterman score: 521; 44.0% identity (74.9% similar) in 175 aa overlap (26-200:4-173)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAEEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPD
. : . .::...::::.:::.:: :: . .
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTE
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RTEATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMA
.::::::. :..:.::. ::.:.:::::::::: .... :::..:... :::.:..
CCDS46 SYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFR-TITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQE
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 SFHSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAK
::... .:..: .. : . ..:::::::: . : :..:::. ..:..:::::
CCDS46 SFNNVKQWLQEIDRYASEN-VNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAK
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220
pF1KE3 NPNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPPDNGIILKPEPKPAMTCWC
: .. :: :::.: ..:
CCDS46 NATN---VEQSFMTMAAEIKKRMGPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
160 170 180 190 200
>>CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 (203 aa)
initn: 481 init1: 284 opt: 514 Z-score: 597.4 bits: 117.6 E(32554): 5.9e-27
Smith-Waterman score: 514; 47.9% identity (76.3% similar) in 169 aa overlap (33-201:9-172)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 EEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDRT
.:::..::...::::::. :: : ::
CCDS82 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQ
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMASF
::::::: ..:::.::..:.:.:::::::::: :..: :::...:....::.: ::
CCDS82 GATIGVDFMIKTVEINGEKVKLQIWDTAGQERFR-SITQSYYRSANALILTYDITCEESF
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 HSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAKNP
. :: :..: .:. .: . .::::: :: .: . :..:.....: .:::::
CCDS82 RCLPEWLREIEQYA-SNKVITVLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAK--
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220
pF1KE3 NDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLMLSQPPDNGIILKPEPKPAMTCWC
..:.:: .:. :: .: :
CCDS82 -ESDNVEKLFLDLACRLISEARQNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
160 170 180 190 200
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 491 init1: 272 opt: 506 Z-score: 588.3 bits: 115.9 E(32554): 1.9e-26
Smith-Waterman score: 506; 40.3% identity (70.1% similar) in 201 aa overlap (26-224:1-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MAEEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPD
. : . .::...::::.:::.:: :: . .
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTE
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RTEATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMA
.::::::. :..:.::. ::.:.:::::::::: .... :::..:... :::.:..
CCDS31 SYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFR-TITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQE
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 SFHSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAK
:. .. .:..: .. : . ..::::: :: . : . :..:::. ..:..:::::
CCDS31 SYANVKQWLQEIDRYASEN-VNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAK
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220
pF1KE3 NPNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHK-PLMLSQPPDNGIILKPEP-KPAMTCWC
: .. :: :::.: ..:.. : : .. . : :::
CCDS31 NATN---VEQAFMTMAAEIKKRMGPGAASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
160 170 180 190 200
>>CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 (217 aa)
initn: 323 init1: 279 opt: 502 Z-score: 583.3 bits: 115.1 E(32554): 3.6e-26
Smith-Waterman score: 502; 41.9% identity (74.3% similar) in 191 aa overlap (33-221:17-202)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 EEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDRT
.::::.::::::::::.. .: .: . .
CCDS34 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMASF
. :::::: :...:::...:.:.:::::::::: ...: :::..::....::.: ..:
CCDS34 QNTIGVDFTVRSLDIDGKKVKMQVWDTAGQERFR-TITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTF
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 HSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSM-PLFETSAKN
.:.: ::.: ... :: . .:.:::::: .: . : .:. ... ..:::::
CCDS34 ESIPHWIHEIEKYGAAN-VVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKYGLLAVLETSAK-
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220
pF1KE3 PNDNDHVEAIFMTLAHKLKSHKPLML-SQPPDNGIILKPEPKPAMTCWC
.. ..: .:. .:..: ... : : .. ::. : :
CCDS34 --ESKNIEEVFVLMAKELIARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC
170 180 190 200 210
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 393 init1: 276 opt: 500 Z-score: 581.3 bits: 114.7 E(32554): 4.7e-26
Smith-Waterman score: 500; 40.7% identity (73.7% similar) in 194 aa overlap (33-222:8-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 EEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDRT
.::...::::.:::::. .:: : .
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTF
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMASF
.:::.::. :..:.::.:::.:.:::::::::: ... :::.. ....:::.:: ::
CCDS12 ISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFR-TITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSF
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 HSLPSWIEECKQHLLANDIPRILVGNKCDLRSAIQVPTDLAQKFADTHSMPLFETSAKNP
.. .::.. ..: : :. ....:::::. . :: . ..:.: ... ..:::::
CCDS12 DNIRNWIRNIEEHASA-DVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKA-
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220
pF1KE3 NDNDHVEAIFMTLAHKLKSH--KPLMLSQPP--DNGIILKPEPKPAMTCWC
: .:: :.:::. .:.. : : ..: ..:. . :. .
CCDS12 --NINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
160 170 180 190 200
>>CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 (212 aa)
initn: 334 init1: 277 opt: 491 Z-score: 570.9 bits: 112.8 E(32554): 1.8e-25
Smith-Waterman score: 491; 39.5% identity (72.0% similar) in 200 aa overlap (33-229:18-212)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 EEMESSLEASFSSSGAVSGASGFLPPARSRIFKIIVIGDSNVGKTCLTYRFCAGRFPDRT
.::....::..:::::.. :: .: : .:
CCDS33 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 EATIGVDFRERAVEIDGERIKIQLWDTAGQERFRKSMVQHYYRNVHAVVFVYDMTNMASF
.:::::: ...::.:.:.:.:.:::::::::: ...: :::........::.:. .::
CCDS33 GSTIGVDFTMKTLEIQGKRVKLQIWDTAGQERFR-TITQSYYRSANGAILAYDITKRSSF
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CCDS33 LSVPHWIEDVRKYAGSN-IVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAK-
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CCDS33 --DSSNVEEAFLRVATELIMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC
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CCDS10 ISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFR-TITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSF
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CCDS10 DNIKNWIRNIEEHA-SSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSS
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CCDS10 AN---VEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
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CCDS14 MEAIWLYQFRLIVIGDSTVGKSCLIRRFTEGRFAQVSD
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CCDS14 PTVGVDFFSRLVEIEPGKRIKLQIWDTAGQERFR-SITRAYYRNSVGGLLLFDITNRRSF
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CCDS14 QNVHEWLEETKVHVQPYQIVFVLVGHKCDLDTQRQVTRHEAEKLAAAYGMKYIETSAR--
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CCDS14 -DAINVEKAFTDLTRDIYELVKRGEITIQEGWEGVKSGFVPNVVHSSEEVVKSERRCLC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]