Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3069
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3069, 227 aa
1>>>pF1KE3069 227 - 227 aa - 227 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8521+/-0.000744; mu= 17.3234+/- 0.046
mean_var=67.8699+/-13.013, 0's: 0 Z-trim(109.7): 214 B-trim: 331 in 2/50
Lambda= 0.155681
statistics sampled from 10830 (11062) to 10830 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.689), E-opt: 0.2 (0.34), width: 16
Scan time: 2.120
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 1510 347.4 4.5e-96
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 1257 290.6 5.6e-79
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 1211 280.2 7.2e-76
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 1104 256.2 1.2e-68
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 675 159.8 1.2e-39
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 658 156.0 1.7e-38
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 640 151.9 2.8e-37
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 635 150.8 5.9e-37
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 615 146.3 1.3e-35
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 609 145.0 3.4e-35
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 597 142.4 2.5e-34
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 580 138.5 3.1e-33
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 580 138.5 3.2e-33
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 521 125.3 3.3e-29
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 514 123.6 8.8e-29
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 514 123.7 9.8e-29
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 514 123.7 1.1e-28
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 505 121.6 3.7e-28
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 498 120.1 1.1e-27
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 498 120.1 1.1e-27
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 492 118.7 2.9e-27
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 489 118.0 4.2e-27
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 489 118.0 4.5e-27
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 489 118.1 4.7e-27
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 487 117.6 6.3e-27
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 484 116.9 1e-26
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 482 116.5 1.4e-26
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 477 115.3 2.9e-26
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 473 114.4 5.4e-26
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 472 114.2 6.4e-26
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 472 114.2 6.4e-26
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 472 114.2 6.5e-26
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 470 113.8 8.8e-26
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 475 115.3 1e-25
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 468 113.3 1.2e-25
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 461 111.8 3.6e-25
CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 463 112.8 8.6e-25
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 454 110.2 1.1e-24
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 452 109.8 1.6e-24
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 440 107.0 9.5e-24
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 438 106.5 1e-23
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 429 104.5 4.9e-23
CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 ( 221) 425 103.7 1e-22
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 425 103.7 1e-22
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 422 102.9 1.2e-22
CCDS11958.1 RAB27B gene_id:5874|Hs108|chr18 ( 218) 423 103.2 1.4e-22
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 421 102.8 2.1e-22
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 418 102.2 3.3e-22
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 416 101.7 4.8e-22
CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX ( 278) 414 101.3 6.6e-22
>>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa)
initn: 1510 init1: 1510 opt: 1510 Z-score: 1838.3 bits: 347.4 E(32554): 4.5e-96
Smith-Waterman score: 1510; 100.0% identity (100.0% similar) in 227 aa overlap (1-227:1-227)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
190 200 210 220
>>CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 (220 aa)
initn: 1275 init1: 1164 opt: 1257 Z-score: 1531.4 bits: 290.6 E(32554): 5.6e-79
Smith-Waterman score: 1257; 84.1% identity (96.4% similar) in 220 aa overlap (9-227:1-220)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
:::: :.:::::.:::::::::::.::::::::::::::::::::::: :::
CCDS12 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
:::::::::::...:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 STVGIDFKVKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
::::::::::::::::::.:::::::::::::.:.:::..:...:::::::.::::::::
CCDS12 VQDWSTQIKTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220
pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLET-DPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
:::::::::.::.::::::.: :::.:.:::. .:.. ::. .:::
CCDS12 KQTFERLVDVICEKMSESLDTADPAVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC
180 190 200 210 220
>>CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 (219 aa)
initn: 1231 init1: 1211 opt: 1211 Z-score: 1475.6 bits: 280.2 E(32554): 7.2e-76
Smith-Waterman score: 1211; 80.8% identity (95.0% similar) in 219 aa overlap (9-227:1-219)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
:::. :.. : ::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::
CCDS56 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
::::::::::::...:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 STVGIDFKVKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
::::.:::::::::::::::::::::::.:::. ::.:: :.:::::.:::.:::.::.:
CCDS56 VQDWATQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220
pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
.:.:::::: ::::::.::.:::.. ....::::..::: : ::.:
CCDS56 RQAFERLVDAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC
180 190 200 210
>>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa)
initn: 1068 init1: 1068 opt: 1104 Z-score: 1345.7 bits: 256.2 E(32554): 1.2e-68
Smith-Waterman score: 1104; 73.5% identity (90.9% similar) in 219 aa overlap (9-227:1-219)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
:::: :.. : .:..:::::::::::.::::::::::::::::::::: :::
CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
::::::::::::....::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:.::: :
CCDS12 STVGIDFKVKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
::::.:::::::::::::::::::::.:::::. .: :..:...:::::::.:::.::::
CCDS12 VQDWATQIKTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220
pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
::.::::::.::.::.:::: . . . .. . ..: : .:.:
CCDS12 KQVFERLVDVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
180 190 200 210
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 672 init1: 672 opt: 675 Z-score: 825.3 bits: 159.8 E(32554): 1.2e-39
Smith-Waterman score: 675; 52.1% identity (83.0% similar) in 194 aa overlap (25-218:3-193)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
...::.::::.::.:.:::: :::...:.:.:.:.
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFI
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
::.:::::..:. . :::::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::.
CCDS12 STIGIDFKIRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDN
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
...: .:. .. ... ...:::::..:.: .: :::..:. . :..:.::::: ::::
CCDS12 IRNWIRNIEEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINV
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220
pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
...: :. : ::...:: . . .: .: ::
CCDS12 ENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN---SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
160 170 180 190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 663 init1: 643 opt: 658 Z-score: 804.7 bits: 156.0 E(32554): 1.7e-38
Smith-Waterman score: 658; 52.0% identity (88.0% similar) in 175 aa overlap (25-199:3-177)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
...::.::::.::.:.:::: .:::...:.:...:.
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFI
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
::.:::::..:. . :.:::::::::::::.:::::::::::::..:.::::::.::.
CCDS10 STIGIDFKIRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDN
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
...: .:. .. .... ...::::::.:.: .: :::..:. . :..:.:::::.. ::
CCDS10 IKNWIRNIEEHASSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANV
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220
pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
...: :. : :.....
CCDS10 EEAFFTLARDIMTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
160 170 180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 628 init1: 608 opt: 640 Z-score: 782.9 bits: 151.9 E(32554): 2.8e-37
Smith-Waterman score: 640; 44.7% identity (77.7% similar) in 206 aa overlap (22-227:3-205)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
: . ..::.::::.::.:.:::. .:.:.:::..: ...
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYI
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
::.:.:::..:. . : :::::::::::::.::::..::::: :.:..::.:..::::
CCDS46 STIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNN
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
:..: .: :. .:.. .:::::::. ..:.. .......::. :.:::::. ::
CCDS46 VKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNV
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220
pF1KE3 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
.:.: .. : .:. . : : :.:.... :: . . :
CCDS46 EQSFMTMAAEIKKRMGPG---ATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
170 180 190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 641 init1: 619 opt: 635 Z-score: 777.0 bits: 150.8 E(32554): 5.9e-37
Smith-Waterman score: 635; 52.9% identity (85.3% similar) in 170 aa overlap (25-194:4-173)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
...: .::::.::.:.:::: :::..::.:...:.
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFI
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
::.:::::.::: . :.:::::::::::::..::::.:::::::..:.::::: .::.
CCDS17 STIGIDFKIKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFEN
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CCDS17 ISKWLRNIDEHANEDVERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINI
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...: :.. : :
CCDS17 EKAFLTLAEDILRKTPVKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
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CCDS10 STIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFEN
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CCDS10 IQNWMKSIKENASAGVERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNV
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..: :. ::.
CCDS10 DEAFSSLARDILLKSGGRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
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>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
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CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYI
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CCDS31 STIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYAN
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CCDS31 VKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNV
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CCDS31 EQAFMTMAAEIKKRMGPG----AASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
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18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 04:30:35 2016 done: Sun Nov 6 04:30:35 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]