Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3063
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3063, 219 aa
1>>>pF1KE3063 219 - 219 aa - 219 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3561+/-0.000809; mu= 14.1482+/- 0.049
mean_var=80.8187+/-15.875, 0's: 0 Z-trim(109.2): 209 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.142665
statistics sampled from 10505 (10740) to 10505 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.33), width: 16
Scan time: 2.100
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 1461 309.8 8.4e-85
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 1157 247.3 5.8e-66
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 1131 241.9 2.3e-64
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 1104 236.4 1.1e-62
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 682 149.5 1.5e-36
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 672 147.4 6.2e-36
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 652 143.3 1e-34
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 635 139.8 1.2e-33
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 630 138.8 2.4e-33
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 607 134.0 6.5e-32
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 578 128.1 4e-30
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 566 125.7 2.6e-29
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 563 125.0 3.6e-29
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 527 117.7 7e-27
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 517 115.5 2.6e-26
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 510 114.1 6.9e-26
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 508 113.6 8.6e-26
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 508 113.7 9.3e-26
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 508 113.7 9.6e-26
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 506 113.3 1.2e-25
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 504 112.9 1.6e-25
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 500 112.0 2.9e-25
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 499 111.8 3e-25
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 492 110.4 8.8e-25
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 490 110.0 1.2e-24
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 489 109.8 1.3e-24
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 489 109.8 1.4e-24
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 487 109.3 1.8e-24
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 485 108.9 2.4e-24
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 490 110.4 3.1e-24
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 480 107.9 5e-24
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 479 107.7 5.8e-24
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 478 107.5 6.6e-24
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 477 107.3 7.6e-24
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 469 105.7 2.4e-23
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 469 105.7 2.7e-23
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 461 104.0 7.6e-23
CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 469 106.2 7.9e-23
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 460 103.8 8.6e-23
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 460 103.8 8.6e-23
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 455 102.8 1.8e-22
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 453 102.4 2.4e-22
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 450 101.6 2.8e-22
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 450 101.8 3.7e-22
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 447 101.1 5.1e-22
CCDS11958.1 RAB27B gene_id:5874|Hs108|chr18 ( 218) 439 99.5 1.8e-21
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 439 99.5 2e-21
CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 ( 221) 437 99.1 2.4e-21
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 436 98.9 3e-21
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 425 96.5 9.8e-21
>>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa)
initn: 1461 init1: 1461 opt: 1461 Z-score: 1636.0 bits: 309.8 E(32554): 8.4e-85
Smith-Waterman score: 1461; 100.0% identity (100.0% similar) in 219 aa overlap (1-219:1-219)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE3 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
190 200 210
>>CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 (220 aa)
initn: 1175 init1: 1111 opt: 1157 Z-score: 1297.8 bits: 247.3 E(32554): 5.8e-66
Smith-Waterman score: 1157; 77.3% identity (92.7% similar) in 220 aa overlap (1-219:1-220)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
:::: :.. : ....:::::::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
:::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:.::: :::::.:::
CCDS12 VKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWSTQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
::::::::::.:::::::.:::::: .: ::.::: :::::::::::.::::::.:::::
CCDS12 KTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDNINVKQTFERLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE3 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGK-GPAVGDAPAPQPSSCSC
:::::::.:::. .. . ...: :: ..: .: ..:.:
CCDS12 DVICEKMSESLDTADPAVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC
190 200 210 220
>>CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 (219 aa)
initn: 1131 init1: 1131 opt: 1131 Z-score: 1268.9 bits: 241.9 E(32554): 2.3e-64
Smith-Waterman score: 1131; 75.8% identity (92.7% similar) in 219 aa overlap (1-219:1-219)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
:::. : ..: .::.:::::::::::.::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS56 MASVTDGKTGVKDASDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDTFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
:::::::.::.:::::::::::::::::::::::::::.:::::.:.::: :::::::::
CCDS56 VKTVYRHEKRVKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNAVQDWATQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
::::::::::::::::::.:.:::::.: :. ::..:::.::::::::::.:.:.:::::
CCDS56 KTYSWDNAQVILVGNKCDMEEERVVPTEKGQLLAEQLGFDFFEASAKENISVRQAFERLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE3 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
:.::.::..::. . : ...:. ..:.: ..:::
CCDS56 DAICDKMSDSLDTDPSMLGSSKNTRLSDTPPLLQQNCSC
190 200 210
>>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa)
initn: 1068 init1: 1068 opt: 1104 Z-score: 1238.6 bits: 236.4 E(32554): 1.1e-62
Smith-Waterman score: 1104; 73.5% identity (90.9% similar) in 219 aa overlap (1-219:9-227)
10 20 30 40 50
pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFV
:::: :.. : .:..:::::::::::.::::::::::::::::::::: :::
CCDS39 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 STVGIDFKVKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAA
::::::::::::....::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:.::: :
CCDS39 STVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESFNA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 VQDWATQIKTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINV
::::.:::::::::::::::::::::.:::::. .: :..:...:::::::.:::.::::
CCDS39 VQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEFFETSAKDNINV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KE3 KQVFERLVDVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
::.::::::.::.::.:::: . . . .. . ..: : .:.:
CCDS39 KQTFERLVDIICDKMSESLETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
190 200 210 220
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 680 init1: 680 opt: 682 Z-score: 769.8 bits: 149.5 E(32554): 1.5e-36
Smith-Waterman score: 682; 50.2% identity (78.8% similar) in 203 aa overlap (17-219:3-204)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
...::.:::::::.:.:::: :::...:.:. .:.::.:::::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
..:. :::::::::::::::.:::::::::::::..:.:::.:..:: ...: .:
CCDS12 IRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
. .. ... ...:::::..:.: : : :..:: : :..:.:.::: ::::...: :.
CCDS12 EEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLA
110 120 130 140 150 160
190 200 210
pF1KE3 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
: ::...:: .: .::: .: . . : :
CCDS12 RDIKAKMDKKLEGNSPQGSN-QGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
170 180 190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 643 init1: 623 opt: 672 Z-score: 758.6 bits: 147.4 E(32554): 6.2e-36
Smith-Waterman score: 672; 50.8% identity (84.9% similar) in 185 aa overlap (17-201:3-187)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
...::.:::::::.:.:::: .:::...:.:. .:.::.:::::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
..:. :.:::::::::::::.:::::::::::::..:.:::.:..:: ...: .:
CCDS10 IRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
. .. .... ...:::::..:.: : : :..:: : :..:.:.::: . ::...: :.
CCDS10 EEHASSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLA
110 120 130 140 150 160
190 200 210
pF1KE3 DVICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
: :.:.... :.:.:..:
CCDS10 RDIMTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
170 180 190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 645 init1: 623 opt: 652 Z-score: 736.6 bits: 143.3 E(32554): 1e-34
Smith-Waterman score: 652; 50.3% identity (80.8% similar) in 193 aa overlap (15-201:2-194)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
: ...: .:::::::.:.:::: :::..::.:. .:.::.:::::
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
.::: . :.:::::::::::::..::::.:::::::..:.:::.: .:: .. : .:
CCDS17 IKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
.. .... .:.:::::..:.:::: :...: . :..:::.::: :::....: :.
CCDS17 DEHANEDVERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLA
110 120 130 140 150 160
190 200 210
pF1KE3 DVICEKM------NESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
. : .: .:... ::..: .:
CCDS17 EDILRKTPVKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
170 180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 639 init1: 619 opt: 635 Z-score: 717.5 bits: 139.8 E(32554): 1.2e-33
Smith-Waterman score: 635; 44.9% identity (78.0% similar) in 205 aa overlap (16-219:5-205)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
. ..::.:::::::.:.:::. .:.:.:::..: ...::.:.:::
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
..:. : :::::::::::::.::::..::::: :....::...:::: :..: .:
CCDS46 IRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
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: ..:. :....:. :. . . ..:. : .. :
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:. .:.. .::::: :: ..:: ....::.::. :.:.:::. ::.:.: ..
CCDS31 DRYASENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMA
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: ..:. :...:: :. : . :. .:.. .:
CCDS31 AEIKKRMG----PGAASG--GERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]